이 프로토콜의 목표는 전체 마운트 현장 교잡 및 후속 사전 및 사후 교잡 처리를 준비하기 위해 Lymnaea stagnalis 배아 및 유충의 고처리량 캡슐화 해제를 위한 일련의 방법을 사용자에게 제공하는 것입니다.
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이 프로토콜의 목표는 전체 마운트 현장 교잡 및 후속 사전 및 사후 교잡 처리를 준비하기 위해 Lymnaea stagnalis 배아 및 유충의 고처리량 캡슐화 해제를 위한 일련의 방법을 사용자에게 제공하는 것입니다.
현장 하이브리드의 전체 마운트 (WMISH는) 관심 (예 : 태아 또는 애벌레 같은)에 '전체 마운트'조직 준비 내의 핵산 분자 (보통의 mRNA)의 공간 해상도, 또는 발달 단계를 위해 할 수있는 기술이다. 따라서 매우 복잡한 후생 동물 게놈의 기능적 특성, 차세대 시퀀스 데이터의 범람에 병목이 더 있다는 반칙에 기여할 수 있기 때문에 WMISH은 매우 강력하다. 많은 시간은 종종 새로운 모델 시스템 WMISH 실험에 고유 한 각종 파라미터를 최적화하는데 필요한 기술의 개념적 단순함에도 불구하고; 조직 유형 및 발달 단계의 세포 및 생화학 적 특성의 미묘한 차이는 하나의 WMISH 방법은 모든 상황에 적합하지 않을 수 있다는 것을 의미한다. 우리는 일관 생성하고 다시 새로운 복족류 모델 Lymnaea의 stagnalis에 대한 WMISH 방법의 세트를 개발했다유전자의 모든 발달 단계에 걸쳐 범위에 대한 명확한 WMISH 신호. 이러한 방법은 개체 발생 창에 알 수없는 연대기 나이의 애벌레의 할당, 자신의 계란 캡슐에서 효율적으로 배아를 제거하고 유충, 각각의 개체 발생 창에 적절한 테-K 치료의 응용 프로그램 및 하이브리드, 이후 하이브리드 및 면역을 포함 단계. 이 방법은 주어진 RNA 전 사체에 대한 결과 신호는 프로브 특정 조정 (주로 농도와 혼성화 온도 프로브)을 추가로 정제 할 수있는 기반을 제공합니다.
연체 동물은 과학 분야의 폭 넓은 다양성의 관심을 보유 동물의 그룹입니다. 자신의 형태 학적 다양성 (1)에도 불구하고, 종, 3 상업 의료 4 및 과학 문제 5-8의 넓은 범위와 관련 (종수 (2)의 관점에서 만 절지로 두 번째) 풍요 로움을 주장 할 수있다 상대적으로 적은 연체 동물 종들이있다 잘 갖추어 진 과학 모델과 실험실 환경에서 유지 보수가 용이 모두합니다. 많은 등의 신경 생물학 9, 생태 독성학 (10)과 최근 진화 생물학 11, 12 등의 분야에서 사용되는 하나의 연체 동물은 주로 때문에 광범위하게 배포 및 유지 보수의 극단적 인 용이성, Lymnaea의 stagnalis입니다. 는 '모델'유기체로서의 인기와 L. 사용할 발달 생물 학자 13-19, 분자 도구의 범위와 능력으로 사용의 오랜 역사에도 불구하고 stagnALIS 과학 사회는 훨씬 더 전통적인 동물 모델 (초파리, 마우스, 성게, 선충)의 뒤에 자리 잡고 있습니다.
분자 모델 쉘 형성을 유도 분자 메커니즘에 대한 관심에서 비롯된 우리의 욕망은 Lymnaea을 개발. 이 Lymnaea의 개발 기간 동안 유전자 발현의 효율적이고 일관성있는 민감한 시각화 허용하는 기술의 집합을 수정하는 동기를 부여. 현장 하이브리드의 전체 마운트 (WMISH)는 널리 모델 생물의 다양한 채용되며, 40 년 이상 20 사용되었습니다. 그 다른 guises에서 ISH 공간적 염색체 rRNA의, mRNA의 마이크로 RNA를 특정 유전자좌 국산화 사용될 수있다.
과제 중 하나는 이전 L.하는 WMISH 방법 정련 해결할 필요 stagnalis 부드럽게하고 효율적으로 추출하는 배아와 t에서 다양한 단계의 애벌레의 문제였다그는 그들이 퇴적 된 계란 캡슐. 이는 추출 또는 '캡슐화'는에 적합한 재료를 수집하기 위해 효율적으로 달성 할 필요가있는 동시에 형태 및 세포의 무결성을 유지하면서, 현장 실험에서 주어진. 다른 모델 생물도 캡슐화 개발을 겪는 동안, 우리 손에 그 종에 대해보고 된 방법 중 어느 것도 성공적 L.에 사용되지 않았다 stagnalis.
이 방법의 전반적인 목표는 따라서 다음과 같습니다 L.를 추출 stagnalis 높은 처리량 방식으로 그들의 캡슐에서 배아 및 유충 이미징을위한 만족스러운 WMISHsignals와 배아 및 유충을 준비하려면 WMISH 신호를 최적화 사전 하이브리드 치료를 적용합니다.
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참고 : 다음 단계는 L.의 배아와 애벌레 단계에서 현장 실험의를 수행하기위한 우리의 방법을 간략하게 설명 공정이 단어 '주의'와 모든 적절한 안전 절차에 의해 지시 된 유해 화학 물질의 사용을 포함 stagnalis이. 채용한다. 유해 화학 물질에 대한 대표 MSDS 시트에 대한 링크는 보조 파일 (1)에 제공됩니다. 모든 시약에 대한 조리법은 보조 파일이 제공됩니다.
디 캡슐 레이션 장치의 1 회의
2. 시료 채취, 고정 및 캡슐화
참고 : 별도의 표시가없는 한, 모든 단계는 실온에서 수행된다.
3. 테-K, TEA 및 포스트 - Fi를xation
참고 : 우리는 빨리 시간이 중요한 솔루션을 교환 메쉬 바닥으로 가장 효율적이고 부드러운 방법을 작은 바구니에 다음 단계를 수행 찾을 수 있습니다. 이들은 집에서 만든 수 있지만, 우리는 Intavis InSituPro -Vsi 액체 처리 로봇 (www.intavis.de/products/automated-ish-and-ihc)와 호환되는 바구니 (중간 크기)를 사용합니다. 이러한 바구니 쉽고 빠르게 교환 해결하기 위해, 12 웰 조직 배양 접시 (TCD)의 웰 사이에서 이동 될 수 있거나, 상기 용액은 잘 피펫을 사용하여 흡인 할 수있다. 대안 적으로, 모든 용액 교환 단순히 유충으로부터 상등액을 흡인하여이 바구니없이 수행 될 수있다. 이 경우에 완만 한 선회 운동 상등액은 웰의 에지로부터 제거 될 수 있도록 접시의 중앙에 모든 배아와 유충을 집중한다. 다음은 사용자가 용액 교류 바스켓을 이용하는 것으로 가정.
4. 뜨거운 세척 및 면역 적를
참고 : 우리는 다음 단계의 액체 처리 로봇을 사용하지만,이 또한 쉽게 수동으로 수행 할 수 있습니다. 이 경우, 배아와 애벌레 소자민련은. 그들은에서 혼성화 된 1.5 ml의 튜브에 보관 이후의 모든 솔루션 교환은 흡입과 P1,000 피펫으로 추가됩니다. 수동으로 수행하는 경우 다음 단계의 각각은 각각의 용액 1 ㎖를 채용한다.
5. 컬러 개발 및 장착
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도 3에 도시 된 대표적인 WMISH 염색 패턴이 상술 한 기술을 이용하여 생성하고, 쉘의 형성에 이르기까지의 분자 다양한 프로세스에 관여하는 유전자에 대한 공간 발현 패턴의 다양한 반영 하였다 (신규 유전자 1, 2, 3, 4) 개발 단계의 범위에 걸쳐 전사 조절 (Brachyury)으로 세포 - 세포 신호 (DPP)에 관한 것이다. 우리는 그들이 같은 것이라고 기대 이들 유전자의 발현 수준을 정량화하지 않은 반면 우리의 방법은 다양한 단계에서의 개발의 모든 단계에서 발현 유전자 산물의 광범위한 다양성에 대해 적용 할 수 있음을 나타내는 상당히 다양하다. 오직 여기에 제시된 유전자 (DPP) 중 하나는 이전 L. 설명 하였지만 stagnalis 21, 22. 우리가 여기서 제시 결과는 대부분이 이전 보고서와...
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여기에 설명 된 방법은 Lymnaea stagnalis의 모든 개발 단계에서 아마도 다양한 발현 수준과 RNA 전 사체를 효율적으로 시각화 할 수 있습니다. 그들의 캡슐에서 배아 및 유충을 제거하려면 우리가 다른 encapsulated-보고 화학, 삼투압 충격 및 물리적 처리의 다양한 평가판을 모델 생물을 개발하고 있습니다. 그러나, 우리의 손에 우리는 여기에서 설명하는 방법은 배아와 유충 손상없이 거친 캡슐 막을 제거 만 높은 처리량 기술이다. 캡슐화 후, 재료 중 하나에 저장 될 수 있고, 또는 테-K의 단계 특정 요법으로 치료 한 후, 리보 프로브 (riboprobe) 혼성화. (일반적으로 프로브 농도와 혼성화 온도에 초점을) 추가 실험 최적화 작업은 각 프로브 / 타겟을 위해 요구 될 수있다. (정착 요법 및 테-K 치료에 더하여) 이들 파라미터는 일반적으로 가장 영향력있는 변수현장 실험에있는의 (고정 된 재료의 품질과 RNA 프로브는 높은 수준의 것을 가...
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저자는 공개 아무것도 없어.
이 작품은 DFG 프로젝트 #의 JA2108 / 2-1를 통해 DJJ에 자금에 의해 지원되었다.
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| 이름 | 회사 | 카탈로그 번호 | 댓글 |
|---|---|---|---|
| 페더급 겸자 | Ehlert & 파트너 | #4181119 | |
| 실리콘 튜빙 | Glasgerä tebau OCHS GmbH | 760070 | |
| 유리 모세관 | Hilgenberg | 1403547 | |
| 12 웰 조직 배양 접시 | Carl Roth | CE55.1 | |
| 37% 포름알데히드 | Carl Roth | P733.1 | 주의 - 암을 유발할 수 있습니다. 흡입, 피부 접촉 또는 삼키면 독성이 있음. 독성: 흡입, 피부 접촉 및 삼킬 경우 매우 심각하고 돌이킬 수 없는 영향을 미칠 위험이 있습니다. |
| 에틸렌디아민 테트라아세트산 | Carl Roth | CN06.3 | 주의 - 눈에 자극을 일으킵니다. 호흡기 및 피부 자극을 일으킬 수 있습니다. 먼지를 흡입하지 마십시오. 눈, 피부 및 의복과의 접촉을 피하십시오. 적절한 환기가 필요한 경우에만 사용 |
| 염화마그네슘 | Carl Roth | 2189.1 | |
| Tween-20 | Carl Roth | 9127.1 | 주의 - 흡입하면 해로울 수 있습니다. 호흡기 자극을 일으킬 수 있습니다. 피부를 통해 흡수되면 해로울 수 있습니다. 피부 자극을 유발할 수 있습니다. 눈에 자극을 일으킬 수 있습니다. 삼키면 해로울 수 있습니다. |
| 염화나트륨 | Carl Roth | 3957.1 | |
| Ficoll type 400 | Carl Roth | CN90.1 | |
| 폴리비닐피롤리돈 K30 (MW 40) | Carl Roth | 4607.1 | 주의 - 흡입하면 해로울 수 있습니다. 호흡기 자극을 일으킬 수 있습니다. 피부를 통해 흡수되면 해로울 수 있습니다. 피부 자극을 유발할 수 있습니다. 눈에 자극을 일으킬 수 있습니다. 삼키면 해로울 수 있습니다. |
| 뉴클레아제 무함유 소 혈청 알부민 | Carl Roth | 8895.1 | |
| 연어 정자 | Carl Roth | 5434.2 | |
| 헤파린 | Carl Roth | 7692.1 | 주의 - 부작용으로는 출혈, 국소 자극이 있습니다. 흡입, 섭취/접촉할 경우 알레르기 반응이 나타날 수 있습니다. 눈/피부/호흡기 자극성. 과민증 가능성. 임신 중 사산 위험을 증가시키는 것으로 보고되었습니다 |
| Proteinase-K | Carl Roth | 7528.1 | |
| Glycine | Carl Roth | 3790.2 | |
| 탈이온화 포름아미드 | Carl Roth | P040.1 | 주의 - 눈과 피부에 자극적임. 흡입, 피부 접촉 또는 삼키면 해로울 수 있습니다. 태아에게 해를 끼칠 수 있습니다. 흡습성. |
| 표준 포름아미드 | Carl Roth | 6749.3 | 주의 - 눈과 피부에 자극적입니다. 흡입, 피부 접촉 또는 삼키면 해로울 수 있습니다. 태아에게 해를 끼칠 수 있습니다. 흡습성. |
| 트리에탄올아민 | Carl Roth | 6300.1 | 주의 - 증기나 미스트의 흡입을 피하십시오. 눈에 들어가지 않도록 하십시오. 피부에 장기간 또는 반복적으로 접촉하지 마십시오. 취급 후에는 철저히 씻으십시오. |
| 무수아세트산 | Carl Roth | 4483.1 | 주의 - 피부와 눈에 심한 화상을 일으킵니다. 물과 격렬하게 반응함. 삼키면 유해합니다. 눈과 호흡기에 자극적인 증기 |
| 말레산 | Carl Roth | K304.2 | 주의 - 눈 접촉(자극성), 섭취, . 피부 접촉 (자극성), 흡입 (폐 자극성)의 경우 위험합니다. 피부 접촉(투과기)의 경우 약간 위험합니다. 눈과 피부에 부식성이 있습니다. |
| 벤질 벤조에이 | 시그마 | B6630-250ML | 주의 - 흡입하면 해로울 수 있습니다. 호흡기 자극을 일으킬 수 있습니다. 피부를 통해 흡수되면 해로울 수 있습니다. 피부 자극을 유발할 수 있습니다. 눈에 자극을 일으킬 수 있습니다. 삼키면 유해합니다. |
| 벤질 알코올 | 시그마 | 10,800-6 | 주의 - 삼키면 유해합니다. 흡입하면 유해합니다. 눈에 심한 자극을 일으킵니다. |
| 글리세롤 | Carl Roth | 3783.1 | |
| 차단 분말 | Roche | 11096176001 | |
| Anti DIG Fab 단편 AP 결합 | Roche | 11093274910 | |
| Tris-HCl | Carl Roth | 9090.3 | |
| 4-니트로 블루 테트라졸륨 클로라이드 디메틸포름아미드 | Carl Roth | 4421.3 | 주의 - 태아에게 해를 끼칠 수 있습니다. 흡입 및 피부 접촉에 의해 유해함. 눈에 자극적입니다. |
| 5-bromo-4-chloro-3-indolyl-phosphate | Carl Roth | A155.3 | 주의 - 섭취하면 잠재적으로 유해합니다. 피부, 눈, 의복에 묻지 마십시오. 잠재적인 피부 및 눈 자극. |
| N-아세틸 시스테인 | Carl Roth | 4126.1 | |
| 디티오트레이톨 | Carl Roth | 6908.1 | 주의 - 눈과 피부에 자극을 일으킬 수 있습니다. 호흡기 및 소화기관 자극을 유발할 수 있습니다. 이 물질의 독성 학적 특성은 완전히 조사되지 않았습니다. |
| Tergitol | Sigma | NP40S | 주의 - 흡입하면 유해할 수 있습니다. 호흡기 자극을 일으킬 수 있습니다. 피부를 통해 흡수되면 해로울 수 있습니다. 피부 자극을 유발할 수 있습니다. 눈에 자극을 일으킬 수 있습니다. 삼키면 해로울 수 있습니다. |
| 나트륨 도데 실 설페이 | Carl Roth | CN30.3 | 주의 - 삼키면 유해합니다. 피부와 접촉하면 독성이 있습니다. 피부에 자극을 일으킵니다. 눈에 심각한 손상을 일으킵니다. 호흡기 자극을 일으킬 수 있습니다. |
| 염화칼 | Carl Roth | 6781.1 | |
| 디소듐 인산수소 이수화물 (Na2HPO4• 2H2O) | Carl Roth | 4984.1 | |
| 인산이수소칼륨 (KH2PO4) | Carl Roth | 3904.1 | |
| Tri sodium citrate dihydrate (C6H5Na3O7• 2H2O) | Carl Roth | 3580.1 | 주의 - 눈, 피부, 호흡기에 자극을 일으킬 수 있습니다. 이 물질의 독성 학적 특성은 완전히 조사되지 않았습니다. |
| 미네랄 오일 | Carl Roth | HP50.2 | |
| InSituPro-VSI | 인타비스 | www.intavis.de/products/automated-ish-and-ihc |
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