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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
장 림프구의 정량적 특성화에 대한 관심이 높아지고 있는데, 이는 이러한 세포가 다양한 장 및 전신 질환에서 중요한 역할을 한다는 인식이 높아짐에 따라 발생합니다. 이 프로토콜에서는 후속 유세포 분석 특성 분석을 위해 다른 소장 구획에서 단일 세포 집단을 분리하는 방법을 설명합니다.
창자 - 신체의 모든 장기의 면역 세포의 최대 개수를 포함 - 끊임없이 외래 항원, 미생물 및식이 모두 노출된다. 소장은 전신 질환의 숫자에 중요한 내에서 이러한 내강 항원이 면역 반응과 면역 세포의 교육을 형성하는 데 도움 것을 증가 이해 감안할 때, 장내 면역 체계의 특성에 대한 관심이 증가하고있다. 그러나, 많은 문서 프로토콜 힘들고 시간 소모적이다. 우리는 빠른 재현하고 힘든 퍼콜 구배를 필요로하지 않는 소형 장내 점막 고유 층, 상피내 층 및 파이어 패치에서 림프구 분리 여기 간단한 프로토콜을 제시한다. 프로토콜 소장에 초점을 맞추고 있지만, 또한 결장의 분석에 적합하다. 또한, 우리는 특정 과학 QUES에 따라 추가 최적화를해야 할 몇 가지 측면을 강조기. 이 방법은이어서 유세포 분석 또는 특성화의 대체 수단을 사용할 수 림프구 가능한 다수의 분리가 발생.
소장의 주요 작업은 종종 영양 (1)의 분해 흡수가되는 것으로 간주된다. 대사 기능이 명확 필수적이지만, 소장의 루멘 내에있는 환경이 항원의 연속 사격으로부터 숙주를 보호 동등하게 중요한 역할을한다. 장내 외부 세계를 분리 (예., 내강 항원) 단일 전지 층 두께 상피 층 호스트의 내부 환경에서. 이와 같이, 작은 창자의 면역 시스템은 침입 병원균에 대한 강력한 대응을 설치하는 동안 최소한의와 점막을 입력식이 요법과 공생 미생물에서 외국 항원을 수있는 경우, 면역 반응을 반응성에 대한 임계 값을 균형의 강력한 작업이 다른 "유해한"항원. 이러한 항원에 대한 과도하거나 부적절한 면역 반응은 (병리학 적 질환으로 이어질 수 있습니다 예를 들어,., inflamma토리 장 질환, I 형 당뇨병, 다발성 경화증)과 3-6을 피해야한다.
전반적으로, 위장관 모든 항체 - 분비 세포 (7)의 70 % 이상 함유, 신체에서 가장 큰 면역 기관을 나타낼 것으로 생각된다. 고유 판 (LP)에서, 상피내 층 및 파이어 패치 (PPS) - - 작은 장 면역 체계는 3 개 주요 구획으로 구성되어 각각이 림프구의 독특한 그룹을 포함하는 것이다. LP에서 림프구 (LPLS)은 ~ 20 %의 B 세포 주로 TCRαβ + T 세포이고; 상피내 림프구 (IELs)는 TCRαβ + T 세포보다 TCRγδ + T 세포와 B 극소수의 셀을 포함하고; 그리고 작은 창자 벽에 내장 된 차 림프 기관이다 보호 프로파일은 ~ 80 %의 B 세포가 포함되어 있습니다. 이러한 해부학 적 영역의 각이 약간 별개의 기능과 존재 론적 기반을 가지고 있지만, 그들은에서 작동 아armonized 패션 병원성 모욕에서 호스트를 보호 할 수 있습니다.
또한, 미생물은 특정 미생물, 특히 세포 계통 8,9의 개체 발생의 동족 관계의 인식이 증가함에 따라 장 면역계의 개발을위한 중요한 결정이라고 성장 하락이있다. 또한, 장 면역계의 교육 해부학 먼 부위에 대한 면역 반응에 영향을 미치는 것으로 특정 (예., 관절염, 다발성 경화증, 폐렴), 그 이전에 10 인식보다는 장 면역계의 개발은 더욱 질병 과정에 중요한 것으로 명백 해졌다 -12. 이와 같이 정량적으로 장내 면역 체계를 평가에 대한 관심이 지금 호스트 공생 상호 작용과 많은 전신 질환의 발병도를 포함하는 호스트 병원체 상호 작용 이상으로 확장했다.
현재 방법의 가변성을 감안장내 림프구 분리, 필요한 시간 밸런싱 점점 중요하면서 수율 가능성 및 일관성을 최적화하는 방법. 퍼콜 구배를 포함 프로토콜, 시간과 노동 집약적과 인간의 오류 가능성이 더 많은 경향이 변수 수율로 이어지는 13을 생존. 여기서, 우리는 3 작은 창자의 면역 구획에서 림프구의 분리 및 특성에 최적화 된 프로토콜을 제공합니다. 또한, 점막 면역 체계에서 미생물에 의한 변화에 주어진 관심이 높아지고, 우리는 이러한 변화가 정량적으로 장내 면역 체계에 미치는 영향을 평가하기 위해 마우스와 미생물의 수평 전송을 허용하는 데 사용할 수있는 단계를 포함한다.
모든 연구는 실험 동물 과학을위한 미국 협회 (AALAS)에 의해 설정된 수의 기준을 충족 하버드 의과 대학에서 기관 동물 관리 및 사용위원회 (IACUC)에 따라 엄격한 검토 및 지침에 따라 실시 하였다.
공동 주택을 통해 박테리아의 1 수평 전송 (옵션)
파이어 패치에서 단일 세포 현탁액 3. 준비
유동 세포 계측법 4. 표면 얼룩
비장 (도 1a 및도 1b)와 같은 유사한 순방향 및 측면 산란 특성을 갖는 세포 분리 집단을 수득한다 작은 창자 림프구의 단일 세포 현탁액의 세포 계측 분석을 흐른다. 조직은 분리의 초기 단계에서 4 ℃로 유지되지 않은 경우, 림프구는 하부 전방 산란을 갖는 다른 상피 죽은 세포로부터 분리하기 어렵 인 림프구 집단에서 얻어진 다이 시작할 수있다 (도 1C) . 작은 창자 조직이 완전히 장간막 지방 세정되지 않으면 또한 림프구 (도 1D)의 전체 손실이 사실상 존재한다. 이러한 기능은 신속 작동 방법 샘플의 품질을 보장하는 것이 필요하다 (장간막 지방에도 소량을 제거, 즉.) (예., 조직 워밍업 할 수 없음) 및 세부 사항에 주목 나타낸다. Typica에서야 베드로, 우리는 ~ 작은 창자 LPLS (그림 1E)에 대한 80 %의 생존율을 구하십시오.
도 2a는 미생물의 조성이 크게 특정 세포 집단의 수에 미치는 영향을 보여준다. 우리는 이전에 입증 된 바와 같이, 모든 미생물을 완전히 결여되어 무균 (GF) 마우스는, 특정 병원균이없는 (SPF) 쥐와 비교하여 현저 미숙 작은 장 면역 체계를 가지고, GF 마우스의 정착 작은 창자의 면역 시스템 (14)의 복원 정상적인 마우스 미생물 (MMB) 결과. 반면, 무균 마우스는 정상적인 인간 미생물 (HMB)를 숨겨 - 그 비슷한 번호와 MMB 마우스 등의 배설물 박테리아의 다양성이 - GF 마우스 (14)의 그것과 구별 할 수없는 작은 창자의 면역 체계를 가지고있다.
의 활용마우스의 coprophagic 특성상 공동 주택 마우스는 마우스와 같이 생물의 수평 전송을 허용하기위한 간단하지만 강력한 방법을 나타낸다. 이 방법은 하나가 미생물의 결과 변화가 작은 창자의 면역 체계에 영향을 미치는 여부를 테스트 할 수 있습니다. 예를 들어, 우리는 SI LP (도 2B) 14 CD3 + CD8 + T 세포의 숫자의 정규화 결과 MMB 4 주간 마우스를 해당 공동 주택 HMB 마우스를 보였다. 마우스 함께 공동 주택에 의해 극복되는 변화 -이 결과는도 2a에서 관찰 MMB과 HMB 마우스의 차이점이 마우스의 미생물의 변화에 기인 확인합니다.

. D. D - 그림 1. 소장 림프구는 FSC 및 비장 세포 A와 유사 SSC 특성을 가지고최적의 준비 비장 세포 (A)와 작은 창자 점막 고유 층 (SI LP) 세포 (- D B)에 대한 SSC와 FSC을 묘사 해주 플롯. B. Si를 LP 샘플 기재된 프로토콜에 따라 제조 하였다. C. 창자 조직 의도적 SI LP 세포 하부 FSC을 시작 함을 입증하기 위해 가온 하였다. D. 장간막 지방 뚜렷한 SI LP 림프구 집단의 손실의 결과로, 하나의 셀을 제조하기 전에 소장을 세척하지 않았다. E. 패널 B에 묘사 된 샘플을 고칠 가능성 염료와 단계 4.7에서 염색 (예., eFluor 780)를 제조업체의 지침에 따라. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

그림 2. 소형 intest의 미생물에 미치는 영향 성숙원고 판 면역 시스템. A. CD3 + CD8 + T 세포는 SPF, MMB, HMB 및 GF 마우스의 SI LP에 열거 하였다. B. HMB 마우스 공동 수납했다 전에 SI LP에서 CD3 + CD8 + T 세포를 열거 4 주간 마우스를 MMB. 공동 수납되지 않은 MMB 및 HMB 마우스 비교 분석 하였다. 각 데이터 포인트는 개별 마우스를 나타내며, 수평 바의 평균을 반영한다. NS, 중요하지; * P <0.05; **, P <0.01; ***, P <0.001. 수치는 재생-로하는 권한-에서 참조 (14), (B)의 약간의 수정과 함께 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.
이해 상충이 선언되지 않았습니다.
장 림프구의 정량적 특성화에 대한 관심이 높아지고 있는데, 이는 이러한 세포가 다양한 장 및 전신 질환에서 중요한 역할을 한다는 인식이 높아짐에 따라 발생합니다. 이 프로토콜에서는 후속 유세포 분석 특성 분석을 위해 다른 소장 구획에서 단일 세포 집단을 분리하는 방법을 설명합니다.
NKS는 NIH 상 K08 AI108690의 지원을 받습니다.
| 멸균 장갑 | Kimberly-Clark | 555092 | |
| 멸균 마우스 케이지 | Innovive | MS2-AD | 에는 뚜껑, 케이지 바닥 및 알파-드라이 침구가 포함되어 |
| 금속 피더 | Innovive | M-FEED | |
| 물병 | Innovive | M-WB-300 | |
| 카드 홀더 | Innovive | CRD-HLD-H | |
| 오토클레이브 설치류 차우 (NIH-31M) | Zeigler | 4131207530 | |
| RPMI 매체 1640 | Gibco | 11875-119 | |
| 디티 오 트레이톨 (DTT) | 시그마 | D5545-5G | |
| 0.5 M EDTA (pH 8.0) | Ambion | AM9262 | |
| 소 태아 혈청 (FBS) | GemBio | 100-510 | |
| Dispase II | Invitrogen | 17105-041 | 프로토콜의 농도는 1.878 U/mg |
| 콜라겐분해효소, 유형 II 의 | 활성 수준을 기반으로 합니다.Invitrogen | 17101-015 | 프로토콜의 농도는 245 U/mg의 활성 수준을 기반으로 합니다. |
| 부 가위 | Roboz | RS-5882 | |
| 수유 바늘(18G, 2인치 길이) | Roboz | FN-7905 | |
| 10ml 주사기 | BD | 305482 | |
| PBS | Gibco | 14190-250 | |
| 일회용 메스(15 블레이드) | Miltex | 4-415 | |
| 곡선 집게 | Roboz | RS-5211 | |
| 스트레이트 집게 | Roboz | RS-5132 | |
| 다목적 컵, 120ml | VWR | 89009-662 | |
| 교반 막대 | VWR | 58949-062 | |
| 다중 위치 교반 플레이트, 9 위치 | VWR | 12621-048 | |
| 스테인리스 스틸 원뿔형 스트레이너, 3인치 | RSVP | ||
| 1.5 ml 튜브 | Eppendorf | 0030 125.150 | |
| 100 μ m 세포 여과기 | 팔콘 | 08-771-19 | |
| 40 μ m 세포 여과기 | Falcon | 08-771-1 | |
| 50ml 원뿔형 튜브 | Falcon | 352098 | |
| 1ml 주사기 | BD | 309659 | |
| 96웰 플레이트, 둥근 바닥 | Corning | 3799 | |
| 안티 마우스 CD16/32(Fc 블록) | Biolegend | 101320 | |
| (옵션) 정착성 생존도 염료 eFluor 780 | eBiosciences | 65-0865-18 | |
| 10% 포르말린, 중성 완충 | Thermo Scientific | 5725 |