종양 조직에서 높은-품질 게놈 DNA를 얻는 유전 변경 다음 세대 시퀀싱을 사용 하 여 분석 하기 위한 필수적인 첫 번째 단계입니다. 이 문서에서는, 우리는 종양 세포를 풍부 하 게 하 고 그대로 DNA 터치에서 인쇄물 세포학 표본 하는 간단 하 고 빠른 방법을 제시.
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방법 논문
터치 인쇄물 세포학을 사용 하 여 병 적인 임상 표본에서 높은-품질 종양 DNA를 간단 하 고 빠른 방법
이 논문에서
요약
초록
그것은 관리와 암 환자에 대 한 특정 분자 표적된 약의 치료 전에 암에서 mutational 상태를 결정 하는 중요 한입니다. 임상 설정에서 포 르 말린 고정 파라핀 포함 (FFPE) 조직 유전자 테스트를 위한 널리 사용 됩니다. 그러나, FFPE DNA는 일반적으로 손상 되 고 포 르 말린으로 고정 과정 조각. 따라서, FFPE DNA는 때로는 낮은 품질 및 수량 DNA의 유전자 검사에 적합 하지. 여기 우리가 터치 인쇄물 세포학 (TIC), 암 세포에서 게놈 DNA를 현미경으로 관찰 될 수 있는 방법 제시. 셀 형태 및 암 세포 숫자는 TIC 견본을 사용 하 여 평가할 수 있습니다. 또한, TIC 샘플에서 게놈 DNA 추출 2 이내에 완료할 수 있습니다. 이 메서드를 사용 하 여 얻은 TIC DNA의 품질과 총 FFPE DNA 보다 높았다. 이 신속 하 고 간단한 방법 연구를 결과 보고에 대 한 처리 시간을 단축 하 고 유전자 검사 (예를 들어, 다음 세대 시퀀싱 분석, 디지털 PCR 및 양적 실시간 PCR)에 대 한 높은-품질 DNA를 수 있습니다.
서론
차세대 시퀀싱 기술 제공 하고있다 연구팀은 유전자 변형, Mendelian 질병, 유전 경향, 및 암 1,2,3 게놈 정보 분석에 중요 한 발전 . 암 게놈 아틀라스 (TCGA) 및 국제 암 게놈 컨소시엄 (ICGC) 유전 변경 일반적인 암4의 여러 종류의 식별을 추구 했습니다. 수백 개의 필수 암 드라이버 유전자 성공적으로 확인 되었습니다, 그리고 이러한 분자의 일부 약물 개발1,,56타겟이 되고있다.
임상 설정에서 FFPE 표본 병 적인 진단과 분자 암 등 각종 질병에 대 한 테스트를 위해 일반적으로 사용 됩니다. 그러나, 포 르 말린으로 고정 과정 DNA-단백질 또는 DNA-DNA cross-linking과 DNA 파편을 유도. 따라서, FFPE DNA 샘플 적합 하지 않습니다 항상 유전자 분석에 대 한 낮은 질 및 양의 DNA7
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프로토콜
1. TIC 대비 빠른 현미경 평가 일반 유리를 사용 하 여 슬라이드
- 임상 병리학 조직 재료 사용할 수 있는 후 최대한 빨리 TIC 준비를 수행 합니다. TIC 표본 즉시 준비 수 없습니다, 경우 멸 균 거 즈 염 습으로 덮여 조직 자료를 유지 하 고 조직의 건조를 방지 하기 위해 냉장고에 보관.
- 5mm3 조직 소재 고체 종양 (예를 들어, 간, 폐, 그리고 유 방 조직) 등 수술이 나 내 시경으로 얻은 임상을 준비 합니다.
- 부드럽게 살 균-거 즈로 생리 식 염 수와 코팅 조직 닦 고 조직 표면에 혈액의 많은 경우, 혈액을 제거.
- 생 검 자료 등 현미경 표본에 대 한 멸 균 거 즈 생리 식 염 수에 담가 적신 샘플 계속.
- 잘라 정상적인 조직 트리밍 칼으로 손질 하 고 종양 질량 전부 표시 되지 않는 경우 종양 병 변의 표면 노출.
- 여러 번 gloved 손 가진 정상적인 유리 슬라이드에 절제 표본의 종양 표면 터치. 시각적으로 확인 하는 감동된 지역 일반 유리 슬라이드의 80% 이상 이다.
- 가볍게 폴 리 에틸렌 naphthalate (펜) 막 슬라이드에 대 한 일반 유리 슬라이드를 누르고 gloved 손을 가진 2....
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결과
그림 1 에서 DNA 추출 TIC 표본을 준비 전체 프로세스를 보여 줍니다. 특히, 절차 TIC 샘플에서 게놈 DNA를만 2 일 걸립니다. 우리는 슬라이드 처리 하기 전에 종양 스토리지의 어떤 효과 평가합니다. 우리는 조직 표본을 즉시 슬라이드에 감동 했다 그리고 염 분 moistened 살 균-거 즈에 1 h (그림 2)에 대 한 조직을 유지 했다 종양 세포를 유리 슬라이드에 연결 된 발견. 그러나, 조직 실 온에서 보관 했다 때 종양 세포 했다 잘 연결 되지 슬라이드에. 준비 슬라이드 3 개월간 4 ° C에서 저장 될 수 있었다. 따라서, 그것은 건조 표본 수 있도록 중요 하지 않습니다.
우리는 우리의 방법의 유틸리티를 검사 하 고 표본 FFPE를 사용 .......
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토론
이 연구에서 우리는 콩을 사용 하 여 임상 병리학 표본에서 종양 DNA를 얻기 위해 다른 방법을 제시. TIC 준비는 매우 간단 하 고 특별 한 악기10에 대 한 요구 사항 없이 FFPE 방법에 비해 더 적은 시간이 필요. (그림 1) 2 이내 TIC 준비에서 DNA 추출에 모든 절차를 완료할 수 있습니다. 이 메서드는 따라서 유전자 검사를 수행 하기 위한 처리 시간이 줄어듭니다. 특히, 분자 분석에 필요한 일 수 단축에 상당한 이점을 제공 합니다. 이 짧은 처리 시간 즉시 분자로 대상된 약물을 필요로 하는 진보적인 암 환자에 대 한 적절 한 치료를 제공할 수 있습니다. 따라서이 방법은 종양에서 유전 변경의 분석 및 암 치료에 대 한 분자로 대상된 약물의 관리에 대 한 혜택을 제공합니다.
TIC DNA 유전자 분석에 대 한 사용의 성공에 대 한 몇 가지 핵심 포인트 들이 있다. 종양 .......
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공개 사항
저자는 공개 없다.
감사의 글
우리는 병원과 환자 들의 의료 및 보조 직원 참여 동의 감사. 우리는 가브리엘 화이트 울프,이 보고서의 초안을 편집 하기 위해 Edanz 그룹 (www.edanzediting.com/ac)에서 박사 학위를 감사 합니다. 이 연구는 야마나시 현 (Y.H. 고 지)에서 게놈 연구 프로젝트와 부여에서는 야스다 의료 재단 (Y.H.)는 특정에 의해 지원 되었다.
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참고문헌
- Vogelstein, B., Kinzler, K. W. The Path to Cancer - Three Strikes and You're Out. N Engl J Med. 373 (20), 1895-1898 (2015).
- Weinstein, J. N., et al. The cancer genome atlas pan-cancer analysis project. Nat. Genet. 45 (10), 1113-1120 (2013).
- Nagasaki, M., et al.
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