지침 및 경험을 사용 하 여 이미징 바이오 마커 익스플로러 (아이 벡 스) Radiomics에 대 한

Summary

우리 아이 벡 스, 의료 이미징 radiomics 연구, 그리고이 도구를 사용 하는 방법에 대 한 설계는 오픈 소스 도구를 설명 합니다. 또한, 불확실성 분석에 대 한 벡 스를 사용 하 고 건물 모델 일부 출판된 작품 전시 됩니다.

Abstract

바이오 마커 익스플로러 (아이 벡 스) 이미징 의료 이미징 radiomics 작업에 대 한 오픈 소스 도구입니다. 이 문서의 목적은 아이 벡 스의 그래픽 사용자 인터페이스 (GUI)를 사용 하 고 벡 스 기능 임상 연구에서 사용 된 계산 하는 방법을 설명 하는 방법을 설명 하는 것입니다. 아이 벡 스는 DICOM 방사선 치료 구조 파일 또는 피나 클 파일 DICOM 이미지의 가져오기에 대 한 수 있습니다. 이미지를 가져올 일단 아이 벡 스는 거리, 이미지 측정 복 값의 보기를 조작 하 고 작성 하 고 편집할 등고선 데이터 선택 GUI 내에서 도구가 있습니다. 아이 벡 스 27 전처리 및 132 기능 선택 기능 세트 디자인 함께 제공 됩니다. 각 전처리 및 기능 범주는 변경 될 수 있는 매개 변수가 있습니다. 아이 벡 스에서 출력은 포함 하는 스프레드시트: 각 데이터 집합에 윤곽선, 데이터 집합, 및 3)는 전처리의 요약에서 각 윤곽선에 대 한 2) 이미지 정보에 대 한 계산된 기능 및 그들의 선택과 함께 사용 하는 기능에서 1) 각 기능 매개 변수입니다. 아이 벡 스에서 계산 하는 기능 테스트 기능 다른 이미징 조건 하에서, 현재 임상 모델을 개선 하기 위해 생존 모델에서의 다양성을 연구에 사용 되었습니다.

Introduction

의학, 환자 질병 진단 일반적으로 엑스레이, 초음파, 컴퓨터 단층 촬영 (CT), 자기 공명 영상 (MRI)과 같은 진단 시험의 많은 수를 통합 하 고 양전자 방출 단층 촬영 (PET) 검사 결정에서 원조 하는 환자 치료의 과정입니다. 의사가이 이미지를 사용 하 여 질적으로 환자의 진단 평가 하는 동안 추가 양적 기능을 환자 치료 안내를 추출할 수 있을 수 있습니다. 근거는 이러한 기능 수 있습니다 나타내고 proteomic 거시적인 규모¹에 표현 하는 게놈 패턴입니다. 이 정량적 인 정보를 결합 하 여 현재 임상 정보, 예를 들면, 환자 인구, 더 개별된 환자 치료를 수 있습니다. 이것은 radiomics의 뒤에 이론: 복 수준에 이미지의 분석 기능. 특징 일반적으로 5 가지 주요 범주로을: 회색 레벨 동시 발생 매트릭스, 회색 레벨 실행된 길이 행렬, 이웃 강도 차이 매트릭스, 히스토그램, 및 모양.

이미징 바이오 마커 익스플로러 (아이 벡 스) radiomics 작업²에 대 한 오픈 소스 도구입니다. 그래픽 사용자 인터페이스 (GUI)는 암 치료에서 의사 결정을 지원 하기 위해 추출 및 정량 기능의 계산을 촉진의 목표와 MD 앤더슨 암 ....

Protocol

1. 아이 벡 스를 설치

참고: 설치 하려면 소스 코드 버전 1.1 단계로 이동. 또는, 설치를 독립 실행형 버전 1.2 단계로 이동 합니다.

1. 소스 코드 버전
   1. 아이 벡 스 소스 코드 버전 웹사이트³로 이동 합니다. "IBEX_Source.zip" 및 "How_to_use.pdf" 파일을 다운로드 합니다. 아이 벡 스의 최신 버전을 사용 하는 필수 구성 요소를 찾을 수 "How_to_use.pdf" 파일에서 찾습니다.
      참고: 32 비트 및 64 비트 Matlab 버전 에서만 작동 하는 아이 벡 스 2011a와 2014b, 각각.
   2. 다운로드가 완료 되 면 "IBEX_Source.zip" 압축 해제 하 고 \IBEX_Source 폴더의 로컬 경로를 추가.
      참고: 경로 추가 하는 방법에 대 한 지침 "경로 추가"²⁶소프트웨어 참조 페이지에서 찾을 수 있습니다.
   3. 아이 벡 스를 시작 하려면 명령 창에서 "IBEXMain"를 입력 합니다.
2. 독립 실행형 버전
   1. 아이 벡 ....

Results

아이 벡 스에서 출력은 스프레드시트 탭 3 건을 포함 된 ( 그림 4참조). "결과" 탭에(그림 4)데이터 집합에 있는 각 ROI의 기능 값을 포함 되어 있습니다. "데이터 정보." 탭 (그림 4B) 데이터 집합에 있는 각 ROI에서 가져온 이미지에 대 한 정보가 들어 있습니다. "기능 정보." 탭 기능 범주에 대 한 선택 매개 변수와 함께 사용 하는 기능의 포괄적인 목록을 포함 하 고는 전처리 기능 (그림 4C)의 해당 범주에 대 한 사용.

벡 스 계산 기능 의.......

Discussion

아이 벡 스는 의료 이미징 radiomics 연구를 위한 강력한 도구입니다. 그것은 지금까지 주로 사용 되었습니다 MD 앤더슨 radiomics 그룹에 의해 실시 하는 연구에서 방사선 종양학 목적. 아이 벡 스 ROIs의 조작 및 기능 5 주요 기능 범주 내에서 계산에 대 한 수 있습니다. 아이 벡 스의 소스 코드 버전에 포함 되지 않은 이미 아이 벡 스의 회색 레벨 영역 매트릭스 기능 같은 디자인 응용 프로그램 사용자 수 있습니다.

아이 벡 스에 관련 된 주요 단계는는 이미지의 가져오기, ROIs의 컨투어링, ROIs 데이터 집합의 선택과 기능 집합이 있습니다. 정확한 윤곽선은 필요한 기능만이 분야 내에서 계산 되 고 따라서 부정확 한 윤곽 부정확 한 기능 값을 제공할 것입니다. 따라서, 이러한 기능 사이 발견 하는 어떤 관계 든 지 부정확 한 윤곽에 계산 하 고 결과 가짜 될 것입니다. 매개 변수 선택 기능에 대 한 중요 한 단계 이기도합니다. 예를 들어 회색 레벨 동시 발생.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
엑셀	Microsoft Office		모든 버전의 Excel이 작동해야 합니다.
Matlab	MathWorks		는 32비트 Matlab 2011a 또는 64비트 Matlab 2014b에서만 IBEX를 사용합니다.