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방법 논문

CRISPR 중재 손실 함수 분석 소 뇌과 립 세포를 사용 하 여 Utero에서 Electroporation 기반 유전자 이동

9.5K 조회수

DOI:

10.3791/57311

2018년 6월 9일

* These authors contributed equally

이 논문에서

요약

녹아웃 동물을 사용 하 여 유전자의 손실의 기능 연구를 기존의 자주 비용과 시간이 많이 소요 되었습니다. CRISPR 중재 체세포 mutagenesis Electroporation 기반 유전자에 vivo기능을 이해 하는 강력한 도구입니다. 여기, 우리는 소 뇌의 세포 증식에 녹아웃 고기를 분석 하는 방법을 보고 합니다.

초록

뇌 기형은 유전자 변이 의해 발생 합니다. 환자 유래 조직에 돌연변이 해독 하는 것은 질병의 잠재적인 원인이 되는 요인을 확인 했다. 질병 발전에 돌연변이 유전자의 기능 장애의 기여의 유효성을 검사 하는 돌연변이 운반 하는 동물 모델의 생성 한 명백한 접근 이다. 생식 유전자 조작 마우스 모델 (GEMMs)는 인기 생물 학적 도구 및 재현성 결과 전시, 시간 및 비용에 의해 제한 된다. 한편, 비 생식 GEMMs 종종 더 실현 가능한 방식으로 탐험 유전자 함수를 사용합니다. 이후 일부 뇌 질환 (, 뇌종양) 체세포에서 발생할 나타나지만 하지 생식 돌연변이, 비 생식 공상 마우스 모델, 정상 및 비정상 세포가 공존, 질병 관련 분석에 대 한 도움이 될 수 있습니다. 이 연구에서 우리는 소 뇌에 체세포 돌연변이 CRISPR 중재의 유도 하는 방법을 보고합니다. 특히, 우리는 조건부 노크에 마우스는 Cas9 그리고 GFP 는 만성 활성화 CAG (CMV 증강/치킨 ß-말라) 발기인 Cre후 활용-중재 하는 게놈의 재결합. 자체 디자인된 단일-가이드 RNAs (sgRNAs)와 모두 단일 플라스 미드 구문에서 인코딩된 Cre recombinase 시퀀스, electroporation utero에서 를 사용 하 여 배아 단계에서 소 뇌 줄기/시 조 세포로 전달 되었다. 따라서, transfected 세포와 딸 세포 그들의 phenotypic 분석 더 촉진 녹색 형광 단백질 (GFP)으로 표시 했다. 따라서,이 방법은 뿐만 아니라 보여주는 electroporation 기반 유전자 배아 소 뇌 세포로 전달 하지만 CRISPR 중재 기능 손실 고기를 평가 하는 새로운 양적 접근 방식을 제안.

서론

뇌 질환 가장 무서운 인간의 질병 중 하나입니다. 그들은 유전자 변이 후속 dysregulation에서 수시로 유래한 다. 뇌 질환의 분자 메커니즘을 이해 하기 인간의 환자의 게놈 해독 영원한 노력 잠재적인 원인이 유전자의 수를 발견 했습니다. 지금까지 생식 유전자 조작 동물 모델 vivo에서 이득-의-(GOF) 기능과 같은 후보 유전자의 기능 손실 (LOF) 분석에 대 한 이용 되어 있다. 기능 유효성 검사 연구의 가속된 발달 때문에 더 가능 하 고 유연한 vivo에서 유전자 분석 결과 대 한 시스템 유전자 기능을 공부 하 고 바람직합니다.

개발 쥐의 뇌에는 vivo에서 유전자 electroporation 기반 전송 시스템의 응용 프로그램은이 목적에 적합 합니다. 사실, electroporation utero에서 를 사용 하 여 여러 연구 개발 두뇌1,2,3기능 분석을 그들의 잠재력을 보여왔다. 사실, 마우스 뇌의 대뇌 피 질4, 망막5<....

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프로토콜

모든 동물 실험 동물 복지 규정에 따라 실시 했다 고 책임 있는 권위에 의해 승인 되었습니다 (Regierungspräsidium Karlsruhe, 승인 번호: G90/13, G176/13, G32/14, G48/14, 및 G133/14).

1. pU6-sgRNA-Cbh-Cre 플라스 미드를 생성

  1. 대상 유전자-의-관심을14이전 게시 된 프로토콜 따라 sgRNA 디자인.
    참고:이 실험에서 두 개의 sgRNAs 설계 되었습니다 마우스 Top2b 유전자 및 비 대상 컨트롤 sgRNA (표 1). 녹아웃 gene(s) CRISPR 기술을 사용 하 여, sgRNAs 5' 영역의 코딩 순서 또는 단백질의 필수 기능 도메인을 대상으로 설계 해야 합니다. 하나의 편리한 시작 지점 도마뱀 v 2 마우스 녹아웃 풀 라이브러리15 장 실험실에서 같은 공개적으로 사용할 수 있는 미리 디자인 된 sgRNA 시퀀스를 테스트 하는. 또는, sgRNAs 디자인 될 수 있다 다음 웹 사이트와 같은 공용 사용 가능한 소프트웨어를 사용 하 여: crispr.mit.edu.
  2. PU6-sgRNA-Cbh-Cre....

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결과

Vivo에서 기능 분석을 위해 그것이는 외 인 gene(s) 도입 되었습니다 셀을 식별 하 중요 합니다. 표시자의 표현, 하는 동안과 같은 비 증식 세포에 GFP 수 수-를 오랜 기간에 대 한 신호 되 면 순차적으로 잃었다 확산 셀에. 이 효과의 삽화는 그림 1에서 보여 줍니다. LOF 분석에서 transfected 세포의 발자국을 잃고 회피, 우리는 CRISPR/Cas9 기술로 electroporation 기반 유전자 납품을 결합 하 여 새로운 접근 방식을 개발 했다.

대표 결과 그림 2에 표시 됩니다. PU6-sgTop2b-Cbh-Cre의 과도 transfection으로 플라스 미드 구조물의 기능을 테스트 및 pCAG-예-Top2b-FP<.......

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토론

엑 소 utero electroporation 사용 하 여, 우리는 이전 비보에 siRNA 기반 기능 분석 Atoh1의 소 뇌과 립의 초기 단계에서 세포 감 별 법8보고 했습니다. SiRNA 희석/저하 및 배아 자 궁 벽 외부의 노출, phenotypic 분석 electroporated과 립 세포의 배아 단계에 국한 되었다. 그러나, 현재 메서드는 출생 후 동물의 표현 형의 분석을 사용할 수 있습니다.

우리의 이전 연구 성공적으로 유도 electroporation medulloblastoma2 utero에 통해 종양 억제기 Ptch1 의 Cas9 중재 녹아웃 그 증명. 비교에서는, 현재 접근 전시 하는 두 가지 주요 이점이: 1) Cas9 필요가 없습니다 플라스 미드, 전달 될 여러 유전자 대신; 단일 플라스 미드에 여러 sgRNA.......

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공개 사항

저자는 공개 없다.

감사의 글

우리 기술 지원에 대 한로 라 Sieber, 애 나 Neuerburg, 야신 하림, 그리고 페트라 Schroeter 주셔서 감사합니다. 우리 또한 DKFZ; 동물 실험에 대 한 유용한 지원 박사 K. Reifenberg, K. 델, P. Prückl 감사 합니다. 이미징 핵심 시설은 DKFZ와 칼 Zeiss 이미징 센터는 DKFZ에 confocal 현미경 이미징. 이 작품은 도이치 가운데, 카 4472/1-1 (대표이사)에 의해 지원 되었다.

....

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재료

이 논문에 사용된 재료 목록
이름회사카탈로그 번호댓글
Alexa 488 염소 안티 닭ThermoFisherA110391:400 희석
Alexa 568 당나귀 안티 마우스라이프 테크놀로지A-100371:400 희석
Alexa 594 당나귀 안티 토끼ThermoFisherA212071:400 희석
Alexa 647 당나귀 안티 토끼라이프 테크놀로지A315731:400 희석
알칼리 Phosphatase (FastAP)ThermoFisherEF0654
오토클레이브 밴드Kisker Biotech150262
BamHI (HF)NEBR3136S
BbsI (FastDigest)ThermoFisherFD1014
셀룰로오스 여과지 (Whatman)Sigma-AldrichWHA10347525
ClothTork530378
컨포칼 레이저 스캐닝 현미경ZeissLSM800
D-Luciferinbiovision7903-1
DAPISigma-AldrichD95421:1000 희석
일회용 플라스틱 금형(Tissue-Tek Cyromold)VWR4566
DMEM GlutamaxThermoFisher31966047
당나귀 혈청Sigma-AldrichD9663
EcoRI (HF)NEBR3101S
일렉트로 스퀘어 포레이터BTXECM830
엔도프리 맥시 키트Qiagen12362
에탄올머크107017
아이 연고 (Bepanthen)바이엘81552983
패스트 그린머크104022
FBSThermoFisher10270-016
필터 (0.22 &마이크로; m)MerckF8148
형광 세포 이미저(ZOE)Biorad1450031
집게 스트레이트파인 사이언스 도구91150-20
거즈(X100 ES 패드 8f 10 x 10 cm)Fisher Scientific15387311
GFP 항체Abcamab139701:1000 희석
Gibson Assembly Master MixNEBE2611S
필라멘트가 있는 유리 모세관NarishigeGD1-2
가열 패드ThermoLux463265 / -67
이미지 처리 소프트웨어(ImageJ 및 피지)NIH-
인슐린 주사기(B. Braun OMNICAN U-100)Carl RothAKP0.1
IofluraneZoetisTU061219
IVIS Lumina LT 시리즈 III 캘리퍼스Perkin ElmerCLS136331
Kalt 봉합사 바늘미세 과학 도구12050-02
KAPA HIFI HOTSTART READY 믹스Kapa BiosystemsKK2601
Ki67 항체Abcamab155801:500 희석
라이트 포인터PhotonicPL3000
액체 차단제 펜Kisker 생명공학MKP-1
메타미졸WDT-
마이크로그라인더나리시게EG-45
마이크로인젝터나리시게IM300
마이크로피펫 풀러셔터 기기 주식회사P-97
현미경 소프트웨어 ZENZeiss-Non-sterile
Silk Suture Thread (0.12 mm)Fine Science Tools18020-50
O.C.T. Compound (Tissue-Tek)VWR4583
p27 antibodyBD bioscience6102411:200 dilution
ParaformaldehydeRoth335.3
PBS ( 1x)Life Technologies14190169
pCAG-EGxxFPAddgene50716
폴리에틸레민시그마-알드리치408727
pX330 플라스미드Addgene42230
QIAprep Spin Miniprep KitQiagen27104
QIAquick Gel Extraction KitQiagen28704
퀵 라이게이션 키트NEBM2200S
링 집게Fine Science Tools11103-09
슬라이드 (SuperFrost)ThermoFisher10417002
소프트웨어 (Prism 7)GraphPad Software,Inc-Spitacid
EcoLab3003840
실체 현미경NikonC-PS
설탕시그마-알드리치S5016
수술용 가위Fine Science Tools91460-11
끝이 뭉툭한 수술용 가위Fine Science Tools14072-10
봉합사(Supramid schwarz DS 16, 1.5 (4/0))SMI220340
T4 DNA 결찰 버퍼NEBB0202S
T4 PNKNEBM0201S
티슈 가위 블런트 (11.5 cm)Fine Science Tools14072-10
TOP2B 항체Santa Cruzsc130591:200 희석
트립신 (2.5 %)ThermoFisher15090046
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VaporizerDrä 거베르크 AGGS186
스 스 생물 통계학용

참고문헌

  1. Mikuni, T., Nishiyama, J., Sun, Y., Kamasawa, N., Yasuda, R. High-Throughput, High-Resolution Mapping of Protein Localization in Mammalian Brain by In Vivo Genome Editing. Cell. 165 (7), 1803-1817 (2016).
  2. Zuckermann, M., Hovestadt, V., Knobbe-Thomsen, C. B., Zapatka, M., Northcott, P. A., Schramm, K., et al.

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