Method Article

멀티플렉스 인공 세포 MicroEnvironment 배열의 제작

DOI:

10.3791/57377

⸱

September 7th, 2018

 ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Institute for Integrated Cell-Material Sciences (WPI-iCeMS), Kyoto University, 2Department of Life Science and Technology, School of Life Science and Technology, Tokyo Institute of Technology, 3Biomaterials Center for Regenerative Medical Engineering, Foundation for Advancement of International Science, 4Faculty of Science and Natural Resources, Universiti Malaysia Sabah, 5Institute for Chemical Research, Kyoto University, 6Ecole Normale Supérieure

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

이 문서에서는 물리와 화학의 높은 처리량 조작 신호 세포 microenvironments vivo에서 흉내 낸 고을 다중화 인공 세포 MicroEnvironment (MACME) 배열 준비 하 상세한 방법론 단일 셀 프로 파일링 인간 만능 줄기 세포 (hPSCs)를 위한 최적의 휴대폰 환경을 식별 합니다.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

단서, 성장 인자, 세포 외 매트릭스, 세포 상호 작용 등의 다양 한 세포 microenvironments에 의하여 이루어져 있다. 이러한 신호 잘 조율 된 그리고 생활 시스템에서 세포 기능 조절에 중요 한. 연구자의 숫자는 환경 요인과 원하는 세포 기능 간의 상관 관계를 조사 하려고 했습니다, 많은 알 수 없는 남아 있다. 이것은 같은 환경 신호에 vitro에, 모방 하 고 셀에 다른 환경 신호를 테스트 하는 동시에 적절 한 방법론의 부족 때문에 크게 이다. 여기, 우리는 미세 채널 및 높은 콘텐츠 단일 셀 분석, 줄기 세포 고기 다른 환경 요인에 의해 변경 될 검사를 다음 nanofiber 배열의 통합된 플랫폼을 보고 합니다. 설명 하기 위해이 플랫폼의 응용 프로그램,이 연구는 인간 만능 줄기 세포 (hPSCs) 자기 갱신의 고기에 집중 한다. 여기, 우리 다중화 인공 세포 MicroEnvironment (MACME) 배열의 제작에 nanofiber 배열 및 미세 구조에 대 한 준비 절차를 제시. 또한, 프로 파일링, 여러 형광 마커, 여러 형광 이미징, 그리고 통계 분석, 얼룩 셀 단일 셀의 전체 단계 설명 합니다.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

인간 만능 줄기 세포 (hPSCs)1,2 자체 unlimitedly 확장 한다 갱신 하 고 신약 개발, 세포 기반 치료, 조직 공학 및 재생 의학 혁명을 수 있는 다양 한 조직 혈통으로 차별화 3 , 4 , 5 , 그러나 6. 일반 문화 요리와 결정 판,, 세포 확장을 위한 중요 한 요소는 정확한 물리적, 화학적 셀 조작 범위의 나노를 마이크로-미터, 세포 수준에서 사용 하도록 설계 되지 않았습니다 셀프-갱신, 그리고 감 별 법입니다. 이 단점을 해결 하기 위해 연구 세포 운명 결정 및 셀 기능4규제에 세포 microenvironments의 역할 조사 했습니다. 최근 몇 년 동안, 연구의 증가7,8 체 외에서세포 microenvironments를 재구성 하기 위해 실시 되었습니다. 나노 및 마이크로 제작 공정 화학9,10,,1112,13의 조작을 통해 이러한 microenvironments 설립 14,15,,1617 및 실제18,,1920 환경 신호. 지금까지 세포 운명 결정 및 단일 플랫폼 내에서 기능에 화학적 및 물리적 환경 단서의 기본 메커니즘을 체계적으로 조사를 보고 했다.

여기에 심플한 디자인 원칙 강력한 심사 플랫폼 (그림 1)을 설정 하는 전략을 소개 합니다. 우리가 nanofiber 배열 및 미세 구조를 사용 하 여 다재 다능 한, 인공 세포 microenvironments를 만들기 위한 통합된 플랫폼의 개발 절차를 설명 하는 첫째,: 더 다중화 인공 세포 MicroEnvironment (MACME) 배열 (그림 1A 그리고 2A). Nanofiber 배열 nanofiber 재료와 밀도의 다양 한 조합에서 12 다른 microenvironments를 있다. 전기 조작 nanofibers 하 사용 되었다. 폴리스 티 렌 (PS)21,22, polymethylglutarimide (PMGI) 젤라틴 (GT)23, 같은 nanofiber 재료 세포 접착 및 pluripotency ( 의 유지 보수에 영향을 미칠 수 있습니다 그들의 화학 재산을 테스트 하도록 설계 되었습니다. 그림 2B). Nanofiber 밀도 했다 전기 시간을 변경 하 여 다양 하 고 생성 된 nanofibers 그들의 밀도 따라 정의 된 (DNF, d = XLow/낮은/중간/높은). 미세 구조입니다 (PDMS) 48 세포 배양 챔버, 96-잘 microplate의 표준 치수에 따라 배치 될 수 있습니다 있는 은닉의 구성 됩니다. PDMS는 일반적으로 미세 장치24를 조작 하는 데 사용 하는 생체 및 가스 교환 중합체 이다. 각 미세 채널 설계 되었습니다 700 µ m 폭 및 8.4 m m 길고 가장자리 (표 1)에서 2 개의 후미를 했다. 약 실 다른 고소 했다 (250, 500 및 1000 µ m)에서 초기 셀 시드 밀도 (0.3, 0.6, 1.2 × 105 셀/cm2), 생존, 확산, 그리고 hPSCs25의 연관 시킬 수 있는 조작 (그림 2C). 챔버로 시드 셀 수 챔버 바닥 위에 열 밀도에 비례 이며 따라서 밀도 시드 초기 셀 문화 실로 서로 다른 높이와 동일한 세포 현 탁 액을 도입 하 여 통제 되었다. 모든 채널 ≥ 250 µ m 높이26 셀에 낮은 산소 긴장27 및 전단 응력28 의 효과 최소화 하기 위해 되도록 설계 되었습니다. 250, 500 및 1000 µ m의 채널 높이 여기 약식 x XCD = 낮음, 중간, 그리고 높은, 각각. 고유한 nanofiber 밀도와 초기 셀 시드 밀도 환경 "Material_NF density_Cell 밀도"로 단축 되었다 (예를 들어, GT_HighNF_HighCD: 고밀도 GT nanofibers 및 높은 초기 셀 시드 특징 환경 밀도)입니다.

그 후, 우리는 단일 셀 셀 동작 환경 요인 (그림 1B)에 대 한 응답을 체계적으로 조사 분석을 수행 하는 방법을 설명 합니다. 의 증거-개념, 우리 식별 hPSC 자체 재생을 위한 최적의 세포 환경 hPSC 유지 보수 (그림 1B)29에 대 한 주요 기능입니다. 이미지 기반 cytometry, 통계 분석, 이어서 세포 환경 개별 세포 phenotypic 응답의 정량적 해석 할 수 있습니다. 다양 한 세포 기능 가운데이 종이 hPSC 자기 갱신을 유지 하기 위한 최적의 조건을 식별 하는 자세한 절차를 제공 합니다.

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Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1입니다. MACME 배열의 제작

참고: 모든 재료와 장비 자료 테이블에 나열 됩니다.

  1. 마스크의 nanofiber 배열 및 미세 구조에 대 한 금형에 대 한 준비
    1. Nanofiber 배열 및 3D 컴퓨터 그래픽 소프트웨어 패키지 (표 1)를 사용 하 여 미세 구조에 대 한 금형에 사용 되는 마스크의 3 차원 (3D) 이미지를 만듭니다.
      참고: 3D 이미지는 읽었고 3D 프린터에서 인쇄. 인쇄 마스크와 금형 단계 1.1.1에서 그래픽 소프트웨어를 사용 하 여 정의 하는 3 차원 이미지와 같은 크기 있다.
    2. 인쇄 마스크와 3 차원 프린터를 사용 하 여 이러한 설계에 따라 금형.
      참고: 이 프로토콜에서 UV 경화 수 지와 잉크 제트 같은 3D 프린터 사용된30이었다. 그러나 프린터 해상도 635 × 400 dpi 및 15 µ m x, Y 및 Z, 각각,, 실제 X Y 해상도 약 4 배 낮 았다.
  2. Nanofiber 배열 준비 (그림 3A)
    1. 전기에 대 한 폴리머 솔루션을 준비 합니다.
      1. 9% (w/v)22tetrahydrofuran 13 %PMGI 액체를 희석.
      2. PS의 0.08 g을 분해 (수 평균 분자량 (Mn): 130000) THF:dimethylformamide (볼륨 1:1 비율)21, 마지막 1 mL (8% (w/v) PS 솔루션)까지 볼륨을가지고 THF:dimethylformamide를 추가 하 고.
      3. 분해 물에 GT의 0.1 g: 아세트산 산: 에틸 아세테이트 (1:1.6:2.1 볼륨 비율), 그리고 물을 추가: 아세트산 산: 에틸 아세테이트로 최종 1 mL (10% (w/v) GT 솔루션)까지 볼륨을가지고 설명23,31.
    2. 마 그 네트 론 스퍼터 링 기계를 사용 하 여, 폴리스 티 렌 (PS) baseplate (127.7 × 85.5 m m), 전기 설치에 음극 역할에 5 nm 두께 가진 백 금 박막을 예금.
    3. 5 mL 주사기 23 G 스테인리스 스틸 무딘 바늘으로 장착으로 각 폴리머 솔루션을 로드 합니다.
    4. 장소와 앵커 전기 소자의 컬렉터를 제외 하 고 12 cm 주사기 펌프에 바늘 주사기.
    5. 높은 전압 전원 공급 장치에 주사기 바늘을 연결 하 고 11에 적용할 설정 kV.
    6. 0.2 mL/h의 양수 속도 설정 합니다.
    7. 30 ° C와 < 30% (v/v)에서 온도 습도 유지.
    8. 준비 단계 1.2.2 baseplate에 마스크를 넣어.
    9. 전기 시간을 변경 하 여 고유한 밀도와 마스크의 구멍을 통해 baseplate에 nanofibers 조작 (예를 들어, 20, 60, 90, 및 180 s).
    10. baseplate에서 마스크를 제거 합니다.
      참고. 에탄올을 벗 겨 내는 마스크와 함께 GT nanofibers 피하기 위해 마스크를 제거 하기 전에 electrospun GT nanofibers에 살포 될 수 있다.
    11. 단계 1.2.4-1.2.10 nanofiber 배열 제작 완료 될 때까지 반복 합니다.
    12. 나머지 용 매 증발에 16 h 25 ° C에서 desiccator nanofiber 배열 장소.
    13. 0.2 M 1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl) carbodiimide 염 산 염 (EDC)와 0.2 M N-hydroxysuccinimide (NHS) 25 ° C 4 h23에서 에탄올에 Crosslink GT nanofibers.
    14. 16 h 25 ° C에서 99.5% (v/v) 에탄올 및 진공 건조로 두 번 GT nanofibers 린스.
  3. 미세 구조의 제작 (그림 3B)
    1. 에이전트 및 PDMS 자료의 20 g 치료 PDMS의 2 세대 혼합 (1시 10분 무게 비율; Pre-PDMS). 24
    2. 1.2 단계에서 조작 하는 금형에 사전 PDMS 혼합물을 붓는 다.
    3. 탈 가스에서 30 분 동안 desiccator 사전 PDMS 혼합물.
    4. 16 h 65 ° C에서 오븐에 사전 PDMS 혼합물을 치료.
  4. 어셈블리의 MACME 배열 (그림 3B)
    1. 1.3.4 형에서와 70% (v/v) 에탄올과 깨끗 한 단계에서 치료 PDMS 구조를 벗기십시오.
    2. PDMS 구조32의 하단 측면에 대기 코로나 방전 처리 합니다.
      참고: 이 프로토콜에서 코로나는 3 또는 4 번 "핸디" 코로나 방전 장치 층의 전체 표면에 출력 된다. 산소 플라즈마 처리 표면 접착 력 변경 대기 코로나 방전으로 대체 되었다.
    3. Nanofiber 배열 된 PDMS 구조를 신속 하 게 조립.
    4. 오븐-구워 65 ° C에서 2 일 동안.

2. MACME 배열에 hESCs 로드

  1. H9 인간 배아 줄기 세포 (hESCs)의 일상 문화에 대 한 셀 이종 무료 화학적 hPSC 유지 보수33 10 µ M Y-27632 바위 억제제34 (hPSC 매체 라는) 35 m m 세포 배양에서 보충에 대 한 문화 매체를 정의 하는 것을 유지합니다 지하실 막 젤 매트릭스 (MG)으로 요리.
  2. 통로 세포 재조합 트립 신 같은 효소를 사용 하 여 4 ~ 7 일 마다.
  3. 10 분 동안 챔버로 로드 하 여 99.5% 에탄올, MACME 배열을 소독 한 다음 에탄올을 제거. 3 번이이 단계를 반복 합니다.
  4. MG, 10 µ g/mL vitronectin (VN)의 12 µ L를 소개 하 고 컨트롤에 0.1% (w/v) GT 문화 실, 고 실 챔버 표면에 코트를 1 시간 동안 37 ° C에서 품 어.
    참고: 이 프로토콜에 MG, VN, 그리고 GT는 세포 접착 및 문화에 대 한 참조 단백질으로 선정 됐다. MG와 VN 표준 셀 문화 매트릭스 hPSC 자체-갱신 유지에 사용 되는, 때문에 그들은 긍정적인 컨트롤;로 사용 됩니다. 2 차원 GT 코팅 (2DGT) 또는 비 코팅 (NC)는 부정적인 컨트롤으로 사용 되었다.
  5. MACME 배열의 모든 챔버에 미리 데워 진된 hPSC 매체를 소개 합니다. 37 ° c.에 30 분 동안 챔버를 품 어
  6. 씻어 H9 hESC DPBS, 35 mm 접시에 배양 접시에 재조합 트립 신 같은 효소의 0.5 mL을 추가 하 고 1 분 동안 37 ° C에서 품 어 신중 하 게 발음만 supernatants 효소와 혼합.
    참고: 포부 단계에서 세포를 분리 하는 되지.
  7. 부드럽게 반복적으로 세포 분열을 15 mL 원뿔 튜브를 분리 된 세포를 전송 접시 표면에 대 한 매체를 분배, 즉시 hPSC 매체를 추가 합니다.
  8. 200 x g 3 분 Aspirate는 상쾌한에 centrifuge 고 미리 데워 진된 hPSC 매체에 셀 중단.
  9. 각 미세 챔버에 세포 현 탁 액 (1.2 × 106 셀/mL)의 12 µ L를 소개 합니다.
    참고: micropipette를 사용 하 여 다른 한 챔버에 세포를 소개 합니다. 셀 챔버에 시드 수 챔버 바닥 위에 열 밀도에 비례 이기 때문에 불구 하 고 동일한 세포 현 탁 액에서 샘플 사용 되었다 초기 셀 시드 밀도 제어할 수 수 있습니다. 부드럽게 이루어집니다 pipetting 확인 합니다. 목화로 만들어진 지팡이 사용 하 여 로드 후 약 실에서 초과 매체를 제거 합니다. MACME 배열이 일반적으로 사용 되는 실험실 펫와 자동된 피 펫 시스템, 그리고 그것은 어떤 특별 한 장비가 필요 하지 않습니다.
  10. 변경 hPSC 매체 마다 12 h와 문화 4 일.
    참고: 매체의 지속적인 볼륨 (1.6, 3.2, 그리고 6.4 µ L) 다른 크기의 챔버를 사용 하 여 유지 된다. 문화 세포 세포 배양 매체35,36의 교환 제외한 전단 응력을 최소화 하기 위해 정적 조건 하에서.

3. 양적 단일 셀 프로 파일링

  1. 접시에 형광 세포 염색
    참고:     hPSCs 자기 갱신의 phenotypic 변화를 분석,이 프로토콜 선택이 프로토콜에 대 한 세 가지 주요 phenotypic 마커: OCT4, deoxyuridine (듀),-5-ethynyl-2'와 Annexin V pluripotency, 확산, 및 apoptosis의 상태를 측정 하 각각 (그림 2b). 4', 6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) 세포 핵을 식별 하는 데 사용 됩니다. OCT4는 pluripotency의 중요 한 녹음 방송 요인 중 하나입니다.
    1. 30 분 동안 37 ° C에서 10 µ M 듀 alkyne 보충 hPSC 매체에 MACME 배열에서 H9 hESCs를 품 어.
    2. 씻은 후 annexin 바인딩 버퍼 (10 mM HEPES (pH 7.4), 140 m NaCl, 2.5 m CaCl2m m), 셀 한 오렌지 형광 염료 Annexin V 공액 20 ° c에서 15 분을 얼룩.
    3. 15 분 동안 20 ° C에서 4% (v/v) paraformaldehyde와 PBS에서 셀을 수정 하 고 PBS 가진 셀을 두 번 씻어.
    4. 0.3% (v/v) 트라이 톤 X-100 16 h 20 ° C에서 PBS를 사용 하 여 셀 permeabilize
      참고: Paraformaldehyde 플라스틱 베이스 플레이트 및 PDMS 미세 구조 사이의 유대를 약화. 따라서, 단계 3.2.1에서 배열에서 PDMS 층의 초연 직후에이 단계도 수행할 수 있습니다.
    5. 30 분 동안 20 ° C에서 빨간색 형광 염료 아 지 드와 트리 기반 반응 버퍼에 세포를 품 어.
    6. 셀 16 h 4 ° C에서 블로킹 버퍼 (PBS 5% (v/v) 정상 염소 혈 청, 혈 청 5% (v/v) 정상 당나귀, 3% (w/v) 소 혈 청 알 부 민, 0.1% (v/v) 트윈-20, 그리고 0.1% (w/v) N-라우릴-β-D-maltoside)에 품 어.
    7. 0.5% (v/v) 트라이 톤 X-100 솔루션 PBS에 인간의 OCT3/4 항 체 (마우스 IgG) 16 h 4 ° C에서 품 어.
    8. 60 분 동안 37 ° C에서 녹색 형광 염료 라는 당나귀 안티 마우스 IgG (H + L) 블로킹 버퍼에서 품 어.
    9. 30 분 동안 20 ° C에 DAPI와 PBS에서 품 어.
    10. PBS에 PBS DAPI 바꿉니다.
    11. 이미지 수집까지 4 ° C에서 MACME 배열을 유지 합니다.
  2. 수집 이미지 (그림 4)
    1. MACME 배열에서 PDMS 미세 구조를 벗기십시오.
    2. MACME 배열에서 잔여 PBS를 제거 하 고 세포를 PBS에서 90%(v/v) 글리세롤 적용 스테인드 셀 coverslips 장소.
    3. 거꾸로 거꾸로 형광 현미경의 스테이지에 접시를 설정 합니다.
    4. 모든 자동화 된 구성 요소 (무대, 필터, 셔터, 및 초점 시스템) 현미경 이미징 소프트웨어에 의해 통제 되었다를 사용 하 여 자동으로 12-비트 컬러 이미지를 취득 합니다.
      참고. 이 프로토콜에서 노출 시간 최대 강도 값 근처에 도달 하도록 조정 됩니다 (높은 픽셀 강도: 4096), 각 이미지, DAPI, OCT4, Annexin V와 듀 채도 없음 하지만.
  3. 컴퓨터 기반 영상 처리 및 형광 신호 정량화 (그림 5)
    참고:     다음 셀 이미지 분석37앞에서 설명한 방법 따라 수행 됩니다.
    1. 컬러 이미지를 회색조로 변환 합니다.
    2. 오쓰 방법으로 각 DAPI 이미지에 대 한 단일 임계값 값을 계산 하 고 임계값을 전경으로 하 고 아래 픽셀 분류 배경으로. 전경색 값 DAPI의 형광 강도에 해당 함을 확인 하십시오.
      참고: 5 단계;를 포함 하는 이미지 분석 프로세스 DAPI에서 기본 개체의 식별 이미지, 각각, OCT4, Annexin V에 듀 이미지, 보조 개체의 식별 및 개체 강도의 측정. 그림 3 이미지 처리 설정에 그래픽 사용자 인터페이스 (GUI)의 이미지를 제공합니다.
    3. 각 이미지에 OCT4 및 듀의 형광 강도 측정 합니다.
    4. 전파 방법 Annexin v 스테인드 영역을 식별 하 고 형광 강도 측정.
  4. 3.4. 통계 분석을 시각화 하는 단일 셀 이미징에 개별 세포 고기
    1. 중심으로 하 고 그들에 게 동등한 무게를 주고 이러한 변수를 확장 하 여 각 phenotypic 마커의 입력된 형광 강도 정상화.
    2. 통계 컴퓨팅 및 그래픽 이전 연구38,39에 의해 설명 된 대로 소프트웨어 환경을 사용 하 여 자체 조직 지도 (SOM) 분석을 수행 합니다.
      1. 독특한 4 개의 "스트림과 벡터" 해당 4 마커, DAPI, 듀, Annexin V 및 OCT4 형광 강렬 하로 25 솜 노드를 만듭니다.
      2. 각 microenvironment 개별 셀 "승리" (가장 유사한) 노드에 할당 하 고는 승리 노드 스트림과 벡터 업데이트 무게는 학습 속도가 중된 평균을 사용 하 여 셀 주파수로 플롯 (여기, 0.05로 기본값)입니다.
        참고: 몇 셀을 포함 하는 데이터 집합은 통계적으로 관련성이 높은 솜 결과 제공 하지 않았다 때문에 미만 1000 셀을 포함 하는 약 실에서 데이터를 생략 합니다.
    3. 클러스터링 소프트웨어40여 피어슨 상관 관계에 따라 평균 연결 방법을 사용 하 여 솜 노드 값 자동 계층적 클러스터링을 수행 합니다.
    4. Dendrogram와 heatmap 조회41에 클러스터링 데이터를 렌더링 합니다.

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Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

MACME 배열: 설계 및 제조: Nanofiber 기술 함께, 우리는 미세 세포 배양 및 심사 기술을 이전 hPSC 자체 갱신 또는 차별화35,36 (그림 1)에 대 한 최적의 조건을 식별 하기 위해 사용. 이것은 세포 배양 챔버와 조건을 정확 하 게 제어 하 고 확장 가능한42,,4344때문에 강력한 높은 처리량 세포 기반 분석을 설정 하는 데 적합. 여기, nanofiber 배열 간단한 nanofiber 증 착 방법, 3D 인쇄 마스크와 전기에 의해 준비 되었다. 미세 부품 쉽게 많은 시련과 오류를 통해 챔버 구조...

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Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

이 프로토콜 자격 갖춘된 hPSCs의 유지 보수에 대 한 강력한 문화 시스템 구축 첫 번째 심사 메서드를 보여 줍니다. 첫째, 우리는 다양 한 인공 소프트웨어와 통합 nanofiber 배열, MACME 배열 된 미세 장치를 사용 하 여 밀도 시드 셀 플랫폼을 준비 하는 방법을 설명 합니다. 두 번째, 양적 이미지 기반 단일 셀 형질 개별 세포 결과 및 다른 생 화 확 및 생물 기능에 의해 변경 하는 동작 수행된50 이었다. 이 프로토콜에서 GT nanofiber 시드 밀도 높은 초기 세포의 상태에 긍정적인 제어 ECM 단백질의 구성 된 환경 undifferentiated 상태;의 기능 특징 이었다 급속 한 확산45 와 안정적인 OCT4 식51. 이 관측은 "세포-기질" 및 "셀" 상호 작용 하는 분자 메커니즘 hPSCs의 pluripotency 영향을 미칠 수 표시.

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Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

우리는 인간의 ES 세포를 제공 하기 위한 iCeMS, 교토 대학에서 교수 N. 辻를 감사 합니다. 우리는 또한 감사 교수 A. 마루야마 도쿄 기술 연구소에서 원자 힘 현미경의 사용에 그의 지원에 대 한. 자금 아낌없이 제공 했다 일본 사회 과학의 프로 모션에 대 한 (JSP; 22350104, 23681028, 25886006, 및 24656502); 자금 또한 새로운 에너지와 산업 기술 종합 개발 기구 (NEDO)와 Terumo 생명 과학 재단에 의해 제공 했다. WPI iCeMS는 세계 최고의 국제 연구 센터 이니셔티브 (WPI), 교육, 문화, 스포츠, 과학 및 기술 (MEXT), 일본에 의해 지원 됩니다. 이 작품의 일부는 교토 대학 나노기술 허브와 AIST 나노 처리 시설 "나노기술 플랫폼 프로젝트" 일본 문 부 과학성의 후원에 의해 지원 되었다.

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Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
폴리스티렌 (PS)Sigma#182435평균 MW: 290,000, 평균 Mn: 130,000
폴리메틸글루타리미드(PMGI)MicroChemG113113
젤라틴(GT)SigmaG2625돼지 가죽에서 추출한 A형
Sylgard 184 실리콘 엘라스토머 키트Doe Corning Toray#1064291PDMS 경화제 및 실리콘 엘라스토머 베이스가 이 키트의 구성 요소입니다.
OpenSCAD이것은 미세유체 장치의 금형을 설계하는 데 사용되는 무료 3D 컴퓨터 그래픽 소프트웨어(http://www.openscad.org/)입니다.
AutoCAD 2014Autodesk나노 섬유 어레이 준비에 사용되는 마스크 설계에 사용되는 3D 컴퓨터 그래픽 소프트웨어 (https://www.autodesk.com/products/autocad/overview)입니다.
3D 프린터, AGILISTA-3000Keyence
UV 경화 수지, AR-M2KeyenceAgilista의 3D 프린팅에 사용됩니다.
아세트산시그마#338826≥ 99.99%
틸 아세테이트Sigma#270989무수, 99.8%
테트라하이드로퓨란(THF)시그마#401757
MSP-30T진공 장치마그네트론 스퍼터링 머신
Nunc OmniTrayThermo Fisher Scientific#242811이것은 나노 섬유 어레이가 생성되는 폴리스티렌 베이스 플레이트입니다. 이 플레이트 크기는 일반적으로 127.7 x 85.5mm입니다. 
건형 코로나 방전 가공기신코전기(주) 계측CFG-500이 편리한 장치는 프로토콜의 1.5단계 "MACME 어레이 어셈블리"에서 PDMS 계층의 바닥 표면을 활성화하기 위한 코로나를 생성하는 데 사용됩니다.
5mL 주사기TerumoSS-05SZ
스테인리스 스틸 무딘 바늘(23게이지)Nipro#2166외경과 길이는 각각 0.6mm와 32mm입니다.
고전압 전원 공급 장치TechDempaz
1-Ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl)carbodiimide, hydrochlorideDojindoW001
N-HydroxysoxynimideSigma#56480
Matrigel hESC 인증 MatrixCorning#354277이 단백질은 프로토콜에서 기저막 겔 매트릭스로 언급됩니다.
CellAdhere Vitronectin, Human, SolutionSTEMCELL Technologies#07004
TeSR-E8STEMCELL Technologies#05940인간 ES 및 iPS 세포 유지를 위한 무공급, 무이종 배양 배지
Y-27632Wako Pure Chemical Industries#253-00513
TrypLE Express Enzyme (1X), phenol redThermo Fisher Scientific#12605028이것은 부착 포유류 세포의 해리를 위한 재조합 트립신 유사 프로테아제입니다.
Alexa Fluor 647 Azides가 포함된 Click-iT EdU 이미징 키트Thermo Fisher ScientificC10086온플레이트(on-plate) 형광 염색에서 증식 세포의 형광 라벨링은 이 키트의 제품 설명서에 따라 수행되었습니다.
Annexin V, Alexa Fluor 594 conjugateThermo Fisher ScientificA13203
4',6-diamidino-2-phenylindole (DAPI)Thermo Fisher ScientificD1306
Oct-3/4 항체 (C-10)Santa Cruz Biotechnologysc-5279
당나귀 안티 마우스 IgG H& L (DyLight 488)abcamab96875이것은 온-플레이트 형광 세포 염색에 사용되는 2차 항체입니다.
ECLIPSE Ti-ENikonCFI Plan Fluor 4×/0.13 N.A. 대물 렌즈(Nikon), CCD 카메라(ORCA-R2, Hamamatsu), 수은 램프(Intensilight, Nikon), XYZ 자동화 스테이지(엔코더가 있는 Ti-S-ER 전동 스테이지, Nikon) 및 4개의 형광 채널(DAPI, GFP HYQ, TRITC, Cy5; Nikon)
NIS-Elements AdvancedResearch Nikon은 자동 이미지 획득에 사용되는 현미경 이미징 소프트웨어입니다.
CellProfiler, 버전 2.1.0이것은 세포 이미지 분석(http://cellprofiler.org/)을 위한 무료 개방형 소프트웨어입니다.
RSOM 분석은 이 소프트웨어의 kohonen 패키지에 의해 수행됩니다. 이것은 무료로 사용할 수 있습니다(https://www.r-project.org/).
Cluster 3.0오픈 소스 클러스터링 소프트웨어(http://bonsai.hgc.jp/~mdehoon/software/cluster/software.htm)입니다. 비지도 계층적 클러스터링은 이 소프트웨어를 사용하여 수행됩니다.
Java TreeView: 이 오픈 소스 소프트웨어(http://jtreeview.sourceforge.net/)는 클러스터링 데이터를 히트맵 및 덴드로그램으로 시각화하는 데 사용됩니다.
H9 인간 배아 줄기 세포WiCell 줄기 세포 은행WA09
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