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방법 논문

제자리에서 파라핀 포함 성인 산호 샘플에 대 한 교 잡 기술

7K 조회수

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DOI:

10.3791/57853

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2018년 8월 31일

이 논문에서

요약

이 프로토콜의 목표 성인 산호 샘플 파라핀에 포함 되 고 유리 슬라이드에 구분에 교 잡 현장에서 수행 하는 것입니다. 이것은 파라핀 끼워 넣어진 조직에서 RNA 방지 감지 프로브의 공간 표현을 시각화 하는 데 사용 하는 질적 방법입니다.

초록

산호는 바다의 전반적인 건강 뿐만 아니라 인간의 건강에 대 한 중요 한 중요 한 바다 무척 추 동물. 그러나, 상승 바다 온도 해양 산성화 등 인간의 영향으로 인해 산호는 점점 더 위협을 받고. 이러한 과제를 해결 하기 위해 세포 및 분자 생물학 산호의 건강 진단에 대 한 중요 한 것을 입증 했다. 인간의 의학에서 일반적으로 사용 되는 기법 중 일부를 수정 연구자의 능력을 치료 하 고 산호 저장에 크게 향상 시킬 수 있습니다. 이 해결 하기 위해 현장에서 교 잡 인간의 의학 및 진화 개발 생물학에서 주로 사용 하는 프로토콜 스트레스 성인 산호에 사용 하기 위해 적응 되었습니다.

이 방법의 목적은 파라핀에 포함 되 고 유리 슬라이드에 구분 된 성인 산호 조직에서 RNA 프로브의 공간 표현을 시각화 하는 것입니다. 이 메서드는 파라핀 및 샘플의 재 수 화 작용의 제거, 샘플, 사전 교 잡 부 화, RNA 프로브의 교 잡 그리고 RNA 프로브의 시각화의 침투성을 보장 하기 위해 샘플의 전처리에 중점을 둡니다. 이 때 강력한 방법 비 모형 유기 체를 사용 하 여 특정 유전자가 표현 및 프로토콜은 다른 비 모형 유기 체에 쉽게 적용할 수 있습니다. 그러나, 방법은 식 강도 시각화 단계 및 프로브 농도 동안 사용 시간에 따라 달라질 수 있기 때문에 그것은 주로 질적 제한 됩니다. 또한,이 프로토콜 최대 5 일 (와 많은 경우에, 더 이상) 사용 되는 프로브에 따라 걸릴 수 있습니다 인내심 필요 하다. 마지막으로, 일반적인 배경 얼룩은 일반적, 그러나이 한계를 극복할 수 있습니다.

서론

산호는 중요 한 생태계 빌더 바다와 인간의 건강1,,23에서 생물 다양성에 대 한 중요 한. 그들은 기후 변화 및 다른 anthropogenic 스트레스 위협을 받고 있다 그리고 많은 산호 종 비판적으로 멸종 위기에 놓인 것으로 간주 됩니다. 따라서, 세포 및 분자 도구 진단 스트레스 산호를 위한 중요 한 필요가 있다. 또한, 거기 약간 이해 된다 성인 산호 조직, 그리고이 유전자의 기능에 따라서 작은 이해 내 유전자가 표현 하는 곳에 대 한. 이 문제를 해결 하려면 우리는 현장에서 교 잡 (틱), 일반적으로 사용 되는 프로토콜 인간의 의학 및 진화 개발 생물학, 성인 산호의 파라핀 끼워 넣어진 조직 추출에서 사용 하기 위해 적응 시켰다. 이 기술은 열 스트레스에 노출 등 스트레스 이벤트 받은 성인 산호에 사용 될 때 가장 강력 하다. 그러나,이 기술은 다양 한 조직 및 산호의 삶의 단계에 사용할 수 있습니다 그리고만 열 스트레스 산호4,,67에....

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프로토콜

1입니다. 파라핀 제거

주의: 증기 두건에서 다음 단계를 수행 합니다.

  1. 100% 크 실 렌 유리 Coplin 단지 10 분의 후드 아래에 있는 얇은 sectioned 파라핀 끼워 넣어진 슬라이드 dewax 크 실 렌 녹는 플라스틱으로 플라스틱 Coplin jar를 사용 하지 마십시오. 사용 하기 전에 압력솥에 Coplin 항아리를 소독.
  2. 다음 4 개의 메 마른 유리 Coplin 항아리를 준비: 100% 에탄올, 80% 에탄올, 70% 에탄올과 60% 에탄올. RNase 무료 물과 에탄올을 희석.
    1. 100% 에탄올과 메 마른 유리 Coplin jar를 슬라이드를 전송 하 고 10 분 동안 그들을 담가. 10 분 후 빈 유리 Coplin jar 고 새로운 100% 에탄올을 바꿉니다. 다시 10 분에 대 한 슬라이드를 담근 다.
    2. 1 분 동안 80% 에탄올과 메 마른 유리 Coplin jar를 슬라이드를 전송 합니다.
    3. 1 분에 70% 에탄올과 메 마른 유리 Coplin jar를 슬라이드를 전송 합니다.
    4. 1 분 60% 에탄올과 메 마른 유리 Coplin jar를 슬라이드를 전송 합니다.

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결과

이 프로토콜을 완료 한 후 관심의 RNA 프로브를 표현 하는 조직과 세포의 식별 달성 될 것 이다. 이 프로토콜에 대 한 대표적인 결과 AP 1, FosB, 및 TNFR41입니다. 이러한 결과 이전 트레일러 놀 즈 외 에 출판 11, 열 스트레스에 노출 된 성인 산호에 프로브는 RNA의 표시 공간 표현 합니다. 다른 얼룩 유형의 두 가지 예는 그림 1에 표시 됩니다. 그림 1A 확산 조직 얼룩의 예입니다. 얼룩 뿐만 아니라 특정 셀에에서는 조직에 걸쳐 발견 된다. 여기, 반대로 감각 AP-1의 식 표 피와 구두 gastrodermis11 (그림 1A)에 걸쳐 발견 된다. 얼룩이 확산 하 고 하나의 특정 세포 유형.......

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토론

이 프로토콜에서 설명 하는 방법은 의료 및 진화 발달 연구8,9,10,,1217이전 작품에서 수정 되었습니다. 이 프로토콜 발굴 표시 된 RNA 안티 감각 프로브는 보존 되 고 파라핀에 포함 된 성인 산호에 제자리에 하이브리드의 뉘앙스에 집중 한다. 이 메서드는 파라핀 포함 된 또한 산호 넘어 생물의 샘플을 쉽게 전송할 수 있습니다. 마지막으로,이 방법은 세포 배양, 또는 산호 (예를 들어, 유 충)의 다른 생활 단계 수행할 수 있습니다. 하지만 정확한 프로토콜 이러한 유형의 샘플은 항상 파라핀 포함5,6.......

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공개 사항

저자는 공개 없다.

감사의 글

이 작품은 수상에 의해 투자 되었다 아니. OCE-버로우즈 Wellcome 펀드 박사 농축 프로그램에서 국립 과학 재단 해양 과학 박사 친목 및 수상 no.1012629 통해 1323652.

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재료

이 논문에 사용된 재료 목록
이름회사카탈로그 번호댓글
Denhardt의 솔루션Affymetrix70468 50 ML
Bioworld 알칼리 인산가수분해효소 완충액Fisher50-198-724
슬라이드 메일러Fisher12-587-17B
Bioworld 알칼리성 인산가수분해효소 완충액Fisher50-198-724
50mL 팔콘 튜브Fisher14-959-49A
UltraPure 연어 정자 DNA 용액Invitrogen15632-011
PBS - 인산염 완충 식염수(10X) pH 7.4InvitrogenAM9625
UltraPure DNase/RNase-Free 증류수, 10 x 500 mLInvitrogen10977-023
UltraPure DNase/RNase-Free 증류수, 10 x 500 mLInvitrogen10977-023
UltraPure Salmon 정자 DNA 용액Invitrogen15632-011
슬라이드 화이트 에이펙스 우수한 접착제Leica Biosystems3800080
PBS 솔루션, pH 7.4Life Technologies10010072
Proteinase K, 분자 등급, 2mLNew England BiolabsP8107S
Super Pap Pen Liquid BlockerPromega22309
DIG Anti-Digoxigenin-AP 팹 단편Roche11093274910
BM Purple, 100 mLRoche11442074001
DIG 세척 및 블록 버퍼 세트Roche11585762001
NBT/BCIPRoche11681451001
포름알데히드 용액, 500 mL 크기Sigma-Aldrich252549-500ML
SSC 버퍼 20X 농도Sigma-AldrichS6639-1L
아세트산 무수물시그마-알드리치320102-100ML
포름아미드시그마-알드리치47670-250ML-F
트리에탄올아민시그마-알드리치90279-100ML
돼지 장 점막에서 추출한 헤파린 나트륨 염시그마-알드리치H3149-10KU
크실렌, AR(ACS), 조직학적 사용VWRMK866806
에탄올VWREM-EX0276-4S
TE 버퍼VWRPAV6232
혼성화 오븐VWR97005-252, 97005-254
오비탈 셰이커VWR89032-088

참고문헌

  1. Hughes, T. P., et al. Climate Change, Human Impacts, and the Resilience of Coral Reefs. Science. 301 (5635), 933(2003).
  2. Chen, P. -Y., Chen, C. -C., Chu, L., McCarl, B. Evaluating the economic damage of climate change on global coral reefs. Global Environmental Change. 30 (Supplement C), 12-20 (2015).
  3. Hoegh-Guldberg, O., et a....

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