시스테인 부유한 펩 티 드 그들의 이황화 연결에 따라 고유한 3 차원 구조로 접어. 개별 이황화가 성체의 타겟된 합성 필요한 때 버퍼 산화 원하는 이황화 연결 리드 하지 않습니다. 프로토콜 선택 합성 펩 티 드 3 이황화 결합 그리고 NMR 및 MS/MS를 사용 하 여 그들의 구조 분석을 다루고 있다.
방법 논문
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시스테인 부유한 펩 티 드 그들의 이황화 연결에 따라 고유한 3 차원 구조로 접어. 개별 이황화가 성체의 타겟된 합성 필요한 때 버퍼 산화 원하는 이황화 연결 리드 하지 않습니다. 프로토콜 선택 합성 펩 티 드 3 이황화 결합 그리고 NMR 및 MS/MS를 사용 하 여 그들의 구조 분석을 다루고 있다.
펩 티 드 시스테인의 높은 숫자는 일반적으로 영향을 3 차원 구조에 관한 그들의 이황화 연결. 따라서 펩 티 드 종합, 동안 원치 않는 이황화 유대 형성을 피하기 위해 매우 중요 한 완전히 다른 펩 티 드 구조 될 수 있기 때문에 고 따라서 bioactivity를 변경. 그러나, 여러 개의 이황화 결합 펩 티 드의 올바른 형성 여러 이황화 연결 형성 될 수 있기 때문에 기존의 버퍼 산화 프로토콜 등 표준 자체 접는 방법을 사용 하 여 얻을 수 어렵습니다. 이 프로토콜은 여러 개의 이황화 다리 펩 티 드의 높은 품질과 수량에 버퍼 산화를 통해 종합 될 수 없는 어떤 대상된 합성에 필요한 고급 전략을 나타냅니다. 연구 타겟 방식에서 µ-conotoxin PIIIA의 모든 가능한 3 이황화 결합 펩 티 드가 성체의 합성에 대 한 뚜렷한 보호 그룹 전략의 응용 프로그램을 보여 줍니다. 펩 티 드 Fmoc 기반 단단한 단계 펩 티 드 종합 보호 그룹 전략을 사용 하 여 정의 된 이황화 결합 형성에 대 한에 의해 준비가 되어 있습니다. 시스테인의 각각 쌍 trityl (Trt), acetamidomethyl (Acm)와 tert보호-있는지 확인 하는 모든 산화 단계 동안 필요한 시스테인은 deprotected 연결 그룹 부 틸 (t부) 보호. 대상된 종합 뿐만 아니라 여러 분석 방법의 조합이 올바른 병풍을 원하는 펩 티 드 구조의 세대를 명확 하 게 사용 됩니다. 다른 3 이황화 결합이 성체의 비교가 나타냅니다 이황화 연결의 3 차원 구조 계산 및 생물학의 해석에 대 한 지식과 정확한 결정의 중요성 펩 티 드가 성체의 활동입니다. 분석 특성 포함 적응된 프로토콜을 제작한 그대로 펩 티 드가 성체의 부분적으로 감소 하 고 alkylated 파생 상품으로 수행 되는 탠덤 질량 분석 (MS/MS) 분석을 통해 정확한 이황화 본드 설명 합니다. 또한, 펩 티 드 구조는 2 차원 핵 자기 공명 (NMR) 실험 및 MS/MS 분석에서 얻은 지식을 사용 하 여 결정 됩니다.
제약 연구 및 개발에 생리 활성 펩 티 드를 사용 하 여 매우 그들은 특정 생물 학적 목표1에 대 한 강력 하 고 매우 선택적인 화합물을 대표 하기 때문에, 인식 된다. 그러나 그들의 bioactivity에 대 한, 3 차원 구조는 중요성의 구조 활동 관계 연구2,,34를 수행 하려면. 전체 구조에 영향을 미치는 기본 아미노산 시퀀스, 떨어져 이황화 결합 크게 시스테인 부유한 펩 티 드5의 구조를 안정화 합니다. 여러 개의 이황화 다리 펩 티 드 conotoxins µ-PIIIA의 순서로 6 시스테인 포함 Conus purpurascens 에서 같은 포함 됩니다. 이 높은 시스테인 콘텐츠는 이론적으로 15 이황화가 성체의 대형을 허용 한다. 올바른 이황화 연결 생물 학적 활동6,7에 대 한 매우 중요 하다. 그러나, 발생 하는 문제는 자연스럽 게 발생 펩 티 드의 경우, 그이 성체 중 가장 높은 생물 학적 활동을가지고 더 ....
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참고: 여기서 사용 하는 모든 아미노산 L-구성에 있었다. 아미노산 및 아미노산 유도체의 약어 IUB의 전문 어 위원회 및 생 화 확 적인 전문 어에 IUPAC IUB 합동 위원회의 권장 사항에 따라 사용 되었다.
1. 단단한 단계 펩 티 드 합성 (SPPS)
참고: 단단한 단계 펩 티 드 합성기와 합성을 수행. ZRLCCGFOKSCRSRQCKOHRCC-NH2 9-fluorenylmethyloxycarbonyl (Fmoc) 화학에 대 한 표준 프로토콜을 사용 하 여 일반적인 시퀀스의 선형 펩 티 드 유도체의 합성을 수행 합니다. 다음 보호 된 아미노산을 적용: Pyr (Boc (tert-butyloxycarbonyl)), Arg (Pbf (2,2,4,6,7-pentamethyldihydrobenzofuran-5-sulfonyl)), Asn(Trt), Asp(tBu), Hyp(tBu), Lys(Boc), Ser(tBu), Gln(Trt), Glu(tBu), Trp(Boc), Tyr(tBu), Thr(tBu), 및 그의 (Trt)입니다. Trt, Acm 또는 t부 그룹 시스테인 쌍 의도 이황화 연결에 따라 보호 합니다.
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다른이 15 µ-conotoxin PIIIA 이황화 다리 성체는 종합 하 고 자세히 (그림 1) 특징. 이황화 결합은 부분적인 감소 및 이후 MS/MS 분석 (그림 2)에 의해 식별 됩니다. 다른이 성체의 NMR 분석 (그림 3) 개별 펩 티 드 구조를 나타내기 위해 수행 됩니다. 특히, 라인란트 HPLC, MS/MS 조각화 및 NMR 분석의 결합은 아 황산 연결의 명확한 식별을 위해 필요 합니다.

그림 1
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방법 여기에 설명 된 시스테인 부유한 펩 티 드의 합성에 대 한 같은 µ-PIIIA 동일한 아미노산 시퀀스에서 이황화 결합이 성체를 선택적으로 생산 하는 가능성을 나타냅니다. 그러므로, Fmoc 기반 솔리드 같은 펩 티 드 합성18 단계 고 이황화 결합의 regioselective 형성에 대 한 정의 된 보호 그룹 전략 사용된16설립. 단단한 단계 펩 티 드 합성 자동된 합성을 통해 폴리머 지원 (수 지)에 아미노산 시퀀스를 생성할 수 있습니다. 이러한 아미노산은-사용-수 지에서 펩 티 드 분열 시 deprotected 프로토콜에 따라 그들의 사이드 체인에 특별 한 보호 그룹 시퀀스 조립 하는 동안 원하지 않는 쪽 반응에 대 한 보호 됩니다. 이 보호는 펩 티 드 사슬, 예를 들어내 시스테인 사이드 체인에도 적용 됩니다., trityl 보호. 그러나, acetamidomethyl 등 tert시스테인의 각 쌍에 대.......
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저자는 공개 없다.
우리는 A. Resemann, F. J. 메이어, 관련 브루 GmbH 브레멘;에서 D. Suckau 감사 하 고 싶습니다. D. Tietze, A. A. Tietze, V. Schmidts 및 C. Thiele 다름슈타트 기술 대학교; FLI 예 나, 본의 대학에서 M. Engeser에서에서 O. Ohlenschläger K. Kramer, A. Harzen, 및 식물 번 식 연구, 쾰른;의 막스 플랑크 연구소에서 H. 仲 동물학, 쾰른; 연구소에서 수잔 Neupert 그리고 바이오 자기 공명 분광학의 시설 프랑크푸르트의 대학 기술에 대 한 지원, 교육 모듈, 악기에 대 한 액세스. 알았다면 하 본의 대학에 의해 재정 지원은 기꺼이 인정 했다.
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| 이름 | 회사 | 카탈로그 번호 | 댓글 |
|---|---|---|---|
| PS PEG2000 Fmoc 링크 - 아미드 수지 | Varian, Inc. | PL3867-3764 | AmphiSpheres 40 RAM |
| Pyr(Boc) | Bachem | A-3850 | |
| Arg(Pbf) | Iris Biotech | FSC1010 | |
| Asn(Trt) | Bachem | B-1785 | |
| Asp(tBu) | Iris Biotech | FSP1020 | |
| Hyp(tBu) | Iris Biotech | FAA1627 | |
| Lys(Boc) | Bachem | B-1080 | |
| Ser(tBu) | 아이리스 바이오텍 | FSC1190 | |
| Gln(Trt) | 아이리스 바이오텍 | FSC1043 | |
| 글루(tBu) | 아이리스 바이오텍 | FSP1045 | |
| Trp(Boc) | 아이리스 바이오텍 | FSC1225 | |
| Tyr(tBu) | 시그마 알드리치 | 47623 | |
| Thr(tBu) | 아이리스 바이오텍 | FSP1210 | |
| His(Trt) | Iris Biotech | FDP1200 | |
| 2-(1H-Benzotriazol-1-yl)-1,1,3,3-tetramethyluroniumhexafluorphosphat | Sigma Aldrich | 8510060 | 가연성 |
| DMF | Fisher Scientific | D119 | 가연성, 독성 |
| DCM | Fisher Scientific | D37 | 발암성 |
| 피페리딘 | Alfa Aesar | A12442 | 가연성, 독성, 부식성 |
| N-메틸-모르폴린 | 시그마 알드리치 | 224286 | |
| Cys(Acm) | Iris Biotech | FAA1506 | |
| Cys(Trt) | Bachem | E-2495 | |
| Cys(tBu) | Bachem | B-1220 | |
| 트리플루오루아세트산 | Sigma Aldrich | 74564 | 독성, 부식성 |
| 페놀 | Merck | 1002060 | 독성 |
| thioanisol | Alfa Aesar | A14846 | |
| 에탄디티올 | Fluka Analytical | 2390 | |
| 디에틸 에테르 | VWR | 100,921 | 가연성 |
| tert-부탄올 | Alfa Aesar | L12338 | 가연성 |
| 아세토니트릴 | Fisher Scientific | A998 | 가연성 |
| 물 | Fisher Scientific | W5 | |
| 이소프로판올 | VWR | ACRO42383 | 가연성 |
| 수산화나트륨 | AppliChem | A6579,1000 | 부식성 |
| 요오드아세트아미드 | 시그마 알드리치 | I6125 | |
| 요오드 | 시그마 알드리치 | I0385 | |
| 염산 | 머크 | 110165 | 부식성 |
| 아스코르브산 | 시그마 알드리치 | A4403 | |
| 디페닐설폭사이드 | 시그마 알드리치 | P35405 | |
| 아니솔 | 시그마 알드리치 | 96109 | 가연성 |
| 트리클로로메틸실란 | 시그마 알드리치 | M85301 | 가연성 |
| 시료 희석 완충액 | 노동 서비스 온켄 | ||
| 인산이수소나트륨 | 시그마 알드리치 | 106370 | |
| 디소듐 수소 포스페이 | 시그마 알드리치 | 795410 | |
| (2-카르복시에틸)포스핀 하이드로클로 | 시그마 알드리치 | C4706 | |
| 시트르산 | 시그마 알드리치 | 251275 | |
| 시트르산 나트륨 디하이드레이트 | 시그마 알드리치 | W302600 | |
| 트리스-아세테이 | 칼 로스, | 7125 | |
| 에틸렌디아민테트라아세트산 | 시그마 알드리치 | E26282 | |
| 펩타이드 보정 표준 II | Bruker Daltonics GmbH | 8222570 | |
| 장비 이름 | 회사 | ||
| 고체상 펩타이드 합성기 | Intavis Bioanalytical Instruments AG | EPS 221 | |
| 동결 건조기 | 마틴 크라이스트 GmbH | 알파 1-2 Ldplus | |
| semipreparative HPLC | Jasco | 시스템 PV-987 | |
| Eurospher 100 C18 컬럼 (RP, 5 µ m 입자 크기, 100 Å 기공 크기, 250 x 32mm) | Knauer | 25QE181E2J | 선형 펩타이드 |
| Vydac 218TP1022 컬럼의 정제 (RP C18, 10 µ m 입자 크기, 300 Å 기공 크기, 250 x 22 mm) | Hichrom-VWR | HICH218TP1022 | 산화 펩티드 |
| 분석 HPLC의 정제 | Shimadzu | 시스템 LC-20AD | |
| Vydac 218TP54 컬럼 (C18 RP, 5 µ m 입자 크기, 300 Å 기공 크기, 250 x 4.6 mm) | Hichrom-VWR | HICH218TP54 | 분석 컬럼 |
| 그라운드 스틸 타겟 (MTP 384) | Bruker Daltonics GmbH | NC0910436 | MALDI 준비 |
| C18 농도 필터 (ZipTip) | Merck KGaA | ZTC18S096 | MALDI 준비 |
| MALDI 질량분석기 | Bruker Daltonics GmbH | ultraflex III TOF/TOF | |
| 아미노산 분석기 | Eppendorf-Biotronik GmbH | LC 3000 시스템 | |
| NMR 분광계 Bruker Avance III | Bruker Daltonics GmbH | Bruker Avance III 분자 시각화를 위한 600MHz | |
| 컴퓨터 프로그램 | YASARA Biosciences GmbH | Yasara 구조 | NMR 구조 계산 |
| MALDI 데이터 평가를 위한 컴퓨터 프로그램 | Bruker Daltonics GmbH | flexAnalysis, BioTools | MS/MS 단편화 |
| 아날로그 와류 믹서 | VWR | VM 3000 | |
| 마이크로 원심분리기 | Eppendorf | 5410 | |
| Centrifuge | Hettich | EBA 20 | |
| 회전식 진공 농축기 | Christ | 2-18 Cdplus | |
| 분석 저울 | A& D 인스트루먼트 | GR-202-EC |
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이 JoVE 논문의 텍스트 또는 그림 재사용 허가 요청
허가 요청An erratum was issued for: Synthesis and Structure Determination of µ-Conotoxin PIIIA Isomers with Different Disulfide Connectivities. The Protocol and Materials sections were updated.
Step 1.1.3 in the Protocol section was updated from:
Weigh the individual reagents (amino acids, HBTU (2-(1H-benzotriazol-1-yl)-1,1,3,3-tetramethyluronium hexafluorophosphate)) according to the protocol and dissolve them in dimethylformamide (DMF) to a final concentration of 2.4 M (amino acids) and 0.6 M (HBTU), respectively.
to:
Weigh the individual reagents (amino acids, HBTU (2-(1H-benzotriazol-1-yl)-1,1,3,3-tetramethyluronium hexafluorophosphate)) according to the protocol and dissolve them in dimethylformamide (DMF) to a final concentration of 0.6 M (amino acids) and 0.6 M (HBTU), respectively.
Step 1.2 in the Protocol section was updated from:
NOTE: The protocol applies to 100 mg of resin (loading: 0.28 mmol/g) added to one reaction column for 28 μmol scale.
to:
NOTE: The standardized protocol usually applies to 100 mg of resin (loading: 0.53 mmol/g) added to one reaction column for 53 μmol scale leading to the following equivalents: 5 eq. HBTU, 10 eq. NMM, 5 eq. amino acid. In case of PIIIA, however, a loading of 0.28 mmol/g (28 µmol scale) is used, which results in the specified higher equivalents.
Step 1.2.3.1 in the Protocol section was updated from:
HBTU (450 µL; 0.6 M in DMF; 270 µmol; 9.6 eq.), NMM (125 µL; 50% in DMF; 568 µmol; 20 eq.), Fmoc-amino acid (420 µL; 2.4 M in DMF; 1.01 mmol; 36 eq.).
to:
HBTU (415 µL; 0.6 M in DMF; 249 µmol; 9 eq.), NMM (112 µL; 50% in DMF; 510 µmol; 18 eq.), Fmoc-amino acid (420 µL; 0.6 M in DMF; 252 µmol; 9 eq.).
The first item in the Materials table was updated from:
| Fmoc Rink amide resin | Novabiochem | 855001 |
to:
| PS PEG2000 Fmoc Rink-amide Resin | Varian, Inc. | PL3867-3764 | AmphiSpheres 40 RAM |