방법 논문

합성 및 다른 아 황산 연결 된 μ-Conotoxin PIIIA이 성체의 구조 결정

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DOI:

10.3791/58368

2018년 10월 2일

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정오 공지

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요약

시스테인 부유한 펩 티 드 그들의 이황화 연결에 따라 고유한 3 차원 구조로 접어. 개별 이황화가 성체의 타겟된 합성 필요한 때 버퍼 산화 원하는 이황화 연결 리드 하지 않습니다. 프로토콜 선택 합성 펩 티 드 3 이황화 결합 그리고 NMR 및 MS/MS를 사용 하 여 그들의 구조 분석을 다루고 있다.

초록

펩 티 드 시스테인의 높은 숫자는 일반적으로 영향을 3 차원 구조에 관한 그들의 이황화 연결. 따라서 펩 티 드 종합, 동안 원치 않는 이황화 유대 형성을 피하기 위해 매우 중요 한 완전히 다른 펩 티 드 구조 될 수 있기 때문에 고 따라서 bioactivity를 변경. 그러나, 여러 개의 이황화 결합 펩 티 드의 올바른 형성 여러 이황화 연결 형성 될 수 있기 때문에 기존의 버퍼 산화 프로토콜 등 표준 자체 접는 방법을 사용 하 여 얻을 수 어렵습니다. 이 프로토콜은 여러 개의 이황화 다리 펩 티 드의 높은 품질과 수량에 버퍼 산화를 통해 종합 될 수 없는 어떤 대상된 합성에 필요한 고급 전략을 나타냅니다. 연구 타겟 방식에서 µ-conotoxin PIIIA의 모든 가능한 3 이황화 결합 펩 티 드가 성체의 합성에 대 한 뚜렷한 보호 그룹 전략의 응용 프로그램을 보여 줍니다. 펩 티 드 Fmoc 기반 단단한 단계 펩 티 드 종합 보호 그룹 전략을 사용 하 여 정의 된 이황화 결합 형성에 대 한에 의해 준비가 되어 있습니다. 시스테인의 각각 쌍 trityl (Trt), acetamidomethyl (Acm)와 tert보호-있는지 확인 하는 모든 산화 단계 동안 필요한 시스테인은 deprotected 연결 그룹 부 틸 (t부) 보호. 대상된 종합 뿐만 아니라 여러 분석 방법의 조합이 올바른 병풍을 원하는 펩 티 드 구조의 세대를 명확 하 게 사용 됩니다. 다른 3 이황화 결합이 성체의 비교가 나타냅니다 이황화 연결의 3 차원 구조 계산 및 생물학의 해석에 대 한 지식과 정확한 결정의 중요성 펩 티 드가 성체의 활동입니다. 분석 특성 포함 적응된 프로토콜을 제작한 그대로 펩 티 드가 성체의 부분적으로 감소 하 고 alkylated 파생 상품으로 수행 되는 탠덤 질량 분석 (MS/MS) 분석을 통해 정확한 이황화 본드 설명 합니다. 또한, 펩 티 드 구조는 2 차원 핵 자기 공명 (NMR) 실험 및 MS/MS 분석에서 얻은 지식을 사용 하 여 결정 됩니다.

서론

제약 연구 및 개발에 생리 활성 펩 티 드를 사용 하 여 매우 그들은 특정 생물 학적 목표1에 대 한 강력 하 고 매우 선택적인 화합물을 대표 하기 때문에, 인식 된다. 그러나 그들의 bioactivity에 대 한, 3 차원 구조는 중요성의 구조 활동 관계 연구2,,34를 수행 하려면. 전체 구조에 영향을 미치는 기본 아미노산 시퀀스, 떨어져 이황화 결합 크게 시스테인 부유한 펩 티 드5의 구조를 안정화 합니다. 여러 개의 이황화 다리 펩 티 드 conotoxins µ-PIIIA의 순서로 6 시스테인 포함 Conus purpurascens 에서 같은 포함 됩니다. 이 높은 시스테인 콘텐츠는 이론적으로 15 이황화가 성체의 대형을 허용 한다. 올바른 이황화 연결 생물 학적 활동6,7에 대 한 매우 중요 하다. 그러나, 발생 하는 문제는 자연스럽 게 발생 펩 티 드의 경우, 그이 성체 중 가장 높은 생물 학적 활동을가지고 더 ....

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프로토콜

참고: 여기서 사용 하는 모든 아미노산 L-구성에 있었다. 아미노산 및 아미노산 유도체의 약어 IUB의 전문 어 위원회 및 생 화 확 적인 전문 어에 IUPAC IUB 합동 위원회의 권장 사항에 따라 사용 되었다.

1. 단단한 단계 펩 티 드 합성 (SPPS)

참고: 단단한 단계 펩 티 드 합성기와 합성을 수행. ZRLCCGFOKSCRSRQCKOHRCC-NH2 9-fluorenylmethyloxycarbonyl (Fmoc) 화학에 대 한 표준 프로토콜을 사용 하 여 일반적인 시퀀스의 선형 펩 티 드 유도체의 합성을 수행 합니다. 다음 보호 된 아미노산을 적용: Pyr (Boc (tert-butyloxycarbonyl)), Arg (Pbf (2,2,4,6,7-pentamethyldihydrobenzofuran-5-sulfonyl)), Asn(Trt), Asp(tBu), Hyp(tBu), Lys(Boc), Ser(tBu), Gln(Trt), Glu(tBu), Trp(Boc), Tyr(tBu), Thr(tBu), 및 그의 (Trt)입니다. Trt, Acm 또는 t부 그룹 시스테인 쌍 의도 이황화 연결에 따라 보호 합니다.

  1. 준비

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결과

다른이 15 µ-conotoxin PIIIA 이황화 다리 성체는 종합 하 고 자세히 (그림 1) 특징. 이황화 결합은 부분적인 감소 및 이후 MS/MS 분석 (그림 2)에 의해 식별 됩니다. 다른이 성체의 NMR 분석 (그림 3) 개별 펩 티 드 구조를 나타내기 위해 수행 됩니다. 특히, 라인란트 HPLC, MS/MS 조각화 및 NMR 분석의 결합은 아 황산 연결의 명확한 식별을 위해 필요 합니다.

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그림 1

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토론

방법 여기에 설명 된 시스테인 부유한 펩 티 드의 합성에 대 한 같은 µ-PIIIA 동일한 아미노산 시퀀스에서 이황화 결합이 성체를 선택적으로 생산 하는 가능성을 나타냅니다. 그러므로, Fmoc 기반 솔리드 같은 펩 티 드 합성18 단계 고 이황화 결합의 regioselective 형성에 대 한 정의 된 보호 그룹 전략 사용된16설립. 단단한 단계 펩 티 드 합성 자동된 합성을 통해 폴리머 지원 (수 지)에 아미노산 시퀀스를 생성할 수 있습니다. 이러한 아미노산은-사용-수 지에서 펩 티 드 분열 시 deprotected 프로토콜에 따라 그들의 사이드 체인에 특별 한 보호 그룹 시퀀스 조립 하는 동안 원하지 않는 쪽 반응에 대 한 보호 됩니다. 이 보호는 펩 티 드 사슬, 예를 들어내 시스테인 사이드 체인에도 적용 됩니다., trityl 보호. 그러나, acetamidomethyl 등 tert시스테인의 각 쌍에 대.......

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공개 사항

저자는 공개 없다.

감사의 글

우리는 A. Resemann, F. J. 메이어, 관련 브루 GmbH 브레멘;에서 D. Suckau 감사 하 고 싶습니다. D. Tietze, A. A. Tietze, V. Schmidts 및 C. Thiele 다름슈타트 기술 대학교; FLI 예 나, 본의 대학에서 M. Engeser에서에서 O. Ohlenschläger K. Kramer, A. Harzen, 및 식물 번 식 연구, 쾰른;의 막스 플랑크 연구소에서 H. 仲 동물학, 쾰른; 연구소에서 수잔 Neupert 그리고 바이오 자기 공명 분광학의 시설 프랑크푸르트의 대학 기술에 대 한 지원, 교육 모듈, 악기에 대 한 액세스. 알았다면 하 본의 대학에 의해 재정 지원은 기꺼이 인정 했다.

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재료

이 논문에 사용된 재료 목록
이름회사카탈로그 번호댓글
PS PEG2000 Fmoc 링크 - 아미드 수지Varian, Inc.PL3867-3764AmphiSpheres 40 RAM
Pyr(Boc)BachemA-3850
Arg(Pbf)Iris BiotechFSC1010
Asn(Trt)BachemB-1785
Asp(tBu)Iris BiotechFSP1020
Hyp(tBu)Iris BiotechFAA1627
Lys(Boc)BachemB-1080
Ser(tBu)아이리스 바이오텍FSC1190
Gln(Trt)아이리스 바이오텍FSC1043
글루(tBu)아이리스 바이오텍FSP1045
Trp(Boc)아이리스 바이오텍FSC1225
Tyr(tBu)시그마 알드리치47623
Thr(tBu)아이리스 바이오텍FSP1210
His(Trt)Iris BiotechFDP1200
2-(1H-Benzotriazol-1-yl)-1,1,3,3-tetramethyluroniumhexafluorphosphatSigma Aldrich8510060가연성
DMFFisher ScientificD119가연성, 독성
DCMFisher ScientificD37발암성
피페리딘Alfa AesarA12442가연성, 독성, 부식성
N-메틸-모르폴린시그마 알드리치224286
Cys(Acm)Iris BiotechFAA1506
Cys(Trt)BachemE-2495
Cys(tBu)BachemB-1220
트리플루오루아세트산Sigma Aldrich74564독성, 부식성
페놀Merck1002060독성
thioanisolAlfa AesarA14846
에탄디티올Fluka Analytical2390
디에틸 에테르VWR100,921가연성
tert-부탄올Alfa AesarL12338가연성
아세토니트릴Fisher ScientificA998가연성
Fisher ScientificW5
이소프로판올VWRACRO42383가연성
수산화나트륨AppliChemA6579,1000부식성
요오드아세트아미드시그마 알드리치I6125
요오드시그마 알드리치I0385
염산머크110165부식성
아스코르브산시그마 알드리치A4403
디페닐설폭사이드시그마 알드리치P35405
아니솔시그마 알드리치96109가연성
트리클로로메틸실란시그마 알드리치M85301가연성
시료 희석 완충액노동 서비스 온켄
인산이수소나트륨시그마 알드리치106370
디소듐 수소 포스페이시그마 알드리치795410
(2-카르복시에틸)포스핀 하이드로클로시그마 알드리치C4706
시트르산시그마 알드리치251275
시트르산 나트륨 디하이드레이트시그마 알드리치W302600
트리스-아세테이칼 로스, 7125
에틸렌디아민테트라아세트산시그마 알드리치E26282 
펩타이드 보정 표준 IIBruker Daltonics GmbH8222570
장비 이름회사
고체상 펩타이드 합성기Intavis Bioanalytical Instruments AGEPS 221
동결 건조기 마틴 크라이스트 GmbH  알파 1-2 Ldplus
semipreparative HPLCJasco시스템 PV-987
Eurospher 100 C18 컬럼 (RP, 5 µ m 입자 크기, 100 Å 기공 크기, 250 x 32mm)Knauer25QE181E2J선형 펩타이드
Vydac 218TP1022 컬럼의 정제 (RP C18, 10 µ m 입자 크기, 300 Å 기공 크기, 250 x 22 mm)Hichrom-VWRHICH218TP1022산화 펩티드
분석 HPLC의 정제 Shimadzu시스템 LC-20AD
Vydac 218TP54 컬럼 (C18 RP, 5 µ m 입자 크기, 300 Å 기공 크기, 250 x 4.6 mm) Hichrom-VWRHICH218TP54분석 컬럼
그라운드 스틸 타겟 (MTP 384)Bruker Daltonics GmbHNC0910436MALDI 준비 
C18 농도 필터 (ZipTip)Merck KGaAZTC18S096MALDI 준비 
MALDI 질량분석기Bruker Daltonics GmbHultraflex III TOF/TOF
아미노산 분석기Eppendorf-Biotronik GmbHLC 3000 시스템
NMR 분광계 Bruker Avance IIIBruker Daltonics GmbHBruker Avance III 분자 시각화를 위한 600MHz
컴퓨터 프로그램YASARA Biosciences GmbHYasara 구조NMR 구조 계산
MALDI 데이터 평가를 위한 컴퓨터 프로그램 Bruker Daltonics GmbHflexAnalysis, BioToolsMS/MS 단편화
아날로그 와류 믹서VWRVM 3000
마이크로 원심분리기Eppendorf5410
CentrifugeHettichEBA 20
회전식 진공 농축기Christ2-18 Cdplus
분석 저울A& D 인스트루먼트GR-202-EC
트 라이드 트

참고문헌

  1. Fosgerau, K., Hoffmann, T. Peptide therapeutics: Current status and future directions. Drug Discovery Today. 20 (1), 122-128 (2015).
  2. Gongora-Benítez, M., Tulla-Puche, J., Albericio, F. Multifaceted roles of disulfide bonds. peptides as therapeutics. Chemical Reviews. <....

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정오


Formal Correction: Erratum: Synthesis and Structure Determination of µ-Conotoxin PIIIA Isomers with Different Disulfide Connectivities
Posted by JoVE Editors on 11/01/2018. Citeable Link.

An erratum was issued for: Synthesis and Structure Determination of µ-Conotoxin PIIIA Isomers with Different Disulfide Connectivities. The Protocol and Materials sections were updated.

Step 1.1.3 in the Protocol section was updated from:

Weigh the individual reagents (amino acids, HBTU (2-(1H-benzotriazol-1-yl)-1,1,3,3-tetramethyluronium hexafluorophosphate)) according to the protocol and dissolve them in dimethylformamide (DMF) to a final concentration of 2.4 M (amino acids) and 0.6 M (HBTU), respectively.

to:

Weigh the individual reagents (amino acids, HBTU (2-(1H-benzotriazol-1-yl)-1,1,3,3-tetramethyluronium hexafluorophosphate)) according to the protocol and dissolve them in dimethylformamide (DMF) to a final concentration of 0.6 M (amino acids) and 0.6 M (HBTU), respectively.

Step 1.2 in the Protocol section was updated from:

NOTE: The protocol applies to 100 mg of resin (loading: 0.28 mmol/g) added to one reaction column for 28 μmol scale.

to:

NOTE: The standardized protocol usually applies to 100 mg of resin (loading: 0.53 mmol/g) added to one reaction column for 53 μmol scale leading to the following equivalents: 5 eq. HBTU, 10 eq. NMM, 5 eq. amino acid. In case of PIIIA, however, a loading of 0.28 mmol/g (28 µmol scale) is used, which results in the specified higher equivalents.

Step 1.2.3.1 in the Protocol section was updated from:

HBTU (450 µL; 0.6 M in DMF; 270 µmol; 9.6 eq.), NMM (125 µL; 50% in DMF; 568 µmol; 20 eq.), Fmoc-amino acid (420 µL; 2.4 M in DMF; 1.01 mmol; 36 eq.).

to:

HBTU (415 µL; 0.6 M in DMF; 249 µmol; 9 eq.), NMM (112 µL; 50% in DMF; 510 µmol; 18 eq.), Fmoc-amino acid (420 µL; 0.6 M in DMF; 252 µmol; 9 eq.).

The first item in the Materials table was updated from:

Fmoc Rink amide resinNovabiochem855001

to:

PS PEG2000 Fmoc Rink-amide ResinVarian, Inc.PL3867-3764AmphiSpheres 40 RAM

태그

HPLC

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