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방법 논문

Telomeric 반복 포함 된 RNA 테라에서 살아있는 세포에서 단일 Telomere 표현 시각화 하 암 세포 클론의 세대

7K 조회수

DOI:

10.3791/58790

2019년 1월 17일

이 논문에서

요약

여기, 선물이 단일 subtelomere에서 MS2 시퀀스 태그를 포함 하는 암 세포 클론을 생성 하는 프로토콜. MS2 GFP 시스템에 의존 하는이 방법은 생 성적표의 telomeric 반복 포함 된 RNA (테라)에서 살아있는 세포에서 단일 telomere 표현의 시각화 수 있습니다.

초록

Telomeres는 복사할 수, 반복 포함 하는 긴 noncoding RNAs (테라), telomeric를 야 기한는 telomere 생물학, telomere 길이 항상성 섬으로 형성 등 중요 한 역할을 제안 되었습니다. 최근 연구 결과 밝혀 테라 분자도 마우스 배아 줄기 (ES) 세포에 유전자 발현을 조절 하기 위해 내부 염색체 영역 상호 작용. 이 증거에 따라 RNA 형광 제자리에서 교 잡 (RNA-물고기) 분석만 하위 집합으로 나타났습니다 테라의 성적표는 염색체 끝에 지역화. 테라 분자의 역학의 더 나은 이해는 그들의 기능 및 행동의 메커니즘을 정의 하는 데 도움이 됩니다. 여기, 우리 고 MS2 GFP 시스템을 사용 하 여 암 세포에서 단일 telomere 테라 성적표를 시각화 하는 방법을 설명 합니다. 이 목표에 선물이 안정적인 클론을 생성 하는 프로토콜 MS2 시퀀스에서 단일 subtelomere 통합을 포함 하 AGS 인간 위 암 세포 라인을 사용 하 여. MS2 태그 telomere에서 테라의 전사 (MS2-GFP) GFP 융합 MS2 RNA 의무적인 단백질의 공동 식 시 라이브 세포 형광 현미경 검사 법에 의해 시각 MS2 태그 테라 분자의 표현을 결과입니다. 이 방법은 수 연구원은 암 세포에서 단일 telomere 테라 분자의 역학을 공부 하 고 다른 셀 라인에 적용 될 수 있습니다.

서론

긴 noncoding RNA 테라 염색체의 subtelomeric 지역에서 복사할 및 그것의 녹음 방송 종료 telomeric 반복로1,2내 염색체 끝을 향해. 이러한 이유로, 테라 사본 그들의 5' 끝에 subtelomeric 파생 시퀀스의 구성 하 고 telomeric 반복 (척추 동물에 UUAGGG)3종료. 역할 제안 되었습니다 테라,7,8 끝 telomeres4,5, DNA 복제6, 염색체 가운데 동종 재결합을 추진에서 섬으로 형성을 포함 하 여 중요 한 , 9, telomere 구조10및 telomere 길이 항상성2,11,,

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프로토콜

1입니다. 네오 마이 신 내성 클론의 선택

  1. 햄의 F-12_K (Kaighn) 매체와 10% 태아 둔감 한 혈 청 (FBS), 2 mM L-글루타민, 페니실린 (매체의 mL 당 0.5 단위), 스 (중간의 mL 당 0.2 µ g) 37 ° C, 5% CO2보충에 AGS 세포 성장. SgRNA/Cas9 벡터와 MS2 카세트 1시 10분에 표현 된 50-60% 합류에 셀 transfect 어 금 니 비율21.
    참고: 병렬 실험에서 GFP 표현 벡터 (즉, Cas9-GFP 벡터) transfecting 여 transfection 효율을 확인 합니다. 적어도 60-70 %transfection 효율을 달성 한다.
  2. 다음 날, 0.7 µ g/mL 최종 농도 (선택적 매체)에서 네오 마이 신을 포함 하는 매체 자란 매체를 바꿉니다.
    참고: 셀 분할 하 고 그들을 시드 선택적인 매체에 다음날 transfection 선택 프로세스 속도가 향상 됩니다. 모든 비 페 셀 즉시 죽을 것 이다. Transfection 6 잘 플레이트에서 수행 하는 경우이 경우는 60%에서 각 잘 합류 포함 약 0.7 x 106 셀, 셀 10 cm 접시 포함 하 선택적인 매체에 단일 우물에서....

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결과

그림 1 실험적인 전략의 개요를 나타냅니다. 프로토콜 및 AGS 셀에서 테라 MS2 클론의 세대를 위한 나타내는 타임 라인의 주요 단계 (그림 1A) 표시 됩니다. 1 일에서 6 잘 플레이트의 여러 우물 MS2 카세트와 sgRNA/Cas9 (참조 그림 1B) 벡터 표현 페는. 2 개의 다른 subtelomere 15q 전용 가이드 RNA 순서 Cas9 nickase 표현에서 복제는 pX335 벡터, 공동 transfected MS2 카세트는 2 개의 sgRNA pX335 벡터를 생성. 접시의 한 잘 transfection 효율을 확인 하기 위해 벡터를 표현 하는 GFP와 페 수 있습니다. 2 일에 셀 trypsinized 이며 .......

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토론

이 문서에서 우리는 subtelomere 15q 통합 MS2 시퀀스를 포함 하는 인간의 암 세포 클론을 생성 하는 방법을 제시. 이러한 클론을 사용 하 여, subtelomere 15q에서에서 복사할 MS2 태그 테라 분자 MS2 GFP 융해 단백질의 공동 식으로 형광 현미경 검사 법에 의해 검색 됩니다. 이 방법은 단일에서 표현 하는 테라의 역학을 공부 하는 연구자 수 생활에서 telomere21세포. 이 프로토콜에서 테라 MS2 클론 AGS 셀 라인, 테라, 테라 식 이기 때문에 인간의 위 암 샘플24upregulated 공부 하는 재미 있는 모델 시스템을 나타내는 선택 됩니다. 그러나, 여기에 설명 된 프로토콜은 다른 셀 라인에서 테라 MS2 클론 선택 적용할 수 있습니다. MS2 시퀀스의 통합 원리에 홍보하실 수 있습니다 subtelomere 다른 telomere 15q에 특정 MS2 카세트 및 CRISPR 전략을 사용 하 여. 여기에 .......

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공개 사항

저자 아무 경쟁 금융 관심 선언

감사의 글

우리는 Trento의 대학에 CIBIO의 고급 이미징 시설 및 비엔나에서 BioOptics 빛 현미경 시설 최대 F. Perutz 실험실 (MFPL)에서 직원에 게 감사. 이러한 결과 연구는 기금을 받았다 Mahlke Obermann 재단 및 연구, 기술 개발 및 실증에 대 한 유럽 연합의 7 차 프레임 워크 프로그램에서 부여 계약 없음 609431 적에 EC는 이탈리아 정부 대학 교육 및 연구 (MIUR)에서 리 타 레비 Montalcini 친교에 의해 지원 됩니다.

....

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재료

이 논문에 사용된 재료 목록
이름회사카탈로그 번호댓글
AGS 세포--Christian Baron(Université de Montré al)을 사용합니다.
F12K 너트 믹스 1XGIBCO21127022AGS 세포
L-글루타민용 배양 배지 코닝MT25005CI세포 배양 배지의 구성 요소
페니실린 스트렙토마이신 용액CORNING30-002-CI세포 배양 배지의 구성
Fetal Bovine SerumSigma AldrichF2442세포 배양 배지의 구성
DMEM 1XGIBCO피닉스 세포
CaCl2Sigma AldrichC1016피닉스 세포 형질주입에 사용됨
HEPES시그마 알드리치H3375피닉스 세포 형질주입에 사용됨(HBS 용액),
KCl시그마, 알드리치P9333피닉스 세포 형질주입(HBS 용액)에 사용됨,
포도당,시그마, 알드리치D9434피닉스 세포 형질주입(HBS 용액)에 사용됨,
NaCl시그마, 알드리치S7653피닉스 세포 형질주입(HBS 용액) 및 레트로바이러스 침전에 사용됨
Na2HPO4Sigma AldrichS3264피닉스 세포 형질주입에 사용됨(HBS 용액),
TRYPSIN EDTA SOLUTION, 세포분할에 사용되는CORNING59430C
DPBS 1XGIBCO14190250Dulbecco의 인산염 완충 식염수
DMSOSigma AldrichD8418세포 동결 매체의 구성 요소 (80% FBB 및 20% DMSO)
G-418 디설페이트FormediumG4185선택 약물 for 
젤라틴 용액 생물 시약Sigma AldrichG139396 웰 DNA 플레이트 및 냉동 플레이트의 코팅
Tris-baseFisher BioReagents10376743게놈 DNA 추출을 위한 세포 용해 완충액의 구성 요소
EDTASigma AldrichE6758게놈 DNA 추출을 위한 세포 용해 완충액의 구성 요소
SDSSigma Aldrich71729게놈 DNA 추출을 위한 세포 용해 완충액의 구성 요소
Proteinase KThermo FisherAM2546게놈 DNA 추출을 위한 세포 용해 완충액의 구성 요소
RNAse AThermo FisherDNA추출 중 RNA 분해
12091021 AgaroseSigma AldrichA5304DNA 겔 준비
Atlas ClearSightBioatlasBH40501아가로스 젤
에탄올피셔 바이오시약BP28184DNA 침전
나트륨 아세테이트에서Sigma Aldrich711963M 농도에서 DNA 침전에 사용 pH5.2
Wizard SV 젤 및 PCR 클린업 시스템PromegaA9282네오마이신 양성 클론의 PCR 스크리닝 중 아가로스 겔에서 PCR 단편 추출
TrizolAMBION15596018RNA 추출에 사용되는 유기 용매
Dnase ITHERMO SCIENTIFIC89836RNA에서 게놈 DNA의 분해 
dNTP는RT 및 PCR 반응에 사용되는Invitrogen10297018
RT 반응에 사용되는DTTInvitrogen707265ML
디에틸 피로탄산염Sigma AldrichD5758물에서 RNAs를 비활성화하는 데 사용됨(1:1000 희석),
RibolockThermo FisherEO0381RNase 억제제
MOPSSigma AldrichM9381RNA 겔
파라포름알데히드준비 전자 현미경 과학15710변성 RNA 겔 준비(1x MOPS에 1% PFA)
위 첨자 III 역전사 효소Invitrogen18080-093역전사 반응
Pfu DNA 중합효소(재조합)Thermo ScientificEP0501PCR 반응
2X qPCRBIO SyGreen Mix Separate-ROXPCR BIOSYSTEMSPB 20.14qPCR 반응
Cre-GFP 아데노바이러스https://medicine.uiowa.edu/vectorcore1174-HT제거하기 위해 TERRA-MS2 클론을 감염시키는 데 사용됩니다
PEG8000Sigma Aldrich89510레트로바이러스 입자의 침전
35µ-Dish Glass BottomIbidi81158TERRA-MS2 클론의 라이브 셀 이미징 분석에 사용됩니다.
요소 요소 용 21068028 배양 배지 , , , , 1X ,성 DNA와 RNA 샘플을 감지하는 데 사용되는 염색 시약; 혼합,,, , , , , , , 는 피닉스 세포에서 레트로바이러스 입자 생성을 촉진하는 데 사용되는 Neomycn 유전자 Sodium Butyrate Sigma Aldrich B5887을 은

참고문헌

  1. Azzalin, C. M., Reichenbach, P., Khoriauli, L., Giulotto, E., Lingner, J. Telomeric repeat containing RNA and RNA surveillance factors at mammalian chromosome ends. Science. 318 (5851), 798-801 (2007).
  2. Schoeftner, S., Blasco, M. A.

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재인쇄 및 허가

태그

TERRAMS2 GFPRNA FISHTRF2 mCherry