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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
여기, 우리 면역 형광 염색 법을 사용 하 여 마커 단백질, confocal 현미경 검사 법 및 컴퓨터 기반 분석 시 냅 스 단백질의 분포를 결정 하는 양적 접근 방식을 설명 합니다.
존재, 결핍, 또는 특정 시 냅 스 단백질의 수준을 심각 하 게 시 냅 스 전송을 좌우할 수 있다. Elucidating 단백질의 기능, 뿐만 아니라 또한 그것의 배급을 결정에 필수적입니다. 여기, 우리는 면역 형광 검사, confocal 현미경 검사 법, 및 시 냅 스 단백질 발동기 (TPRGL 또는 SVAP30 라고도 함)의 분포를 확인 하기 위해 컴퓨터 기반 분석 프로토콜을 설명 합니다. 우리는 따라서 발동기의 분포 synaptic vesicles의 풍부에 상대적인 양적 방식 결정 시 냅 스 소포 단백질 synaptophysin의 발동기의 분포를 비교 합니다. 특히,이 방법은 잠재적으로 다른 연구를 통해 또는 다른 항 체 또는 현미경을 사용 하 여 단백질의 분포의 비교 있도록 구현 수 있습니다. 우리의 방법은 절대 형광 수준 보다는 오히려 비율을 양보 하 여 immunofluorescent stainings의 고유의 가변성 circumvents. 또한, 우리가 설명 하는 방법 다른 수준에 단백질의 분포를 분석 하는 연구원을 가능: 전체 뇌 조각 한 두뇌 지역, 다른 레이어는 해 마의 또는 감각에서 오는 다른 아구에 뇌 영역에서 외피가입니다. 움직이는 시 냅 스 소포와 연결 되는 척추 관련 단백질 이다. 이 방법으로 우리는 발동기입니다 heterogeneously 뇌 영역, 상부 복 부 마, septal 핵에는 편도 해 마의 다른 레이어 같은 단일 뇌 영역 내에서 분산을 보여줍니다.
뉴런 간의 통신 시 냅 스 라는 전문된 연락처 사이트에서 발생 합니다. 시 냅 스 통합 하는 시 냅 스 전송 하는 다른 단백질의 무수를 포함 합니다. 그 단백질의 일부는 신경 시스템을 통해 다른 유형의 분포를 표시 하 고 모든 시 냅 스1에 존재 하지 않습니다. 이러한 단백질에 대 한 한 예로 시 냅 스 소포 프라이 밍 과정에 포함 되는 Munc13 이다. heterogeneously 뇌2전체 분포, Munc13의 다른 isoforms 그리고 존재 또는 부재 특정 isoforms의 영향을 미칠 수 단기 시 냅 스가 소성 및 시 냅 스 소포 역학3, 4 , 5. 따라서 뇌 분야에 걸쳐 다른 시 냅 스 단백질의 존재를 식별할 수에 중요 한 중요성의 이다.
-지금까지-시 냅 스 단백질의 정량화에 대 한 선택의 메서드는 질량 분석 및 서 부 럽, 보다는 오히려 immunohistochemistry6,7,,89. 경우에 따라 여러 가지 방법은 모두 수량과 특정 단백질 (즉, 빌헬름 외 의 지역화를 평가 하기 위해 서로 보완 하 되 10). 여기 설명 하는 방법 지역화 하 고 정량화 없이 단순히 채용 immunofluorescent stainings 어떤 생 화 확 적인 방법을 사용 하 여 관심사의 단백질의 수 있습니다. 또 다른 장점은 여기은 훨씬 작은 지역에는 정량화를 할 수 있습니다, 따라서, 그 보다 더 구체적인 다른 방법으로 달성. 그러나, 하나의 신뢰할 수 있는 레퍼런스 단백질 관심사의 단백질의 분포를 평가 하는 데 필요한은 고려 하고있다.
Immunohistochemistry 여 형광 얼룩 다른 신경 구획 내에서 뿐만 아니라 뇌 영역에 걸쳐 정기적으로 단백질의 지역화를 식별할 수 있습니다. 다른 구획을 식별 하기 위해 특정 마커 사용 됩니다. 일반적으로, synapsin 및 synaptophysin11 에 대하여 항 체 바 순에 대 한 항 체는 연 접 터미널12의 활성 영역 레이블을 동안 시 냅 스 소포 라벨을 사용할 수 있습니다. 기공을 전송기, 기공을 조미료 전송기 (vGluT) 또는 기공을 GABA 운송업 자 (vGAT), 같은 라벨을 흥분 성의13 및 금지14 연 접 맨끝 각각 사용 됩니다. Postsynaptic 측면에서 호머 단백질에 대 한 항 체 postsynaptic 터미널과 postsynaptic 밀도 단백질 95 (PSD95)15,,1617 또는 gephyrin18 에 대 한 항 체를 채택 될 수 있다 , 19 , 20 흥분 성의 또는 금지 postsynaptic 단말기를 각각 레이블을 수 있습니다. 관심 및 위에서 설명한 것과 같은 표시자의 단백질에 대하여 항 체를 사용 하 여 하나 이러한 단백질의 지 방화를 결정할 수 있습니다. 날짜에 많은 연구 질적 방법21에이 일을. 그러나, 특정 시 냅 스 단백질의 차등 분배를 안정적으로 결정 하려면 하나 결정 해야 합니다 하지만 그것의 존재 또는 부재 뿐만 아니라 그것의 상대 농도. 시 냅 스의 밀도 크기의이 시 냅 스 마커 및 관심사의 단백질 간의 비율을 설정 하는 것이 중요 합니다. 그렇지 않으면, 해 마의 비 피라미드 층 및 소 뇌의 분자 층 등 냅 풍부한 지역 시 냅 스 단백질, 시 냅 스의 높은 밀도 인해만 하지만 그 단백질의 강한 존재 때문에의 높은 밀도 표시 됩니다. (예를 들어, Wallrafen 및 Dresbach1) 각 시 냅 스. 신경 소마 (예를 들어, TGN3822)에 단백질이 hippocampal 피라미드 셀 레이어 또는 hippocampal 또는 소 뇌과 립 세포 층 신경 셀 시체의 높은 농도 때문에 강한 존재를 보여줄 것 이다 일반적으로 다른 한편으로, 에 그 지역. 따라서,이 비 균질 유통 구조,이 경우 synapses, 자체는 관심사의 단백질의 분포의 잘못 된 추정으로 이어질 수 있습니다. 또한, 샘플 immunohistochemical stainings에 걸쳐 휘도 얼룩에 본질적인 변화가입니다. 여기에 설명 된 프로토콜 고려이 고 immunohistochemical 방법에서 발생 하는 다른 주의 사항으로 그런 편견을 피 한다.
우리 16 서로 다른 뇌 영역1에 걸쳐 발동기 (TPRGL23 또는 SVAP3024라고도 함)의 차동 식을 설명 하기 위해이 메서드를 사용 해야, 우리의 최근 연구. 움직이는 척추 관련 시 냅 스 단백질 시 냅 스 소포에 협회에서 찾을 수 있습니다 및 영향 신경 전달 물질 방출25,,2627이다. 우리 시 냅 스 소포 참조 표식으로 synaptophysin에 대 한 얼룩에 의해 시 냅 스 소포의 풍요에 발동기 식을 관련 있다. 우리는 특히 septal 핵, 복 부 마와 편도 체에 발동기의 높은 수준을 발견. 해 마, 내 우리 레이어 내부 hippocampal 계산와 입력 및 출력 계층의 낮은 수준에서에서 높은 수준으로 발동기의 다른 유형의 분포를 발견.
이 프로토콜은 실험 동물에 포함 되지 않습니다. 뇌 샘플을 얻기 위해 동물의 euthanizing 관련 실험 승인 번호 T 10/30 (Tierschutzkommission der Universitätsmedizin 괴팅겐) 현지 동물 보호 당국에 의해 승인 되었다.
참고:이 프로토콜에 대 한 3 성인 남성 C57BL/6 마우스 사용 되었다.
1. 샘플 준비
2입니다. 면역 형광 검사
3입니다. 영상
4. 컴퓨터 기반 분석
5. 데이터 처리
대표 다른 마커 패턴을 얼룩이 지는 그림 1에서 볼 수 있습니다. 패턴은 단백질의 분포에 따라 달라 집니다. 5 rostro 꼬리 수준의 예 열 (A)에 표시 됩니다-(E). 첫 번째 행에 표시 되는 대표적인 DAPI 얼룩: DAPI는 세포의 DNA를 준수 하 고 따라서 핵은 스테인드. 이 결과 punctate 패턴. 높은 세포 밀도 낮은 세포 밀도와 지역 보다 밝은. Heterogeneously 분산된 단백질에 대 한 예는 두 번째 행에서 볼 수 있습니다. 얼룩이 발동기 밝은 핫스팟 지역 및 주차 지역 두뇌에 걸쳐 차등 분배를 보여준다. 세 번째 행에서 더 균질 분산된 참조 마커 synaptophysin에 대 한 예가 표시 됩니다. 두 단백질의 오버레이 (4 행) 차동의 분포를 보여줍니다 발동기 (빨간색) 마커 단백질 synaptophysin (녹색)에 비해.
그림 2 는 프로토콜의 4 단계에 설명 된 정량화. 반구 (발동기, 그림 2A; synaptophysin, 그림 2B) 및 (발동기, 그림 2C; 관심 분야를 통해 서로 다른 채널에 대 한 평균 형광 강도 값은 synaptophysin, 그림 2D). 시 냅 스 소포 수를 감안 발동기 풍부를 확인 하려면 비율 synaptophysin 형광 값 게 발동기 형광 값의. 관심 분야에 대 한 이러한 비율 그림 2E에 표시 됩니다 및 발동기의 이질적인 배급의 표시를 제공 하는 이미, 분야와 높고 낮은 발동기 레벨 시 냅 스 소포에 상대적으로. 또한 고유의 기술 변화에 대 한 보상, (그림 2E) 한 지역에 비율 (표시 되지 않음) 반구 전체에 비해 이며 백분율으로 번역. 얼마나 많은 발동기의 측정이 상대 발동기 풍부 (그림 2F) 제공이 관심 상대 평균에 한 지역에 존재 합니다.
위에서 설명 했 듯이,이 기술은의 주요 장점 중 하나 아주 작은 지역, 심지어 오는 아구와 관심 분야의 레이어 관심사의 단백질의 풍부를 결정 하는 기능입니다. 이 응용 프로그램의 한 예는 그림 3, 상대 발동기 풍부 해 마의 하위에 여러 계층에 대 한 결정은에 표시 됩니다. 그림 3C, 그림 3E, 및 에 표시 된 계층에 해당 하는 다른 레이어에 그림 3D,F, 그림 3 그림 3H 정량화 그림 3G, 해당 색상으로. 해 마, 내 발동기 heterogeneously 배포, 레이어 내부 hippocampal 계산 (즉,가 이랑 [DG] 지층 radiatum의 변이 층과 관련 된 시 냅 스 소포에 상대적으로 높은 발동기 레벨 lucidum oriens 뿔 Ammonis 3의 [CA3] 지층 radiatum 그리고 뿔 Ammonis 1 [CA1]의 oriens), 및 입력 및 출력 계층의 낮은 수준 (DG, CA3와, CA1 피라미드 세포 층의 내부 및 외부 분자 층 및 지층 lacunosum-moleculare의 CA1)입니다.

그림 1 : DAPI의 대표적인 면역 형광 이미지 (첫 번째 행), 발동기 (두 번째 행), synaptophysin (3 행), 그리고 그들의 (4 행, 녹색에서 빨간색으로 synaptophysin에 발동기) 5 rostro 꼬리 수준 (A-E)에서 오버레이. 관심 분야는 패널의 위쪽 행에 회색으로 음영 처리 된. M1, 기본 모터 피 질; IoC, Calleja;의 섬 ACC, 전방 대상 피 질; 서울대, septal 핵; VPa, 복 부 마; 쿠의 루 하프, 핵 accumbens; CP, 꼬리가 putamen; S1, 기본 somatosensory 피 질; Hc, 해 마; 오전, 편도; MHa, 중간 habenula; PAG, periaqueductal 회색; SN, substantia nigra; VTA, 복 부 tegmental 지역; MLC, 소 뇌;의 분자 층 GLC, 소 뇌의 세분화 된 계층 눈금 막대 = 500 µ m. 이 그림은 Wallrafen 및 Dresbach1에서 수정 되었습니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

그림 2 : 5 rostro 꼬리 단계에 걸쳐 발동기 분포의 정량화. 움직이는 신호 (A)와 서로 다른 수준에서 synaptophysin 신호 (B)의 형광 강도 의미 한다. 16 수동으로 delineated 뇌 영역에서 동기 신호 (C)와 synaptophysin 신호 (D)의 형광 강도 의미 한다. (E) 비율의 발동기 그리고 관심의 16 뇌 영역에 synaptophysin. (F) 해당 반구의 비율을 각각 영역에 발동기/synaptophysin 비율 비교과 상대 발동기 풍부의 정량화. M1, 기본 모터 피 질; IoC, Calleja;의 섬 ACC, 전방 대상 피 질; 서울대, septal 핵; VPa, 복 부 마; 쿠의 루 하프, 핵 accumbens; CP, 꼬리가 putamen; S1, 기본 somatosensory 피 질; Hc, 해 마; 오전, 편도; MHa, 중간 habenula; PAG, periaqueductal 회색; SN, substantia nigra; VTA, 복 부 tegmental 지역; MLC, 소 뇌의 분자 층 검은 점 들에는 단일 데이터 지점을 나타냅니다. 막대는 평균 ± 표준 오차 (SEM) 의미의 표시 됩니다. 이 그림은 Wallrafen 및 Dresbach1에서 수정 되었습니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

그림 3 : 마우스 해 마에서 발동기 배포. 면역 형광 검사 stainings 마우스 해 마의 코로나 조각의. 보여주는 이기종 발동기 정규식 패턴 (A)와 (B) 얼룩 해당 Synaptophysin 해 마의 개요. 관심 (DG, 그림 3C의 3 개 지역 CA3, 그림 3E; CA1, 그림 3G)는 흰색 점선으로 구분 된. (D,F,H) 부 량에 해당 하는 반구의 비율을 각각 레이어 비율을 비교. 막대 그래프에서 색상 C, E및 G패널에 각 음영에 해당합니다. 움직이는 식이 내부 hippocampal 계산 (즉, DG, 지층 radiatum, lucidum 고 CA3, 및 지층 radiatum oriens CA1 oriens의 변이 레이어)와에 주요 입력-출력 레이어 (낮은 수준에서 높은 DG, CA3와, CA1 피라미드 세포 층의 내부 및 외부 분자 층 및 CA1의 지층 lacunosum-moleculare). OML, 외부 분자 층; IML, 내부 분자 레이어; GrL, 세분화 된 계층; PmL, 변이 레이어/hilus; 그래서, 지층 oriens; 스파이, 지층 pyramidale; SLu, 지층 lucidum; SR, 지층 radiatum; SLM, 지층 lacunosum-moleculare 눈금 막대 500 µ m. 검은 점 대표 단일 데이터 포인트 =. 바 보여 평균 ± SEM. 이 그림은 Wallrafen 및 Dresbach1에서 수정 되었습니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

표 1: 솔루션이이 프로토콜에 사용입니다.

표 2:이 프로토콜에 사용 되는 항 체.

표 3: 데이터 처리의 예입니다.
저자는 공개 없다.
여기, 우리 면역 형광 염색 법을 사용 하 여 마커 단백질, confocal 현미경 검사 법 및 컴퓨터 기반 분석 시 냅 스 단백질의 분포를 결정 하는 양적 접근 방식을 설명 합니다.
우리는 우수한 기술 지원 Irmgard와 이즈를 감사합니다. 저자는 헤르메스 Pofantis / Andoniya Petkova 지원을 인정합니다. 저자는 또한 유럽 신경 과학 연구소의 LSM800 및 기술 지원, 특히 박사 Nils Halbsgut에 의해 사용에 대 한 감사합니다. 이 작품은 대학 의료 센터 괴팅겐에 의해 투자 되었다. JSV 인정 나노 현미경과 분자 생리학의 두뇌 (CNMPB)를 위한 센터에 의해 지원 합니다.
| 1.5 mL 반응 튜브 | Eppendorf | 30120094 | |
| 50 mL 반응 튜브 | Greiner Bio-One | 227261 | |
| 멀티웰 24 웰 | Fisher Scientific | 087721H | |
| 플라스틱 피펫 (일회용) | Sarstedt | 861,176 | |
| 1000 mL 피펫 | Rainin | 17014382 | |
| 2 ml 피펫 | Eppendorf | 3123000012 | |
| Vortex Genius 3 | IKA | 3340001 | |
| Menzel 현미경 슬라이드 | Fisher Scientific | 10144633CF | |
| 스테레오스코프 | Leica | ||
| LSM800 | Zeiss | 컨포칼 현미경 | |
| 동결 마이크로톰 | Leica | ||
| PBS (10X) | Roche | 11666789001 | |
| PFA | 시그마 | P6148-1kg | |
| NaCl | BioFroxx | 1394KG001 | |
| 자당 | neoFroxx | 1104KG001 | |
| Tissue Tek | Sakura | 4583 | OCT |
| Na2HPO4 | BioFroxx | 5155KG001 | |
| NaH2PO4 | Merck | 1,063,460,500 | |
| 일반 염소 혈청 | Merck Millipore | S26-100ML | |
| 일반 당나귀 혈청 | Merck | S30-100ML | |
| Triton X-100 | Merck | 1,086,031,000 | |
| 토끼 안티 무버 | 시냅스 시스템 | RRID: AB_10804285 | |
| 기니피그 항 시냅토피 | 신시냅스 시스템 | RRID: AB_1210382 | |
| 당나귀 항 토끼 AF647 | 잭슨 면역연구 | RRID: AB_2492288 | |
| 염소 항 마우스 AF488 | 잭슨 면역연구 | RRID: AB_2337438 | |
| Mowiol4-88 | Calbiochem | 475904 | |
| ZEN2 블루 소프트웨어 | , Zeiss | 현미경 소프트웨어 | ,|
| FIJI | ImageJ | 분석 소프트웨어 | |
| Microsoft Excel | ,Microsoft |