많은 연구자들은 스프레드시트가 아닌 데이터베이스로 보다 효율적으로 관리할 수 있는 "중간 크기", 저속 및 다차원 데이터를 생성합니다. 여기서는 다차원 데이터 시각화, 관계형 데이터베이스 구조의 테이블 연결, 반자동 데이터 파이프라인 매핑, 데이터베이스 사용 등 데이터베이스의 개념적 개요를 제공하여 데이터 의미를 설명합니다.
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이 논문에서
요약
초록
과학은 진행을 위해 점점 더 복잡한 데이터 세트에 의존하지만 스프레드시트 프로그램과 같은 일반적인 데이터 관리 방법은 이 정보의 규모와 복잡성이 증가하는 데 는 부적절합니다. 데이터베이스 관리 시스템은 이러한 문제를 해결할 수 있지만 일반적으로 비즈니스 및 정보학 분야 외부에서는 사용되지 않습니다. 그러나 많은 연구 실에서는 이미 유사한 시스템을 구현하면 큰 이점을 얻을 수 있는 "중간 크기", 저속, 다차원 데이터를 생성합니다. 이 문서에서는 데이터베이스가 어떻게 작동하는지 설명하고 조직 공학 응용 프로그램에서 제공하는 이점을 설명하는 개념적 개요를 제공합니다. 라메 A/C 돌연변이를 가진 개별에게서 구조섬유아세포 데이터는 특정 실험 문맥 내의 보기를 설명하기 위하여 이용되었습니다. 예를 들어 다차원 데이터 시각화, 관계형 데이터베이스 구조의 테이블 연결, 원시 데이터를 구조화 된 형식으로 변환하는 반자동 데이터 파이프라인 매핑, 쿼리의 기본 구문 설명 등이 있습니다. 데이터를 분석한 결과, 허친슨-길포드 프로게리아, 잘 알려진 laminopathy 및 기타 모든 실험 군 사이의 정렬된 환경에서 세포 조직에서 다양한 배열및 중요성의 플롯을 생성하는 데 사용되었다. 스프레드시트와 비교하여 데이터베이스 메서드는 매우 시간 효율적이고, 한 번 설정하면 사용하기 쉽고, 원본 파일 위치에 즉시 액세스할 수 있으며, 데이터 엄격성도 향상되었습니다. 국립 보건원 (NIH)이 실험적 엄격함을 강조함에 따라 많은 과학 분야가 복잡한 데이터를 효과적으로 구성 할 수있는 강력한 능력으로 인해 결국 데이터베이스를 일반적인 관행으로 채택 할 가능성이 높습니다.
서론
과학적 진보가 기술에 의해 크게 좌우되는 시대에, 많은 양의 데이터를 처리하는 것은 모든 분야에서 연구의 필수적인 측면이되었습니다. 전산 생물학 및 유전체학과 같은 새로운 분야의 출현은 기술의 사전 활용이 얼마나 중요한지 강조합니다. 이러한 경향은 무어의 법칙과 기술발전1,2에서얻은 꾸준한 진보로 인해 계속될 것이 확실합니다. 그러나 한 가지 결과는 이전에 실행 가능한 조직 방법의 기능을 초과하는 생성된 데이터의 양이 증가하고 있다는 것입니다. 대부분의 학술 실험실은 복잡한 데이터 세트를 처리하기에 충분한 컴퓨팅 리소스를 가지고 있지만, 많은 그룹은 개발 요구에 적합한 사용자 정의 시스템을 구축하는 데 필요한 기술 전문 지식이 부족3. 이러한 데이터 집합을 관리하고 업데이트하는 기술을 갖추는 것은 효율적인 워크플로우 및 출력에 매우 중요합니다. 데이터와 전문 지식 간의 격차를 해소하는 것은 광범위한 다각적인 데이터를 효율적으로 처리, 재업데이트 및 분석하는 데 중요합니다.
확장성은 대용량 데이터 집합을 처리할 때 필수적인 고려 사항입니다. 예를 들어 빅 데이터는 방대한 볼륨, 큰 이질성 및 오디오....
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프로토콜
참고: 이 프로토콜에 사용된 소프트웨어 버전은 재료 표를 참조하십시오.
1. 데이터가 데이터베이스 조직 구성표의 이점을 얻을 수 있는지 평가합니다.
- 예제 코드 및 데이터베이스를 다운로드합니다(표 1에요약된 추가 코딩 파일참조).
- 그림 1을 사용하여 관심 있는 데이터 집합이 "다차원"인지 평가합니다.
참고: 그림 1은 예제 데이터 집합에 대해 제공된 다차원 데이터베이스의 그래픽 표현입니다. - 데이터가 예제와 같은 "다차원" 형태로 시각화될 수 있고 특정 실험 결과를 어떤 차원(즉, 조건)과 연관시킬 수 있는 능력이 사용 가능한 데이터에 대한 더 큰 과학적 통찰력을 허용할 경우, 관계형 데이터베이스를 구성할 수 있습니다.
2. 데이터베이스 구조 구성
참고: 관계형 데이터베이스는 정보를 테이블 형식으로 저장합니다. 테이블은 스프레드시트와 유사한 행 및 열 스키마로 구성되며 데이터베이스 내의 ....
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결과
데이터의 다차원성
여기에 제시된 예제 데이터 세트의 맥락에서, 방법 섹션에 기술된 피험자는 심장 질환을 유발하는 LMNA 돌연변이("환자"), 관련 비돌연변이 음성 대조군("대조군"), 관련 비돌연변이 음성 대조군("Donors"), 허친슨-길포드 프로게리아 증후군(HGPS)을 가진 개인으로부터 3개의 가족으로부터의 집단으로분할되었다. 대조군과 기증자의 결과는 LMNA 돌연변이의 그들의 집합적인 부족을 감안할 때 전반적인 음성 통제 (N.C.) 단으로 더 그룹화될 수 있었습니다. 모든 피험체의 세포주에는 상태군(그림 1 – 진한 청색축)에 따라 "돌연변이 상태"가 연관되었다. 각 실험에 대해, 피험자로부터의 섬유아세포 세포는 조직화되지 않은(등방성) 또는 미세패턴(Lines) 섬유넥틴의 배열에 배양되었고, "패턴 유형"(도1
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토론
프로토콜에 대한 기술적 논의
데이터베이스 사용을 고려할 때 첫 번째 단계는 데이터가 이러한 조직에서 도움이 될지 여부를 평가하는 것입니다.
다음 필수 단계는 사용자의 최소 입력을 요청하고 테이블 데이터 구조를 생성하는 자동화된 코드를 만드는 것입니다. 이 예에서 사용자는 데이터 유형(세포 핵 또는 구조 측정), 세포주의 피사체 지정자 및 선택중인 파일 수의 범주를 입력했습니다. 그런 다음 관련 파일을 사용자가 선택하였고(표2,열 1), 행 항목이 자동으로 생성되고 파일 내에 포함된 모든 변수로 채워집니다(표2,열 2). 또한 다른 실험 항목을 추가해야 하는 경우 사용자가 루프를 계속하도록 선택할 수 있도록 코드가 유연해야 합니다. 그렇지 않으면 파일이 저장되고 루프가 끝납니다. 이 단계에서 설명하는 파일 위치에서 새 항목을 추가하고 오류를 확인하고 스프레드시트를 어셈블하는 기본 기능은.......
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공개 사항
저자는 공개 할 것이 없다.
감사의 글
이 작품은 국립 심장에 의해 지원, 폐, 그리고 건강의 국립 연구소에서 혈액 연구소, 부여 번호 R01 HL129008. 저자는 특히 연구 결과에 있는 그들의 참여를 위한 LMNA 유전자 돌연변이 가족 구성원을 감사합니다. 우리는 또한 세포 배양과 실험실 공간을 유지하는 그녀의 도움린다 맥카시에게 감사드리고 싶습니다, 세포 이미징 및 핵 데이터 분석에 그녀의 참여에 대한 Nasam Chokr, 우리의 초기 마이크로 소프트 액세스 데이터베이스를 설정뿐만 아니라 다른 기술적 인 질문에 대답과 관련된 조언에 대한 마이클 A. 그로스 버그.
....액세스가 제한되었습니다. 이 콘텐츠를 보려면 로그인하거나 체험판을 시작하세요.
재료
| 이름 | 회사 | 카탈로그 번호 | 댓글 |
|---|---|---|---|
| 4',6'-디아미노디노-2-페닐리노돌(DAPI) | Life Technologies, 칼즈배드, 캘리포니아 | ||
| Alexa Fluor 488 Phalloidin | Life Technologies, 칼즈배드, 캘리포니아 | ||
| Alexa Fluor 750 염소 안티 토끼 | 라이프 기술, 칼즈배드, 캘리포니아 | ||
| 디지털 CCD 카메라 ORCAR2 C10600-10B | Hamamatsu Photonics, 시즈오카 현, 일본 | ||
| 피브로넥틴 | Corning, Corning, NY | ||
| IX-83 도립 전동 현미경 | Olympus America, Center Valley, PA | ||
| Matlab R2018b | Mathworks, Natick, MA | ||
| MS Access | Microsoft, Redmond, WA | ||
| 파라포름알데히드(PFA) | Fisher Scientific Company, Hanover Park, IL | ||
| polycloncal rabbit anti-human fibronectin | Sigma Aldrich Inc., Saint Louis, MO | ||
| 폴리디메틸실록산(PDMS) | Ellsworth Adhesives, Germantown, WI | ||
| Prolong Gold Antifade | Life Technologies, Carlsbad, CA | ||
| 직사각형 유리 커버슬립 | Fisher Scientific Company, Hanover Park, IL | ||
| Triton-X | Sigma Aldrich Inc. , 세인트루이스, MO |
참고문헌
- Cavin, R. K., Lugli, P., Zhirnov, V. V. Science and engineering beyond Moore's law. Proceedings of the IEEE. 100, Special Centennial Issue 1720-1749 (2012).
- Mast, F. D., Ratushny, A. V., Aitchison, J. D. Systems cell biology. The Journal of Cell Biology. 206 (6), 695-706 (2014).
- Barone, ....
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재인쇄 및 허가
