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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
제시된 것은 미생물과 외종의 효과적인 농축 및 격리를 위한 종이 기반 장치를 제조하는 프로토콜이다.
Microvesicles 및 엑소좀은 세포 외 환경에 풀어 놓이고 바디를 통해 순환하는 작은 membranous 소포입니다. DNA, mRNA, miRNA, 단백질 및 지질과 같은 다양한 부모 세포 유래 생체 분자를 함유하고 있기 때문에, 그들의 농축 및 격리는 임상 응용을 위한 잠재적인 바이오마커로서 그들의 착취를 위한 중요한 단계입니다. 그러나, 종래의 절연 방법(예를 들어, 초원심분리)은 마이크로베실 및 엑소좀에 상당한 손실과 손상을 일으킨다. 또한 이러한 방법은 시약의 초원심 분리, 적재 및 낭비의 여러 반복 단계가 필요합니다. 이 문서에서는 간단한 방식으로 미세 채소와 외종의 효과적인 농축 및 절연을 위해 설계된 종이 접기 종이 기반 장치 (엑소-PAD)를 제조하는 상세한 방법을 설명합니다. 수렴 시료 영역이 있는 아코디언형 다층으로 구성된 엑소-PAD의 독특한 디자인은 이온 농도 편광 기술과 통합되어 특정 층에서 마이크로베실과 외종의 5배 농축을 가능하게 한다. 또한, 농축된 마이크로베실과 엑소솜은 엑소-PAD를 펼치기만 하면 격리된다.
마이크로베식과 엑소좀은 각각 0.2-1 μm 및 30-200 nm를 측정하는 작은 멤브레인 소포입니다. 그(것)들은 몇몇 다른 세포,모형1,,2,3,,4,5에의해 세포 외 환경으로 분비됩니다., 그들은 DNA, mRNA, miRNA, 단백질 및 지질의 하위 집합의 형태로 부모 세포 정보를 포함하고, 혈청, 혈장, 소변, 뇌척수액, 양수 및 타액6,,7,,8,,9와같은 다양한 체액을 통해 신체 전체를 순환한다. 따라서, 생물학적 유체로부터 미생물과 외종의 효율적인 분리를 위한 기술은 새로운 치료법의 개발뿐만 아니라 질병의 진단, 예후 및 실시간 모니터링 분야에서 광범위한 기회를 제공할 수 있다.
그러나, 초원심분리에 기초한 마이크로베실 및 엑소좀에 대한 종래의 절연 방법은 매우 시간이 많이 소요되고 시료의 상당한 손실 및 오염을 야기한다. 이는 여러 번거로운 파이펫팅 및 적재 단계와 반복된 초원심,분리5,6,,10,11,,12를포함하는 다양한 시약의 폐기를 수반하기 때문이다., 더욱이, 초원심심분리(~100,000 x g)에의해 유도되는 높은 전단 응력은 미생물과 외종의 물리적 용해를 유발하여 회복율(5-23%)6,,13,,14를산출할 수 있다. 따라서, 마이크로베식및 엑소좀을 위한 매우 효율적이고 눈에 거슬리지 않는 격리 기술은 손상과 손실을 줄이기 위해 개발되어야 하므로 더 높은 회수율을 달성해야 합니다.
종이 접기 종이 기반 장치 (엑소-PAD)는 마이크로베실과 엑소좀6의간단하고 온화하며 매우 효율적인 격리를 위해 개발되었습니다. 엑소-PAD의 디자인은 지름이 점차 감소하는 일련 적으로 연결된 샘플 영역이 있는 다중 접힌 종이입니다. 이온 농도 편광(ICP) 기술은 전농축이 전하된 생체분자를 전하하는 나노 전기키네틱 현상이며, 이 독특한 설계와 통합되었다. Exo-PAD를 사용하면 특정 층에서 마이크로베식과 엑소좀이 5배 농축되고 장치를 전개하기만 하면 격리가 발생했습니다. 이 문서에서는 엑소-PAD를 자세히 설명하며, 전체 장치 제조 및 작동에서 사용 분석에 이르기까지 방법을 설명하고 대표적인 결과를 보여주는 6을설명한다.
1. 장치 제작
2. 이온 농도 편광에 의한 미생물과 외종의 농축 및 공간 초점
3. 농축 된 미생물과 외종의 격리
4. 전자 현미경 분석 스캐닝
5. 나노 입자 추적 분석
농축 된 미생물 및 엑소좀의 최대 회수 율을 달성하기 위해 작동 시간을 최적화해야합니다. 시간이 부족하여 농축을 감소시키는 마이크로베식과 엑소좀의 충분한 이동을 허용하지 않는 반면, 과도한 시간은 공간 초점을 악화시키고 따라서 미세 채소와 외식을 분산시합니다. 따라서 시간 최적화 단계를 통해, 마이크로베식및 엑소좀의 최대 전농도 계수와 마이크로베실과 엑소좀이 가장 농축되는 최종 위치를 확인할 수 있다. 미생물과 외종의 최종 위치를 찾기 위해, 형광으로 표지된 미생물및 엑소좀의 시간 경과 이동은현미경(도 2A)으로관찰되었고 모든 샘플 영역에서형광 강도는 ImageJ 소프트웨어(그림2B)를사용하여 정량화하였다. 농축 공정(도2A,0분) 전에, 마이크로베실과 엑소좀은 종이 매트릭스의 약간의 여과 작용(도2B,0분)으로 인해 강도가 점진적으로 감소하는 모든 샘플 영역에 분산되었다. 10분 처리후(도 2A,10분), 마이크로베스캔및 엑소솜은 전기키네틱으로 이동하여 7층에 즉각적인 프리농도 플러그가 나타났다. 추가 처리는 마이크로베실과 엑소좀의 더 큰 전농도를 달성했습니다. 공정 시간이 20분이면, 마이크로베실과 엑소좀은 형광강도(도 2B,20분)에 기초하여 8층과 9층(도2A,20분)에 강하게 집중되었고, 5배 농축하였다.
사전 농도 과정을 완료한 후, 농축된 마이크로베실과 엑소좀은 장치를 전개하여 분리되었고, 층 8의 샘플 영역은 추가 분석을 위해 밖으로 펀치하였다. SEM 이미지는 농축 된 미생물 및 엑소좀의 무결성을 조사하기 위해 얻어졌습니다. SEM영상(도 3A)에도시된 바와 같이, 농축 과정 이후에 훨씬 더 손상되지 않은 미생물 및 엑소좀이 관찰되었다. 얻어진 SEM 영상을 이용하여, 농축된 미생물및 엑소좀의 크기분포(도 3B)를분석하였으며, 여기서 외종및 미생물은 200nm의 임계 직경에 기초하여 구별되었다. 즉, 외종의 크기는 평균 직경 134nm의 95~195nm, 평균 직경 315nm의 214~377nm의 마이크로베실의 크기입니다.
이어서, 6층, 8, 10층의 샘플 영역에 농축된 미생물 및 엑소좀의 실제 농도는 NTA에 의해 분석되었다. 농축 전에 농도는 ~2.24 x10 11 입자/mL로 8층(도3C,층 8)이었다. 농축 후, 농도는 ~1.25 x 10 12μm/mL로 8층(도3C,층 8)이었으며, 이는 마이크로베실과 엑소좀이 ~5.58의 인자에 의해 미리 집중되었음을 나타낸다.12 눈에 띄는 사전 농도는 다른층(도 3C,층 6 및 10)에서 관찰되지 않았다. 종합하면, 이러한 결과는 제안된 종이 기반 장치가 약 5배씩 마이크로베시클과 엑소좀을 풍부하게 할 수 있음을 보여준다.
장치의 절연 효율은 다음과 같이 평가하였다: 엑소-PAD의 협착 설계로 인해 10층에서 총 15μL의 샘플 부피 중 ~2.2 μL밖으로 8층 과 9층으로 수용될 수 있는 샘플 부피가 ~2.2 μL이다. 모든 미세채소와 엑소좀이 8층과 9층에 미리 집중되어 분실되지 않는 이상적인 경우, 이상적인 전농도 계수는 ~6.8(15 μL/2.2 μL = ~6.8)이어야 한다. 그러나, NTA(도3c)에의해 얻어진 실험전농도인자는 ~5.58로, 이는 1.22 마이크로베실및 엑소좀의 일부가 종이 매트릭스에 대한 용해 또는 비특이적 결합에 의해 손실되었다는 것을 의미한다.
여기서 2.24 x 1012 입자/mL은 마이크로베실과 엑소좀의 초기 농도이다. 이 계산에서 엑소-패드의 예상 손실률은 약 18%입니다. 따라서 격리 효율은 약 82%입니다. 이는 초원심분리(5%-23%)의 저조한 수익률에 비해 크게 개선된 수치입니다.

그림 1: 조립에서 작동까지 전체 엑소-PAD 절차입니다. (A)셀룰로오스 종이에 소수성 왁스의 인쇄를 안내하는 소프트웨어 설계. (B)120°C에서 80s에 대한 오븐에서 인큐베이션 후 왁스 인쇄 용지. (C)개별 장치는 커터를 사용하여 절단된다. (D)퍼미선택적 멤브레인 용액은 왼쪽 및 오른쪽 층의 샘플 영역에 떨어지고 용매가 70°C에서 핫플레이트에서 30분 동안 증발된다.(E)인쇄된 엑소-PAD는 백색 선을 따라 앞뒤로 접혀; 따라서 모든 샘플 영역은 수렴연결됩니다. (F)미세베식 및 외식 샘플이 샘플 영역에 적재된다. (G)두 개의 아크릴 챔버가 장치의 끝에 배치되고 작은 바인더 클립으로 고정됩니다. (H)아크릴 챔버는 완충액으로 채워지고 2개의 Ag/AgCl 전극이 삽입되어 30V.(I)장치는 미리 농축된 마이크로베실과 엑소좀을 분리하기 위해 전개된다. (J)도면 8과 9층의 샘플 영역은 분석을 위해 펀치아웃된다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

그림 2: 장치 작동 중 형광으로 표지된 미생물 및 외종의 관찰 및 해당 형광 강도. (A)마이크로베실과 외종의 시간 경과 관찰. 스케일 바 = 5mm. 20분 처리로, 마이크로베식과 엑소좀은 8층과 9층에 강하게 집중되었고, 여기서(B)약 5배씩 농축되었다. 오류 막대는 표준 편차를 나타냅니다(n = 3). 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

그림 3: 농축된 미생물 및 외종의 분석. (A)농축 된 미생물및 엑소좀의 무결성을 보여주는 SEM 이미지. 사전 농도 후, 더 많은 미생물및 엑소좀이관찰되었다 6. 스케일 바 = 1 μm. (B)농축 된 미생물 및 엑소좀의 크기 분포. 엑소솜 크기는 95-195 nm (평균 직경 = 134 nm)이고 마이크로베시클 크기는 214-377 nm (평균 직경 = 315 nm)이었다. (C)NTA를 사용하여 평가된 농축 된 미생물 및 엑소좀의 실제 농도. 농축 후, 마이크로베실과 엑소좀의 농도는 형광 결과6과일치하는 다섯 배 증가. 오류 막대는 표준 편차를 나타냅니다(n = 3). 패널 A와 C는 김 외6의허락하에 재현된다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.
보충 도 1: 마이크로베시클과 엑소좀은 미리 집중되어 8층에 초점을 맞춘 소 세럼 알부민(BSA)과 분리되어 1-3층에 머물렀다. Please click here to download this file.
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제시된 것은 미생물과 외종의 효과적인 농축 및 격리를 위한 종이 기반 장치를 제조하는 프로토콜이다.
이 연구는 한국 국립연구재단인 그랜트 NRF-2018R1D1A09090840444가 지원했다. 이준은 2019년 광운대학교 연구보조금의 지원을 받았다. 김효린 은 한국과학기술원(KIAT)이 운영하는 산업통상자원부(MOTIE)의 '산업전문가를 위한 역량개발 프로그램'의 지원을 받았다. P0002397, 웨어러블 스마트 기기의 산업 융합을 위한 HRD 프로그램).
| Ag/AgCl 전극 | A-M 시스템, Inc. | 531500 | |
| 소 혈청(BSA)의 0.15인치 직경 알부민, Alexa Fluor 594 접합체 | Thermo Fisher Scientific | A13101 | BSA와 Alexa Fluor 594(Ex/Em: 590/617 nm) |
| 탄산염-중탄산염 완충액 | Sigma-Aldrich | C3041-50CAP | 탄산염 완충액 |
| CorelDraw 소프트웨어(Coral Co., Canada) | 왁스 인쇄를 정의하기 위한Corel Corporation | 프린터 소프트웨어 지역 | |
| ColorQube 8870 | Xerox Corporation | 왁스 프린터 | |
| 크로마토 그래피 종이 1 학년 | Whatman | 3001-861 | 셀룰로오스 종이, 크기 : 20 * 20 cm |
| 형광 표지 엑소좀 표준 | HansaBioMed Life Sciences, Ltd. | HBM-F-PEP-100 | FITC로 표시된 엑소좀(Ex/Em: 490/520nm) |
| Keithley 2410 전류/전압 소스 미터 | Keithley Instruments, Inc. | 현재– 전압 소스 측정 시스템 | |
| Nafion perfluorinated resin solution | Sigma-Aldrich | 31175-20-9 | Permselective membrane, 20 wt.% in the mixture of lower aliphatic alcohols and water; contains 34% |
| water NanoSight LM10 | NanoSight Technology | Nanoparticle tracking analysis (NTA) machine | |
| phosphate-buffered saline (PBS, pH7.4) | Thermo Fisher Scientific | 10010001 |