여기에서는 콜라겐분해효소 I형과 초원심분리를 통한 소화를 조합하여 생쥐 비장 유래 엑소좀을 분리하는 프로토콜을 제시합니다.
방법 논문
* These authors contributed equally
여기에서는 콜라겐분해효소 I형과 초원심분리를 통한 소화를 조합하여 생쥐 비장 유래 엑소좀을 분리하는 프로토콜을 제시합니다.
엑소좀(Exosome, Exo)은 동물, 식물, 원핵생물 등 다양한 세포에서 분비되는 지질이중층 구조입니다. 이전 연구에 따르면 체액성 또는 세포 상층액에서 유래한 Exo는 새로운 진단 또는 예후 바이오마커에 대한 유망한 표적이며 질병 발병기전에서 중요한 역할을 강조합니다. 조직 유래 Exo(Ti-Exo)는 조직 특이성과 미세환경을 정확하게 반영하는 능력으로 인해 점점 더 주목을 받고 있습니다. 틈새 공간에 존재하는 Ti-Exo는 세포 간 통신 및 장기 간 신호 전달에 중요한 역할을 합니다. 질병 기전을 규명하는 데 있어 인정받은 가치에도 불구하고 Ti-Exo를 분리하는 것은 조직 매트릭스의 복잡성과 추출 방법의 가변성으로 인해 여전히 어려운 과제로 남아 있습니다. 이 연구에서는 생쥐 비장 조직에서 엑소좀을 분리하기 위한 실용적인 프로토콜을 개발하여 후속 식별 분석 및 기능 연구를 위한 재현 가능한 기술을 제공했습니다. 우리는 비장 유래 Exo를 분리하기 위해 차등 초원심분리와 결합된 Type I 콜라겐분해효소 분해를 사용했습니다. 분리된 Exo의 특성은 전자 현미경, nano-flow cytometer, western blot을 통해 확인되었습니다. 분리된 비장 유래 Exo는 입자 크기가 30nm에서 150nm에 이르는 지질 이중층 소포의 전형적인 형태를 보여주었습니다. 또한, 엑소좀 마커의 발현 프로파일을 통해 엑소좀의 존재와 순도를 확인할 수 있었습니다. 종합하면, 우리는 생쥐에서 비장 유래 Exo를 분리하기 위한 실용적인 프로토콜을 성공적으로 확립했습니다.
엑소좀(Exosome, Exo)은 크기가 30nm에서 150nm에 이르는 세포외 소포체(EV)의 하위 그룹으로, 단백질, 핵산 및 지질을 포함한 다양한 생체 분자 어레이를 캡슐화합니다1. 이 생체 분자는 부모 세포에서 파생되어 세포 외 공간으로 방출됩니다. Exo는 세포와 주변 미세환경 간의 생체 분자 정보 교환을 촉진하여 원핵 및 진핵 시스템 모두에서 역할을 합니다2. 내용물, 크기, 막 구성 요소, 세포 기원과 같은 엑소좀의 특성은 매우 다양하며 원래 세포 유형, 세포 상태 및 환경 조건의 영향을 받습니다.
엑소좀은 일반적으로 원료에 따라 세포 배양 유래, 체액 유래, 조직 유래(Ti-Exo)의 세 가지 범주로 분류됩니다. 세포 배양 유래 엑소좀은 접근성과 일관된 수율로 인해 광범위하게 연구되어 왔지만, 장기간 배양 후 세포 특성의 잠재적인 변화로 인해 생물학적 기능을 잘못 나타낼 수 있으므로 사용이 제한됩니다 3,4,5. 더욱이, 대부분의 세포 배양은 복잡한 in vivo 세포 간 상호 작용을 모방하지 않는 2차원 환경에서 유지되며, 이는 잠재적으로 데이터 해석에 영향을 미칠 수 있다6. 반대로, 생물학적 유체에서 분리한 엑소좀은 질병 진행을 실시간으로 모니터링할 수 있는 최소 침습 옵션을 제공합니다7. 그러나 이러한 샘플에는 다양한 기원의 엑소좀이 혼합되어 있는 경우가 많아 주요 출처인 엑소좀을 정확하게 식별하기가 복잡하다8. 이러한 문제를 감안할 때 세포외 간질에 상주하며 세포간 신호전달의 핵심 매개체인 Ti-Exo에 대한 관심이 높아지고 있습니다.
비장은 면역 기능과 내부 항상성 유지에 중요한 역할을 합니다. 뇌, 간, 종양과 같은 장기에서 Ti-Exo를 분리하기 위한 기존 프로토콜에도 불구하고 비장 유래 엑소좀에 대한 실용적인 방법은 제한적으로 보고되고 있습니다 9,10. 이 연구는 이전 보고서에서 수정된 마우스의 비장 조직에서 엑소좀을 분리하기 위한 실용적인 프로토콜을 확립하는 것을 목표로 했습니다11. 콜라겐분해효소 분해 후 초원심분리를 수반하는 방법에 대해 자세히 설명하는데, 이는 세포막의 파괴를 최소화하고 비장 유래 Exo의 높은 순도와 수율을 보장합니다. 이 확립된 프로토콜을 사용하는 분리된 Exo의 특성은 전자 현미경(TEM), 나노 유세포 분석기(Nano-FCM) 및 웨스턴 블롯을 통해 검증되었으며, 이를 통해 추가 실험 연구를 위한 프로토콜의 효능을 확인했습니다.
샘플은 광동 의과대학 윤리위원회(Ethics Committee of Guangdong Medical University)의 윤리적 승인을 받은 쥐에서 채취한 것입니다. 이 프로토콜에 사용된 재료, 장비 및 소프트웨어에 대한 자세한 설명은 재료 표에 나와 있습니다. 추출 전 준비의 세부 사항은 그림 1에 나와 있으며, Spleen-Exo 추출 및 농축 과정은 그림 2에 설명되어 있습니다.
1. 준비
100mm), 50mL 멸균 원심분리 튜브, 얼음 및 멸균 세포 여과기(
70μm)를 준비합니다.
된 100mm 페트리 접시에 비장 조직을 놓고 1x 얼음 멸균 인산염 완충 식염수(PBS)로 표면 혈액을 씻어냅니다. 멸균 거즈로 비장 조직을 건조시키고 건조 후 무게를 잰다.
70μm)에 수분을 공급합니다.2. 조직 소화
3. 차등 원심분리에 의한 엑소좀 분리
4. 투과전자현미경(TEM)에 의한 엑소좀 특성 분석
참고: TEM은 추출된 Exo가 소포 특성을 나타내는지 여부를 확인하는 데 사용되었습니다. 전자 현미경으로 식별된 Exo 샘플은 신선한 샘플이거나 4°C에서 짧은 시간 동안 잠시 보관해야 합니다.
5. 엑소좀의 크기 분포 및 입자 농도 측정
6. 엑소좀 단백질의 용해 및 면역블롯 확인
비장 유래 엑소좀(spleen-derived exosome)의 분리 및 정제
쥐의 비장 조직에서 엑소좀을 분리하기 위해 콜라겐분해효소 분해효소 분해와 차등 초원심분리를 조합했습니다(그림 2). 초기 단계에는 비장 조직을 전처리하여 표면 혈액을 제거한 다음 I형 콜라겐분해효소로 소화하는 것이 포함되었습니다. 이 효소 처리는 세포외 기질 구성 요소의 분해를 촉진하여 엑소좀을 온전하게 보존하면서 엑소좀을 방출했습니다. 분해 후, 일련의 원심분리 단계를 사용하여 세포 파편, 세포사멸체, 더 큰 소포를 순차적으로 제거했으며, 120,000 x g에서 상층액을 초원심분리하여 엑소좀을 펠릿화했습니다. 후속 분리 절차에서는 그림 3G와 같이 비장 유래 Exo가 농축된 PBS 용해성 펠릿이 수득되었습니다.
TEM 결과
분리된 엑소좀의 형태는 엑소좀의 특성을 연구하기 위한 표준 방법인 투과 전자 현미경을 사용하여 조사되었습니다. TEM은 일반적으로 엑소좀의 존재를 검증하고, 엑소좀의 품질을 평가하고, 엑소좀의 형태를 관찰하는 데 사용됩니다. TEM 이미지(그림 4A)는 엑소좀의 특징인 컵 모양의 소포의 존재를 보여주었습니다. 이 소포는 명확한 지질 이중층 구조를 나타내어 비장 조직에서 엑소좀이 성공적으로 분리되었음을 확인했습니다.
Spleen-Exo의 크기 분포
엑소좀의 크기, 분포 및 농도는 nano-flow cytometer를 사용하여 측정하였습니다. 결과(그림 4B)에 따르면 분리된 엑소좀의 직경은 30-150nm이며 최대 농도는 약 60nm입니다. 분리된 입자의 직경은 주로 50-80nm였으며 평균 입자 농도는 4.6 x 109 입자/mL였습니다. 이 크기 범위는 이전에 보고된 엑소좀의 특성과 일치하여 분리 프로토콜을 추가로 검증합니다.
웨스턴 블랏 분석
엑소좀 마커의 존재를 확인하기 위해 웨스턴 블롯 분석을 수행했습니다. Spleen-Exo 샘플에서 엑소좀 마커 TSG101 및 CD9가 검출된 반면, 음성 대조군으로 사용된 골지체 매트릭스 단백질인 GM130은 검출되지 않았습니다(그림 4C). 이에 비해 이들 마커의 단백질은 마우스의 비장 조직(Spleen-T)에서 발현되었습니다. 이는 분리된 엑소좀의 순도가 높았음을 나타내는데, 이는 엑소좀에 세포 오염 물질이 없었기 때문입니다.

그림 1: 공급 준비. (A) 50mL 원심분리기 튜브, 배양 접시, 얼음 및 수술 도구를 생물 안전 캐비닛에 넣었습니다. (B) 멸균 세포 스트레이너(
70μm). (C) 멸균된 수술 도구. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

그림 2: Spleen-Exo 분리 절차. 비장 조직을 준비하고 얼음 PBS에서 작은 조각으로 자른 다음 Type I 콜라겐 분해 효소로 소화하고 지시된대로 원심 분리합니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

그림 3: Spleen-Exo 분리의 대표 이미지. (A) 후속 소화를 위해 준비된 작은 비장 블록. (B) 소화 완충액이 있는 비장 조직 블록. (C) 500 x g 원심분리 후의 펠릿. (D) 3,000 x g 원심분리 후의 펠릿. (E) 10,000 x g 원심분리 후의 펠릿. (F) 120,000 x g 원심분리 후의 펠릿. (G) 120,000 x g 원심분리 후 엑소좀 펠릿. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

그림 4: Spleen-Exo의 식별. (A) 컵 모양의 형태를 가진 원형 또는 타원형 막소포로 분리된 입자를 보여주는 TEM 결과. 스케일 바 = 각각 200nm 및 50nm. (B) Flow Nano Analyzer에 의한 크기 분포 분석에 따르면 Spleen-Exo의 직경은 50nm에서 80nm까지 주로 다양하며 평균 입자 농도는 4.6 × 109 입자/mL입니다. (C) GM130의 음성 발현과 함께 Spleen-Exo에서 엑소좀 특이적 마커 단백질(TSG101 및 CD9)의 발현을 보여주는 웨스턴 블롯 분석. 이러한 마커는 마우스 비장(Spleen-T 그룹)에서 추출한 단백질 샘플에서 검출할 수 있었습니다. 대표적인 웨스턴 블롯 이미지를 보여주었습니다(n=6개 조직). 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.
최근 연구에 따르면 비장 유래 엑소좀(Spleen-Exosome, Spleen-Exo)은 위암 치료에 중요한 역할을 합니다12. Spleen-Exo의 기능을 더욱 명확하게 규명하기 위해서는 비장 조직에서 이를 추출하기 위한 재현 가능하고 최적의 방법을 확립해야 합니다. 뇌암과 간암에서 엑소좀을 분리하기 위한 프로토콜이 존재하지만, 13,14 다른 조직에 대한 방법은 아직 개발되지 않았으며 추가 검증이 필요합니다. 이 연구에서는 비장 조직에서 Exo를 분리하는 실용적인 방법을 설명했습니다.
지난 몇 년 동안 초원심분리, 밀도 구배 원심분리, 자기 비드 면역흡착, 한외여과 및 고분자 침전을 포함하여 과학 연구 및 응용 분야에서 Exo를 추출하기 위해 다양한 방법이 사용되었습니다15. 초원심분리는 다양한 출처에서 Exo를 추출하기 위한 황금 표준 방법으로 남아 있습니다. 이전 연구는 Exo16의 세포 내 및 세포 외 소스로 구성된 더 높은 농도의 Exo를 얻기 위해 조직 구조를 파괴하는 데 중점을 두었습니다. 콜라겐분해효소는 세포막의 무결성에 미치는 영향을 최소화하여 Ti-Exo3의 순도를 보장합니다. 콜라겐 분해 효소는 인간 전이성 흑색종, 지방암, 결장암 및 간암 조직에서 세포 외 소포를 추출하는 데 사용되었습니다 5,10,13,17. 그러나 콜라겐분해효소의 농도와 소화 시간은 조직마다 다릅니다.
우리는 소화를 위해 Type I 콜라겐 분해 효소를 사용하여 Spleen-Exo를 분리한 다음 차등 초원심분리를 통해 여과하여 고품질 Spleen-Exo를 생산하기 위한 특정 프로토콜을 수립했습니다. 초원심분리는 샘플에서 잔류 세포, 큰 소포, 세포 파편 및 자가사멸체를 효과적으로 제거할 수 있습니다16. Crescitelli et al.은 콜라겐분해효소 D와 그래디언트 초원심분리를 사용하여 평균 직경이 75nm인 작은 세포외 소포체를 분리했습니다5. 엑소좀의 프로토콜과 비교했을 때, 당사의 프로토콜은 최적의 엑소좀 순도를 달성하기 위해 I형 콜라겐분해효소와 120,000 x g의 추가 초원심분리 단계를 사용했습니다. 조직 현탁액14,18을 얻기 위해 조직 균질화를 사용한 이전 보고서와 달리, 당사의 접근 방식은 조직 내 세포의 막 무결성을 보존합니다. 또한, Vella et al.은 밀도 구배 원심분리(삼중 자당 구배)를 적용하여 3개의 입자 그룹을 생성했으며, 이는 작업10에 추가 시간이 필요했습니다. 이 접근법은 200nm 이상의 크기를 가진 큰 소포, 50nm에서 200nm 범위의 이질적인 소포 집단 및 약 20nm 크기의 작은 소포를 생성했습니다. 이 연구 프로토콜에 설명된 프로토콜에는 잔류 세포, 세포 파편, 자가사멸체 및 더 큰 소포를 체계적으로 제거하여 얻은 Exo의 순도를 향상시키기 위한 일련의 초원심분리 단계가 포함됩니다. 우리는 침전된 펠릿을 방해하지 않도록 상층액 수집 중 신중한 취급을 강조합니다.
TEM 및 나노입자 추적 분석을 통해 분리된 Spleen-Exo의 형태와 순도를 평가합니다. 두 분석 모두 이 프로토콜에 의해 분리된 비장 유래 입자가 엑소좀의 전형적인 특성인 30nm에서 150nm에 이르는 크기의 지질 이중층과 컵 모양의 소포를 나타낸다는 것을 밝혔습니다19. CD9 및 TSG101은 엑소좀 마커19이며, 골지단백질인 GM130은 엑소좀 식별20을 위한 음성 마커로 사용됩니다. 그 결과 Spleen-Exo는 CD9 및 TSG101에 대해 양성인 반면 GM130은 검출되지 않은 것으로 나타났으며, 이는 비장에서 고품질 조직 유래 Exo를 성공적으로 분리한 것을 확인했습니다.
고품질 Ti-Exo를 얻기 위해서는 적절한 효소 유형, 농도 및 소화 기간과 적절한 조직 저장을 선택하는 것이 필수적입니다. 우리는 신선한 비장 조직과 냉동 비장 조직에서 유래한 Exo 간에 단백질 농도에서 유의미한 차이를 관찰하지 못했으며(데이터는 표시되지 않음), 이는 워크플로우를 줄이기 위해 대량의 냉동 조직을 처리하는 것이 가능함을 나타냅니다. Ti-Exo를 분리하려면 초원심분리기의 경우 긴 작동 시간이 필요하므로 임상 응용 분야에서 새로운 조직을 사용할 때 적절한 기간 내에 전체 프로토콜을 완료하는 것이 비현실적입니다. 따라서 엑소좀 분리를 위해 냉동 조직을 사용하는 것이 더 나은 선택이 될 것입니다. 37°C에서 해동하는 것은 조직 내 동결 보호제의 불완전한 침투로 인해 동결 조직에 적합하지 않습니다. 냉동 조직을 얼음 위에서 해동하여 엑소좀 분리를 시행한 결과, 엑소좀의 수율은 신선한 조직에 비해 함량에서 유의성이 없는 것으로 보고되었다21. 따라서 얼어붙은 비장 조직을 얼음 위에서 해동하여 -80°C에서 보관 샘플을 사용할 때 엑소좀 분리를 수행했습니다.
그러나 본 연구에서 설명하는 프로토콜에는 몇 가지 제한 사항이 있습니다. 추출 및 식별과 관련된 광범위한 단계는 시간이 많이 걸립니다. Exo 연구를 임상 질병 치료에 적용하는 궁극적인 목표를 감안할 때 더 빠르고 비용 효율적인 방법이 점점 더 중요해지고 있습니다. 또한 결과는 쥐 조직 샘플을 기반으로 하지만 인간 조직에 대한 적용 가능성은 아직 결정되지 않았습니다.
결론적으로, 이 프로토콜은 비장 조직에서 고순도 Exo를 추출하는 방법을 제공하며, 이는 상세한 다운스트림 분석에 적합합니다. 조직 유래 Exo는 기원의 미세환경을 보다 정확하게 반영하며 살아있는 유기체의 생리학적 및 병리학적 과정을 설명할 수 있는 상당한 잠재력을 가지고 있습니다. 향후 연구에서는 이 프로토콜을 인체 조직에 적용하여 진단 및 치료 목적으로 임상적으로 관련된 엑소좀을 추출할 수 있습니다. 이 기술은 면역 체계에서 비장의 중요한 기능을 감안할 때 면역 반응에서 엑소좀의 역할을 연구하는 데 특히 유용할 수 있습니다. 또한, 이 프로토콜은 엑소좀을 다른 조직에서 분리하도록 수정될 수 있으며, 이는 잠재적으로 조직 특이적 바이오마커 및 표적 치료제의 개발에 도움이 될 수 있습니다. 이 프로토콜은 엑소좀 생물학에 대한 이해를 높임으로써 정밀 의학의 발전과 새로운 치료 전략 개발에 기여할 수 있습니다.
저자들은 서로 상충되는 이해관계가 없다고 선언한다.
이 연구는 중국 국립자연과학재단(82370281, 81870222), 광동성 자연과학재단(2022A1515012103), 과학, 잔장시 기술개발 특별기금 경쟁배분 프로젝트(2021A05086), 광동의과대학 제2부속병원 스타트업 재단(23H03)의 지원을 받았습니다.
| 이름 | 회사 | 카탈로그 번호 | 댓글 |
|---|---|---|---|
| 70 &마이크로; m 세포 여과기 | Biologix Group Co., Ltd.미국 | 15-1070 | |
| Anti CD9 항체 | Cell Signaling Technology, Inc (CST), 미국 | 983275 | |
| Anti GM130 항체 | Proteintech Group, Inc.China | 66662-1-lg | |
| 안티 TSG101 항체 | Abcam Plc, 영국 | 125011 | |
| 세포 배양 접시 | Wuxi NEST Biotechnology Co., Ltd, 중국 | 704001 | |
| 원심분리기 튜브 | Wuxi NEST Biotechnology Co., Ltd, 중국 | 788211 | |
| 콜라겐분해효소 유형 I | Sigma-Aldrich Corp., 미국 | C2674 | |
| 데스크탑 온도 조절 셰이커 | Shanghai bluepard instruments Co., Ltd., 중국 | THZ-100 | |
| 전기영동 완충액 | Wuhan Servicebio Technology Co., Ltd., 중국 | G2081-1L | |
| Enhanced BCA 단백질 분석 키트 | Shanghai Beyotime Biotechnology Co., Ltd., 중국 | P0010S | |
| 흐름 나노 분석기 | NanoFCM Inc., 중국 | N30E | |
| 형광/화학발광 이미징 시스템 | Guangzhou Biolight Biotechnology Co., Ltd., 중국 | GelView 6000Plus | |
| HRP 염소 안티 마우스 IgG | Proteintech Group, Inc.China | 15014 | |
| HRP 염소 항 토끼 IgG | Proteintech Group, Inc.China | 15015 | |
| 마이크로플레이트 리더 | Molecular Devices, 미국 | CMax Plus | |
| Microscissors | Shanghai 의료 악기 (그룹) Co., Ltd., 중국 | WA1010 | |
| 마이크로 핀셋 | 상하이 의료 악기 (그룹) Co., Ltd., 중국 | WA3010 | |
| Multifuge X1R Pro 원심 분리기 | Thermo Fisher Scientific, 미국 | 75009750 | |
| 안과 가위 | 상하이 의료 Instruments (group) Co., Ltd., China | Y00030 | |
| 안과 핀셋 | 상하이 의료 Instruments (Group) Co., Ltd., 중국 | JD1060 | |
| Optima XPN-100 한외여과 원심분리기 | Beckman Coulter, USA | A94469 | |
| 인산염 완충 식염수(PBS) | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd., 중국 | P1003 | |
| RIPA 용해 완충액(강, 억제제 없음) | Shanghai Beyotime Biotechnology Co., Ltd., 중국 | P0013K | |
| 룰 | 델리 제조 회사, 중국 | ||
| SDS-PAGE 샘플 로딩 버퍼, 5x | Shanghai Beyotime Biotechnology Co., Ltd., 중국 | P0015 | |
| Transfer Pipet | Biologix Group Co., Ltd.USA | 30-0238A1 | |
| 투과 전자 현미경 | Hitachi, Japan | H-7650 | |
| 초원심분리관 | Beckman Coulter, USA | 355618 | |
| Western Transfer Buffer | 무한 Servicebio Technology Co., Ltd., 중국 | G2028-1L |
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