방법 논문

Differential Genes Analysis and Validation of Disulfideptosis in Rat Myocardial Ischemia-Reperfusion Injury Model(쥐 심근허혈-재관류 손상 모델에서 디설피뎁토시스의 차등 유전자 분석 및 검증)

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DOI:

10.3791/68019

⸱

2025년 4월 18일

 , 
1Department of Cardiovascular Medicine, The Affiliated Hospital of Guizhou Medical University

이 논문에서

요약

이 프로토콜은 생물정보학 분석 및 실험적 검증을 통해 심근 허혈-재관류 손상과 관련된 몇 가지 새로운 디설피듀토시스 관련 감별 유전자를 식별하는 방법을 설명합니다.

초록

심근 허혈-재관류 손상(MIRI)은 허혈로 인한 손상 후 심장 조직 혈류를 회복하는 과정에서 발생하는 추가 손상입니다. MIRI는 심근경색 후 재관류의 효능과 단기 및 장기 예후에 심각한 영향을 미칩니다. 현재로서는 MIRI의 메커니즘이 완전히 명확하지 않습니다. 디설피뎁토시스는 새로운 세포 사멸 방식이며, MIRI와 디설피뎁토시스 관련 유전자(DRG) 발현 사이의 관계는 아직 불분명합니다. 첫째, 본 연구는 생물정보학 분석을 통해 MIRI에서 이설피뎁토시스와 관련된 차등적으로 발현된 유전자를 탐구합니다. 둘째, MIRI의 랫트 모델을 구축하여 DRG를 추가로 검출했습니다. 이 연구는 Myh9, SLC7A11, SLC3A2, Myh7b, ACTB, FLNB, Actn1, Actn4, Flnc, Dbn1 및 Pdlim1을 포함한 12개의 관련 유전자를 확인했습니다. MIRI를 가진 쥐의 심근 조직은 명백한 병리학적 손상과 세포사멸 사건을 보여줍니다. 면역조직화학(immunohistochemistry)의 결과는 MIRI 자극이 심근 조직에서 GLUT1 단백질의 발현을 증가시키지만 F-actin 단백질의 발현을 제한하는 것으로 나타났습니다. 또한 3개 단백질의 발현에서 상당한 차이는 외부 데이터 세트와 MIRI 쥐 모델을 사용하여 검증되었습니다. 이 연구는 DRG가 MIRI에서 유의미한 예측 가치를 가짐을 입증하여 MIRI의 바이오마커 및 잠재적 치료 표적을 탐색하기 위한 새로운 전망을 제공했습니다.

서론

급성 심근경색(AMI)은 심각한 심혈관 질환이며 전 세계적으로 주요 사망 원인으로 남아 있습니다. 경피적 관상동맥 중재술은 AMI 환자의 사망률을 유의하게 감소시켰다1. 그러나 심근 혈액 공급을 회복하기 위한 재관류 요법은 일련의 불리한 병리학적, 생리학적 반응을 동반합니다. 이러한 과정은 경색 크기 증가, 심근 세포 사멸, 심실 부정맥 지속, 돌연사2를 초래할 수 있습니다. 심근 허혈-재관류 손상(MIRI)은 사이토카인, 케모카인, 성장 인자, 산화 스트레스 및 칼슘 과부하와 같은 요인의 영향을 받는 복잡한 심혈관 질환입니다3. MIRI를 완화하는 것은 여전히 중요한 과제입니다.

최근 디설피뎁토시스는 NADPH+ 고갈로 인한 세포 내 시스테인을 포함한 이황화물의 과도한 축적으로 인해 세포골격 액틴 네트워크의 급격한 붕괴를 특징으로 하는 새로운 형태의 세포 사멸로 부상했습니다. 과도한 이황화물 축적은 세포골격 단백질 간의 이황화 결합을 방해하여 액틴 이동과 세포 사멸을 유발합니다 4,5. 세포사멸(apoptosis), 괴사(necrosis), 파이롭토시스(pyroptosis) 및 페롭토시스(ferroptosis)와 같이 이전에 보고된 형태의 세포 사멸과 달리, 디설피뎁토시스는 세포 내 이황화물의 과도한 응집에 의해 시작되며 다른 세포 사멸 경로의 특정 억제제에 의해 길항되지 않습니다. 독특한 세포 사멸로, 증거에 따르면 세포 포도당 결핍으로 유발된 SLC7A11 과발현은 이술피결소증을 유발할 수 있습니다4. MIRI 후 불충분한 인슐린 분비는 저혈당증과 그에 따른 이황화증을 유발할 수 있으며, 이는 심근 세포에 추가 손상을 유발할 수 있으며 MIRI5의 새로운 메커니즘 중 하나일 수 있습니다.

이 연구의 주요 목표는 GEO(Gene Expression Omnibus)와 같은 포괄적인 유전자 발현 데이터베이스를 활용하여 정상 샘플과 MIRI 샘플 간의 차등 유전자 발현을 분석하는 것이었습니다. MIRI에서 차등 발현을 보이는 디설피뎁토증 관련 유전자(DRG)를 확인하기 위해 차등적으로 발현된 유전자와 디설피뎁토시스와 관련된 유전자 간의 교차 참조 분석을 수행했습니다. 주요 유전자를 식별하기 위해 머신 러닝 알고리즘을 사용했으며, 동물 모델을 사용하여 선택된 차등 유전자의 발현 패턴을 검증했습니다. 이 접근법은 MIRI의 발병과 진행의 기저에 있는 잠재적 메커니즘에 대한 더 깊은 이해를 얻기 위한 새로운 관점을 제공합니다. 이 연구의 주요 초점은 MIRI 내의 새로운 세포 사멸 메커니즘을 조사하고, 관련 감별 유전자를 밝히고, 이러한 결과를 검증하기 위한 예비 실험을 수행하는 것이었습니다. 궁극적인 목표는 이 새로운 세포 사멸 메커니즘을 기반으로 MIRI를 완화하기 위한 새로운 치료 표적을 식별하는 것이었습니다.

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프로토콜

이 연구를 위해 6-8주, 체중 180-220g의 Sprague-Dawley(SD) 수컷 쥐 9마리를 후베이 실험 동물 연구 센터[SCXK(Hubei) 20200018]에서 선택했습니다. 쥐는 1주일 동안 적응하기 위해 특정 병원체가 없는 동물 집에 보관되었으며, 12시간/12시간 명암 주기, 무료 음주 및 식사가 있었습니다. 본 연구는 쭌이의과대학 제3부속병원 동물윤리위원회의 승인을 받아 진행되었다(승인번호: (2016)-1-56). 모든 절차는 미국 국립보건원(National Institutes of Health)에서 발행한 실험실 동물의 관리 및 사용 가이드(Guide for the Care and Use of Laboratory Animals)에 요약된 권장 사항에 따라 수행되었습니다. 이용되는 동물의 수를 최소화하고 그들의 고통을 완화하기 위해 엄격한 조치가 시행되었습니다.

1. MIRI 및 디설피뎁토시스와 관련된 유전자의 차등 발현 분석

참고: 문헌 보고서6에 따라 디설피뎁토시스와 관련된 유전자를 스크리닝하기 위해 GSE214122라는 이름의 MIRI의 RNA 염기서열 분석 데이터를 선택했습니다.

  1. GEO 데이터베이스를 열고 검색 상자에 GSE214122를 입력한 다음 Enter를 클릭합니다. 생성된 시리즈 매트릭스 파일을 다운로드 섹션에서 TXT 형식으로 다운로드합니다.
    참고: 데이터 분석을 수행하기 전에 일반적으로 다운로드한 데이터를 전처리해야 합니다. 여기에는 결측값 확인, 품질이 낮은 샘플 및 유전자 제거, 데이터에 대한 정규화 또는 표준화 수행이 포함됩니다. 검색된 GSE214122 데이터 세트에는 가짜 운영 및 MIRI 그룹의 샘플이 포함되어 있습니다.
  2. DESeq2 패키지7을 사용하여 샘플의 차등 유전자 발현 분석을 수행합니다. |log2FC|>1(2보다 큰 폴드 변화) 및 FDR<0.05를 가진 유전자를 통계적으로 유의한 것으로 간주하여 MIRI와 관련된 차등적으로 발현된 유전자를 식별할 수 있습니다. R의 치트맵 패키지7을 사용하여 1.2단계에서 차등 유전자 발현의 히트맵을 생성합니다.
  3. R의 VennDiagram 패키지7 을 사용하여 벤 다이어그램을 구성합니다( 재료 표 참조). R7의 EnhancedVolcano 패키지를 사용하여 이술피데셉토시스 관련 유전자를 시각화하는 화산 플롯을 생성합니다.
  4. STRING 데이터베이스7 을 사용하여 MIRI 차등 발현 유전자와 디설피뎁토시스 유전자를 연결하는 PPI 네트워크를 구축합니다( Table of Materials(재료 표 참조).

2. 쥐 MIRI 모델의 구성

  1. 마취를 하기 전에 밤새 쥐를 단식시킵니다. 2% 펜토바르비탈 나트륨(40mg/kg)을 복강내 주사하여 쥐를 마취하고 누운 자세로 쥐 보드에 팔다리를 고정합니다. 발가락 꼬집음, 오른쪽 반사 상실 및 눈깜개 반사에 대한 반응이 없는 것으로 마취 깊이를 확인합니다. 마취 상태에서 건조를 방지하기 위해 수의사 연고를 사용하십시오.
  2. 목과 가슴의 피부를 요오드로 소독하고 75% 알코올로 데요오드산염을 합니다. 전기 면도기로 목과 왼쪽 가슴의 털을 깎고 메스로 약 2.5cm 길이의 목 중앙을 절개합니다 ( 자료 목록 참조).
  3. 겸자로 기관을 분리하고 소동물 인공호흡기3 에 연결하여 기관내 삽관을 수행합니다( 자료표 참조).
  4. 안과 가위로 흉골 왼쪽을 따라 세로로 4cm 자르고 집게로 피하 근육을 뭉툭하게 분리하여 세 번째와 네 번째 갈비뼈 사이의 흉막을 노출시킵니다.
  5. 메스를 45° 각도로 잡고 xiphoid process에서 왼쪽 두 번째 늑간 공간 중앙까지 4-5cm 절개를 만듭니다. 늑간 공간에 접근하기 위해 안과 겸자를 사용하여 대흉근과 전방 세라투스 근육을 부드럽고 천천히 분리합니다.
  6. 안과 가위를 사용하여 왼쪽, 세 번째, 네 번째 갈비뼈 사이를 1.5cm 가로 절개합니다. 안과 겸자를 사용하여 심낭을 절개한 후 집게로 좌심방 부속기를 들어 올려 대동맥 뿌리의 관상 동맥 골을 확인합니다.
  7. 6-0 봉합사를 사용하여 폐원뿔과 좌심방 부속기 사이의 왼쪽 전방 하행 관상 동맥을 결찰합니다( 재료 표 참조).
  8. 30분 후 봉합사를 풀어 120분 동안 재관류가 가능하도록 한 다음 6-0 봉합사를 사용하여 근육과 피부층을 봉합합니다. 페니실린을 도포하십시오 ( 재료 표 참조) 80,000-100,000 단위로 복강내 주사.
  9. 가짜 그룹에서는 모델 그룹에 대해 수행한 것과 마찬가지로 모든 절차를 수행하되 결찰이나 재관류 없이 왼쪽 전방 하행 관상 동맥만 꿰매십시오.
  10. 쥐가 의식을 되찾으면 기관내관을 제거합니다. 쥐를 동물 시설로 돌려보내 회복시키면 쥐는 음식과 물을 자유롭게 이용할 수 있습니다. 수술을 받은 쥐를 멸균 실험실의 독립적인 환기 시스템이 있는 단일 케이지에 수용합니다.
  11. 허혈 30분과 재관류 120분 동안 심장초음파를 수행합니다. 모델링은 좌심실 박출률이 50% 미만으로 측정된 경우 성공적인 것으로 간주되었습니다1,6.

3. 수확 심장 조직3

  1. 120분 동안 재관류한 후 쥐를 안락사 용기에 넣고 이산화탄소를 흡입하여 안락사를 시행합니다. 즉시 쥐의 심장 조직을 수집하십시오.
  2. 면도 기구로 쥐의 복털을 제거하고 요오드와 75% 알코올로 가슴 앞쪽 부위를 살균합니다. 메스로 복부의 정중선을 따라 쥐의 복강을 절개합니다.
  3. 수술용 가위로 턱밑 공간까지 피부를 절개하고 양쪽 겸자로 피부와 피하 조직을 뭉툭하게 벗겨내어 흉곽과 표재성 경추 근육층을 노출시킵니다( 재료 표 참조).
  4. 수술용 가위로 정중선을 따라 흉부와 흉막을 열어 심장을 노출시키고 혈관 클립으로 대동맥을 고정한 다음 안과 가위로 동맥을 절단합니다. 심장을 꺼내 얼음 목욕에서 차가운 식염수에 1mm3 조직 블록으로 해부하고 48 시간 동안 4 % 파라 포름 알데히드로 고정합니다 ( 재료 표 참조).

4. Hematoxylin-eosin(H&E) 염색

  1. 탈수 및 포매: 각 용액에서 75% 알코올, 85% 알코올, 95% 알코올(I), 95% 알코올(II), 100% 알코올(I) 및 100% 알코올(II)에 차례로 담가 심장 조직 블록을 탈수합니다. 크실렌(I)과 크실렌(II)으로 각 용액을 15분 동안 담가 투명화합니다. 심장 조직 블록을 액체 파라핀(I), 파라핀(II), 파라핀(III)에 20-30분 동안 순서대로 놓습니다. 파라핀 블록이 응고될 때까지 자연적으로 냉각되도록 합니다.
  2. 파라핀이 함유된 심장 조직 블록을 파라핀 슬라이싱 기계를 사용하여 4μm 섹션으로 자릅니다( 재료 표 참조). 45°C 수조에 부드러운 솔로 섹션을 평평하게 놓은 다음 슬라이드로 완전히 확장된 섹션을 집습니다.
  3. 탈왁싱: 슬라이스를 55°C에서 30-60분 동안 오븐에서 굽고 5-10분 동안 크실렌(I)과 5-10분 동안 크실렌(II)으로 왁싱합니다. 그런 다음 자일렌을 앱솔루트 에탄올로 1-5분, 95% 에탄올로 1-5분, 75% 에탄올로 1-5분 동안 세척하고 1-5분 동안 수돗물로 헹굽니다.
  4. 염색 : 5-20 분 동안 헤마 톡실 린 용액으로 염색하고, 5-10 초 동안 수돗물로 헹구고, 15-30 초 동안 에오신 용액으로 염색하고, 30 초 동안 75 % - 85 % 에탄올로 세척합니다.
  5. 탈수, 투명 및 밀봉: 95% 에탄올(I)로 0.5-2분, 95% 에탄올(II)로 2-5분 동안 탈수한 다음 절대 에탄올(I)을 2-5분, 절대 에탄올(II)을 2-5분 동안 탈수합니다. 크실렌(I)으로 1분, 크실렌(II)으로 1분 동안 투명화한 다음 슬라이스에 중성 수지 2방울을 떨어뜨려 슬라이스를 밀봉하고 커버 유리를 놓습니다. 커버 유리를 가볍게 눌러 슬라이스를 중성 수지로 채웁니다( 재료 표 참조).
  6. 두 명의 독립적인 기술자가 이중 맹검 방식으로 200배 배율로 광학 현미경으로 각 슬라이스를 관찰합니다.
    1. 3개의 무작위 시야를 선택하여 심근 울혈, 출혈, 섬유증, 괴사 및 퇴행을 평가합니다. 다음 채점 기준을 사용하십시오: 0은 병변이 없음을 나타냅니다. 0-1은 병변이 지정된 부위의 1/4 미만임을 나타냅니다. 1-2개의 표시된 병변은 지정된 부위의 약 1/4-1/2 범위였습니다. 2-3개의 표시된 병변은 지정된 부위의 약 1/2-3/4 범위였습니다. 3-4개의 병변은 지정된 부위의 3/4보다 크다고 표시되었습니다.

5. TUNEL 분석

  1. 인산염 완충 용액(PBS)으로 proteinase K를 40μg/mL로 희석하고 4.3단계에서 준비한 4μm 절편에 100μL의 proteinase K를 추가하여 전체 시료 영역을 덮고 실온에서 10분 동안 배양합니다.
    참고: Proteinase K는 TUNEL 세포사멸 검출 키트에 포함되어 있습니다( 재료 표 참조).
  2. PBS로 단면을 2x 각각 5분 동안 세척하고 여과지로 흡입하여 과도한 액체를 제거하고 젖은 상자에서 섹션을 촉촉하게 유지합니다.
    참고: Proteinase K는 후속 라벨링 반응을 방해하지 않도록 깨끗하게 세척해야 합니다.
  3. 2 μL의 TdT 효소와 48 μL의 TUNEL 반응 완충액을 포함하는 50 μL의 TUNEL 반응 용액을 균일하게 첨가하고 섹션을 습식 상자에 넣어 37 °C의 어둠 속에서 2 시간 동안 배양합니다.
    참고: TdT 효소 및 TUNEL 반응 버퍼는 TUNEL 세포사멸 검출 키트에 포함되어 있습니다.
  4. TUNEL 반응 용액을 버리고 PBS로 각각 2분 동안 5회 헹굽니다. 0.1% Triton X-100 및 5mg/mL BSA가 함유된 PBS로 각각 5분 동안 섹션을 3회 세척합니다.
  5. 50μL의 DAPI 염색 용액을 균일하게 첨가하고 어두운 곳에서 실온에서 10분 동안 배양합니다. DAPI 염색 용액을 버리고 PBS에 3회, 5분씩 절편을 담근다.
  6. 각각 593/614nm 및 364/454nm의 여기 및 방출 파장에서 TUNEL 빨간색 및 DAPI 파란색 신호를 얻습니다. 형광 현미경으로 200x 배율로 이미지를 캡처합니다( 재료 표 참조).

6. 면역조직화학 염색

  1. 4.3단계에서 200μL의 향상된 내인성 과산화효소 차단 완충액을 절편에 추가하고 어두운 곳에서 실온에서 10분 동안 배양합니다. 증류수로 섹션 2x를 각각 5분씩 씻습니다.
  2. 개선된 시트레이트 항원 회수 용액 1mL와 이중 증류수 49mL를 항체 배양 상자에 넣고 부드럽게 섞습니다. 항원 회수 용액에 섹션을 담그고 실온으로 냉각하기 전에 95°C에서 20분 동안 가열합니다( 재료 표 참조).
  3. PBS로 섹션을 2회씩 5분씩 씻습니다. 항체 배양 상자에 절편을 넣어 F-actin(1:100), GLUT1(1:200), Myh9(1:200), SLC7A11(1:200) 및 SLC3A2(1:200)에 대한 1차 항체 100μL와 함께 4°C에서 하룻밤 동안 배양합니다.
  4. PBS로 섹션을 2회씩 5분씩 씻습니다. 절편에 100μL의 2차 항체를 추가하고 실온에서 20분 동안 배양합니다.
  5. PBS로 섹션을 2회씩 5분씩 씻습니다. 실온에서 100μL의 DAB 작업 용액으로 5분 동안 염색하고 정제수로 세척하여 색상 반응을 중지합니다.
    참고: DAB 작업 용액은 DAB 발색 용액 A와 DAB 발색 용액 B를 1:1 비율로 혼합하여 제조되었으며, 이는 DAB 양고추냉이 과산화효소 발색 키트에 포함되어 있습니다( 재료 표 참조).
  6. 100μL의 헤마톡실린 염색 용액으로 단면을 3분 동안 염색하고 흐르는 물로 3분 동안 세척합니다( 재료 표 참조).
    참고: hematoxylin 및 eosin 염색 키트에는 hematoxylin 염색 용액이 포함되어 있습니다.
  7. 섹션을 75% 에탄올, 95% 에탄올 및 100% 에탄올에 각각 2분 동안 담그십시오.
  8. 중성 수지로 섹션을 밀봉하고 커버 슬립으로 덮고 광학 현미경으로 200x 배율로 섹션을 검사합니다( 재료 표 참조). 갈색을 나타내는 조직은 긍정적인 반응입니다. positive expression rate를 field of view의 전체 면적에 대한 stained area의 비율로 계산합니다. Image J 소프트웨어를 사용하여 정량 분석을 수행합니다.

7. 웨스턴 블롯 감지

참고: 용해 완충액 및 프로테아제 억제제는 BCA 단백질 정량화 키트에 포함되었습니다( 재료 표 참조).

  1. 3.5단계에서 신선한 심근 샘플 0.1g의 무게를 측정하고 1mL의 용해 완충액 및 10μL의 프로테아제 억제제와 혼합한 다음 유리 분쇄 용기에서 분쇄하고 4°C에서 10분 동안 10,304 x g 에서 원심분리합니다.
  2. 상층액을 수집하고 제조업체의 지침에 따라 BCA 방법을 사용하여 단백질 정량화를 수행합니다8. 상층액을 95°C에서 5분 동안 끓입니다.
  3. 80/120 V에서 단백질 전기영동을 위해 10 μL 시료를 적재하여 10% 분리 겔을 사용하여 분자량이 다른 단백질을 분리합니다.
  4. 겔의 단백질을 PVDF 멤브레인으로 옮깁니다9. 그 후, 5% 탈지 분유로 멤브레인을 1시간 동안 차단하고 Myh9, SLC7A11, SLC3A2 및 β-튜불린 1차 항체를 1:1000의 희석으로 사용하여 4°C에서 하룻밤 동안 배양합니다( 재료 표 참조).
  5. PBS로 각각 5분씩 세척한 후 실온에서 2차 항체(1:5000, 재료 표 참조)로 멤브레인을 2시간 동안 배양한 다음 단백질 시각화 기기로 시각화하기 전에 PBS 3x로 각각 5분 동안 세척합니다( 재료 표 참조).
  6. Image J 소프트웨어 8,9를 사용하여 β-튜불린에 대한 밴드의 그레이스케일 비율을 계산합니다.

8. 통계 분석

  1. 데이터를 표준 편차± 평균으로 표현합니다. 분산에 대한 일원 분석을 사용한 후 최소 유의성 차이 사후 검정을 사용하여 데이터를 분석합니다. 상용 통계 분석 도구( Table of Materials(재료표 참조)를 사용하여 통계 분석을 수행하고 p < 0.05를 통계적으로 유의한 것으로 간주합니다.

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결과

MIRI에서 DRG 스크리닝
Gene Expression Omnibus의 GSE214122 데이터 세트에는 3개의 가짜 샘플 데이터와 3개의 MIRI 샘플 데이터가 포함되어 있습니다. R의 DESeq2 패키지를 사용하여 MIRI와 가짜 샘플 간에 1233개의 차등 발현 유전자(DEG)를 식별했습니다. |log2FC|>2 및 FDR<0.05를 기반으로 R의 치트맵 패키지를 사용하여 417개의 유의하게 다른 유전자를 추가로 선택했습니다(그림 1A). 그런 다음 이러한 1233 DEG와 106 DRG 사이의 15 개의 교차 유전자가 그림 1B에 제시되었습니다. 다르게 표현된 15개의 DRG는 그림 1C와 같이 화산 지도에 12개의 DRG가 표시되어 화산 플롯에 추가로 주석이 달렸습니다. 그런 다음 15개의 DRG에 대한 PPI 네...

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토론

디설피뎁토시스는 세포 모양과 생존력을 유지하는 데 필수적인 중요한 세포 구조인 액틴 세포골격(actin cytoskeleton)과 밀접한 관련이 있습니다. 액틴 필라멘트로 구성된 액틴 세포골격은 전체적인 세포 모양과 구조를 부여합니다. F-액틴은 세포 골격의 마커 역할을 하며, 포도당 결핍 상태에서는 이황화 결합이 크게 증가하여 F-액틴의 하향 조절로 이어집니다. 이 현상은 주로 액틴 세포골격(actin cytoskeleton) 및 세포 부착(cell adhesion)과 관련된 과정 및 경로에 영향을 미친다10,11.

포도당 대사의 맥락에서 포도당 수송체(GLUT)는 포도당의 동적 균형을 유지하는 데 중요한 역할을 합니다. GLUT1은 가장 초기에 발견된 GLUT 계열 중 하나로, 조직 분포가 널리 퍼져 있는 포도당...

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공개 사항

저자는 공개할 내용이 없습니다.

감사의 글

이 연구는 구이저우성 과학기술국(Qiankehe [2022]-583)과 구이저우성 한의약국(QZYY-2016-019)의 지원을 받았습니다.

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재료

이 논문에 사용된 재료 목록
이름회사카탈로그 번호댓글
75% 알코올Hunan Tongruijian Pharmaceutical Co. Ltd., Hunan, China85026
6-0 나일론 봉합Shanghai Pudong Jinhuan Medical Supplies Co. Ltd., Shanghai, ChinaCS002
BCA 단백질 정량화 키트Beyotime Biotechnology, Shanghai, ChinaP0011
Bull serum albuminBeyotime Biotechnology, Shanghai, ChinaST2254
원심분리기Hunan Kaida Scientific Instrument Co. Ltd., Hunan, ChinaKH19A
DAB 양고추냉이 과산화효소 발색 키트Beyotime Biotechnology, 상하이, 중국P0203
DAPI 염색 솔루션Beyotime Biotechnology, 상하이, 중국C1006
DESeq2 패키지버전 4.1
전기 면도기Kelmerpp235376
Enhanced endogenous peroxidase blocking bufferBeyotime Biotechnology, Shanghai, ChinaP0100B 
여과지Nanjing Keruicai Equipment Co., Ltd., Nanjing, China1.00049E+11
형광 현미경NikonECLIPSE Ci
GEO 데이터베이스https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
유리 분쇄기Shanghai Leigu Instrument Co. Ltd., Shanghai, ChinaB-013002
GraphPad PrismGraphPad 소프트웨어V8.0
Hematoxylin 및 eosin 염색 키트Beyotime Biotechnology, Shanghai, ChinaC0105M
Image J 소프트웨어National Institutes of Health, Bethesda, USAv1.8.0
Improved citrate antigen retrieval solution (50X)Beyotime Biotechnology, Shanghai, ChinaP0083
IodophorFolca, Shenzhen, China1.00077E+11
광학 현미경NikonECLIPSE Ci
Phosphate 버퍼 솔루션Beyotime Biotechnology, Shanghai, ChinaC0221A
Proteintech Group, Inc, Wuhan, China대한 1차 항체21829-1-AP
MYH9Proteintech Group, Inc, Wuhan, China11128-1-AP
SLC3A2에 대한 1차 항체Wuhan Lingsi Biotechnology Co., Ltd., Wuhan, ChinaLJS-D-7468
SLC7A11Proteintech Group, Inc, Wuhan, China26864-1-AP
단백질 시각화 기기Thermo Fisher Scientific Inc.iBright CL750
쥐 보드Zhengzhou Haopai Biotechnology Co. Ltd., Zhengzhou, ChinaJPB-E
메스Shanghai Lianhui Medical Supplies Co., Ltd., Shanghai, China1.00471E+13
2차 항체Wuhan Boster Biological Technology, Ltd., Wuhan, ChinaBA1054
STRING 데이터베이스https://cn.string-db.org/버전 12.0
Triton X-100Beyotime Biotechnology, 중국 상하이ST1722
TUNEL 세포사멸 검출 키트Proteintech Group, Inc., 중국 우한, PF00009
사 GLUT1 에에 대한 1차 항체

참고문헌

  1. Lu, Z., et al. Tripartite motif 38 attenuates cardiac fibrosis after myocardial infarction by suppressing TAK1 activation via TAB2/3 degradation. iScience. 25 (8), 104780(2022).
  2. Tu, Q., et al. EGCG decreases myocardial infarction in both I/R and MIRI rats through reducing intracellular Ca2+ and increasing TnT levels in cardiomyocytes. Adv Clin Exp Med. 30 (6), 607-616 (2021).
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