SoFDA 플랫폼, 네트워크 약리학, 한의학(TCM)을 기반으로 "공식-성분-표적-경로-증후군-질병" 네트워크 구축 방법을 제안합니다. 현재 널리 사용되는 네트워크 약리학 방법과 비교할 때 이 네트워크는 TCM에서 증후군 분화의 기본 원리를 구현하는 증후군의 중요한 요소를 통합합니다.
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방법 논문
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SoFDA 플랫폼, 네트워크 약리학, 한의학(TCM)을 기반으로 "공식-성분-표적-경로-증후군-질병" 네트워크 구축 방법을 제안합니다. 현재 널리 사용되는 네트워크 약리학 방법과 비교할 때 이 네트워크는 TCM에서 증후군 분화의 기본 원리를 구현하는 증후군의 중요한 요소를 통합합니다.
TCM 제제에 대한 현재 네트워크 약리학 방법은 공식-성분-표적-경로-질병 네트워크를 구축하여 특정 질병에 대한 잠재적 활성 성분 및 작용 메커니즘을 예측합니다.
한의학의 핵심 원칙인 증후군 감별 및 치료는 개인차와 질병 진행을 강조하는 총체적이고 역동적인 접근 방식을 구현합니다. 증후군 특성을 이 네트워크에 통합함으로써 연구자들은 각 질병 단계에 맞는 다중 표적 약물을 개발하여 정확하고 개인화된 치료가 가능합니다. TCM 증후군 온톨로지 및 SoFDA(Multidimensional Quantitative Association Computing Platform)를 사용하면 TCM 증후군을 네트워크 약리학 분석에 통합할 수 있습니다.
본 연구에서는 Lingguizhugan 달인(공식)을 예로 들어 양허증후군과 습-가래증후군(증후군)을 동반한 비만 치료에 적용하는 방법을 시연하였다. 우리는 먼저 TCMSP 데이터베이스에서 주요 활성 성분을 식별했습니다. 그런 다음 SoFDA를 사용하여 질병, 증후군, 표적 유전자 및 신호 전달 경로를 연결하는 네트워크를 구축했습니다. 마지막으로 이러한 데이터를 통합하여 공식-성분-표적-경로-증후군-질병 네트워크를 구축했습니다.
한의학의 변증법적 치료 개념을 통합하고 SoFDA 1,2 플랫폼을 사용하여 새로운 네트워크 약리학 접근 방식, 즉 통합 약리학을 탐색하여 한약 제형의 공식-약물-표적-경로-증후군-질병 네트워크 다이어그램을 구성했습니다.
최근 몇 년 동안 널리 사용되는 네트워크 약리학 방법과 비교하여 이 방법은 TCM의 증후군 요소를 통합합니다. 증거 또는 증후군은 TCM의 독특한 개념 중 하나이며 질병 발병의 특정 단계에서 질병의 병리학적 특성을 일반화한 것입니다.
증후군은 한의학의 기본 진단 및 치료 방식입니다. 질병에는 여러 가지 증후군이 있으며, 질병이 발생하고, 발전하고, 치유됨에 따라 증후군도 그에 따라 변화합니다.
TCM 의사는 다양한 증후군을 치료하기 위해 다양한 공식을 사용합니다. 따라서 증후군을 네트워크 약리학에 통합하는 것은 TCM 3,4의 독창적인 이론 연구 및 방법론적 개....
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복부 비만의 "양허증후군"과 "습-가래 증후군"을 치료하기 위해 Lingguizhugan 달인을 예로 들어 보겠습니다. Lingguizhugan 달인은 4가지 허브로 구성됩니다 : Poria cocos (Fuling), Cinnamomi ramulus (Guizhi), Rhizoma Atractylodis macrocephalae (Baizhu), Glycyrrhizae radix et Rhizoma(Gancao). SoFDA 플랫폼의 웹사이트는 http://www.tcmip.cn/Syndrome/front/#/ 입니다. 한의학 시스템 약리학(TCMSP) 데이터베이스 웹사이트는 https://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php
1. 포뮬러의 유효성분 선별하기
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우리는 Lingguizhugan 달인에서 생체이용률≥30%와 약리단≥0.18%의 기준으로 4가지 한약의 103가지 활성 성분을 선택했습니다. 주요 활성 성분은 케르세틴, 캠페롤, 나린제닌, β-시토스테롤, 이소람네틴이었습니다. 이는 Jiang et al.14의 실험실 추출 및 스크리닝 구성 요소와 일치합니다.
Lingguizhugan 달인의 습-가래 증후군 및 양 결핍 증후군(그림 1)의 경우 양 결핍 증후군을 동반한 복부 비만에 대해 328개의 표적을 얻었고(그림 2A), 습-가래 증후군의 경우 64개의 표적을 얻었습니다(그림 2B).
유전자 온톨로지(GO) 및 교토 .......
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SoFDA는 TCM 증후군에 대한 최초의 오픈 소스 온톨로지 데이터베이스로, 데이터 및 분석 결과를 대중이 완전히 액세스할 수 있습니다. 이러한 오픈 소스 특성은 연구자에게 더 큰 유연성을 제공합니다. 이 플랫폼은 Jaccard 또는 코사인 유사성 측정을 활용하여 질병-증후군과 공식 증후군 연관성 간의 관계를 정량적으로 평가하는 유사성 기반 연관성 평가 시스템을 사용합니다. 이러한 동적 모델링 기능을 통해 SoFDA는 질병 및 증후군의 동적 변화를 더 잘 시뮬레이션할 수 있는 반면, 기존 네트워크 약리학 방법은 일반적으로 정적 네트워크 분석 결과만 제공합니다.
SoFDA와 네트워크 약리학 분석의 통합은 전통적인 네트워크 약리학에는 질병의 동적 진행(즉, 증후군의 변형)과 약물 개입 전후의 변화를 포착하는 데이터베이스가 부족하기 때문에 동적인 것으로 간주됩니다. 또한 다중 표적 및 다중 경로 데이터베이스의 자동 통합은 S.......
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모든 저자는 이해 상충이 없습니다.
이 연구는 쓰촨성 과학기술프로그램(2024YFFK0158), 중국국립자연과학재단(82104716), 광둥성 대학원 교육 혁신 프로그램 프로젝트(2022SFKC073), 광동성 자연과학 기금 프로젝트(2023A1515220146)의 보조금으로 지원되었습니다.
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| 이름 | 회사 | 카탈로그 번호 | 댓글 |
|---|---|---|---|
| 사이토스케이프(타입 3.9.1) | 국립 인간 게놈 연구 연구소(NHGRI) | https://cytoscape.org/ | |
| 유전자 온톨로지(GO) 지식 기반 | 글로벌 핵심 바이오데이터 리소스 | https://www.geneontology.org/ | |
| KEGG: 교토 유전자 및 게놈 백과사전 | 카네히사 연구소 | https://www.genome.jp/kegg/ | |
| SoFDA 플랫폼 | 중국 중국 의학 아카데미 | http://www.tcmip.cn/Syndrome/front/#/ | |
| STRING12.0 웹사이트 | 글로벌 바이오데이터 연합? 비약 | https://cn.string-db.org/ | |
| TCMSP 플랫폼 | 절강 Jiuwei 건강 Co., LTD | https://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php | |
| Wei Sheng Xin 온라인 웹사이트 | 뉴코어 | https://www.bioinformatics.com.cn/ |
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