방법 논문

골수 간엽 줄기세포 연구에서의 시르투인 계열: Web of Science 및 R을 이용한 서지 측정 분석

DOI:

10.3791/68913

⸱

2025년 12월 30일

 ,  , 
1Department of Prosthodontics, Tianjin Stomatological Hospital, School of Medicine, Nankai University, 2Tianjin Key Laboratory of Oral and Maxillofacial Function Reconstruction, 3Department of Periodontics, Tianjin Stomatological Hospital, School of Medicine, Nankai University

이 논문에서

요약

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이 연구는 Web of Science와 R을 사용하여 골수 중간엽 줄기세포 연구에서 Sirtuin 계열의 연구 동향을 규명하기 위한 서지 측정 프로토콜을 제공합니다.

초록

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본 연구는 골수 간엽 줄기세포 연구에서 Sirtuins(SIRTs) 계열의 연구 경향과 지식 구조를 체계적으로 매핑하기 위한 포괄적인 서지 측정 프로토콜을 제시합니다. 이 프로토콜은 Web of Science Core Collection에서 사전 정의된 검색어를 이용한 구조화된 문헌 검색, 명시적 포함 및 제외 기준의 영어 논문 및 리뷰 선별, 그리고 R의 bibliometrix 패키지를 통한 심층 서지 측정 분석을 포함합니다. 주요 방법론적 단계로는 데이터 검색 및 정리, 기술적 통계 분석, 키워드 공존 평가, 협업 네트워크 매핑, 주제별 생성이 포함됩니다 진화와 개념 구조 지도. 2009년부터 2024년까지 496편의 적격 논문을 분석한 결과, 연간 출판물이 현저히 증가했으며, 중국이 주요 기여자로 떠오르고 있습니다. 수저우대학교와 저자 LI Y가 각각 가장 생산적인 기관과 저자로 선정되었습니다. 고빈도 키워드에는 '중간엽 줄기세포', '산화 스트레스', 'SIRT1'이 포함되었으며, 노화와 산화 스트레스 같은 운동 주제를 주제별 매핑으로 강조했습니다. 이 재현 가능하고 투명한 방법론적 틀은 현재 연구 핫스팟을 구분할 뿐만 아니라, 대규모 문헌 종합을 위한 엄격하고 확장 가능한 접근법을 제공하여 향후 과학적 평가와 추세 평가를 더욱 명확하고 재현 가능하게 지원합니다.

서론

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줄기세포는 자기재생과 분화가 가능한 미분화 세포로, 상당한 치료 잠재력을 제공합니다. 골수 중간엽 줄기세포(BMSC)와 같은 성인 줄기세포는 접근성이 높고 배아 줄기세포에 비해 윤리적 문제가 적어 조직 재생에 널리 사용됩니다. 이들은 골수에서 유래한 비조혈 세포로, 다양한 세포 유형으로 분화할 수 있으며 조직 수리와 질병 치료에 관여합니다 2,3.

성체 줄기세포는 골수, 지방, 피부 등 다양한 조직에 존재하며, 배아 줄기세포와 관련된 윤리적 문제를 피합니다. 이 세포들은 줄기세포 풀을 유지하고 분화를 통해 조직 재생을 지원합니다 5,6. 특히 골수에는 손상된 조직으로 이동해 재생에 기여하는 중간엽 줄기세포가 포함되어 있습니다 7,8. 응용 분야에는 암, 추간판 퇴행, 면역 질환 치료가 포함됩니다 9,10.

시르투인(SIRTs) 계열은 유전자 발현, DNA 수리 및 대사 등 다양한 세포 기능을 조절하는 7개의 NAD+ 의존 효소(SIRT1-SIRT7)로 구성되어 있습니다. 중요한 점은, 이들의 활성은 다양한 특정 활성제(예: SIRT1의 레스베라트롤, NAD⁺전구체)와 억제제(예: 니코틴아마이드, SIRT1의 EX-527)에 의해 조절된다는 점으로, 이는 중요한 연구 도구이자 잠재적 치료제입니다12. 이 단백질들은 서로 다른 세포 내 구획에 국한되어 있으며, 중요한 생물학적 과정에 관여하는 것으로 알려져 있습니다. 여러 연구에서 SIRTs가 BMSCs에서 산화 스트레스 반응, 노화, 골형성 분화 조절에 중요함을 강조했습니다12,13. 골수 중간엽 줄기세포는 골수에서 유래한 비조혈 세포로, 골세포, 연골세포, 지방세포 등 다양한 세포 유형으로 분화할 수 있으며, 조직 복구와 추간간판 퇴행, 암, 면역 질환 등 다양한 질병 치료에 중요한 역할을 합니다 2,9,10.

SIRT와 BMSC에 관한 문헌이 점점 늘어나고 있음에도 불구하고, 연구 동향과 지식 구조를 종합적으로 종합하는 것은 부족하다. 전통적인 내러티브 및 체계적 리뷰는 심층 토론과 비판적 평가를 제공하지만, 특히 크고 빠르게 발전하는 분야에서는 주관적이고 시간이 많이 소요될 수 있습니다. 반면, 서지 측정 분석은 방대한 출판물 데이터를 분석하는 데 정량적이고 객관적인 접근법을 제공하여 통계 및네트워크 분석을 통해 연구 동향, 주요 기여자, 신흥 핫스팟을 식별할 수 있게 합니다. 지식 매핑은 연구 분야 내 지적 구조와 역동적인 발전을 시각적으로 표현하여 개념적 풍경을 지도화하고 질적 리뷰에서 놓칠 수 있는 숨겨진 패턴을 드러내는 독특한 이점을 제공합니다.

본 연구는 BMSC 연구에서 SIRT의 지식 구조를 매핑하기 위해 서지계량학 접근법을 사용합니다. 분석은 Web of Science(WOS) Core Collection에서 수집한 영어 논문 및 리뷰만을 기반으로 하며, 데이터 품질과 일관성을 보장하더라도 다른 언어로 출판되거나 다른 데이터베이스에 색인된 관련 연구는 제외될 수 있음을 유의해야 합니다. 그럼에도 불구하고, 본 연구는 R의 bibliometrix 패키지를 활용하여 이 분야의 발전, 협업 네트워크, 주제별 초점을 객관적으로 분석하여 귀중한 통찰을 제공하고 향후 연구 방향을 안내하는 것을 목표로 합니다.

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프로토콜

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이 연구는 공개된 서지 자료만 사용했으며 인간이나 동물은 포함하지 않았습니다. 따라서 윤리위원회의 승인은 필요하지 않았습니다.

1. 연구 설계

  1. 골수 중간엽 줄기세포 연구에서 SIRTs 계열에 관한 출판된 문헌에 대한 사후 서지 분석 수행.
  2. WOS 코어에서 문헌을 수집하고 서지 데이터의 구조화된 검색, 선별, 정량적 분석 및 시각화를 수행합니다.

2. 문헌 검색

  1. WOS 코어를 열고 SCI-확장 데이터베이스를 선택하세요(모든 운영 코드와 검사 지점은 (보충 파일 1)에 표시됩니다.
  2. 다음 검색 전략을 사용하세요: TS=('중간엽 줄기세포*' 또는 '중간엽 기질 세포*' 또는 '골수 기질 세포*' 또는 '다능 중간엽 기질 세포' 또는 '골수 중간엽 줄기세포*') 그리고 TS=('SIRT*' 또는 'Sirtuin' 또는 'Sirtuins' 또는 'SIRT1' 또는 'SIRT2' 또는 'SIRT3' 또는 'SIRT6')
  3. 결과를 영어 학술지 논문과 리뷰 논문만으로 필터링하세요.
  4. 출판일을 2024년 11월 1일로 제한하세요.
  5. 선택한 참고문헌을 전체 기록과 인용된 참고문헌이 포함된 일반 텍스트 파일로 내보내세요.

3. 문학 상영

  1. 다음 포함 기준을 사용하세요:
    1. 연구 유형: 원저 연구 논문 및 리뷰 논문
    2. 언어: 영어로 게재된 기사
  2. 다음 제외 기준을 사용하세요:
    1. 중복된 출판물을 삭제하세요.
    2. SIRTs와 BMSCs와 주로 관련이 없는 연구(예: 다른 SIRT 표적, 다른 세포 유형, 또는 관련 없는 질환에 초점을 맞춘 연구)는 제외합니다.
    3. 회의 초록, 학회 논문집, 사설, 편지, 정오표, 책 챕터, 특허와 같은 논문 유형을 제외합니다.
    4. 전체 텍스트에 접근할 수 없는 연구는 제외합니다.

4. 데이터 정제

  1. 내보낸 텍스트 파일을 R에서 bibliometrix 패키지로 열어보세요.
  2. convert2df() 함수를 사용해 텍스트 파일을 데이터 프레임으로 변환하세요.
  3. 중복된 기사는 제외합니다.
  4. 관련 없는 문헌을 제거하기 위해 제목과 초록을 선별하세요.

5. 데이터 분석

  1. install.packages() 기능을 사용하여 종합 R 아카이브 네트워크에서 R 패키지, bibliometrix, ggplot2, igraph, factoextra, wordcloud를 설치하세요.
  2. 연간 출판물 수, 저자 생산성, 국가별 기여, 기관 산출물, 인용 지표를 분석합니다.
  3. 키워드 빈도와 성장 추세를 키워드 Growth()를 사용해 식별하세요.
  4. networkPlot()을 사용하여 국가와 기관 간 협업 네트워크를 구축합니다.
  5. 출처 분석 기능을 사용하여 저널의 배포와 영향을 평가합니다.

6. 시각화

  1. thematicMap()과 conceptualStructure() 함수를 사용하여 주제 진화 및 개념 구조 맵을 생성합니다.
  2. 그래프를 고해상도 형식(휴대용 문서 형식 [PDF] 또는 태그 이미지 파일 형식 [TIFF])로 내보내 도형 표현을 할 수 있습니다.

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결과

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일반 출판 데이터

상세 검색 전략을 통해 WOS 코어 컬렉션에서 총 580개의 논문이 검색되었습니다. 사전 정의된 포함 및 제외 기준을 적용하여 84개의 관련 없는 기록(예: BMSC의 SIRTs에 주로 초점을 맞춘 연구나 초록 회의 등에 초점을 맞춘 무관한 출판 유형) 또는 중복 기록을 제거한 후, 496개의 적격 논문이 최종 분석에 포함되었습니다. 포함된 모든 논문은 영어로 게재되었으며, BMSC 맥락에서 SIRT 계열에 초점을 맞추었습니다.

연간 출판량 추세

첫 번째 관련 기사는 2009년에 발표되었습니다. 2013년부터 출판 생산량이 크게 증가하여 2023년에 정점을 찍었습니다(n = 65). 이러한 증가는 BMSC 관련 연구에서 SIRT의 역할에 대한 ...

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토론

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현재 SIRTs 계열과 BMSC에 관한 연구는 많지만, 연구 동향을 포괄적으로 종합한 것은 부족하다. 시르투인 6은 알려진 SIRTs 계열의 독특한 구성원으로, DNA 수리, 당해, 포도신생, 종양 발생, 신경퇴행 및 심장 비대와 관련된 다양한 분자 경로에서 기능을 수행합니다18,19. 광범위한 규제 역할은 노화 관련 질환과 암 치료 분야에서 주요 중개 가능성을 강조합니다. SIRT6 유전자를 BMSCs로 형질전환하는 것은 파라크린 또는 분화 기전을 통해 특발성 폐섬유증에서 폐섬유아세포의 노화를 완화하는 것으로 나타났으며(20), 섬유화 질환에 대한 유망한 세포 기반 치료 전략을 시사합니다. 연구에 따르면 SIRT6는 활성화된 B 세포의 핵인자 카파-라이트 사슬-증강체(NF-κB) 신호 전달 경로를 활성화하...

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공개 사항

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저자들은 공개할 이해 상충이 없습니다.

감사의 글

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원고 준비 과정에서 기여와 피드백을 주신 연구팀 모든 구성원에게 감사드립니다.

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재료

이 논문에 사용된 재료 목록
이름회사카탈로그 번호댓글
Windows 11 운영체제를 실행하는 컴퓨터마이크로소프트 코퍼레이션, 워싱턴주 레드먼드, 미국)
R버전 4.4.1, R 통계 컴퓨팅 재단, 비엔나, 오스트리아Bibliometrix(버전 4.3.1), GGPLOT2, igraph, 팩토엑스트라, 워드클라우드 패키지

참고문헌

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