Method Article

EasyFiji: 피지에서 사용자 친화적인 형광 이미지 처리를 위한 그래픽 인터페이스

DOI:

10.3791/69441

⸱

February 20th, 2026

 , 
1Center for Bioimage Informatics, St. Jude Children's Research Hospital, 2Cell and Tissue Imaging Center, St. Jude Children's Research Hospital

In This Article

Summary

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EasyFiji는 피지(ImageJ)용 그래픽 사용자 인터페이스 플러그인으로, 생명과학자들이 자주 사용하는 형광 이미지 시각화 및 처리 도구들의 엄선된 모음을 제공합니다.

Abstract

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피지(Fiji는 단순히 ImageJ)는 바이오이미지 분석 커뮤니티에서 널리 사용되는 광범위하고 확장 가능한 오픈소스 이미지 처리 패키지입니다. 하지만 비계산 생명과학자들의 경우, 피지의 다양한 기능을 수동으로 조작하려면 깊이 있는 메뉴 시스템을 배우고 탐색해야 합니다. 게다가 일부 명령어의 기본 동작은 형광 이미지 표시 및 처리에 이상적이지 않습니다. 형광 현미경 이미지를 다루는 생명과학자들의 효율성을 높이기 위해, 우리는 피지용 엄선된 그래픽 사용자 인터페이스(GUI) 플러그인인 EasyFiji를 개발했습니다. 각 EasyFiji 명령은 툴팁이 강화된 버튼과 슬라이더를 통해 실행되며, 형광 이미지에 필요한 채널별 실행을 항상 보여줍니다. 픽셀 강도를 변경하는 명령어도 원클릭으로 실행 불가능하여 보다 상호작용적인 처리가 가능하며, 자동으로 기록 후 텍스트로 저장되어 기록할 수 있습니다. 이미지 정보 패널에는 이미지 해석에 중요한 설정들이 표시됩니다. 새로운 이미지 렌더링 및 표백 보정 기능도 제공됩니다. 이 플러그인은 GitHub와 피지 업데이트 사이트에서 무료로 이용할 수 있습니다. 이 프로토콜은 EasyFiji의 인터페이스를 사용하여 형광 현미경 이미지의 시각화 및 처리를 위한 절차를 설명합니다.

Introduction

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피지(Fiji Is Just ImageJ)는 바이오이미지분석 커뮤니티에서 널리 사용되는 광범위하고 확장 가능한 오픈소스 이미지 처리 패키지입니다. 피지의 방대한 범용 알고리즘 코드베이스와 매크로 언어 및 플러그인 인터페이스는 계산 분석가들이 거의 모든 이미지 처리 또는 분석 문제에 대해 편리하게 활용할 수 있습니다. 하지만 계산 경험이 적은 생명과학 사용자에게는 FIJI의 >1,100개의 명령어가 깊이 층층이 쌓인 드롭다운 메뉴 시스템에 분산되어 있어 탐색과 활용이 매우 복잡할 수 있습니다. 피지의 수동 사용을 단순화하기 위한 여러 접근법이 취해졌습니다. 피지의 검색창은 메뉴 탐색의 대안으로, 사용자가 필요한 알고리즘 이름을 알아야 할 경우에만 훌륭한 도움말 문서에 접근할 수 있습니다. 피지의 툴바 버튼은 사용자 정의 명령어에 빠르게 접근할 수 있도록 맞춤 설정할 수 있지만, 이 과정은 매크로 코드를 작성하고 어떤 명령어가 가장 유용할지 미리 예측해야 합니다. ActionBar 플러그인은 버튼 배열을 사용자 정비 및 조직 가능한 독립형 그래픽 사용자 인터페이스(GUI) 창으로 제공하지만,버튼을 효....

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Protocol

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이 프로토콜은 EasyFiji를 설치하고 사용하는 방법을 설명합니다.

1. EasyFiji를 설치하려면...

  1. 운영체제에 적합한 최신 버전의 피지(>1.54g)를 다운로드하여 사용자가 읽기/쓰기 권한이 있는 폴더에 설치하세요(피지 다운로드 사이트 링크는 재료표 참조).
  2. 피지를 실행하고 도움말 | 업데이트... 메뉴 바에 있어.
  3. 업데이트기 창에서 '업데이트 사이트 관리'를 클릭하세요. 목록에서 EasyFiji를 선택한 후 '지원 및 종료'를 클릭하세요. EasyFiji는 자동으로 설치되며, 앞으로의 EasyFiji 버전과 함께 피지는 자동으로 업데이트됩니다.
  4. 피지를 다시 시작하세요. 피지 플러그인 메뉴에서 EasyFiji를 선택하세요.
    참고: EasyFiji는 많은 구버전 Fiji와 완전히 호환되며, 주로 ImageJ와 호환됩니다. 자세한 호환성 및 의존성 정보는 EasyFiji GitHub 위키 ....

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Results

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다중 채널 형광 이미지의 의사 컬러 렌더링은 신호 간의 공간적 또는 강도 관계를 설명하는 데 사용할 수 있습니다; 하지만 피지 네이티브 버전은 지각 수준에서 색상과 밝기를 혼란스럽게 하는 RGB 합성 렌더링 기법만 제공합니다. 이 문제를 설명하기 위해 그림 2 는 N-Myc와 RNA 중합효소 II(RNAPolII)의 2채널 이미지를 사용합니다. 그림 2A에서는 각 채널이 별개의 그레이스케일로 표시되어 (혼란을 유발할 수 있는) 색 정보가 존재하지 않습니다. 그림 2B에서는 채널들이 피지 RGB 합성 렌더링으로 함께 표시되며, 모든 가능한 기본 및 보조 색상 조합을 사용합니다. 보시다시피, 서로 다른 색상의 렌더링은 지각 수준에서 매우 다른 정보를 전달합니다(아래에 정량화됨). 따라서 피지 RGB 합성 렌더링에서.......

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Discussion

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피지는 이미지 분석가들 사이에서 널리 인기가 있는 오픈 소스 이미지 처리 및 분석 소프트웨어입니다. 하지만 복잡한 메뉴 인터페이스와 형광 이미지 표시 및 처리에 있어 때때로 직관적이지 않은 동작은 비계산 생명과학자들에게 도전 과제를 제공합니다. EasyFiji는 형광 이미지 작업 시 요구되는 채널별 행동을 지속적으로 보여주는 주제별로 정리되고 툴팁이 강화된 엄선된 버튼과 슬라이더 세트를 제공합니다. 모든 처리 명령은 실행 불가능하여 상호작용을 가능하게 하며, 자동으로 기록 후 이미지와 함께 일반 텍스트로 저장할 수 있습니다. 니콘과 자이스 포인트 스캐닝 공초점 카메라에 대한 이미지 해석에 중요한 획득 설정이 제시되어 있습니다. 피지 플러그인인 EasyFiji의 간결함은 결코 제한이 되지 않으며, 모든 피지 명령어는 항상 네이티브 피지 메뉴 시스템을 통해 접근할 수 있습니다. 간소화된 사용자 인터페이스 외에도, EasyFiji는 의도적으로 설계된 여러 멀티채널 렌더링 기.......

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Disclosures

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저자들은 경쟁하는 재정적 이해관계나 기타 이해 충돌이 없다고 선언합니다.

Acknowledgements

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원고에 대한 의견을 주신 세인트 주드 세포 및 조직 영상 영상 센터 회원분들께 감사드립니다. 생물학적 이미지는 다음과 같이 제공되었습니다: 그림 2: 멜리사 마르잔과 탄야 미탁; 그림 3: 펑웨이와 제임스 모건; 그림 4A: 아론 피트르; 그림 4B: 아론 피트르와 우정조; 그림 5A: 헬렌 첸과 헤더 메포드; 그림 5B: 사우라딥 신하와 기드레 크렌시우테.

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Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
EasyFiji GitHub 사이트오픈 소스https://github.com/stjude/EasyFiji
이지피지 Image.sc 포럼오픈 소스https://forum.image.sc/t/announcing-easyfiji-a-user-friendly-gui-plugin-for-fiji/117617
이지피지 ImageJ.net 사이트오픈 소스https://imagej.net/plugins/EasyFiji_plugin#quick-start
피지 소프트웨어오픈 소스https://imagej.net/software/fiji/downloads
VLC 미디어 플레이어오픈 소스https://www.videolan.org/vlc/

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Schindelin, J., et al. Fiji: an open-source platform for biological-image analysis. Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).
  2. Rueden, C. T., et al. ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data. BMC Bioinformatics. 18 (1), 5....

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Fluorescence Image ProcessingFiji PluginGraphical User InterfaceBioimage AnalysisChannel AdjustmentBleach CorrectionMaximum Intensity ProjectionColocalization AnalysisImage MetadataGaussian Blur

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