이 프로토콜은 TCGA 및 GEO 데이터셋을 활용하여 자궁내막암에서 니코틴아마이드 대사와 관련된 유전자를 식별하는 계산적 접근법을 제시합니다. 자궁 자궁 내막암에서 바이오마커 발견을 촉진하고 위험 추정을 향상시키기 위해, 본 연구는 독특한 발현, 경로 강화, 예후 모델 설계 및 평가 절차의 분석을 설명합니다.
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이 프로토콜은 TCGA 및 GEO 데이터셋을 활용하여 자궁내막암에서 니코틴아마이드 대사와 관련된 유전자를 식별하는 계산적 접근법을 제시합니다. 자궁 자궁 내막암에서 바이오마커 발견을 촉진하고 위험 추정을 향상시키기 위해, 본 연구는 독특한 발현, 경로 강화, 예후 모델 설계 및 평가 절차의 분석을 설명합니다.
자궁내막암(EC)은 전 세계적으로 가장 흔한 부인과 종양 중 하나로, 노화와 비만으로 인해 발생률이 증가하고 있습니다. 림프절 전이는 자궁 자궁 내막암(UCEC)에서 여전히 흔하게 나타나며, 치료를 안내하기 위해 새로운 예후 바이오마커가 필요합니다. 이 연구에서는 암 게놈 아틀라스(TCGA)의 UCEC 정보를 분석하였고, 유전자 발현 옴니버스(GEO)를 사용해 결과를 검증하였습니다. 니코틴아마이드 대사와 관련된 18가지 차별발현 유전인자(NMRDEGs)가 확인되었습니다. 유전자 집합 풍부 분석(GSEA)은 이들이 산화 스트레스, 저산소증, 당해, 세포자사멸 과정에서 역할을 함을 밝혔습니다. 단변량 콕스 회귀분석은 위험 예측 체계를 발전시키는 데 사용된 여섯 가지 주요 유전자(AURKA, CDKN3, FOXM1, CDKN2A, TK1, CDK1)를 확인하였습니다. 단백질-단백질 상호작용(PPI) 분석을 통해 CDK2, CCNA2, TP53, FOXM1과 같은 추가 허브 유전자가 발견되었습니다. 여섯 가지 주요 유전자는 강한 예후 가치를 보였으며, 연구의 위험 모델은 임상 결정을 안내할 수 있습니다. 니코티나마이드 대사는 EC 진행과 유의한 연관성이 발견되었습니다. 이 연구는 EC 내 니코틴아미드 대사의 역할에 대한 새로운 인식을 제공하며, 치료 발전의 가능성을 제시합니다.
자궁내막암(EC)은 여성 환자에게 흔합니다1. EC는 호르몬 의존형과 호르몬 비의존형2형으로 분류할 수 있습니다. 2020년에는 EC 환자 관리 지침의 업데이트에 분자 마커 검출과 분자 타이핑이 포함되었으며, 이는 EC3의 수술 후 보조제 치료와 임상 예후에 큰 영향을 미쳤습니다. EC의 발병 기전은 여러 종양유전자 및/또는 종양 억제 유전자의 돌연변이 또는 손실, 그리고 질병 진행과 결과에 영향을 미칠 수 있는 여러 신호 경로의 이상을 포함합니다. 새로운 바이오마커를 찾고 효과적인 치료 표적을 식별하는 것이 매우 중요합니다. 이 연구는 EC의 발병기전과 잠재적 예후 바이오마커에 대한 이해를 심화하여 조기 발견과 표적 치료의 기초를 마련하는 것을 목표로 합니다.
나이아신아마이드는 나이아신과 비슷하며 지방 흡수와 글리코겐 분해에 관여합니다. 인체에 중요한 보응효소 성분으로서 필수적입니다. 니코티나마이드 대사는 인체가 니코티나마이드를 흡수, 변형, 활용하는 과정을 포함합니다.
나이아신아마이드 대사는 흡수에서 시....
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이 연구는 공개적으로 이용 가능한 비식별 임상 및 전사체 데이터를 암 게놈 아틀라스와 유전자 발현 옴니버스에서 사용했습니다. 모든 기여 연구는 사전 기관 심사위원회의 승인과 사전 동의를 받았습니다. 익명화된 데이터에 대한 2차 분석만 수행되었기 때문에 추가적인 윤리적 승인은 필요하지 않았습니다. 사용되는 데이터베이스와 소프트웨어는 재료표에 나열되어 있습니다.
1. 데이터 다운로드
연구는 EC(TCGA-자궁전체 자궁내막암(TCGA-UCEC)) 데이터셋10을 활용했으며, 이 데이터셋은 589개의 샘플로 구성되었으며, 여기에는 UCEC 환자(UCEC 그룹)에서 554개의 종양 조직 샘플과 35개의 인접 정상 조직(정상 그룹)에서 시퀀싱 데이터가 포함되어 있습니다. UCSC Xena 데이터베이스를 활용하여 완전한임상 정보가 부족한 임상 데이터를 복구했습니다. 최종적으로 임상 데이터가 포함된 577개의 샘플이 분석을 위해 제공되었습니다. 상세한 기초 정보는 표 1에 제공되....
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GEO 데이터셋 보정 병합
연구는 SVA R 세트를 사용해 GSE115810 및 GSE63678 데이터셋의 배치 소유를 정확히 측정하여 통합 데이터셋인 Combined-Datasets를 생성했습니다. 그룹 결과 제거 결과는 순환 박스플롯(그림 2A, B)과 PCA 플롯(그림 2C, D)을 통해 검증되었으며, 배치 효과가 대부분 제거됨을 입증하였습니다. 정규화 후, PCA 플롯은 종양과 정상 샘플을 명확히 구분하여 효율적인 배치 교정과 균일한 샘플 그룹화를 입증해야 합니다.
차별표현 분석
499개의 DEG가 기준을 충족했으며, 184개의 상향 조절 유전자와 .......
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암세포의 미세환경에서 에너지 대사의 역할은 최근 상당한 주목을 받고 있습니다. 연구에 따르면 니코틴아마이드 대사에 관여하는 유전자들이 다양한 악성 종양의 진행과 밀접하게 연관되어 있습니다. 체내에서 흡수된 니코틴아마이드는 NAD와 NADP로 전환되며, 이 두 가지 모두 수많은 암 관련 과정에서 중요한 역할을 합니다. 따라서 NAD 대사는 종양 작용을 위한 유망한 치료 목표로 부상하고 있습니다. 전사 후 조절, 세포 생존, 에너지 대사, 세포 주기 진행, 세포 세포자멸사, DNA 복구, 일주기 리듬, 염색체 역학, 텔로머라제 활성화 등 다양한 세포 활동에서 매우 중요합니다. 점점 더 많은 증거가 NAD 대사에서 유래한 유전자 서명이 난소암과 자궁경부암을 포함한 다양한 암 유형에서 강력한 예측 능력을 보인다는 것을 시사합니다33,34. 특히, Nampt 발현이 자궁내막.......
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| 이름 | 회사 | 카탈로그 번호 | 댓글 |
|---|---|---|---|
| clusterProfiler 패키지 | 생체도체 | v4.8.0 | GO와 KEGG 농축 분석 |
| 사이토스케이프 | 사이토스케이프 컨소시엄 | v3.9.1 | PPI 네트워크 시각화 |
| DESeq2 패키지 | 생체도체 | v1.40.0 | 정규화 및 표현 분석 |
| GeneCards 데이터베이스 | GeneCards Suite | 해당 없음 | 니코틴아마이드 대사 관련 유전자의 출처 |
| GeneMANIA 플랫폼 | genemania.org | 해당 없음 | 유전자 기능과 상호작용 예측 |
| 지오 데이터셋 (GSE115810, GSE63678) | 유전자 발현 옴니버스 (GEO) | 해당 없음 | EC 공개 유전자 발현 데이터셋 |
| ggplot2 패키지 | 크랜 | v3.4.2 | 데이터 시각화 |
| 림마 패키지 | 생체도체 | v3.54.0 (예시) | 차별표현 분석 |
| 히트맵 패키지 | 크랜 | v1.0.12 | 히트맵 플로팅 |
| R 소프트웨어 (v4.3.0) | R 통계 컴퓨팅 재단 | 버전 4.3.0 | 데이터 분석 플랫폼 |
| 문자열 데이터베이스 | 스트링 (string-db.org) | v11.5 | 단백질-단백질 상호작용 분석 |
| Survminer 패키지 | 크랜 | v0.4.9 | 생존 분석 |
| SVA 패키지 | 생체도체 | v3.46.0 | 배치 효과 제거 |
| TCGA-UCEC 데이터셋 | 암 게놈 아틀라스 (TCGA) | 해당 없음 | UCEC 환자의 전사체 및 임상 데이터 |
| UCSC 제나 | 캘리포니아 대학교 산타크루즈 캠퍼스 | 해당 없음 | 임상/유전체 데이터 다운로드 플랫폼 |
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