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방법 논문

쥐 해마에서 입증된 두꺼운 조직을 위한 냉동 전자 단층촬영 워크플로우

1.1K 조회수

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DOI:

10.3791/70192

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2026년 3월 27일

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이 논문에서

요약

이 프로토콜은 고압 냉동(HPF)과 와플 방법, 극저온 집중 이온 빔(cryo-FIB) 리프트아웃, 선량 대칭 병렬 채취를 통합하여 두꺼운 조직에 대한 냉동 전자 단층촬영(cryo-ET)을 표준화하여, 쥐 해마에서 재 현 가능한 현장 분석을 위한 균일하게 얇은 층상과 유리화 표본을 제공합니다.

초록

냉동 전자 단층촬영(cryo-ET)은 천연 세포 초구조의 3D 시각화를 가능하게 하지만, 두꺼운 조직에 대한 적용은 신뢰할 수 있는 유리화 부족과 저처리량 라멜라 준비 방식으로 인해 제한적입니다. 여기서는 구리 호일을 사용한 '와플' 조립체를 이용해 조직을 미리 얇게 하고, 냉동 FIB 리프트 아웃, 과도한 기울기 보상을 적용한 120–200 nm 층상으로 조절된 얇아짐을 결합한 고압 냉동(HPF; ~2100 bar; 해부부터 냉동까지의 시간≤90초)을 통합한 종단 간 워크플로우를 제시합니다. 전도성 코팅은 표준화되어 있습니다(스퍼터-Pt 30 mA/15초; 커튼을 최소화하기 위해 GIS 제한 0.5–1.0 μm. 자동화된 선량 대칭 데이터 수집 (0°, ±3°, ±6°... ±60–66°; 스텝 크기는 2–3°; 총 선량 100–150 e⁻/Å2)는 PACEtomo 스크립트 를 통해 구현되며, 시작 기울기각은 밀링 각도와 시료 방향에서 도출됩니다. AreTomo 3를 통한 처리는 모션 보정, CTF 추정, 정렬, WBP 재구성 기능을 거의 실시간으로 제공합니다; IsoNet은 선택적으로 미싱-쐐기 이방성 감소를 줄일 수 있습니다. 서브토모그램 평균화(RELION 4.0)는 FSC 컷오프 0.143을 기준으로 해상도 보고를 하는 의사 서브토모그램 전략을 따릅니다. 마우스 해마에서 시연된 이 워크플로우는 잘 유리화된 샘플과 균일한 층상(표적 두께 150 ± 40 nm)을 일상적으로 생성하며, 고처리량의 틸트 시리즈 수집(일반적으로 5–8분/틸트 시리즈)을 달성합니다. 이 프로토콜은 복잡한 조직 환경에서 직접 현장 구조생물 학을 연구할 수 있는 재현 가능한 경로를 제공합니다.

서론

냉동 전자 단층촬영(cryo-ET)은 고분자 복합체와 세포 구조를 고유의 수분 상태 1,2,3,4,5에서 시각화하는 데 중요한 기법으로 부상했습니다. 투사 이미지의 기울기 시리즈로부터 3차원 부피를 재구성함으로써, 크라이오-ET는 세포 맥락과 원자 해상도 사이의 간극을 메우며, 6번 구조생물학에 대한 전례 없는 통찰을 제공합니다. 세포 표본7(동전 FIB 희석 세포 및 부착 세포 포함)에 대한 냉동전자 단층촬영 워크플로우는 현재 잘 확립되었지만, 두껍고 구조적으로 온전한 조직으로의 직접적인 확장은 여전히 매우 어렵습니다 8,9,10. 특히 뇌11<....

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프로토콜

동물 조직을 이용한 모든 절차는 SUSTech IACUC(프로토콜 SUSTech-JY202501019)를 준수했습니다. 이사와 사용된 장비는 재료표에 나열되어 있습니다.

1. 샘플 지지 준비

  1. HPF 캐리어 준비 ( 그림 1A 참조)
    1. 6mm 구리 HPF 캐리어 두 개(B형)를 확보하세요. 운반기 중 하나가 평평한 표면인지 확인하세요.
    2. 캐리어의 평평한 표면을 적시고 갈아내세요. 먼저, 원래의 가공 자국이 완전히 제거될 때까지 8000방 사포를 사용하세요. 그 후 12000방 사포로 전환하여 이전 단계에서 생긴 긁힘이 대부분 사라질 때까지 계속 연마하여 균일하게 매끄러운 마감이 됩니다. 그림 2 는 연마 및 연마 과정 중 캐리어 표면의 전형적인 이미지를 보여줍니다.
    3. 부드러운 금속기학적 천과 W0.5 다이아몬드 페이스트를 사용해 표면을 연마하세요: 먼저 페이스트를 천에 바른 후 1–2분 동안 원을 그리며 광을 내어 매끄럽고 광택이 뛰어난 마감이 나....

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결과

이 프로토콜의 성공적인 적용을 통해 고품질 유리화 조직 라멜라를 생산하고, 이후 토토 세포 초구조를 드러내는 토모그램 재구성이 가능합니다. 마우스 해마 조직을 이용해 입증된 다음 결과들은 성공적인 실험을 대표합니다.

'와플' 방법으로 고압 냉동을 처리한 조직 블록은 균일하고 전자가 투명한 모습을 보였습니다(그림 4B,C). 완전히 유리화된 시료에서는 결정 얼음과 관련된 회절 대비가 나타나지 않았습니다. 틸트 시리즈에서 파생된 파워 스펙트럼은 얼음 결정화를 나타내는 날카로운 육각형 회절 고리 없이 확산된 프로필을 보여주었으며, 이는 고해상도 영상 분석에 필수적인 유리체 상태에서의 세포 수질 보존을 입증했습니다. 최적화된 프로토콜에도 불구하고, 두꺼운 조직 표본의 완전한 유리화는 여전히 기술적인 도전 과제로 남아 있습니다. 평가된 네 개의 .......

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토론

여기서 제시된 워크플로우는 천연 두꺼운 조직의 현장 냉동 전자 단층촬영을 위한 일반화되고 최적화되며 재현 가능한 파이프라인을 구축합니다. 이 기술의 주요 기여는 단일 기법의 발명이 아니라, 수정된 와플-HPF 방법을 이용한 견고한 유리화부터 정밀하게 보정된 냉동 FIB 리프트아웃 및 희석 프로토콜에 이르기까지 전체 공정의 체계적 통합, 정교화, 상세한 표준화에 있습니다. 이 합성은 복잡한 조직에 냉동 ET를 적용할 때 자주 발생하는 중요한 재현성 및 접근성 격차를 해결합니다.

중요한 단계와 프로토콜 최적화
여러 통합 최적화가 워크플로우의 성공과 신뢰성에 매우 중요합니다. 첫째, 향상된 HPF '와플' 방법은 기본으로, 두 개의 연마된 구리 캐리어를 사용해 조직을 물리적으로 압축하여 얼리기 전에 샘플을 미리 희석하는 주요 수정을 포함합니다. 조직은 필름 격자 위에 지지되.......

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공개 사항

저자들은 공개할 것이 없습니다.

감사의 글

저자들은 서던 과학기술대학교 크라이오-EM 센터 직원들의 기술 지원에 감사를 표합니다. 이 프로젝트는 국가과학기술혁신위원회(뇌과학 및 뇌유사지능기술 – 국가과학기술 주요 프로젝트, 연구비 번호 2022ZD0211905)와 중국 국가자연과학기금(연구비 번호 32200998호 및 32161133022호)의 지원을 받았습니다.

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재료

이 논문에 사용된 재료 목록
이름회사카탈로그 번호댓글
1-헥사데센시그마-올드리치H2131화학 및 시약
2-메틸펜탄시그마-올드리치M65807화학 및 시약
클립 링써모피셔 사이언티브1131750; 1188953소모품
구리 호일펑청 금속 재료1 & 마이크로; 두께 m소모품
구리 지원 TEM 그리드 (100 메쉬)베이징 중징케이 테크놀로지 유한회사BZ10021b소모품
크라이오-EM써모피셔 사이언티브크리오스 G4장비  
냉동 섬유써모피셔 사이언티브아퀼로스 2장비  
크라이오-FIB 오토그리드써모피셔 사이언티브1205101소모품
그리드 (UltrAufoil R 1.2/1.3 300 메쉬)양화일알트어포일소모품
고압 냉동고라이카 마이크로시스템즈에미 아이스장비  
HPF 캐리어, 구리라이카 마이크로시스템즈타입 B (6 mm)소모품
이온 스퍼터 코팅기정족수Q150RS 플러스장비  
금속학 연마 페이스트lab-testecW0.5소모품
광택 천고랄B00809소모품
사포이글 브랜드 샌드페이퍼8000방, 12000방소모품
입체 현미경라이카 마이크로시스템즈S9i장비  
자당시그마-올드리치200-334-9화학 및 시약
틸트 시리즈 획득 소프트웨어https://bio3d.colorado.edu/SerialEM/시리얼EM 4.0.9소프트웨어
틸트 시리즈 정렬 및 재건 소프트웨어https://github.com/czimaginginstitute/AreTomo3 아레토모 3소프트웨어
틸트 시리즈 획득 소프트웨어https://github.com/eisfabian/PACEtomo페이스토모소프트웨어
틸트 시리즈 정렬 및 재건 소프트웨어https://github.com/IsoNet-cryoET/IsoNet아이소넷소프트웨어
틸트 시리즈 정렬 및 재건 소프트웨어https://github.com/cryoem/eman2EMAN2소프트웨어
틸트 시리즈 정렬 및 재건 소프트웨어https://relion.readthedocs.io/en/release-4.0/index.html렐리온 4소프트웨어

참고문헌

  1. Young, L. N., Villa, E. Bringing structure to cell biology with cryo-electron tomography. Annu Rev Biophys. 52 (1), 573-595 (2023).
  2. Baumeister, W. Cryo-electron tomography: A long journey to the inner space of cells. Cell. 185 (15), 2649-2652 (2022).
  3. <....

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