이 콘텐츠를 보려면 JoVE 구독이 필요합니다. 로그인하거나 오늘 무료 평가판을 시작하세요.

방법 논문

형태 측정 분석: 제브라피시에서 두개안면 형태 정량화를 위한 분석 소프트웨어 툴박스

929 조회수

⸱

DOI:

10.3791/70345

⸱

2026년 2월 27일

 ,  ,  , 
1Department of Biochemistry and Molecular Genetics, Alcohol Research Center, University of Louisville, 2Department of Pediatrics, Section of Developmental Biology, University of Colorado School of Medicine, Anschutz Medical Campus

이 논문에서

요약

이 연구는 무료 소프트웨어(tpsDigs2, MorphoJ, PAST)를 사용하여 제브라피시 유생의 얼굴 구조 변화를 측정하기 위한 두개안면 연골 형태를 정량화하는 프로토콜을 설명합니다.

초록

태아 알코올 스펙트럼 장애(FASD)는 태아 에탄올 노출로 인해 발생하는 다양한 신체적, 인지적, 행동적 장애가 특징이며, 얼굴 골격에 영향을 미치는 장애도 포함됩니다. 에탄올 민감성 유전좌위는 FASD의 높은 변이성을 유발하여 얼굴형 분석을 복잡하게 만듭니다. 우리는 이전에 제브라피시의 유전자-에탄올 상호작용을 통해 얼굴 형태의 이러한 변화를 분석할 수 있음을 보여준 바 있습니다. 제브라피시는 여러 이유로 이 변이를 분석하기에 이상적인 모델입니다; (i) 유전자의 70%가 인간과 제브라피시 사이의 직조 유전자이며; (ii) 외부 비료를 통해 연구자들이 에탄올 처리의 시기와 용량을 제어할 수 있습니다; (iii) 얼굴 골격 구조는 척추동물과 함께 보존되어 있습니다; (iv) 반투명한 유충은 발달 중 두개안면 골격 구조의 변화를 직접 관찰할 수 있게 합니다. 그러나 두개안면 골격의 형태를 분석하는 것은 단순한 선형 측정만으로는 전체 형태 변화를 포착하지 못해 완전히 평가하기 어려울 수 있습니다. 또한 머리 크기 변화는 데이터 해석을 복잡하게 만들 수 있습니다. 이를 해결하기 위해 우리는 형태측정학적 접근법을 수행하여, 무료 소프트웨어, tpsDigs2, MorphoJ, PAST를 통해 주성분 분석을 통해 전체 얼굴 형태를 분석했습니다. 이 소프트웨어의 조합은 전체 얼굴 형태를 쌍으로 비교할 수 있게 합니다. 여기서는 이 프로그램을 활용해 에탄올 처리된 제브라피시 돌연변이의 얼굴 형태에 대한 접근법과 분석을 개괄하여 일련의 보완적 다변량 통계 분석을 수행했습니다.

서론

태아 알코올 스펙트럼 장애(FASD)는 행동, 신경학적, 신체적 결함을 포함한 광범위한 발달 결함으로 특징지어집니다 1,2. 이러한 신체적 결손에는 턱 저형성 3,4,5,6과 같은 두개안면 결손도 포함됩니다. 에탄올 노출의 시기와 용량이 FASD의 복잡한 병인에 기여하지만, 유전적 기여도 FASD 병인 에 중요한 역할을 합니다 6,7,8,9,10,11,12. 이러한 요인들이 결합되어 인간 집단에서 얼굴 결함을 연구하는 것이 어렵습니다. 산전 에탄올 노출이 발달에 미치는 영향을 연구하기 위해 제브라피시 모델을 사용합니다. 제브라피시는 FASD의 강력한 모델로, 인간과 70%의 유전자 직소동체를 공유하며, 알려진 질병 유발 유전자의 82%를 포함합니다.13, 14, 15, 16. 유전적 보존 외에도, 제브라피시는 (i) 높은 번식력을 가지고 있어 한 번에 여러 개의 제브라피시 유충을 생산할 수 있고, (ii) 외부 수정을 받아 에탄올에 민감한 발달 과정을 직접 연구할 수 있으며, (iii) 척추동물의 두개안면 발달이 매우 보존적이고 전형적인 특징이며, (iv) 반투명한 배아/유충으로 골격 구조를 시각화할 수 있습니다17. 우리는 이전에 여러 제브라피시 유전자의 돌연변이가 배아를 에탄올 유발 얼굴 결함에 민감하게 만든다는 것을 보여준 바 있으며, 이러한 결함은 미묘하고 눈으로 식별하기 어려울 수 있습니다10,18. 또한, 에탄올 처리된 야생형 유충은 처리하지 않은 야생형 유충에 비해 두개안면 부위에 약간의 변화가 있음을 관찰했으나, 이 변화들도 육안으로 식별하기 어렵다10. 이러한 변화는 육안으로 관찰할 때는 발견되지 않지만, 우리는 내장 두개골의 2D 이미지에서 이용 가능한 형태계측학적 분석을 통해 에탄올에 의한 얼굴 형태 변화를 보여줄 수 있었습니다.

면은 복잡한 3D 구조로, 기존의 선형 측정으로는 측정하기 어렵습니다. 이 단일 선형 측정값들은 각 구조가 얼굴의 다른 측정 구조들에 미치는 상대적 위치와 영향을 고려하지 않습니다. 형태계측학적 분석은 측정된 모든 구조의 상대적 위치를 고려하는 랜드마크를 통한 형태 구성을 사용하여 이러한 한계를 보완하며, 전체 크기차이 18, 19, 20까지 제어합니다. 이 접근법은 데이터를 더 정확하고 해상도가 높으며 시각화가 훨씬 용이해져, 기존의 선형 측정18, 19, 20에서는 관찰되지 않는 결과를 얻을 수 있습니다. 또한, 형태계측학적 접근법은 다변량 통계 방법을 사용하여 그룹 간 및 그룹 내에서 직접 비교할 수 있습니다. 여기서는 무료 형태측정 소프트웨어인 tpsUtil, tpsDigs221, MorphoJ20, Paleontological Statistics (PAST)22를 사용하며, 미처리 및 에탄올 처리된 야생형 및 유충의 내장 두개골 2D 이미지를 결합하여 뼈 형태발생 단백질(Bmp) 유전자 bmp7a. 이 프로그램들은 주로 고생물학과 생태학 분야에서 사용되었지만, 함께 사용하면 얼굴 형태에 대한 철저한 분석을 제공합니다. 궁극적으로 이 프로토콜에서는 이러한 무료 소프트웨어 애플리케이션을 활용해 제브라피시 모델에서 두개안면 연골의 형태 변화를 정량화하는 방법을 보여줍니다.

액세스가 제한되었습니다. 이 콘텐츠를 보려면 로그인하거나 체험판을 시작하세요.

프로토콜

이 절차에 사용된 모든 제브라피시 유충은 루이빌 대학교에서 승인한 IACUC 프로토콜에 따라 사육 및 번식되었다23.

참고: 이 연구에는 제브라피시 계통 bmp7aty68a24 와 야생형 형제(모두 AB 배경에 속함)이 사용되었으며, 성체 어류는 28.5°C에서 14/10시간 빛/어둠 주기로 유지되었습니다. 원하는 실험 결과에 맞는 선을 사용하세요. 역삼투압으로 멸균된 물을 사용하세요. 생물학적 변수로서의 성별은 연구 중인 발달 단계에는 적용되지 않는데, 제브라피시는 수정(dpf)25 후 모든 분석 후 약 20-25일 후에 처음 발견됩니다.

1. 에탄올 처리

  1. 이형접합 교배에서 난자를 채취하여 배아를 형태학적으로 단계별로 진행합니다.
  2. 배아를 100개 단위의 샘플 그룹으로 분류하고, 28.5°C에서 원하는 발달 시점에 맞춰 배아를 키웁니다. 모든 그룹을 배아 배지 내에서 배양(EM)10,18.
  3. 수정 후 6시간(hpf)에 EM을 신선한 EM 또는 1% 에탄올(v/v)이 함유된 EM으로 바꾸세요. 24 hpf에서 에탄올이 포함된 전자기를 세 차례 교체하여 EM10,18을 세척합니다.

2. 얼굴 염색 및 영상 검사

  1. 제브라피시 유충을 5 dpf에 고정하고 Alcian Blue로 염색하여 연골(그림 1)을 표시합니다(그림 1).
  2. 앞서 설명한 유충을 마운트 마운트 복측 밝시야 이미지로 촬영하세요27.
  3. 간단히 말해, 알시안 블루 염색 끝에서 나온 50% 글리세롤 용액에 배면이 위로 올라간 물고기를 마운트합니다.
    참고: 복합 현미경의 설정은 다양할 수 있습니다; 원하는 이미지 구조에 맞는 설정을 사용하세요. 본 연구에서는 올림푸스 BX53 복합 현미경을 사용하여 분석된 모든 이미지를 생성하였습니다. 이미지는 10배 배율로 촬영되었습니다.

3. 유전자형 분석

  1. 앞서 설명한 알시안 블루 연골 염색 후 5마리 dpf 유충의 꼬리를 제거하세요18.
  2. 유충의 머리와 꼬리를 분리하세요. 헤드는 나중에 영상 검사를 위해 50% 글리세롤 저장 상태로 보관하세요.
  3. 용해체는 5 μL 단백질효소 K(10 mg/mL)를 사용해 gDNA를 추출합니다.
  4. 각 샘플에 대해 관심 있는 유전자를 표적으로 하는 프라이머를 사용하여 gDNA에 대해 PCR을 수행하여 SNP가 포함된 영역을 증폭합니다.
  5. 제한 엔도뉴클레아제 기반 DNA 소화를 이용해 돌연변이와 야생형 대립유전자를 구별하여 SNP를 식별합니다. 샘플을 유전자형별로 나누어 그룹으로 나누어 분석할 수 있도록 이미지를 찍으세요.
    참고: 본 연구에서 SNP는 bmp7a 에서 증폭되고 BslI(NEB)를 이용해 유전자형 분석하였습니다.

4. 형상 해석에 사용되는 소프트웨어

  1. 알시안 염색 유충의 형태계측학적 분석에는 tpsUtil, tpsDig221, MorphoJ20 (https://sbmorphometrics.org)을, 모든 통계 분석에는 MorphoJ와 교육 및 데이터 분석을 위한 고생물통계 소프트웨어 패키지(PAST)22 분석 소프트웨어(https://www.nhm.uio.no/english/research/resources/past/)를 사용하세요.
    참고: tpsUtil 소프트웨어는 "Utility programs" 링크에서, tpsDig2 소프트웨어는 "데이터 획득" 링크에서, MorphoJ는 https://sbmorphometrics.org 의 "Comprehensive programs" 링크에서 찾을 수 있습니다. 각 소프트웨어의 문제 해결은 온라인, 여러 플랫폼, 그리고 소프트웨어 내에서 자유롭게 찾을 수 있습니다. 주성분 분석(PCA), 표준 변량 분석(CVA), Procrustes ANOVA, 얼굴 변이 와이어프레임 그래프가 MorphoJ를 사용해 생성되었으며, PAST를 사용하여 다변량 정상성 검정과 분산 다변량 분석(MANOVA)이 수행되었습니다.

5. 분석할 모든 샘플을 위해 얼굴 골격을 일관되게 촬영

  1. 얼굴 골격의 이미지를 동일한 현미경 설정으로 촬영하여 .tif 파일로 저장하세요.
    참고: 현미경 설정은 현미경의 구성과 기능, 그리고 영상화할 샘플/조직에 따라 다릅니다. 핵심은 일관된 현미경 세팅과 샘플 준비입니다.
  2. 실험을 완전히 식별할 수 있도록 라벨이 붙은 단일 폴더에 저장 파일을 저장하세요.

6. TPS 소프트웨어를 이용한 이미지 준비

  1. 메모장을 열고 '다른 이름으로 저장'을 선택하세요. 여기서부터 맨 아래의 모든 파일을 클릭하세요. 파일을 "experiment-name.tps"로 저장하고 분석할 모든 이미지가 포함된 폴더에 저장하세요.

7. TPS 소프트웨어에 이미지 입력

  1. tpsUtil 소프트웨어를 열어보세요. 다음으로 Operation 을 내려서 이미지 탭에서 Build tps 파일을 선택하세요.
  2. 이 탭에서 입력 을 클릭하고 이미지가 포함된 파일을 열면 됩니다. 파일 내 첫 번째 이미지를 클릭하고 열기를 선택하세요.
  3. 출력 탭을 선택하고 TPS 메모장 파일을 선택한 후 저장하세요. 파일 교체 요청이 나오면 '예'를 선택하세요.
  4. 다음으로 설정 탭을 클릭하고 생성하세요. 파일에 가서 이미지가 추가되었는지 확인하세요.

8. 이미지에 랜드마크 추가하기

  1. tpsDigs2를 열고 다음 탭들을 순서대로 열어보세요: 입력 소스, 파일, 그리고 저장된 tps 메모장 파일.
  2. 다음으로, 이미지 도구 옵션을 시각화하려면 옵션을 클릭하세요. 여기서 기준 길이를 100 μm으로 설정하세요. 스케일 세팅 버튼을 누르세요.
    참고: 이미지 위 축척에 맞춰 축소하지 마세요.
  3. 스케일을 설정할 때는 확인 버튼을 눌러 매개변수를 설정한 후 이미지 도구를 종료하세요.
  4. 이 시점에서 정렬 기호를 클릭하여 적절한 형태학 분석을 위해 분석할 각 이미지에 랜드마크를 추가하세요.
  5. 각 이미지마다 랜드마크가 같은 순서로 배치되도록 하세요. 연골 요소 사이의 다음 관절에 랜드마크가 배치되었습니다( 그림 1E, E' 참조):
    1. 메켈 연골 사이의 중간 관절(랜드마크 #1, 그림 1E, E').
    2. 메켈 연골과 구두사각엽 연골 사이의 양측 관절(랜드마크 #2, 그림 1E, E').
    3. 세라토히알 연골 사이의 정중 관절(랜드마크 #3, 그림 1E, E').
    4. 구개사각형과 세라토히알연골 사이의 양측 관절(랜드마크 #4, 그림 1E, E').
    5. 하악연골의 원위 끝(랜드마크 #5, 그림 1E, E').
  6. 이미지에 랜드마크를 배치한 후, 드롭다운 메뉴의 파일을 클릭하세요. 이 경로를 따라 데이터를 저장 한 후 덮어쓰세요.
  7. tpsDigs2를 종료하세요.

9. MorphoJ를 이용한 Procrustes ANOVA로 형태를 분석하기

  1. MorphoJ 소프트웨어를 열어보세요.
  2. 예비 항목에서 데이터셋을 생성하고 이름을 붙이세요. 새 데이터셋 생성 을 선택하고 데이터셋 이름을 지정하세요. 그 다음 tps를 클릭하고 8.4단계에서 추가된 새로운 데이터 포인트가 있는 노트패드를 선택하세요. 데이터셋을 생성하세요.
  3. 이미지는 Procrustes 적합도를 이용해 통계적으로 확인할 준비가 되었습니다. 탭 리딩 프로젝트 트리 를 선택하고 데이터셋을 클릭하세요. 이 경로에서 다음 버튼을 선택하세요: 예비, 새로운 프로크루스테스 맞춤, 주 축에 따라 정렬하기, 그리고 프로크루스테스 맞춤 수행.
  4. 예비 항목에서 공 분산 행렬을 생성 하라; 소프트웨어는 프로크루스테스 좌표라고 말할 거예요. 프롬프트가 나오면 함수를 실행하세요.
  5. 예비 항목에서 와이어프레임 생성 또는 편집 을 선택하고 이미지의 포인트들을 연결하세요. 그 다음 링크 포인트 를 선택하고 이미지를 수락 하거나 생성 하세요. 분류기를 수정하세요.
  6. MorphoJ를 열어둔 채 스프레드시트를 열어보세요. 필요한 모든 정보를 추가하세요. 예를 들어 유전자형, 처리형, 유전자형, 처리, 실험 등. 스프레드시트를 CSV 파일로 저장하세요.
  7. MorphoJ에서 파일을 클릭하고 분류기 변수를 불러와 CSV 파일을 선택하세요. 파일을 열고 프로젝트 트리로 돌아가 데이터셋을 클릭하세요.
  8. 데이터셋을 열면 예비 항목을 클릭하고 분류기를 편집하세요. 이렇게 하면 모든 이미지가 확실히 추가됩니다.
  9. 다음으로 프로젝트 트리, Covmatrix, 그리고 상단의 Variation 을 클릭하세요.
  10. PC 점수를 보려면 주성분 분석을 선택하세요. PC 점수를 클릭하면 생성된 그래프를 볼 수 있습니다.
  11. 그래프에 색상을 추가하려면 우클릭 후 신뢰도 생략 버튼을 눌러 원하는 분류기를 추가하세요. 색상 데이터 포인트 를 눌러 색상을 추가하고, 이 변경 사항을 수락하려면 OK 를 누르세요.
    참고: PC 점수 탭을 닫고 9.10단계의 지침에 따라 다시 열면 색상이 업데이트되어야 합니다.
  12. 와이어프레임 색상을 바꾸려면 예비 단계로 가세요. 화면 하단에 위치한 도형 그래프의 옵션 설정을 클릭하세요. 와이어 프레임 그래프를 선택하여 대상 도형, 시작 도형, 숫자의 색상을 변경하세요.
  13. 변이(Variation)를 선택한 다음 프로크루스테스 ANOVA를 선택하세요.
  14. Procrustes ANOVA 결과를 9.7단계의 스프레드시트 파일로 내보내세요.

10. 데이터셋의 정준 변량 분석

  1. MorphoJ에서 원본 데이터셋이나 프로젝트를 선택하세요. 정준변량분석(CVA)을 시작하려면 비교 후 정준변량분석( Canonical Variate Analysis)을 선택하세요. 분류기 변수를 선택하고, 유전자형 및 처리 를 선택한 후 함수를 실행하세요.
  2. CVA를 내보내려면 결과 탭을 클릭한 후 열린 결과 페이지에서 우클릭하세요. 파일 로 내보내기를 선택하고 정보를 저장하세요.
  3. 프로젝트 트리를 클릭하고 CVA를 선택한 후 점수를 선택하세요. 페이지 왼쪽 상단에서 파일을 선택하세요. 파일 탭이 열리면 '데이터셋 내보내기'를 선택하고 데이터 타입과 유전자형 및 처리를 선택하세요. CVA 점수를 .txt 파일 저장하세요.
  4. PAST 소프트웨어를 위해 파일을 준비하려면 메모장이나 동등한 소프트웨어에서 저장된 CVA 점수를 열어라. PAST 소프트웨어가 혼동되지 않도록 왼쪽 상단의 ID 를 Label 로 변경하세요. 편집된 CVA 점수나 이에 상응하는 점수를 저장하세요.

11. 과거 소프트웨어에서의 마노바

  1. PAST에서 CVA 점수를 가져오려면 파일을 선택한 후 메모장 또는 동등한 기기에서 저장된 CVA 점수를 열 어 확인하세요. 텍스트 파일 가져오기 창이 열리 면, 이름, 행과 열은 데이터 , 구분자는 탭을 선택 하세요. 가져오기를 선택하세요.
  2. 'Show 탭'에서 'Column Attributes'를 선택하세요. 타입 버튼 옆에서 드롭다운 메뉴를 열고 분류기 변수가 있어야 할 첫 번째 열의 그룹을 선택하세요.
  3. PC 데이터나 CV 데이터를 강조 표시하세요. 다 변량, 검정, 다변량 정규성을 선택하여 정규성 검정을 실행하세요. 이 테스트는 PC와 CV에서 따로 진행하세요.
  4. 왼쪽 상단 유형 위의 회색 빈 셀을 클릭하여 전체 데이터셋을 선택하세요. 다 변량, 검정, MANOVA 를 선택하여 MANOVA를 처리하세요. MANOVA 결과를 9.7단계의 스프레드시트 파일로 내보내세요.
    참고: 요약 결과 및 쌍별 결과 모두 소프트웨어에서 제공됩니다. 둘 다 내보내거나 저장하세요.

액세스가 제한되었습니다. 이 콘텐츠를 보려면 로그인하거나 체험판을 시작하세요.

결과

제브라피시에서 에탄올로 인한 얼굴 형태 변화를 규명하기 위해, 우리는 무료 소프트웨어 애플리케이션을 결합하여 얼굴 골격의 형태학적 데이터를 생성하고 정량화하였습니다. bmp7a 이형접합 성체 보인어의 배아를 생성하여 6-24 hpf 에탄올로 처리하였습니다. 이 교배 유충은 5 dpf에 고정되었고, 얼굴 연골은 알시안 블루로 염색되었다. 각 유전자형 및 처리 그룹의 각 유충에 대해 내장 두개액 이미지를 촬영하였다(그림 1A-D). 내장 두개골의 연골은 대표적인 이미지(그림 1E)로 표시되어 있습니다. 각 이미지에 랜드마크는 tpsDigs2를 사용해 배치하고 저장했습니다(대표 이미지, 그림 1E'). 이 '랜드마크 라벨링' 이미지 데이터셋...

액세스가 제한되었습니다. 이 콘텐츠를 보려면 로그인하거나 체험판을 시작하세요.

토론

FASD는 턱 저형성과 같은 두개안면 결손을 포함한 광범위한 발달 결함이 특징입니다. 제브라피시는 인간과의 유전적 보존, 높은 번식, 반투명한 유충, 외부 수정 덕분에 FASD의 강력한 모델입니다. 제브라피시는 수십 년간 두개안면 골격의 형성과 에탄올이 발달에 미치는 영향을 연구하는 데 사용되어 왔습니다 6,12,13,15,18,28,29. 최근 연구에서는 에탄올이 얼굴 발달에 미치는 영향을 탐구하고 있습니다. 이 작업의 핵심은 얼굴형에 대한 적절한 분석입...

액세스가 제한되었습니다. 이 콘텐츠를 보려면 로그인하거나 체험판을 시작하세요.

공개 사항

저자들은 공개할 것이 없습니다.

감사의 글

이 글에서 제시된 연구는 국립보건원/국립알코올남용연구소(NIH/NIAAA)의 C.B.L.R01AA031043 지원금으로 지원받았습니다.

액세스가 제한되었습니다. 이 콘텐츠를 보려면 로그인하거나 체험판을 시작하세요.

재료

이 논문에 사용된 재료 목록
이름회사카탈로그 번호댓글
tpsUtil, tpsDig2, MorphoJhttps://sbmorphometrics.org프리웨어 소프트웨어 - 다운로드를 위해 관리자 권한이 필요할 수 있습니다
과거https://www.nhm.uio.no/english/research/resources/past/프리웨어 소프트웨어 - 다운로드를 위해 관리자 권한이 필요할 수 있습니다
복합 밝시야 현미경올림포스BX53

참고문헌

  1. May, P. A., Baete, A., Russo, J., et al. Prevalence and characteristics of fetal alcohol spectrum disorders. Pediatrics. 134 (5), 855-866 (2014).
  2. May, P. A., Gossage, J. P., Kalberg, W. O., et al. Prevalence and epidemiologic characteristics of FASD from various research methods with an emphasis on recent in-school studies. Dev Disabil Res Rev. 15 (3), 176-192 (2009).
  3. Klingenberg, C. P., Wetherill, L., Rogers, J., et al. Prenatal alcohol exposure alters the patterns of facial asymmetry. Alcohol. 44 (7-8), 649-657 (2010).
  4. Smeriglio, P., Zalc, A. Cranial neural crest cells contribution to craniofacial bone development and regeneration. Curr Osteoporos Rep. 21 (5), 624-631 (2023).
  5. Smith, S. M., Garic, A., Flentke, G. R., Berres, M. E. Neural crest development in fetal alcohol syndrome. Birth Defects Res C Embryo Today. 102 (3), 210-220 (2014).
  6. Vo, H. D. L., Lovely, C. B. Ethanol induces craniofacial defects in Bmp mutants independent of nkx2.3 by elevating cranial neural crest cell apoptosis. Biomedicines. 13 (3), (2025).
  7. Brooks, E. R., Islam, M. T., Anderson, K. V., Zallen, J. A. Sonic hedgehog signaling directs patterned cell remodeling during cranial neural tube closure. Elife. 9, e60234(2020).
  8. Eberhart, J. K., Parnell, S. E. The genetics of fetal alcohol spectrum disorders. Alcohol Clin Exp Res. 40 (6), 1154-1165 (2016).
  9. Fish, E. W., Murdaugh, L. B., Sulik, K. K., Williams, K. P., Parnell, S. E. Genetic vulnerabilities to prenatal alcohol exposure: Limb defects in sonic hedgehog and GLI2 heterozygous mice. Birth Defects Res. 109 (11), 860-865 (2017).
  10. Klem, J. R., Schwantes-An, T. H., Abreu, M., et al. Mutations in the bone morphogenetic protein signaling pathway sensitize zebrafish and humans to ethanol-induced jaw malformations. Dis Model Mech. 18 (4), dmm052223(2025).
  11. Swartz, M. E., Lovely, C. B., McCarthy, N., Kuka, T., Eberhart, J. K. Novel ethanol-sensitive mutants identified in an F3 forward genetic screen. Alcohol Clin Exp Res. 44 (1), 56-65 (2020).
  12. Swartz, M. E., Wells, M. B., Griffin, M., et al. A screen of zebrafish mutants identifies ethanol-sensitive genetic loci. Alcohol Clin Exp Res. 38 (3), 694-703 (2014).
  13. Fernandes, Y., Lovely, C. B. Zebrafish models of fetal alcohol spectrum disorders. Genesis. 59 (11), e23460(2021).
  14. Howe, K., Clark, M. D., Torroja, C. F., et al. The zebrafish reference genome sequence and its relationship to the human genome. Nature. 496 (7446), 498-503 (2013).
  15. Lovely, C. B. Animal models of gene-alcohol interactions. Birth Defects Res. 112 (4), 367-379 (2020).
  16. Lovely, C. B., Fernandes, Y., Eberhart, J. K. Fishing for fetal alcohol spectrum disorders: Zebrafish as a model for ethanol teratogenesis. Zebrafish. 13 (5), 391-398 (2016).
  17. Marrs, J. A., Sarmah, S. The genius of the zebrafish model: Insights on development and disease. Biomedicines. 9 (5), 577(2021).
  18. Gray, R., Lloyd, A., Lovely, C. B. Interactions between the bone morphogenetic protein and the planar cell polarity pathways lead to distinctive ethanol-induced facial defects. Alcohol Clin Exp Res (Hoboken). 49 (11), 2502-2519 (2025).
  19. Mutsvangwa, T., Douglas, T. S. Morphometric analysis of facial landmark data to characterize the facial phenotype associated with fetal alcohol syndrome. J Anat. 210 (2), 209-220 (2007).
  20. Klingenberg, C. P. MorphoJ: An integrated software package for geometric morphometrics. Mol Ecol Resour. 11 (2), 353-357 (2011).
  21. Rohlf, F. The Tps series of software. Hystrix. 26, 1-4 (2015).
  22. Hammer, O., Harper, D., Ryan, P. PAST: Paleontological statistics software package for education and data analysis. Palaeontol Electron. 4, 1-9 (2001).
  23. Westerfield, M. The Zebrafish Book. A Guide for the Laboratory Use of Zebrafish (Danio rerio). , 5th edition, University of Oregon Press. Eugene. (2007).
  24. Dick, A., Hild, M., Bauer, H., et al. Essential role of Bmp7 (snailhouse) and its prodomain in dorsoventral patterning of the zebrafish embryo. Development. 127 (2), 343-354 (2000).
  25. Aharon, D., Marlow, F. L. Sexual determination in zebrafish. Cell Mol Life Sci. 79 (1), 8(2021).
  26. Walker, M. B., Kimmel, C. B. A two-color acid-free cartilage and bone stain for zebrafish larvae. Biotech Histochem. 82 (1), 23-28 (2007).
  27. McGurk, P. D., Lovely, C. B., Eberhart, J. K. Analyzing craniofacial morphogenesis in zebrafish using 4D confocal microscopy. J Vis Exp. (83), e51190(2014).
  28. Lovely, C. B. Quantification of ethanol levels in zebrafish embryos using head space gas chromatography. J Vis Exp. (156), e60766(2020).
  29. Klem, J. R., Gray, R., Lovely, C. B. The zebrafish Tol2 system: A modular and flexible gateway-based transgenesis approach. J Vis Exp. (189), e64679(2022).
  30. Suttie, M., Foroud, T., Wetherill, L., et al. Facial dysmorphism across the fetal alcohol spectrum. Pediatrics. 131 (3), e779-e788 (2013).
  31. Lovely, C. B., Swartz, M. E., McCarthy, N., Norrie, J. L., Eberhart, J. K. Bmp signaling mediates endoderm pouch morphogenesis by regulating Fgf signaling in zebrafish. Development. 143 (11), 2000-2011 (2016).
  32. Sheehan-Rooney, K., Swartz, M. E., Lovely, C. B., Dixon, M. J., Eberhart, J. K. Bmp and Shh signaling mediate the expression of satb2 in the pharyngeal arches. PLoS One. 8 (3), e59533(2013).
  33. Dong, X. R., Wan, S. M., Zhou, J. J., et al. Functional differentiation of BMP7 genes in zebrafish: bmp7a for dorsal-ventral pattern and bmp7b for melanin synthesis and eye development. Front Cell Dev Biol. 10, 838721(2022).
  34. McCarthy, N., Wetherill, L., Lovely, C. B., Swartz, M. E., Foroud, T. M., Eberhart, J. K. Pdgfra protects against ethanol-induced craniofacial defects in a zebrafish model of FASD. Development. 140 (15), 3254-3265 (2013).

액세스가 제한되었습니다. 이 콘텐츠를 보려면 로그인하거나 체험판을 시작하세요.

재인쇄 및 허가

태그

형태계측학적 분석제브라피시 모델태아 알코올 증후군랜드마크 기반 형태계측학주성분 분석프로크루스테스 ANOVA정전개 변량 분석다변량 분석
형태 측정 분석: 제브라피시에서 두개안면 형태 정량화를 위한 분석 소프트웨어 툴박스
문의하기
도서관에 추천하기

개인정보 처리방침

이용 약관

정책

저작권 © 2026 MyJoVE Corporation. 모든 권리 보유.