여기서는 CiteSpace, VOSviewer, Bibliometrix, Scimago Graphica를 사용하여 Caenorhabditis elegans 와 노화에 관한 Web of Science Core Collection 기록을 검색, 검증 및 분석하는 프로토콜을 제시하여 재현 가능한 서지계량 매핑을 수행합니다.
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여기서는 CiteSpace, VOSviewer, Bibliometrix, Scimago Graphica를 사용하여 Caenorhabditis elegans 와 노화에 관한 Web of Science Core Collection 기록을 검색, 검증 및 분석하는 프로토콜을 제시하여 재현 가능한 서지계량 매핑을 수행합니다.
노화는 생리적 기능의 점진적인 악화와 노화 관련 질병에 대한 취약성 증가가 특징인 복잡한 생물학적 현상입니다. 세포 수준에서는 세포가 세포 세포 사사로 진행하지 않고 영구적인 성장 정지 상태에 들어가는 노화로 대표됩니다. 그러나 그 근본 메커니즘은 아직 완전히 이해되지 않았습니다. 짧은 수명과 잘 알려진 유전학을 가진 선충인 Caenorhabditis elegans (C. elegans)는 노화의 분자 기초를 해독하는 강력한 모델입니다. 그럼에도 불구하고, C. elegans 와 노화의 교차점에 관한 연구를 포괄적으로 정리한 서지계량학 지도는 아직 부족하다. 여기서는 Web of Science Core Collection에서 기록을 검색하고, 데이터 처리를 수행하며, CiteSpace, Bibliometrix (R), VOSviewer, Pajek을 사용하여 재현 가능한 서지 측정 시각화를 수행하는 프로토콜을 제시합니다. 이를 통해 C. elegans 노화 연구의 지식 구조를 매핑하고 새로운 추세를 식별하는 것을 목표로 합니다. 1970년부터 2025년 6월 5일까지 출판된 6,117편의 논문을 사용하여 국가 및 기관별 기여, 저자, 저술지 영향력, 인용 패턴, 주제별 변화를 분석했습니다. 이 데이터셋은 91개국 3,798개 연구소의 19,864명의 저자로부터 6,117건의 기록을 포함했습니다. 연간 출판물은 2020년 312편에서 2021년 341편으로 증가했으며, 그 이후에도 높은 수준을 유지했습니다. 미국이 글로벌 생산량을 주도했고, 그 뒤를 중국, 독일, 영국이 이들 국가 사이에 협력 네트워크가 집중되어 있었습니다. 캘리포니아 대학교 시스템은 생산성 1위, 중국과학원 3위를 기록했다. 주제 진화는 인슐린/인슐린 유사 성장인자 1 신호전달(IIS) 경로와 스트레스 반응에 대한 기초 연구에서 C . elegans 노화 모델에서 열 조절과 미토포지와 같은 새로운 주제로 전환하는 것을 나타냈습니다. 전반적으로 이 프로토콜은 투명하고 최신 가능한 서지 측정 분석을 가능하게 하며, 칼로리 제한과 미토포지(mitophagy) 등 주요 방향에 대한 향후 연구를 지원합니다.
노화는 제한된 분열 횟수 이후 정상 체세포의 증식 능력이 상실되는 다면적인 생물학적 과정입니다. 노화 과정에서 생물의 생리적 기능이 점차 저하되고, 노화 관련 질병에 대한 감수성이 증가합니다. 세포 수준에서는 이 과정이 이중 가닥 절단과 산화 손상 축적과 같은 DNA 손상으로 나타나며, 이러한 손상은 수리 메커니즘의 처리 능력을 초과합니다. 이러한 세포 수준의 변화는 유기체 수준에서 생리적 기능의 점진적 저하로 반영됩니다. 더 나아가, 일부 연구에서는 노화 세포가 노화 관련 분비 표현형(SASP)을 분비함으로써 연령 관련 병리학적 과정을 유도한다는 점도 입증되었습니다. 이러한 요인들은 조직 미세환경을 교란하고 섬유화를 촉진하여 만성 염증과 심지어 암 진행으로 이어질 수 있습니다. 노화 연구가 심화됨에 따라, 노화가 심혈관 질환, 제2형 당뇨병, 알츠하이머병, 암 등 다양한 질병의 발생과 발병에 중요한 역할을 한다는 점이 인식되었습니다. 전 세계적으로 노화가 가속화됨에 따라, 노화의 메커니즘을 이해하는 것은 건강한 수명을 연장하는 데 매우 중요합니다.
지난 수십 년간 모델 유기체는 노화의 유전적, 분자적, 환경적 결정 요인을 밝히는 데 필수적인 역할을 해왔습니다. 모델 생물은 짧은 세대 시간, 잘 특성화된 유전적 배경, 높은 실험적 접근성 등 뚜렷한 장점을 보입니다. 일반적인 모델 생물로는 효모, 초파리, 쥐4. 1960년대에 Caenorhabditis elegans (C. elegans)가 새로운 모델 생물로 처음 확립되었습니다. 선택에 있어 핵심적인 장점은 짧은 생활사와 재배의 용이성, 그리고 성숙한 유전 도구들이 보완하는 것입니다. 또한 크기가 작기 때문에 미생물처럼 표준화된 방식으로 대규모로 재배 및 조작할 수있습니다. 무엇보다도, 단세포 생물은 단순하고 조작이 쉽지만 복잡한 생명 메커니즘에 대한 유전학 연구에 활용하기 어려워 이전 연구의 중요한 공백을 효과적으로 메운다. 또한, 전통적인 모델 동물은 복잡한 조작 때문에 대규모 선별 검사의 효율성이 제한적입니다. C. elegans 의 적용은위의 문제들을 정확히 해결합니다. 6.
노화 연구에서 C. elegans의 사용은 1980년대로 거슬러 올라갑니다. 1993년이 되어서야 노화 연구 분야에서 C. elegans 분야가 획기적인 도약을 맞이했습니다. 토마스 존슨과 동료들이 주도한 돌연변이 유발 스크리닝은 최초의 장수 돌연변이인 age-1 유전자 8,9를 확인했습니다. 이 발견은 노화가 확률적이고 조절되지 않는 과정이라는 기존 관점을 바꾸고, 특정 유전적 경로가 수명 결정에 관여한다는 점을 시사했다. 이후 연구들은 이 기반 위에 발전하여 노화를 조정하는 보존된 신호 전달 경로망을 밝혀냈습니다. IIS 경로는 중앙 규제 기관으로 부상했습니다. 인슐린/인슐린 유사 성장인자(IIGF-1) 수용체의 C. elegans 직유전자를 암호화하는 daf-2의 돌연변이는 IIS 활성을 감소시켜 FOXO 전사 인자 DAF-16을 활성화시켜 세포질에서 핵으로 이동시키고, 스트레스 반응 유전자, 분자 샤페론, 해독 효소의 발현을 촉진하여 노화 과정을 지연시키고 건강한 수명을 연장할 수 있습니다10. DAF-16은 세포질에서 핵으로 이동하여 스트레스 저항성 유전자, 분자 시퍼론, 해독 효소의 발현을 촉진하여 유기체 건강 수명을 연장하고 노화 진행을 지연시키며 유기체 건강 수명을 연장합니다. 더 나아가 C. elegans는 노화의 다른 보존된 메커니즘도 밝혀냈습니다. 예를 들어, 주요 영양 감지 축인 라파마이신(TOR) 경로의 표적은 IIS12와의 상호작용을 통해 수명을 조절하는 것으로 나타났습니다.
최근 몇 년간 서지 측정 방법은 여러 분야에 널리 적용되고 있습니다. 서지계량 네트워크 분석은 통계적 방법을 활용하여 문헌의 양, 구조, 분포, 인용 관계를 분석하여 발전 패턴, 학문 구조, 연구 핫스팟, 동향을 밝혀냅니다. 노화에 관한 광범위한 연구에도 불구하고, 이 학제간 분야에 대한 포괄적인 서지 측정학적 분석은 제공되지 않았습니다. 본 연구에서는 협력적 틀, 지적 토대, 그리고 분야 내 역동적인 주제적 발전을 명확히 밝히는 포괄적이고 다중 방법적이며 재현 가능한 분석을 제시하며, 이를 통해 향후 연구 활동을 위한 새로운 방향을 식별합니다. 이 글은 C. elegans 분야의 최근 노화 연구 성과를 검토합니다. 더 나아가 본 연구의 목표는 다음과 같습니다: (1) 1970년부터 2025년 6월 5일까지의 C. elegans 노화 연구의 출판 및 인용 추세를 분석하고; (2) 국가 및 기관의 기여도를 평가하고 협력 네트워크를 탐색합니다; (3) 생산성과 인용 영향력에 따라 최고 저자와 주요 저널을 식별; (4) 공동 인용 및 인용 폭발 분석을 통해 해당 분야의 지적 기반을 밝혀내고; 그리고 (5) 키워드 동출현과 시간 분석을 사용하여 주요 연구 주제와 신흥 추세를 추적합니다. 궁극적으로 이러한 통찰은 이 분야의 진화하는 궤적을 더 깊이 이해하는 데 기여할 것입니다.
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이 연구는 윤리적 승인과 참여 동의를 의미하지 않습니다. 이 연구에 사용된 데이터는 Web of Science Core Collection(WoSCC)에서 수집되었습니다.
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노화 지역에서 C. elegans 의 경향과 진화 개요
서지 측정 분석에는 1,123개 출처에서 6,117건의 출판 기록이 포함되었으며, 이는 WOSCC에서 자격 기준을 충족하는 초기 6,205건의 출판물 중에서 선별되었습니다. 여기에는 45편의 얼리 액세스 리뷰와 145편의 논문집 논문이 포함되었습니다. 87건의 관련 없는 논문과 철회된 1건을 제외한 후, 데이터는 시간적 분포와 문서 유형을 분석하였습니다. 지난 50년간 C. elegans와 노화에 관한 논문 4,949편(80.90%)과 리뷰 1,168편(19.09%)이 출판되었으며, 첫 번째 리뷰는 1972년에14.15편으로 발표되었습니다. 이 발견들은 미래의 노화 연구의 토대를 마련했습니다. 1990년 이전에는 연간 4편에서 8편의 논문만이 ...
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재현성과 해석 가능성을 보장하기 위해 이 워크플로우의 핵심 단계는 검색 전략(데이터베이스 출처, 쿼리, 문서 유형, 언어 제한, 검색 날짜)을 철저히 보고하고, 주제 외 레코드를 최소화하기 위한 관련성 스크리닝 및 데이터 검증을 수행하며, 도구 매개변수(시간 슬라이싱, 노드 유형, 가지치기, 임계값, 클러스터링)를 일관되게 보고하고, 출력 결과를 표준 형식으로 내보내면서 소프트웨어 버전을 투명성 및 향후 업데이트를 위해 문서화하는 것입니다. 이 프로토콜은 임계값과 선정 기준을 변경하여 다양한 말뭉치 크기와 연구 목표에 맞게 조정할 수 있습니다. 복잡하고 해석하기 어려운 네트워크의 경우, 최소 발생 임계값을 높이거나, 상위 순위 항목에 집중하거나, 명확성을 위해 가지치기 기법을 적용하세요. 희소 네트워크의 경우, 임계값을 낮추거나 시간 범위를 확장하거나 동의어를 병합하여 연결성을 개선합니다. 시각화 전에 일관되지 않는 국가나 기관 이름은 분열을 방지하기 위해 수동으로 ...
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저자들은 공개할 것이 없습니다.
저자들은 이 연구에 기여한 모든 참가자와 연구자들에게 감사의 뜻을 전합니다. 더불어, 이 연구를 수행하는 데 중요한 역할을 한 CiteSpace, VOSviewer, Scimago Graphica, R 등 분석 도구에 감사하고 있습니다.
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| R (버전 4.5.2) | R 통계 컴퓨팅 재단 / R 핵심 팀 | https://www.r-project.org/ | 통계 컴퓨팅 환경 |
| CiteSpace (버전 6.3.R3) | 시트스페이스 / 첸 차오메이 (드렉셀 대학교) | https://citespace.podia.com/ | 서지 측정 시각화 및 분석 소프트웨어 |
| VOSviewer (버전 1.6.20) | 라이덴 대학교 CWTS (네스 얀 반 에크, 루도 발트만) | https://www.vosviewer.com/ | 서지 측정 지도 소프트웨어 |
| Pajek (버전 64.6.01) | 류블랴나 대학교 (블라디미르 바타겔, 안드레이 므르바르) | http://mrvar.fdv.uni-lj.si/pajek/ | 네트워크 분석 및 시각화 소프트웨어 |
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