qPCR을 사용하여 환경 미생물 및 바이러스 정량화

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Environmental Microbiology
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JoVE 과학 교육 Environmental Microbiology
Quantifying Environmental Microorganisms and Viruses Using qPCR

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09:57 min
April 30, 2023

개요

출처: 이안 페퍼 박사와 찰스 게르바 박사의 연구소 – 애리조나 대학교
시연 저자: 브래들리 슈미츠

실시간 PCR이라고도 하는 정량적 폴리머라제 연쇄 반응(qPCR)은 환경에서 미생물을 포우밍하는 데 널리 사용되는 분자 기술이다. 이 접근법이전에는 미생물을 정량화하는 것이 주로 고전적인 배양 기반 기술로 제한되었다. 그러나, 환경 샘플에서 미생물의 배양은 특히 어려울 수 있으며, 일반적으로 환경 샘플 내에 존재하는 미생물의 1~10%가 이러한 기술을 사용하여 검출할 수 있다는 것을 간직하고 있다. 환경 미생물학 연구에서 qPCR의 출현은 환경 샘플에서 질병을 유발하는 병원균과 같은 미생물의 농도를 보다 정확하게 측정할 수 있게 함으로써 분야를 크게 발전시켰습니다. 그러나, 적용된 미생물 기술로 qPCR의 중요한 한계는 생활, 실행 가능한 인구는 비활성 또는 비생활 인구에서 구별될 수 없다는 것입니다.

이 비디오는 환경 용수 샘플에서 고추 순한 변기 바이러스를 감지하기 위해 qPCR을 사용하는 것을 보여줍니다.

Principles

Procedure

1. 샘플 수집 오거 나 삽을 사용하여 토양을 결정된 깊이로 수집합니다. 뿌리 부류에서 토양을 수집하는 경우, 뿌리에서 초과 토양을 타격하고 수집 배럴에 원하는 토양을 긁어, 식물 뿌리 주위에 7mm 이내에 토양을 수집합니다. 멸균 된 날진 병을 디핑 스틱에 넣습니다. 스틱의 끝을 잡고 병을 잠그고 물을 수집합니다. 병을 얼음으로 시원한 곳에 넣습니다. 샘플을 실험실로 ?…

Applications and Summary

qPCR 기술을 사용하여 표적 게놈 세그먼트 사본을 정량화하는 능력은 여러 과학 분야에서 중요합니다. 예제 응용 프로그램은 다음과 같습니다.

(1) 물, 토양, 음식, 표면 등에서병원균을 포추화한다.

실시간 PCR은 다양한 환경에서 병원균을 열거하는 데 활용됩니다. 발병 시, 물과 토양 샘플은 관심있는 병원균을 분석하여 확산을 유발하는 소스를 찾을…

References

  1. Zhang, T., Breitbart, M., et al. RNA Viral Community in Human Feces: Prevalence of Plant Pathogenic Viruses. PLoS Biology. 4, e3 (2005).
  2. Haramoto, E., et al. Occurrence of Pepper Mild Mottle in Drinking Water Sources in Japan. Applied Environmental Microbiology. 79, 7413-7418 (2013).

내레이션 대본

1. 샘플 수집 오거 나 삽을 사용하여 토양을 결정된 깊이로 수집합니다. 뿌리 부류에서 토양을 수집하는 경우, 뿌리에서 초과 토양을 타격하고 수집 배럴에 원하는 토양을 긁어, 식물 뿌리 주위에 7mm 이내에 토양을 수집합니다. 멸균 된 날진 병을 디핑 스틱에 넣습니다. 스틱의 끝을 잡고 병을 잠그고 물을 수집합니다. 병을 얼음으로 시원한 곳에 넣습니다. 샘플을 실험실로 ?…