출처: 이안 페퍼 박사와 찰스 게르바 박사의 연구소 – 애리조나 대학교
데모 저자: 루이사 이크너
토양 내의 미생물 지역 사회에 대한 전통적인 분석 방법은 일반적으로 선택적 및 차동 매체 또는 직접 카운트 분석에 희석 및 도금 방법론을 활용하는 문화적 분석과 관련이 있습니다. 직접 카운트는 존재하는 박테리아의 총 수에 대한 정보를 제공하지만, 지역 사회 내에 존재하는 인구의 수 또는 다양성에 대한 정보를 제공하지 않습니다. 판 수는 총 문화 또는 선택 된 문화 인구의 열거를 허용하고, 따라서 존재하는 다른 인구에 대한 정보를 제공합니다. 그러나 토양 박테리아의 1% 미만이 쉽게 배율로 나오기 때문에 문화 정보는 그림의 한 조각만 제공합니다. 문화가 될 수 있는 공동체의 실제 분수는 문화적 수에 따라 선택된 매체에 따라 달라집니다. 단일 매체는 특정 매체에 가장 적합한 채우기를 선택합니다.
최근 몇 년 동안, 토양 샘플에서 추출 된 지역 사회 DNA를 연구의 장점이 명백해지고있다. 이 비문화 기반 접근 방식은 문화 기반 접근 방식보다 존재하는 실제 커뮤니티를 보다 더 대표하는 것으로 생각됩니다. 존재하는 인구의 모형에 관하여 정보를 제공하는 것 이외에, 이 접근은 또한 그들의 유전 잠재력에 관하여 정보를 제공할 수 있습니다. 다른 기술과 마찬가지로 DNA 추출로 얻을 수 있는 데이터에는 한계가 있습니다. 따라서 많은 연구자들은 현재 직접 및 문화적 수와 함께 DNA 추출을 사용하여 환경 샘플에서 얻은 데이터를 최대화합니다.
배양 된 식민지에서 또는 토양에서 추출 된 지역 사회 DNA는 샘플 내에서 원래 박테리아의 특성화를 허용하는 생물 정보학 및 “omic”접근 방식을 받을 수 있습니다. omic 접근은 metagenomics를 포함합니다 – 16S rRNA 시퀀싱을 통해 지역 사회 내의 “누구”의 결정. 이것은 지역 사회 내의 다양성에 대한 추정을 제공합니다.
원래 토양 샘플에서 세균 세포의 수를 계산할 수도 있다. 지역 ?…
