Name: 마이크로 스케일 영양소 레이어에 해양 미생물의 Chemotactic 응답 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2007-05-28T00:00:00.000+00:00
Duration: 22 min 38 s
Description: 배우세요 마이크로유체 채널 제작 및 해양 미생물의 화학적 이동성 반응을 관찰하는 방법을 통해 영양소 패치에서의 미생물 포식 행동을 분석하는 기술입니다.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

우리는 깨끗한 객실 시설이 비디오의 필름 부분에 우리를있게 위해 MIT에서 마이크로 시스템즈 기술 연구소 감사하고 싶습니다.

준비 1. 마스크 만들기 <blockquote> CAD 소프트웨어를 사용하여 투명성에 대한 고해상도 인쇄를위한 채널을 디자인합니다. 이것은 &quot;마스크&quot;가 될 것입니다. </blockquote> 클린 룸에서 : 2. 웨이퍼를 청소 구워 아세톤과 함께 첫째, 물총 웨이퍼 후 신속하게 메탄올과 다음 이소프로판올와 함께. 마지막으로, 질소를 사용하여 웨이퍼를 건조. 5 분 오븐 (130 ° C)에서 웨이퍼를 구워. 3. 코팅 웨이퍼에게 스핀 - 코팅 기계의 중앙에 웨이퍼를 놓습니다. 웨이퍼에 병에서 부어 포토 레지스트 (SU - 8). SU - 8의 흐름을하자 ~ 10 S.를위한 휴식 스핀 - coater 켜고 0에서 5의 500 rpm을하기 위해 속도를 램프, 10 S 500 rpm으로 유지, 10 S 이상의 최종 속도를 최대 30 진입로 S.에 대한 최종 속도 유지 최종 속도는 사용 대상 코팅 두께와 SU - 8에 따라 달라집니다. 자세한 사항은에서 찾을 수 있습니다 <a href="http://www.microchem.com/">http://www.microchem.com/</a> 4. 소프트 - 베이크 코팅 후 웨이퍼는 ° C 그리고 95에서 65 먼저 구워 ° C. 베이킹 시간은 사용되는 포토 레지스트의 타겟 두께​​와 종류에 따라 다릅니다. 그런 다음, 웨이퍼 적어도 5 분 실온에서 앉아 보자. 5. 노출 웨이퍼 위에 마스크를 놓고 SU - 8 사용 설명서에서 권장하는 시간 자외선에 웨이퍼를 노출. 6. 포스트 노출 베이킹 65 웨이퍼를 구워 ° C 그리고 95 ° C SU - 8 사용 설명서의 지침에 따라. 7. &quot;마스터&quot;(금형)를 얻기 위해 웨이퍼를 개발 개발자 (PMMA)로 가득 찬 비커를 준비합니다. 포토 레지스트의 unexposed 부분이 씻겨 때까지 매우 부드럽게 비커를 진동하면서 비커에 웨이퍼를 잠그다. 우리가 실험실에서 : 8. PDMS를 준비하고 웨이퍼에 그것을 붓다 한잔에 10시 1분 비율은 치료 요원과 함께 PDMS를 섞는다. 휘저어하고 homogenously 혼합 :이 거품 많이 생성하고 혼합물이 불투명 보이게됩니다. &quot;마스터&quot;의 혼합물을 부어. 9. 진공 챔버의 데 - 거품 거품을 제거하려면 모든 거품들이 갈 때까지 진공 챔버로를 덮고있는 마스터 및 PDMS 혼합물을 배치. 10. 오븐에 베이킹 65 ° C 강화 PDMS에 오븐에 최소한 12 시간 동안 구워. 11. 펀치 구멍 채널 인레츠 및 상점에 대한 마스터 및 펀치 구멍에서 PDMS 보지. 청정실에서 (표시되지 않음) 12. 플라즈마 결합 채널은 PDMS 층 1 분 산소 플라즈마와 함께 유리 슬라이드를 모두 치료 후 유리 슬라이드에 접착됩니다. 실험 : EXP # 1 : 마이크로 규모의 영양 레이어 해양 미생물의 chemotactic 응답을 조사 1) 실험을 설정 <ol><li> 유리 주사기로 생물과 기판을 추가 </li><li> 현미경 단계에 microfluidic 채널을 장소와 적절한 인레츠 및 콘센트에 튜브 첨부 </li><li> 저수지 낭비 튜빙을 연결합니다. 튜브가 완전히 압력 oscillations을 피하기 위해 폐기물 저수지에있는 액체에 빠져들되어 있는지 확인 </li><li> 플레이스 주사기 펌프에 주사기 및 밸브 및 튜브에 연결 </li><li> 조명 조건, 배율 등 : 현미경을 설정 </li><li> 채널 적절한 위치에 초점을 </li><li> 인공 해수로 가득 큰 주사기를 사용하는 데 - 버블 채널 </li><li> 주사기 펌프에 적절한 유량을 설정합니다. 이 경우에는 채널에 220 μm의 S -1의 의미 유속에 해당하는 2 ML / 분, </li></ol> 2) 실험을 실행 <ol><li> 채널 영양소 그라디언트를 구축하기 위해 주사기 펌프를 시작합니다 </li><li> 흐름이 안정하고 영양소의 밴드가 개발되면, 주사기 펌프의 흐름을 중지하고이 시점에서 시간을 기록 시작 </li><li> 영양 밴드가 옆으로 확산 시작 </li><li> 정기적인 시간 간격으로 &#39;영화&#39;를 만드는 프레임의 시퀀스를 기록 이미지 분석 소프트웨어를 사용 </li><li> 오직 움직이는 물체 지금 시각되도록 두 후속 프레임 사이의 시간 차이 이미지를 복용 우리가 아닌 이동 입자와 배경 잡음의 운동성이있는 세포를 차별함으로써 수영 생물을 차별 </li><li> P 참조와 채널 세포의 위치를​​ 결정하기 위해 영화를보세요영양 패치 osition </li><li> 10-20 분 정기적으로 기록 영화는 위치와 생물의 수영 패턴을 분석하는 </li><li> 다른 프레임 (각 픽셀에 대한 동영상의 기간 동안 해당 픽셀에 기록된 최대 빛의 강도를 지정)에서 생물의 위치를​​ 추가 하시려면 이미지 분석 소프트웨어를 사용함으로써, 우리는 수영 세포에 대한 궤도 정보를 얻을 수 있습니다 </li></ol> EXP # 2 : vortexZ에서 수영 해양 박테리아에 전단의 효과를 조사 <ol><li> 다른 채널 기하학 사용하여, 우리는 다른 전단 속도로 소용돌이에서 수영 박테리아의 행동을 관찰할 수 </li></ol>

<ol><li>Azam, F., Malfatti, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+structuring+of+marine+ecosystems%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Microbial structuring of marine ecosystems.</a> Nature Reviews Microbiology. 5, 782-791 (2007).</li>
<li>Blackburn, N., Azam, F., Hagstrom, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatially+explicit+simulations+of+a+microbial+food+web.+%5BTitle%5D)+AND+%22Limnology+and+Oceanography%22%5BJournal%5D)">Spatially explicit simulations of a microbial food web. </a> Limnology and Oceanography. 42, 613-622 (1997).</li>
<li>Blackburn, N., Fenchel, T., Mitchell, J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microscale+nutrient+patches+in+plankton+habitats+shown+by+chemotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Microscale nutrient patches in plankton habitats shown by chemotactic bacteria.</a> Science. 282, 2254-2256 (1998).</li>
<li>Keymer, J. E., Galajda, P., Muldoon, C., Park, S., Austin, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+metapopulations+in+nanofabricated+landscapes%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Science%22%5BJournal%5D)">Bacterial metapopulations in nanofabricated landscapes.</a> Proceedings of the National Academy of Science. 103, 17290-17295 (2006).</li>
<li>Mao, H., Cremer, P. S., Manson, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+sensitive%2C+versatile+microfluidic+assay+for+bacterial+chemotaxis%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Science%22%5BJournal%5D)">A sensitive, versatile microfluidic assay for bacterial chemotaxis.</a> Proceedings of the National Academy of Science. 100, 5449-5454 (2003).</li>
<li>Marcos,, Stocker, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microorganisms+in+vortices%3A+a+microfluidic+setup%5BTitle%5D)+AND+%22Limnology+and+Oceanography%3A+Methods%22%5BJournal%5D)">Microorganisms in vortices: a microfluidic setup.</a> Limnology and Oceanography: Methods. 4, 392-398 (2006).</li>
<li>Park, S., Wolanin, P. M., Yuzbahyan, E. A., Lin, H., Darnton, N. C., Stock, J. B., Silberzan, P., Austin, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Influence+of+topology+on+bacterial+social+interaction%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences%22%5BJournal%5D)">Influence of topology on bacterial social interaction.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 100, 13910-13915 (2003).</li>
<li>Whitesides, G. M., Ostuni, E., Takayama, S., Jiang, X., Ingber, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Soft+lithography+in+biology+and+biochemistry%5BTitle%5D)+AND+%22Annual+Review+of+Biomedical+Engineering%22%5BJournal%5D)">Soft lithography in biology and biochemistry.</a> Annual Review of Biomedical Engineering. 3, 335-373 (2001).</li>
</ol>

해양 미생물들이 지역의 화학 및 물리적 환경과 상호 작용하는 방법을 이해하는 바다의 영양분과 탄소 순환 (Azam 및 Malfatti 2007)에서 planktonic 미생물의 역할을보다 완벽하고 정확한 인식을 위해 필수적입니다. 그러나 많은 중요한 미생물의 상호 작용이 이루어지는있는 동안 작은 비늘 (&lt;㎜)로 인해, 기술적 제한이 이종 바이오 physico - 화학 풍경 내에서 미생물의 동작에 대한 자세한 시험을 예방할 필요하면 바다에서 수영 미생물에 의해 경험으로 예측했다. microfluidics의 최근 발전 (와이트 외. 2001) 복잡한 microhabitats 내에서 미생물의 생태에 대한 자세한 분석을 활성화 (주석 외. 2003 년 파크 외. 2003 카이머 외. 2006 년 마르코스와 스타커 2006). microfluidic 장치는 단일 세포 수준에서, (. 블랙번 외 1997, 1998) 우리 diffusing 영양 패치에 해양 미생물의 모두 chemotactic 응답을 검사하기 위해 허용 여기에 설명된와 난류 전단 내에서 미생물의 수영 동...

<table><tbody><tr><td>PDMS, Sylgard 184</td><td>실리콘 엘라스토머 키트</td><td>Dow Corning</td><td></td><td>http://www.ellsworth.com/sylgard.html</td></tr><tr><td>SU8-2100</td><td>포토레지스트</td><td>MicroChem Corp.</td><td></td><td>www.microchem.com</td></tr><tr><td>Nikon Eclipse TE2000-E 도립 현미경</td><td>현미경</td><td>Nikon Instruments</td><td></td><td></td></tr><tr><td>PEEK 튜빙 (0.762 mm ID, 1.59 mm OD)</td><td>도구</td><td>Upchurch Scientific</td><td></td><td>www.upchurch.com</td></tr><tr><td>주사기 (Luer-Lok 팁)</td><td>도구</td><td>BD Biosciences</td><td></td><td></td></tr><tr><td>피팅 파트 P-704-01</td><td>도구</td><td>Upchurch Scientific</td><td></td><td>튜빙을 Luer-Lok 팁 주사기에 연결하기 위한 용도</td></tr><tr><td>주사기 펌프 (PHD 2000 프로그래밍 가능)</td><td>장비</td><td>Harvard Apparatus</td><td></td><td></td></tr><tr><td>CCD 카메라 (PCO 1600)</td><td>장비</td><td>Cook</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

마이크로 스케일 영양소 레이어에 해양 미생물의 chemotactic 응답

Chemotactic Response of Marine Micro-Organisms to Micro-Scale Nutrient Layers

planktonic의 미생물이 microscale 자원 패치를 악용 수있는 정도 해양 trophodynamics 및 biogeochemical 플럭스에 대한 상당한 영향을 것입니다. 그러나, 수영 미생물이 패치의 가용성과 그들을 찾을 박테리아의 능력을 제한합니다 분자 확산과 난류 전단을 포함한 물리적인 세력의 영향을 극복한다, 바다에 영양 패치를 활용할 수 있습니다. 최근까지, 방법 론적 한계 곳곳에 서식지와 현실적인 소규모 흐름 조건 내에서 미생물의 행동을 직접 시험을 배제했습니다. 따라서 많은 바다 미생물 행동에 관한 현재의 지식은 이론적 예측에서 procured되었습니다. 우리가 만드는 데 사용해야이 microfluidic 장치 (전) 해양 프로세스와 관련된 치수와 잘 퍼지는 특성과 영양 패치를 microscale 그리고 (ii) microscale 개발을 소프트 리소그래피 제조 기술을 적용 바다에 미생물의 식량 약탈을 배워 행동에 새로운 정보를 얻으려면 바다에서 예상되는 것과 해당 전단 속도 vortices. 이러한 microfluidic 장치는 이기종 및 동적 씨스 케이프 내에서 미생물 수영 chemotactic 행동의 첫번째 직접 시험을 허용했습니다. 개인 미생물의 수영장 행동 이외에, 인구 수준 aggregative 반응을 관찰하면서 epifluorescence와 위상 콘트라스트 현미경의 통합 사용, 물리적 치수 및 영양소 패치 잘 퍼지는 특성을 직접 시험을 수 있습니다. 이러한 실험은 식물성 플랑크톤, heterotrophic 박테리아와 phagotrophic protists의 일부 수종은 매우 짧은 시간 프레임 내에 diffusing microscale 자원 패치를 찾기 및 활용에 숙달되는 밝혀있다. 우리는 또한 전단 속도를 중간 그런 나타날, 해양 박테리아는 자신의 협정에서 자신의 환경을 통해 흐름과 수영을 싸울 수 있습니다. 그러나, 임계값 높은 전단 수준을 넘어, 박테리아는 전단 흐름에 부합하고 흐름의 방해없이 수영을 덜 수 있습니다. Microfluidics는 수생 미생물 생태학을 공부를위한 소설과 저렴한 접근을 대표하고, 정확하게 microscale에서 현실적인 흐름 필드와 기판 그라디언트를 만들에 대한 적합성으로 인해, 상호 작용의 가장 작은 비늘에 미생물의 행동 검사에 이상적으로 적용됩니다. 따라서 microfluidics가 바다에 미생물의 생태에 대한 이해를위한 유용한 도구를 대표하는 것이 좋습니다.

전단 흐름 내의 곳곳에 영양 씨스 케이프와 박테리아의 수영 동작 이내에 해양 미생물의 chemotactic 식량 약탈을 배워 동작을 공부를위한 microfluidic 채널과 실험에서 구현의 제조가 설명되어 있습니다.

마이크로 스케일 영양소 레이어에 해양 미생물의 Chemotactic 응답

부유 미생물이 마이크로 규모의 자원 패치를 이용할 수 있는 정도는 해양의 영양 동태와 ...에 상당한 영향을 미칠 것입니다.

안녕하세요, 제 이름은 Marcos입니다. 저는 MIT 토목환경공학과의 Roman Stalker 교수님과 함께 연구하고 있으며, 자가 사진 촬영 기술을 이용해 마이크로 채널을 만드는 방법을 보여드리겠습니다. 우선, 마스크를 설계해야 합니다.이것이 마스크이며, 기본적으로 우리가 제작하려는 마이크로채널의 최종 설계도입니다. 이는 인젝터 설계로, 영양분의 얇은 층을 만들어 그 안에 미생물이 헤엄치게 함으로써 화학 주성이 어떻게 일어나는지 관찰할 수 있게 합니다. 또한, 공동 내부에 마이크로 와류를 생성하기 위한 측면 공동 채널이 있으며, 이에 대한 영상은 마스크 제작 후 나중에 보여드리겠습니다. 이제 마스크를 가지고 클린룸으로 가서 웨이퍼를 페트리 접시에 놓을 것입니다. 지금 클린룸으로 이동하겠습니다.마스크 인쇄가 완료되어 준비되었으므로, 이제 실제 미세 가공을 위해 클린룸으로 이동했습니다. 먼저 새로 구매한 깨끗한 웨이퍼 한 조각을 가져와 다음 세 가지 용매를 사용하여 매우 깨끗한 상태인지 확인하고자 합니다. 첫 번째 단계는 아세톤으로 세척한 후 즉시 메탄올을 사용하는 것입니다.마지막 단계는 이소프로판올 세척입니다. 코팅 준비가 완료된 웨이퍼의 광택면에서 작업을 진행합니다. 이제 질소 가스를 이용하여 건조하겠습니다.웨이퍼를 건조한 후, 약 130 °C의 오븐에 넣고 5분에서 10분 동안 베이킹합니다. 웨이퍼가 베이킹되는 동안, 하나는 65 °C, 다른 하나는 95 °C로 설정하여 두 개의 핫플레이트를 준비합니다. 5분간 베이킹한 후, 오븐에서 웨이퍼를 꺼내 실온에서 약 5분 동안 방치합니다.이제 스핀 코팅 준비가 되었습니다. 포토레지스트를 붓기 전에, 웨이퍼 상단에 먼지 입자가 없는지 확인해야 하며, 이를 위해 질소를 사용하여 웨이퍼 상단을 분사합니다. 분사 방향은 중심에서 바깥쪽으로 향하게 합니다.이제 웨이퍼 위에 포토레지스트를 부어주겠습니다. 약 3 mL의 양을 붓습니다. 포토레지스트를 웨이퍼 위에 부을 때 기포가 발생하지 않도록 병을 최대한 낮게 유지하십시오.이제 스핀 코팅을 시작하기 전, 웨이퍼 위에 포토레지스트를 약 1분 동안 그대로 둡니다. 앞서 언급했듯이, 코팅 두께를 100 micron으로 설정하겠습니다. 따라서 총 스핀 시간을 55초로 설정하고 스핀 코팅을 시작합니다.먼저, 회전 속도를 5초 동안 0에서 500 RPM까지 높인 후 약 10초간 회전시켜 포토레지스트가 웨이퍼 전체에 도포되는 것을 확인

chemotactic-response-marine-micro-organisms-to-micro-scale-nutrient

Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

Microfluidics를 사용하여 세균 Chemotaxis의 연구 - 인터뷰

이 프로토콜은 chemoeffectors의 안정적인 농도 기울기에 박테리아 chemotaxis 조사를위한 microfluidic 장치의 개발을 설명합니다.

안정적인 농도 기울기에 박테리아 Chemotaxis을 Quantifying위한 Microfluidic 장치

여기에서는 외딴 해양 환경에서 유기 및 무기 영양소 가용성과 미생물 및 바이러스 군집의 풍부함 및 구조를 평가하기 위한 포괄적인 프로토콜을 제시합니다.

물 화학 및 해양 미생물에 필드 가이드 - 바다에서 보이지 않는 선수를 해명

여기는 심각한 기계적인 자극에 세포질 응답을 평가 하기 위한 방법에 설명 합니다. 현미경 기반 분석 결과에서 우리 전단 흐름 간략 한 자극에 따라 붙일 표시 된 바이오 센서의 지역화를 검사 합니다. 우리는 또한 화학적 심각한 기계적인 자극에 응답에 대 한 관심의 다양 한 단백질의 활성화를 테스트합니다.

Dictyostelium discoideum 응답 심각한 기계적인 자극의 평가

미세 유체 및 밀리유체 설정 내에서 광용해로 동적 화학 적 경관의 생성을위한 프로토콜이 제시된다. 이 방법론은 운동성 행동, 영양소 섭취 또는 미생물의 화학 물질에 대한 적응을 포함한 다양한 생물학적 과정을 단일 세포 및 집단 수준에서 연구하는 데 적합합니다.

미생물 행동을 연구하기 위한 제어된 동적 화학 적 경관 생성

여기에 제시된 것은 환경에서 직접 미생물 행동의 연구를 가능하게 하는 최근 개발된 미세 유체 장치인 시투 화학분석분석의 프로토콜이다.

수생 생태계에서 미생물 행동을 검사하는 시투 화학 분석분석

우리는 밀리유체 연속 배양 장치(MCCD)에 대한 프로토콜을 제시하는데, 이는 수백 나노몰 농도까지 지속된 저영양 조건이나 시간적 영양분 변동 조건에서 세균 집단을 미세한 시간 척도로 배양할 수 있게 합니다.

영양소가 낮고 변동하는 상태에서 대 장 균 연구를 위한 연속 배양 밀리플루이딕 장치

제라드 레드 버터는 흰개미의 hindgut 생활 거주의 다양성을 통해 자연 도보를 위해 소요 - 250 종을 포함하는 microenvironment는 세계 어디서도 발견했습니다. 제라드가이 시스템에 의해 전시 공생은 다층이며 흰개미와 굿 주민 사이의 관계뿐만 아니라 관련된뿐 아니라 창자 미생물 서로 공생의 복잡한 웹 관련되어있다는 것을 보여준다.

공생의 레이어 - 마이트의 H​​indgut의 미생물 커뮤니티를 떠올리

세포 생물학을위한 미세 규모 공학

우리는 환경 mRNA로부터 cDNA 생성하는 방법을 제시한다. 일반적으로, 총 RNA는 먼저 환경에서 수집, rRNA는 선택, 제거 mRNA가 선택적으로 증폭되고 농축 mRNA 수영장에서 합성된 cDNA가 합성됩니다. 복구된 시퀀스는 표현 유전자를 식별하는 표준 생물 정보학 기술을 사용하여 주석하실 수 있습니다.

환경 Transcriptomics를 사용하여 해양 미생물 커뮤니티의 유전자 발현 분석

배우세요 마이크로유체 채널 제작 및 해양 미생물의 화학적 이동성 반응을 관찰하는 방법을 통해 영양소 패치에서의 미생물 포식 행동을 분석하는 기술입니다.

마이크로 스케일 영양소 레이어에 해양 미생물의 Chemotactic 응답

더 많은 동영상 탐색