Name: 엘루시브 작은 포유류의 고품질 DNA를 얻기 위해 비침 투 헤어 샘플링 기법 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2011-03-13T09:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 40 s
Description: 배우세요 비침습적 털 샘플링 기법을 사용하여 민감한 소형 포유류에서 고품질 DNA를 수집하는 방법을. 이 방법은 야생동물 생태학 및 보유 유전학 연구에 활용됩니다.

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우리는 현장에서 도움 L. 에반스, B. 그레인저, D. Rissling, Z. 심, A. 굿윈, K. 헤이 허스트와 D. 쿠치 감사하고 싶습니다. K. 갈브레스는 친절하게 벨라 쿨라 피카 계곡에서 간 샘플을 제공했습니다. 이 비침 투 유전자 샘플링 방식의 설계에 기여 흥미로운 토론 A. Gonçalves 다 실바와 K. 라센 감사합니다. 이 작품은 자연 과학 및 캐나다의 발견 공학 연구 협의회, 그리고 MAR에 UBC 오카 나간 개별 연구 기금에 의해 투자되었다. 스위스 국립 과학 재단 (National Science Foundation) 박사 원정대 PBSKP3_128523는 PH를 지원. 이 연구는 브리티시 컬럼비아 대학 (A07 - 0126 인증 번호)에서 동물 보호 프로토콜 아래 실시되었다.

1. 헤어 스내어 전에 올무를 설정하는 이상적인 위치는 피카의 서식지 또는 탈루스 슬로프 내에서 결정되어야한다. 이것은 동물이 늦은 여름뿐만 아니라 변소 사이트에서 찾은 신선한 scats에서 수집하는 식물 캐시 아르 헤이 더미가 포함되어 있습니다. 포장 테이프 (길이 10~50cm)의 스트립은 360 ° 끈끈한 표면을 제공하기 위해 올리고 있으며, 봉투 피카의 건초 더미 (그림 1) 또는 변소 사이트의 입구를 웹 같은 방식으로 정렬됩니다. 바위의 구성에 따라 낚싯줄의 조각은 머리 함정의 구조를 지원하는 데 사용하지만,이 출입구의 사용에 대한 자세한 설명 (직경 &lt;30cm) 매우 작은 경우 종종 필요하지 않습니다 수 있습니다 낚싯줄은 헨리와 Russello (2010) 3에서 찾을 수 있습니다. 헤어 스네어스은 가능한 한 자주 확인하고, 머리카락 샘플은 테이프 (그림 2)에 쌓인 거죠 것은 다음 수집하고 표시합니다. 일단 다시 실험실로 이송, 머리카락이 추가 조작까지 살균 집게를 사용하여 끈적끈적한 테이프에서 제거 및 극저온 튜브로 전송하고 -20 ° C에 저장됩니다. 독립적으로 클러스터 샘플이 다른 개인에 속하는 가정하는 동안 머리 올무 함께 모여 헤어 샘플은 하나의 개인에 속하는 것으로 간주됩니다. 후자의 경우에는 머리를 그런 다음 다른 튜브에 배치됩니다. 이러한 가정은 나중에 microsatellite genotypic 데이터에 기반한 DNA 지문과 정체성의 확률의 계산 방법으로 테스트할 수 있습니다. 2. DNA 추출 피카 머리가 매우 얇은하고 작은 루트 전구가 포함되어 있기 때문에, 우리는 이전에 25 머리카락의 최소 양질의 하류 PCR 증폭 3 DNA의 충분한 양을 얻기 위해 필요한 것으로 나타났습니다. 우리는 DNA IQ 시스템 (Promega, 매디슨, WI, 미국)와 머리카락 샘플에서 DNA 격리를 위해 제조 업체의 지침의 약간 수정된 버전을 사용. 첫째, 머리 샘플은 튜브를 여는 동안 머리의 손실을 방지하기 위해 마이크로 원심 분리기에서 다운 소용됩니다. 다음 부화 솔루션은 Proteinase K. 보육의 0.1 M DTT와 1.8ng/ml의 최종 농도 결과 DTT의 10μl (1M) 및 Proteinase K (18ng/ml)의 10μl와 부화 솔루션의 80 μl를 혼합하여 준비 솔루션 (100 μl) 시료에 추가 ° C 1 시간 56 incubated입니다. 그 동안에 용해 용액은 0.01M의 최종 DTT 농도의 결과로, 용해 버퍼의 모든 100 μl에 대한 DTT (1M) 1 μl를 추가하여 준비가되어 있습니다. 준비 용해 용액 (200 μl)는 다음 DNA IQ 수지 7 μl와 함께, 샘플에 추가 고속 3 초 동안 vortexed 5 분 실온에서 incubated입니다. 예제는 다음 2 초 vortexed 및 솔루션에서 자성 비즈의 분리가 발생 마그네틱 스탠드에 삽입됩니다. 나머지 솔루션은 다음 aspirated 및 폐기, 자기 수지의 펠렛을 방해하지 않도록주의하고 있습니다. 예제는 다음 준비 용해 솔루션 vortexed 및 분리가 다시 발생 마그네틱 스탠드에 반환의 100 μl로 처리됩니다. 용해 버퍼 aspirated과 폐기하고,이 단계는 세척 버퍼 (100 μl)를 사용하여 세 번 반복입니다. 예제는 이후 15 분 동안 자기 스탠드에서 건조 남아 있습니다. 일단 건조, 용출 버퍼 100 μl가 샘플에 추가되고 ° C 5 분 65 incubated. 예제는 vortexed 및 자기 스탠드에 삽입됩니다. 지금 eluted DNA를 포함하는 솔루션은 다음 1.5 ML Eppendorf 튜브에 전송하여 추가로 조작 때까지 -20 ° C에 저장됩니다. 간 샘플에서 DNA도 DNA의 IQ 시스템을 사용하여 추출 및 PCR의 amplifications에 대한 긍정적인 제어로 사용되었다. 3. PCR 증폭 우리 비침 투 헤어 올무와 간 샘플에서 얻은 DNA를 그 다음 일반적으로 사용되는 분자 마커 (microsatellite, AFLP, mitochondrial 시토크롬 B와 ZFX / ZFY sexing 표시)의 제품군을 증폭하는 데 사용되었습니다. - 20 NG의 DNA, 각 프라이머의 0.5 μm의, 10 MM 트리스 - HCL (산도 8.3), 50 MM 10 : PCRs가 포함된 25 μL 볼륨 Veriti 열 자전거 타는 사람을 (응용 Biosystems, 포스터 시티, CA, 미국)를 사용하여 수행되었습니다 KCl, 1.5 MM MgCl 2, 200 μm의 dNTPs, 10 μ 소 혈청 알부민 (BSA, 뉴 잉글랜드 Biolabs, 입스 위치, MA, 미국)와 0.5 U AmpliTaq 골드의 DNA 중합 효소 (응용 Biosystems). microsatellite loci를위한 자전거 매개 변수는 터치다운으로 자전거 프로그램 (95시 10 분 사용 최적화되었습니다 ° C, 95 ° 30 S에 대한 C, 30 S는 어닐링 35주기, 72 45의 ° C, 72에서 마지막 단계 다음 ° C 10 분). 1 감소 어닐링 온도 60 ° C에서 55 ° C 사이클 당 29주기 나머지 55에서 계속하는 시점에서 여섯 번째 사이클, ° C.에 도달하기 전까지는 mitochondrial 조각 자전거 매개 변수는 위에서 설명한 것처럼하지만, 소둔 35 사이클로 구성되었습니다50 ° C의 온도 증폭 단편 길이 다형성은 보닌 사에 의해 설명 척추 genomes에 대해 다음과 같은 프로토콜을 실시했다. 마지막으로, 분자 sexing는 HinfI 제한 효소 분해 5 ZFX / ZFY loci의 PCR - RFLP를 사용하여 실시되었다. 소화 ZFX / ZFX 조각이 들어있는 3 % 아가로 오스 겔에 100 BP의 사다리 (뉴잉글랜드 Biolabs)와 함께 실행하는 동안 microsatellite, AFLPs 및 시토크롬 B 시퀀스에서 PCR 제품은, ABI 3130XL 유전자 분석기 (응용 Biosystems)로 실행되었습니다 2.5 %의 SYBR 안전 DNA 젤 얼룩 (Invitrogen, 칼스 배드, CA, 미국)와 RED 개인 젤 이미징 시스템 (알파 Innotech, 샌 리앤드로, CA, 미국)을 사용하여 시각. Microsatellite 및 AFLPs은 Genemapper v3.7 (응용 Biosystems)와 mitochondrial DNA의 크로마토 그램을 사용하면 Sequencher v4.7을 (진 코드 공사 앤 하버, MI, 미국)를 사용하여 시각되었습니다 시각되었습니다. 4. 대표 결과 우리 비침 투 올무를 사용하여 얻은 머리카락 샘플에서 추출한 DNA가 PCR은 분자 마커의 다양한 유형을 증폭하는 데 사용되었습니다. 비교를위한 기초로, DNA가 간 샘플은 우리의 머리카락 샘플과 함께 증폭되었습니다 사용하여 추출. 핵 microsatellite loci의가 성공적으로 머리와 간 샘플 (그림 3) 모두 증폭되었다. 간 샘플을 사용할 때 신호의 강도가 큰했지만,이 유전자형 점수에 부정적인 영향 (그림 3)가 없었어요. AFLPs (그림 4), mitochondrial DNA 시퀀스 (그림 5)와 ZFX / ZFY 분자 sexing 표시 (그림 6)를 사용하면 비슷한 결과가 달성되었습니다. <img src="/files/ftp_upload/2791/2791fig1.jpg" alt="그림 1" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="그림 1"> 그림 1. 비침 투 머리 올무의 예제는 건초 더미에서 설정할 수 있습니다. 올리고 분명히 포장 테이프의 스트립은 건초 더미로 입구를 묶으하는 웹 같은 방식으로 정렬됩니다. 낚싯줄의 조각은 머리 함정에 대한 추가 지원을 제공하기 위해 여기에 사용됩니다. <img src="/files/ftp_upload/2791/2791fig2.jpg" alt="그림 2" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="그림 2"> 그림 2. 패킹 테이프에 붙어있는 머리카락의 다수를 포함하는 성공적인 헤어 올가미. <img src="/files/ftp_upload/2791/2791fig3.jpg" alt="그림 3" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="그림 3"> 그림 3. 대표적인 핵 microsatellite의 크로마토 그램 (Ocp6) 8로 Genemapper v3.7 (응용 Biosystems)에 표시됩니다. 상단 크로마토 그램은 간 조직에서 DNA 증폭에 의해 얻은,이 로커스에서 (358분의 354) heterozygous가되었습니다. 하단 크로마토 그램은 머리카락에서 추출한 DNA를 기반​​으로 heterozygous 유전자형 (362분의 358)를 전시 다른 개인을 나타냅니다. 머리 샘플에서 크로마토 그램의 신호가 간 샘플보다 낮은 강도를 가지고 있지만, 유전자형 점수는 부정적인 신호의 차이에 의해 영향을받지 않습니다. <img src="/files/ftp_upload/2791/2791fig4.jpg" alt="그림 4" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="그림 4"> 그림 4.로서 Genemapper v3.7 (응용 Biosystems)에 표시 대표 AFLP의 크로마토 그램 (E31T32). 상단 크로마토 그램은 간 조직에서 DNA 증폭에 의해 얻은, 하단 크로마토 그램은 머리카락에서 뽑아낸 DNA를 나타냅니다. <img src="/files/ftp_upload/2791/2791fig5.jpg" alt="그림 5" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="그림 5"> 그림 5.로서 Sequencher v4.7 (진 코드 주식 회사)에 표시 mitochondrial DNA 대표 시퀀스 크로마토 그램 (시토크롬 B). 상단 크로마토 그램은 간 조직에서 DNA 증폭에 의해 얻은, 하단 크로마토 그램은 머리카락에서 뽑아낸 DNA를 나타냅니다. <img src="/files/ftp_upload/2791/2791fig6.jpg" alt="그림 6" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="그림 6"> 그림 6. 간 및 헤어 샘플 모두 증폭 대표 분자 sexing 마커 (ZFX / ZFY). 이러한 접근 방식은 Y의 염색체가 X 염색체의가 결여되는이 지역의 HinfI 제한 사이트를 보유하고있는 관측에 의존합니다. 수컷 432 BP, BP 261 및 171 BP의 조각을 제작하는 동안 따라서, 여성은 432 BP의 두 공동 이주 조각을 생산하고 있습니다.

<ol><li>Kendall, K. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Demography+and+Genetic+Structure+of+a+Recovering+Grizzly+Bear+Population%5BTitle%5D)+AND+%22J+Wildlife+Manage%22%5BJournal%5D)">Demography and Genetic Structure of a Recovering Grizzly Bear Population.</a> J Wildlife Manage. 73, 3-3 (2009).</li>
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</ol>

관심 없음 충돌 선언하지 않습니다.

비침 투 유전자 샘플링 여러 가지 이유로 전통적인 라이브 트래핑 방법에 매력적인 대안이되고있다. 첫째, unobtrusively 야생 인구에서 생물 학적 물질 (예, 대변, 머리카락, 깃털, 타액과 점액)​​ 수집하여, 연구자들은 따라서 동물과 연구자 모두에게 위험을 감소, 처리, 심지어 그들을 관찰, 방해없이 인류를 공부할 수 있습니다. 둘째, 비침 투 유전자 샘플링 어려운 희귀 수종의 인구보다 전통적인 라이브 트래핑 방식 6 어려울 수있는 작업을 공부 생물학 자 수 있습니다. 그리고 셋째, NGS 가능성이 있으므로 인구 매개 변수 7 견적에 편견을 최소화하기 위해 도움이, 동물, 샘플링 노력과 비용에 교란을 줄임으로써 샘플 크기를 늘릴 수 있습니다. 위협 수종을 상대할 때는 인구 매개 변수의 편견 견적은 부적 절한 관리가 발생할 수 있으므로이 후자의 요점은, 중요한 증명 수도 있습니다. 현재 동영상 기사에서 우리는 예를 들어 미국의 피카를 사용하여, 어려운 작은 포유류를 샘플에 대한 간단한 소설, 저렴하고 비침 투 방법을 설명합니다. 우리는 머리에서 추출되는 DNA이 비침 투 샘플링 방법 트래핑이나 치명적인 샘플링을 살 수있는 매력적인 대안 만들기, microsatellite, AFLP, mitochondrial 및 sexing 표시에 대하여 간 샘플에서 추출한 DNA와 마찬가지로 수행 보여줍니다. 전반적으로, 우리는 연구에 따라 생물체에 미치는 영향을 최소화하면서이 방법은 희귀하거나 어려운 작은 포유류 종의 유전자 인구 및 행동 연구의 데이터 수집 단계에 유용하게 사용될 것으로 예상.

헤어 스내어 : <ul><li> 맑은 포장 테이프 롤 (3M, 세인트 폴, 미네소타, 미국) </li><li> 낚싯줄 (10파운드) </li><li> 극저온 튜브 (2ml) </li><li> 무균 포셉 </li><li> 액체 질소 듀어 (선택 사항) </li></ul> DNA 추출 : <ul><li> 조직 및 헤어 추출 키트 (; Promega Cat. # DC6740)로, DNA IQ 시스템 (Promega Cat. # DC6701). </li><li> MagneSphere 기술 자기 분리 스탠드 (Cat. # Z5342, Promega) </li><li> 마이크로 원심 분리기 </li><li> 하이브 리다이 제이션 오븐이나 물 목욕 </li><li> 1.5 ML Eppendorf 튜브 </li></ul>

엘루시브 작은 포유류의 고품질 dna를 얻기 위해 비침 투 헤어 샘플링 기법

A Noninvasive Hair Sampling Technique to Obtain High Quality DNA from Elusive Small Mammals

비침 투 유전자 샘플링 방식은 야생 동물의 인구를 공부하는 것이 점차 중요 해지고 있습니다. 연구의 숫자는 인구 유전 야생 인구 1 인구 통계학 조사를 비침 투 샘플링 기법을 사용했다고합니다. 이러한 접근 방식은 희귀하거나 어려운 수종 2 거래할 때 특히 유용하게 입증되었습니다. 이러한 방법의 숫자가 샘플 머리, 대변과 육식 동물과 중간 크기의 포유류에서 다른 생물 소재 개발되었습니다 동안, 그들은 크게 어려운 작은 포유류에 안된 남아있다. 이 비디오에서는, 우리는 소설, 어려운 작은 포유류, 미국 피카 (Ochotona princeps)를 대상으로 저렴한 가격과 비침 투 헤어 올무를 제시한다. 우리는 설정 테이프가 웹과 같은 방식으로 배열하고 pikas &#39;서식지의 경로를 따라 여행을 배치 포장의 스트립으로 구성되어 머리 함정의 일반적인 설명합니다. 그러면 수집하고 연구실로 돌아온 수있는 머리의 대량 수집에있는 함정의 효율성을 보여줍니다. 그러면 DNA를 분리하고 핵 microsatellites, 증폭된 파편 길이 polymorphisms (AFLPs), mitochondrial 시퀀스 (800bp)뿐만 아니라 포함하여 일반적으로 사용되는 분자 마커를 증폭하기 위해이 방법의 유틸리티를 감상할 수있는 DNA IQ 시스템 (Promega)의 사용을 보여줍니다 분자 sexing 표시. 전반적으로, 우리는 야생 동물의 인구 생물학을위한 샘플링 기법으로이 소설 비침 투 헤어 올무의 유틸리티를 보여줍니다. 우리는이 접근 방식이 연구 생물에 미치는 영향을 최소화하면서, 자연 인구 이내에 조사의 영역을 개방, 작은 포유류의 다양한 적용됩니다 것으로 예상.

저희는 미국 피카에 표시 효율적으로 어려운 작은 포유류에서 머리카락 샘플을 수집하는 비침 투 샘플링 방법을 제시한다. 우리는 샘플 머리카락에서 DNA를 추출하여 일반적으로 야생 동물의 생태와 보존 연구에 사용된 분자 마커의 여러 유형을 확장하여이 방법의 유틸리티를 보여줍니다.

엘루시브 작은 포유류의 고품질 DNA를 얻기 위해 비침 투 헤어 샘플링 기법

비침습적 유전자 샘플링 접근법은 야생 동물 개체군 연구에 있어 점점 더 중요해지고 있습니다. 다수의 연구에서 ...를 사용한 사례가 보고되었습니다.

야생 동물 집단 유전학자들은 관심 종으로부터 데이터를 수집하기 위해 비침습적 샘플링 접근 방식을 점점 더 많이 사용하고 있습니다. 이러한 접근 방식은 동물 행동, 집단, 인구 통계 및 유전학과 관련된 문제를 조사하는 데 유용함이 입증되었으며, 특히 희귀하고 포착하기 어려운 동물의 경우 털과 같은 생물학적 재료를 원격으로 수집함으로써 연구자가 관심 종을 방해하거나 해치지 않고, 심지어 직접 관찰하지 않고도 연구할 수 있게 해줍니다. 이러한 기술은 주로 그리즐리 베어와 같은 중간 크기에서 대형 육식 동물에 적용되어 왔으며, 이러한 간극을 메우기 위해 더 작은 초식성 포유류에 집중하는 노력은 상대적으로 적었습니다.소형 포유류를 샘플링하기 위한 새롭고 혁신적인 접근 방식들이 개발되고 있습니다. 이 비디오 기사에서는 아메리칸 피카(American Pika)라고 불리는 소형 토끼목 동물로부터 눈에 띄지 않게 털 샘플을 얻는 새롭고 혁신적인 방법을 설명합니다. 이 소형 포유류들은 뉴멕시코와 캘리포니아에서 브리티시 컬럼비아 중부에 이르기까지 북미 산맥 전역에서 발견됩니다.이들은 Tala Slopes라고 불리는 바위 경사면에 서식하며, 이곳은 포식자로부터의 은신처이자 극한의 환경으로부터 보호해 주는 공간이 됩니다. 보통 분포 지역의 남쪽에서는 해발 2,500 meters 이상의 고도에서 발견되지만, 분포 지역의 최북단에서는 해수면 높이에서도 발견될 수 있습니다. 피카는 겨울잠을 자지 않습니다.이들은 여름철 낮 시간 내내 활동하지만, 주로 아침과 저녁에 활동이 집중됩니다. 기온이 낮아지면 Tali 경사면과 인접한 초원으로 나가 주변 식물을 섭식합니다. 우는토끼의 한 가지 특이점은 먹이를 단순히 개방된 장소에서만 먹지 않는다는 것입니다.이 동물은 이를 Tallis 지역의 자신의 영역으로 가져가 건초더미에 저장합니다. 해당 종은 쉽게 발견할 수 있지만, 성격이 내성적이어서 연구자가 설치한 생포 트랩을 피하는 경우가 많습니다. 또한, 피카는 취급에 민감한 것으로 알려져 있어, 다양한 생태적, 행동적 및 진화적 질문을 연구하는 과정에서 동물이 폐사하는 결과로 이어질 수 있습니다.영향을 최소화하면서 이 포착하기 어려운 소형 포유류를 연구하기 위해, 브리티시 컬럼비아 대학교 오카나간 캠퍼스의 박사 과정 후보자인 Philippe Henry는 해당 종에 적합한 비침습적 샘플링 기술을 개발했습니다. 트랩을 설치하기 전, 그는 Tallis 경사면에서 활발한 피카(PIKA) 서식지의 증거를 찾습니다. 여기에는 동물이 겨울철 생존을 위해 늦여름에 수집하는 식물 저장소인 건초 더미와 신선한 배설물이 포함됩니다.이는 보통 특정 굴 사이트에서 발견됩니다. TLU 내에서 잠재적인 서식지 정점이 확인되면, 그 입구 위에 헤어 스네어(hair snare)를 전략적으로 배치합니다. 필립은 포장 테이프 롤을 사용하여 테이프 조각을 숙련되게 말아 거미줄 모양으로 배치하여 이를 둘러쌉니다.은신처 트랩의 입구는 동물이 통과하기에 너무 크지도 작지도 않은 구멍이 형성되도록 복잡한 설계로 제작되었습니다. 가설적으로, 피카는 일상 활동을 방해받지 않고 계속하며 올가미를 통과하는 동안 털 샘플을 남기게 됩니다. 털 자체는 매우 가늘며 작은 모근 구구를 가지고 있습니다.분석을 위해 적절한 샘플을 얻으려면, 동일인에게서 채취한 최소 25개의 모발이 필요합니다. 또한, 테이프 상의 충격 지점들이 서로 떨어져 있어야 합니다. 독립적으로 군집해 있는 지점들은 별개의 개인으로 간주합니다.함께 모여 있는 것들은 동일한 것으로 간주하며, 수집된 모발은 샘플의 구조, 특히 핵 DNA 농도가 가장 높은 모근 구(root bulb)를 손상시키지 않도록 멸균 핀셋을 사용하여 테이프에서 조심스럽게 제거합니다. 그 후, 모발을 2 mL 크라이오 튜브(cryogenic tube)에 조심스럽게 넣고, 분석을 위해 실험실로 운반될 때까지 액체 질소 보관 용기에 저장합니다. 실험실에 도착하면, 튜브를 열 때 모발이 유실되는 것을 방지하기 위해 모발 샘플을 마이크로 원심분리기로 원심 분리합니다. Promega DNA IQ 시스템을 사용하여 모발 샘플에서 DNA를 추출하며, 첫 번째 단계로 100 µL의 배양 완충액(incubation buffer), 1.8 mg/mL의 proteinase K 및 0.1 M의 DTT를 포함하는 용액을 준비합니다.다음으로 100 µL의 배양액을 모발에 첨가하고 56 °C에서 1시간 동안 배양합니다. 그 후 0.01 M DTT와 7 µL의 재현탁된 DNA IQ resin이 포함된 200 µL의 용해 버퍼(lysis buffer)로 시료를 처리합니다. 시료를 고속으로 3초 동안 볼텍싱(vortex)한 후 상온에서 5~10분 동안 배양합니다.소화된 샘플을 고속으로 2초 동안 볼텍싱한 후 자기 분리 스탠드에 놓습니다. 이때 DNA 단편이 포함된 자기 수지가 용액으로부터 즉시 분리되어 튜브 바닥에 펠릿 형태로 형성됩니다. 남아 있는 용액은 제거하여 폐기합니다.다음으로, 샘플에 100 µL의 lysis buffer를 처리하여 볼텍싱한 후, 분리가 일어나는 마그네틱 스탠드로 옮깁니다. 동일한 단계를 wash buffer를 사용하여 세 번 더 반복합니다. 마지막 세척 후, 샘플을 마그네틱 스탠드에서 15분 동안 건조합니다.그 다음 100 µL의 용출 버퍼를 샘플에 첨가하고 65 °C에서 5분 동안 배양합니다. 마지막으로, 샘플을 2초 동안 볼텍싱한 후 마그네틱 스탠드에 놓습니다. 이후 DNA 용액을 1.5 mL 에펜도르프 튜브로 옮겨 -20 °C에서 보관합니다.추가 분석에 앞서 제 소개를 드리겠습니다. 저는 브리티시 컬럼비아 대학교 오카나간 캠퍼스의 Michael Rosso 박사님이 이끄는 생태 및 보존 유전체학 연구실의 박사 과정 후보생인 Peter Bohi입니다. 이번 여름에 채집한 털에서 추출한 DNA를 사용하여 PCR을 통해 다양한 유형의 분자 마커를 증폭시켰습니다.우리는 또한 양성 대조군 및 기준점으로 간 샘플을 사용했습니다. 본 방법의 비교를 위해, 해당 동물의 개체군 및 유전 구조 연구에 사용될 핵 마이크로새틀라이트 로커스와 고도 경사에 따른 유전적 적응 기반 연구에 사용될 A FLP 게놈 스캔을 증폭했습니다. 또한 종의 생물지리학적 연구에 사용할 수 있는 최대 800 bp의 미토콘드리아 DNA 서열을 증폭하였으며, 개체군의 성별을 식별하기 위해 징크 핑거 서열 및 P-C-R-R-F-L-P 기반의 분자 성별 판별 도구를 적용했습니다.테스트한 모든 마커에서 모발 및 간 샘플에서 추출한 DNA는 유사한 수준의 DNA 서열 및 유전자형 품질을 나타냈습니다. 본 영상에서는 이러한 비침습적 샘플링 방법이 DNA IQ 추출 프로토콜과 결합되었을 때 효과적이며, PCR 증폭에 충분한 품질과 양의 DNA를 제공하는 적절한 양의 모발을 확보할 수 있음을 입증하였습니다. 전반적으로, 이 방법은 연구 대상 종에 미치는 영향을 최소화하면서 희귀하거나 포착하기 어려운 소형 포유류의 개체군, 유전 및 행동 연구를 위한 데이터 수집을 용이하게 하는 데 유용할 것으로 기대됩니다.

a-noninvasive-hair-sampling-technique-to-obtain-high-quality-dna-from

Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

마우스 뒷면에서 게놈 DNA의 분리

여기에 제시된 직접 PCR의 접근 방식은 직접 unpurified 식물과 동물 조직의 작은 양의 PCR 증폭을 용이하게한다.

이전 DNA의 정제없이 식물과 동물 샘플의 Genotyping

이득 또는 손실 기능을 중재 할 lentivirus를 사용하여 머리 소낭 재생 모델의 조직 별 분석.

헤어 재생시 상피 - 중간 엽 시그널링의 빠른 유전 분석

우리는 라벨 및 신생아 쥐의 유전형과 그들로부터 차의 연결을 문화를 생성하는 절차에 대해 설명합니다. 유전자형은 신속하고 효율적이며 신뢰성 및 자동 핵산 추출 할 수 있습니다. 이 neonatally 치명적인 마우스와 유전자형의 이전 완료를 필요로 그들의 문화에 특히 유용합니다.

동물의 신속한 유전자형은 뇌 신경 세포의 차 문화 구축에 이어

여기에 우리가 존재 바이오 입자의 수​​집을위한 최적화하고 효율적인 제거 전략을 설명 한 번에 5 ㎕를 마이크로 볼륨 용해 / STR 증폭을 포함하는 향상된 증폭 프로토콜과 함께, 샘플 'DNA 터치'를,의 회복을 허용하는 짧은 탠덤 반복 (STR) 바이오 입자 기증자 (들)의 프로필.

법의학 &#39;터치 DNA&#39;증거에서 간체 미세 조작술에 의해 복구 된 단일 인간 Bioparticles의 향상된 유전자 분석

이 문서에서는, 흡수 성 microbiopsy 기술을 수행 하는 방법 및 어떻게 샘플에서에서 사용할 수 있습니다 피부와 혈액의 간단 하 고 동시 샘플링에 대 한 RNA 추출에 대 한 최소 침 습 방식으로 보여 줍니다.

흡수 성 Microbiopsy 샘플링 및 최소 침 습, 동시 혈액 및 피부 분석을 위한 RNA 추출

이것은 야생에서 잡힌 박쥐의 게놈, 전사체 및 단백질 분석을위한 최적의 조직 준비를위한 프로토콜입니다. 그것은 박쥐 포획 및 해부, 조직 보존 및 박쥐 조직의 세포 배양을위한 프로토콜을 포함한다.

-Omics 분석 및 1 차 적인 세포 배양을 위한 박쥐의 조직 수집

현재 프로토콜은 지속적으로 성장하는 마우스 절개, 마우스 어금니 및 인간 치아로부터 단세포 RNA-seq 분석에 적합한 단일 세포를 격리하는 빠르고 효율적이며 부드러운 방법을 제시합니다.

마우스와 인간의 치아에서 단일 세포의 신속한 격리

이 프로토콜은 중세 개인의 5가지 다른 골격 요소(방사성 탄소, 약 1040-1400 CE, 보정된 2-시그마 범위)에 걸쳐 8개의 권장 해부학적 샘플링 위치(주어진 골격 요소의 특정 위치)에서 뼈 분말을 수집하기 위한 일련의 모범 사례 프로토콜을 제시합니다.

고고학적 유적에서 고대 DNA를 검색하기 위한 최적화된 뼈 샘플링 프로토콜

여기에서는 잔류 알 파편의 현장 수집을 기반으로 한 나비 개체군의 비침습적 유전자 샘플링을 위한 간단한 프로토콜을 제시합니다. 종의 정체성을 확인하고 유전 적 변이를 정량화하는 데 사용할 수 있습니다. 이 프로토콜은 커뮤니티 과학 참여를 위해 더 광범위한 그룹에 쉽게 적용할 수 있습니다.

희귀 나비 개체군의 비파괴 유전자 샘플링을 수행하기 위해 지역 사회 과학자 배치

배우세요 비침습적 털 샘플링 기법을 사용하여 민감한 소형 포유류에서 고품질 DNA를 수집하는 방법을. 이 방법은 야생동물 생태학 및 보유 유전학 연구에 활용됩니다.

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