Name: 당연히 환경에서 Magnetotactic 박테리아를 발생의 수집, 절연 및 강화 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-11-15T11:55:00.000+00:00
Duration: 5 min 57 s
Description: 배우세요 담수 환경에서 자기세균을 분리하고 농축하는 방법을. 퇴적물 샘플을 수집하고 막대 자석을 이용해 자기세균을 분리한 후, 유리 모세관 레이스트랙으로 농축합니다. 광학 및 투과전자현미경으로 세균의 형태와 마그네토좀을 분석하여 생태학적 역할과 생명공학적 응용 가능성을 탐구합니다.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

미국 국립 과학 재단 (National Science Foundation) 동아시아 및 태평양 서머 연구소; 미국 연구 기금 프로그램의 지질 사회와 대학원 연구 장학금 졸업생 교부금이 작품은 미국 국립 과학 재단 (National Science Foundation) (EAR-0920299 및 EAR-0745808)의 보조금에 의해 지원되었다 오하이오 주립 대학에서. 우리는 자신의 통찰력 덧글에 대한 편집기와 두 개의 익명 리뷰어 감사드립니다.

1. MTB 수집 <ol><li> magnetotactic 박테리아를 수집 할 수있는 담수 사이트 (MTB)에 결정할 때, 그것은 종종 부드러운 진흙 퇴적물 층이있는 연못 또는 느리게 이동 스트림로 시작하는 것이 좋습니다. 이 예제에서 우리는 콜럼버스에있는 오하이오 주립 대학 (OSU), 오하이오 (USA)의 캠퍼스에있는 Olentangy 강의 가장자리에 샘플을 수집했습니다. 이 우리의 데모의 편리한 위치에있을 때, 여기에 설명 된 프로토콜은 수중 위치에 적용됩니다. 이 프로토콜에 사용 된 자료는 표 1에서 찾을 수 있습니다. 물 깊이는 10 100cm 사이의 위치를​​ 찾습니다. 같은 장소에서, 당신은 침전 명확한, 스크류 탑 컨테이너를 사용하는 페이지의 상단에있는 레이어를 수집해야합니다. 이 한 절반 삼분의 침전 물과 남은 볼륨이 가득 될 때까지 컨테이너에 침전물과 물을 퍼내다. 이 물이 가득 될 때까지 잠수 용기를 보관하고 단단히 컨테이너 w를 쏠i 번째의 나사 상단 뚜껑. 이 침전물을 혼합 할 필요가 없습니다. 수건으로 건조 용기의 외부를 닦아 다음 실험실에 표본을 채취하시면됩니다. 당신의 실험실로 샘플을 서두를 필요가 없습니다. 우리는 우리의 실험실로 돌아 오는 전에 몇 일 동안 현장에서 플라스틱 용기에 MTB 샘플을 그만 뒀어요. 이 분야에서 시원하고 그늘진 곳에서 샘플을 저장으로 MTB은 오래 같이 개월 몇 주 동안 가능한 있어야합니다. </li><li> 샘플은 실험실에되면, 뚜껑을 느슨하게하고 증발의 양을 줄일 수있는 용기를 덮고 두십시오. 어두운 방, 서랍에서 실온에서 컨테이너를 저장하거나 완전히 알루미늄 호일로 용기를 다룹니다. 퇴적물과 고급 입자가 완전히 몇 일 몇 시간 동안 방해받지 샘플을 출발하여 컨테이너의 하단에 정착 할 수 있도록 허용합니다. 그것은 퇴적물을 혼합 할 필요가 없습니다, MTB는 그대로 환경을 선호합니다. 플라스틱 용기의 명확한 벽이 입자가 아래로 정착했는지 확인 할 수 있습니다. 샘플에 따라 MTB는 많은 달 동안 샘플에서 살아 남아있을 수 있습니다. </li></ol> 2. MTB 절연 <ol><li> 이 약 1cm 침전물 물 인터페이스 (그림 1A) 위의 플라스틱 용기의 측면에있는 MTB, 장소 자석을 분리 할 준비가되면. 용기의 바닥에있는 퇴적물을 방해하지 않도록주의하십시오. 반대편 (그림 1A)에서 컨테이너와 다른 바 자석의 북쪽의 한쪽면에 바 자석의 남극를 놓습니다. 거의 모든 자석은 이러한 자기 저어 바 또는 대형 냉장고 자석으로 사용하실 수 있습니다. 아무거나는 침전물 물 인터페이스 위에 올바른 높이에서 자석을 지원하는 데 사용할 수 있습니다. 우리는 골판지 또는 플라스틱 상자의 상단에있는 자석을 쉬고 것이 가장 그러나, 자석은 또한 플라스틱 용기의 외부에 붙어 될 수 것으로 나타났습니다. 여러에 30 분을 기다려야박테리아 시간은 자석으로 수영합니다. </li><li> 주의 남쪽 극 바 자석 (북반구에 수집 된 샘플의 경우)의 위치 근처의 컨테이너 (그림 1A) 내부에서 물을 수집하기 위해 멸균 피펫을 사용합니다. 이 물은 남쪽 극 바 자석에 매료 된 MTB를 포함해야합니다. 다음, 모세관 경주가 더욱 MTB을 풍요롭게하는 데 사용되어야합니다. </li></ol> 3. MTB의 경마장 <ol><li> magnetotactic 박테리아와 샘플을 풍요롭게하기 위해, 모세관 경마장이 (인물 1B와 1C)가 필요합니다. 다음은 일반 플라스틱 용기에서 세포를 분리하기 전에 변경해야합니다. </li><li> 경마장을 만들기 위해 5.75 인치 (146mm) 유리 파스퇴르 피펫을 사용합니다. 피펫의 상단을 잘라 다이아몬드 펜이나 파일을 사용 피펫의 길이는 중요하지 않습니다,하지만 물을 약 1-2 ML를 포함 할 수 있습니다. 다음 팁을 녹기 분젠 버너를 사용하는 때문에는 (그림 1C) 밀봉된다. 그 결과 피펫은 오픈 엔드 및 봉인 끝이 있어야합니다. </li><li> 이 racetracks 여러 후 압력솥을 만듭니다. 또한면 여러 긴 금속 바늘을 압력솥해야합니다. </li><li> 필터링 주사기에 부착 된 긴 금속 바늘을 사용하여 autoclaved 경기장으로 그림 1A에 도시 된 침전물 물 인터페이스 근처에서 수집 한 필터링 샘플 물을, 추가 할 수 있습니다. 필터의 기공 크기가 물에서 파편과 오염 물질을 제거하기 위해 0.22 mm해야합니다. 이 모세관 유리에 기포가 없는지 철저하게 확인하는 것이 중요합니다. </li><li> 멸균면 (그림 1B)와 레이스 트랙의 하단을 연결합니다. 거리에 밀봉 된 팁 (그림 1C)에서 1cm -이게 0.5입니다 있도록 경마장의 밀봉 된 끝 부분에 솜을 밀어 금속 바늘을 사용합니다. </li><li> 멸균 피펫 사용하여 샘​​플에 MTB 함유 물을 (섹션 2.2에서) 추가 연구준비된 MTB의 경주 (그림 1B)의 eservoir (오픈 엔드). </li></ol> 4. MTB 농축 <ol><li> 경마장은 샘플 액체로 가득되면, 수평 표면에 옆으로 쏟아 붓는 (예를 들어, benchtop) 및 경마장의 봉인 팁 (인물 1B 옆에 (북반구에서) 바 자석의 남쪽 기둥을 배치 와 1C). </li><li> 면을 통해 마이그레이션 할 수있는 MTB 기준 5 ~ 30 분 정도 기다립니다. 그런 다음 경마장의 끝 근처의 유체를 수집해야합니다. 너무 오래 기다리는 것은 모세관의 끝을하는 다른 운동성 세균 등 오염 물질을, 소개 할 수 있습니다. 선택적으로, 당신은 경주의 끝을 확인하고 MTB는 경마장의 끝에서 수집 볼 가벼운 현미경을 사용할 수 있습니다. 이 당신이면 플러그를 통해 마이그레이션 할 수있는 MTB 소요 시간을 결정 할 수 있습니다. </li><li> 부드럽게면 플러그 근처의 작은 흠집을 만들어 경마장의 끝을 스냅하는 다이아몬드 칼을 사용합니다. </li> &lt;리&gt; 경마장의 끝에서 유체를 제거하는 좁은 바늘 (25 또는 27 게이지)가 1 ML의 주사기를 사용합니다. 이 액체 샘플은 현재 강화 MTB를 포함해야합니다. </li></ol> 5. 가벼운 현미경에 의한 MTB 전망대 <ol><li> coverslip 위에 강화 MTB 샘플의 드롭 (10-20 μl)를 배치합니다. </li><li> 그렇게 빨리 드롭이 현재 줄어들고 직면하고 coverslip에 달려있다 위에 coverslip을 뒤집기. </li><li> 유리 슬라이드에 휴식하는 O-링에 coverslip를 놓습니다. O-링는 약간 작은 직경 coverslip을 (; 그림 2 약 1 cm)이 있어야합니다. </li><li> 가벼운 현미경 단계에이 매달려 드롭을 배치하고 드롭 중 하나를 가장자리에 초점을 맞 춥니 다. 하지만 매달려 드롭 방식 (그림 2)을 사용하기 어려운 오일을 필요로하지 않는다 가장 높은 수치 조리개 값 (예를 들어, 0.93 NA)를 가지고 있기 때문에 60X 건조 목적은 잘 작동합니다. </li><li> 매달려 D에 바 자석 가까이의 남쪽 끝을 배치ROP와 MTB는 자석 (그림 3)에 가장 가까운 드롭의 가장자리으로 마이그레이션하기 시작합니다. 몇 분 이내에 많은 MTB는 드롭의 가장자리 (그림 3)에 있어야합니다. 박테리아가 자석의 극을 반대로하여 자기 것을 이룬 후 박테리아가 반대 방향에서 수영 관찰합니다. </li></ol> 6. 전송 전자 현미경 (TEM)에 의한 MTB 관측 <ol><li> 구리 그리드로 강화 MTB의 드롭 (~ 20 μl)을 놓고 박테리아가 10 분 동안 해결 할 수 있습니다. </li><li> 깨끗한 필터 종이를 초과 물을 위크. </li><li> 선택적으로, 그리드에 부정적인 2 % uranyl 아세테이트, 2% phosphotungstic 산성 산도 7.2, 또는 2.5 %의 나트륨 molybdate 7, 8, 9 물들 할 수 있습니다. 이것은 즉시 강화 MTB와 격자를 잠복기 후 얼룩 한 방울에 구리 그리드를 배치하여 이루어집니다. 부정적인 얼룩으로 격자를 길러, 시간은 세인트에 따라 달라집니다아니야!는 사용 후 깨끗한 필터 종이와 유체를 등심. </li><li> 전송 전자 현미경 (TEM, 그림 4)를 사용하여 MTB를 관찰. 일이 여기에 설명 된 내용은 MTB는 Formvar 안정화와 탄소 코팅 200 메쉬의 구리 격자 (테드 펠라 # 01800)에 adsorbed되었습니다. 격자는 최대 10 분까지에 세포 현탁액의 드롭 탄소 측에 아래로 배치 된 후 즉시 30 초에 물 한 방울에 격자를 배치하여 한 번 씻어. 착색를 들어, 격자는 초는 5 분, 30에 2 % uranyl 아세트산 (테드 펠라 # 19481)의 드롭 위치하고 완전히 필터 종이를 사용하여 건조 하였다. 격자는 TEM은 200kV에서 높은 각도 환형 암시 줄기를 사용하여 80kV 또는 페이 Tecnai F20에 두 페이 Tecnai 정신을 사용하여 분석 하였다. </li></ol>

<ol><li>Blakemore, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Magnetotactic bacteria.</a> Science. 190, 377-379 (1975).</li>
<li>Blakemore, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Annual+Reviews+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Magnetotactic bacteria.</a> Annual Reviews in Microbiology. 36, 217-238 (1982).</li>
<li>Bazylinski, D. A., Frankel, R. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Controlled+Biomineralization+of+Magnetite+%28Fe3O4%29+and+Greigite+%28Fe3S4%29+in+a+Magnetotactic+Bacterium%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Controlled Biomineralization of Magnetite (Fe3O4) and Greigite (Fe3S4) in a Magnetotactic Bacterium.</a> Applied and Environmental Microbiology. 61, 3232-3239 (1995).</li>
<li>Lefevre, C. T., Menguy, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Cultured+Greigite-Producing+Magnetotactic+Bacterium+in+a+Novel+Group+of+Sulfate-Reducing+Bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">A Cultured Greigite-Producing Magnetotactic Bacterium in a Novel Group of Sulfate-Reducing Bacteria.</a> Science. 334, 1720-1723 (2011).</li>
<li>Simmons, S. L., Bazylinski, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((South-seeking+magnetotactic+bacteria+in+the+Northern+Hemisphere%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">South-seeking magnetotactic bacteria in the Northern Hemisphere.</a> Science. 311, 371-374 (2006).</li>
<li>Wolfe, R., Thauer, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+%27capillary+racetrack%27+method+for+isolation+of+magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiology+Letters%22%5BJournal%5D)">A 'capillary racetrack' method for isolation of magnetotactic bacteria.</a> FEMS Microbiology Letters. 45, 31-35 (1987).</li>
<li>Rodgers, F. G., Blakemore, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intercellular+structure+in+a+many-celled+magnetotactic+prokaryote%5BTitle%5D)+AND+%22Archives+of+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Intercellular structure in a many-celled magnetotactic prokaryote.</a> Archives of Microbiology. 154, 18-22 (1990).</li>
<li>Moench, T. T., Konetzka, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+method+for+the+isolation+and+study+of+a+magnetotactic+bacterium%5BTitle%5D)+AND+%22Archives+of+Microbiology%22%5BJournal%5D)">A novel method for the isolation and study of a magnetotactic bacterium.</a> Archives of Microbiology. 119, 203-212 (1978).</li>
<li>Balkwill, D., Maratea, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultrastructure+of+a+magnetotactic+spirillum%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Bacteriology%22%5BJournal%5D)">Ultrastructure of a magnetotactic spirillum.</a> Journal of Bacteriology. 141, 1399-1408 (1980).</li>
<li>Lins, U., Freitas, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simple+homemade+apparatus+for+harvesting+uncultured+magnetotactic+microorganisms%5BTitle%5D)+AND+%22Brazilian+Journal+of+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Simple homemade apparatus for harvesting uncultured magnetotactic microorganisms.</a> Brazilian Journal of Microbiology. 34, 111-116 (2003).</li>
<li>Jogler, C., Lin, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+Cloning+of+the+Magnetotactic+Metagenome%3A+Identification+of+Magnetosome+Island+Gene+Clusters+in+Uncultivated+Magnetotactic+Bacteria+from+Different+Aquatic+Sediments%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Toward Cloning of the Magnetotactic Metagenome: Identification of Magnetosome Island Gene Clusters in Uncultivated Magnetotactic Bacteria from Different Aquatic Sediments.</a> Applied and Environmental Microbiology. 75, 3972-3979 (2009).</li>
<li>Lin, W., Li, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Newly+Isolated+but+Uncultivated+Magnetotactic+Bacterium+of+the+Phylum+Nitrospirae+from+Beijing%2C+China%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Newly Isolated but Uncultivated Magnetotactic Bacterium of the Phylum Nitrospirae from Beijing, China.</a> Applied and Environmental Microbiology. 78, 668-675 (2012).</li>
<li>Li, J., Pan, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biomineralization%2C+crystallography+and+magnetic+properties+of+bullet-shaped+magnetite+magnetosomes+in+giant+rod+magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Earth+and+Planetary+Science+Letters%22%5BJournal%5D)">Biomineralization, crystallography and magnetic properties of bullet-shaped magnetite magnetosomes in giant rod magnetotactic bacteria.</a> Earth and Planetary Science Letters. 293, 368-376 (2010).</li>
<li>Oestreicher, Z., Valerde-Tercedor, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Magnetosomes+and+magnetite+crystals+produced+by+magnetotactic+bacteria+as+resolved+by+atomic+force+microscopy+and+transmission+electron+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Micron%22%5BJournal%5D)">Magnetosomes and magnetite crystals produced by magnetotactic bacteria as resolved by atomic force microscopy and transmission electron microscopy.</a> Micron. 43, 1331-1335 (2012).</li>
</ol>

관심 없음 충돌이 선언 없습니다.

Magnetotactic 박테리아는 반드시 모든 수생 환경 8 찾을 수 없습니다하지만이 발생 할 때, 100의 순서에서 찾을 수 있습니다 - 밀리리터이 1000 셀. 광학 현미경을 사용하여 MTB를 관찰하기 위해, 당신은 약 50 균 / 샘플 8 ML이 필요합니다. 샘플에 또는 몇 MTB가없는 경우, 당신은 이걸 샘플을 수집하거나 다음 섹션에서 설명하는 기술 중 하나 이상을 시도해야합니다 새로운 환경 사이트를 선택해야합니다. 첫째, 큰 플라스틱 욕조 8을 사용 환경에서 더 많은 퇴적물을 수집하려고합니다. unculturable MTB 많은 수의이 필요한 경우이 특히 유용합니다. 환경 시료에 따라서는 즉시 샘플을 수집 한 후 50 세균 / ML의 농도를 갖는 MTB 샘플을 분리 할 수​​없는 경우가 있습니다. 따라서 LA로 다시 환경 샘플을했을 때boratory, 그것은 바 자석을 사용하여 MTB를 ...

<table border="1"><tbody><tr><td> 항목 이름 </td><td> 회사 </td><td> 카탈로그 번호 </td><td> 코멘트 (선택 사항) </td></tr><tr><td> 유리 슬라이드 </td><td> 피셔 과학 </td><td> S95933 </td><td></td></tr><tr><td> 유리 파스퇴르 (Pasteur) pipets </td><td> 피셔 과학 </td><td> 13-678 - 6A </td><td></td></tr><tr><td> O-링 </td><td> 하드웨어 상점 </td><td></td><td></td></tr><tr><td> 커버 용지 </td><td> 피셔 과학 </td><td> 12 542B </td><td></td></tr><tr><td> 바 자석 </td><td> 피셔 과학 </td><td> S95957 </td><td></td></tr><tr><td> 컨테이너 </td><td> 어떤 </td><td></td><td> 모든 plast적어도 0.5 L를 개최 할 수 있으며 밀봉 할 수 IC 또는 유리 용기 </td></tr><tr><td> 면 </td><td> 어떤 </td><td></td><td></td></tr><tr><td> 60X 건조 렌즈 현미경 </td><td> Zeiss </td><td></td><td> 60X 건조 렌즈가 절대적으로 필요하지 않습니다,하지만이 기름을 사용하지 않고 높은 NA를 제공합니다 </td></tr><tr><td> 다이아몬드 펜 </td><td> 피셔 과학 </td><td> 08-675 </td><td></td></tr><tr><td> 0.22 mm 필터 </td><td> 피셔 과학 </td><td> 09-719C </td><td></td></tr><tr><td> 1 ML의 주사기 </td><td> 피셔 과학 </td><td> NC9788564 </td><td></td></tr><tr><td> Microcentrifuge 관 </td><td> 피셔 과학 </td><td> 02-681-320 </td><td></td></tr><tr><td> Formvar / 탄소200 메쉬, 구리 격자 </td><td> 테드 펠라 주식회사 </td><td> 01,800 </td><td></td></tr><tr><td> Uranyl 아세테이트 </td><td> 테드 펠라 주식회사 </td><td> 19,481 </td><td></td></tr><tr><td> Tecnai 정신 TEM </td><td> 페이 </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Tecnai F20 S / TEM </td><td> 페이 </td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

당연히 환경에서 magnetotactic 박테리아를 발생의 수집, 절연 및 강화

Collection, Isolation and Enrichment of Naturally Occurring Magnetotactic Bacteria from the Environment

Magnetotactic 균 (MTB)는 첫째 특히 메사추세츠 (USA)의 염 습지에서 수집 침전 샘플 1975 1에서 설명 된 수중 미생물 있습니다. 이후 MTB는 모두 세계 2 이상에서 층상 물과 침전물-열에서 발견되었습니다. 모든 MTB에 일반적인 기능들은 세포, 막 바인딩 된 자성 자철광의 nanocrystals (철 3 O 4) 및 / 또는 greigite (철 3 S 4) 또는 두 가지 모두 3 4아르 magnetosomes를 포함한다는 것입니다. 남반구에서 사람들은 보통 자석 3,5의 북쪽 끝 부분에 매력을하는 동안 북반구에서는 MTB는 일반적으로, 바 자석의 남쪽 끝 부분에 매력을 수 있습니다. 환경 샘플에서 MTB를 분리 할 때이 속성을 악용 할 수 있습니다. MTB를 풍성하게하는 가장 일반적인 방법 중 하나는, 천연 소스에서 침전물과 물을 수집하기 위해 투명한 플라스틱 용기를 사용하는 것입니다담수 연못 등. 북반구에서는, 바 자석의 남쪽 끝 단지 침전물 물 인터페이스에서 침전물 위의 컨테이너의 외부에 대한 배치됩니다. 약간의 시간 후, 박테리아는 피펫으로 자석 근처에있는 컨테이너의 내부에서 제거 할 수 있습니다 다음 모세관 경주 6 자석을 사용하여 더 값진 경험을했습니다. 일단, 풍부한 박테리아는 매달려 드롭 방법을 사용하여 현미경 슬라이드에 배치 할 수 있으며 가벼운 현미경에서 관찰 또는 구리 그리드에 입금 및 전송 전자 현미경 (TEM)을 사용하여 관찰했다. 이 방법 사용 절연 MTB는 미세 또한 수영과 같은 특성을 결정하기 위해 연구 될 수 세포, 자기 결정의 모양, magnetosomes 수, 각 셀에 magnetosome 체인의 수의 구성의 flagella, 세포 형태학의 행동 유형과 번호 nanomineral 결정하고, 세포 내 액포의 존재.

자석은 환경 샘플 (그림 1A)에 포함 된 magnetotactic 세균 (MTB)를 분리하는 데 사용할 수있는 효과적인 도구입니다. 모세관 경마장 (그림 1B)은 그들이 또한 환경 시료 내에 포함 된 비 magnetotactic 미생물에서 분리 될 수있는면 플러그인을 통해 유치를 MTB의 자기 속성을 사용합니다. <img alt="그림 1" src="/files/ftp_upload/50123/50123fig1.jpg" /> 그림 1. 침전와 물 샘플을 포함하는 투명한 플라스틱 병 콜럼버스, 오하이오 (USA)의 Olentangy 강에서 수집. 병은 약 1 반 침전 한 반 물을 포함하고 있습니다. 자석의 남쪽 끝 (A) 몇 시간 동안 침전 위의 약 1cm를 배치하고 있습니다. 컨테이너 내부에 자석 근처에서 유체...

우리는 자연 물에 적용 할 수있는 magnetotactic 박테리아 (MTB)를 수집하는 방법을 보여줍니다. MTB는 고립과 박테리아의 자연 자기의 활용 비교적 간단한 설정을 사용하여 침전 샘플 풍부하게 할 수 있습니다. 절연 MTB 그런 다음 빛과 전자 현미경를 사용하여 자세하게 검토 할 수 있습니다.

당연히 환경에서 Magnetotactic 박테리아를 발생의 수집, 절연 및 강화

Magnetotactic bacteria (MTB) are aquatic microorganisms that were first notably described in 19751 from sediment samples collected in salt marshes of ...

이 절차의 전반적인 목표는 담수 환경에서 자기 전술 박테리아를 분리하는 것입니다. 이것은 먼저 강이나 호수 가장자리에서 물 퇴적물 샘플을 수집하여 수행됩니다. 두 번째 단계는 막대 자석을 사용하여 환경 시료에 포함된 마그네토 전술 박테리아를 분리하는 것입니다.다음으로, 마그네토 전술 박테리아는 유리 모세관 경마장과 자석을 사용하여 농축됩니다. 마지막으로, magneto tactic 박테리아는 광학 현미경을 사용하여 특성화됩니다. 궁극적으로 투과 전자 현미경은 박테리아의 크기와 모양, 그리고 박테리아의 자철광을 포함하는 자기 영역을 보여주는 데 사용됩니다.이 방법은 마그네토가 지구에서 어떻게 진화했는지, 마그네토 전술 박테리아가 나노미터 크기의 자석을 어떻게 합성했는지와 같은 환경 미생물학의 핵심 질문을 이해하는 데 도움이 됩니다. 오늘 이 절차를 시연할 사람은 스트라이커인 재커리(Zachary)입니다. Zachary는 제 연구실에서 박사 과정을 밟고 있습니다.그는 오하이오 주립 대학에서 저와 제 남동생과 함께 일하고 있습니다. 마그네토 전술 박테리아 또는 MTB를 수집하기 위해 담수 사이트를 결정할 때 부드러운 진흙 퇴적층이 있는 연못이나 느리게 움직이는 개울에서 시작하는 것이 가장 좋습니다. 이 시연에서 우리는 오하이오주 콜럼버스에 있는 오하이오 주립 대학 캠퍼스의 Oland Tangy 강 가장자리에서 샘플을 수집했습니다.물의 깊이가 10cm에서 100cm 사이인 위치를 찾고 투명한 나사 상단 용기를 사용하여 용기에 침전물의 최상층을 채우고 나머지 공간을 물로 채우고 실험실에서 용기를 물 아래에 덮고 뚜껑을 풀고 용기를 덮은 상태로 두어 증발을 줄이고 침전물을 허용하기 위해 몇 시간에서 며칠 동안 어두운 곳에 보관하십시오 그리고 침전시킬 입자를 찾으십시오. 풍성한 MTB를 위한 레이스 트랙을 만들기 위해. 먼저 다이아몬드 펜이나 파일을 사용하여 5.75인치 유리 페이스트리 피펫의 상단을 잘라내어 1-2밀리리터의 물을 위한 충분한 공간을 확보합니다.다음으로, 및 버너를 사용하여 팁 오토클레이브를 밀봉합니다. 솜과 긴 금속 바늘과 함께 여러 개의 레이즈 트랙. MTB를 분리할 준비가 되면 플라스틱 용기 측면에 자석을 놓고 침전물 경계면에서 약 1cm 높이에 용기 반대쪽의 남극 및 북극과 함께 놓습니다.침전물을 방해하지 않도록 주의하십시오. 박테리아가 자석으로 헤엄칠 때까지 30분에서 몇 시간을 기다립니다. 다음으

collection-isolation-enrichment-naturally-occurring-magnetotactic

Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

미생물 eukaryotes 모두 영구 얼음으로 덮인 남극 호수에서 photosynthetically 파생 카본과 최고의 육식 종의 원천입니다. 이 보고서는 남극 호수, 호수 Bonney에서 metabolically 다양한 미생물의 eukaryotes를 분리하기 위해 농축 문화 접근법을 설명하고 Ribulose-1 ,5-bisphophate carboxylase의 oxygenase (RubisCO) 활동을 위해 방사성 동위 원소 분석을 사용하여 무기 탄소 고정 가능성을 평가합니다.

탄소 고정 가능성 화학 층상 남극 호수 및 평가에서 미생물 진핵 농축 문화의 확립

출처: Le Nagard, L., et al. Magnetospirillum 속의 성장하는 자기 이동성 박테리아: 균주 MSR-1, AMB-1 및 MS-1. J. Vis. 경험. (2018).이 비디오는 액체 및 반고체 배지를 모두 사용하여 미호기성 조건에서 마그네토스피릴룸 박테리아를 배양하는 방법을 보여줍니다. 이는 산소-무산소 계면에서 눈에 보이는 박테리아 밴드의 형성과 산소가 고갈됨에 따라 상향 이동을 강조합니다. 이 비디오는 또한 자기장에 대한 반응으로 방향성 수영을 관찰하여 자기 이동 행동을 평가하는 방법을 보여줍니다.

마그네토스피릴룸 박테리아 성장 및 자기 이동 거동 평가

출처: 왓슨, DC, et.al. 대장균 및 기타 박테리아로부터 세포외 소포의 확장 가능한 분리 및 정제. J. Vis. 경험. (2021년)이 비디오는 유전자 조작 박테리아의 외막에서 파생된 세포외 소포(EV)의 분리 및 농축을 보여줍니다. 이 과정에는 박테리아를 배양하여 EV를 방출한 다음 세포와 잔해물을 제거하기 위한 순차적 원심분리 및 여과 단계가 포함됩니다. 마지막으로, 한외여과는 다운스트림 분석을 위해 EV를 농축하는 데 사용됩니다.

박테리아로부터 외막 유래 세포외 소포의 분리 및 농축

박테리아 군집을 포함하는 습지 토양 유래 농축 배양으로 시작합니다.배양은 Feammox 활성, 철 환원과 결합된 암모늄 산화를 나타내며, 이는 이러한 대사 과정을 수행할 수 있는 박테리아의 농축을 나타냅니다.배지를 사용하여 배양액을 연속적으로 희석합니다.희석된 샘플을 철철과 암모늄이 보충된 테스트 한천 플레이트에 줄무늬로 만듭니다.철 또는 암모늄이 부족하거나 암모늄 대신 유기 탄소가 포함된 철이 포함된 대조 플레이트를 사용하여 비 Feammox 경로를 통한 철 환원을 배제합니다.질소-이산화탄소 혼합물이 들어 있는 혐기성 장갑 가방에 모든 플레이트를 배양합니다.암모늄을 산화시키면서 철을 제일철로 환원시키는 박테리아는 테스트 플레이트에서만 회색 콜로니를 형성합니다.이것은 농축 배양에서 Feammox 박테리아의 존재를 확인합니다.테스트 플레이트에 Feammox 부산물이나 대조 플레이트에 유기 탄소를 사용하는 다른 박테리아는 회색 콜로니를 형성하지 않습니다.회색 군집을 분리하고 추가...

습지 토양 유래 농축 배양에서 암모늄 산화 철 환원제의 분리 

출처: 빌렐라, H. D. M. 외 생물 복원을 위한 미생물 균주 탐사 및 형생물 연구 및 보존을 위한 프로바이오틱스 개발. J. Vis. 경험 (2019).이 영상은 EE2 함유 배지에서 연속 희석, 군집 선택, 성장을 통해 오염물질 분해 해양 박테리아를 분리하는 과정을 보여줍니다. EE2를 유일한 탄소원으로 사용하여 이 환경 오염물질을 대사할 수 있는 박테리아 균주를 식별합니다.

오염물질 분해 균주를 분리하기 위한 해양 박테리아 선별

출처: 빌렐라, H. D. M. 외 생물 복원을 위한 미생물 균주 탐사 및 형생물 연구 및 보존을 위한 프로바이오틱스 개발. J. Vis. 경험 (2019)이 영상은 해수 샘플을 유성 배지에 농축하여 선별적으로 분리하는 과정을 시연하며, 순수 균주를 회수하고 원유 생물복원과 환경 정화에 잠재적으로 활용할 수 있게 합니다.

해수 샘플에서 오일 분해성 해양 박테리아의 선택적 농축 및 분리

현장 미생물 농축 또는 제자리에서 재배 기술을 낮은 바이오 매스 geochemically 극단적인 환경에서 특히 어려운 문화 미생물 taxa의 절연 용이 하 게 수 있습니다. 여기, extracellular 전자 전송 (동유럽 표준시) 수 있는 미생물 긴장을 풍부 하 게 하는 외부 전원 공급 장치를 사용 하지 않고 전기 설정을 설명 합니다.

현장 양극 다 박테리아를 풍부 하 게 각자 서 있는 전기 설정

우리는 성장 하는 두 가지 유형의 성장 매체에서 Magnetospirillum 의 여러 변종에 대 한 절차를 제시. MSR-1 Magnetospirillum gryphiswaldense 긴장은 성장 액체와 O2 농도 기온 변화도에 반 고체 미디어 M. magneticum AMB 1 긴장과 M. magnetotacticum 변형 MS-1 액체 매체에서 성장 하는 동안.

속 Magnetospirillum의 Magnetotactic 박테리아 성장: 변종 MSR-1, 자녀-1 및 MS-1

지열 온천에서 중금속 내성 미생물을 분리하는 것은 생물 정화 및 환경 모니터링 바이오 시스템 개발을위한 뜨거운 주제입니다. 이 연구는 온천에서 중금속 내성 박테리아를 분리하고 식별하기위한 방법 론적 접근법을 제공합니다.

환경 오염을 해결하기위한 Extremophilic 미생물의 생물 탐사

자연 킬러 세포 lymphocytes의 작은 인구입니다. 여기 StemCell Technologies에서 키트를 사용하여 부정적인 선택에 의해 인간의 혈액에서 이러한 세포를 분리하는 방법을 보여줍니다. 얻은 세포 따라서 절차의 번호를 사용 준비가 가능한 및 항체에 의해 훼손되지 않은, 그리고.

StemCell 기술에서 RosetteSep 키트와 함께 인간의 피를에서 NK 세포의 농축

배우세요 담수 환경에서 자기세균을 분리하고 농축하는 방법을. 퇴적물 샘플을 수집하고 막대 자석을 이용해 자기세균을 분리한 후, 유리 모세관 레이스트랙으로 농축합니다. 광학 및 투과전자현미경으로 세균의 형태와 마그네토좀을 분석하여 생태학적 역할과 생명공학적 응용 가능성을 탐구합니다.

당연히 환경에서 Magnetotactic 박테리아를 발생의 수집, 절연 및 강화

더 많은 동영상 탐색