Name: 에서 프로스타글란딘 추출 및 분석 Caenorhabditis의 엘레 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2013-06-25T13:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 50 s
Description: 학습하세요 Caenorhabditis elegans에서 LC-MS/MS를 이용한 프로스타글란딘 및 에이코사노이드 추출 및 분석 방법을. 이 기법은 높은 민감도와 특이성을 제공하여 지질 대사 연구에 활용됩니다.

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우리는 UAB 피부 질환 연구 센터 (C. Elmets에 P30 AR050948), UAB-UCSD 오브라이언 급성 신장 손상 센터 (P30 DK079337 A. 아가 왈에 의해 부분적으로 지원되었다 UAB 대상으로 대사와 프로테오믹스 실험실, 감사합니다 )와 UAB 폐 보건소 (R01 HL114439, R01 HL110950 JE 블레이락까지). 질량 분석기에 대한 지원은 NCRR 공유 계측 부여 (S. 반즈에 S10 RR19261)에서 있었다. 우리는 또한 기술 지원을 레이 무어 감사합니다. C. 엘레 균주는 NIH에 의해 자금 지원 Caenorhabditis의 유전학 센터에 의해 제공되었다. 이 작품은 NIH (ARRA 관리 보조 등 R01GM085105에 MAM)에 의해 지원되었다.

웜 문화, 프로스타글란딘 추출하고, 프로스타글란딘 분석 : 아래에 설명 된 프로토콜은 세 부분으로 나누어 져 있습니다. 언급 한 바와 같이 샘플이 일시적으로 -80 ° C 또는 -20 ° C.에 저장 될 수있는 경우, 여러 지점이있다 1. 웜 문화 우리는 포괄적 인 LC-MS/MS위한 혼합 단계 웜의 약 6g을 추천합니다. 이 검출 적어도 6 별도의 주사에 대한 충분한 자료를 제공해야한다. 단일 주입 또는 두 가지의 MRM으로 알려져 PG는 정량을 위해 1-2 G의 충분하다. 특정 단계로 구성 동기화 문화 추출물의 분석도 가능합니다. 최대 4 개의 균주를 동시에 재배 할 수 있습니다. 예를 들어, 야생형 제어 및 세 가지 돌연변이 균주. <ol><li> 보충 수유 65 (16cm) X-대형 NGM 플레이트 및 농축 박테리아를 준비합니다. 시드 NA22 박테리아를 사용합니다. 보충 수유, 촉진제에 대한 집중 박테리아를 만들려면16-24 시간 동안 LB 배지에서 NA22의 w는 적어도 사리터. 스핀 다운, M9 버퍼 100 ㎖에 상층 액과를 Resuspend 박테리아를 제거합니다. 이 농축 된 박테리아 용액 200-400 ㎖의 각 웜 변형이 필요할 수 있습니다. 4 ° C.에 저장 </li><li> 5 X-대형 플레이트에 웜 문화를 시작합니다. 플레이트가 임신하는 성인의 전체가 될 때까지 약 3에서 4 세대에 벌레를 성장. 농축 된 박테리아는 기아를 방지하기 위해 접시를 추가, 필요에 따라 (~ 1 ML / 플레이트와는 뚜껑을 교체하기 전에 완전히 건조 보자).해야한다 </li><li> M9 버퍼와 함께 접시 떨어져 임신하는 자웅 동체를 세척하고 50 ML 원뿔 폴리 프로필렌 튜브 벌레를 수집합니다. </li><li> 임신하는 자웅 동체가 바닥 (보통 3-5 분에 대한)에 정착하도록 허용합니다. 세균, 계란 및 애벌레 단계 웜을 포함한 상층 액을 제거한다. 15 ML M9 버퍼에 resuspend을 부드럽게 섞는다. </li><li> 60 시드 NGM 플레이트의 각 웜 현탁액 200 μl를 전송합니다. 접시에 걸쳐 벌레를 분산. 웜 솔루션을 혼합 보관모두 잘 플레이트 때까지 벌레의 대략 동일한 번호를받을 수 있도록하기 위해 씨앗을 품고있다. </li><li> 기아를 방지하기 위해 필요한 (~ 1 ml/plate/12에 24 시간주기)로 농축 된 박테리아 보충합니다. 플레이트 뚜껑을 교체하기 전에 건조 공기 수 있습니다. 접시 임신하는 성인들로 가득 시드 벌레의 원래 숫자에 따라 2-4 세대를 위해 벌레를 성장, 또는 때까지. </li><li> 수확 웜 플레이트 한 번에 하나의 변형. M9 버퍼와 함께 접시 떨어져 벌레를 세척하고 50 ML의 폴리 프로필렌 튜브 (예 : 6 관)에서 수집합니다. 접시를 씻어 M9 버퍼를 사용, 그 다음 판에 벌레 채워진 버퍼를 전송합니다. 번호판의 번호 (예. 10 일) 세척 한 후, 50 ML 튜브에 웜 채워진 버퍼를 전송합니다. M9 버퍼와 정상에 튜브를 채 웁니다. 판의 나머지 부분에 대한 세척을 반복합니다. </li><li> 임신하는 성인 5 ~ 6 분의 바닥에 정착, 상층 액을 (~ 35 ML)를 제거하고 하나 또는 두 개의 튜브에 통합 할 수 있습니다. FR와 50ml로 튜브를 기입ESH M9 버퍼는 3-5 분간 방치시키고, 상층 액을 떠나 임신하는 성인을 제거합니다. 3 회 반복하거나 상층 액이 투명해질 때까지. </li><li> 대구경 파스퇴르 피펫, 두 15 ML의 폴리 프로필렌 원뿔 튜브에 가능한 한 많은 웜과 같은 전송을 사용. 임상 원심 분리기에서 10 분 동안 1,000 RCF (CentraSL2에서 ~ 3,500 RPM)에서 스핀 다운. 상층 액을 제거하고 모든 벌레가 동일한 튜브에 옮겨 침전 될 때까지 반복합니다. -80 가능한 매장 웜과 같은 많은 상층 액으로 분리 ° C. 모든 균주에 대해이 단계를 반복합니다. </li></ol> 2. 프로스타글란딘 추출 추출에 필요한 시약은 다음과 같습니다. 방법은 Golovko와 머피 17의에서 수정 및 LC-MS/MS 감도를 향상 액체 - 액체 정화, 재생, 다음에 아세톤 추출이 포함되어 있습니다. 유사한 결과가 다운스의 균질화를 얻을 수 있지만 총알 블렌더 5 균질이 절차에 사용됩니다. 부틸 hydroxytolueNE (BHT)과 질소 하에서 증발 (N 2) 가스는 산화를 방지하는 데 사용됩니다. 모든 유리는 지질 바인딩을 줄이기 위해 (Sigmacote) 실리콘 처리해야합니다. 유기 용매로 추출 화학 후드에서 수행되어야한다. <ol><li> 50 ML의 폴리 프로필렌 원뿔 튜브의 무게. 6.5 ML 마크 근처 뜨거운 면도날로 튜브를 통해 절단하여 -80 ° C에서 보관 15 ML 원뿔 튜브에서 냉동 벌레 약 6.0 g을 전송합니다. 메탄올 청소 주걱은 튜브의 바닥에서 얼어 붙은 벌레 펠렛을 제거하는 데 사용할 수 있습니다. 펠렛의 상단에서 하단, 적은 밀도 애벌레 웜 및 잔여 박테리아를 검색 할 수 펠릿을 절단하여 뒤에 남아 있습니다. </li><li> 미리 무게 50 ML 원뿔 튜브에 얼어 붙은 벌레를 전송합니다. 복수의 샘플을 처리하는 경우, 비교 연구 조직의 동일한 금액 (6.0 g)를 사용합니다. 붙여 넣기 벌레 해동으로, 원하는 질량을 얻기 위해 주걱 벌레를 추가하거나 제거합니다. 선택 사항 : 광고추출 효율에 대한 내부 통제 등의 PGF 2α-D4 규격의 D 1.00 NG. </li><li> 웜 서스펜션 0.005 %의 BHT와 얼음처럼 차가운 2시 1분 아세톤 / 식염수 12 mL를 추가로 소용돌이 잘 섞는다. 총알 블렌더에 사용 열두 5 ML 자립 플라스틱 튜브에 각각 웜 슬러리의 1.5 ML을 분배. </li><li> 0.5 mm의 0.7-0.8 ML을 추가 지름 세리아는 각각 5 ML 튜브에 산화 지르코늄 구슬을 안정화. 단단히 뚜껑을 닫고 총알 블렌더 5 균질로 12 튜브를로드합니다. 속도 8-9에서 3 분 동안 블렌더를 실행하고 얼음에 튜브를 놓습니다. 아주 단단히 뚜껑을 닫고하거나 내용이 쏟아 질 수 있는지 확인하십시오. 입체경을 사용하여 슬라이드에 하나의 튜브에서 균질의 10 μl를 확인합니다. 나머지 거의 그대로 웜이 있어야합니다. 필요한 경우, 다른 분 같은 속도로 반복합니다. </li><li> 균등 9 &quot;파스퇴르 피펫을 사용하여 네 개의 10 ML 원뿔 유리 튜브에 균질을 전송합니다. 전송 ​​구슬을 피하십시오. 세 개의 튜브 seque에서 구슬을 씻으십시오ntially 1시 2분 아세톤 / 생리 식염수가 들어 BHT 1 ㎖​​와 함께. 모든 구슬이 세척 될 때까지 다른 튜브에 대해 반복합니다. 10 mL 유리 튜브에 남아있는 용액 (1 ~ 4 mL를) 전송하고 얼음에 배치합니다. </li><li> 4에서 10 mL 유리 튜브를 원심 분리기 ° C에서 10 분 동안 ~ 1,000 XG에서 임상 원심 분리기합니다. 각 튜브에서 깨끗한 10 ㎖ 유리 원뿔 튜브에 뜨는을 전송합니다. </li><li> 화학 후드에서 각 10 mL 유리 튜브에 헥산의 동일한 볼륨을 추가합니다. 예를 들어, 3.5 ML의 아세톤 / 생리 식염수에 3.5 ML의 헥산을 추가합니다. 30 초 동안 최대 속도로 소용돌이. </li><li> 4에서 10 mL 유리 튜브를 원심 분리기 ° C에서 10 분 동안 ~ 1,000 XG에서 임상 원심 분리기합니다. 헥산을 포함하는 상층과 중성 청구 지질을 폐기하십시오. </li><li> 2 M 개미의 산성을 (- 150 μL 약 100)을 사용하여 pH를 3.5로 낮은 위상을 산성화. 산도 스트립을 사용하여 테스트 산도. </li><li> 각 튜브에 클로로포름의 동일한 볼륨을 추가합니다. 30 초 동안 최대 속도로 소용돌이와 4시에 튜브를 원심 분리기 ° C I10 분 ~ 1,000 XG에서 NA 임상 원심 분리기. </li><li> 제거하고 상단 수성 단계를 폐기하십시오. 계면을 피하고, 낮은 클로로포름 단계로 남아있는 우유 계면을 통해 피펫 팁을 삽입합니다. 깨끗한 15 ML 원뿔 유리 튜브 4 관에서 각각 하위 단계를 수집합니다. 적어도 24 시간 동안 -20 ° C에서 알을 품다. 이 시점에서, 추출물은 최대 2 주 -20 ° C에 저장할 수 있습니다. </li><li> 냉장고의 추출물을 가지고있는 경우, 남은 우유 수성 꼭대기 층을 버린다. 새로운 파스퇴르 피펫을 사용하여 테플론 일렬로 표시 ½-드람 유리 병에 클로로포름을 전송합니다. 화학 후드, N 2 가스의 완만 한 흐름에 따라 건조에 클로로포름 분획을 증발시킬 것. 건조 추출물은 최고 2 주까지 -20 ° C에 저장할 수 있습니다. PG 추출 및 분석에 사용되는 전체 구조는 그림 1에 표시됩니다. </li></ol> 3. 프로스타글란딘 분석 <ol><li> 재고를 준비작업 솔루션을 얻기 위해 물 (8시 2분 V / V) : 같은 PGF 2α 나 PGF 2 메탄올에 α-D4 (1 ㎍ / ㎖)로, 메탄올로 희석 개별 기준 프로스타글란딘의 솔루션을 제공합니다. 표준 곡선을 생성하기 위해 희석의 시리즈 (100, 10, 1, 0.1, 0.01 NG / ML)를 준비합니다. </li><li> 건조 C.에 물 (8시 2분 V / V) : 200 μL 메탄올 추가 엘레 지질 추출물 (들)과 잘 혼합. 물 해결책 : 웜 조직의 6 이하 g을 추출하는 경우, 건조 된 추출물은 메탄올의 적은 양에 재현 탁되어야한다. </li><li> 물에 0.1 % 포름산으로 구성된 이동 준비 단계 [A]와 0.1 % 포름산을 함유 아세토 니트릴 [B]. </li><li> 4 ° C에서 자동 시료 주입기를 설정하고 70 카운트 1.5 ML 유리 병 랙에 샘플 튜브를 놓습니다. </li><li> 약 5 분 동안 0.2 ML / 분의 유속으로 0.1 % 포름산 시너지 수력 RP-C18 컬럼을 평형. </li><li> 열에 샘플 (20-50 μL)를 주입한다. 그라데이션 용출 시작을 수행ING 10 % B로하고 0-11 분 11-14 분 80~100%의 B에서 80 % B까지가는 ​​16 분에 10 % B로 반환. 총 실행 시간은 20 분입니다. 13 본격적인 표준의 유지 시간은 참고 3 표 1에 나타내었다. </li><li> 음이온 모드에서 ESI 인터페이스 운영 체제를 사용하여 질량 분석기로 유출 열을 소개합니다. 질소 분무기와 커튼 가스 (CUR = 10)로 사용됩니다. 충돌 가스, 충돌 에너지, 온도는 각각 10, -35 eV의 600 ° C로 설정됩니다. Declustering 전위 (DP), 충돌 에너지 (CE), 및 세포 출구 전위 (CXP)는 각각 -90, -35 및 -10에서 설정됩니다. </li><li> 설문 조사 검사 (Q1 스캔)의 경우, 대부분의 PG는 (그림 2)을위한 M / Z 315-360의 질량 범위에서 부정적인 이온 모드를 사용합니다. 범위는 그 화합물 (들)의 질량에 따라 변경 될 수 있습니다. LC-MS 이온 크로마토 그램의 총 이온 전류 (TIC)에서 이온을 추출하고 결정 extrac 여부테드 이온은 탈수 소화 또는 부가 물 이온에 해당하는, 또는 조각 이온. </li><li> MRM 실험, 대량 전환은 M / Z 311분의 355은 F1 클래스를 감지하는 데 사용됩니다, M / Z 193분의 353은 F2 클래스에 사용되며, M / Z 193분의 351 또는 191분의 351은 F3 클래스 사용 (그림 3). MRM은 내부 표준 (예를 들어, M / Z 197분의 357 PGF 2α-D4)를 감지하고 표준 곡선을 생성하는 데 사용됩니다. PG 질량 전환 18에 대한 추가 정보는 머피 등을. 참조하십시오. </li><li> MS / MS 실험, F1 클래스, M / Z 353for F2 클래스 및 M / Z 351for F3 클래스 PG는을위한 M / Z 355을 사용합니다. C.는 F-시리즈 PG는 대한 elegans의 MS / MS 데이터는 그림 4와 표 2 3,16의 요금으로 이용 가능합니다. 포유류 에이코 사 노이드에 대한 MS / MS 데이터에서 사용할 수 있습니다 <a href="http://www.lipidmaps.org" target="_blank">www.lipidmaps.org</a> . </li><li> 분석가를 사용하여 분석 데이터를 처리t 소프트웨어 (버전 1.4.2 적용되는 생물계). </li></ol>

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</ol>

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우리는 F-시리즈 PG는에 초점을 맞추고, eicosanoid 추출 및 분석을위한 절차를 설명합니다. 문제가 될 수 있습니다 절차의 여러 부분이 있습니다. 첫째, 기아 PG 신진 대사를 변경할 수있는 웜 문화, 굶어하지 않는 것이 중요합니다. NA22이 높은 밀도에 도달하기 때문에 보충 수유를 들어, NA22 박테리아는 대신에 일반적으로 사용되는 OP50 박테리아를 권장합니다. 그러나 NA22 변형 항생제 내성이 부족하고 오염에 더 취약하다. 둘째, 웜 포유 동물 조직에 상대적으로 낮은 풍부 개별 PG의 이성질체를 합성. 이 부분에서 많은 이성질체 사이에 중복으로 인해 수 있습니다. 우리는 포괄적 인 분석과 강한 신호를 조직의 약 6 g을 추천합니다. 건조 추출물이 적은 메탄올에 재현 탁 경우 적은 조직 (1-2 g)를 사용할 수 있습니다 : 수용액은 PG 농도를 증가 할 수 있습니다. 그러나, 1-2 주사를 수행 할 수 있습니다. 우리의 LC-MS/MS 시스템의 검출 한계는 10 PG 약PGF 2α / ML. 밀집 혼합 단계 웜 중 하나 ML (약 1 g)는 CePGF2의 약 25-50 PG를 얻을 수 있습니다. 더 민감한 질량 분석 시스템은 분석에 필요한 웜 조직의 양을 줄일 수 있습니다. 셋째, 샘플 간의 PG 추출 효율의 차이는 변수의 결과가 발생할 수 있습니다. 우리는 추출 효율은 조직이 병렬로 추출 할 때 매우 비슷하다는 것을 발견했다. 효율성을 결정하기 위해 내부 통제로 균질화 단계에서 PGF 2α-D 4 1.0 NG를 추가합니다. MRM은 M / Z 197분의 357은 1 NG / ML 표준 용액을 기준으로 PGF 2α-D4의 농도를 측정하는 데 사용되는 질량 전환을 사용하여. 추출하는 동안 손실 PGF 2α-D 4의 양은 다음 계산됩니다. 우리가 포함 크로마토 그래피 매개 변수와 질량 전환은 다른 PG는과 에이코 사 노이드를 감지 변경할 수 있습니다. 상당한 노력에도 불구하고, 우리는 D-시리즈 또는 E-SER을 식별 할 수 없었다이거는 추출물 17 PGS. 또한, 우리는 8 ISO PGF 2α 및 PG 입체 19 비 선택적 혼합물을 생성하는 자유 라디칼 개시 과산화의 특징 인 8-iso로 PGE을 2 발견되지 않았습니다. 웜은 다른 PG 유형을 합성 여부가 알려져 있지 않다. endocannabinoids에와 아라키돈와 에이코 사 펜타 엔 산의 다양한 에폭시 및 히드 록시 대사 C.에서 발견되었습니다 엘레은 5,7,20,21를 추출합니다. 우리는 각각 정량 및 식별에 대한 확실한 기준에 비해 MRM 및 MS / MS 모두의 사용을 권장합니다. 새로운 에이코 사 노이드의 경우, 이러한 분석은 가능하면 효소 22뿐만 아니라, 기능 분석을 합성 PUFA에 부족한 지방 돌연변이의 비교 연구와 결합해야합니다. 지방 돌연변이 분석에주의해야 할 점은 웜에 존재 된 PUFA의 분 수량은 PG 합성에 충분한 것입니다. 예를 들어, 지방 2 (WA17) 돌연변이D12 불포화 활동의 소량 (~ 5 야생형 22 %) 이러한 돌연변이는 여전히 PG는 6을 생산하고 있습니다. 지방 3 (WA22)과 지방-4 (WA14) 돌연변이는 아라키돈와 에이코 사 펜타 엔 산 16에서 파생 된 PG는 합성 실패가 . 우리는 또한 지방 돌연변이가 나머지 클래스의 최대 조절 PG의 합성에 의한 PUFA 클래스의 손실을 보상 나타났습니다. 예를 들어, 지방 3 (WA22) 돌연변이는 20 탄소 된 PUFA에서 파생 된 대부분의 PG는 합성에 실패합니다. 대신, 그들은 18 탄소 된 PUFA 16에서 파생 된 새로운 PG는을 - 조절 나타납니다. 지금까지, 우리는 C를 확인하지 못했습니다 PG 합성에 완전히 부족한 elegans의 변형. 그것은 PG는 성장이나 개발에 필수적인 가능성이 있습니다.

프로스타글란딘은 (PG는) 광범위하게 조사하고 생물 12-14의 넓은 배열에 재생, 면역력, 개발을 규제에 연루되어 지질 호르몬의 중요한 클래스이다. 그들은 공통의 전구체 (들)에서 파생 된 지질의 시리즈를 포함하기 때문에 PG는 이상적으로 포괄적 인 시스템 생물학 분석에 적합합니다. 선충 C. 엘레 간스 유전학 및 시스템 생물학의 근본적인 문제를 해결하기 위해 가장 널리 사용되는 모델 생물 중 하나입니다. 우리는 증명 한 C. 엘레은 F-시리즈 PG는을 합성하는 난자 3,6,16에 운동성 정자 가이드. 각각 셋, 넷, 다섯 이중 결합, F1을 포함, F2, F3 및 클래스, 20 개의 탄소 된 PUFA에서 파생 된 F-시리즈 PG는이 3,16가 확인되었습니다. 이러한 PG는이 cyclooxygenase 효소의 독립적 인 합성, 아직 PGF 1α와 PGF 2α 입체는 여전히 GE있다있다nerated. C.의 정성 및 정량 분석을위한 엘레 PG는이 LC-MS/MS는 강력하고 중요한 분석 기술입니다. 이 분석을 수행하기 전에, 그것은 분석 프로세스의 성능이 크게 추출물의 품질에 의존하기 때문에 최적화 된 추출 방법을 개발하는 것이 중요합니다. 액체 크로마토 그래피 및 질량 분석법은 비 (M / Z)를 충전 할 것으로 예상 질량뿐만 아니라, PG 부모 이온의 바람직한 피크 모양과 체류 시간을 제공 할 수 있습니다. C.에있는 PG는 대사 프로파일 엘레 다양한 MS의 인수 전략을 필요로하는 어려운 작업입니다. LC-MS 전체 검사 또는 조사 검사 (Q1 검사)는 대부분의 이온화 PG는이 질량 분석 응답을 생성 보장하는 장점이 있습니다. 설문 조사 검사는 야생형과 돌연변이 C.에 대해 PG는 총 프로파일에 대한 유용한 정보를 제공하는 반면 elegans의 사소한 PG는 검출 낮은 민감도로 인해 손상된다. 그러할이하, LC-MS 설문 조사 검색은 PG는의 글로벌 뷰를 제공하고 대형 PG 인구의 신진 대사에 영향을 미칠 것으로 예상 돌연변이 분석에 특히 유용 할 수 있습니다. 대사 산물 식별을 화학적으로 합성 된 PG 표준의 LC-MS/MS 분석은 첫 번째 참조 화합물로 그들의 제품 이온 스펙트럼을 얻기 위해 수행됩니다. 이 스펙트럼은 알 수없는 대사의 스펙트럼을 비교할 수 있습니다. 다중 반응 모니터링 (MRM) 모드는 향상된 민감도와 특이도 사용됩니다. MRM 실험은 화합물의 부모 이온 / 제품 이온 질량 전환을 지정하여 수행됩니다. 대상 분석 물질의 질량과 구조를 알면, 많은 알 수없는 대사에 대한 이론적 인 MRM 전환을 예상 할 수 있습니다. C.의 이성체 PG는 프로파일에 최적화 된 LC-MS/MS 방법 엘레은보고되지 않았습니다. 여기에서 우리는 LC-MS와 구성된 추출 및 통합 질량 분석 방법을 설명 LC를검출, 정량화, 그리고 C. 조사를위한 MS / MS 방법 엘레 PG 대사. 이 방법은 다른 에이코 사 노이드에 적용 할 수 있습니다.

<table><tbody><tr><td colspan="4">REAGENTS</td></tr><tr><td>X-large (16 cm) plates</td><td>Fisher Scientific</td><td>0875714</td><td></td></tr><tr><td>E. coli strain NA22</td><td>Caenorhabditis Genetics Center (CGC)</td><td>NA22</td><td><a href="http://www.cgc.cbs.umn.edu" target="_blank">http://www.cgc.cbs.umn.edu</a></td></tr><tr><td>아세톤, 399.5%</td><td>Fisher Scientific</td><td>A928-4</td><td></td></tr><tr><td>부틸화 하이드록시톨루엔</td><td>MP 바이오메디컬</td><td>101162</td><td></td></tr><tr><td>헥산, HPLC 등급</td><td>Fisher Scientific</td><td>H302-1</td><td></td></tr><tr><td>포름산, 399%</td><td>Acros</td><td>AC27048-0010</td> Fisher Scientific 클로로포름<td>을 통해 사용 가능</td></tr><tr><td>, HPLC 등급</td><td>Acros</td><td>AC26832-0010</td><td>Fisher를 통해 사용 가능 과학</td></tr><tr><td>PGF2&alpha; -d4</td><td>Cayman Chemicals</td><td>316010</td><td>Cayman은</td></tr><tr><td>멸균 나사 캡 독립형 5ml 튜브</td><td>Fisher Scientific</td><td>14-222-651</td><td>총알 블렌더</td></tr><tr><td>0.5mm 산화 지르코늄 비드</td>와 함께 사용 <td>다음> > > Advance</td><td>ZrOB05</td><td></td></tr><tr><td>10ml 유리 원뿔형 헤비 듀티 눈금 원심분리기 튜브</td><td>Kimble Kimax</td><td>45200-10</td><td>Fisher Scientific</td></tr><tr><td>15ml 유리 원뿔형 튜브</td><td>Corning Pyrex</td><td>8082-15</td> Fisher Scientific Sigmacote(실리콘화 시약)<td>를 통해 사용 가능</td></tr> <tr><td>Sigma-Aldrich</td><td>SL2-100ML</td><td></td><td></td></tr> <tr><td>테프론 라이닝 캡 1/2 드람 유리 바이알</td><td>Fisher Scientific</td><td>V1235C-TFE</td><td></td></tr><tr><td colspan="4">EQUIPMENT</td></tr><tr><td>CentraSL2 임상 원심분리기</td><td>Thomas Scientific</td><td>2517N92-TS</td><td></td></tr><tr><td>총알 블렌더 5 블루 균질화기</td><td>다음> > > Advance</td><td>BBY5MB</td><td>A 40 ml Dounce 균질화기는 대안으로 사용할 수</td></tr> 있습니다<tr><td>. Synergi 4 &mu; m 하이드로-RP 80 &#197; LC 컬럼 250 x 2.0 mm</td><td>Phenomenenex</td><td>00G-4375-B0</td><td>HPLC 컬럼</td></tr><tr><td>SecurityGuard 카트리지 AQ C18 4 x 2.0 mm</td><td>Phenomenenex</td><td>AJ0-7510</td><td></td></tr><tr><td>SecurityGuard 가드 카트리지 키트</td><td>Phenomenenex</td><td>KJ0-4282</td><td></td></tr><tr><td>Shimadzu Prominence HPLC 냉장 자동 샘플러</td><td>Shimadzu Scientific Instruments, Inc.</td><td></td><td>삼중 사중극자 질량 분석기에 연결된 모든 표준 HPLC 시스템은</td></tr><tr><td>API 4000 삼중 사중극자 질량 분석기</td>로 충분해야 합니다. <td>Applied Biosystems/MDS SCIEX</td><td></td><td></td></tr><tr><td colspan="4"> <table border="1"> <tbody> <tr> <td colspan="2">M9 버퍼 레시피(4리터)</td> </tr> <tr> <td>12 g</td> <td> KH2PO4</td> </tr> <tr> <td>24 g</td> <td>Na2HPO4</td> </tr> <tr> <td>20 g</td> <td>NaCl</td> </tr> <tr> <td>최대 4리터</td> <td>탈이온수</td> </tr> <tr> <td colspan="2">1리터 병 8개까지 분취량. 오토 클레이브 및 cool.< / td > < / tr> <tr> <td > 0.5 ml / bottle< / td > < td > 1 M MgSO 4 < / td > < / tr> < / tbody > < / table > </td></tr></tbody></table>

에서 프로스타글란딘 추출 및 분석<em&gt; caenorhabditis의 엘레</em

Prostaglandin Extraction and Analysis in Caenorhabditis elegans

Caenorhabditis의 엘레은 지질 1-9의 생물학을 공부하는 강력한 동물 모델로 떠오르고있다. 프로스타글란딘은 고도 불포화 지방산 (된 PUFA) 10-14에서 파생 된 지질 신호입니다 에이코 사 노이드의 중요한 클래스이다. 이 신호 분자 때문에 그들의 낮은 풍부하고 반응 특성을 연구하기가 어렵습니다. 프로스타글란딘의 특성 기능은 지방산 백본에 위치한 시클로 고리 구조입니다. 포유류, 프로스타글란딘은 cyclooxygenase 효소에 의존하고 독립적 인 경로 10,15을 통해 형성 될 수있다. C.는 엘레은 cyclooxygenases 6,16,17 독립적 인 프로스타글란딘의 다양한 배열을 합성. F-시리즈 프로스타글란딘의 큰 클래스는 식별하지만 에이코 사 노이드의 연구는 새로운 발견을위한 충분한 공간이 초기 단계에있다. 여기에서 우리는 프로스타글란딘 및 기타 에이코 사 노이드를 추출하고 분석하기위한 절차를 설명합니다. 청구 지질의는 액체 - 액체 추출 기술을 이용하여 대량의 웜 문화에서 추출 및 전기 분무 이온화 탠덤 질량 분석법 (LC-ESI-MS/MS)에 결합 액체 크로마토 그래피로 분석됩니다. 이러한 α-D 4 PGF 2와 프로스타글란딘의 중수 아날로그의 포함은 내부 표준 정량 분석을 위해 권장되는. 다중 반응 모니터링이나 MRM은 야생형과 돌연변이 동물 사이의 특정 프로스타글란딘 유형의 양을 비교하는 데 사용할 수 있습니다. 충돌 유발 분해 또는 MS / MS는 중요한 구조적 특징에 대한 정보를 얻을 수 있습니다. 액체 크로마토 그래피 질량 분석기 (LC-MS) 등의 M / Z 315-360로 선택된 질량 범위의 조사 검사는 프로스타글란딘 수준의 글로벌 변화를 평가하는 데 사용할 수 있습니다. 우리는 세 가지 분석의 예를 제공합니다. 이러한 방법은 새로운 에이코 사 노이드를 발견하고 자신의 대사 경로 윤곽을위한 도구 세트와 연구자를 제공합니다.

샘플 준비는 Golovko와 머피 17 일부터 적용 액체 - 액체 추출에 의해 실시되었다. 그것은 내부 표준 (PGF 2α-D4)의 뛰어난 복구를 제공했다. C.에서 PG 추출을위한 일반적인 계획 엘레는 그림 1에 표시됩니다. 크로마토 그래피 조건&gt; 30 eicosanoid 기준 (표 1 13 표준을 보여줍니다)의 기본 분리를 제공하도록 최적화되었다. 0.1 % 포름산을 함유 물과 아세토 니트릴을 가진 하이드로-RP 컬럼 (250 X 2.0 mm ID)가 가장 분리와 감도를 제공. 야생 유형 및 지방 3 돌연변이 추출물의 조사 검사는 315-360 원자 질량 단위의 질량 범위에서 이온의 그림 2 문서 세계적인 수준의 그림. 지방 3 (WA22) 돌연변이는 대부분 20 탄소 된 PUFA 부족합니다. F3 클래스 PG가 강조 표시됩니다. 그림 3에서, 야생형 추출물의 MRM 분석 F1의 여러 PG 이성질체 (그림 3A를 표시 </stro<html> NG&gt;), F2 (그림 3B), 및 F3 (그림 3C 및 3D) 클래스. F3 클래스는 두 개의 질량 전환 중 하나를 사용하여 검색 할 수 있으며, M / Z 193분의 351 또는 M / Z 191분의 351. CePGF2는 주로 PGF 2α의 거울상 이성질체로 구성되어 있습니다. CePGF1은 PGF 1α 또는 거울상 이성질체 될 가능성이 높습니다. 그림 4 CePGF2의 충돌 유발 분해 (RT = 11.8) PGF2 α 표준에 비해 (RT = 11.8)를 보여줍니다. 제품 이온의 사소한 차이는 가능성 추출물 낮은 CePGF2 풍부 공동 용출 화합물 때문이다. <img alt="그림 1" src="/files/ftp_upload/50447/50447fig1.jpg" /> 그림 1. C.의 개략도 엘레 PG는 추출 및 LC-MS 분석. 모두 지질 산화를 최소화하기 위해 0.005 %의 BHT를 아세톤 / 염분 및 클로로포름합니다. 자세한 내용은 텍스트를 참조하십시오.https://www.jove.com/files/ftp_upload/50447/50447fig1large.jpg &quot;대상 =&quot;_blank &quot;&gt; 큰 그림을 보려면 여기를 클릭하십시오. <img alt="그림 2" fo:content-width="4.75in" fo:src="/files/ftp_upload/50447/50447fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50447/50447fig2.jpg" /> 그림 2. 야생형과 지방-3 (WA22) 돌연변이 추출물의 M / Z 315-360. 액체 크로마토 그래피 머무름 시간 (RT)의 조사 검색은 패널의 [A]로 표시됩니다. RT에서 추출 된 이온은 = 11.3 야생형 [B]와 지방 3 (WA22) [C] 추출물 표시됩니다. 질량 m / Z 351와 F3 클래스 PG가 강조 표시됩니다. CPS, 카운트 / 초, AMU, 원자 질량 단위입니다. <img alt="그림 3" fo:content-width="4.25in" fo:src="/files/ftp_upload/50447/50447fig3highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50447/50447fig3.jpg" /> 무화과URE 3. 야생형 추출물의 MRM 분석. F1 클래스 PG는이 질량 변화 M / Z 311분의 355 [A]로 감지됩니다. PG는 될 가능성이 여러 소수성 화합물 (RT&gt; 14 분)이, 또한 이러한 변화로 감지되는 것을 알 수 있습니다. F2 클래스 PG는이 질량 변화로 감지하는 M / Z 193분의 353 [B]. F3 클래스 PG는이 두 질량 변화로 감지하는 M / Z 193분의 351 [C] 또는 M / Z 191분의 351 [D]. 추출물은 각 클래스의 여러 PG 이성질체를 포함하는 것을 알 수 있습니다. 번호는 표 2에 나타내 PG는에 해당합니다. CePGF2의 농도는 1.8 NG / ML입니다. RT, 체류 시간, CPS, 카운트 / 초. <img alt="그림 4" fo:content-width="5.5in" fo:src="/files/ftp_upload/50447/50447fig4highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50447/50447fig4.jpg" /> 그림 4. 화학적 신디사이저의 충돌 유발 분해PGF 2α 및 CePGF2을 esized. 패널의 화살표를 [A] PGF 2α 및 CePGF2 (RT = 11.8) 사이에 공유 제품 또는 조각 이온을 나타냅니다. M / Z 309 m / Z 193에서 제품 이온이 표시 구조에 해당하는 지시 분열 사이트 (a와 b 강조)에서 생성 및 F-시리즈 PG는의 특징 인 [B]. 있습니다 CPS, 카운트 / 초. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50447/50447fig4large.jpg" target="_blank">큰 그림을 보려면 여기를 클릭하십시오</a> . <table border="1" fo:keep-together.within-page="always"><tbody><tr><td> 표준 </td><td> RT (분) </td><td> [MH] - M / Z </td><td> MS / MS의 주요 제품 이온 </td></tr><tr><td> 20 - 히드 록시 PGE 2 </td><td> 9.43 </td><td> 367 </td><td> 349, 331, 287, 234, 189, 129, 109 </td></tr&gt; <tr><td> PGF - 3 </td><td> 11.26 </td><td> 351 </td><td> 333, 307, 289, 271, 245, 219, 209, 193, 191, 171, 165, 111 </td></tr><tr><td> B 2 트롬 </td><td> 11.66 </td><td> 369 </td><td> 289, 191, 177, 169, 151 </td></tr><tr><td> PGF 2 - </td><td> 11.80 </td><td> 353 </td><td> 335, 309, 291, 273, 263, 247, 235, 209, 193, 171, 165, 111 </td></tr><tr><td> PGF 1 - </td><td> 11.79 </td><td> 355 </td><td> 337, 319,311, 301, 293, 275, 265, 237, 211, 195 </td></tr><tr><td> 폭신 (lipoxin) B 4 </td><td> 12.38 </td><td> 351 </td><td> 201, 191,189, 165, 155, 115, 107, 71, 59 </td></tr><tr><td> PGD ​​2 </td><td> 12.56 </td><td> 351 </td><td> 315, 271,203, 189 </td></tr><tr><td> 5 (S), 6 (R) - 폭신 (lipoxin) 4 </td><td> 12.83 </td><td> 351 </td><td> 235, 217, 189, 144, 135, 115, 99, 59 </td></tr><tr><td> PGA 2 </td><td> 14.02 </td><td> 333 </td><td> 315, 297, 271, 235, 191, 189, 175, 163, 137, 113, 109 </td></tr><tr><td> Δ12-PGJ 2 </td><td> 14.20 </td><td> 333 </td><td> 271, 189, 123 </td></tr><tr><td> 류코트리엔 B 4 </td><td> 14.73 </td><td> 335 </td><td> 181, 109, 93, 71, 69, 59, 57 </td></tr><tr><td> 15D-Δ 12,14-PGJ 2 </td><td> 16.80 </td><td> 315 </td><td> 297, 271, 217, 203, 158 </td></tr><tr><td> 5 (S)-HpETE </td><td> 17.88 </td><td> 335 </td><td> 97, 83, 81, 57 </td></tr></tbody></table> 표 1. 유지 시간과 LC-MS/MS 방법 3에서 13 eicosanoid 표준의 주요 제품 이온. 30 표준 LC-MS/MS 프로그램을 개발하는 데 사용되었습니다. 크로마토 그래피 유지 시간 (RTS)는도 매우 유사 PG는 사이 다릅니다. 예외는 PGF 1α와 PGF 2α입니다. 그럼에도 불구하고, 이러한 PG는이 D입니다(- M / Z [MH])과 충돌 유발 분해 스펙트럼 (MS / MS) 부모 이온 질량에 의해 istinguished. <table border="1" fo:keep-together.within-page="always"><tbody><tr><td> 프로스타글란딘 클래스 </td><td> 그림 3 호 </td><td> [MH] - M / Z </td><td> MS / MS의 주요 제품 이온 </td></tr><tr><td> F1 (CePGF1) </td><td> 1 </td><td> 355 </td><td> 319, 301, 311, 293, 275, 265, 237, 223, 211, 195, 157 </td></tr><tr><td> F1 </td><td> 2 </td><td> 355 </td><td> 311, 301, 293, 275, 265, 211, 195, 167, 157 </td></tr><tr><td> F2 (CePGF2) </td><td> 3 </td><td> 353 </td><td> 309, 291, 273, 263, 247, 209, 193, 171, 165, 127 </td></tr><tr><td> F2 </td><td> 4 </td><td> 353 </td><td> 309, 291, 273, 263, 255, 247, 219, 209, 193, 171, 113 </td></tr><tr><td> F3 </td><td> 5 </td><td> 351 </td><td> 315, 307, 289, 275, 249, 205, 193, 191, 167, 153, 139 </td></tr><tr><td> F3 </td><td> 6 </td><td> 351 </td><td> 333, 289, 271, 261, 245, 223, 193, 191, 163 </td></tr></tbody></table> 표 2. 몇 가지 주요 C.에 대한 충돌 유발 분해 제품 이온 엘레 F1, F2, F3와의 PG는 그림 3에서와 같이. 다른 덜 풍부한 이성질체의 MS / MS는 표시되지 않습니다. 이러한 데이터는 여러 분석에서이고 모든 제품 이온은 주어진 실행에 볼 수 있습니다. 추출물의 복잡성을 감안할 때, 일부 덜 풍부한 제품 이온 간섭 유사한 유지 시간이나 결과를 다른 부모 이온에서 파생 될 수 있습니다. 최대 2 가능성 CePGF1의 입체이며, 최대 4 가능성이 CePGF2의 입체 이성질체이다. 추가 자료 3 에드먼즈, 외. (2010)를 참조하십시오.

본 논문에서, 우리는 프로스타글란딘 및 기타 에이코 사 노이드의 추출 및 분석을위한 최적의 절차를 설명<em&gt; C. 엘레</em&gt; LC-MS/MS를 사용하여.

에서 프로스타글란딘 추출 및 분석<em&gt; Caenorhabditis의 엘레</em

Caenorhabditis elegans is emerging as a powerful animal model to study the biology of lipids1-9. Prostaglandins are an important class of eicosanoids, ...

본 절차의 목적은 sea elegance 추출물 내의 프로스타글란딘 및 기타 에이코사노이드를 확인하고 정량하는 것입니다. 먼저, 대량 배양을 통해 벌레를 성장시킵니다. 그다음 액체-액체 추출법을 사용하여 벌레 조직에서 친수성 지질을 추출하고, 질량 분석기와 연결된 HPLC 컬럼에 지질 추출물을 주입합니다.그 다음 액체 크로마토그래피-탠덤 질량 분석법으로 데이터를 분석합니다. 결과적으로 정제된 벌레 추출물에 대한 이 lc MSMS 접근법은 새로운 대사물을 식별할 수 있으며, S 시리즈 프로스타글란딘과 같은 알려진 대사물을 측정할 수도 있습니다. 따라서 효소 면역 측정법과 같은 기존 방법보다 이 기술이 갖는 주요 장점은 매우 민감하고 특이적이며, 동시에 포괄적이고 유연하다는 점입니다. 이 기술은 제 실험실의 대학원생인 Hugh Hong이 시연하겠습니다. 벌레의 보충 급이를 위해 펠렛과 NA 22를 사용합니다.원심분리를 통해 박테리아를 배양하고, 상층액은 버린 후 박테리아 펠렛을 100 mL의 M9 버퍼에 재현탁합니다. 농축된 박테리아 용액을 4 °C에서 보관합니다. 5개의 초대형 NGM 플레이트에서 선충 배양을 시작합니다.플레이트가 가득 찰 때까지 3~4세대 동안 벌레를 계속 배양합니다. 성체 벌레의 굶주림을 방지하기 위해 필요에 따라 벌레 플레이트에 약 1 mL의 농축 박테리아를 추가합니다. 뚜껑을 닫기 전에 완전히 공기 건조합니다.다음으로, M9 완충액을 사용하여 플레이트에서 잡은 자웅동체들을 씻어냅니다. 50 mL 원추형 폴리프로필렌 튜브에 벌레들을 수집합니다. 그런 다음 벌레들이 바닥에 가라앉을 때까지 기다립니다.박테리아 알과 유충 단계의 벌레가 포함된 상층액을 제거합니다. 이제 남은 벌레를 15 milliliters의 M9 버퍼에 현탁시킨 후 부드럽게 섞습니다. 벌레 현탁액 200 microliters를 씨딩된 60개의 NGM 플레이트에 각각 분주합니다.모든 플레이트에 균일한 수의 벌레가 접종되도록 모든 플레이트의 접종이 완료될 때까지 벌레 용액을 잘 섞어줍니다. 벌레를 플레이트 전체에 고르게 분산시킵니다. 벌레를 2~4세대 동안 배양하며, 12~24시간마다 플레이트당 1 mL의 농축 박테리아를 보충합니다.플레이트에 GR 성체들이 가득 차면, 한 번에 한 계통씩 웜을 수확합니다. M9 완충액으로 플레이트에서 웜을 씻어내어 50 mL 폴리프로필렌 튜브 6개로 옮깁니다. 튜브에 M9 완충액을 채워 웜을 세척합니다.성체 웜이 바닥에 가라앉으면, 상층액을 약 35 milliliters 제거합니다. 그런 다음 웜을 한두 개의 튜브로 옮깁니다. 광구 파스퇴르 피펫을 사용하여 M nine 세척을 3회 반복하거나 상층액이 투명해질 때까지 반복합니다.최대한 많은 수의 벌레를 15 milliliter 폴리프로필렌 원추형 튜브로 옮깁니다. 1000 RCF에서 5분 동안 원심분리하고 상층액을 제거합니다. 다른 균주들에 대해서도 수집, 세척 및 통합 단계를 반복합니다.수확한 벌레 균주의 스톡을 -80 °C에서 보관하십시오. 빨갛게 달군 면도날을 사용하여 폴리프로필렌 원추형 튜브의 무게를 기록하십시오. 수확한 벌레가 들어있는 냉동 폴리프로필렌 튜브를 6 mL 표시 근처에서 절단하십시오.무균 조건 하에서, 약 6 g의 냉동 웜 펠릿을 분석 샘플로 옮깁니다. 내부 표준 물질 1 ng과 얼음처럼 차가운 아세톤 식염수 용액 12 mL를 첨가합니다.BHT 혼합물을 사용하여, 웜 슬러리 1.5 mL를 5 mL 독립형 플라스틱 튜브 12개에 각각 균일하게 분배합니다. 안정화된 지르코늄 옥사이드 비드 0.7 mL를 추가합니다. 필요한 경우 웜 현탁액을 균질화합니다.9인치 파스쳐 피펫을 사용하여 온전한 벌레가 10% 미만이 될 때까지 이 과정을 1분 더 반복합니다. 균질물은 전이하되 비드는 포함되지 않도록 주의하여 10mL 원추형 유리 튜브 4개에 나누어 담습니다. 튜브 3개 분량의 비드를 하나로 모은 후 BHT가 포함된 1mL 아세톤 식염수로 세척합니다.나머지 비드 포함 튜브들에 대해서도 이 세척 과정을 반복하십시오. 세척액을 얼음 위에 놓인 유리 튜브로 옮깁니다. 다음으로, 균질물을 1000 Gs에서 10분 동안 원심분리하십시오.4 °C에서 각 튜브의 상층액을 깨끗한 10 mL 유리 원추형 튜브로 옮깁니다. 그런 다음 화학 흄후드 내에서 각 튜브에 동일한 부피의 hexane을 첨가하고 최대 속도로 30초 동안 볼텍싱합니다. 이후 4 °C에서 1000 Gs로 10분 동안 원심분리합니다.헥산과 중성 지질이 포함된 상층액을 제거하고, 2 mM 포름산으로 하층 수용액을 산성화합니다. pH 시험지로 pH가 3.5인지 확인합니다. 이제 각 튜브에 동일한 부피의 클로로포름을 첨가하고 최대 속도로 30초 동안 볼텍싱합니다.시료를 4 °C에서 약 1000 ×g로 10분 동안 원심분리합니다. 유리 피펫 팁을 하단 클로로포름 층에 삽입하고, 튜브를 기울여 고체 계면을 피하도록 합니다. 4개 튜브의 추출물을 하나의 15 mL 원뿔형 유리 튜브에 모읍니다.유리관 내의 공기를 질소 가스로 치환하고 -20 °C에서 24시간에서 2주 동안 배양합니다. 추출물을 해동한 후, 유백색의 수성 상층액이 남아 있다면 이를 제거합니다. 이때 새로운 파스퇴르 피펫을 사용하십시오.화학 흄후드 내에서 테플론 라이닝 처리된 라벨 부착 DRM glass vial(1/2 크기)로 클로로포름을 옮깁니다. 질소 가스를 완만하게 흘려 유기 용매를 증발시키고, 샘플을 -20 °C에서 최대 2주 동안 보관하십시오. 먼저, 메탄올에 개별 표준 프로스타글란딘 스톡 솔루션을 준비합니다.이제 80% methanol로 연속 희석하여 표준 곡선을 작성합니다. 그다지 건조된 sea elegance 지질 추출물을 200 µL의 80% methanol에 녹여 분석 준비를 합니다. 샘플 20~50 µL를 역상 컬럼에 주입하고, 음이온 모드 ESI 인터페이스를 사용하여 텍스트 프로토콜에 상세히 설명된 대로 기울기 분석을 수행합니다.컬럼 유출액을 질량 분석기로 도입합니다. 충돌 가스를 10 electron volts로 설정합니다. 충돌 에너지는 minus 35 electron volts로 설정합니다.온도는 600 °C로 설정합니다. 디클러터링 전위(decluttering potential)를 -90으로, 셀 출구 전위(cell exit potential)를 -11로 설정하여 analyst 소프트웨어를 통해 추출된 시료에 존재하는 다양한 클래스의 프로스타글란딘을 분석하기 위한 표준 곡선을 생성합니다. 데이터를 처리하여 벌레 추출물에 존재하는 프로스타글란딘을 식별합니다.야생형 및 fat three 돌연변이 벌레 추출물의 서베이 스캔은 315에서 360 atomic mass units의 질량 범위 내 이온의 전역 수준을 보여줍니다. 야생형 벌레와 비교하여, fat three 돌연변이는 F three 클래스 프로스타글란딘으로 대표되는 대부분의 20 탄소 pfas가 결핍되어 있습니다. 회색으로 강조된 질량 대 전하비 3 51을 통해, MRM 분석으로 서로 다른 클래스의 프로스타글란딘을 식별할 수 있습니다.예를 들어, 야생형 추출물에는 F1 클래스 프로스타글란딘뿐만 아니라 머무름 시간이 더 긴 여러 다른 소수성 화합물들이 존재하며, 질량 전이(mass transition)를 변경함으로써 F2 및 F3 클래스 프로스타글란딘에 대한 추가 분석이 가능해지는데, 이는 충충 추출물에 각 클래스별로 여러 프로스타글란딘 이성질체가 포함되어 있음을 나타냅니다. *C. elegans* 프로스타글란딘의 충돌 유도 해리(collision induced decomposition)를 표준 프로스타글란딘과 비교하면 예상 절단 부위의 생성 이온을 매핑하는 데 사용할 수 있습니다. 지질 산화를 방지하기 위해.적절한 예방 조치를 취하십시오. 예를 들어, 지시된 용액에 항산화제 VHT를 첨가하고 추출물을 질소 가스로 퍼지하십시오.

prostaglandin-extraction-and-analysis-in-caenorhabditis-elegans

Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

특정 환경 스트레스 요인에 노출된 후, 선충 Caenorhabditis elegans는 광범위한 표현형 가소성을 거쳐 스트레스에 강한 'dauer' 유년기 단계로 들어갑니다.  우리는 dauer 동안 neuroplasticity의 제어된 유도 및 이미징을 위한 방법을 제시합니다.

C.에서 영속 특정 신경 세포 리모델링의 생체 내 이미징에서 엘레

우리는 해부 C.에서 활동 ERK의 공간과 시간 현지화에 대한 면역 형광 이미징 기반의 방법을 제시한다 간스의 생식선. 여기에 설명 된 프로토콜 C. 어떤 시그널링 시각화 또는 구조 단백질을 적용 할 수있다 엘레 생식선은 적절한 항체 시약을 사용할 제공했다.

활성 ERK의 공간 및 시간 분석<em&gt; C. 엘레</em&gt; 생식선

우리 꼬마 선 충 의 생식. 의 3 차원 재구성 자동화 된 방법을 제시합니다 우리의 방법 수와 생식 및 분석 생식 단백질 분포 및 cytoskeletal 구조 내에서 각 핵의 위치를 결정합니다.

꼬마 선 충 생식 핵의 분포, 단백질, 및 골격을 전산 분석

이 프로토콜 열 스트레스 단백질 핵 전 좌는 녹색 형광 단백질 (GFP) 퓨전 단백질 마커로 4', 6-diamidino-2-phenylindole (DAPI)를 사용 하 여 추적 하는 방법을 보여 줍니다 얼룩. 프로토콜을 얼룩이 DAPI 빨리 고 GFP 단백질 subcellular 지 방화 신호 유지.

녹색 형광 단백질 태그와 4', 6-Diamidino-2-phenylindole 꼬마 선 충 에 얼룩이 단백질 Subcellular 지 방화를 감지

정자는 성공적으로 난 모 세포를 비료를 통해 이동 해야 합니다. 여기에서, 우리는 C에서 정자 이동 측정에 대 한 분석을 설명 합니다 .  이 분석은 결합 후 자 궁 내 정자 분포에 대 한 정량적 데이터 뿐만 아니라 속도, 방향 속도 및 반전 주파수를 제공 할 수 있습니다.

정자 지도 및 운동 성 아닌 간 남녀 양성 생식 기관에서 측정

이 기사에서는 예쁜꼬마선충을 세포외 소포를 생성, 정화 및 정량화하는 방법을 제시합니다.

예쁜꼬마선충의 정화 및 분석 세포외 소포

전립선성 감소는 노화의 특징입니다, 신경 퇴행성 질환의 발병을 촉진. 우리는 형광 기자에게 융합 된 폴리 글루타민 반복의 이종 발현을 통해 두 가지 다른 Caenorhabditis elegans 조직에서 프로테오스타시스를 정량적으로 측정하는 프로토콜을 설명합니다. 이 모델은 프로테오스타증의 생체 내 유전 적 분석을 빠르게 허용합니다.

Caenorhabditis 예인단에서 조직 특정 전립선 성 감소를 정량화

형광 표지된 엔드 결합 단백질을 사용하여 생체 내의 동적 마이크로투부레를 이미징하기 위한 프로토콜이 제시되었다. 우리는 C. elegans의후방 측측 마이크로투룰 (PLM) 뉴런에서 동적 마이크로 튜브를 라벨, 이미지 및 분석하는 방법을 설명했다.

생체 내 Caenorhabditis elegans 뉴런의 미세 투덜역학 및 오리엔테이션 평가

여기에 제시된 것은 시판되는 조직 키트를 사용하여 하나 또는 몇몇 동물로부터 예 쁜꼬마선충 게놈 DNA의 간단하고 비교적 신속한 분리에 대한 설명이다. 생성된 gDNA 제제는 PCR에 적합한 주형이다.

Caenorhabditis elegans Genomic DNA의 소규모 추출

이 프로토콜은 예쁜꼬마선충(C. elegans)에서 RNAi 유도 침묵 및 관련 염색질 변형의 후성유전학적 유전을 연구하기 위한 RNA 간섭 및 ChIP 분석을 설명합니다.

형광 리포터 및 ChIP(Chromatin Immunoprecipitation)를 사용한 예쁜꼬마선충(C. elegans )의 세대 간 후성유전학적 유전 분석

이 프로토콜은 예쁜꼬마선충(C. elegans)의 휘발성 성 페로몬에 대한 반응을 추출하고 정량화하는 방법을 확립하여 화학적 통신 및 탐색 궤적을 연구하기 위한 도구를 제공합니다.

Volatile Sex Pheromone Extraction and Chemoattraction Assay in Caenorhabditis elegans(예쁜꼬마선충의 휘발성 성 페로몬 추출 및 화학매력 분석)

학습하세요 Caenorhabditis elegans에서 LC-MS/MS를 이용한 프로스타글란딘 및 에이코사노이드 추출 및 분석 방법을. 이 기법은 높은 민감도와 특이성을 제공하여 지질 대사 연구에 활용됩니다.

에서 프로스타글란딘 추출 및 분석

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