애기 장대 루트 Gravitropic 응답의 고해상도 시간 경과 이미지를 수집하는 평판 스캐너를 사용하여

이 프로토콜은 시중에서 구입할 수있는 평판 스캐너를 사용하여 중력 자극에 응답 애기 모종의 이미지를 신속하게 수집을위한 프로세스를 설명합니다. 방법은 다운 스트림 분석 알고리즘에 대한 의무 고해상도 이미지의 저렴한 대용량 포착을 허용한다.

이 비디오의 전반적인 목표는 모델 식물 옵시스에서 열대 뿌리 반응의 고해상도 이미지 캡처의 스캐너 기반 방법을 설명하는 것입니다. 이 프로토콜을 시작하기 위해 지정된 종자 스톡의 씨앗을 투명한 배지가 포함된 페트리 접시에 심습니다.씨앗이 지정된 기간 동안 발아한 후 페트리 접시를 성장 챔버에서 제거하고 스캔을 준비한 다음 수직 방향의 평판 스캐너에 놓습니다. 그런 다음 플레이트를 90도 회전시키고 지정된 시간 동안 스캔합니다.

이미지는 컴퓨터 또는 데이터 저장 장치에 저장되고 나중에 이미지 처리에 사용됩니다. 이미지를 획득하기 전에 두 개의 B 스캔된 식물 조직을 포함하는 aga plate를 준비합니다. 먼저 AGA 플레이트의 뚜껑과 측면에 쌓인 응결을 김 물티슈로 흡수합니다.

다음으로, 향후 결로 현상을 방지하기 위해 Triton X 100을 넉넉히 바르십시오. 마지막으로, 플레이트를 미세 기공 테이프로 감싸 뚜껑을 고정하고 환기를 통해 이미지 획득을 시작할 수 있도록 하여 이 프로세스를 마칩니다. 이미지를 원하는 위치에 저장하기 위한 폴더를 설정합니다.

각 폴더 이름은 검사할 정보와 관련된 메타데이터 컴파일로 구성됩니다. 이 예에서 고유 ID 연령, 크기 및 종자 재고는 폴더 이름에 포함된 데이터였습니다. 그런 다음 이 메타데이터를 복사하여 폴더 이름에 붙여 넣을 수 있습니다.

이 프로토콜은 이미지를 수집하는 데 두 개 이상의 스캐너가 사용된다고 가정하고 여러 스캐너를 한 컴퓨터에 연결하기 위한 지침을 제공합니다. 이러한 이유로 이미지를 저장하기 위해 세 개의 폴더가 설정됩니다. 다음 단계는 지정된 수집 시간에 대한 타이머를 설정하는 것입니다.

이 시점에서 아직 준비해야 할 사항이 많으므로 약간의 추가 시간을 위해 타이머를 설정해야 합니다. 그런 다음 첫 번째 스캐너를 켜고 보기 스캔 프로그램을 엽니다. 입력 탭에서 소스를 올바른 스캐너로 설정하고 자르기 탭 아래의 자동 반복 드롭다운 상자를 없음으로 설정합니다.

미리보기 영역을 최대로 설정하고 미리보기를 누릅니다. 관심 영역을 캡처할 자르기 상자를 선택하고 미리보기 영역을 자르기 상자로 설정합니다. 그런 다음 이미지를 다시 미리 봅니다.

수집된 데이터를 원하는 위치에 저장하려면 출력 탭을 누르고 각 스캐너에 해당하는 이전에 만든 폴더 이름을 찾습니다. 다음 스캐너를 켜고 view 스캔을 반복합니다. 다른 두 스캐너에 대한 지침을 설정하고 데이터를 저장할 올바른 폴더를 선택해야 합니다.

각 탭을 살펴보고 모든 스캐너 설정이 원하는 대로 되어 있는지 확인하는 것도 중요합니다. 우리 연구실에서는 다음 설정이 수행 중인 이미지 수집 유형에 가장 적합하다는 것을 발견했습니다. 그러나 이미지 수집 유형에 따라 다른 설정이 필요할 수 있습니다.

모든 설정을 선택한 후 입력 탭을 선택하고 세 스캐너 모두에서 자동 반복 드롭다운 상자를 연속으로 설정합니다. 준비된 플레이트를 묘목이 수평을 향하도록 스캐너에 놓고 스캐너의 안정성을 보장하기 위해 배경의 펠트 면을 플레이트에 임시로 놓습니다. 파트너와 함께 이 프로토콜을 수행하여 한 사람이 플레이트를 90도 돌리고 즉시 눈에 보이는 배경을 느끼게 하면 다른 사람은 스캔 버튼을 누르고 번지 코드로 스캐너에 배경을 고정합니다.

스캐너 2와 3에 대해 이 프로세스를 반복합니다. 각 이미지를 완전히 스캔하는 데 약 2-3분 정도 걸립니다.최종 이미지는 그림과 같이 나타납니다. 이미지가 저장되고 있는 폴더를 확인하여 모든 폴더가 제대로 저장되고 있는지 확인하는 것이 좋습니다.

지정된 시간 스캔 동안 방해가 되지 않는 영역에 스캐너를 보관하는 것이 이상적입니다. 또한 이상적인 표현형 반응을 보장하기 위해 스캐닝 영역의 환경 조건을 고려하는 것이 현명합니다. 다음 이미지는 이 비디오에 설명된 방법을 사용하여 수집된 이미지의 예입니다.

패널 A와 B, C와 D는 단일 스캔 기간의 첫 번째 및 마지막 이미지입니다. A와 B는 스캔된 전체 영역을 보여줍니다. C와 D는 단일 플레이트를 보여주는 스캔 영역의 잘린 영역이지만 몇 가지 불일치가 관찰될 수 있습니다.

그림 A는 발아와 성장 궤적의 변화를 보여줍니다. 이미지 B는 플레이트에 결로가 축적될 수 있음을 보여주며, 이미지 C와 D는 묘목의 견고한 성장과 실행 전반에 걸친 이미지 품질로 인해 좋은 결과로 간주됩니다. 이 백서에 요약된 절차는 처리량이 많고 해상도가 높으면서도 상대적으로 저렴하다는 점에서 루트 이미징 세계의 고유한 틈새 시장에 적합합니다.

이 접근 방식의 또 다른 이점은 특정 연구 그룹의 이미징 요구 사항을 수용하도록 쉽게 사용자 지정할 수 있다는 것입니다. 이 방법은 또한 다른 사람의 이미징을 위해 맞춤화되고 있습니다.