Name: 세균에 대한 두 개의 구성 요소 규제 시스템을 유전자 표적을 확인하는 DNA 친화력 - 정제 칩 (DAP-칩) 방법 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-07-21T14:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 24 s
Description: 배우세요 DAP-칩 방법을 이용하여 세균의 두 구성 요소 반응 조절자의 게놈 결합 부위를 결정하는 기술입니다. 이 방법은 클로닉, 정제, 인산화를 포함하며 유전자 조절 메커니즘 연구에 필수적입니다.

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우리는 비디오 촬영을 위해 준비하는 그녀의 도움과 기술을 보여 에이미 첸 감사합니다. 수수께끼에 의해 수행이 작품 : 유전자 및 분자 조립 (http://enigma.lbl.gov)와 생태계 및 네트워크 통합은, 로렌스 버클리 국립 연구소의 과학적인 초점 영역 프로그램은 과학, 생물의 사무실의 사무실에 의해 지원되었다 계약 번호 DE-AC02-05CH11231에서 미국 에너지 국의 환경 연구.

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저자는 공개 할 관심의 충돌이 없습니다.

여기에 설명 된 칩 DAP 방법은 성공적 일이 대표적인 결과로 게재되어있는 Desulfovibrio 불가리스 Hildenborough 7 몇개의 RR 대한 유전자 표적을 결정하는 데 사용되었다. RR의 DVU3023 들어, 후보 유전자 표적을 선택하는 것은 수월했다. DVU3025은 RR 유전자의 바로 하류에 위치하고 있으며, RR 및 대상 유전자는 여러 Desulfovibrio 종에서 보존하고, 또한 DVU3025는 예측 sigma54 의존 발기인 있습니다. EMSA는 급속 후보 표적 유전자에 대한 결합에 대해 RR를 테스트하기위한 간단한 방법을 제공하고, 또한 정제 된 단백질 샘플의 활성의 평가뿐만 아니라, 최적의 단백질-DNA 결합 조건을 결정한다. DNA 결합 활성은 인산화 DNA 바인딩에 필요한 있는지 아세틸 포스페이트의 존재 및 부재하에 시험 될 수있다. 모두의 RR은 작은 분자 기증자에 의해 인산화되는 것은 아닙...

생존하고 번성하는 박테리아의 능력들은 인식하고 그들의 환경에서 섭동에 응답 할 수있다 얼마나 잘 매우 의존적이며, 이것은 차례로 자신의 신호 전달 체계에 의존한다. 경보 시스템 박테리아 인코딩의 수는 &quot;미생물 IQ&quot;라고되어 그 환경의 변화와 여러 신호를 감지 할 수있는 능력과 미세 조정의 응답 1 두의 표시가 될 수 있습니다. 두 성분의 신호 전달 시스템 (TCS)은 세균에 의해 사용되는 가장 널리 시그널링 시스템이며, 그들은 외부 신호를 감지하여 음향 응답 레귤레이터 (RR) 2 인산화를 통해 송신 히스티딘 키나아제 (HK)으로 구성된다. 의 RR은 출력 영역의 다양하므로 서로 다른 음향 모드를 가질 수 있지만, 가장 일반적인 반응은 도메인 1 DNA 결합을 통해 전사 조절이다. 감지 신호 및 VAS의 대응 기능TCSS의 t의 대부분은 알 수없는 남아 있습니다. 이러한 칩 - 칩과 같은 생체 내 방법으로 일상적 전사는 3 요소 게놈 결합 부위의 측정에 사용되지만, 활성화 조건 또는 신호가 알려져있는 경우, 그들은 단지 세균이 성분계 RR들에 대해 사용될 수있다. 종종 TCS를 활성화 환경 단서는 자신의 유전자를 대상으로보다 결정하기 어렵습니다. 시험 관내 마이크로 어레이는 기재 기반 분석을 효과적으로 빠르게 유전자 표적을 결정하고 TCSS의 기능을 예측하기 위해 사용될 수있다. 상기 분석 된 RR가 인산화 따라서 아세틸 포스페이트 4와 같은 작은 분자를 사용 도너 시험 관내에서 활성화 될 수 있다는 사실을 이용한다. 이 방법에서는, DNA 친화력 - 정제 - 칩 (그림 1)에 대한 DAP 칩 이름, 관심의 RR 유전자는 E.에서 그의 태그로 복제됩니다 대장균 및 이후 정제 태그 단백질은 양방향으로 허용된다차 게놈 DNA를 전단한다. 단백질 - 결합 DNA가 다음 친화력 정화에 충실 풍부한 입력 DNA가 증폭, 형광 함께 풀링 및 사용자 관심의 유기체 (그림 1)에 만든 기와 배열에 하이브리드 레이블. 마이크로 어레이 실험 유물로 될 수 있으며, 따라서 추가 단계 분석을 최적화하기 위해 사용된다. 하나의 단계는 (그림 2에서 워크 플로우를 참조) 전기 이동성 이동 분석 (EMSA)를 사용하여 연구에서 RR에 대한 하나의 목표를 ​​결정하려고하는 것입니다. 그런 다음, 게놈 DNA와 DAP 단계에 바인딩 다음, 단백질 - 결합 및 입력 DNA 따라서 최적의 바인딩 상태를 확인한, 긍정적 인 목표는 입력 부분에 상대적으로 단백질 - 결합 부분에 농축되어 있는지 qPCR에 의해 검사된다 RR (그림 2). 어레이 혼성화 후, 데이터는 게놈 궤적을 나타내는 높은 강도 신호의 피크를 찾기 위해 분석된다 여기서 단백질 H광고는 바인딩. 함수 얻어진 유전자 표적에 근거 RR 대해 예측 될 수있다. 대상 게놈 유전자 좌는 다음 실험적 EMSAs (그림 2)를 사용하여 유효성을 검사 결합 부위의 모티브를 예측하는 데 사용됩니다. RR의 기능 예측 및 유전자 목표는 밀접하게 유사한 결합 모티프에 대한 사람들의 게놈 (그림 2)를 스캔하여 orthologous의 RR을 인코딩 종 관련 확장 할 수있다. DAP 칩 방법은 이전에 아무도 없었다 TCS에 대한 풍부한 정보를 제공 할 수 있습니다. 상기 방법은 또한 단백질이 정제 될 수 있으며 DNA 결합 상태가 결정될 수 있으면 어떠한 전사 조절을 위해 사용하고, 게놈 서열과 관심있는 유기체에 해당 될 수있다. <img alt="그림 1" fo:content-width="5in" src="/files/ftp_upload/51715/51715fig1highres.jpg" width="500" /> 그림 1. DNA 친화력 - 정제 - 칩 (DAP-칩) 전략 7. 그 유기체에서 RR 유전자는 E.에 카르복시 말단 그의 태그로 복제됩니다 대장균 발현 균주. 정제 그의 태그가 단백질 아세틸 포스페이트 인산화에 의해 활성화하고, 쉬어 된 게놈 DNA와 혼합된다. 나머지는 니켈-NTA 수지를 사용하여 친 화성 정제를 실시하면서 결합 반응의 분취 량은, 입력 DNA로 저장된다. 입력 및 RR 바인딩 된 DNA는 증폭 된 전체 게놈 있으며, 각각를 Cy3 및 Cy5에,로 표지. 표지 된 DNA를 함께 풀링하고 유전자 표적을 결정하기 위해 분석된다 타일링 어레이에 혼성화된다. 그림 수정 및 크리에이티브 커먼즈 라이센스를 7에서 사용하는 재판. <img alt="그림 2" fo:content-width="5in" src="/files/ftp_upload/51715/51715fig2highres.jpg" width="500" /> 워크 플로의 그림 2. 요약. 모든 정제 태그 PROTEI 위해N, EMSA를 이용하여 대상을 결정함으로써 시작한다. (WGA) 농축 및 입력 DNA 증폭 게놈 DNA 다음 DNA 친화력 - 정화 (DAP) 및 전체 게놈을 결합하는 단백질을 허용합니다. 표적 유전자가 알려진 경우, 알려진 타겟 단백질 - 결합 분획에 농축되도록 qPCR에를 사용한다. 어떤 대상을 판별 할 수 있다면, DNA 라벨 및 배열 하이브리드로 직접 진행합니다. qPCR에 의한 농축이 관찰 할 수없는 경우, 결합 단백질 - gDNA를 다른 단백질의 양을 사용하여 DAP-WGA의 단계를 반복합니다. 피크를 찾아 유전자를 대상에 매핑하는 배열 분석을 사용합니다. 결합 부위 모티프를 예측하는 표적 유전자의 상류 영역을 사용한다. 실험적으로 EMSAs를 사용하여 주제를 유효성을 검사합니다. 연구에서 RR의 orthologs를 인코딩 관련 종의 게놈을 스캔 모티브를 사용하고,뿐만 아니라 그 종을 대상으로 유전자를 예측하고있다. 얻어진 유전자 타겟에 기초하여, RR과 orthologs의 생리적 기능은 예측 될 수있다. 그림 수정하고 창조적 인 C를 사용하여 다시 인쇄ommons 7에서 라이센스.

<table><tbody><tr><td>HisTrapFF 컬럼(Ni-Sepharose 컬럼)</td><td>GE Lfe Sciences, Pittsburgh, PA, USA</td><td>17-5255-01</td><td></td></tr><tr><td>Akta explorer (FPLC instrument)</td><td>GE Lfe Sciences, Pittsburgh, PA, USA</td><td></td><td></td></tr><tr><td>HiPrep 26/10 탈염 컬럼</td><td>GE Lfe Sciences, Pittsburgh, PA, USA</td><td>17-5087-01</td><td></td></tr><tr><td>Qiaquick Gel extraction kit</td><td>Qiagen Inc, Valencia, CA, USA</td><td>28704</td><td></td></tr><tr><td>비오틴 표지 올리고뉴클레오티드</td><td>통합 DNA 기술</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>6% 폴리아크릴아미드-0.5x TBE 프리캐스트 미니 DNA 지연 젤</td><td>Life Technologies, Grand Island, NY, USA</td><td>EC63652BOX</td><td>또는 자신의 젤을 부을 수 있습니다.</td></tr><tr><td>나일론 멤브레인</td><td>EMD Millipore, Billerica, MA, USA</td><td>INYC00010</td><td></td></tr><tr><td>Trans-Blot SD Semi-dry 전기영동 전사 세포</td><td>Biorad, Hercules, CA, USA</td><td>170-3940</td><td></td></tr><tr><td>매우 두꺼운 블롯 페이퍼, 8 x 13.5 cm</td><td>Biorad, Hercules, CA, USA</td><td>170-3967</td><td></td></tr><tr><td>UV crosslinker 모델 XL-1000</td><td>Fisher Scientific</td><td>11-992-89</td><td></td></tr><tr><td>핵산 화학발광 검출 키트(피어스)</td><td>Thermo fisher Scientific, Rockford, IL, USA</td><td>89880</td><td></td></tr><tr><td>Ni-NTA 아가로스 수지</td><td>Qiagen Inc, Valencia, CA, USA</td><td>30210</td><td></td></tr><tr><td>GenomePlex Whole genome amplification kit (Fragmentation buffer, library preparation buffer, library stabilization solution, library preparation enzyme, 10x amplification master mix, WGA polymerase)</td><td>Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA</td><td>WGA2-50RXN</td><td></td></tr><tr><td>Nanodrop ND-1000</td><td>Thermo Scientific, Wilmington, DEA, USA</td> DNA Perfecta Sybr Green SuperMix<td>의</td><td></td>정량화를 위해</tr><tr><td>, ROX</td><td>Quanta biosciences</td><td>95055-500</td>과 함께 <td>모든 Sybr Green PCR 믹스를 사용할 수 있습니다</td></tr>. <tr><td>qPCR용 PlateMax 울트라 클리어 열 밀봉 필름</td><td>Axygen</td><td></td><td></td></tr><tr><td colspan="4">[header]</td></tr><tr><td>96-well clear low profile PCR microplate</td><td>Life Technologies, Grand Island, NY, USA</td><td>PCR-96-LP-AB-C</td><td></td></tr><tr><td>Applied Biosystems StepOne Plus Real time PCR system</td><td>Life Technologies, Grand Island, NY, USA</td><td>4376600</td><td>모든 real time PCR 시스템을 사용할 수 있습니다</td></tr><tr><td>Qiaquick PCR 정제 키트</td><td>Qiagen Inc, Valencia, CA, USA</td><td>28104</td><td>모든 PCR 클린업 키트를 사용할 수 있습니다</td></tr><tr><td>Cy3/Cy5 표지 노나머</td><td>Trilink biotechnologies, San Diego, CA, USA</td><td>N46-0001, N46-0002</td><td></td></tr><tr><td>Klenow polymerase 50,000 U/ml, 3'-5' exo-</td><td>New England Biolabs, Ipswich, MA</td><td>M0212M</td><td></td></tr><tr><td>하이브리드화 시스템</td><td>Roche-Nimblegen, Madison, WI, USA</td><td>N/A</td><td>이 회사는 더 이상 어레이 또는 관련 품목을 만들지 않으므로 Agilent 또는 Affymetrix와 같은 대체 소스를 사용해야 합니다.</td></tr><tr><td>맞춤형 인쇄 마이크로어레이 및 믹서</td><td>Roche-Nimblegen, Madison, WI, USA</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>하이브리드화 키트(2x 하이브리드화 버퍼, 하이브리드화 구성 요소 A, 정렬 올리고)</td><td>Roche-Nimblegen, Madison, WI, USA</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>세척 버퍼 키트(10x 워시 버퍼 I, II, III, 1M DTT)</td><td>Roche-Nimblegen, 매디슨, 위스콘신, 미국</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>GenePix 4200A 마이크로어레이 스캐너</td><td>분자 장치, Sunnyvale CA, 미국</td><td>이 모델은 우수한 것들</td><td></td>로 대체되었습니다</tr><tr><td>GenePix Pro microarray software</td><td>Molecular Devices, Sunnyvale CA, USA</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Nimblescan v.2.4, ChIP 칩 분석 소프트웨어</td><td>Roche-Nimblegen, Madison, WI, USA</td><td>N/A</td><td></td></tr></tbody></table>

세균에 대한 두 개의 구성 요소 규제 시스템을 유전자 표적을 확인하는 dna 친화력 - 정제 칩 (dap-칩) 방법

DNA-affinity-purified Chip (DAP-chip) Method to Determine Gene Targets for Bacterial Two component Regulatory Systems

이러한 칩 칩으로 생체 방법에서 전사 인자 글로벌 유전자 목표를 결정하는 데 사용 잘 확립 기술은 다음과 같습니다. 그러나, 그들은에 uncharacterized 활성화 조건 세균성 두 구성 요소 규제 시스템을 탐험에 사용이 제한됩니다. 독특한 신호들의 존재하에 활성화 된 때, 그러한 시스템에만 전사를 조절한다. 이들 신호는 종종 알 수 있기 때문에,이 비디오 문서에 설명 된 시험 관내 마이크로 어레이 기반의 방법은 유전자 표적 및 응답 레귤레이터 결합 부위를 결정하기 위하여 사용될 수있다. 이것은 DNA-친 화성 정제 칩 방법은 시퀀스 된 게놈 어떤 유기체 어떠한 레귤레이터 정제에 사용될 수있다. 프로토콜은 정제 태그 단백질은 사용자 정의 타일 배열에 DNA와 하이브리드의 형광 표지 다음에 단백질 바인딩 DNA를 깎인 게놈 DNA에 결합하고 친화력 정화 할 수 있도록 포함한다. 이 사양에 대한 분석을 최적화하기 위해 사용될 수있다 같이 전일C 규제도 설명되어 있습니다. 어레이 데이터 분석에 의해 생성 된 피크 후 실험적으로 검증되는 결합 부위 모티프를 예측하는 데 사용된다. 모티프 예측 더욱 밀접한 관련 종 orthologous 반응 조절제의 유전자 표적을 결정하기 위하여 사용될 수있다. 우리는 유전자의 목표를 ​​결정하고 사이트의 모티브를 결합함으로써 환경 박테리아 Desulfovibrio 심상 성 Hildenborough에서 sigma54 의존 응답 레귤레이터 DVU3023의 기능을 예측하여이 방법의 적용 가능성을 보여줍니다.

상기 방법은 Desulfovibrio 불가리스 Hildenborough 7 박테리아를 감소 모델 황산에서의 RR 해외 유전자 표적을 결정하기 위해 적용 하였다. 이 유기체가 그것을 감지에 응답 가능한 신호의 다양한 나타내는 70의 RR로 표현 TCSS의 다수가 있습니다. 생체 이러한 경보 시스템의 기능을 분석하고 자신의 신호 때문에 수행하기 어렵고 따라서 자신의 활성화 조건입니다 알 수 있습니다. 여기서 DAP - 칩 방법은 유전자 표적을 결정하고, 따라서 대표적인 RR의 DVU3023 가능한 기능을 예측하는 데 사용되었다. DVU3023는 동족 HK (그림 3A)이 오페론으로 인코딩 된 시그마 54-따라 RR입니다. C-말단 그의 태그가 유전자에 복제 및 E.에서 정제 대장균. 초기 목표 결정의 경우, 정제 RR은 10 유전자 오페론 (DVU3025-3035)으...

이 비디오 문서는 두 개의 구성 요소 시스템 응답 레귤레이터 유전자 표적 및 결합 부위를 결정하기 위해 시험 관내 마이크로 어레이 기반의 방법을 설명한다.

세균에 대한 두 개의 구성 요소 규제 시스템을 유전자 표적을 확인하는 DNA 친화력 - 정제 칩 (DAP-칩) 방법

In vivo methods such as ChIP-chip are well-established techniques used to determine global gene targets for transcription factors. However, they are of ...

다음 실험의 전반적인 목표는 인 비트로(in vitro) 마이크로어레이 기반 분석법을 사용하여 박테리아 이성분 반응 조절자의 게놈 결합 부위를 결정하는 것입니다. 이는 태그가 붙은 반응 조절자 단백질을 클로닝 및 정제하고, 인 비트로 인산화를 통해 이를 활성화하며, 전기영동 이동성 변화 분석(EMSA)을 통해 하나의 표적 유전자를 결정하여 이후의 마이크로어레이 단계에서 양성 대조군으로 사용하는 방식으로 수행됩니다. 두 번째 단계로, 정제된 반응 조절자 단백질을 게놈 DNA와 혼합하며, 이를 통해 친화성 정제법을 사용하여 단백질이 결합된 DNA를 입력 DNA로부터 분리할 수 있습니다.다음으로, 단백질 결합 DNA와 입력 DNA를 증폭한 후, 단백질 결합 분획에서 양성 대조군 표적 유전자의 농축 여부를 QPCR로 검증하고, 형광 표지를 한 뒤 함께 모아 타일링 마이크로어레이에 하이브리드화합니다. 반응 조절자의 게놈 결합 부위를 결정하기 위해, 결과에서는 연구 대상 반응 조절 la에 의해 조절될 가능성이 가장 높은 유전자들을 보여주며, 이 결과는 전기영동 이동성 변화 분석(electrophoretic mobility shift assays)을 통해 추가로 검증될 수 있습니다. in vivo 칩-칩(chip-chip)과 같은 다른 방법들에 비해 이 기술의 주요 장점은 이성분계(two component systems)의 활성화 신호와 조건을 알지 못하는 경우에도 사용할 수 있다는 점입니다.대부분의 반응 조절 인자들이 알려지지 않은 표적 유전자를 가지고 있기 때문에, 본 방법은 박테리아 신호 전달 분야에서 매우 중요하며 복잡한 조절 네트워크를 밝히는 데 도움이 됩니다. 본 실험 과정은 저희 연구실의 연구 보조원인 Amy Chen이 시연하겠습니다. 본 절차를 시작하기 전에.클로닝된 DVU 3 0 2 3 유전자 혼합물로부터 발현된 rr, 구체적으로 DVU 3 0 2 3 단백질을 정제하십시오. 완충 용액 내에서 0.5 picomoles의 DVU 3 0 2 3 단백질과 이전에 준비된 100 fent moles의 인산화된 DNA 기질을 혼합하여 최종 부피를 20 microliters로 맞춥니다. 단백질을 넣지 않은 대조군 반응액을 설정한 후, 모든 반응액을 벤치 위 실온에서 20분 동안 배양하십시오.배양 후, 결합 반응액에 5 x 로딩 버퍼 5 µL를 추가합니다. 이전에 준비한 mini 6% poly acrylamide 0.5 X

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이 비디오에서는 단백질 결합 염색질 단편의 선택적 면역침전을 통해 희소돌기아교세포 전구체 세포의 게놈 DNA의 특정 영역에서 단백질 결합 부위를 식별하는 염색질 면역침전 기술을 보여줍니다. 이 방법은 유전자 조절에 관여하는 전사 인자를 포함한 여러 조절 단백질의 상호 작용을 연구하는 데 도움이 됩니다.

게놈 DNA의 표적 단백질 결합 부위를 확인하기 위한 크로마틴 면역침전(chromatin immunoprecipitation)

이 비디오는 RNA 결합 단백질(RBP)과 RNA의 상호 작용을 연구하기 위한 박테리아의 생체 내 분석을 보여줍니다. 박테리아 세포는 두 개의 플라스미드 구조(RBP 결합 부위의 다운스트림에 있는 형광 리포터 유전자를 포함하는 mRNA를 인코딩하는 결합 부위 플라스미드)로 형질전환되는 반면, RBP 플라스미드는 유도체의 제어 하에 RBP 단백질을 발현합니다. RBP 생산의 유도자 매개 증가에 따라 RBP는 mRNA에 결합하여 리보솜 결합 억제를 통해 리포터의 번역 억제를 초래합니다.

표적 유전자의 번역 조절을 연구하기 위한 Reporter Gene Repression Assay

이 비디오는 항체 마이크로어레이 칩을 사용하여 환경 샘플에서 시아노박테리아 균주를 검출하는 방법을 보여줍니다. 다양한 박테리아를 운반하는 샘플은 인쇄된 항체와 상호 작용하며, 형광단으로 표지된 항시아노박테리아 균주 항체로 면역염색하면 뚜렷한 반점에서 형광을 통해 특정 시아노박테리아 균주의 존재를 확인할 수 있습니다.

항체 마이크로어레이 칩을 이용하여 시아노박테리아 균주를 검출하는 기술

우리는 급속한 항생제 감수성 시험을 위한 미세유체 플랫폼을 개발했습니다. 유체는 미세 유체 채널의 바닥에 고정 된 박테리아를 통해 고속으로 전달됩니다. 스트레스와 항생제의 존재에서, 박테리아의 취약 한 긴장 은 급속 하 게 죽는다. 그러나, 저항하는 박테리아는 이 스트레스가 많은 조건을 살아남을 수 있습니다.

칩에 스트레스 유발 항생제 감수성 테스트

우리는 높은 처리량 시퀀싱 (DamID-SEQ)에 DNA 아데닌의 메틸화 식별 (DamID)을 결합하여 여기에 분석을 설명합니다. 이 개선 된 방법은 높은 해상도와 넓은 동적 범위를 제공하며, 허용 등과 칩 서열, RNA-SEQ 같은 다른 높은 처리량 시퀀싱 데이터와 함께 DamID-서열 데이터 분석...

DamID-SEQ : 아데닌 - 메틸화 된 DNA 단편의 높은 처리량 시퀀싱에 의해 단백질 DNA 상호 작용의 게놈 넓은 매핑

우리는 전사 인자(TF) DNA 결합에 영향을 미치는 비암호화 유전적 변이를 식별하기 위한 전략적 계획과 프로토콜을 제시합니다. 유전자형 의존성 TF DNA 결합의 전기영동 이동성 이동 분석(EMSA) 및 DNA 친화성 침전 분석(DAPA) 분석을 위한 자세한 실험 프로토콜이 제공됩니다.

전기 영동 이동성 분석 (EMSA) 및 Shift 키를 사용하여 기능 비 코딩 유전자 변형에 대한 심사 DNA 화성 강수 분석 (DAPA)

만성 림프모구 백혈병 (CLL)은 서방 세계에서 가장 흔한 백혈병이 이다. NFAT 녹음 방송 요인 개발 및 많은 세포 유형에 활성화의 중요 한 레 귤 레이 터는. 여기, 우리 NFAT2의 소설 대상 유전자를 식별 하기 위해 인간의 CLL 세포에 chromatin immunoprecipitation (칩)의 사용에 대 한 프로토콜을 제시.

만성 림프모구 백혈병에서 소설 NFAT2 대상 유전자를 식별 하는 Chromatin Immunoprecipitation 분석 결과

이 방법에서, 우리는 세균 세포에서 단순, 살아있는, 리포터 분석법을 사용하여 동축 및 비동종 결합 부위에 RNA 결합 단백질(RBPs)의 결합 친화도를 정량화한다. 분석은 기자 유전자의 억압에 근거를 둔다.

박테리아에서 단백질 RNA 결합을 정량화하기위한 분석

차세대 염기서열 분석(ChIP-seq)과 결합된 크로마틴 면역 침전은 전사 인자와 그들이 제어하는 게놈 서열 사이의 상호 작용을 확립하는 데 사용되는 방법입니다. 이 프로토콜은 세균성 생물막으로 ChIP-seq를 수행하기 위한 기술을 간략하게 설명하고, 살모넬라 테레카 혈청바르 티피무리움 세균 생물막을 예로 사용한다.

크로마틴 면역침전 및 고처리량 시퀀싱(ChIP-seq)을 이용한 살모넬라 바이오필름의 CsgD 규제 목표 발견

리간드 분석(DRaCALA)의 차동 적개 모세관 작용은 ORFeome 라이브러리를 사용하여 유기체의 작은 리간 결합 단백질을 식별하는 데 사용될 수 있다.

리간드 분석의 차동 방사형 모세관 작용으로 작은 리간드의 결합 단백질 식별 (DRaCALA)

DNAzyme 기반 나노머신은 핵산의 매우 선택적이고 민감한 검출에 사용할 수 있습니다. 이 기사에서는 무료 소프트웨어를 사용하여 10-23 코어를 가진 DNAzyme 기반 나노머신을 설계하기 위한 자세한 프로토콜과 Epstein-Barr 바이러스 단편 검출에 대한 응용 프로그램에 대해 설명합니다.

DNAzyme 10-23 - 핵산 인식을 위한 기반 나노머신

배우세요 DAP-칩 방법을 이용하여 세균의 두 구성 요소 반응 조절자의 게놈 결합 부위를 결정하는 기술입니다. 이 방법은 클로닉, 정제, 인산화를 포함하며 유전자 조절 메커니즘 연구에 필수적입니다.

세균에 대한 두 개의 구성 요소 규제 시스템을 유전자 표적을 확인하는 DNA 친화력 - 정제 칩 (DAP-칩) 방법

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