Name: 포도 베리 대사 체학 및 Transcriptomics을 통해 해석 떼루아 개념 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-10-05T13:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 2 s
Description: 학습하세요 포도 베리 대사체학 및 전사체학을 활용한 떼루아 서명 분석 방법입니다. Corvina 품종을 대상으로 PCA와 O2PLS 판별 분석을 통해 환경 요인이 포도 품질에 미치는 영향을 규명합니다.

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이 작업은 EU가 자금을 지원하는 COST ACTION FA1106 "토마토와 포도 덩굴의 다육질 과일 품질을 제어하는 개발 메커니즘을 결정하기 위한 통합 시스템 접근 방식" 내에서 조정된 네트워킹 활동의 이점을 얻었습니다. 이 작업은 카리베로나 은행 재단(CARIVERONA Bank Foundation)이 자금을 지원하는 'Completamento del Centro di Genomica Funzionale Vegetale' 프로젝트와 이탈리아 농업 및 임업 정책부(Ministry of Agricultural and Forestry Policies)가 자금을 지원하는 'Valorizzazione dei Principali Vitigni Autoctoni Italiani e dei loro Terroir (Vigneto)' 프로젝트의 지원을 받았습니다. SDS는 이탈리아 대학 연구부 FIRB RBFR13GHC5 프로젝트 "환경 상호 작용에 따른 유전자형의 포도 덩굴의 피질유전체 가소성"의 재정 지원을 받았습니다.

<ol><li>Jessome, L. L., Volmer, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ion+suppression%3A+A+major+concern+in+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Lc+Gc+N+Am%22%5BJournal%5D)">Ion suppression: A major concern in mass spectrometry.</a> Lc Gc N Am. 24 (5), 498-510 (2006).</li>
<li>Kim, H. K., Choi, Y. H., Verpoorte, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NMR-based+plant+metabolomics%3A+where+do+we+stand%2C+where+do+we+go%3F%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biotech%22%5BJournal%5D)">NMR-based plant metabolomics: where do we stand, where do we go?</a> Trends Biotech. 29 (6), 267-275 (2011).</li>
<li>Sumner, L. W., Mendes, P., Dixon, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+metabolomics%3A+large-scale+phytochemistry+in+the+functional+genomics+era%5BTitle%5D)+AND+%22Phytochem%22%5BJournal%5D)">Plant metabolomics: large-scale phytochemistry in the functional genomics era.</a> Phytochem. 62 (6), 817-836 (2003).</li>
<li>Bottcher, C., von Roepenack-Lahaye, E., Willscher, E., Scheel, D., Clemens, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+matrix+effects+in+metabolite+profiling+based+on+capillary+liquid+chromatography+electrospray+ionization+quadrupole+time-of-flight+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Evaluation of matrix effects in metabolite profiling based on capillary liquid chromatography electrospray ionization quadrupole time-of-flight mass spectrometry.</a> Anal Chem. 79 (4), 1507-1513 (2007).</li>
<li>Toffali, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+aspects+of+grape+berry+ripening+and+post-harvest+withering+revealed+by+untargeted+LC-ESI-MS+metabolomics+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Metabolomics%22%5BJournal%5D)">Novel aspects of grape berry ripening and post-harvest withering revealed by untargeted LC-ESI-MS metabolomics analysis.</a> Metabolomics. 7 (3), 424-436 (2011).</li>
<li>Martin, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Can+we+trust+untargeted+metabolomics%3F+Results+of+the+metabo-ring+initiative%2C+a+large-scale%2C+multi-instrument+inter-laboratory+study%5BTitle%5D)+AND+%22Metabolomics%22%5BJournal%5D)">Can we trust untargeted metabolomics? Results of the metabo-ring initiative, a large-scale, multi-instrument inter-laboratory study.</a> Metabolomics. 11 (4), 807-821 (2015).</li>
<li>Jaillon, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+grapevine+genome+sequence+suggests+ancestral+hexaploidization+in+major+angiosperm+phyla%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla.</a> Nature. 449 (7161), 463-467 (2007).</li>
<li>Velasco, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+high+quality+draft+consensus+sequence+of+the+genome+of+a+heterozygous+grapevine+variety%5BTitle%5D)+AND+%22Plos+One%22%5BJournal%5D)">A high quality draft consensus sequence of the genome of a heterozygous grapevine variety.</a> Plos One. 2 (12), (2007).</li>
<li>Tornielli, G. B., Zamboni, A., Zenoni, S., Delledonne, M., Pezzotti, M. Ch. 11. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aTornielli%2C+GB+%22The+Biochemestry+of+the+Grape+Berry%22">The Biochemestry of the Grape Berry</a>. Gerós, H., Chaves, M., Delrot, S. 11, Bentham Science Publishers. (2012).</li>
<li>Anesi, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+a+scientific+interpretation+of+the+terroir+concept%3A+plasticity+of+the+grape+berry+metabolome%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Towards a scientific interpretation of the terroir concept: plasticity of the grape berry metabolome.</a> BMC Plant Biol. 15, 1-17 (2015).</li>
<li>Berdeja, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Water+limitation+and+rootstock+genotype+interact+to+alter+grape+berry+metabolism+through+transcriptome+reprogramming%5BTitle%5D)+AND+%22Hort+Res%22%5BJournal%5D)">Water limitation and rootstock genotype interact to alter grape berry metabolism through transcriptome reprogramming.</a> Hort Res. 2, 1-13 (2015).</li>
<li>Carbonell-Bejerano, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solar+ultraviolet+radiation+is+necessary+to+enhance+grapevine+fruit+ripening+transcriptional+and+phenolic+responses%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Solar ultraviolet radiation is necessary to enhance grapevine fruit ripening transcriptional and phenolic responses.</a> BMC Plant Biol. 14, 1-16 (2014).</li>
<li>Carbonell-Bejerano, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reducing+sampling+bias+in+molecular+studies+of+grapevine+fruit+ripening%3A+transcriptomic+assessment+of+the+density+sorting+method%5BTitle%5D)+AND+%22Theor+Exp+Plant+Phys%22%5BJournal%5D)">Reducing sampling bias in molecular studies of grapevine fruit ripening: transcriptomic assessment of the density sorting method.</a> Theor Exp Plant Phys. 28 (1), 109-129 (2016).</li>
<li>Carbonell-Bejerano, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circadian+oscillatory+transcriptional+programs+in+grapevine+ripening+fruits%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Circadian oscillatory transcriptional programs in grapevine ripening fruits.</a> BMC Plant Biol. 14, 1-15 (2014).</li>
<li>Cavallini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+diversification+of+grapevine+MYB5a+and+MYB5b+in+the+control+of+flavonoid+biosynthesis+in+a+petunia+anthocyanin+regulatory+mutant%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+%26+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">Functional diversification of grapevine MYB5a and MYB5b in the control of flavonoid biosynthesis in a petunia anthocyanin regulatory mutant.</a> Plant & Cell Physiol. 55 (3), 517-534 (2014).</li>
<li>Cramer, G. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptomic+analysis+of+the+late+stages+of+grapevine+%28Vitis+vinifera+cv.+Cabernet+Sauvignon%29+berry+ripening+reveals+significant+induction+of+ethylene+signaling+and+flavor+pathways+in+the+skin%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Transcriptomic analysis of the late stages of grapevine (Vitis vinifera cv. Cabernet Sauvignon) berry ripening reveals significant induction of ethylene signaling and flavor pathways in the skin.</a> BMC Plant Biol. 14, 1-21 (2014).</li>
<li>Dal Santo, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+plasticity+of+the+grapevine+berry+transcriptome%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">The plasticity of the grapevine berry transcriptome.</a> Genome Biol. 14 (6), 1-17 (2013).</li>
<li>Fasoli, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Grapevine+Expression+Atlas+Reveals+a+Deep+Transcriptome+Shift+Driving+the+Entire+Plant+into+a+Maturation+Program%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The Grapevine Expression Atlas Reveals a Deep Transcriptome Shift Driving the Entire Plant into a Maturation Program.</a> Plant Cell. 24 (9), 3489-3505 (2012).</li>
<li>Gambino, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Co-evolution+between+Grapevine+rupestris+stem+pitting-associated+virus+and+Vitis+vinifera+L.+leads+to+decreased+defence+responses+and+increased+transcription+of+genes+related+to+photosynthesis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Co-evolution between Grapevine rupestris stem pitting-associated virus and Vitis vinifera L. leads to decreased defence responses and increased transcription of genes related to photosynthesis.</a> J Exp Bot. 63 (16), 5919-5933 (2012).</li>
<li>Ghan, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Five+omic+technologies+are+concordant+in+differentiating+the+biochemical+characteristics+of+the+berries+of+five+grapevine+%28Vitis+vinifera+L.%29+cultivars%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Five omic technologies are concordant in differentiating the biochemical characteristics of the berries of five grapevine (Vitis vinifera L.) cultivars.</a> BMC Genomics. 16 (1), 1-26 (2015).</li>
<li>Pastore, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selective+defoliation+affects+plant+growth%2C+fruit+transcriptional+ripening+program+and+flavonoid+metabolism+in+grapevine%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Selective defoliation affects plant growth, fruit transcriptional ripening program and flavonoid metabolism in grapevine.</a> BMC Plant Biol. 13, 1-13 (2013).</li>
<li>Pastore, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Increasing+the+source%2Fsink+ratio+in+Vitis+vinifera+%28cv+Sangiovese%29+induces+extensive+transcriptome+reprogramming+and+modifies+berry+ripening%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Increasing the source/sink ratio in Vitis vinifera (cv Sangiovese) induces extensive transcriptome reprogramming and modifies berry ripening.</a> BMC Genomics. 12, 1-23 (2011).</li>
<li>Rinaldo, A. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Grapevine+Anthocyanin+Acyltransferase%2C+Transcriptionally+Regulated+by+VvMYBA%2C+Can+Produce+Most+Acylated+Anthocyanins+Present+in+Grape+Skins%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">A Grapevine Anthocyanin Acyltransferase, Transcriptionally Regulated by VvMYBA, Can Produce Most Acylated Anthocyanins Present in Grape Skins.</a> Plant Physiol. 169 (3), 1897-1916 (2015).</li>
<li>Royo, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developmental%2C+transcriptome%2C+and+genetic+alterations+associated+with+parthenocarpy+in+the+grapevine+seedless+somatic+variant+Corinto+bianco%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Developmental, transcriptome, and genetic alterations associated with parthenocarpy in the grapevine seedless somatic variant Corinto bianco.</a> J Exp Bot. , 259-273 (2015).</li>
<li>Venturini, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((De+novo+transcriptome+characterization+of+Vitis+vinifera+cv.+Corvina+unveils+varietal+diversity%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">De novo transcriptome characterization of Vitis vinifera cv. Corvina unveils varietal diversity.</a> BMC Genomics. 14, 1-13 (2013).</li>
<li>Commisso, M., Strazzer, P., Toffali, K., Stocchero, M., Guzzo, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Untargeted+metabolomics%3A+an+emerging+approach+to+determine+the+composition+of+herbal+products%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Struct+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">Untargeted metabolomics: an emerging approach to determine the composition of herbal products.</a> Comput Struct Biotechnol J. 4, 1-7 (2013).</li>
<li>Pluskal, T., Castillo, S., Villar-Briones, A., Oresic, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MZmine+2%3A+Modular+framework+for+processing%2C+visualizing%2C+and+analyzing+mass+spectrometry-based+molecular+profile+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">MZmine 2: Modular framework for processing, visualizing, and analyzing mass spectrometry-based molecular profile data.</a> BMC Bioinformatics. 11, 1-11 (2010).</li>
<li>Ashburner, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gene+Ontology%3A+tool+for+the+unification+of+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Gene Ontology: tool for the unification of biology.</a> Nat Genet. 25 (1), 25-29 (2000).</li>
</ol>

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이 문서에서는 포도 베리 떼루아 개념을 해석하는 데 사용되는 대사 체학, transcriptomics 및 통계 분석 프로토콜을 설명합니다. HPLC-ESI-MS에 의해 대사 체학 분석 동시에 대사 산물을 대량을 검출하기에 충분히 민감하지만, 상대적 정량은 매트릭스 효과 이온 억제 / 강화에 의해 영향을 받는다. 그러나 유사한 접근 방식은 이미 조기는 열매의 숙성 및 수확 후 고사를 설명하는 데 사용되었으며, 매트릭스 효과의 보정 결과 5에 제한된 영향을 미쳤다. 또한, 동일한 샘플을 사용하여 타겟이 불분명 한 대사 체학에 대한 NMR 및 LC-MS의 비교 견고성을 결정하기 위해 최근 대규모 멀티 기기 간 실험실 연구는 다른 악기 및 기술 일관된 결과 6 굴복 것으로 나타났습니다. 여기에 설명 된 사례 연구는 세 가지 매크로-Z에 일곱 포도원에서 세 숙성 단계에서 시료의 수집 및 분석을 포함세 가지 성장 시즌 동안 것. 여기서, 떼루아 서명은 PCA와 O2PLS-DA 다변량 통계를 사용하여...

식물 게놈 전 사체, 프로테옴 및 metabolomes에 기초하여 대규모 데이터 분석은 포도 식물과 그 환경 사이의 상호 작용을 반영하는 와인 떼루아 특성과 같은 복잡한 시스템의 작동에 대한 새로운 통찰력을 제공한다. 동일한 포도 나무의 클론이 다른 포도원에서 재배하는 경우에도 와인의 떼루아 구별 할 수 있기 때문에 클론 게놈이 동일하기 때문에, 게놈 분석은 거의 사용이다. 대신 유전자 발현 와인의 품질 특성을 결정하는 열매의 대사 특성 간의 상관 관계를 볼 필요가있다. 마이크로 어레이에 고정 된 프로브와 같은 하이브리드와 같은 보편적 인 특성을 이용하여 정량 분석을 용이하게 모든 성적 증명서의 유사한 화학적 성질,의 사체 혜택의 수준에서 유전자 발현의 분석. 프로테오믹스 A의 대조적으로, 보편적 인 분석 방법차 대사 체학 때문에 개별 단백질 및 대사 산물의 거대한 물리적, 화학적 다양성을 더 도전입니다. 대사 체학의 경우 개별 대사 산물의 크기, 극성, 풍부하고 변동성에 크게 다르기 때문에 이러한 다양성은 훨씬 더 극단적이다, 그래서 하나의 추출 과정이나 분석 방법 론적 접근 방식을 제공합니다. 비 휘발성 대사 적합한 분석 플랫폼 중, 고성능 액체 크로마토 그래피에 기초하여 그 질량 분석계에 연결된 (HPLC-MS)는 훨씬 더 민감 자외선 또는 다이오드 배열 검출기를 가진 HPLC (HPLC-UV, HPLC-DAD 같은 대안보다 ) 또는 HPLC-MS에 의해 핵 자기 공명 (NMR) 분광법 있지만 정량 분석은 이러한 매트릭스 효과 이온 진압 / 인핸스 1-3 현상에 의해 영향을받을 수있다. (HPLC-E를 전기 분무 이온화 소스를 사용하여 HPLC-MS에 의한 조기는 포도 열매의 분석시 이러한 영향의 조사SI-MS)은 가장 낮은 체류 시간과 당 및 다른 분자 강하게 아마도이 영역에서 분자의 다수를 반영 과소 것으로 나타났다 및 다른 분자의 존재 량 매트릭스 효과에 의해 과대 또는받지 과소 평가 될 수 있다는 하지만, 매트릭스 효과에 대한 데이터 정규화는 전체 결과 4,5에 제한된 영향을 미칠 것 같았다. 본원에 기재된 방법은 숙성 중에 포도 열매에서 높은 수준으로 축적 매체 극성 대사 산물의 분석을 위해 최적화되고, 이는 상당히 떼루아의 영향. 그들은 함께 색상, 맛과 와인의 건강 관련 특성을 결정 안토시아닌, 플라 보놀, flavan-3-OLS, 프로시아니딘, 다른 플라보노이드, 레스베라트롤, 스틸 벤, 히드 록시 산, 하이드 록시 산을 포함한다. HPLC-MS에 의한 정량은 신뢰할 수 있기 때문에 같은 당 및 지방족 유기산과 같은 다른 대사는, 때문에 effec 행렬에 무시됩니다t 이온 억제 현상 (5). 이 방법에 의해 선택된 극성의 범위 내에서 접근 가능 6만큼 다른 대사 물질을 검출하는 것을 목적으로 불특정이다. 포도 나무의 성적 증명서의 수천을 동시에 모니터링 할 수 Transcriptomics 방법은 전체 포도 게놈 서열 7,8의 가용성에 의해 촉진된다. 높은 처리량의 cDNA 서열에 기초하여 조기 transcriptomics 방법 일괄 RNA-SEQ 기술로 설명한 절차의 집합으로 차세대 서열의 출현으로 발전해왔다. 이 방법은 빠르게 transcriptomics 연구에 대한 선택의 방법이되고있다. 그러나, 성적 증명서의 수천 하이브리드에 의해 병렬로 정량화 할 수 있도록 마이크로 어레이를 기반으로 문학의 큰 몸은 포도 나무에 대한 축적하고있다. RNA-서열이 주류 기술이되기 전에 실제로, 많은 전용 상용 마이크로 어레이 플랫폼은 있었다개발 허용 포도 나무의 사체는 훌륭한 세부 사항에 검사합니다. 플랫폼의 광대 한 다양한 가운데, 두 개의 게놈 전체의 전 사체 분석 (9)을 허용했다. 가장 진화 배열 따라서 각 실험의 비용을 절감하는 하나의 장치에서 최대 12 개의 독립적 인 샘플의 혼성화시켰다. 12 서브 어레이는 각각 29,549 포도 나무의 성적을 나타내는 135,000 60 머 프로브를 구성. 이 장치는 시험 10-24의 다수에 사용되고있다. 이 두 플랫폼은 이제 중단되었지만 새 사용자 정의 마이크로 어레이는 최근 설계되고있어 추가 새로 발견 된 포도 나무의 유전자 (25)를 나타내는 프로브의 더 큰 수를 포함로 최근 개발을 나타냅니다. transcriptomics와 대사 체학 분석에 의해 생성 된 대형 판매 데이터 세트는 다른 형태 사이의 상관 관계를 결정하기 위해 다변량 기법을 포함한 데이터 분석에 적합한 통계 방법을 필요로데이터의. 가장 널리 사용되는 변수 기술들은 투영에 기초하여 해당하며, 여기에는 주성분 분석 (PCA), 또는, 자율 될 수있는 잠재적 인 구조 판별 분석 (O2PLS-DA) (26)에 양방향 정사영 같은 감독. 이 문서에 제시된 프로토콜은 샘플 그룹 간의 차이를 식별하기 위해 탐색 적 데이터 분석 및 O2PLS-DA에 대한 PCA를 사용합니다.

<table><tbody><tr><td>밀 그라인더</td><td>IKA</td><td>IKA A11 basic</td><td></td></tr><tr><td>HPLC Autosampler</td><td>Beckman Coulter</td><td>&nbsp;-</td><td>System Gold 508 Autosampler</td></tr><tr><td>HPLC System</td><td>Beckman Coulter</td><td>&nbsp;-</td><td>System Gold 127 Solvent Module HPLC</td></tr><tr><td>C18 Guard Column</td><td>Grace</td><td>&nbsp;-</td><td>Alltima HP C18 (7.5 mm x 2.1 mm; 5 &mu; m) 가드 컬럼</td></tr><tr><td>C18 컬럼</td><td>그레이스</td><td>&nbsp;-</td><td>Alltima HP C18 (150 mm x 2.1 mm; 3 &mu; m) 컬럼</td></tr><tr><td>질량 분석기</td><td>Bruker Daltonics</td><td>&nbsp; -</td> <td>Bruker Esquire 6000; 질량 분석기에는 ESI 소스가 장착되어 있었고 분석기는 이온 트랩이었습니다.</td></tr><tr><td>추출 용매 및 HPLC 완충제</td><td>Sigma</td><td>34966</td><td>메탄올 LC-MS 등급</td></tr><tr><td>Sigma</td><td>94318</td><td>Formic acid LC-MS 등급</td><td></td></tr><tr><td>Sigma</td><td>34967</td><td>Acetonitrile LC-MS 등급</td><td></td></tr><tr><td>Sigma</td><td>39253</td><td>물&nbsp; LC-MS 등급</td><td></td></tr><tr><td>Minisart RC 4 주사기 필터(0.2 &mu; m)</td> <td>Sartorius</td><td>17764</td><td></td></tr><tr><td>데이터 수집 및 처리를 위한 소프트웨어 (b)</td> <td>Bruker Daltonics-Bruker</td><td></td> <td>Daltonics Esquire 5.2 Control (a); Esquire 3.2 데이터 분석 및 MzMine 2.2 소프트웨어 (b)</td></tr><tr><td>Spectrum Plant Total RNA kit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>STRN250-1KT</td><td>포도 과피에서 추출한 총 RNA 추출물 Nanodrop</td></tr><tr><td>1000</td><td>Thermo Scientific</td><td>1000</td><td></td></tr><tr><td>BioAnalyzer 2100</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2939A</td><td></td></tr><tr><td>RNA 6000 나노 시약</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-1511</td><td></td></tr><tr><td>RNA 칩</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-1511</td><td></td></tr><tr><td>Agilent 유전자 발현 세척 버퍼 1</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5325</td><td></td></tr><tr><td>Agilent 유전자 발현 세척 버퍼 2</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5326</td><td></td></tr><tr><td>LowInput QuickAmp 라벨링 키트 One-Color</td><td>Agilent Technologies</td><td>5190-2305</td><td></td></tr><tr><td>키트 RNA 스파이크 인 - One-Color</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5282</td><td></td></tr><tr><td>유전자 발현 하이브리드화 키트</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5242</td><td></td></tr><tr><td>RNeasy Mini Kit (50)</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td>cRNA 정제용</td></tr><tr><td>Agilent SurePrint HD 4X44K 60-mer 마이크로어레이</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2514F-048771&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>eArray</td><td>Agilent Technologies</td><td>-</td><td><a href="https://earray.chem.agilent.com/earray/">https://earray.chem.agilent.com/earray/</a></td></tr><tr><td>개스킷 슬라이드</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2534-60012</td><td>Agilent SurePrint Microarray 4-어레이 하이브리드화</td></tr><tr><td>온도 조절 수조</td><td>Julabo-Hybridization</td><td></td><td></td></tr> <tr><td>Chamber</td><td>Agilent 활성화 Technologies</td><td>G2534-60001</td><td></td></tr><tr><td>마이크로어레이 하이브리드화 오븐</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2545A</td><td></td></tr><tr><td>하이브리드화 오븐 로테이터 랙</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2530-60029</td><td></td></tr><tr><td>로테이터 랙 변환 로드</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2530-60030</td><td></td></tr><tr><td>염색 키트</td><td>Bio-Optica</td><td>10-2000</td><td>슬라이드 염색 접시 및 슬라이드 랙</td></tr><tr><td>자석 교반기 장치</td><td>AREX 가열 자석 교반기</td><td>F20540163&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>온도 조절 오븐</td><td>Thermo Scientific</td><td>Heraeus - 6030</td><td></td></tr><tr><td>애질런트 마이크로어레이 스캐너</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2565CA</td><td></td></tr><tr><td>스캐너 캐러셀, 48위치</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2505-60502</td><td></td></tr><tr><td>슬라이드 홀더</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2505-60525</td><td></td></tr><tr><td>특징 추출 소프트웨어 v11.5</td><td>Agilent 기술</td> <td>-</td> <td>애질런트 마이크로 어레이 스캐너 내부</td></tr><tr><td>G2565CA SIMCA + V13 소프트웨어</td><td>Umetrics</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

포도 베리 대사 체학 및 transcriptomics을 통해 해석 떼루아 개념

The Terroir Concept Interpreted through Grape Berry Metabolomics and Transcriptomics

떼루아 특히 서식지 및 관리 방법에 따라 같은 포도 (유럽 종 포도)로 작물의 특성에 영향을 미치는 환경 요인의 조합을 의미합니다. 이 문서에서는 특정 떼루아 서명이 다변량 통계 분석을 사용하여 포도의 품종, 조기의 베리 대사 체 및 사체에서 검출 할 수있는 방법을 보여줍니다. 이 방법은 먼저 적절한 샘플링 계획이 필요합니다. 이 사례에서, 조기 품종의 특정 클론 유전 적 차이를 최소화하도록 선택되고, 샘플은 세 가지 성장 계절 동안 세 가지 매크로 영역을 나타내는 일곱 포도에서 수집 하였다. 타겟팅되지 않은 LC-MS의 대사 체학 접근 MZmine 소프트웨어 및 단편화 트리 분석을 기초 대사 식별 전략을 사용하여 효율적으로 데이터 처리를 수반 높은 민감도 때문에 권장된다. 종합 사체 분석은 마이크로 어레이를 사용하여 달성 될 수있다함유 프로브 다른 TERROIRS의 컨텍스트에서 모든 차등 유전자 발현의 동시 분석을 가능 ~ 모든 예측 리세 유전자의 99 %를 커버. 마지막으로, 투영 방법에 기초하여 다변량 데이터 분석은 대사 체학 및 transcriptomics 데이터 통합 ​​정보의 상관 관계를 식별하기 위해 상세하게 분석 될 수 있도록 강력한 빈티지 특정 효과를 극복하기 위해 사용될 수있다.

이 문서에서 설명하는 사례 연구는 상대적으로 189 샘플 중 정량 분자 이온 플러스 자신의 동위 원소, 부가 물 및 일부 조각을 포함하여 552 신호 (m / Z 기능), (7 포도원 × 3 숙성 단계 × 3 성장 계절 X를 포함하는 최종 데이터 매트릭스를 산출 3 생물 복제). 데이터 포인트의 총 수는 따라서 104,328이었다. 분할 트리 분석은 대사 플러스 부가 물, 동위 원소 및 조각에 해당하는 282m / Z 기능의 주석 결과. PCA에 의해 전체 데이터 매트릭스의 탐색 적 분석은 성숙 단계에 따라 샘플 클러스터 된 것으로 나타났다 (veraison, 중간 숙성과 잘 익은) 제 1 및 제 2 주성분 (T1-T2, 그림 2A)을 따라하고, 함께 성장시기에 따라 세 번째 주성분 (T1-T3, 그림 2B). <p class="jove_content" fo:keep-t...

이 문서는 즉 떼루아 개념에 대한 통찰력을 얻기 위해 포도 베리 성적 증명서 및 대사에 타겟이 불분명 한 대사 체학, transcriptomics 및 다변량 통계 분석의 응용 프로그램을 설명 베리 품질 특성에 대한 환경의 영향.

포도 베리 대사 체학 및 Transcriptomics을 통해 해석 떼루아 개념

Terroir refers to the combination of environmental factors that affect the characteristics of crops such as grapevine (Vitis vinifera) according to ...

이 실험 절차의 전반적인 목표는 포도 품종인 Corvina의 베리 대사체 및 전사체에서 서로 다른 테루아(terroir) 특성을 관찰하는 것입니다. 여기서 설명하는 사례 연구에는 3개의 성장 시즌 동안 3개의 거시 구역에 있는 7개 포도원에서 세 가지 성숙 단계의 샘플을 수집하고 분석하는 과정이 포함되었습니다. 설명된 기술들은 베리 대사체에 미치는 빈티지 효과에 따른 지배적인 성숙 과정을 밝혀냅니다.잘 익은 베리에서도 세 가지 거시 구역을 나타내는 뚜렷한 특정 화학적 시그니처가 확인되었습니다. 거시 구역 수준의 테루아 시그니처는 전사체 및 대사체 데이터 행렬을 모두 분석하기 위해 주성분 분석인 PCA와 양방향 직교 투영 잠재 구조 판별 분석인 auto BLSDA와 같은 적절한 통계 기법을 사용하여 밝혀졌습니다. 반면, 개별 포도원 간의 차이는 더 미묘하며, 더욱 정교하고 민감한 통계적 접근 방식이 필요합니다.적절한 샘플링 계획을 수립하여 실험을 시작하십시오. 샘플링 계획에는 샘플링 장소, 시간 및 정확한 샘플링 절차가 명시되어야 합니다. 두 포도나무 열을 따라 서로 다른 위치에서 30개의 송이를 수확한 후, 각 송이에서 가시적인 손상이나 감염 징후가 없는 베리 3개를 무작위로 선택하십시오.이 과정을 반복하여 각 성숙 단계별로 세 개의 독립된 풀(pool)을 확보합니다. 베리에서 씨앗을 제거하고, 과피를 즉시 액체 질소에 넣어 급속 동결시킵니다. 각 풀의 동결된 베리를 자동 밀 그라인더(automatic mill grinder)로 분쇄합니다.각 분말 시료를 전사체 분석용과 대사체 분석용으로 두 등분으로 나눕니다. 그 다음, 듀어(duer)를 닫고 제거한 후 분말을 -80 °C에서 보관합니다. 베리 시료의 대사 추출물은 0.1% formic acid로 산성화한 3배 부피의 methanol을 사용하여, 40 kHz 초음파 세척기에서 15분 동안 상온에서 준비합니다.추출물을 4 °C에서 16,000 ×g로 10분 동안 원심분리합니다. 상층액을 탈이온수 2배 부피로 희석한 후 0.2 µm 필터로 여과합니다. 텍스트 프로토콜에 기술된 대로, 전기분무 이온화원(electrospray ionization source)이 결합된 고성능 액체 크로마토그래피-질량 분석법(HPLC-ESI-MS) 시스템을 설정합니다.용매 A와 B의 선형 기울기를 사용하여 0.2 milliliters per minute의 일정 유속으로 HPLC 분리를 수행하며, 시료 주입 부피는 30 microliters로 설정합니다. 텍스트 프로토콜에 기재된 파라미터를 사용하여 음이온 및 양이온 모드를 교대로 적용해 질량 분석 스펙트럼을 획득합니다. LCMS 데이터를 처리하기 위해, 오픈 소스 소프트웨어인 M Zeta Mine 버전 2.14와 같은 적절한 소프트웨어를 사용하여 피크 검출 정렬, 갭 채우기 및 피크 필터링 절차를 수행합니다.결과 텍스트 파일을 스프레드시트로 가져옵니다. 이를 통해 식별 번호, 질량 대 전하비 값 및 유지 시간으로 인식된 모든 검출 대사물질이 각 샘플의 피크 면적 값으로 정량화된 데이터 매트릭스가 생성됩니다. 41.8 µL의 탈이온 RNAse-free water 최종 부피에 1.65 µg의 시아닌 표지 상보적 RNA를 넣어 4-팩 포맷 사양에 따라 하이브리드화 어셈블리를 준비합니다.10X 블로킹제 11 µL와 25X 단편화 완충액 2.2 µL를 추가합니다. RNA를 단편화하기 위해 항온수조에서 60 °C로 30분 동안 배양합니다. 30분 후, 즉시 얼음 위에서 1분 동안 냉각합니다.마지막으로 2X 하이브리다이제이션 버퍼 55 µL를 추가하고 피펫팅하여 잘 섞습니다. 실온에서 15,500 ×g로 1분간 원심 분리한 후, 즉시 마이크로 원심분리 튜브를 얼음에 둡니다. 커스텀 마이크로어레이를 장착하려면, 라벨이 위를 향하도록 가스켓 슬라이드를 하이브리다이제이션 챔버 바닥에 넣습니다.기포가 생기지 않도록 피펫 팁으로 액체를 분주하며, 각 가스켓 웰에 하이브리다이제이션 샘플 100 µL를 천천히 로딩합니다. 숫자 바코드가 위를 향하도록 하여 맞춤형 마이크로어레이를 아래를 향하게 천천히 배치합니다. 샌드위치 쌍이 제대로 정렬되었는지 확인하십시오.마지막으로, 샌드위치 형태로 겹쳐진 슬라이드 위에 하이브리다이제이션 챔버의 덮개를 덮고, 챔버의 클램프를 손으로 조입니다. 조립된 챔버를 회전시켜 기포의 이동성을 확인합니다. 조립된 슬라이드 챔버를 65 °C로 설정된 하이브리다이제이션 오븐 내의 균형 잡힌 로티세리에 넣습니다.로테이터를 10 RPM으로 회전하도록 설정합니다. 하이브리드화가 17시간 동안 진행되도록 둡니다. 마이크로어레이 슬라이드 세척을 진행하기 위해, 슬라이드 염색 용기 3개를 준비하고 각각에 적절한 세척 완충액을 채웁니다.두 개의 디쉬에 상온의 세척 버퍼 1을 채우고, 또 다른 한 개의 디쉬에 미리 데워둔 세척 버퍼 2를 채웁니다. 하이브리다이제이션 챔버를 분해하고 샌드위치를 제거합니다. 마이크로어레이 슬라이드의 숫자 바코드가 위를 향하게 하여, 상온의 세척 버퍼 1이 채워진 첫 번째 슬라이드 염색 디쉬에 샌드위치를 담그고, 깨끗한 포셉을 사용하여 가스켓을 마이크로어레이 슬라이드에서 분리합니다.마이크로어레이 슬라이드를 슬라이드 랙으로 빠르게 옮긴 후, 상온의 세척 버퍼 1이 채워진 두 번째 슬라이드 염색 용기에 넣습니다. 슬라이드 염색 용기를 마그네틱 교반기 위에 놓고, 적절한 속도로 교반하며 1분 동안 세척합니다. 슬라이드 랙을 미리 가온된 세척 버퍼 2가 채워진 세 번째 슬라이드 염색 용기로 빠르게 옮기고, 적절한 속도로 교반하며 1분 동안 세척합니다.슬라이드 염색 용기에서 랙을 천천히 꺼내고, 액방울이 튀지 않도록 주의하며 랙에서 슬라이드를 조심스럽게 분리합니다. 마이크로어레이 슬라이드를 적절한 스캐너에 넣고, 마이크로어레이 제조사의 사용 설명서에 권장된 파라미터 설정을 사용하여 각 어레이를 스캔합니다. 통계 분석 소프트웨어를 준비하기 위해, 먼저 대사체학 및 전사체학 데이터를 가져옵니다.파일(File), 새 일반 프로젝트(New Regular Project), 새 일반 프로젝트(New Regular Project)를 차례로 선택하여 획득한 데이터 행렬을 가져옵니다. 그런 다음 편집(Edit)을 클릭하십시오. 전체 행렬을 전치(Transpose)하고, 홈(home)에서 적절한 기본 ID 및 보조 ID를 할당한 후 완료합니다.다변량 통계 분석을 수행하려면, Workset 창으로 이동하여 모델 유형으로 PCAX를 선택하고 AutoFit을 클릭하십시오. Scores를 선택한 다음 Scatter를 선택하여 샘플의 가능한 그룹화를 보여주는 도표를 확인합니다. PCA score plot을 검토하십시오.적절한 모델이 구축되었다면, 동일한 샘플 클래스를 사용하여 O2PLS 판별 분석 모델을 구축하십시오. MacroZone에 의해 분류된 샘플을 사용하여 두 개의 O2PLS 판별 분석 모델을 구축하려면, Home 창에서 New As, M1, Observations로 이동하여 클래스를 할당하십시오. 원하는 클래스를 설정하십시오.그 다음, 모델 유형을 PCAX에서 O2PLS 판별 분석으로 변경합니다. Autofit을 누릅니다. Project 창에서 M2를 선택한 후, Scores를 클릭하고 Scatter를 클릭하여 도표와 시료 클래스의 위치를 확인합니다.데이터 유형 선택(Select Data Type)으로 이동하여 관측치 및 로딩(Observations and Loadings)을 선택하십시오. 그런 다음 시리즈 추가(Add Series)를 클릭하고 PQ correlation one, PQ correlation two 항목 또는 추가 구성 요소가 있는 경우 이를 선택하십시오. 플롯 위에서 마우스 오른쪽 버튼을 누른 상태로 속성(Property)으로 이동하여 색상(Color)을 선택한 다음, 분자와 클래스별로 플롯 기호를 구분하기 위해 용어별(By Terms)을 선택하십시오.원하는 특성으로 플롯을 수정하려면 Layout, Format Plot, Access 또는 Styles로 이동하십시오. 하나 이상의 특정 클래스를 특징짓는 대사산물을 관찰하려면 Plot List로 이동한 다음 Scatter를 선택하십시오. PCA를 통한 전체 데이터 행렬의 탐색적 분석 결과, 샘플들이 제1 및 제2 주성분을 따라 veraison, 중기 숙성, 완숙을 포함한 숙성 단계에 따라 군집을 형성하는 것으로 나타났습니다.샘플들은 세 번째 주성분을 따라 성장 계절에 맞게 군집화되었습니다. 성숙한 베리에 대한 O2PLS 판별 분석을 통해 Valpolicella, Garda Lake, Soave의 세 가지 거시 구역을 나타내는 특정 테루아 시그니처를 식별할 수 있습니다. 이 모델들의 로딩 플롯은 샘플 클래스인 P와 대사체인 Q 사이의 상관관계인 PQ 상관관계로 표시됩니다.로딩 플롯에서 빨간색 사각형은 샘플 또는 매크로존(macrozones)의 클래스를 나타내며, 색상이 있는 삼각형은 개별 대사물을 나타냅니다. 대사물은 화학적 클래스에 따라 색상으로 구분되었으며, 대사물과 샘플 사이의 거리는 이들 간의 관계를 반영합니다. Lake Garda 매크로존은 스틸벤(stilbenes)이 특징적이었던 반면, Soave와 Valpolicella는 플라보노이드(flavonoids)가 두드러졌습니다.안토시아닌 중에서 페오니딘과 그 유도체는 가르다 호수(Lake Garda) 거대구역에서 더 많이 나타난 반면, 다른 안토시아닌들은 발폴리첼라(Valpolicella) 거대구역에서 더 많이 나타났습니다. 또한, 안토시아닌 3-O-글루코시드는 발폴리첼라 거대구역에서 더 우세했으며, 아실화 및 쿠메르화 유도체는 소아베(Soave) 거대구역에서 더 우세하게 나타났습니다. 전사체학, RA 및 RNA sig 방법들을 통해 수천 개의 포도나무 전사체를 동시에 모니터링할 수 있습니다.최근 더 많은 수의 프로브를 포함하여 추가로 새롭게 발견된 포도속을 나타내는 새로운 맞춤형 마이크로어레이가 설계되었습니다. 전사체 플랫폼의 빠른 노후화를 고려하여, 우리는 기존 플랫폼보다 더 많은 프로브를 포함하는 새로운 플랫폼을 이용한 대안적 절차를 설명하였습니다. 여기에는 1392개의 새로 식별된 peno 유전자좌에 대한 249개의 추가적인 peno 예측 전사체와 179개의 corvina prava 유전자가 포함됩니다. HPLC-ESI-MS를 이용한 대사체 분석은 다수의 대사물을 동시에 검출할 수 있을 만큼 충분한 민감도를 갖추고 있습니다.샘플링 평면을 구축하는 능력은 매우 중요합니다. 유전적 차이를 최소화하기 위해 단일 클론을 선택하고 샘플링 기간을 다각화함으로써, 테루아 간의 실제적인 차이를 식별할 수 있었습니다. 덜 최적화된 지역에서 재배된 동일한 품종을 비교하는 것도 흥미롭겠으나, 안타깝게도 해당 포도원들을 이용할 수 없었습니다.

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Research

연구

JoVE Journal

Genetics

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