Name: 빠른 방법론에 의해 소설 RNA 결합 단백질 분리 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-09-30T14:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 19 s
Description: 배우세요 효율적인 RNA-단백질 복합체 분리 방법을 통해 RNA 대사와 조절 메커니즘을 연구하세요. 이 기술은 효모 세포에서 특정 mRNA와 결합하는 단백질을 신속하게 식별하는 데 활용됩니다.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

우리는 빠른 프로토콜을 설정하고 필요한 플라스미드를 제공하는 그들의 도움이되는 조언을 교수 제프 Gerst와 보리스 Slobodin 감사합니다. 우리는 또한 LC-MS / MS 분석과 그녀의 도움을 Smoler 단백질 체학 센터에서이 프로토콜 박사 타마 지브을 설정하는 그녀의 도움 박사 Avigail ATIR - 란데 감사합니다. 우리는 YEF3 항체에 대해 교수 TG Kinzy (럿 거스)을 감사드립니다. 이 작품은 Binational 과학 재단에서 보조금 2,011,013에 의해 지원되었다.

참고 : 12 MS2 결합 부위로 이루어진 시퀀스를 삽입 (MS2 루프; MS2L)를 원하는 게놈 로커스로, 일반적으로 오픈 리딩 프레임 (ORF) 및 3 &#39;UTR 사이. 이 통합을위한 상세한 프로토콜은 다른 곳에서 (22)가 제공된다. PCR, 북부 분석 또는 RT-PCR 20,23하여 적절한 삽입 및 발현을 확인합니다. 통합이 3&#39;UTR의 합성에 개입하지 않았는지 확인하는 것이 중요합니다. 또한, 유도 성 프로모터 (메티오닌 고갈)의 식에 따라 SBP 융합 플라스미드 발현 MS2-CP는 셀 (24)에 도입한다. 도입 MS12 루프 제외한 동일한 균주, 비특이적 신호의 검출을위한 대조군으로 사용한다. 1. 빠른 정화 <ol><li> 효모 세포를 500 ㎖ (관심의 유전자의 발현 수준에 따라 효모 세포 250-1,000 용액 사용) mRNA의 20-MS2 태그를 발현 성장적절한 성장 배지 (예, 합성 덱스 트 로즈 (SD) 선택 배지)에 30 O C에서 1.0 - MS2-CP-GFP-SBP 융합 단백질 24 600 0.8 중독한다. </li><li> 원심 분리기 세포 RT에서 4 분 3,000 XG에 상층 액을 버린다. </li><li> 메티오닌없이 SD의 동일한 볼륨 (단계 1.1)에서 (단계 1.2)에 resuspend 이전과 같이 1 배 인산 완충 식염수 세포 (PBS), 원심 분리기를 세척하고, 45 부화 - MS2의 발현을 유도하기 위해 60 분 (30)에서 O를 C -CP-GFP-SBP 융합 단백질. 참고 : 긴 유도 시간이 GFP의 응집의 원인이 될 수 있습니다. </li><li> 세포의 옆으로 10 mL로 설정하고 간단한 &quot;뜨거운 페놀&quot;방법 (25)를 사용하여이 샘플에서 RNA를 추출합니다. 주의 : 페놀은 매우 독성 및 안전 지침에 따라 처리해야합니다. 참고 :이 RNA는 고립 된 RNA (그림 1A)의 품질에 대한 좋은 참조입니다. </li><li> 500㎖의 셀들에 대한 최종 C 1.35 ml의 37 % 포름 알데히드를 추가0.1 % oncentration RNA는 단백질 복합체를 가교. 10 분 동안 30 ℃로 배양을 계속합니다. 주의 : 포름 알데히드가 높은 독성과 안전 지침에 따라 처리해야합니다. </li><li> 0.125 M의 최종 농도 2.5 M 글리신의 26.5 ML을 추가하고 가교를 중지 3 분 동안 품어. 이 단계에서 RNA 저하를 최소화하기 위해 얼음에 다 넣어. </li><li> 4 O C에서 4 분 3,000 XG에 원심 분리기 세포와 45 ml의 차가운 1X PBS로 세척. </li><li> 초기 세포 배양 물 100 ㎖ 당 1 ㎖의 신속한 용해 완충액에 재현 탁 된 세포. </li><li> 나사 덮인의 microfuge 튜브에 500 μL의 분취 량으로 분할하고 각 나누어지는 (대략 전체 0.2 ㎖의 PCR 튜브)에 ~ 냉장 유리 구슬 400 mg을 추가합니다. </li><li> 비드에 세포를 Lyse 3 분간 패는. 즉시 얼음에 해물을 넣어. 주 : 세포 용해 방출을 RNA 분해의 주요 원인이되는 세포를 RNases. 급속 용해 완충액의 RNase INHI의 높은 농도를 포함같은 비특이적의 RNase 억제제 헤파린 특정 억제제로서 bitors. 신속하게 작업 차가운 모든 것을 유지하는 것은 추천합니다. </li><li> 새로운 튜브에 해물을 전송합니다. 피어스 핫 바늘 (0.8 mm × 40 mm)을 가진 각 미세 원심 분리 튜브의 바닥에있는 작은 구멍은 15ml의 튜브 위에 미세 원심 분리 튜브를 배치했다. 의 microfuge 튜브 및 15 ml의 튜브 사이의 어댑터로 5 ML의 주사기의 머리를 사용합니다. O 4 ℃에서 1 분 동안 3,000 XG에 튜브 조립체를 원심 </li><li> 세포 파편을 취소 4 ℃로 10 분 동안 10,000 XG에서 새로운 1.5 ML 튜브와 원심 분리기에 흐름을 통해 15 ML 튜브에서 전송합니다. </li><li> 풀 한 15 ML 튜브에 모두 1.5 ml의 튜브에서 상층 액 및 1/50 곁에 각각 RNA 및 단백질 분리에 대한 해물의 1/100 볼륨. 참고 :이 후속 분석 (그림 1)에 대한 &quot;입력&quot;샘플 될 것입니다. </li><li> 내가 500 ml의 당 아비딘 300 μg의 추가nitial 효모 문화와 일정 압연 (10 회전)에서 4 ℃로 (이 10 분으로 감소 될 수있다) 30 분 동안 품어. 참고 : 스트렙 타비 딘 비드에 결합에서 아비딘 차단 비오틴과 바이오틴 단백질. </li><li> 세포 용 해물과 배양 전 스트렙 타비 딘 비드 사전 세척 하였다. <ol><li> 구슬이 1.5 ml의 microcentrifuge 관에 슬러리 스트렙 타비 딘의 약 300 μl를 전송하고 상단에 뜨는을 제거합니다. 이 구슬 250 μL가 발생합니다. 빠른 용해 완충액 1 ㎖로 두 번 구슬을 씻으십시오. 각 단계 사이에 4 ℃로 2 분 동안 660 XG에 스트렙 타비 딘 구슬을 원심 분리기. </li><li> 0.5 신속한 용해 완충액 ㎖, 10 ㎎을 0.5 ㎖ / ml의 BSA, 10 ㎎ / ㎖의 효모 tRNA는 10 μL로 1 시간 동안 인큐베이션하여 구슬 차단. 비드 O / N 필요한 경우 회전을 4 ℃로 차단 용액에 남아있을 수있다. </li><li> 빠른 용해 버퍼 1 ㎖로 두 번 씻으십시오. 자성 비드는 또한 시간, 배경을 감소시키기 위해 사용될 수있다 : 참고아 운드. 이러한 그러나, 세 파로스 구슬보다 더 낮은 용량을 가지고있다. </li></ol></li><li> (단계 1.14에서) 아비딘 함유 해물로 미리 세척 된 스트렙 타비 딘 비즈 250 μl를 추가하고 일정한 회전 (10 회전)와 4 ° C에서 1 시간을 품어. 참고 :이 배양 시간이 충분 바인딩 시간을 제공하고 RNA의 분해 가능성을 최소화 사이의 타협이다. </li><li> 4 O를 C에서 2 분 동안 660 XG에 원심 분리기는 스트렙 타비 딘 비즈를 지우고 새로운 15 ML 튜브에 뜨는을 전송합니다. 각각 따로 1/50 및 RNA와 단백질 분리 용 해물의 1/100 볼륨을 설정합니다. 참고 : 다음은 &quot;언 바운드&quot;샘플 될 것입니다. </li><li> 단계 1.17에서와 같이 부드럽게 흔들어 신속하게 용해 버퍼의 1 ml의 구슬을 씻으 새로운 1.5 ml의 microcentrifuge 관에 전송하고 원심 분리기. 이 단계를 세 번 반복합니다. </li><li> 1 빠른 세척 버퍼 ml의, 4 ℃에서 5 분 동안이 시간 회전 (10 회전)으로 구슬을 씻으십시오. 두 번이 단계를 반복합니다. </l난&gt; <li> 위와 같이 1 1X PBS ㎖의 원심 분리기로 구슬을 씻으십시오. </li><li> 1X PBS 120 μl를 다시 구슬을 씻으십시오. 원심은 위와 같이하고, &quot;세척&quot;시료로 RNA와 단백질 추출을위한 전체 상층 액을. 참고 :이 마지막 세척 샘플이 세척의 엄격 성을 나타냅니다 및 용출 샘플과 동일한 볼륨이어야합니다. 이 이후의 분석에서 처리 및 로딩을 단순화합니다. </li><li> 열에서 RNA와 RNA 관련 단백질을 용출 1X PBS에서 6 밀리미터 비오틴 120 μl를 추가하고 일정한 회전 (10 회전)으로 4 ° C에서 45 분 동안 품어합니다. </li><li> 원심 분리기는 구슬 위와 같이 새로운 1.5 ML 튜브에 용출 자료를 전송합니다. 다시 용출 샘플을 스핀과 구슬의 어떤 이월 없도록 새로운 1.5 ML 튜브에 위의 위상을 전송합니다. </li><li> RNA 또는 단백질 추출을위한 샘플을 채취. 주 : 촬영 볼륨이 RNA 또는 관심 단백질의 다음 분석 및 발현 수준에 의존한다. 북부 분석 (26)에 대한 가이드 라인으로서, 웨스턴 블롯 (23,27) 또는 RT-PCR (28)에 대해, 샘플의 80 %을 20 %을, 그리고 질량 분석 (29)에 대해, 새로운 단백질을 발견 전체 샘플을 채취 할 수 있습니다. </li></ol> 2. RNA 추출 <ol><li> 배 가교 반전 버퍼의 동일한 볼륨을 추가하고 65 ° C에서 45 분 동안 품어. RNA 추출을 위해 직접 진행합니다. 참고 : 가교 반전 버퍼가 크게 RNA 추출 (20)을 향상 에틸렌 디아민 테트라 아세트산 (EDTA)를 포함한다. </li><li> 표준 페놀을 사용하여 클로로포름 방법 (26)를 &quot;입력&quot;및 &quot;언 바운드&quot;샘플 (1.13 및 1.17 단계)에서 RNA를 추출 할 수 있습니다. 주 : 이들 샘플은 (예를 들어, RT-PCR)을 따라서, LiCl이 침전 (30)을 제거하기 위해 권고되는 후속 역방향 Transcriptase- (RT)를 이용 분석을 억제 할 수있는 RNA 분해 효소 억제제, 헤파린 많은 양을 함유한다. 은 &quot;WASH &quot;및&quot;용출 &quot;샘플 (1.21 및 1.24 단계) RNA의 소량을 함유하고 다음 단계로 석출된다. </li><li> 은 &quot;세척&quot;와 &quot;용출&quot;샘플 8M 구 아니 디늄 염산 (GuHCl) 100 % 에탄올 두 권의 동일한 볼륨을 추가합니다. 적어도 2 시간 동안 -80 ℃에서 인큐베이션. 참고 : 구 아니 디늄 효율적으로 단백질을 변성시켜 샘플에서 RNases 및 단백질 분해 효소를 억제한다. </li><li> 20,000 XG, 30 분 동안 4 ° C에서 원심 분리하고 상층 액을 버린다. 20,000 XG, 15 분 동안 4 ° C에서 다시 차가운 80 % 에탄올과 원심 분리기와 펠렛을 씻으십시오. </li><li> 의 RNase없는 물 400 μL의 RNA 펠렛을 용해하고 남은 GuHCl 또는 기타 오염 물질을 제거하기 위해 다시 침전. 3 M 아세트산 나트륨, pH가 5.2 ~ 100 % 에탄올 800 μL의 40 μL를 추가 적어도 1 시간 동안 -20 ℃에서 배양한다. </li><li> 원심 분리기 단계 2.4에서와 같이 씻어 10 μl를 끝으로 모든 에탄올을 제거하고. RNA의의 펠을 재현 탁10 μL의 RNase 무료 물 등. RNA의 펠렛은 일반적으로 볼 수 없습니다로 추가주의하십시오. 참고 : 23 (도 1)에 기술 된 바와 같이 샘플 노던 분석을 위해 사용될 수있다. </li></ol> 3. 단백질 서쪽 오점 또는 질량 분광법 분석을위한 준비 <ol><li> 단백질 시료에 4 배 램 믈리 샘플 버퍼 (LSB)의 1/3 볼륨을 추가하고 RNA와 단백질의 가교 역 65 ° C에서 45 분을 품어. 참고 : 시료는 -20 ° C에서 저장 될 수있다. </li><li> SDS 폴리 아크릴 아미드 겔 (SDS-PAGE) (31)에 실행 단백질. 분석 될 단백질의 크기에 따라, 겔의 비율을 조정한다. 참고 : 10 % 아크릴 아미드 겔 분리 폭넓게 제공하고 제 근사치 좋다. </li><li> 분리 효율 (그림 1C)의 제어를위한 표준 면역 분석 (27)과 막 단백질을 전송합니다. 쿠마시 블루 R 중 하나와 얼룩질량 분석 분석 전에 250 실버 얼룩. 참고 : 더 민감하고 더 나은 감지 (그림 1B)를 할 수 있기 때문에 실버 스테인이 선호하는 선택입니다. 염색은 수동으로 준비 솔루션 또는 상업적 키트 중 하나를 수행 할 수 있습니다. 최종 염료 용액에 겔의 배양 시간은 실험적으로 결정되어야한다. 긴 배양 낮은 풍부한 단백질을 밝힐 수 있지만, 이러한 MS2-CP-SBP-GFP로 높은 발현 된 단백질이 넘는 스테인드 질 수 있습니다 자신의 주변에 주변의 단백질을 마스크 수 있습니다. 또한, 높은 배경이 발생할 수 있습니다. 조심스럽게 반응을 수행하고, 적절한시기에 중지 솔루션을 추가합니다. </li><li> 겔에서 밴드를 잘라 1.5 ml의 튜브로 전송. -20 ° C에서 보관 샘플, 또는 LC-MS / MS 분석 (32) 다음에 단백질 추출 및 트립신 소화 보냅니다. </li><li> 겔 분리 단계를 제외하는 다른 단백체 접근함에 따라, 단계 1.24의 용출 물질 다이제스트LC-MS / MS 분석 (33)에 트립신과 피사체를 사용 lution. 참고 : SDS-PAGE 분리를 생략하는 프로토콜을 단순화하고 수율을 증가시킨다. 그러나, 샘플은 질량 분석 분석을 억제 세제 NP-40의 흔적을 포함 할 수 있습니다. 이 문제를 극복하기 위해 다음 단계를 수행 <ol><li> 15 분 - 10 SDS-PAGE (31)에서 단백질을 실행합니다. </li><li> (단백질이있는 예) 차선의 전체 부분을 잘라. 주 : 단백질 샘플 낮은 풍부한 단백질의 신호를 모호하게 할 수있다 MS2-CP-SBP 단백질의 상당한 양을 포함 할 수있다. </li></ol></li></ol>

<ol><li>Hogan, D. J., Riordan, D. P., Gerber, A. P., Herschlag, D., Brown, P. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diverse+RNA-binding+proteins+interact+with+functionally+related+sets+of+RNAs%2C+suggesting+an+extensive+regulatory+system%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Biol%22%5BJournal%5D)">Diverse RNA-binding proteins interact with functionally related sets of RNAs, suggesting an extensive regulatory system.</a> PLoS Biol. 6, e255(2008).</li>
<li>Tsvetanova, N. G., Klass, D. M., Salzman, J., Brown, P. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteome-wide+search+reveals+unexpected+RNA-binding+proteins+in+Saccharomyces+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+One%22%5BJournal%5D)">Proteome-wide search reveals unexpected RNA-binding proteins in Saccharomyces cerevisiae.</a> PloS One. 5, (2010).</li>
<li>Castello, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Insights+into+RNA+biology+from+an+atlas+of+mammalian+mRNA-binding+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Insights into RNA biology from an atlas of mammalian mRNA-binding proteins.</a> Cell. 149, 1393-1406 (2012).</li>
<li>Gerstberger, S., Hafner, M., Tuschl, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+census+of+human+RNA-binding+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">A census of human RNA-binding proteins.</a> Nat Rev Genet. 15, 829-845 (2014).</li>
<li>Baltz, A. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+mRNA-bound+proteome+and+its+global+occupancy+profile+on+protein-coding+transcripts%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">The mRNA-bound proteome and its global occupancy profile on protein-coding transcripts.</a> Mol Cell. 46, 674-690 (2012).</li>
<li>Mitchell, S. F., Parker, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Principles+and+properties+of+eukaryotic+mRNPs%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Principles and properties of eukaryotic mRNPs.</a> Mol Cell. 54, 547-558 (2014).</li>
<li>Licatalosi, D. D., Darnell, R. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+processing+and+its+regulation%3A+global+insights+into+biological+networks%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">RNA processing and its regulation: global insights into biological networks.</a> Nat Rev Genet. 11, 75-87 (2010).</li>
<li>Eliyahu, E., Lesnik, C., Arava, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+protein+chaperone+Ssa1+affects+mRNA+localization+to+the+mitochondria%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+Lett%22%5BJournal%5D)">The protein chaperone Ssa1 affects mRNA localization to the mitochondria.</a> FEBS Lett. 586, 64-69 (2012).</li>
<li>Ascano, M., Gerstberger, S., Tuschl, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multi-disciplinary+methods+to+define+RNA-protein+interactions+and+regulatory+networks%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Genet+Dev%22%5BJournal%5D)">Multi-disciplinary methods to define RNA-protein interactions and regulatory networks.</a> Curr Opin Genet Dev. 23, 20-28 (2013).</li>
<li>Denman, R. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((mRNPs+take+shape+by+CLIPPING+and+PAIRING%5BTitle%5D)+AND+%22BioEssays%22%5BJournal%5D)">mRNPs take shape by CLIPPING and PAIRING.</a> BioEssays. 28, 1132-1143 (2006).</li>
<li>McHugh, C. A., Russell, P., Guttman, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methods+for+comprehensive+experimental+identification+of+RNA-protein+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Methods for comprehensive experimental identification of RNA-protein interactions.</a> Genome Biol. 15, 203(2014).</li>
<li>Bernstein, D. S., Buter, N., Stumpf, C., Wickens, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analyzing+mRNA-protein+complexes+using+a+yeast+three-hybrid+system%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Analyzing mRNA-protein complexes using a yeast three-hybrid system.</a> Methods. 26, 123-141 (2002).</li>
<li>SenGupta, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+three-hybrid+system+to+detect+RNA-protein+interactions+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">A three-hybrid system to detect RNA-protein interactions in vivo.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 93, 8496-8501 (1996).</li>
<li>Yosefzon, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Divergent+RNA+binding+specificity+of+yeast+Puf2p%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Divergent RNA binding specificity of yeast Puf2p.</a> RNA. 17, 1479-1488 (2011).</li>
<li>Mitchell, S. F., Jain, S., She, M., Parker, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+analysis+of+yeast+mRNPs%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Global analysis of yeast mRNPs.</a> Nat Struct Mol Biol. 20, 127-133 (2013).</li>
<li>Zielinski, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+identification+of+ribonucleoprotein-RNA+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">In vivo identification of ribonucleoprotein-RNA interactions.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 103, 1557-1562 (2006).</li>
<li>Bell, T. J., Eberwine, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Live+Cell+Genomics%3A+RNA+Exon-Specific+RNA-Binding+Protein+Isolation%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Live Cell Genomics: RNA Exon-Specific RNA-Binding Protein Isolation.</a> Methods Mol Biol. 1324, 457-468 (2015).</li>
<li>Leppek, K., Stoecklin, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+optimized+streptavidin-binding+RNA+aptamer+for+purification+of+ribonucleoprotein+complexes+identifies+novel+ARE-binding+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">An optimized streptavidin-binding RNA aptamer for purification of ribonucleoprotein complexes identifies novel ARE-binding proteins.</a> Nucleic Acids Res. 42, e13(2014).</li>
<li>Slobodin, B., Gerst, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+mRNA+affinity+purification+technique+for+the+identification+of+interacting+proteins+and+transcripts+in+ribonucleoprotein+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">A novel mRNA affinity purification technique for the identification of interacting proteins and transcripts in ribonucleoprotein complexes.</a> RNA. 16, 2277-2290 (2010).</li>
<li>Samra, N., Atir-Lande, A., Pnueli, L., Arava, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+elongation+factor+eEF3+%28Yef3%29+interacts+with+mRNA+in+a+translation+independent+manner%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">The elongation factor eEF3 (Yef3) interacts with mRNA in a translation independent manner.</a> BMC Mol Biol. 16, 17(2015).</li>
<li>Loya, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+3%27-UTR+mediates+the+cellular+localization+of+an+mRNA+encoding+a+short+plasma+membrane+protein%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">The 3'-UTR mediates the cellular localization of an mRNA encoding a short plasma membrane protein.</a> RNA. 14, 1352-1365 (2008).</li>
<li>Haim-Vilmovsky, L., Gadir, N., Herbst, R. H., Gerst, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+genomic+integration+method+for+the+simultaneous+visualization+of+endogenous+mRNAs+and+their+translation+products+in+living+yeast%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">A genomic integration method for the simultaneous visualization of endogenous mRNAs and their translation products in living yeast.</a> RNA. 17, 2249-2255 (2011).</li>
<li>Eldad, N., Yosefzon, Y., Arava, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+characterization+of+extensive+intra-molecular+associations+between+3%27-UTRs+and+their+ORFs%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Identification and characterization of extensive intra-molecular associations between 3'-UTRs and their ORFs.</a> Nucleic Acids Res. 36, 6728-6738 (2008).</li>
<li>Slobodin, B., Gerst, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RaPID%3A+an+aptamer-based+mRNA+affinity+purification+technique+for+the+identification+of+RNA+and+protein+factors+present+in+ribonucleoprotein+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">RaPID: an aptamer-based mRNA affinity purification technique for the identification of RNA and protein factors present in ribonucleoprotein complexes.</a> Methods Mol Biol. 714, 387-406 (2011).</li>
<li>Schmitt, M. E., Brown, T. A., Trumpower, B. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+rapid+and+simple+method+for+preparation+of+RNA+from+Saccharomyces+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">A rapid and simple method for preparation of RNA from Saccharomyces cerevisiae.</a> Nucleic Acids Res. 18, 3091-3092 (1990).</li>
<li>Eldad, N., Arava, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+ribosomal+density-mapping+procedure+to+explore+ribosome+positions+along+translating+mRNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">A ribosomal density-mapping procedure to explore ribosome positions along translating mRNAs.</a> Methods Mol Biol. 419, 231-242 (2008).</li>
<li>Arava, Y., Seger, R., Fbeta Walker, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GRFbeta%2C+a+novel+regulator+of+calcium+signaling%2C+is+expressed+in+pancreatic+beta+cells+and+brain%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">GRFbeta, a novel regulator of calcium signaling, is expressed in pancreatic beta cells and brain.</a> J Biol Chem. 274, 24449-24452 (1999).</li>
<li>Arava, Y., Adamsky, K., Ezerzer, C., Ablamunits, V., Walker, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Specific+gene+expression+in+pancreatic+beta-cells%3A+cloning+and+characterization+of+differentially+expressed+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Diabetes%22%5BJournal%5D)">Specific gene expression in pancreatic beta-cells: cloning and characterization of differentially expressed genes.</a> Diabetes. 48, 552-556 (1999).</li>
<li>Bavli-Kertselli, I., Melamed, D., Bar-Ziv, L., Volf, H., Arava, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Overexpression+of+eukaryotic+initiation+factor+5+rescues+the+translational+defect+of+tpk1w+in+a+manner+that+necessitates+a+novel+phosphorylation+site%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+J%22%5BJournal%5D)">Overexpression of eukaryotic initiation factor 5 rescues the translational defect of tpk1w in a manner that necessitates a novel phosphorylation site.</a> FEBS J. 282, 504-520 (2015).</li>
<li>Eliyahu, E., Melamed, D., Arava, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+analysis+of+RNA+extracted+from+isolated+mitochondria%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Genome-wide analysis of RNA extracted from isolated mitochondria.</a> Methods Mol Biol. 714, 287-299 (2011).</li>
<li>Brunelle, J. L., Green, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((One-dimensional+SDS-polyacrylamide+gel+electrophoresis+%281D+SDS-PAGE%29%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">One-dimensional SDS-polyacrylamide gel electrophoresis (1D SDS-PAGE).</a> Methods Enzymol. 541, 151-159 (2014).</li>
<li>Gundry, R. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preparation+of+proteins+and+peptides+for+mass+spectrometry+analysis+in+a+bottom-up+proteomics+workflow%5BTitle%5D)+AND+%22Current+protocols+in+molecular+biology%22%5BJournal%5D)">Preparation of proteins and peptides for mass spectrometry analysis in a bottom-up proteomics workflow.</a> Current protocols in molecular biology. Chapter 10, Unit 10.25(2009).</li>
<li>Medzihradszky, K. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In-solution+digestion+of+proteins+for+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">In-solution digestion of proteins for mass spectrometry.</a> Methods Enzymol. 405, 50-65 (2005).</li>
<li>Bachler, M., Schroeder, R., von Ahsen, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((StreptoTag%3A+a+novel+method+for+the+isolation+of+RNA-binding+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">StreptoTag: a novel method for the isolation of RNA-binding proteins.</a> RNA. 5, 1509-1516 (1999).</li>
<li>Oeffinger, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two+steps+forward--one+step+back%3A+advances+in+affinity+purification+mass+spectrometry+of+macromolecular+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Two steps forward--one step back: advances in affinity purification mass spectrometry of macromolecular complexes.</a> Proteomics. 12, 1591-1608 (2012).</li>
<li>Ross, A. F., Oleynikov, Y., Kislauskis, E. H., Taneja, K. L., Singer, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+a+beta-actin+mRNA+zipcode-binding+protein%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Characterization of a beta-actin mRNA zipcode-binding protein.</a> Mol Cell Biol. 17, 2158-2165 (1997).</li>
<li>Deshler, J. O., Highett, M. I., Schnapp, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Localization+of+Xenopus+Vg1+mRNA+by+Vera+protein+and+the+endoplasmic+reticulum%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Localization of Xenopus Vg1 mRNA by Vera protein and the endoplasmic reticulum.</a> Science. 276, 1128-1131 (1997).</li>
<li>Bertrand, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Localization+of+ASH1+mRNA+particles+in+living+yeast%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Localization of ASH1 mRNA particles in living yeast.</a> Mol Cell. 2, 437-445 (1998).</li>
<li>Aizer, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantifying+mRNA+targeting+to+P-bodies+in+living+human+cells+reveals+their+dual+role+in+mRNA+decay+and+storage%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cell+Sci%22%5BJournal%5D)">Quantifying mRNA targeting to P-bodies in living human cells reveals their dual role in mRNA decay and storage.</a> J Cell Sci. 127, 4443-4456 (2014).</li>
<li>Gadir, N., Haim-Vilmovsky, L., Kraut-Cohen, J., Gerst, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Localization+of+mRNAs+coding+for+mitochondrial+proteins+in+the+yeast+Saccharomyces+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Localization of mRNAs coding for mitochondrial proteins in the yeast Saccharomyces cerevisiae.</a> RNA. 17, 1551-1565 (2011).</li>
<li>Lopez de Heredia,, M,, Jansen, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+integrity+as+a+quality+indicator+during+the+first+steps+of+RNP+purifications+%3A+a+comparison+of+yeast+lysis+methods%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Biochem%22%5BJournal%5D)">RNA integrity as a quality indicator during the first steps of RNP purifications : a comparison of yeast lysis methods.</a> BMC Biochem. 5, 14(2004).</li>
<li>Lee, J. S., Kallehauge, T. B., Pedersen, L. E., Kildegaard, H. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Site-specific+integration+in+CHO+cells+mediated+by+CRISPR%2FCas9+and+homology-directed+DNA+repair+pathway%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Site-specific integration in CHO cells mediated by CRISPR/Cas9 and homology-directed DNA repair pathway.</a> Sci Rep. 5, 8572(2015).</li>
<li>Auer, T. O., Duroure, K., De Cian, A., Concordet, J. P., Del Bene, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+efficient+CRISPR%2FCas9-mediated+knock-in+in+zebrafish+by+homology-independent+DNA+repair%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Highly efficient CRISPR/Cas9-mediated knock-in in zebrafish by homology-independent DNA repair.</a> Genome Res. 24, 142-153 (2014).</li>
<li>Oda, Y., Huang, K., Cross, F. R., Cowburn, D., Chait, B. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Accurate+quantitation+of+protein+expression+and+site-specific+phosphorylation%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Accurate quantitation of protein expression and site-specific phosphorylation.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 96, 6591-6596 (1999).</li>
<li>de Godoy, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SILAC+yeast%3A+from+labeling+to+comprehensive+proteome+quantification%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">SILAC yeast: from labeling to comprehensive proteome quantification.</a> Methods Mol Biol. 1156, 81-109 (2014).</li>
</ol>

저자는 경쟁하는 재정적 이해관계가 없음을 선언합니다.

다양한 방법 관련 단백질 11,34 (35)를 식별하는 특정의 mRNA의 분리를 사용한다. 이러한 방법은 RNA 단백질 상호 작용을 조사하기 위해 생체 외 및 생체 전략에 적용됩니다. 체외 방법은 외생 RBPs를 캡처 RNP 단지 (36, 37)을 분리하는 세포 용 해물과 RNA를 전사 품어. 이 유형의 효과적인 방법은 규제 RNA 모티프 (18)에 결합 신규 단백질의 식별 가능하게하는 최근에 발표되었다. 협회는 셀룰러 환경 외부에서 발생하기 때문에 이들 방법의 결점은 비특이적 RBPs의 결합이다. 자연 설정에서 RNA 단백질 협회 더보기를 제공하면서 단백질 가교 결합 된 생체 방법. 또한, 가교 분리 동안 높은 엄격하기 때문에 더 높은 특이성을 할 수 있습니다. 쌍 방식 (17)는 안티센스 형질을 이용RBPs 근방에 펩티드 부분을 지시하기 위해 표적 RNA에 서열....

RNA 결합 단백질 (RBPs)는 S.의 약 10 %를 차지 cerevisiae의 단백질 2 및 포유 동물 단백질의 약 3 ~ 15 %. 그들은 이러한 mRNA의 전사 후 처리 및 규제, 번역, 리보솜 생물 발생, tRNA의의 aminoacylation 및 수정, 크로 마틴 리모델링, 그리고 더 많은 세포 과정에 연루되어있다. RBPs의 중요한 하위 그룹은 mRNA에 결합 단백질 (mRNPs) 6,7입니다. mRNA의 성숙의 과정에서, 다른 RBPs은 성적 증명서를 결합하여 핵, 세포 현지화, 번역 및 열화 6-8에서 핵 처리, 수출을 중재. 따라서, 어느 시점에서 특정 성적 증명서에 바인딩 RBPs의 고유 한 세트의 처리 및 궁극적으로 운명을 결정합니다. 의 mRNA와 관련된 RBPs의 식별은 크게 자신의 전사 후 조절을 기본 프로세스에 대한 우리의 이해를 향상시킬 수 있습니다. 유전 다양한현미경, 생화학 및 생물 정보학 방법 (9-11 검토) mRNA의 조절에 관여하는 단백질을 식별하는 데 사용되어왔다. 그러나, 이들 방법의 일부는 특정 대상의 mRNA와 관련된 단백질의 식별을 가능하게한다. 참고로 효모 세포에서 발현 라이브러리를 화면에 미끼로 관심의 mRNA를 이용하는 효모 세 하이브리드 시스템 (Y3H)입니다. 양성 클론은 일반적으로 성장 선택 또는 리포터 식 12-14를 통해 관찰된다. 이 방법의 핵심 이점은, 셀룰러 환경과 RNA - 단백질 상호 작용의 강도를 측정 할 수있는 능력으로 스캔 할 수있는 단백질의 큰 수이다. 단점으로 인한 비특이적 결합에 위양성 결과의 상대적으로 큰 수 및 융합 단백질 먹이 또는 미끼 RNA의 미스 폴딩으로 인해 일부 위음성 결과에 대한 높은 가능성을 포함한다. 유전자 접근 방식에 대한 대안은 친 화성 purifi입니다관련 단백질과 RNA의 양이온. 폴리 A를 함유하는 mRNA를 올리고 DT 컬럼을 사용하여 분리 될 수 있고, 그와 관련된 단백질을 질량 분석에 의해 검출된다. RNA의 단백질 상호 작용은 단거리 공유 결합을하게 가교하여 그 세포 문맥에 보존된다. 올리고 DT 컬럼의 사용은 mRNA의 3,5,15를 A-포함 된 폴리와 관련된 전체 프로테옴의 글로벌 뷰를 얻을 수 있습니다. 그러나 이것은 특정의 mRNA와 관련된 단백질의 목록을 제공하지 않는다. 아주 몇몇 방법은 식별을 수행 할 수 있습니다. 한 쌍의 방법은 표적 mRNA의 16, 17에 상보성 핵산의 트랜 스펙 션을 수반한다. 핵산은 또한 상호 작용 부위에 가까운 부근에 가교 RBPs 허용하는 펩티드에 부착된다. 가교 후, RBP-펩티드 핵산을 분리 할 수 ​​있고, 단백질 체학 분석을 실시한. 최근에, 앱타 머가 기반 방법이었다성공적으로 포유류 세포 선 (18)로부터 추출에 적용. 스트렙 타비 딘에 향상된 친 화성을 갖는 RNA 앱 타머 개발하고 (이 경우, AU 부유 요소 (ARE)) 관심의 서열에 융합되었다. 앱타 머는 ARE-RNA는 스트렙 타비 딘 비드에 부착 된 세포 용 해물과 혼합 하였다. ARE 시퀀스와 연관된 단백질을 정제하고, 질량 분석 (MS)에 의해 확인되었다. 이 방법은 셀룰러 설정 (즉, 생체 외) 외부에서 발생하는 연결을 검출되지만, 상기의 mRNA와 관련된 단백질의 분리를 게놈에 앱 타머를 도입함으로써 가능하도록 미래에 수정 될 가능성이있는 반면 셀룰러 환경 (즉, 생체 내). 유전자 조작이 잘 확립되어 효모에서, (교수 제프 Gerst의 실험실에서 개발) 빠른 방법은 생체 협회 (19)의 전망을 제공합니다. 급속한은 (특정과 MS2 코트 단백질의 결합 강한 MS2-을 결합등) 스트렙 타비 딘 - 결합 도메인 (SBP의 MS2의 RNA 서열 CP)는 공액 비드를 스트렙 타비 딘. 이 스트렙 타비 딘 비즈를 통해 MS2 - 태그의 mRNA를 효율적으로 정화 할 수 있습니다. 또한, MS2 루프 12 카피의 발현은 RNA에 동시에 결합 및 분리의 효율을 높이기 위해 여섯 MS2-CP를 최대 허용한다. 이 프로토콜에 따라서 용출 샘플을 질량 분석기에 의해 단백질 체학 분석을 실시한되면 신규 mRNA에 관련된 단백질의 식별 가능하도록 제안 하였다. 우리는 최근에 효모 PMP1의 mRNA (20)와 관련된 새로운 단백질을 식별하기 위해 빠른을 이용했다. PMP1 mRNA의 이전 ER 막과 연관 될 및 3 &#39;번역되지 않은 지역 (UTR)이이 협회 21의 주요 결정 요인 인 것으로 밝혀졌다 줬습니다. 따라서 PMP1 3 &#39;UTR 바인딩 RBPs은 자국어에 중요한 역할을하는 것으로 보인다. 빠른 액체 크로마토 그래프 다음Y 질량 분석 / 질량 분석기 (LC-MS / MS)은 PMP1 (20)와 상호 작용하는 많은 새로운 단백질의 동정 결과. 여기서, 우리는 빠른 방법에 대한 자세한 프로토콜을 제공해야 할 중요한 컨트롤을 수행하고, 수율 및 특이성을 향상시킬 수있다 기술적 인 조언한다.

<table><tbody><tr><td>트리스</td><td>시그마</td><td>T1503</td><td></td></tr><tr><td>SDS</td><td>바이오 랩</td><td>1981232300</td><td></td></tr><tr><td>DTT</td><td>시그마</td><td>D9779</td><td></td></tr><tr><td>산성 페놀 (pH 4.3)</td><td>시그마</td><td>P4682</td><td></td></tr><tr><td>산성 페놀 : 클로로포름 (5 : 1, pH 4.3)</td><td>시그마</td><td>P1944</td><td></td></tr><tr><td>클로로포름</td><td>바이오 랩</td><td>3080521</td><td></td></tr><tr><td>포름 알데히드</td><td>프루타롬</td><td>5551820</td><td></td></tr><tr><td>글리신</td><td>시그마</td><td>G7126</td><td></td></tr><tr><td>NP-40</td><td>칼비오켐</td><td>492016</td><td></td></tr><tr><td>헤파린</td><td>시그마</td><td>H3393</td><td></td></tr><tr><td>페닐메틸설포닐 플루라이드 (PMSF)</td><td>시그마</td><td>P7626</td><td></td></tr><tr><td>류펩틴</td><td>시그마</td><td>L2884</td><td></td></tr><tr><td>아프로티닌</td><td>시그마</td><td>A1153</td><td></td></tr><tr><td>대두 트립신 억제제</td><td>Sigma</td><td>T9003</td><td></td></tr><tr><td>Pepstatin</td><td>Sigma</td><td>P5318</td><td></td></tr><tr><td>DNase I</td><td>Promega</td><td>M610A</td><td></td></tr><tr><td>Ribonuclease&nbsp; 억제제</td><td>Takara</td><td>2313A</td><td></td></tr><tr><td>유리 구슬</td><td>Sartorius</td><td>BBI-8541701</td><td>0.4-0.6mm 직경&nbsp;</td></tr><tr><td>Mini BeadBeater</td><td>BioSpec</td><td>Mini BeadBeater 16</td><td></td></tr><tr><td>Guanidinium</td><td>Sigma</td><td>G4505</td><td></td></tr><tr><td>Avidin</td><td>Sigma</td><td>A9275</td><td></td></tr><tr><td>Streptavidin Beads</td><td>GE Healthcare&nbsp;</td><td>17-5113-01</td><td></td></tr><tr><td>소 혈청 알부민 (BSA)</td> <td>시그마</td><td>A7906</td><td></td></tr><tr><td>효모 tRNA</td><td>시그마</td><td>R8508</td><td></td></tr><tr><td>비오틴</td><td>시그마</td><td>B4501</td><td></td></tr><tr><td>효모 추출물</td><td>Bacto</td><td>288620</td><td></td></tr><tr><td>펩톤</td><td>Bacto</td><td>211677</td><td></td></tr><tr><td>포도당</td><td>시그마</td><td>G8270</td><td></td></tr><tr><td>1x 인산염 완충 식염수 (PBS)</td><td></td><td></td><td></td></tr> <tr><td>0.2 m NaOH</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>4x Laemmli 샘플 버퍼 (LSB)</td><td></td><td></td> <td>0.2 m Tris-Hcl pH 6.8, 8 % SDS, 0.4 m DTT, 40 % 글리세롤, 0.04 % 브로 모페놀 블루.</td></tr><tr><td>핫 페놀 용해 버퍼</td><td></td><td></td><td>10 mM Tris pH 7.5, 10 mM EDTA, 0.5% SDS&nbsp;</td></tr><tr><td>3 M 아세테이트 나트륨 pH 5.2</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>100% 및 70% 에탄올 (EtOH)</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>RNase-free 물</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>RaPID 용해 버퍼</td><td></td><td></td><td>20 mM 트리스 pH 7.5, 150 mM NaCl, 1.8 mM MgCl2, 0.5% NP-40, 5 mg/ml 헤파린, 1 mM 디티오트레이톨 (DTT), 1 mM 페닐메틸설포닐 플루라이드 (PMSF), 10 &마이크로; g/ml 류펩틴, 10 &마이크로; g/ml 아프로티닌, 10 & 마이크로; g/ml 대두 트립신 억제제, 10 &micro; g/ml 펩스타틴, 20 U/ml DNase I, 100 U/ml 리보뉴클레아제&nbsp; 억제제.</td></tr><tr><td>2x 가교 반전 버퍼</td><td></td><td></td><td>100mM Tris pH 7.4, 10mM EDTA, 20mM DTT, 2% SDS.</td></tr><tr><td>RaPID 세척 버퍼</td><td></td><td></td><td>20 mM Tris-HCl pH 7.5,&nbsp; 300 mM NaCl, 0.5% NP-40</td></tr><tr><td>0.5 M EDTA pH 8</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Silver Stain Plus Kit</td><td>Bio-Rad&nbsp;</td><td>161-0449</td><td>폴리아크릴아미드 겔 SD 선택적 매체에서 단백질을 검출하기 위해</td></tr><tr><td>&nbsp;</td><td></td><td></td><td>아미노산 및 황산암모늄이 없는 1.7g/l 효모 질소 베이스, 5g/l 황산암모늄, 2% 포도당, 350mg/l 트레오닌, 40mg/l 메티오닌, 40mg/l 아데닌, 50mg/l 라이신, 50mg/l 트립토판, 20mg/l 히스티딘, 80mg/l 류신, 30mg/l 티로신, 40mg/l 아르기닌</td></tr><tr><td>Anti-eEF3(EF3A, YEF3)</td><td>Kinzy TG의 선물. (UMDNJ 로버트 우드 존슨 의과대학)</td><td>1:5,000</td><td></td></tr><tr><td>Anti GFP 항체</td><td>Santa Cruz</td><td>sc-8334</td><td>1:3,000</td></tr><tr><td>안티 토끼 IgG-HRP 접합</td><td>SIGMA</td><td>A9169</td><td>1:10,000</td></tr></tbody></table>

빠른 방법론에 의해 소설 rna 결합 단백질 분리

Novel RNA-Binding Proteins Isolation by the RaPID Methodology

RNA 결합 단백질(RBP)은 RNA 대사 및 조절의 모든 측면에서 중요한 역할을 합니다. 이들의 정체는 현대 생물학에서 중요한 과제입니다. 소수의 in vitro 및 in vivo 방법만이 특정 표적 mRNA와 관련된 RBP를 식별할 수 있습니다. 그러나 주요 한계는 비세포 환경(in vitro)에서 RBP를 식별하거나 관심 RNA의 낮은 효율 분리(in vivo)입니다. RNA 결합 단백질 정제 및 식별(RaPID) 방법론은 효모에서 이러한 한계를 극복하고 in vivo와 관련된 단백질을 효율적으로 분리할 수 있도록 설계되었습니다. 이를 달성하기 위해 관심 RNA에 MS2 루프를 태그하고 MS2 결합 단백질 및 스트렙타비딘 결합 단백질(SBP)의 융합 단백질과 함께 발현합니다. 그런 다음 세포를 가교 결합 및 용해하고 스트렙타비딘 비드를 통해 복합체를 분리합니다. 태그된 RNA와 공동 정제하는 단백질은 질량 분석법으로 측정할 수 있습니다. 우리는 최근에 이 프로토콜을 사용하여 ER 관련 PMP1 mRNA와 관련된 새로운 단백질을 식별했습니다. 여기에서는 RaPID의 자세한 프로토콜을 제공하고 몇 가지 제한 사항과 장점에 대해 설명합니다.

급속한은 관련 단백질과 특정 대상 RNA의 분리 할 수 ​​있습니다. 성공에 중요하여 단백질의 충분한 양을 얻을 최대한 그대로 RNA를 유지한다. RNA의 분리 효율과 품질을 확인하려면, 북부 분석 (그림 1A)를 수행한다. 노던 분석을 직접 신속의 효율성과 품질을보고하는 이점을 갖는다. 따라서, 전체 길이 및 분해 생성물의 상대적인 양 번의 실행에서 결정될 수있다. 리보솜의 RNA (rRNAs)는 에티 디움 브로마이드 염색으로 용이하게 검출되고, 용출 샘플 rRNAs 부족 정제의 엄격함을 나타낸다. 정제의 엄격도 및 특이성을 더욱 용출 시료에서 태그되지 않은 mRNA는 신호의 부재 (ACT1 하단 패널)에 의해 입증된다. ACT1의 크기에 있지 않은 FPR1 차선에서 명백한 신호는 사전에서 남은이고MS2L 프로브 vious 하이브리드. 북쪽 분석은 또한 입력 RNA 핫 페놀 프로토콜에 의해 정제하여 RNA에 비해 다소 저하되는 것을 알 ...

RNA-단백질 상호 작용은 많은 세포 과정의 핵심에 있습니다. 여기에서는 특정 RNA를 분리하고 이와 관련된 새로운 단백질을 식별하는 in vivo 방법에 대해 설명합니다. 이것은 RNA가 세포에서 어떻게 조절되는지에 대한 새로운 빛을 비출 수 있습니다.

빠른 방법론에 의해 소설 RNA 결합 단백질 분리

RNA-binding proteins (RBPs) play important roles in every aspect of RNA metabolism and regulation. Their identification is a major challenge in modern ...

본 절차의 전반적인 목표는 특정 RNA와 생체 내(in vivo)에서 해당 RNA와 결합한 단백질을 효율적으로 분리하는 것입니다. 이 방법은 특정 전사체에 결합된 뚜렷한 RNA 결합 단백질(RBP) 세트가 무엇인지와 같은 RNA 대사 및 조절의 핵심 질문에 답하는 데 도움이 될 수 있습니다. 이 기술의 주요 장점은 분리 효율이 높다는 것이며, 이를 통해 새로운 mRNA 결합 단백질의 후속 식별이 가능합니다.이 신속한 방법론은 MS2 태그가 붙은 MRNA와 MS2 결합 단백질 및 streptavadin 결합 단백질의 융합 단백질을 공동 발현하는 효모 균주를 이용합니다. 합성 덱스트로스 또는 SD 선택 배지에서 30 °C로 효모 세포 500 milliliters를 OD600 0.8에서 1.0까지 배양합니다. 세포 준비가 완료되면, 실온에서 3000 ×g로 4분 동안 원심 분리하고 상층액을 제거합니다.PBS로 세포를 세척하고 다시 원심분리합니다. 상층액을 제거하고 methionine이 없는 SD 배지와 동일한 부피로 세포를 재현탁합니다. 융합 단백질의 발현을 유도하기 위해 30 °C에서 45분에서 60분 동안 배양합니다.45분에서 60분 후, RNA 추출을 위해 세포 10 milliliters를 따로 떼어 두고, 나머지 세포는 신속 정제(rapid purification)에 사용합니다. 이 과정을 시작하려면, RNA-단백질 복합체를 가교하기 위해 37% formaldehyde 1.35 milliliters를 세포에 첨가하여 최종 농도를 0.1%로 맞춥니다. 30 °C에서 10분 동안 계속 배양합니다.가교 결합을 중단하려면 2.5 M glycine 26.5 mL를 첨가하여 최종 농도를 0.125 M로 맞춘 후, 30 °C에서 3분 동안 배양하십시오. 이후부터는 모든 시료를 얼음 위에 두고 신속하게 작업하여 RNA 분해를 최소화하십시오. 세포를 4 °C에서 3000 ×g로 4분 동안 원심 분리하십시오.상층액을 버리고 차가운 PBS 45 milliliters를 추가한 후 다시 원심분리합니다. 상층액을 제거하고 고농도의 Rnase inhibitor가 포함된 rapid lysis buffer 5 milliliters에 세포를 재부유시킵니다. 세포 현탁액을 스크루 캡 마이크로 원심분리 튜브에 500 microliters씩 분주하고, 각 분주액에 냉각된 유리 구슬 약 400 milligrams를 추가합니다.비드 비터(bead-b

novel-rna-binding-proteins-isolation-by-the-rapid-methodology

Research

연구

JoVE Journal

Genetics

유전학

사전 mRNA의 과도 특성으로 인해, 그것은 분리하고 공부하기에 어려울 수...

인간 사전 mRNA에 매핑 Ribonucleoproteins에 대한 신속한 하이 스루풋 방법 (RNPs)

RNA의 성적표는 횡단 행동 RNA 결합 단백질 (RBPs)의 다수에 의해 중재됩니다 광범위한 posttranscriptional 규정이 적용됩니다. 여기 우리는 정확하고 transcriptome 전체 규모 RBPs의 RNA 결합 사이트를 식별할 수있는 generalizable 방법을 제시.

PAR - 클립 - RNA 단백질의 바인딩 Transcriptome 전체 바인딩 사이트를 식별하는 방법

RIP 칩을 통해 RNA 관련 단지를 분리하고 식별 단계 프로토콜로 단계.

RIP 칩을 사용하여 세포 추출물에서 mRNAs, microRNAs 및 Ribonucleoprotein 단지의 단백질 구성 요소의 분리 및 확인에 방법

이 비디오는 mRNA에서 아데닐레이트-우리딜레이트-풍부 요소(ARE) 염기서열과 상호 작용하는 RNA 결합 단백질(RBP)을 식별하기 위한 체외 RNA 풀다운 분석을 보여줍니다. 세포 용해물의 표적 RBP는 RNA 프로브와 혼합되어 RNA 단백질 복합체를 형성합니다. 이 복합체는 RNA 프로브의 desthiobiotin 라벨과 streptavidin-labeled magnetic bead의 친화성을 활용하여 친화성 정제를 통해 분리됩니다.

친화성 추출을 통해 RNA 결합 단백질을 분리하기 위한 RNA-단백질 풀다운 분석

이 비디오에서는 관심 대상 단백질에 대한 특정 RNA 결합 서열을 식별하기 위해 지수 농축(SELEX) 방법에 의한 리간드의 체계적인 진화를 설명합니다. 단백질은 무작위 RNA 염기서열의 대규모 풀과 함께 배양되며, 단백질 결합 RNA 염기서열은 단백질 결합 부위를 식별하기 위해 분리, PCR 증폭 및 염기서열 분석됩니다.

RNA-단백질 상호작용을 식별하기 위한 SELEX 기반 체외 결합 분석

이 원고는 특정 올리고뉴클레오티드 유도 농축을 통해 진핵 세포에서 형성된 동족 RNP를 선별하는 방법을 설명합니다. DHX9/RNA 헬리카제 A로 구성된 레트로바이러스 5' 미번역 영역에 결합된 동족 RNP를 분리하여 이 접근법의 적용 가능성을 입증합니다.

올리고 뉴클레오티드 지시 용출을 사용하여 세포에서 동족 RNA 단백질 단지의 분리

우리는 RNA 의무적인 단백질을 확인 하 고 중재 하는 UV photocrosslinking 및 질량 분석을 사용 하 여 라이브 셀에서 그들의 RNA 바인딩 영역 지도를 프로토콜을 설명 합니다.

질량 분석 기반 식별 RNA 바인딩 영역에 대 한 샘플 준비

Endogenously 구성 된 mRNA 단백질 복합물의 복구에 대 한 협동 RNA 격리 절차 (여행) 설명 되어 있습니다. 특히, RNA-단백질 복합물 가교 된에서 vivo에서, polyadenylated RNAs는 격리 oligo(dT) 구슬, 추출 물 이며 특정 한 mRNAs와 수정 된 RNA 센스 oligonucleotides 캡처됩니다. 단백질 mRNAs에 바인딩된 immunoblot 분석에 의해 검색 됩니다.

진 핵 세포 mRNA 단백질 복합물을 복구 하는 Oligonucleotide 기반 협동 RNA 격리 절차

이 방법에서, 우리는 세균 세포에서 단순, 살아있는, 리포터 분석법을 사용하여 동축 및 비동종 결합 부위에 RNA 결합 단백질(RBPs)의 결합 친화도를 정량화한다. 분석은 기자 유전자의 억압에 근거를 둔다.

박테리아에서 단백질 RNA 결합을 정량화하기위한 분석

여기에서 우리는 인간 세포의 총 단백질 추출물, 비오티닐화 RNA로 코팅된 스트렙타비딘 비드 및 질량 분석 분석을 사용하여 특정 RNA 서열의 단백질 상호작용자를 발견, 정량화 및 검증하기 위한 최적화된 시험관 내 방법을 제시합니다.

짧은 비오티닐화 RNA를 사용한 RNA 결합 단백질의 최적화된 정량적 풀다운 분석

배우세요 효율적인 RNA-단백질 복합체 분리 방법을 통해 RNA 대사와 조절 메커니즘을 연구하세요. 이 기술은 효모 세포에서 특정 mRNA와 결합하는 단백질을 신속하게 식별하는 데 활용됩니다.

빠른 방법론에 의해 소설 RNA 결합 단백질 분리

더 많은 동영상 탐색