Name: 스핀 채도 전송 차이 NMR (SSTD NMR) : 새로운 도구 화학 Exchange 프로세스의 키네틱 매개 변수를 구하는 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-11-12T13:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 44 s
Description: 학습하세요 SSTD NMR 방법을 사용하여 유기 및 유기금속 분자의 화학적 교환 동역학 매개변수를 측정하는 기법을. 이 프로토콜은 전통적 방법으로 측정하기 어려운 분자 역학 연구에 필수적인 도구를 제공합니다.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

이스트 앵글리아 대학교, EPSRC(EP/L012855/1) 및 EU(H2020-MSCA-IF-2014-EF-ST-658172)의 자금 지원(MTQ)은 감사하게 인정됩니다(MTQ).

주의 : 사용하기 전에 모든 관련 물질 안전 보건 자료 (MSDS)를 참조하십시오. 1. NMR 샘플 준비 <ol><li> N, N의 -dimethylacetamide 5 mg의 무게, 낮은 온도에 적합한 NMR 튜브에 추가하고 톨루엔 - d를 8 0.6 mL에 녹인다. </li></ol> 2. NMR 실험 설정 (25) <ol><li> NOE 스펙트럼 획득 <ol><li> 한 차원 NOE (핵 오버 하우저 (Overhauser) 효과) 실험을 수행합니다. (26) 참고 : NOE 효과가 어떤 온도에서 발생할 수 있습니다. SSTD NMR 실험에서 조사되는 신호를 조사 한 차원 NOE 스펙트럼, 여기에 사용 된 샘플의 회전 자화 전송이 최소화되었는지 확인하기 위해 -40 ° C에서 기록되었다 따라서 NOE, 존재하지 않는 경우, 우세 것이며,이 실험에서 측정 될 수있다. 이상적으로,이 교환 핵 사이의 NOE 효과 shoulSSTD 방법으로 간섭을 피할 수 없을 거라고. </li></ol></li><li> SSTD NMR 실험 설정 <ol><li> 공기 흐름을 켭니다 소프트웨어의 명령 행에서 첫 번째 타이핑 EJ에 의해 자석의 샘플을 삽입합니다. 그리고, 자석의 상단에 시료를 넣고 IJ 입력. 샘플이 자석 안에 때까지 기다립니다. </li><li> 샘플 명령 줄에서 자석 형 edte가되면. 실험 (이 경우 295.5 K)을 수행하는 제 선택된 온도로 온도를 변경한다. 샘플을 최소 20 분 동안 선택된 온도에서 안정되도록. </li><li> 샘플에 1D 1 H-NMR 실험을 수행합니다. <ol><li> 1 H-NMR 실험의 새 데이터 집합을 만듭니다. 및 FILE / NEW에이 클릭에 대한 새로운 실험의 이름을 지정합니다. </li><li> 잠금, ATMA, topshim, getprosol와 RGA : 순차적으로 마무리 이전 명령을 기다리고 입력합니다. </li><li> 입력하고 &lt;EM&gt; ZG 양성자 실험을 획득. 이 푸리에 형 EFP 및 APK 완료되면 그것을 변환과 위상을 조정합니다. </li></ol></li><li> 예를 들어, 1 H NMR 실험의 새로운 세트를 생성한다. 및 FILE / NEW에이 클릭에 대한 새로운 실험의 이름을 지정합니다. </li><li> 이 새로운 데이터 세트에서, 명령 줄에 rpar 입력합니다. 예를 STDDIFFESGP를 들어, 목록에서 &quot;STDDIFF&quot;파라미터 세트 중 하나를 선택하고 확인을 클릭합니다 (그림 1) &quot;모두 읽기&quot;다음 &quot;읽기&quot;와. 또한, 모든 rpar STDDIFFESGP을 입력하여이 작업을 수행. 주 :이 실험은 펄스 시퀀스로 수행 될 수있다. 그러나, 우리의 실험에 사용되는 펄스 프로그램 STDDIFF이었다. </li><li> STDDIFF 펄스 시퀀스를 선택하려면 PULPROG 라인에 세 개의 점 (그림 2와 3)로 버튼을 클릭합니다. </li><li> SSTD NMR 실험을 수행하기 전에, 1 H 90 ° 하드 PULS 보정전자 (P1). 이를 위해, 샘플이 원하는 온도 (단계 2.2.2)에서 자석 것을 보장한다. 가장 짧은 펄스 (도 4)을 제공하는 하나 커맨드 라인에 입력하고 pulsecal 즉 높은 전력 (여기서는 PL1 = -1 dB)에서 90 ° 펄스의 값을 복사한다. </li><li> 실험에 보정 하드 펄스 값을 소개한다. 유형 getprosol 1H (단계 2.2.7에서 얻은 P1에 대한 값) (PL1에 대한 값) (그림 5). </li><li> 성형 펄스의 길이를 설정합니다. 유형 P13 50,000 마이크로 초 (그림 6)의 값을 소개합니다. </li><li> 선택 펄스 모양을 설정합니다. 이렇게하려면 전원으로 이동하여 (그림 7) 모양 옆에있는 &quot;편집 ...&quot;버튼을 클릭합니다. 성형 펄스 (13)로 이동하여 선택합니다 GAUS 1.1000 (그림 8). </li><li> 선택 펄스 전원 (SP13)를 설정합니다. 적절한 무엇인가, 즉로 설정 </em&gt; 40-60 dB에서이 시스템 (도 8) (약 120 Hz의 전계 강도에 대응). 과도한 필드 강도는 수용 할 수없는 포화 효과로 이어질 수 있습니다. 27 ~ 29을 참고 : 50dB 우리의 경우에 최적이었다. 이 감쇠 척도이므로, 값이 작을수록, 더 높은 무선 주파수의 파워 것을 고려. 그것은 오랜 시간 (몇 초)에 적용되는 포화 가우스 폭포에 해당로서, SP13은 (필요한 경우, 높은 전력에서 긴 펄스가 probehead에 손상을 줄 수, 장비 사양을 참조) 40dB 이하로는 안된다. 우리의 경험 (이 일 -1 dB) 하드 한 H 90 ° 펄스의 감쇠 위 41-61dB에서 잘 작동합니다. 항상 비슷한 포화 수준에 이르는 가능한 가장 높은 감쇠를 선택하십시오. </li><li> NS를 입력하고 8로 설정하고 DS를 입력하고 4로 설정합니다. </li></ol></li></ol> 3. NMR 데이터 수집D 처리 (25) <ol><li> SSTD NMR 실험 취득 <ol><li> 조사되는 신호가 어디 있는지 확인하는 단계 2.2.3에서 수행 한 H NMR 실험을 엽니 다. 이를 위해 소프트웨어 브라우저에서 실험을 검색, 바로 데이터 세트에서 클릭하고 &quot;새 창에서 표시&quot;를 클릭합니다. </li><li> 조사 및 PPM에서 화학 변화를 적어 신호의 중심으로 커서 라인을 이동합니다. 실험에 사용되는 스펙트럼 폭을 선택합니다. 주 :이 경우, 방사되는 신호는 2.17 ppm으로하고, 사용 된 스펙트럼 폭은 1.46 ppm으로 하였다. 어떠한 화학 시프트 보정이 사용되지 않거나 조사 주파수가 잘못 설정 될 수 있도록. </li><li> 2.2 절에서 언급 한 설정과 이전에 만든 SSTD NMR 실험로 이동합니다. </li><li> 조사의 주파수를 가진 목록을 작성합니다. 이를 위해 명령 줄에 fq2list 입력하고 기존 목록을 선택합니다. </li><li> 목록을 편집3 첫번째 행 (도 9)에서의 다음 데이터를 포함하는 조사 주파수 : 1 행 P (다음 데이터는 ppm 단위임을 나타낸다); 3.1에서 측정되는 신호의 행이 주파수는 PPM에 조사한다.. 1; 행 3.40 PPM (까지 그 주파수에서의 방사 스펙트럼은 영향을받지 않게되는 화합물의 1 H 신호로부터 주파수). </li><li> 새 이름으로 목록을 저장하고 명령 줄에서 fq2list 입력하고 방금 만든 목록을 선택합니다. </li><li> 연구를 입력 o1p 및 실험 조사되는 신호의 화학적 이동의 중심으로 선택에 따라 신호에 대한 실험을 중심합니다. </li><li> 유형 (SW)는 상기 스펙트럼 폭을 선택한다 (이 경우는 1.46 ppm을 나타내고 있지만, 다른 스펙트럼 폭을 선택할 수있다). 참고 : 스펙트럼 폭을 변경 한 후 얻어진 획득 시간 (스펙트럼에서 더 많은 잡음을 소개하는) 너무 긴 경우는 캘리포니아N 원하는 자유 유도 붕괴 (FID) 해상도 (FIDRES,이 경우에는 0.25 Hz에서)를 제공 AQ 입력하여 조절 될 수있다. </li><li> 스캔 간 휴식을 지연 D1의 값을 선택합니다. 는 T 가장 느린 휴식 1 적어도 1-5 배 값이 있는지 확인 양성자. 참고 : 우리는 실험에서 가장 긴 포화 시간 (D20) 40 초에 설정합니다. 이러한 방식으로, 모든 실험은 동일한 총 &quot;스캔&quot;당 시간 (지연 시간 + + 포화 펄스 + 획득 시간)를 유지할 것이다. </li><li> D1을 입력하고 40 초로 설정합니다. </li><li> D20을 입력하고 40 초에 설정하여 포화 시간에 대한 첫 번째 값을 설정합니다. 자동으로 RGA를 입력하여 수신기 이득 (RG)를 결정합니다. </li><li> iexpno 입력하여 다음 실험을 만듭니다. D20을 입력하고이 실험에서 20 초의 포화 시간을 선택합니다. 자동 RG를 결정하는 RGA를 입력합니다. </li> &lt;리&gt; D20 = 10, 5, 2.5, 1.25, 0.625, 0.3 초 동안 마지막 단계를 반복합니다. </li><li> 모든 실험이 생성되면, 제을 열고 커맨드 라인 형 multizg와이 경우의 실험 번호 8 (즉, 8 multizg)을 지정. </li></ol></li><li> SSTD NMR 실험 처리 <ol><li> 세트의 EXPNO 1에서 PROCNO 1 (프로세스 번호) (실험 번호) (높은 포화 시간에 하나)를 엽니 다. </li><li> 커맨드 라인 형 LB에서 1.5의 값을 설정. 주 :이 값이 감소 될 수있는 높은 신호 - 대 - 잡음 비율을 가진 스펙트라와; 스펙트럼 해상도가 크게 영향을받지 않으면 반대로 그것은 잡음 실험이 증가 될 수있다. </li><li> PROCNO = 2 (그림 10)의 명령 줄 유형 EFP 및 프로세스 FID 번호 = 1 ( &quot;에 공명&quot;스펙트럼)에서. </li><li> 대화식 위상 보정 B를 클릭하여 실험의 위상을 정정utton는 2D 실험로 저장합니다. 저장하고 종료합니다 (그림 11). </li><li> 명령 줄을 입력 담당자 1 PROCNO 1로 이동합니다. </li><li> PROCNO = 3 (그림 12)의 명령 줄 유형 EFP 및 프로세스 FID 번호 = 2 ( &quot;오프 공명&quot;스펙트럼)에서. </li><li> 명령 줄 형식 .md에서 다음 대표 (2)는 모두 처리 스펙트럼과 다중 디스플레이 창에 표시하기 : 3 (포화 펄스열 40 ppm으로 적용하고있는 일이합니다 (중간 포화의 신호와 하나) ) (그림 13). </li><li> 차이 스펙트럼을 계산하고 PROCNO 4에 종료 다중 디스플레이 창을 저장하는 델타 기호 (그림 13)와 함께 버튼을 클릭합니다. </li><li> 왼쪽 (때문에 화학 물질 교환 과정 채도의 전송이 관찰됩니다있는 신호)의 신호에 대한 통합 범위를 선택합니다. 항상 PROCNO 3 PROCNO 4에서 같은 영역을 통합 할 수 있습니다. <br/&gt; 참고 : - 2.67 ppm으로이 실험에 사용 된 통합 범위는 2.55이었다. </li><li> 일단 통합 (그림 14) 실험의 각각에서 &quot;미적분학&quot;탭으로 이동하여 값 &quot;적분 [복근]&quot;복사합니다. </li><li> 40 초 (η SSTD = 스핀 채도 전송 차이 매개 변수)의 포화 시간 η의 SSTD의 값 즉 PROCNO 3의 통합에 의해 PROCNO 4의 정수를 나눈다. (21) </li><li> 다른 포화 시간이 실험의 나머지 부분에 대해이 절차를 반복합니다. </li></ol></li></ol> 4. 데이터 분석 (30) <ol><li> 데이터의 분석은 운동 매개 변수 가져 오기 <ol><li> 포화 대 시간 수득 η SSTD 값 플롯. 21 </li><li> 식에 얻어진 곡선을 조정 지수 피팅을 수행 <img alt="식 (1)" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq1.jpg" /> <img aLT = &quot;식 2&quot;SRC = &quot;/ 파일 / ftp_upload / 54499 / 54499eq2.jpg&quot;/&gt; <img alt="식 (3)" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq3.jpg" /> = <img alt="식 (4)" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq4.jpg" /> 매우 긴 시간에 포화 t는 시간을 = </li><li> η SSTD MAX 및 δ의 값을 계산하고, 속도 상수 값 (K) 및 다음 식에 따라 완화 시간 (T의 1A)를 계산하도록 사용 <img alt="식 (5)" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq5.jpg" /> T = 1A의 스핀 (A)의 종 완화 시간 상수 K = 상호 현장 교환 운동 속도 상수 <ol><li> 운동 속도 상수를하여 얻 <img alt="식 (6)" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq6.jpg" /></li></ol></li></ol></li><li> 아 이어링 플롯은 열역학 매개 변수를 얻을 수 <ol><li> 플롯 에선 1 / T 대 (K / T) (T = 절대 온도)에 kine를의 값을 사용하여<html> 상이한 온도에서 틱 레이트. </li><li> 이어링 방정식 된 데이터를 조정하는 선형 피팅을 수행 <img alt="식 (7)" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq7.jpg" /> <img alt="식 (8)" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq8.jpg" /> <img alt="식 (9)" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq9.jpg" /> <img alt="식 (10)" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq10.jpg" /> R = 기체 상수 K B는 볼츠만 상수 = T = 절대 온도 </li><li> 열역학 매개 변수 ΔH ≠와 ΔS를 ≠ 계산합니다. </li><li> E A (298) 및 ΔG의 값을 계산 ≠ (298)는 다음 식을 이용 : <img alt="식 (11)" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq11.jpg" /> <img alt="식 (12)" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq12.jpg" /> S / ftp_upload / 54499 / 54499eq13.jpg &quot;/&gt; <img alt="식 (14)" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq14.jpg" /> </li></ol></li></ol>

<ol><li>Bain, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+Exchange+in+NMR%5BTitle%5D)+AND+%22Prog.+Nuc.+Mag.+Res.+Spect%22%5BJournal%5D)">Chemical Exchange in NMR.</a> Prog. Nuc. Mag. Res. Spect. 43, 63-103 (2003).</li>
<li>Bain, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+Exchange%5BTitle%5D)+AND+%22Modern+Magnetic+Resonance%22%5BJournal%5D)">Chemical Exchange.</a> Modern Magnetic Resonance. , 421-427 (2006).</li>
<li>Bain, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chapter+2+-+Chemical+Exchange%5BTitle%5D)+AND+%22Ann.+Rep.+NMR+Spect%22%5BJournal%5D)">Chapter 2 - Chemical Exchange.</a> Ann. Rep. NMR Spect. 63, 23-48 (2008).</li>
<li>Reeves, L., Shaddick, R., Shaw, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nuclear+Magnetic+Resonance+Studies+of+Multi-site+Chemical+Exchange.+III.+Hindered+Rotation+in+Dimethylacetamide%2C+Dimethyl+Trifluoro-acetamide%2C+and+Dimethyl+Benzamide%5BTitle%5D)+AND+%22Can.+J.+Chem%22%5BJournal%5D)">Nuclear Magnetic Resonance Studies of Multi-site Chemical Exchange. III. Hindered Rotation in Dimethylacetamide, Dimethyl Trifluoro-acetamide, and Dimethyl Benzamide.</a> Can. J. Chem. 49, 3683-3691 (1971).</li>
<li>Drakenberg, T., Dahlqvist, K., Forsen, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Barrier+to+Internal+Rotation+in+Amides.+IV.+N%2CN-Dimethylamides.+Substituent+and+Solvent+Effects%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Phys.+Chem%22%5BJournal%5D)">Barrier to Internal Rotation in Amides. IV. N,N-Dimethylamides. Substituent and Solvent Effects.</a> J. Phys. Chem. 76, 2178-2183 (1972).</li>
<li>Fujiwara, F., Airoldi, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Carbon-13+NMR+Study+of+the+Barrier+to+Internal+Rotation+of+N%2CN-Dimethylacetamide+in+the+Adduct+with+Antimony%28III%29+Chloride%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Phys.+Chem%22%5BJournal%5D)">Carbon-13 NMR Study of the Barrier to Internal Rotation of N,N-Dimethylacetamide in the Adduct with Antimony(III) Chloride.</a> J. Phys. Chem. 88, 1640-1642 (1984).</li>
<li>Gutowsky, H. S., Holm, C. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rate+Processes+and+Nuclear+Magnetic+Resonance+Spectra.+II.+Hindered+Internal+Rotation+of+Amides%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Chem.+Phys%22%5BJournal%5D)">Rate Processes and Nuclear Magnetic Resonance Spectra. II. Hindered Internal Rotation of Amides.</a> J. Chem. Phys. 25, 1228-1234 (1956).</li>
<li>Forsen, S., Hoffman, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+New+Method+for+the+Study+of+Moderately+Rapid+Chemical+Exchange+Rates+Employing+Nuclear+Magnetic+Double+Resonance%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Chem.+Scand%22%5BJournal%5D)">A New Method for the Study of Moderately Rapid Chemical Exchange Rates Employing Nuclear Magnetic Double Resonance.</a> Acta Chem. Scand. 17, 1787-1788 (1963).</li>
<li>Forsen, S., Hoffman, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Study+of+Moderately+Rapid+Chemical+Exchange+Reactions+by+Means+of+Nuclear+Magnetic+Double+Resonance%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Chem.+Phys%22%5BJournal%5D)">Study of Moderately Rapid Chemical Exchange Reactions by Means of Nuclear Magnetic Double Resonance.</a> J. Chem. Phys. 39, 2892-2901 (1963).</li>
<li>Williams, T. J., Kershaw, A. D., Li, V., Wu, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+Inversion+Recovery+NMR+Kinetics+Experiment%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Chem.+Educ%22%5BJournal%5D)">An Inversion Recovery NMR Kinetics Experiment.</a> J. Chem. Educ. 88, 665-669 (2011).</li>
<li>Bain, A. D., Cramer, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Slow+Chemical+Exchange+in+an+Eight-Coordinated+Bicentered+Ruthenium+Complex+Studied+by+One-Dimensional+Methods.+Data+Fitting+and+Error+Analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Magn.+Res.%2C+Series+A%22%5BJournal%5D)">Slow Chemical Exchange in an Eight-Coordinated Bicentered Ruthenium Complex Studied by One-Dimensional Methods. Data Fitting and Error Analysis.</a> J. Magn. Res., Series A. 118, 21-27 (1996).</li>
<li>Sandstrom, J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSandstrom%2C+J+%22Dynamic+NMR+Spectroscopy%22">Dynamic NMR Spectroscopy</a>. , Academic. New York. ISBN: 0126186200 9780126186208 (1982).</li>
<li>Castanar, L., Nolis, P., Virgili, A., Parella, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measurement+of+T1%2FT2+Relaxation+Times+in+Overlapped+Regions+from+Homodecoupled+1H+Singlet+Signals%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Magn.+Reson%22%5BJournal%5D)">Measurement of T1/T2 Relaxation Times in Overlapped Regions from Homodecoupled 1H Singlet Signals.</a> J. Magn. Reson. 244, 30-35 (2014).</li>
<li>Muñoz, M. P., de la Torre, M. C., Sierra, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+Platinum-Catalysed+Dihydroalkoxylation+of+Allenes%5BTitle%5D)+AND+%22Adv.+Synth.+Catal%22%5BJournal%5D)">New Platinum-Catalysed Dihydroalkoxylation of Allenes.</a> Adv. Synth. Catal. 352, 2189-2194 (2010).</li>
<li>Muñoz, M. P., de la Torre, M. C., Sierra, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Platinum-Catalysed+Bisindolylation+of+Allenes%3A+A+Complementary+Alternative+to+Gold+Catalysis%5BTitle%5D)+AND+%22Chem.+Eur.+J%22%5BJournal%5D)">Platinum-Catalysed Bisindolylation of Allenes: A Complementary Alternative to Gold Catalysis.</a> Chem. Eur. J. 18, 4499-4504 (2012).</li>
<li>Hurtado-Rodrigo, C., Hoehne, S., Muñoz, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+New+Gold-Catalysed+Azidation+of+Allenes%5BTitle%5D)+AND+%22Chem.+Comm%22%5BJournal%5D)">A New Gold-Catalysed Azidation of Allenes.</a> Chem. Comm. 50, 1494-1496 (2014).</li>
<li>Vrieze, K., Volger, H. C., Gronert, M., Praat, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intramolecular+Rearrangements+in+Platinum--Tetramethylallene+Compounds+as+Influenced+by+Ligands+Trans+to+the+Allene+Group%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Organometal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Intramolecular Rearrangements in Platinum--Tetramethylallene Compounds as Influenced by Ligands Trans to the Allene Group.</a> J. Organometal. Chem. 16, 19-22 (1969).</li>
<li>Vrieze, K., Volger, H. C., Praat, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complexes+of+Allenes+with+Platinum+%28II%29+and+Rhodium+%28I%29%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Organometal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Complexes of Allenes with Platinum (II) and Rhodium (I).</a> J. Organometal. Chem. 21, 467-475 (1970).</li>
<li>Brown, T. J., Sugie, A., Leed, M. G. D., Widenhoefer, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structures+and+Dynamic+Solution+Behavior+of+Cationic%2C+Two-Coordinate+Gold%28I%29-%CF%80-Allene+Complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Chem.+Eur.+J%22%5BJournal%5D)">Structures and Dynamic Solution Behavior of Cationic, Two-Coordinate Gold(I)-π-Allene Complexes.</a> Chem. Eur. J. 18, 6959-6971 (2012).</li>
<li>Yang, W., Hashmi, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanistic+Insights+into+the+Gold+Chemistry+of+Allenes%5BTitle%5D)+AND+%22Chem.+Soc.+Rev%22%5BJournal%5D)">Mechanistic Insights into the Gold Chemistry of Allenes.</a> Chem. Soc. Rev. 43, 2941-2955 (2014).</li>
<li>Quiros, M. T., Angulo, J., Munoz, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Kinetics+of+Intramolecular+Chemical+Exchange+by+Initial+Growth+Rates+of+Spin+Saturation+Transfer+Difference+Experiments+%28SSTD+NMR%29%5BTitle%5D)+AND+%22Chem.+Commun%22%5BJournal%5D)">Kinetics of Intramolecular Chemical Exchange by Initial Growth Rates of Spin Saturation Transfer Difference Experiments (SSTD NMR).</a> Chem. Commun. 51, 10222-10225 (2015).</li>
<li>Mayer, M., Meyer, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+Ligand+Binding+by+Saturation+Transfer+Difference+NMR+Spectroscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Ang.+Chem.+Int.+Ed%22%5BJournal%5D)">Characterization of Ligand Binding by Saturation Transfer Difference NMR Spectroscopy.</a> Ang. Chem. Int. Ed. 38, 1784-1788 (1999).</li>
<li>Angulo, J., Nieto, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((STD-NMR%3A+Application+to+Transient+Interactions+Between+Biomolecules+-+A+Quantitative+Approach%5BTitle%5D)+AND+%22Eur.+Biophys.+J%22%5BJournal%5D)">STD-NMR: Application to Transient Interactions Between Biomolecules - A Quantitative Approach.</a> Eur. Biophys. J. 40, 1357-1369 (2011).</li>
<li>Kemper, S., Patel, M. K., Errey, J. C., Davis, B. G., Jones, J. A., Claridge, T. D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Group+Epitope+Mapping+Considering+Relaxation+of+the+Ligand+%28GEM-CRL%29%3A+Including+Longitudinal+Relaxation+Rates+in+the+Analysis+of+Saturation+Transfer+Difference+%28STD%29+Experiments%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Magn.+Reson%22%5BJournal%5D)">Group Epitope Mapping Considering Relaxation of the Ligand (GEM-CRL): Including Longitudinal Relaxation Rates in the Analysis of Saturation Transfer Difference (STD) Experiments.</a> J. Magn. Reson. 203, 1-10 (2010).</li>
<li>TopSpin program. , Bruker Corp. Available from: 
 <a target="_blank" href="http://www.bruker.com/products/mr/nmr/nmr-software/software/topspin/">http://www.bruker.com/products/mr/nmr/nmr-software/software/topspin/</a> (2015).</li>
<li>Berger, S., Braun, S. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBerger%2C+S+%22200+and+More+NMR+Experiments%3A+A+Practical+Course%22">200 and More NMR Experiments: A Practical Course</a>. , Wiley. ISBN. ISBN: 978-3-527-31067-8 (2004).</li>
<li>Cutting, B., Shelke, S. V., Dragic, Z., Wagner, B., Gathje, H., Kelm, S., Ernst, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sensitivity+Enhancement+in+Saturation+Transfer+Difference+%28STD%29+Experiments+Through+Optimized+Excitation+Schemes%5BTitle%5D)+AND+%22Magn+Reson+Chem%22%5BJournal%5D)">Sensitivity Enhancement in Saturation Transfer Difference (STD) Experiments Through Optimized Excitation Schemes.</a> Magn Reson Chem. 45, 720-724 (2007).</li>
<li>Ley, N. B., Rowe, M. L., Williamson, R. A., Howard, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimising+Selective+Excitation+Pulses+To+Maximize+Saturation+Transfer+Difference+NMR+Spectroscopy%5BTitle%5D)+AND+%22RSC+Adv%22%5BJournal%5D)">Optimising Selective Excitation Pulses To Maximize Saturation Transfer Difference NMR Spectroscopy.</a> RSC Adv. 4, 7347-7351 (2014).</li>
<li>Antanasijevic, A., Ramirez, B., Caffrey, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+the+Sensitivities+of+WaterLOGSY+and+Saturation+Transfer+Difference+NMR+Experiments%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biomol.+NMR%22%5BJournal%5D)">Comparison of the Sensitivities of WaterLOGSY and Saturation Transfer Difference NMR Experiments.</a> J. Biomol. NMR. 60 (1), 37-44 (2014).</li>
<li>Origin 6.0 software. , OriginLab Corp. Available from: 
 <a target="_blank" href="http://originlab.com">http://originlab.com</a> (2016).</li>
<li>Jarek, R. L., Flesher, R. J., Shin, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Kinetics+of+Internal+Rotation+of+N%2CN-Dimethylacetamide%3A+A+Spin-Saturation+Transfer+Experiment%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Chem.+Ed%22%5BJournal%5D)">Kinetics of Internal Rotation of N,N-Dimethylacetamide: A Spin-Saturation Transfer Experiment.</a> J. Chem. Ed. 74, 978-982 (1997).</li>
<li>Forsen, S., Hoffman, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exchange+Rates+by+Nuclear+Magnetic+Multiple+Resonance.+III.+Exchange+Reactions+in+Systems+with+Several+Nonequivalent+Sites%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Chem.+Phys%22%5BJournal%5D)">Exchange Rates by Nuclear Magnetic Multiple Resonance. III. Exchange Reactions in Systems with Several Nonequivalent Sites.</a> J. Chem. Phys. 40, 1189-1196 (1964).</li>
</ol>

저자는 경쟁하는 금전적 이해관계가 없음을 선언합니다.

이 방법론의 보다 분명한 장점 중 하나는 주어진 온도에 대한 속도 상수와 이완 시간을 강력한 펄스 시퀀스(단백질-리간드 상호작용을 연구하기 위한 STD 실험에 사용되는 것과 동일하며, 일반적으로 분광계 제조업체에서 사용 가능한 실험 세트 내에서 찾을 수 있음)를 사용하여 단일 실험 세트로 얻을 수 있다는 것입니다. 이는 T1 을 측정하거나 정상 상태 포화에 도달할 필요가 없기 때문에 실험 설정을 단순화합니다. 게다가, 이 방법은 유착 방법처럼 자석 강도에 의존하지 않는다는 것이 주목할 만합니다. 반면에 주요 한계는 이 기술을 NMR 기계의 온도 범위 또는 사용된 용매에 따라 너무 빠르거나 너무 느린 화학 교환 공정에 적용할 수 없다는 것입니다.
동역학 매개변수 계산을 위한 이 새로운 기술은 매우 다양한 기질에 적용될 수 있으며 그 적용 가능성은 이미 몇 가지 흥미로운 분자로 입증되었습니다. 21 관심 메틸 그룹 중 하나의 신호가 분자의 다른 신호와 겹치는 까다로운 기질인 4-N,N-디메틸아미도[2.2]파라시클로판의 동역학 매개변수는 SSTD NMR을 사용하여 성공적으로 계산되었습니다. 흥미롭게도 이 방법론은 연구 신호 중 하나가 분리되어 있는 한 적용될 수 있습니다. SSTD NMR은 또한 유착 온도가 너무 높아 분자가 도달하기 전에 분해되는 분자의 동역학 매개변수를 계산하는 데 유용한 프로토콜입니다. 이는 PtCl2(디메틸알렌)(피리딘)의 경우로, 유착에 도달할 필요 없이 방법론이 성공적으로 적용되었습니다. 용매와 온도의 선택은 이러한 매개변수에 따라 화학 교환 속도가 크게 달라질 수 있기 때문에 좋은 결과를 얻는 데 중요합니다. 또한 일반 NMR 실험의 기준 외에도 SSTD NMR 실험의 핵심 단계는 조사의 선택성과 온도 제어입니다. 실험의 성공을 보장하려면 두 가지 요소가 정확해야 합니다.
여기에 제시된 대표적인 결과는 분자 내 화학 교환의 동역학에 대한 것이지만, 이 기술은 전이 금속 착물의 동적 거동에서 일반적인 과정인 분자 간 화학 교환 및 리간드 교환의 동역학을 연구하는 데에도 적용될 수 있습니다. 
마지막으로, 방정식의 적절한 수정이 이루어지면 32 이 방법은 이전의 이중 공명 실험에서 수행되었던 것처럼 다중 사이트 교환 및 불평등한 인구를 처리하도록 확장될 수 있습니다.8-9 도전적인 화합물의 화학 교환 과정 연구에 대한 이 기술의 유용성을 증가시킵니다.

화학 교환은 일반적으로 핵이 NMR 매개 변수 (화학적 이동, 스칼라 커플 링, 쌍 극성 커플 링, 휴식 속도가) 차이가있는 한 환경에서 다른 환경으로 이동하는 모든 분자 또는 분자 내 과정을 의미한다. 이 유기 및 유기 금속 분자 (비아 릴의 예를 들면, 회전 장벽, 링 내리고 장벽과 구조적 평형, 질소 반전, 리간드 결합, 타락한 리간드 교환 및 tautomerization) 화학 교환의 수많은 예 1-3.있는 화학 환율은 관련이 상기 교환 처리의 장벽 열역학, 따라서 그 연구는 매우 중요하다 이러한 시스템의 분자 역학을 이해한다. NMR 동적 교환 고전 기호는 온도 변화와 NMR 신호의 라인 형상의 급격한 변화이다. 저온에서, 처리는 느리고 두 개의 별개의 화학적 이동이있는 obserVED. 높은 온도에서, 두 개의 신호는 &quot;합체&quot;로 알려진 하나의 신호로 통합. 중간 온도에서의 신호는 매우 확장된다. 화학 교환하는 NMR 스펙트럼이 감도는 NMR을 용액에 분자 동역학을 연구하기 위해 매우 강력한 방법을 만든다. 두 가지 방법을 주로 용액 동적 프로세스의 연구에 사용되었다 :. 선 형상 분석 4-7 스핀 포화 전송 실험 8-9 게다가, 그것은 또한 대한 반전 전사 방법 (10)과 CIFIT 프로그램 (11)을 언급 할 가치가있다 간단한 시스템의 교환 측정을위한 비교적 효율적인 방법입니다 속도 상수의 직접 추출. 이러한 방법은 대부분의 경우에 매우 양호한 결과를 얻을 수 있지만, 그러나 이들은 결점을 가지고있다. 선 형상 분석의 주요 단점은 몇몇 시료에서 유착을 달성하는데 필요한 높은 온도이다. (12) 주요 이슈 때 CA 고려아웃 rrying 스핀 포화 전송 실험은 다음 교환 사이트 간의 정상 포화 전송을 달성하는 데 필요한 매우 긴 포화 시간 및 어렵다 일정한 길이 완화 시간 T (1)를 판별 할 필요가 상이한의 오버랩이 있으면 연구의 영역에서 신호. (13) 유기 금속 메커니즘 우리 조사의 일환으로, 14 ~ 16 우리 그룹은 용액에서 백금 - 알렌 단지의 유동적 동작을 연구하고있다. 이것은 적어도 세 가지 공정은 알렌 축 중 하나 주위에 금속의 π 얼굴 교환 또는 회전되고,이 중 하나를 포함하는 복잡한 작업이다. 우리는 17-19 인해의 유착 온도를 만든 우리의 백금 - 알렌 복잡 매우 느린 회전에, 우리의 연구에 적합하지 않았다 VT 실험과 유사한 시스템에서 이전에 사용되어왔다 라인 형상 분석 기술 정상적인 것을 발견 시그복합체의 분해 온도보다 높은 관심하는 NAL. 이러한 한계를 극복하기 위해, 우리는 개발되어 최근 상호 사이트 화학 교환 과정을 연구하기위한 새로운 NMR 프로토콜 (SSTD NMR)을보고 하였다. 20 이름이 방법이 가진 작은 분자에 사용 된 스핀 포화 전송 방법을 결합 있듯이 채도 전송 차이 NMR 방법은 화학 물질의 교환을받은 작은 분자의 채도 시간 (빌드 업 곡선) 증가에 따른 일시적인 스핀 포화 전송을 측정하여 단백질 - 리간드 상호 작용의 연구, 21 ~ 24 채용. 이 새로운 방법 (SSTD NMR)을 통해 우리는 우리가 기존의 접근 방식을 통해 몇 가지 추가적인 장점이 작은 유기 및 유기 금속 분자의 분자 내 화학 물질 교환의 운동 매개 변수를 얻을 수있는 것으로 나타났습니다 : 신호의 유착이 필요하지 않습니다, 그래서 더 유연 온도 범위 사용될 수있다연구에; 교환 공진 중 적어도 하나는 절연되어야하지만 중첩 신호가 간섭하지 않는다; T 1 측정 또는 정상 상태의 포화에 도달 할 필요가 없다; 속도 상수 값이 직접 측정되고, 1 T 값은 실험의 한 세트를 사용하여 동일한 실험에서 얻어진다. SSTD NMR 방법의 또 다른 주목할만한 장점은 분석 lineshape 달리, 동력학 속도 상수의 결정을 높은 자기장과 관련된 합체 온도의 증가에 의해 제한되지 않는 점이다. 따라서, 우리의 방법은 아주 잘 낮고 높은 자기장 모두 충당된다. 이 문서에서는 새로운 사용자가 화학 물질의 교환을 받고 자신의 시스템이 새로운 방법을 적용 할 수 있도록 구성하고, 샘플 준비, 실험 셋업, 데이터 수집, 간단한 유기 분자의 데이터 처리 및 분석의 예를 설명한다.

<table><tbody><tr><td>N,N-dimethylacetamide</td><td>Aldrich</td><td>38840</td><td>급성</td></tr><tr><td>독성 톨루엔-d8</td><td>Fluorochem</td><td>D-005</td><td>가연성 및 독성</td></tr><tr><td>500MHz 7" 선택 시리즈 NMR 튜브</td><td>GPE LTD</td><td>S-5-500-7</td><td></td></tr><tr><td>TopSpin 2.1</td><td>TopSpin 프로그램, Bruker Corp., http://www.bruker.com/products/mr/nmr/nmr-software/software/topspin/ (2015).</td><td></td><td></td></tr><tr><td>오리진 6.0</td><td>오리진 6.0 소프트웨어, OriginLab Corp., http://originlab.com.</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Bruker Avance III 500 MHz, 5 mm 광대역 관찰 BBFOplus Z-gradient SmartProbeTM 프로브가 장착되어</td> 있습니다<td>. Bruker Corp., http://www.bruker.com</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Bruker Avance I 500 MHz 역 삼중 공명 NMR 분광계는 5 mm TXI Z-gradient 프로브가 장착되어 있습니다</td><td>. Bruker Corp., http://www.bruker.com</td><td></td><td></td></tr><tr><td>세라믹 스피너 표준보어 심시스템(5mm)</td><td>&nbsp; 브루커 코퍼레이션, http://www.bruker.com</td><td>H00804</td><td></td></tr></tbody></table>

스핀 채도 전송 차이 nmr (sstd nmr) : 새로운 도구 화학 exchange 프로세스의 키네틱 매개 변수를 구하는

Spin Saturation Transfer Difference NMR (SSTD NMR): A New Tool to Obtain Kinetic Parameters of Chemical Exchange Processes

이 상세한 프로토콜은 최근 전통적인 방법으로 분석하기 어려운 상호 사이트 화학 교환의 과정을 연구하기 위해 우리 그룹에서 개발 한 새로운 스핀 채도 전송 차이 핵 자기 공명 프로토콜 (SSTD NMR)을 설명합니다. 이름에서 알 수 있듯이,이 방법은, (빌드 포화 시간의 증가에 따라 과도 스핀 포화 전달을 측정함으로써 채도 전송 차이 단백질 - 리간드 상호 작용의 연구를 위해 사용되는 (STD) NMR 법 소분자에 사용 된 스핀 포화 전송 방법을 결합한 화학 물질 교환을 겪고 작은 유기 및 유기 금속 분자 - 최대 곡선). 기존의 것들 위에이 방법의 장점은 다음의 신호 교환의 합일에 도달 할 필요가 없다; 이 방법은 절연 된 교환 사이트 중 하나의 신호만큼 적용될 수있다; T 1 측정 또는 정상 상태의 포화에 도달 할 필요가 없다; 속도 상수 버지니아매독을 직접 측정하고, T (1) 값은 실험의 한 세트를 사용하여 동일한 실험에서 얻어진다. 방법을 테스트하기 위해, 우리는 많은 데이터 비교 서비스를 사용할 수있는 N, N의 -dimethylamides의 힌 더드 회전의 역학을 공부했다. SSTD을 사용하여 수득 된 열역학적 파라미터는보고들 (스핀 포화 전송 기술과 선 형상 분석)와 매우 유사하다. 이 방법은 이전의 방법에 의해 연구 할 수없는 더 도전 기판에 적용될 수있다. 우리는 간단한 실험을 설정하는 것이 직시과 기판의 큰 다양한 방법의 폭 넓은 적용이 NMR에서의 광범위한 전문 지식이없는 유기 및 유기 화학자들 사이에 일반적인 기술 할 것이다.

SSTD NMR 기법은 N, N의 아미드 결합의 회전 운동 매개 변수의 계산에 적용 하였다 -dimethylacetamide. (21)이 비교를 위해 방대한 데이터가 문헌에서 찾을 수있는 간단한 예이다. (31) 인한 공진 형태로 부분적으로 이중 결합 특성에 아미드 결합 주위의 방해 회전은 1 H-NMR 스펙트럼에있는 두 개의 신호로 모두 메틸기 차별화 (2.61 22.5 ℃에서 2.17 PPM). 2.17 PPM ME (B)에서의 메틸기의 신호 스핀 포화 1 H NMR에서의 신호의 소실을 이끈다. B 나 다른 메틸기 ME (A)으로 포화의 양도 포화시에 의한 내부 회전 처리를 2.61 ppm으로 상기 신호 1 H 강도의 감소로 관찰 될 수있다. magnitu이 감소 드. 포화 시간에 의존 15 22.5 ℃에서의 N, N의 -dimethylacetamide의 1H NMR 스펙트럼을 나타낸다 및 확장이없는 스펙트럼을 보여줄 것이다 (A) 및 메틸 (b) 채도 2.17 ppm에서 그룹뿐만 아니라 SSTD η의 값을 계산하는 데 차이 스펙트럼 (c). η의 SSTD 계수 (a)가 같은 의정서 설명 스펙트럼의 저 (A)의 적분 값에 의해 SSTD NMR 스펙트럼 (c)에서 저 (A)의 적분 값을 나누어 계산한다. 서로 다른 온도에서 각각의 포화 시간 η의 SSTD의 얻어진 값은 표 1에 수집됩니다. 포화 시간에 대한 η SSTD의 얻어진 값의 플롯은 고원이 높은 포화 시간에 도달 한에서 지수 곡선을했다. 소정의 온도 곡선의 지수 피팅은 요금의 계산을 허용상수 (K) 및 상기 측정 된 신호 (T의 1A) (도 16).의 (1) H의 완화 시간은 적합 얻어진 K와 T 1A는 값과 함께도 17 모두, 얻어진 곡선 도표. 마지막으로, 1 / T 대 (LN)의 플롯 (K / T)와 이어링 방정식 (도 18)에 맞는 활성화의 엔탈피 및 엔트로피를 계산하는 데 사용 하였다. 결정된 작동 매개 변수가 서로 다른 방법을 사용하여 계산 이전에보고 된 파라미터를 표 2에 나타내었다. 표 2에서 관찰 될 수있는 바와 같이, 작동 매개 변수의 값이 스핀 채도 전송 차이 기법 (SSTD NMR)으로 얻은 데이터와 잘 일치에 앞서 그러한 SST NMR 또는 다른 기술을 사용하여보고선 모양 분석. ΔS ‡보고 값의 광범위한 NMR 기법이 파라미터의 측정의 어려움 때문이다. 활성화 파라미터의 나머지로 31 값은 우리의 방법으로 얻어진 것들에만 실제로 유사하지 이미보고 뿐만 아니라, 더 정확한, 우리의 오류 (SD)이 모든 경우에 작은 때문이다. <img alt="그림 1" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig1.jpg" /> 그림 1 : rpar을 입력 한 후 실험의 목록입니다. 그림은 STDDIFFESGP 선택해야하는 사이에 다른 매개 변수 세트를 보여줍니다. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig1large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 2" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig2.jpg" /><br/&gt; 그림 2 :.. 인수 매개 변수 버튼이 빨간색 사각형으로 표시가 다른 펄스 프로그램의 목록에 이르게 <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig2large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 3" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig3.jpg" /> 그림 3 :.. 펄스 프로그램의 목록이 그림은 실험 (STDDIFF)에서 선택한 펄스 프로그램을 보여줍니다 <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig3large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 4" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig4.jpg" /> 그림 4 : 팝업 창은 90 ° 펄스 보정 후 나타난 그림의 값을 보여줍니다 (90)를 보정 및.<html> # 176; 다른 전력 레벨에서 펄스. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig4large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 5" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig5.jpg" /> 그림 5 :.. 명령 줄의 스크린 샷 그림은 교정 하드 펄스 값을 소개하는 방법을 보여줍니다 <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig5large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 6" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig6.jpg" /> 그림 6 :. 성형 펄스의 길이에 용 그림은 모양 펄스의 길이에 대한 값을 소개하는 방법을 보여줍니다.<html> g6large.jpg &quot;대상 =&quot;_ 빈 &quot;&gt;이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오. <img alt="그림 7" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig7.jpg" /> 그림 7 :.. 인수 매개 변수 그림은 전원 매개 변수를 보여줍니다 <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig7large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 8" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig8.jpg" /> 그림 8 :. 성형 된 펄스에 대한 매개 변수 성형 펄스의 값은 라인 (13)에 도입 될 <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig8large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <html> PLOAD / 54499 / 54499fig9.jpg &quot;/&gt; . 그림 9 : 행 1 P (다음 데이터는 ppm 단위 있음을 나타냅니다) 측정 된 신호의 행이 주파수는, PPM에 조사 될 : 조사 주파수 목록 그림은 다음과 같은 3 첫 번째 행의 데이터를 포함한다. 3.1.1에서; 행 3.40 ppm으로. (스펙트럼에 영향을주지 않는 주파수의 조사가 지금까지 화합물의 1 H 신호로부터 주파수) <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig9large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 10" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig10.jpg" /> 그림 10 :. 첫 번째 FID의 처리 그림은 EFP를 입력 한 후 나타나는 팝업 창을 보여줍니다.<html> &quot;NK&gt;이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오. <img alt="그림 11" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig11.jpg" /> 그림 11 :.. 위상 보정 스크린 샷 수동 위상 보정을위한 창을 보여주는 <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig11large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 12" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig12.jpg" /> 그림 12 :. 두 번째 FID의 처리 그림은 EFP를 입력 한 후 나타나는 팝업 창을 보여줍니다. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig12large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> 그림 13 &quot;SRC =&quot;/ 파일 / ftp_upload / 54499 / 54499fig13.jpg &quot;/&gt; 그림 13 : 빨간 사각형으로 강조 스펙트럼 2, 3 버튼의 다중 디스플레이는 차이 스펙트럼을 계산하는 것입니다. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig13large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 14" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig14.jpg" /> 그림 14 :.. 미적분학 탭이 그림은 절대 및 상대 적분의 값을 보여줍니다 <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig14large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 15" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig15.jpg" /> 그림 15 : 구조 1 </stron<html> g&gt; N의 H NMR 스펙트럼, 톨루엔-D 8에서 22.5 ° C에서 N의 -dimethylacetamide (가) 조사하기 전에 2.13 2.66 ppm의에서 지역의 1 H NMR 확장. 2.17 ppm에서 메틸기 조사 후의 동일 지역 (B) 확장. (다) 차이 스펙트럼 [의 (a) - (b) 참조. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig15large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 16" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig16.jpg" /> 그림 16 다음 η SSTD의 음모와 화학의 왕립 학회의 허가와 참조 (21)의 지원 정보에서 278 K. 재생에서의 지수 맞는 예.http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig16large.jpg &quot;대상 =&quot;_ 빈 &quot;&gt;이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오. <img alt="그림 17" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig17.jpg" /> 도표 17 :의 플롯 η SSTD 대 서로 다른 온도에서의 포화 시간이. 그림은 N, N의 -dimethylacetamide 얻어진 속도 상수 및 휴식 시간이 테이블의 플롯을 보여줍니다. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig17large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 18" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig18.jpg" /> 그림 18 :. 아 이어링 플롯 그림은 N, N의 -dimethylacetamide에 대한 그래프를 보여줍니다. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig18large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td rowspan="2"> 앉아 t (초) </td><td> η SSTD </td><td> η SSTD </td><td> η SSTD </td><td> η SSTD </td><td> η SSTD </td><td> η SSTD </td><td> η SSTD </td></tr><tr><td> (T = 278 K) </td><td> (T = 283 K) </td><td> (T는 285.5 K를 =) </td><td> (T = 288 K) </td><td> (T는 290.5 K를 =) </td><td> (T = 293 K) </td><td> (T는 295.5 K를 =) </td></tr><tr><td> (40) </td><td> 0.2526 </td><td> 0.3957 </td><td> 0.4671 </td><td> 0.5461 </td><td> 0.626 </td><td> 0.6969 </td><td> 0.7535 </td></tr><tr><td> (20) </td><td> 0.2526 </td><td> 0.3957 </td><td> 0.4671 </td><td> 0.5461 </td><td> 0.626 </td><td> 0.6969 </td><td> 0.7535 </td></tr><tr><td> (10) </td><td> 0.2383 </td><td> 0.3806 </td><td> 0.4537 </td><td> 0.5355 </td><td> 0.6199 </td><td> 0.6969 </td><td> 0.7535 </td></tr><tr><td> (5) </td><td> 0.1904 </td><td> 0.3193 </td><td> 0.3919 </td><td> 0.481 </td><td> 0.5734 </td><td> 0.6638 </td><td> 0.7318 </td></tr><tr><td> 2.5 </td><td> 0.1263 </td><td> 0.2204 </td><td> 0.2812 </td><td> 0.3589 </td><td> 0.4449 </td><td> 0.5461 </td><td> 0.626 </td></tr><tr><td> 1.25 </td><td> 0.0761 </td><td> 0.1353 </td><td> 0.171 </td><td> 0.2247 </td><td> 0.2868 </td><td> 0.3732 </td> &lt;TD&gt; 0.4449 </td></tr><tr><td> 0.625 </td><td> 0.0467 </td><td> 0.0739 </td><td> 0.099 </td><td> 0.1327 </td><td> 0.171 </td><td> 0.2291 </td><td> 0.2758 </td></tr><tr><td> 0.3 </td><td> 0.0238 </td><td> 0.044 </td><td> 0.0472 </td><td> 0.0644 </td><td> 0.0847 </td><td> 0.1169 </td><td> 0.1463 </td></tr></tbody></table> 표 1. SSTD η의 값은 온도 표 278-295.5 K.의 범위에 N, N에 대한 서로 다른 -dimethylacetamide 포화 시간에서 얻어진 값을 나타낸다 <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="585"><colgroup><col /><col span="5" /></colgroup><tbody><tr height="34"><td height="34" style="height:34px;width:145px;"> 방법 </td><td style="width:88px;"> SSTD NMR </td><td rowspan="2" style="width:88px;"> SST NMR (31) </<html> TD&gt; <td style="width:88px;"> 선 모양 분석 </td><td style="width:88px;"> 선 모양 분석 </td><td style="width:88px;"> 선 모양 분석 </td></tr><tr height="22"><td height="22" style="height:22px;width:145px;"> 매개 변수 </td><td style="width:88px;"> (이 작품) </td><td style="width:88px;"> (1 H NMR) 4 </td><td style="width:88px;"> (1 H NMR) 5 </td><td style="width:88px;"> (13 C NMR) (6) </td></tr><tr height="21"><td height="21" style="height:21px;width:145px;"> E 298 (KJ 몰 -1) </td><td style="width:88px;"> 79.7 ± 0.1 </td><td style="width:88px;"> 73.1 ± 1.4 </td><td style="width:88px;"> 70.5 ± 1.7 </td><td style="width:88px;"> 82.0 ± 1.3 </td><td style="width:88px;"> 79.5 ± 0.4 </td></tr><tr height="21">21px; 폭 : 52 픽셀; &quot;&gt; ΔH ‡ (KJ 몰 -1) </td><td style="width:88px;"> 77.2 ± 0.1 </td><td style="width:88px;"> 70.6 ± 1.4 </td><td style="width:88px;"> (68) </td><td style="width:88px;"> 79.5 ± 0.4 </td><td style="width:88px;"> 76.6 ± 0.4 </td></tr><tr height="21"><td height="21" style="height:21px;width:145px;"> ΔS ‡ (J 몰 -1 K -1) </td><td style="width:88px;"> 11.5 ± 0.4 </td><td style="width:88px;"> -10.5 ± 5.0 </td><td style="width:88px;"> -15.0 ± 5.1 </td><td style="width:88px;"> 13 ± 8 </td><td style="width:88px;"> 3 ± 4 </td></tr><tr height="21"><td height="21" style="height:21px;width:145px;"> ΔG ‡ 298 (KJ 몰 -1) </td><td style="width:88px;"> 73.8 ± 0.1 </td><td style="width:88px;"> 73.7 ± 2.0 </td><td style="width:88px;"> (72)0.5 </td><td style="width:88px;"> 75.3 ± 0.4 </td><td style="width:88px;"> 75.7 ± 0.4 </td></tr><tr height="21"><td height="21" style="height:21px;width:145px;"> 용제 </td><td style="width:88px;"> Tol- D 8 </td><td style="width:88px;"> Tol- D 8 </td><td style="width:88px;"> 사염화탄소 </td><td style="width:88px;"> 아세톤 D (6) </td><td style="width:88px;"> 산뜻한 </td></tr></tbody></table> 표 2. 활성화 파라미터 테이블은 N의 내부 회전 기동 파라미터는, N 분석을 위해 다른 NMR 방법을 사용하여 얻어진 동일한 파라미터와 비교 SSTD NMR 법에 의해 얻어진 -dimethylacetamide 도시이 표 4,5,6 오류. 표준 편차 오류 (SD)를 참조하십시오. (로얄 SOC의 허가 기준 (21)로부터 재현화학에 iety).

새로운 사용자가 이 새로운 방법을 적용하여 화학적 교환을 겪고 있는 자체 시스템의 운동 매개변수를 얻을 수 있도록 SSTD NMR 방법을 설명하는 자세한 프로토콜이 여기에 제시되어 있습니다.

스핀 채도 전송 차이 NMR (SSTD NMR) : 새로운 도구 화학 Exchange 프로세스의 키네틱 매개 변수를 구하는

This detailed protocol describes the new Spin Saturation Transfer Difference Nuclear Magnetic Resonance protocol (SSTD NMR), recently developed in our ...

본 실험의 전반적인 목표는 전통적인 방법으로는 측정이 어려운 소분자 유기 및 유기금속 분자의 상호 화학적 교환 과정과 속도론적 매개변수를 얻는 것입니다. 이 방법은 화학적 교환을 겪는 유기 및 유기금속 분자의 분자 동역학을 이해하는 데 도움이 될 수 있습니다. 예를 들어 회전 가변성, 컨포메이션 평형, 질소 반전, 리간드 교환 및 타우토머화 등이 이에 해당합니다.이 기술의 주요 장점은 교환 신호의 병합(coalescence)이 필요하지 않으며, 속도 상수와 완화 시간을 동일한 실험에서 얻을 수 있다는 점입니다. 저희는 처음에 용액 내 백금 이온 복합체의 기능적 거동을 조사하던 중 이 방법의 아이디어를 얻었으며, 가변 온도 정렬 분석 기술이 적합하지 않다는 것을 깨달았습니다. NMR을 이용한 단백질-리그닌 상호작용 연구 경험을 통해, 유사한 NMR 접근 방식을 유기 분자의 교환 과정 연구에 적용할 수 있을 것이라고 생각했고, 이는 실제로 유효한 것으로 나타났습니다.저온용 NMR 튜브에 5 mg의 nn dimethyacidamide를 넣고 0.6 mL의 중수소화 톨루엔에 녹입니다. SSTD NMR 실험을 설정하려면 먼저 시료를 자석 내부에 삽입하십시오. NMR 실험을 보조하는 핵심 단계 중 하나는 온도 제어이므로, 시료가 선택한 온도에서 최소 20분 동안 안정화되도록 하십시오.샘플을 자석에 넣은 후, 명령줄에 EDTE를 입력하십시오. 실험을 수행하기 위해 온도를 첫 번째로 선택한 온도로 변경하십시오. 샘플이 선택한 온도에서 최소 20분 동안 안정화되도록 두십시오.텍스트 프로토콜에 설명된 대로 시료에 대해 1차원 양성자 NMR 실험을 수행한 후, File, new를 클릭하여 양성자 NMR 실험의 새로운 데이터 세트를 생성하고 새 실험의 이름을 지정하십시오. 새 데이터 세트의 명령줄에 RPAR을 입력하십시오. 목록에서 STDDIFF 파라미터 세트 중 하나를 선택하십시오.STDDIFF 펄스 시퀀스를 선택하려면 펄스 프로그램 줄에 있는 점 세 개 버튼을 클릭하십시오. SSTD NMR 실험을 수행하기 전에 양성자 90도 하드 펄스 P1을 보정하십시오. 명령줄에 pulsecal을 입력하고, 가장 짧은 펄스를 생성하는 더 높은 출력에서의 90도 펄스 값을 복사하십시오.getprosol 명령어를 사용하여 실험의 보정된 하드 펄스 값을 입력하십시오. 다음으로 P13을 입력하여 설정 펄스의 길이를 설정하고, 50,000 microseconds 값을 입력하십시오. power 메뉴로 이동하여 shape 옆의 edit 버튼을 클릭한 다음, shape pulsed 13으로 이동하여 Gausian pulse를 선택하여 선택적 펄스 형태를 설정하십시오.선택적 펄스 전력 SP13을 50 dB로 설정하십시오. NS를 입력하여 8로 설정한 다음, DS를 입력하여 4로 설정하십시오. SSTD NMR 실험을 획득하려면 양성자 NMR 실험을 열어 조사될 신호의 위치를 확인하십시오.이를 위해 소프트웨어 브라우저에서 실험을 검색한 후, 데이터 세트를 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하고 '새 창에서 표시'를 클릭하십시오. 실험의 성공을 보장하려면 조사 선택성이 정밀해야 합니다. 보정 화학 물질을 사용하지 않도록 주의하십시오. 그렇지 않으면 조사 주파수가 잘못 설정될 수 있습니다.커서 라인을 조사할 신호의 중심으로 이동하고 화학적 이동 값을 ppm 단위로 기록합니다. 실험에 사용할 스펙트럼 폭을 선택합니다. 이 경우 조사할 신호는 2.17 ppm에 위치하며, 사용된 스펙트럼 폭은 1.46 ppm입니다.다음으로 이전에 생성한 SSTD NMR 실험으로 이동하여, 명령줄에 FQ2LIST를 입력하고 기존 목록을 선택하여 조사 주파수 목록을 생성합니다. 텍스트 프로토콜에 설명된 대로 조사 주파수 목록을 편집하십시오. 해당 목록을 새 이름으로 저장합니다.그런 다음 커맨드 라인에 FQ2LIST를 입력하고 방금 생성한 리스트를 선택하십시오. 연구 대상 신호에 실험을 맞추려면 O1P를 입력하고, 조사할 신호의 화학적 이동(chemical shift)을 실험의 중심으로 선택하십시오. SW를 입력하여 스펙트럼 폭(spectral width)을 선택하십시오.스캔 간 이완 지연 시간 D1 값을 선택하십시오. 이 값은 가장 느리게 이완되는 양성자의 T1 값보다 최소 1배에서 5배 더 길어야 합니다. D1을 입력하고 40초로 설정하십시오. D20을 입력하고 40초로 설정하여 포화 시간의 첫 번째 값을 설정하십시오.RGA를 입력하여 수신기 이득(receiver gain)을 자동으로 결정하십시오. IEXPNO를 입력하여 다음 실험을 생성하십시오. D20을 입력하고 포화 시간(saturation time)을 20 seconds로 선택하십시오.그런 다음 RGA를 입력하여 RG를 자동으로 결정합니다. D20이 10, 5, 2.5, 1.25, 0.625, 0.3초가 되도록 마지막 단계를 반복합니다. 모든 실험이 생성되면 첫 번째 실험을 열고 명령줄에 multizg를 입력한 후 실험 횟수를 지정합니다. 데이터를 처리하려면 포화 시간이 더 긴 실험 세트에서 1번 프로세스를 엽니다.명령줄에 LB를 입력하고 값을 1.5로 설정하십시오. 명령줄에 EFP를 입력하고 FID 번호를 1, 프로세스 번호를 2로 설정하여 처리하십시오. 대화형 위상 보정 버튼을 클릭하여 실험의 위상을 보정한 후, 이를 2G 실험으로 저장한 다음 저장하고 종료하십시오.명령줄에 REP 1을 입력하여 프로세스 1번으로 이동합니다. 명령줄에 EFP를 입력하고 프로세스 FID 번호를 2로, 프로세스 번호를 3으로 설정합니다. 다음으로 명령줄에 point MD를 입력한 후 REP 2를 입력하여 프로세스 스펙트럼 2와 3이 모두 표시된 다중 디스플레이 창을 띄웁니다.델타 기호가 있는 버튼을 클릭하여 차이 스펙트럼을 계산하고 이를 프로세스 4번에 저장하십시오. 그런 다음 다중 표시 창을 종료하십시오. 왼쪽의 신호에서 적분 범위를 선택하십시오.프로세스 3번과 프로세스 4번에서 항상 동일한 영역을 적분하십시오. 적분이 완료되면 각 실험의 적분(integrals) 탭으로 이동하여 적분값의 절대값을 복사하십시오. 다른 포화 유형을 적용한 나머지 실험들에 대해서도 동일한 절차를 반복하십시오.동역학 파라미터를 얻으려면 먼저 포화 시간에 따른 SSTD 파라미터 값을 추출하십시오. 텍스트 프로토콜에 설명된 대로 데이터 분석을 계속 진행하십시오. 아미드 결합 주위의 제한된 회전으로 인해 양성자 NMR 스펙트럼에서 두 메틸기가 두 개의 신호로 구분됩니다.2.17 ppm에서의 메틸기의 스핀 포화는 양성자 NMR에서 해당 신호의 소멸을 유도합니다. 2.17 ppm에 위치한 메틸기 B를 포화시키면, 내부 회전으로 인해 2.16 ppm의 메틸기 A로 포화 전이가 일어나며, 이는 2.61 ppm 신호의 양성자 강도 감소를 통해 관찰할 수 있습니다. SSTD 파라미터 계수는 차이 스펙트럼(difference spectrum) 내 메틸기 A의 적분 값을 원래 스펙트럼 내 메틸기 A의 적분 값으로 나누어 계산합니다.특정 온도에서 SSTD 파라미터 값과 포화 시간의 관계를 도식화하면 지수 곡선이 나타났습니다. 이 곡선들을 피팅하여 측정된 신호의 양성자에 대한 속도 상수와 완화 시간을 산출하였습니다. 서로 다른 온도에서 SSTD 파라미터와 포화 시간의 관계를 도식화하여 각각의 속도 상수와 완화 시간을 얻었습니다.열역학적 매개변수를 계산하기 위해 Eyring 방정식을 사용하였습니다. SSTD NMR로 얻은 값은 다른 기술을 사용하여 보고된 데이터와 매우 잘 일치합니다. 일단 숙련되면, 적절하게 수행할 경우 특정 온도에서 속도 상수와 완화 시간 값을 얻기 위한 일련의 실험을 약 3시간 이내에 완료할 수 있습니다.이 절차를 수행할 때 좋은 결과를 얻기 위해서는 용매와 온도의 선택이 매우 중요하다는 점을 기억해야 합니다. 화학적 교환 속도는 이러한 매개변수에 따라 크게 달라질 수 있기 때문입니다. 본 절차를 통해 키네틱 소프트 분자 간 화학적 교환 및 리그닌 교환과 같은 다른 공정도 연구할 수 있으며, 식을 적절히 수정한다면 다중 사이트 교환 및 불균등 집단 분석으로 이 방법을 확장할 수 있습니다.이 영상을 시청하고 나면 스핀 포화 전이 차이(spin saturation transfer difference) 실험을 수행하는 방법과 자화 전이(magnetization transfer)를 사용하여 화학적 교환이 일어나는 분자의 속도론적 및 열역학적 파라미터를 얻는 방법에 대해 충분히 이해하게 될 것입니다. 화학 물질을 다루는 일은 매우 위험할 수 있으므로, 본 절차의 시료 준비를 수행하는 동안에는 항상 보안경과 장갑 착용과 같은 안전 예방 조치를 취해야 함을 잊지 마십시오.

spin-saturation-transfer-difference-nmr-sstd-nmr-new-tool-to-obtain

Research

연구

JoVE Journal

Chemistry

화학

이 비디오는 15개의 N-표지된 야생형 및 돌연변이 엔보플라킨 단백질과 표지되지 않은 비멘틴 단백질 사이의 단백질-단백질 상호 작용을 연구하기 위한 핵 자기 공명 분광법 기술에 대해 설명합니다. 야생형 엔보플라킨과 비멘틴 사이의 성공적인 상호 작용은 NMR 스펙트럼에서 광범위한 라인 확장과 피크 소멸로 이어지는 반면, 돌연변이된 엔보플라킨과 비멘틴 사이의 상호 작용이 없으면 NMR 스펙트럼에서 잘 분리된 피크를 초래합니다.

원자 수준의 단백질-단백질 상호 작용을 연구하기 위한 핵 자기 공명

단백질 기능의 주요 단계, 특히 골격 구조 변화와 양성자 전달 반응은 종종 마이크로초에서 밀리초 사이의 시간 척도에서 발생합니다. 이러한 역학 과정은 시간 분해 단계 스캔 푸리에 변환 적외선 분광법으로 연구할 수 있으며, 특히 빛에 의해 기능이 트리거되는 단백질의 경우 연구할 수 있습니다.

에 의해 감광성​​ 단백질의 양성자 이동과 단백질 입체 구조 역학 시간 분해 적외선 분광학에게 푸리에 변환 단계 - 스캔

이 기사에서는 전자 상자성 공명 연구를 위한 5층 리간드 게이트 채널의 위치 지정 스핀 라벨링 및 재구성 방법에 대해 설명합니다. 이 프로토콜은 모든 멤브레인 단백질에 적용할 수 있습니다. 여기에 설명된 재구성 방법은 정의된 지질 시스템에서 거시적 및 단일 채널 전류의 패치 클램프 측정에도 사용할 수 있습니다.

사이트 감독 스핀 라벨 및 펜타 머 리간드 - 게이 티드 이온 채널의 EPR 분광 연구

여기, 안정 동위 원소와 핵 자기 공명 (NMR) 분광학 및 눈금을 사용 하 여 단백질 단백질 상호 작용의 후속 묘사는 생산 및 분류는 단백질의 정화에 대 한 프로토콜 선물이 Thermophoresis (MST) 실험입니다.

핵 자기 공명 분광학 (NMR)와 미 Thermophoresis (MST) 구형 및 Filamentous 단백질의 상호 작용을 측정

포르피센에서 이중 양성자 전달 과정에 대한 동위원소 효과를 조사하기 위해 향상된 QM/MM 방법을 사용하는 프로토콜이 여기에 제시된다.

향상된 QM/MM 방법으로 조사된 포르피센의 이중 양성자 이송 과정에서 동위원소 효과

여기서, 솔루션 NMR 분광법에 의한 15N이완 분산 프로파일의 수집 및 분석을 위해 실험실에서 구현된 프로토콜에 대한 자세한 설명이 제공된다.

15 Μs-ms 타임스케일에 단백질 형성 역학의 조사를 위한 N CPMG 이완 분산

우리는 13C/ 15N 라벨 및 1 H R1θ  이완 분산 핵 자기 공명 (NMR) 분광기로 표시되지 않은 RNA에 마이크로 밀리초 역학을 측정하는 프로토콜을 제시합니다. 이 프로토콜의 초점은 NMR 실험의 고순도 샘플 준비 및 설정에 있습니다.

RNA의 1 H R 1θ 이완 분산 실험의 샘플 준비 및 설치의 실제적인 양상

여기에서는 용액에서 단백질-글라이칸 상호 작용을 특성화하는 것을 목표로 하는 일련의 NMR 실험의 획득, 처리 및 분석을 자세히 설명하는 프로토콜을 제시합니다. 가장 일반적인 리간드 기반 및 단백질 기반 방법론이 요약되어 있으며, 이는 의심할 여지 없이 구조 당생물학 및 분자 인식 연구 분야에 기여합니다.

글라이칸-단백질 상호 작용 해체: 핵 자기 공명(NMR)을 위한 구조

이 NMR 기반 프로토콜은 시아노비린-N 및 D-만노스를 사용하여 약한 단백질-글리칸 상호작용을 조사합니다. 리간드 및 단백질 검출 방법을 결합하여 결합 부위를 매핑하고, 알로스테릭 효과를 감지하고, 만남 복합체를 식별합니다. 이 접근 방식은 샘플 준비 및 데이터 분석을 간략하게 설명하며 글리칸 특정 진단 및 인식 메커니즘에 유용한 구조적, 동적 통찰력을 제공합니다.

단백질-글리칸 상호작용 탐구: 핵 자기 공명의 발전

여기서는 NMR 방법론, REstricted DIFfusion of INvisible speciEs(REDIFINE), 그리고 SEmi-고체 자화전이(CONDENSE-MT)에 의한 콘덴세이트 DEtectioN 프로토콜을 제시하여, 이상 조건에서 표지 없이 생체분자 응축액을 정량적으로 특성화할 수 있게 하여 분자 분열 분배, 교환 역학, 응축물 수화, 방울 구조를 침전이나 표지 없이 밝힐 수 있게 합니다.

용액 NMR을 이용해 이상성 조건에서 생체분자 응축액을 특성화하기

학습하세요 SSTD NMR 방법을 사용하여 유기 및 유기금속 분자의 화학적 교환 동역학 매개변수를 측정하는 기법을. 이 프로토콜은 전통적 방법으로 측정하기 어려운 분자 역학 연구에 필수적인 도구를 제공합니다.

스핀 채도 전송 차이 NMR (SSTD NMR) : 새로운 도구 화학 Exchange 프로세스의 키네틱 매개 변수를 구하는

더 많은 동영상 탐색