Name: 의 유전자형 황색 포도상 구균에 의해 리보솜 스페이서 PCR (RS-PCR) (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-11-04T13:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 51 s
Description: 학습하세요 리보솜 스페이서 PCR(RS-PCR)을 이용한 Staphylococcus aureus 유전자형 분석 방법으로, 소 유방염 연구에 활용할 수 있습니다. 이 고해상도 기법은 빠르고 비용 효율적인 대량 분석이 가능합니다.

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저자는 R. Boss, A. Cosandey, C. Fournier, I. Ivanovic, J. Naskova의 훌륭한 작업에 대해 감사를 표합니다.

1. 황색 포도상 구균 분리 된 균주 <ol><li> S.의 10 μl를 확산 구균 재고 문화 또는 하나의 식민지가 5 % 양 혈액 (BA)를 포함 컬럼비아 아가 플레이트에 선택 배지에 성장. </li><li> 24 시간에 18 시간 동안 37 ° C에서 기적 품어. </li></ol> 2. DNA 추출 <ol><li> 10 mM 트리스 - 염산 10 밀리미터 나 2 EDTA, pH가 8.5를 포함 TEL 버퍼를 준비합니다. 15 분 동안 121 ° C에서 분취 및 오토 클레이브를 준비합니다. </li><li> 100 μl의 전화에서 멸균 플라스틱 루프 또는 멸균 나무 이쑤시개와에 resuspend를 사용하여 BA 1 식민지를 수집합니다. 스크류 캡 1.5 ml의 튜브를 사용합니다. </li><li> 10 분 동안 95 ° C에서 품어. 그 후, 젖은 얼음에 즉시 샘플을 배치합니다. </li><li> PCR (PCR 용 = 주형 DNA)에 적합한 H 2 O 100 : 샘플 1을 희석. 비 희석하고, 희석 된 샘플을 1 달 동안 -20 ℃에서 보관 될 수있다. </li></ol> 3. RS-PCR <ol><lPCR의 튜브 1.5 μL의 H에 각각의 샘플 피펫 용 I&gt; 2 O, DNA 형성 촉매 마스터 믹스 μL 12.5, 2 μL의 G1 프라이머 10 μM, 2 μL L1 프라이머 10 μM, 순수의 약 30 NG에 해당하는 주형 DNA의 7 μL DNA 2. </li><li> 표준 PCR의 자전거 타는 사람에서 다음 사이클 프로그램을 실행 : 15 분 7 분 55 ° C에서 2 분 램프 및 어닐링 다음에 1 분 94 ° C를 포함하는 27주기, 다음 95 ° C는. 추가의 2 분의 램프 후, 2 분 동안 72 ℃에서 연장된다. 4 ℃로 냉각 한 다음 10 분 동안 72 ° C에서 최종 연장 PCR을 종료합니다. 주 : PCR 산물을 5 일 동안 -20 ℃에서 저장 될 수있다. </li><li> 각 실행에 대한 RS-PCR, 즉 양성 대조군, 공지 된 유전자형 (일반적 GTB)와 샘플 및 대조군을 포함 (H 2 O). </li></ol> 4. 전기 영동 <ol><li> 함께 DNA (MED 키트)에 대한 상용 소형 전기 키트를 사용하여PC와 설치된 소프트웨어에 연결된 bioanalyzer와. 조심스럽게 제조 업체의 대응 매뉴얼을 공부한다. </li><li> 칩 프라이밍 스테이션을 설정하고 제조업체의 설명서에 따라 주사기 클립을 조정합니다. </li><li> 제조업체의 설명서에 따라 젤 염색 믹스를 준비합니다. </li><li> (제조자의 설명서에 따라) 젤 염색 믹스로드. <ol><li> 사용하기 전에 30 분 동안 실온으로 겔 염료 혼합물 평형. </li><li> 칩 프라이밍 스테이션에서 새로운 DNA 칩을 넣습니다. 잘 표시 G.에서 젤 염료의 피펫 9 μl를 </li><li> 플런저 1 ml의에 위치되어 있는지 확인하고 칩 마중물 역을 닫습니다. 를 눌러 플런저은이 주사기 클립에 의해 개최 될 때까지. 30 초 후 주사기 클립을 해제에 대해 정확히 기다립니다. </li><li> 5 초 동안 기다립니다. 천천히 1 ml의 위치로 플런저를 다시 잡아 당깁니다. </li><li> 두 우물에서 열기 칩 프라이밍 스테이션과 젤 염료의 피펫 9 μl의는 &#39;G&#39;를 표시했다. </li></ol></li><li> 는 M로드arker <ol><li> 모든 12 샘플 우물에 잘 사다리에있는 마커의 피펫 5 μL. 빈이 13 우물 중 하나를 두지 마십시오. </li></ol></li><li> 래더 및 샘플을로드. <ol><li> 피펫 래더 기호 잘 표시에 DNA 사다리 1 μL. </li><li> 샘플의 피펫 1 μl를 (사용 우물) 또는 탈 이온수 (사용하지 않는 우물) 1 μL. </li><li> 2,400 rpm에서 1 분간 어댑터와 소용돌이에 수평으로 칩을 넣습니다. </li><li> 5 분 이내에 bioanalyzer에서 칩을 실행합니다. </li></ol></li><li> 분석을 실행 <ol><li> bioanalyzer와 연결된 컴퓨터를 시작합니다. 소프트웨어를 엽니 다. </li><li> bioanalyzer의 뚜껑을 열고 (칩이 한 방향으로 만 맞는) 칩 홀더에 칩을 놓습니다. 조심스럽게 뚜껑을 닫습니다. </li><li> 소프트웨어의 악기 맥락에서 &quot;전기 영동을&quot;&gt; &quot;dsDNA&quot;&gt; &quot;DNA 7500&quot;을 선택합니다. 소프트웨어의 현재 파일 접두사를 그대로 사용하거나 수정합니다.</li><li> 소프트웨어에있는 시작 버튼을 클릭합니다. 소프트웨어에서 샘플 이름을 입력합니다. 칩 실행이 완료되면 (후 약 30 분) 실행 메시지의 끝은 bioanalyzer 소프트웨어에 나타납니다. </li><li> 제조자의 지시에 따라 bioanalyzer의 전극과 상기 칩을 제거하고 세정. </li></ol></li></ol> 5. 전기 영동 프로필에서 유전자형을 유추 <ol><li> (소프트웨어는 저자에서 자유롭게 사용할 수 있습니다)을 마 소프트웨어를로드합니다. </li><li> &gt; &quot;가져 오기 참조 데이터&quot;, &quot;파일&quot;다음 마할 소프트웨어로 가져 오기 참조 데이터 </li><li> bioanalyzer 소프트웨어의 데이터 컨텍스트에서 실행되는 전기를 엽니 다. 하나의 샘플의 전기 영동 프로파일을 선택합니다. </li><li> 관련 피크를 확인합니다. <ol><li> &#39;도구&#39;&gt; &#39;평균 형광 &quot;관련 피크를 확인하기 위해 마 소프트웨어를 사용합니다. 은 &quot;형광&quot;상자에 삽입형광 값은 그들이 bioanalyzer 소프트웨어로부터 판독 될 수있는 형광 단위 (FU)로 나타내었다. 오름차순으로 가장 높은 형광 4 (3) 피크를 삽입하고 쉼표 (,)로 구분. 예 : 126,130,132,137. 참고 : 모든 이들 피크의 FU의이 bioanalyzer 소프트웨어로 표시하는 경우, 그들은 음모에서 그들을 판독하여 추정 할 필요가있다. </li></ol></li><li> 은 &quot;계산&quot;버튼을 누릅니다. 관찰 된 형광은 박스 &quot;최소 피크 높이&quot;에 소정의 값을 초과하면, 피크가 적합하다. </li><li> 유전자형을 추론. <ol><li> 마할 텍스트 상자 &quot;입력 봉우리 (BP)&quot;를 오름차순으로 모든 관련 피크의 염기쌍의 크기와 쉼표 (,)로 구분으로 삽입합니다. 예 : 440,462,519,579,637. 주 : 이러한 크기의 피크는 모든 bioanalyzer 소프트웨어에 의해 지시되는 경우에, 플롯 그들을 판독하여 추정 될 필요가있다. </li></ol></li><li> 은 &quot;계산&quot;버튼을 누릅니다. </li><li> 목록에서상자, 최소 제곱 마할 라 노비스 거리 &quot;D2M&quot;를 찾습니다. 이 ≥0.05 인 오른쪽에 대응하는 P 값은 그 확률 귀무 가설 H 0이 거부되었는지 ≥5 % 인 경우 (H 0 : 관찰 기준 프로파일이 동일) 관찰 된 프로파일과 동일하도록 허용되는 것을 의미 지정된 유전자형의 기준 프로파일. </li><li> D2M 최소화하지만 해당 P 값의 필드가 비어 있으면, 확률 &lt;5 % H 0을 거부한다. 참고 :이 D2M 최소한 있지만 프로파일이 동일하지 않은 것을 의미합니다. 이러한 결과는 비 평균 전기 영동 조건에서 발생할 수 있습니다. <ol><li> 이러한 편차를 보정하려면 값 395을 &quot;피크 (BP) 관찰&quot;텍스트 상자에 삽입하고 &quot;계산&quot;버튼을 누릅니다. 최소한의 D2M와 대응하는 P 값 ≥0.05 다시 확인합니다. 성공하지 않으면, 값 405, 415 및 425을보십시오. 참고 : 때때로 작은 단계도 있습니다가리키는. 관찰 된 프로파일이 기준 데이터가 존재하지 여전히 성공적이지 않으면 새로운 유전자형 또는 변형 될 수있다. </li></ol></li><li> 다양한 프로필 <ol><li> 반복 별도로 5.6 각 전기 프로파일 5.9에 단계를 반복합니다. </li></ol></li></ol>

<ol><li>Sears, P. M., McCarthy, K. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Management+and+treatment+of+staphylococcal+mastitis%5BTitle%5D)+AND+%22Vet.Clin.North+Am.Food+Anim.Pract%22%5BJournal%5D)">Management and treatment of staphylococcal mastitis.</a> Vet.Clin.North Am.Food Anim.Pract. 19 (1), 171-185 (2003).</li>
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<li>Rabello, R. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multilocus+sequence+typing+of+Staphylococcus+aureus+isolates+recovered+from+cows+with+mastitis+in+Brazilian+dairy+herds%5BTitle%5D)+AND+%22J.Med.Microbiol%22%5BJournal%5D)">Multilocus sequence typing of Staphylococcus aureus isolates recovered from cows with mastitis in Brazilian dairy herds.</a> J.Med.Microbiol. 56, 1505-1511 (2007).</li>
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<li>Enright, M. C., Day, N. P., Davies, C. E., Peacock, S. J., Spratt, B. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multilocus+sequence+typing+for+characterization+of+methicillin-resistant+and+methicillin-susceptible+clones+of+Staphylococcus+aureus%5BTitle%5D)+AND+%22J.Clin.Microbiol%22%5BJournal%5D)">Multilocus sequence typing for characterization of methicillin-resistant and methicillin-susceptible clones of Staphylococcus aureus.</a> J.Clin.Microbiol. 38 (3), 1008-1015 (2000).</li>
</ol>

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RS-PCR (&gt; 30 순수한 DNA / 분석 겨)에서 DNA의 초과가있을 때 전체 공정의 가장 중요한 단계는이. 그 피크가 모두 기준선에서 시작 및 종료하는 경우 일반적으로, 프로파일의 해상도가 최적이다. 두 개의 피크가 서로 너무 가까이있는 경우, 해상도는 완전하지 않습니다. 수동 식별을 필요되도록 이러한 조건 bioanalyzer 소프트웨어 부적절한 피크 식별을 초래할 수있다. BP 또는 FU로 표현 모든 눈에 띄게 분리와 관련 피크는 추가 분석을 위해 포함되어 있습니다. 너무 많은 템플릿 DNA RS는-PCR 넓은 피크가 발생하기 때문에 피크의 중복 및 장애 해결을 피크. 또한, 이동은 유전형이 더 이상 추론 수 없도록 잘못 증가 크기 피크 느려질 선도이다. 마지막으로, 관련성의 피크의 수가 크다. 3 개 이상의 봉우리와 프로파일의 경우, 최대 형광과 피크는 일반적으로 150 FU를 초과 할 수 없습니다.<p class="jove_con...

황색 포도상 구균 (S. 구균) 소 1 유방 내 감염 (IMI)에 대한 전 세계적 책임을 가장 중요한 병원체로 알려져있다. 12 유럽 국가 그 소에 Cosandey 등. 3, 보스 등. (4)에 의해 푸르니에 등. 2 스위스 암소에서 설명하고 연구의 연구 S. 구균은 IMI는 유 전적으로 이질적인 그룹 소에서입니다. 16S-23S rRNA의 유전자 간 스페이서 영역 (RS-PCR)의 PCR 증폭에 의해, 17 유전자형 총 초기 101 역학적 분리 독립이 검출되었다. 다른 15 유전자형 GTS (가) 각 1 모든 균주의 % 4을 거의 발생하지 반면 유전자형 B 및 유전자형 C (GTC)는 (80 %) 가장 많았다. 유럽 레벨 3에서 GTB는 GTC는 GTF, GTI, 그리고 GTR은 분석 된 모든 균주 (N = 456)의 76 %를 포함하는 가장 중요한 유전자형이었다. GTB는 w 중부 유럽에 위치하고했다hereas 다른 유전자형 널리 전파되었다. 균주의 나머지 24 %는 그들 중 많은,하지만, 한 번만 관찰되었다 (41) 유전자형을 포함. 유전자형이 높은 유럽 수준으로 스위스에서뿐만 아니라, 그들의 독성 유전자 패턴과 연관되었는지 포니 외. 2 Cosandey 외. (3), Graber 외. (5)에 의한 연구는 또한 보여 주었다. 연구는 또한 S. 중 IMI 보급에 엄청난 차이를 밝혀 구균 GTB, GTC 다른 유전자형 2,5 : GTB 고려, 무리 암소의 87 %까지이 유전자형에 감염되었다. GTC의 다른 유전자형의 경우에, 그러나, IMI은 무리 1-2 소에서 발견되었다. IMI S.에 의해 발생 구균은 일반적으로 해당 유방 동맥의 염증과 우유에서 염증 세포의 증가를 초래한다. 결과적으로, 체세포 CO우유에 unts (SCC), 대부분의 국가에서 우유 품질의 주요 지표는 감소 우유 가격 또는 납품 정지로 이어지는 증가한다. 포니 외. (2)의 RS-PCR 외에, 다른 입력 방법은 S.의 소 하위 유형 균주에 대해 기재 한 구균 8-11. 두 가지 일반적인 것들로는 스파 입력 (12)과 멀티 자취 그리기 순서 타이핑 (MLST) (13)를 포함한다. 후자 7 하우스 키핑 유전자의 염기 서열을 필요로하는 반면, 전 하나, 단백질 A에 대한 포도상 구균 스파 코딩하는 유전자의 가변 영역을 스페이서 DNA 시퀀싱에 기초한다. 이것은 하나의 12 일곱 PCR들 (13) 각각의 특정 장치를 사용하여 앰플 리콘 정화 시퀀싱 반응을 분석 한 후, 수행 될 필요가 있음을 의미한다. RS-PCR에 비해, 이러한 방법은 낮은 샘플 처리량과 높은 비용의 결과로 실험실에서 상당한 추가적인 노력이 필요합니다. 그만큼처리량은 PFGE 특히 낮습니다. S.의 소 균주에 대한 이러한 방법의 해상도를 고려 구균, RS-PCR 적어도 MLST 4 PFGE (15)보다 4 더 나은를 입력 스파만큼 좋은 것입니다. 바이너리 입력 (13)을 포함한 모든 이들 방법은 S.으로 인한 소 IMI의 발병에 더 통찰력을 얻기에 그 효과를 입증 구균,하지만 때문에 언급 제한으로 그들은 많은 임상 연구 덜 적합하다. 또한, RS-PCR에 의한 유전자형 포니 등에 의해 설명 된 바와 같이. 2 역학적 S.의 발병 가능성을 예측 신뢰성있게 구균, 소 IMI 임상 수의학에 두 개의 키 값을 포함했다.

<table><tbody><tr><td>트리스 (하이드 록시 메틸) - 아미노메탄</td><td>머크</td><td>1.08382.0500</td><td>Mw = 121.14 g / mol</td></tr><tr><td>Titriplex III</td><td>머크</td><td>1.08418.0250</td><td>Mw = 372.24 g / mol; 물질은 Na2EDTA&middot와 동일합니다. 2H2O</td></tr><tr><td>염산 5 mol/L</td><td>Merck</td><td>1.09911.0001</td><td></td></tr><tr><td>콜롬비아 한천+5% 양 혈액</td><td>bioM&eacute; rieux</td><td>43049</td><td></td></tr><tr><td>Agilent DNA7500 Kit</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-1504</td><td></td></tr><tr><td>Agilent 2100 Bioanalyzer</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2940CA</td><td></td></tr><tr><td>Agilent 2100 전문가 소프트웨어</td><td>Agilent Technologies</td><td></td><td></td></tr><tr><td>HotStarTaq 마스터 믹스&nbsp;</td><td>Qiagen</td><td>203445</td><td></td></tr><tr><td>프라이머 L1</td><td>Mycrosinth</td><td></td><td>5'CAA GGC ATC CAC CGT3'</td></tr> <tr><td>프라이머 G1</td><td>Mycrosinth</td><td></td><td>5'GAA GTC GTA ACA AGG3'</td></tr></tbody></table>

의 유전자형<em&gt; 황색 포도상 구균</em&gt;에 의해 리보솜 스페이서 pcr (rs-pcr)

Genotyping of Staphylococcus aureus by Ribosomal Spacer PCR (RS-PCR)

리보솜 스페이서 PCR(RS-PCR)은 황색포도상구균(S. aureus)에 대한 고분해능 및 강력한 유전형 분석 방법으로, 적당한 비용으로 높은 처리량을 허용하므로 일상적인 목적으로 사용하기에 적합합니다. 최상의 분해능, 데이터 평가 및 데이터 관리를 위해서는 소형 전기영동 시스템이 필요합니다. 이러한 전기영동 시스템 및 자체 개발한 소프트웨어(여기에서 무료로 사용 가능)와 함께 유전자형에 대한 밴드 패턴의 할당은 표준화되고 간단합니다. DNA 추출은 간단하고(끓는 준비), 반응 설정이 쉬우며 모든 표준 PCR 기계에서 실행할 수 있습니다. PCR 사이클링은 램핑 및 연신율 시간이 길어지는 것을 제외하고는 일반적입니다. SPA 타이핑 및 MLST(Multi Locus Sequence Typing)와 비교할 때 RS-PCR은 DNA 염기서열분석이 필요하지 않아 분석을 상당히 단순화하고 높은 처리량을 허용합니다. 또한, S. aureus의 소 균주에 대한 해상도는 적어도 스파 타이핑만큼 우수하며 MLST 또는 펄스장 겔 전기영동(PFGE)보다 우수합니다. RS-PCR 데이터베이스에는 현재 총 141개의 유전자형 및 변이가 포함되어 있습니다. 이 방법은 소 유방염에 관여하는 S. aureus 균주의 독성 유전자 패턴, 전염성 및 병원성과 밀접한 관련이 있습니다. S. aureus 유전자형 B(GTB)는 전염성이 있으며 가축 문제를 일으켜 스위스와 다른 유럽 국가에서 큰 비용을 초래합니다. 스위스에서 관찰되는 다른 모든 유전자형은 개별 암소와 사육장을 감염시킵니다. RS-PCR에 의한 유전형 분석은 임상 수의학의 두 가지 핵심 요소인 소 유방 내 감염(IMI)에 관여하는 S. aureus의 역학 및 병원성 가능성에 대한 신뢰할 수 있는 예측을 가능하게 합니다. 적당한 비용 및 높은 시료 처리량과 함께 이러한 유익한 특성으로 인해 이 간행물의 목표는 다른 실험실에서 황색포도상구균(S. aureus)의 유전형 분석을 위한 RS-PCR을 쉽게 설정하고 실행할 수 있는 상세한 단계별 프로토콜을 제공하는 것입니다.

유전자형과 그 변종의 정의 식별 된 모든 유전자형에서 하나 이상의 주파수 대역이 상이한 전기 영동 프로파일은 새로운 유전자형으로 간주된다. 새로운 유전자형은 이름과 확장 푸르니에 등에 따라. 5 GTAZ의 유전자형 GTAA 다음 GTZ의 유전자형 GTA, 선도 및 GTBA GTBZ, 그리고 GTCC에 GTCA 현재된다. 한 밴드의 변화는 유전자형 변형으로 간주된다. 그것은 유전자형 (예를 들어, GTRI, GTRII)의 이름 뒤에 상 첨부 로마 숫자로 표시됩니다. 총, 참조 데이터베이스에 141 유전자형 및 변형은 현재 존재한다. 푸르니에 등으로, RS-PCR. 5...

여기서 리보솜 스페이서 PCR(RS-PCR)은 소형 전기영동 시스템과 함께 적당한 비용으로 S. aureus를 유전형 분석하기 위한 빠르고 고분해능 방법으로 사용되어 높은 처리량을 허용합니다.

의 유전자형<em&gt; 황색 포도상 구균</em&gt;에 의해 리보솜 스페이서 PCR (RS-PCR)

The ribosomal spacer PCR (RS-PCR) is a highly resolving and robust genotyping method for S. aureus that allows a high throughput at moderate costs and is, ...

본 절차의 전반적인 목표는 Staphylococcus aureus의 유전형을 확보하고, 이를 숙주의 질병과 연결 짓는 것입니다. 이 방법은 소 유방염 분야의 핵심 질문에 답하고, Staphylococcus aureus의 전염성과 전파력을 보호하며, 유방 내 감염이 있는 소로부터 이를 분리하는 데 도움이 될 수 있습니다. 본 절차의 시연은 저희 연구실의 기술자인 Ivana Ivanovic이 진행하겠습니다.먼저, 5% 양 혈액을 함유한 Columbia Agar 플레이트 또는 BA 플레이트에 Staphylococcus aureus stock 배양액 10 µL 또는 선택 배지에서 배양된 콜로니 하나를 도말합니다. 해당 배양물을 37 °C에서 18~24시간 동안 호기성 배양합니다. 멸균된 플라스틱 루프나 나무 이쑤시개를 사용하여 BA agar 플레이트에서 박테리아 콜로니 하나를 채취하고, 이를 1.5 mL 스크류 캡 튜브에 담긴 100 µL의 TEL에 재현탁합니다. 샘플을 95 °C에서 10분 동안 배양한 후 즉시 젖은 얼음 위에 놓습니다.그 후, 샘플을 PCR용수로 1:100 비율로 희석합니다. 튜브에 여기에 나열된 시약들을 넣어 마스터 믹스를 준비합니다. 그런 다음, 이를 PCR 튜브에 분주하고 샘플 DNA를 첨가합니다.알려진 유전자형을 생성하는 DNA를 양성 대조군으로, 물을 음성 대조군으로 포함하십시오. 표준 PCR 사이클러를 사용하여 텍스트 프로토콜에서 설명한 프로그램을 실행하십시오. 약 6시간 45분의 사이클링 후에 기기를 정지시키고 튜브를 꺼내십시오.전기영동을 수행하려면 PC 및 설치된 소프트웨어에 연결된 Bioanalyzer와 함께 DNA용 상용 소형 전기영동 키트를 사용하십시오. 제조사의 지침에 따라 칩 프라이밍 스테이션을 설정하고 시린지 클립을 조정하십시오. 그 다음, 새로운 DNA 칩을 칩 프라이밍 스테이션에 넣으십시오.그 다음, 젤 염색액 혼합물을 실온에서 평형화한 후, G로 표시된 웰에 젤 염색액 9 µL를 피펫으로 분주합니다. 플런저가 1 mL 위치에 있는지 확인하고 칩 프라이밍 스테이션을 닫습니다. 플런저가 시린지 클립에 고정될 때까지 누른 다음, 정확히 30초 동안 기다렸다가 시린지 클립을 풉니다. 5초 후에 플런저를 1 mL 위치까지 천천히 다시 당깁니다.칩 프라이밍 스테이션을 열고, G로 표시된 두 웰에 겔 염색약 9µL를 피펫으로 분주합니다. 마커를 로딩하려면, 12개의 모든 샘플 웰과

genotyping-of-staphylococcus-aureus-by-ribosomal-spacer-pcr-rs-pcr

Research

연구

JoVE Journal

Immunology and Infection

면역학 및 감염학

우리는 살모넬라균 enterica serovars Enteritidis, 해더, 하이 델베르크, 그리고 Typhimurium의 급속한 탐지를위한 멀티 플렉스 PCR을 설명합니다. 특정 살모넬라균의 serovars는 유전자와 주어진 serovar의 O - 항원 생합성 클러스터 및 flagellin 고유의 시퀀스로 PCR 다중을 대상으로 확인할 수 있습니다. Serovar는 대상 allele에 해당하는 특정 크기 amplicons (PCR 제품)의 모양에 따라 분리 살모넬라균에 다음 할당됩니다.

확인을 위해 Allelotyping PCR 살모넬라 enterica serovars Enteritidis, 해더, 하이 델베르크, 그리고 Typhimurium

효율적인 게놈 전체의 단일 유전자 돌연변이 방법은 사용하는...

게놈 전체 유전자 삭제할에<em&gt; 연쇄상 구균 sanguinis</em&gt; 높은 처리량 PCR에 의한

메티실린 내성 황색포도상구균에 대한 포도상구균 카세트 염색체 mec(SCCmec) I-V 유형의 빠른 스크리닝 및 타이핑을 위한 간단한 멀티플렉스 PCR 분석을 시연하고, 이 분석을 개별 실험실에 성공적으로 적용할 수 있도록 하는 몇 가지 중요한 단계와 절차적 뉘앙스를 제공합니다.

Methicillin - ??? V? ??? ?? ??? ??? ? ?? I? ?????? ?? ??? PCR ?? ??<em&gt; ?? ??? ??</em

미생물 군집을 특성화하는 것은 환경 미생물학의 오랜 목표였습니다. 차세대 염기서열분석 방법을 통해 이제 최소한의 비용과 노동력으로 전례 없는 깊이로 미생물 군집의 특성을 분석할 수 있습니다. 여기에서는 벤치탑 염기서열분석기를 사용하여 박테리아 16S 리보솜 RNA 유전자를 염기서열분석하는 접근 방식에 대해 자세히 설명합니다.

16S 리보솜 RNA 유전자 증폭 산물의 차세대 시퀀싱

이 프로토콜은 식품에서 클래스 1 인테그론 및 관련 유전자 카세트의 검출을 설명합니다.

클래스 1 Integrons 유전자 카세트 식품을 선별

매트릭스 보조 레이저 탈착/이온화 비행 시간 질량 분석법(MALDI-TOF MS) 및 분자 기술(16S rRNA 유전자 염기서열 분석)을 통해 일상적인 진단에서 희귀 박테리아 병원체를 식별할 수 있습니다. 이 프로토콜의 목표는 보다 정확하고 신뢰할 수 있는 데이터를 제공하는 두 기술의 조합에 있습니다.

16S rRNA의 유전자 시퀀싱과 MALDI-TOF MS에 의해 희귀 세균성 병원체의 식별

우리는 16S rRNA의 유전자의 증폭 시퀀싱을 사용하여 세균 지역 사회의 특성에 대한 면봉에서 핵산을 추출하기위한 효율적이고 강력하고 비용 효과적인 방법을 설명합니다. 이 방법은 여러 종류의 시료에 대한 일반적인 처리 방법을 허용하고 하류 공정 분석들을 수용한다.

세균 커뮤니티 특성화에 대한 효율적인 핵산 추출 및 16S rRNA의 유전자 시퀀싱

여기, 선물이 RNA 샘플에 게놈 DNA (gDNA) 오염 추적에 대 한 프로토콜. 제시 방법 뇌관 특정 ribosomal DNA (rDNA) 유전자의 내부 베낀된 공백 지역 (ITS)을 활용합니다. 메서드는 대부분의 진핵생물과 원핵생물에서 DNA 오염의 안정적이 고 민감한 검출에 적합 합니다.

Ribosomal DNA에 따라 RNA 샘플에서 DNA 오염 평가

드립 흐름 반응기로 개방형 시스템 흐름 biofilms을 활용하여 디스크 원자로 회전을위한 프로토콜이 상세하게 제공됩니다.

에 대한 드립 흐름 및 회전 디스크 원자로의 사용 포도상 구균 Biofilm 분석

Murine 피부와 부드러운 조직 감염 모델은 methicillin 내성 포도상 구균 (MRSA) 및 호스트 면역 응답의 독성 기능을 평가하기위한 활용합니다. 여기, 우리는 피부와 부드러운 조직 감염 피하 감염 모델을 소개하고 있습니다.

Methicillin 내성 황색 포도상 구균 아리 어스의 피하 감염 (MRSA)

학습하세요 리보솜 스페이서 PCR(RS-PCR)을 이용한 Staphylococcus aureus 유전자형 분석 방법으로, 소 유방염 연구에 활용할 수 있습니다. 이 고해상도 기법은 빠르고 비용 효율적인 대량 분석이 가능합니다.

의 유전자형

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