Name: 재조합 고세균 프로 테아과 비 변성 페이지로 프로 테아 조립 검사 : 케이스를 결합 접근에 대한 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-12-17T14:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 57 s
Description: 학습하세요 재조합 프로테아좀 조립 분석 방법으로 서브유닛 공동 발현 및 용해 후 혼합 기법을 활용하여 조립 동역학과 중간체를 효율적으로 검출하는 기술입니다.

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이 작품은 ARK로, 미국 심장 협회 14GRNT20390154에서 수상에 의해 부분적으로 인디애나 대학교 - 퍼듀 대학교 인디애나 폴리스에서 연구 지원 기금 그랜트 (RSFG)에 의해 부분적으로 지원

1. 세균성 식입니다. 참고 : 본 연구에 사용 된 발현 플라스미드는하기 표 1에 기재되어있다. 본 연구에서 사용 된 용액, 미디어, 버퍼는 표 2에 기재되어있다. 고세균 테아 소단위 유전자의 클로닝 및 발현 플라스미드의 발생이 다른 18,20 설명한다. 요컨대, 서브 유닛의 재조합 동시 발현을위한 플라스미드는 각각의 서브 유닛 (18, 20)의 비교 발현 수준을 획득하는 데 도움이 bicistronic 오페론 전략을 사용한다. 아래에 나열된 식 매개 변수는이 연구에서 프로 테아 서브 유닛에 대한 최적의 것으로 경험적으로 결정했다. 다른 고세균 종에서, 또는 다른 재조합 단백질 복합체 (토론 참조) 프로 테아를 들어, 다른 프로 테아 돌연변이에 대한 표현을 최적화 할 필요가있다. <ol><li> (화학적으로 유능한 대장균 BL21에 관심의 발현 플라스미드를 변환DE3) 세포. </li><li> 갓 얼음에 해동 된 DE3 세포의 나누어지는로 - (100 NG 일반적으로 50), 20 분 동안 얼음에 품어 계속 플라스미드의 2 μL - 1을 추가합니다. </li><li> 열 충격 45 초 동안 42 ° C에서 세포와 additionl 2 분 동안 얼음에 튜브를 반환합니다. </li><li> LB 배지 1 mL를 넣고 1 시간 동안 (150 rpm으로)을 진탕 37 ° C에서 품어. </li><li> ((카나마이신이 보충 된 LB 고체 배지를 함유하는 플레이트이 항생제 본 연구 인코딩 저항에 사용 된 모든 플라스미드)) 관 LB 플레이트 상에 형질 전환 혼합물의 200 μL - 100 확산. 37 ºC O / N에서 번호판을 품어. </li><li> 다음 날 아침, 유리 문화 튜브에 액체 LB-관 미디어의 3 mL의에 LB-칸 판에서 단일 콜로니를 접종. 약 2.5 (150 RPM)을 진탕 37 ºC에서 품어 - 3 시간, 또는까지 혼탁이 관찰된다. </li><li> 분광 광도계 600 nm의 (OD 600)에서 문화의 광학 밀도를 측정한다. 셀 숭배를 희석6 ㎖의 최종 부피 0.4의 OD 600 데워진 LB 관 매체 적당량 URE. 40 분 37 ºC에서 진탕 다시 시작합니다. </li><li> 1 mM의 최종 농도 원액에서 IPTG를 첨가하여 액체 배양 물에서 단백질 발현을 유도한다. 7 시간 - 약 6 (150 RPM)을 진탕 37 ºC에서 품어. </li><li> 1.5 ML의의 microcentrifuge 튜브에 그 전체가 세균 세포 배양을 수확. </li><li> microcentrifuge 관에 문화의 1.5 ML을 추가합니다. 1 분 동안 10,000 × g에서 원심 분리기. </li><li> 뜨는을 취소하고 펠렛에 동일한 문화의 또 다른 1.5 mL를 넣어. 1 분 동안 10,000 × g에서 원심 분리기. </li><li> 전체 문화까지 단계를 반복 1.11은 microcentrifuge 관에 수확한다. </li><li> 용해 될 때까지 -80 ° C에서 유도 된 펠렛을 저장합니다. </li></ol> 2. 세균 용해와 해물을 혼합. 노트: </strong&gt; 동시 발현을 통해 연구 샘플의 경우, 2.1 (및 하위 섹션)을 따릅니다. 해물 혼합을 필요로하는 샘플의 경우, 2.2 절 (및 하위 섹션)을 따릅니다. 프로토콜에 포함 된 TSP (총, 가용성, 펠렛) 분석은 혼합 해물 (토론 참조) 중 결합 α와 β 서브 유닛의 대략 동일한 금액을 보장 할 수있는 단백질 발현을 최적화에 유용하다. 또한 다운 스트림 결과가 예상되지 않는 한 경우 (즉,이 단백질이 발현 및 가용성 것을 확인합니다) 중요한 제어 기능을 제공합니다. 따라서, 우리는 매우 초기 TSP 분석을 포함하는 것이 좋습니다. 최적의 프로토콜은 특정 서브 유니트 조합에 대해 달성되면, TSP 분석 엄격 이하 선택적으로 설명하는 이유이다 필요하지 않다. <ol><li> 균체 및 가용성 분획 제제의 용해. <ol><li> 5 분 동안 얼음에 유도 된 세포 펠렛을 해동. 용해 완충액 600 μL에 펠렛을 재현 탁. </li><li> Inc의총 조질 용 해물을 생성하기 위해 30 분 동안 (150 RPM)를 진탕하면서 30 ºC의 현탁액 ubate. 참고 : 다음 단계 및 다음 하위 섹션은 선택 사항입니다. </li><li> 별도의 1.5 ML의의 microcentrifuge 튜브에 총 원유 해물에서 두 25 μL 씩을 제거하고 다음과 같이 TSP 분석을 실시하고 있습니다. <ol><li> 두 25 μL 씩 중 하나, 1X의 최종 농도로 5 배 SDS 샘플 버퍼를 추가한다. &quot;총 원유 해물&quot;에 대한 &quot;T&quot;와 튜브 라벨. </li><li> 5 분 완전히 단백질을 변성하는 100 ºC에서 &quot;T&quot;샘플을 품어. </li><li> 한편, 제 25 μL 나누어지는을 10 분간 10,000 × g에서이를 원심 분리. 조심스럽게 작은 펠렛을 방해하지 않고 뜨는을 제거하고 새로운 1.5 ML의 microcentrifuge 관에 전송할 수 있습니다. &quot;가용 분&quot;에 대한 새로운 관 &quot;S&quot;를 레이블. </li><li> 작은 펠릿 왼쪽 behi에차 이전 단계에서, 재현 탁에 용해 버퍼와 소용돌이의 25 μL를 추가합니다. &quot;펠릿 부분&quot;이 관 &quot;P&quot;를 레이블. </li><li> 은 &quot;S&quot;와 &quot;P&quot;튜브에 6 μL 5 배의 SDS 샘플 버퍼를 추가하고 상술 한 바와 같이 100 ºC에서 품어. 참고 : TSP 샘플 표현을 분석하는 그 날 사용하지 않을 경우 필요할 때까지, 그들은 -20 ºC에서 동결 할 수있다. 12 % 및 / 또는 15 % 표준 SDS-PAGE 겔에 바로로드되기 전에, 상기 한 바와 같이 일단 해동, 그들은, 100 ºC에서 reincubated해야합니다. </li></ol></li><li> TSP에 분석이 수행되는 동안 원심 총 조질 용 해물의 잔여 550 μL 10 분 동안 10,000 × g에서 (또는 총 조질 용 해물의 전체 600 μL TSP 분석이 수행되지 않은 경우). 신선한 1.5 ML의 microcentrifuge 관에 뜨는을 수집합니다. 이 정제에 사용되는 수용성 분해물이다. </li></ol></li><li> 해물 혼합. <ol><li> 단계 2.1.1 위 2.1.2에 설명 된대로 용해을 수행하십시오. </li><li> 원하는 β 서브 유닛을 표현하는 박테리아에서 총 원유 해물의 600 μL를 사용하여 원하는 α 서브 유닛을 표현하는 박테리아에서 총 원유 해물의 600 μL를 섞는다. 천천히 30 분 동안 진탕 37 ºC에서 품어. 주 :이 (논의 참조) 혼합 용 해물 중에 최대 어셈블리를 달성하는 인큐베이션 시간을 최적화하는 것이 필요할 수있다. 시간과 여기에 제시된 온도는이 연구에서 재조합 단백질에 최적이며, 다른 곳에서 (18)를 측정 하였다. </li><li> 원심 분리기 10 분 동안 10,000 × g에서 혼합 해물은 불용성 펠렛에서 용해성 물질을 분리합니다. 새로운 1.5 ML의 microcentrifuge 관에 뜨는을 전송합니다. 단백질 정제에 대해이 혼합 용해 해물을 사용합니다. </li></ol></li></ol> 고정화 코발트 친 화성 수지를 통해 3. 단백질 정제(ICAR). <ol><li> 수지 평형. <ol><li> 철저하게 병을 반전 수지를 재현 탁하고 1.5 ML의 microcentrifuge 관에 슬러리의 50 μL를 전송합니다. 펠릿 수지 2 분 동안 700 × g에서 원심 분리기. 조심스럽게 뜨는을 대기음. 참고 : 우리는 액체의 대부분을 제거하기 위해 파란색 1 mL를 피펫 팁을 사용하여 피펫 포부를 실시하고 있습니다. 백색 2 μL 팁 비드를 덮는 액체의 매우 얇은 층을 남겨두고 나머지 상층 액 제거의 미세 제어를 위해 사용된다. </li><li> 부드럽게 수지 펠렛 2 분 동안 700 × g에서 수지와 원심 분리기를 재현 탁 1 mL의 버퍼 A. 믹스의 추가합니다. 조심스럽게 뜨는을 대기음이 세척 단계를 한 번 더 반복한다. </li></ol></li><li> 평형화 수지에 2.1 또는 2.2에서 이전에 취득한 가용성 해물을 적용합니다. 60 분 4 ºC에서 부드러운 회전 튜브를 품어. g &lt;700 ×에서 튜브를 원심 분리기/ 5 분 안에&gt; 조심스럽게 뜨는을 대기음. </li><li> 비특이적으로 결합 단백질을 제거하기 위해 다음과 같이 수지를 씻으십시오. <ol><li> 버퍼 (A)의 1 mL의에 재현 탁 수지는 부드러운 10 분 동안 4 ºC에서 락을 함께 품어. 5 분 동안 700 × g에서 튜브를 원심 분리기 조심스럽게 뜨는을 대기음. 이 세척 단계를 한 번 더 반복합니다. </li><li> 재현 탁 버퍼 B 1 용액 (5 mM의 이미 다졸와 버퍼 A)와 수지와 부드러운 5 분 동안 4 ºC에서 락을 함께 품어. 5 분 동안 700 × g에서 튜브를 원심 분리기 조심스럽게 뜨는을 대기음. 이 세척 단계를 한 번 더 반복합니다. </li><li> 재현 탁 버퍼 C 1 ㎖ (10 mM의 이미 다졸와 버퍼 A)와 수지와 부드러운 5 분 동안 4 ºC에서 락을 함께 품어. 5 분 동안 700 × g에서 튜브를 원심 분리기 조심스럽게 뜨는을 대기음. </li></ol></li><li> t (200 mM의 이미 다졸과 완충액 A) 버퍼 (400)의 E μL를 첨가하여 단백질을 용리수지 O. 부드러운 5 분 동안 4 ºC에서 락을 함께 품어. 5 분 동안 700 × g에서 원심 분리기. </li><li> 새로운 1.5 mL의 원심 분리 관에 정제 된 단백질을 포함하는 상층 액을 전송합니다. </li><li> 다음 연속 원심 분리에 의해 정제 된 단백질을 탈염. <ol><li> 정제 된 단백질의 400 μL에 (이 160 밀리미터에서 200 밀리미터에서 이미 다졸 농도를 감소) 100 μL 완충액 A를 추가합니다. 10 kDa의 분자량 컷 - 오프 0.5 mL를 ultracentrifugal 필터로 정제 된 단백질을 적용합니다. 5 분 동안 14,000 × g에서 원심 분리기. </li><li> 여과 액을 취소하고 다시 보유 및 원심 분리기를 희석 400 μL 완충액 A를 추가합니다. 이미 다졸 농도가 아래 4 mm로 떨어질 때까지 원심 분리 / 희석주기를 계속합니다. 각 원심 분리 ~ 70 μL (또는 약 7 배)까지 500 μl를 집중하는 경우 예를 들어, 두 개의 사이클 appr, 출발 160 mM의 이미 다졸 농도 (7 × 7 = 49 배)을 줄일oximately 3.3 mm이다. </li><li> BCA 분석 (21)를 사용하여 탈염 샘플의 단백질 농도를 측정한다. 주 : 제조자의 지침에 따라 탈염은 BCA 분석에 대한 허용 한계 이하로 이미 다졸 농도를 감소시킬 필요가있다. 본 연구실은 민감하기 때문에 BCA 분석을 선호 큰 동적 범위를 가지며, 더 적은 단백질을 단백질의 변화를 나타낸다. 그러나, 단백질의 농도를 측정하는 다른 방법은 BCA 분석을 대체 할 수있다. 핵심은 각 방법의 장점과 한계를 인식하는 것입니다. </li></ol></li><li> 1X의 최종 농도 5 배 기본 샘플 버퍼를 추가하고 전기를 진행합니다. 또한, 매장 샘플 나중에 분석을 위해 -20 ºC에서. </li></ol> 4. 비 변성 폴리 아크릴 아미드 젤 전기 영동 (PAGE). 주의 : 미 중합 아크릴 아미드는 신경독이다. 적절한 보호 GEA을 착용아르 자형. <ol><li> 다음과 같이 비 변성 PAGE 젤을 준비합니다. <ol><li> 깨끗한 유리 플레이트를 사용하여 주조 스탠드 주조 겔 카세트를 준비한다. 작은 자석 교반기 위에 그라데이션 메이커를 놓고 각 챔버에 작은 교반 막대를 배치합니다. </li><li> (/ V W) 아크릴 아미드 및 2 % (W / V) 비스 아크릴 스톡 용액은 5 %와 10 %를 준비하여 40 % (W / V) 네이티브 해결 버퍼에서 아크릴 아마이드 겔 용액. 비스 아크릴 아미드하는 총 아크릴 아미드의 비율이 37.5 있는지 확인하십시오 : 1. 얼음에 칠 쏟아져하기 전에. 주 : 여기에서 사용되는 비 변성 PAGE 시스템은 램 믈리 SDS-PAGE 시스템과 본질적으로 동일하고, SDS (22)를 생략하여. </li><li> 중합을 개시 아크릴 아미드 솔루션 (물에서 제조 / v)의 원액 w (10 %에서) 황산 암모늄을 추가합니다. 황산 암모늄의 최종 농도는 0.1 %이다 (W / V). </li><li> 그라데이션 메이커의 두 챔버에 아크릴 아미드 솔루션을 따르십시오. 출구 튜브 삽입 B를etween 겔 카세트의 판, 자석 교반기를 활성화하고 그라데이션 메이커 밸브를 엽니 다. 10 % 비 변성 그라데이션 젤 - 5를 따르십시오. </li><li> 일단 부, 이소프로판올의 얇은 층으로 겔을 오버레이하여 겔을 30 분 동안 중합 할 수있다. 이 기간 동안, 네이티브 해결 버퍼에 신선한 5 % 아크릴 아마이드 겔 용액을 준비합니다. 젤 세트 후, 아이소 프로필 알코올을 부어 물총 병에서 탈 이온수로 겔의 상단을 씻어. </li><li> 상기 제조 한 5 % 겔 용액 (정확히 같은 4.1.3에 기재되어 있음)과 황산 암모늄을 추가 한 유리판가 가득 할 때까지 중합 된 겔 위에 붓는다. 젤 빗를 삽입합니다. 오버레이 젤은 추가로 30 분 동안 중합하도록 허용합니다. </li><li> 겔 중합되면, 전기 영동 장치에 겔 카세트를 조립한다. 또한, 사용할 준비가 될 때까지 젖은 종이 타월 및 플라스틱 랩에 싸서 4 ºC에서 젤을 저장합니다. </li></ol></li><li> 일단 비 변성 PAGE 젤 ELEC에 조립영동 장치는 10 배 네이티브 실행 버퍼 재고 신선한 준비 1X 기본 실행 버퍼 탱크를 채우십시오. </li><li> 각 웰 유리 주사기를 사용으로, (3)의 단부에서 얻어진 정제 된 단백질 10 μg의로드. </li><li> 웰 중 하나에 (1X 네이티브 실행 완충액에 희석 된) 고 분자량 천연 단백질 표준로드 2 μL. </li><li> (- 4.5 시간 약 4) 55 V, 4 ºC에서 젤을 실행 염료 전면 겔을 실행 할 때까지. </li><li> 비 변성 겔뿐만 아니라, 표준 SDS-PAGE (22)에 의해 정제 된 단백질의 분취 량을 분석한다. <ol><li> 1X의 최종 농도로 5 배 SDS 샘플 완충액 (3)의 단부에서 얻어진 정제 된 단백질 샘플의 분취 량 (10 μg의)를 섞는다. </li><li> 5 분 동안 100 ºC에서 품어 12 표준 % 및 / 또는 15 % SDS-PAGE 젤 (22)에로드합니다. </li><li> 20 분 동안 80V에서 실행하고 염료 전면 겔 (도망 때까지 120 V에서이 약의 추가이다itional 12 % 겔 75 분, 및 15 % 겔을 120 분). </li></ol></li></ol> 5. 떠올리 활동 및 단백질 염색법. <ol><li> 전기 신중 별도의 유리판에 이어 탈 이온수 50 ㎖를 함유하는 겔 트레이에 비 변성 겔 옮긴다. 부드러운 5 분 동안 흔들와 젤을 씻어. 물을 버리고이 세척 단계를 세 번 반복한다. </li><li> 다음과 같이 기판 오버레이 분석을 수행합니다. <ol><li> 형광 펩타이드 기질 SUC-LLVY-AMC를 포함하는 버퍼를 개발의 1 mL를 넣고 겔에 걸쳐 균일하게 확산. 30 분 37 ºC에서 품어. 주 : 유리로드 또는 겔 릴리 (별도의 유리판, 플라스틱에 사용되는 작은 쐐기)는 겔상의 액체를 확산하는데 사용될 수있다. </li><li> 조심 의한 절단 된 펩티드 기질에 겔 촬상 시스템의 UV transilluminator가 겔 상으로 전송 및 형광을 관찰한다. 기록 이미지입니다. 조심스럽게 겔 바 전송겔 트레이 (CK). </li><li> 부드럽게 흔들 5 분 동안 탈 이온수 50 mL로 두 번 씻어 겔. </li><li> 부드럽게 흔들 60 분 동안 콜로이드 쿠마시 염색 용 시약을 10 mL로 젤을 염색. 배경까지 50 mL의 물 Destain 젤은 분명해진다. 이 염색 공정뿐만 아니라 표준 SDS-PAGE 겔에 적용된다. </li></ol></li></ol>

<ol><li>Wan, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Panorama+of+ancient+metazoan+macromolecular+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Panorama of ancient metazoan macromolecular complexes.</a> Nature. 525, 339-344 (2015).</li>
<li>Marsh, J. A., Teichmann, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure%2C+dynamics%2C+assembly%2C+and+evolution+of+protein+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Biochem%22%5BJournal%5D)">Structure, dynamics, assembly, and evolution of protein complexes.</a> Annu Rev Biochem. 84, 551-575 (2015).</li>
<li>Williamson, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cooperativity+in+macromolecular+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Cooperativity in macromolecular assembly.</a> Nat Chem Biol. 4, 458-465 (2008).</li>
<li>Finley, D., Ulrich, H. D., Sommer, T., Kaiser, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ubiquitin-proteasome+system+of+Saccharomyces+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">The ubiquitin-proteasome system of Saccharomyces cerevisiae.</a> Genetics. 192, 319-360 (2012).</li>
<li>Groll, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+of+20S+proteasome+from+yeast+at+2.4+A+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Structure of 20S proteasome from yeast at 2.4 A resolution.</a> Nature. 386, 463-471 (1997).</li>
<li>Lander, G. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complete+subunit+architecture+of+the+proteasome+regulatory+particle%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Complete subunit architecture of the proteasome regulatory particle.</a> Nature. 482, 186-191 (2012).</li>
<li>Lowe, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Crystal+structure+of+the+20S+proteasome+from+the+archaeon+T.+acidophilum+at+3.4+A+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Crystal structure of the 20S proteasome from the archaeon T. acidophilum at 3.4 A resolution.</a> Science. 268, 533-539 (1995).</li>
<li>Hu, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+of+the+Mycobacterium+tuberculosis+proteasome+and+mechanism+of+inhibition+by+a+peptidyl+boronate%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Structure of the Mycobacterium tuberculosis proteasome and mechanism of inhibition by a peptidyl boronate.</a> Mol Microbiol. 59, 1417-1428 (2006).</li>
<li>Zwickl, P., Kleinz, J., Baumeister, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Critical+elements+in+proteasome+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Critical elements in proteasome assembly.</a> Nat Struct Biol. 1, 765-770 (1994).</li>
<li>Groll, M., Brandstetter, H., Bartunik, H., Bourenkow, G., Huber, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Investigations+on+the+maturation+and+regulation+of+archaebacterial+proteasomes%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Investigations on the maturation and regulation of archaebacterial proteasomes.</a> J Mol Biol. 327, 75-83 (2003).</li>
<li>Frankenberg, R. J., Hsu, T. S., Yakota, H., Kim, R., Clark, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+denaturation+and+elevated+folding+temperatures+are+required+for+wild-type+activity+and+stability+of+recombinant+Methanococcus+jannaschii+20S+proteasome%5BTitle%5D)+AND+%22Protein+Sci%22%5BJournal%5D)">Chemical denaturation and elevated folding temperatures are required for wild-type activity and stability of recombinant Methanococcus jannaschii 20S proteasome.</a> Protein Sci. 10, 1887-1896 (2001).</li>
<li>Maupin-Furlow, J. A., Aldrich, H. C., Ferry, J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biochemical+characterization+of+the+20S+proteasome+from+the+methanoarchaeon+Methanosarcina+thermophila%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Biochemical characterization of the 20S proteasome from the methanoarchaeon Methanosarcina thermophila.</a> J Bacteriol. 180, 1480-1487 (1998).</li>
<li>Maupin-Furlow, J. A., Ferry, J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+proteasome+from+the+methanogenic+archaeon+Methanosarcina+thermophila%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">A proteasome from the methanogenic archaeon Methanosarcina thermophila.</a> J Biol Chem. 270, 28617-28622 (1995).</li>
<li>Wittig, I., Braun, H. P., Schagger, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Blue+native+PAGE%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Blue native PAGE.</a> Nat Protoc. 1, 418-428 (2006).</li>
<li>Langer, T., Pfeifer, G., Martin, J., Baumeister, W., Hartl, F. U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chaperonin-mediated+protein+folding%3A+GroES+binds+to+one+end+of+the+GroEL+cylinder%2C+which+accommodates+the+protein+substrate+within+its+central+cavity%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Chaperonin-mediated protein folding: GroES binds to one end of the GroEL cylinder, which accommodates the protein substrate within its central cavity.</a> EMBO J. 11, 4757-4765 (1992).</li>
<li>McKenzie, M., Lazarou, M., Thorburn, D. R., Ryan, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+mitochondrial+subunit+assembly+into+respiratory+chain+complexes+using+Blue+Native+polyacrylamide+gel+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">Analysis of mitochondrial subunit assembly into respiratory chain complexes using Blue Native polyacrylamide gel electrophoresis.</a> Anal Biochem. 364, 128-137 (2007).</li>
<li>Tomko, R. J., Hochstrasser, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Incorporation+of+the+Rpn12+subunit+couples+completion+of+proteasome+regulatory+particle+lid+assembly+to+lid-base+joining%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Incorporation of the Rpn12 subunit couples completion of proteasome regulatory particle lid assembly to lid-base joining.</a> Mol Cell. 44, 907-917 (2011).</li>
<li>Panfair, D., Ramamurthy, A., Kusmierczyk, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Alpha-ring+Independent+Assembly+of+the+20S+Proteasome%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Alpha-ring Independent Assembly of the 20S Proteasome.</a> Sci Rep. 5, 13130(2015).</li>
<li>Zimmerman, S. B., Trach, S. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Estimation+of+macromolecule+concentrations+and+excluded+volume+effects+for+the+cytoplasm+of+Escherichia+coli%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Estimation of macromolecule concentrations and excluded volume effects for the cytoplasm of Escherichia coli.</a> J Mol Biol. 222, 599-620 (1991).</li>
<li>Kusmierczyk, A. R., Kunjappu, M. J., Kim, R. Y., Hochstrasser, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+conserved+20S+proteasome+assembly+factor+requires+a+C-terminal+HbYX+motif+for+proteasomal+precursor+binding%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">A conserved 20S proteasome assembly factor requires a C-terminal HbYX motif for proteasomal precursor binding.</a> Nat Struct Mol Biol. 18, 622-629 (2011).</li>
<li>Smith, P. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measurement+of+protein+using+bicinchoninic+acid%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">Measurement of protein using bicinchoninic acid.</a> Anal Biochem. 150, 76-85 (1985).</li>
<li>Laemmli, U. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cleavage+of+structural+proteins+during+the+assembly+of+the+head+of+bacteriophage+T4%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4.</a> Nature. 227, 680-685 (1970).</li>
<li>Chen, P., Hochstrasser, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Autocatalytic+subunit+processing+couples+active+site+formation+in+the+20S+proteasome+to+completion+of+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Autocatalytic subunit processing couples active site formation in the 20S proteasome to completion of assembly.</a> Cell. 86, 961-972 (1996).</li>
<li>Li, X., Kusmierczyk, A. R., Wong, P., Emili, A., Hochstrasser, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((beta-Subunit+appendages+promote+20S+proteasome+assembly+by+overcoming+an+Ump1-dependent+checkpoint%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">beta-Subunit appendages promote 20S proteasome assembly by overcoming an Ump1-dependent checkpoint.</a> EMBO J. 26, 2339-2349 (2007).</li>
<li>Kusmierczyk, A. R., Kunjappu, M. J., Funakoshi, M., Hochstrasser, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+multimeric+assembly+factor+controls+the+formation+of+alternative+20S+proteasomes%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">A multimeric assembly factor controls the formation of alternative 20S proteasomes.</a> Nat Struct Mol Biol. 15, 237-244 (2008).</li>
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우리는 재조합 고세균 프로 테아 좀을 이용하여 비 변성 PAGE를 테아 조립체 분석에 결합 방법의 이점을 보여준다. 프로 테아 서브 유닛의 박테리아 동시 발현의 일반적인 방법 9,11 신속한 분석이 가능하지만 키 어셈블리 중간체를 공개하지 않을 수 있습니다. 우리 조립체 이벤트의 더 넓은 영상을 개발하는 혼합 용 해물과 동시 발현을 조합 한 제안. 이러한 결합 접근법의 장점은 별도의 α 발현을 요구하고 해물 믹싱 β 서브 유닛에도 불구하고, 여전히 비교적 노동 친화적이라는 것이다. 하나가 각각의 단백질의 대등 일관된 발현 수준을 보장하는 경우는 반 정량적 결과 일 수있다. 이를 위해 파쇄 혼합 전에 발현 된 단백질의 대등 한 수준의 허용 조건을 결정하기 위해, 재조합 단백질 발현의 일반적인 최적화를 수행 바랍니다. 최적화 유도 팀을 변경 포함 할 수 있습니다즉, 온도 감응 유도 박테리아 발현 균주에서 광학 밀도 등, 가용성 단백질의 목적하는 수준까지 달성된...

Multiprotein 단지는 수많은 중요한 세포 활동 1을 수행한다. 이 단지의 많은, 더 많은 그들의 조립 2,3에 대한보다 자신의 구조와 기능에 대한 알려져있다. 프로 테아는 하나의 복잡하고 삶의 모든 영역에서 발견된다. 진핵 생물에서이 분자 기계는 유비퀴틴 / 프로 테아 좀 시스템 (UPS)의 핵심이며, 세포 내 단백질 분해 (4)의 주요 경로를 제공합니다. 20S 프로 테아 솜을, 또는 코어 입자 (CP) (5), 즉, 19S 규제 입자 (RP) (6)에 의해 하나 또는 양 말단에서 캡핑 될 수합니다 (26S 프로 테아라고 함) 진핵 테아는 두 개의 주요 서브 어셈블리로 이루어진다. 20 대 프로 테아 큰 구획 단백질 분해 효소이다. 그 급 구조가 절대적으로 삶의 모든 영역에 걸쳐 보존과 구조적으로 관련 서브 유닛의 두 가지 유형을 포함하는 4 ~ 7 원환의 스택으로 구성되며, α; 그리고 5,7,8을 β. 진핵 생물에있어서, 2 개의 외부 링은 각각 일곱 별개의 α 서브 유닛으로 구성되며, 두 개의 내부 링은 각각 일곱 별개 β 소단위로 구성된다; 단백질 분해 활성은 β 서브 유닛의 세 내에 존재한다. 대조적으로, 고세균 및 세균의 CP 링은 일반적으로 오직 하나의 α 형과 β 서브 유닛의 한 형태로 구성된다. 고세균 프로 테아 좀은 그들의 조성 단순성 및 그들의 대응 진핵 9-13과 공통 어셈블리기구 공유 모두 테아 조립체를 연구하는 것이 중요 모델 시스템을 제공했다. 요약하면, α 서브 유닛은 서브 유닛 조립 β있는에 발판 역할을하는 첫 번째 α 링으로 조립한다. 상승을주는 결과 반 프로 테아 좀 (α 7 β 7) 이량은 완전히 CP (α 7 β 7 β 7 α 7) 조립합니다. 이량 동안 propeptides은 β 서브 유닛에 존재자기 촉매 촉매 N 말단 트레오닌를 노출, 제거됩니다. 어셈블리를 모델링 고세균 프로 테아 좀의 사용은 빈번하게 대장균에서 재조합 고세균 테아 단백질의 생성을 이용한다. 이 다양한 조합으로 제조 될 수있는 서브 유닛 자체 프로 테아 좀을 생산하지 않는 숙주 유기체에서 WT 및 돌연변이 버전 모두 같은 수 있기 때문에 가치가있는 접근법이다. 다중 단백질 복합체의 조립을 모니터링 생화학 조립 중간체 및 전구체에서 완전히 조립 된 복합체를 분리하는 분류 방법의 일종이 필요합니다. 때문에 폴리 아크릴 아미드 젤 전기 영동 (PAGE) 비 변성 뛰어난 해결 능력, 다양한 큰 multiprotein 단지 14 ~ 17의 분류에서 특히 유용한 것으로 입증되었습니다. 재조합 고세균 테아 생산 및 비 변성 PAGE의 조합 dissectin에서 강력한 접근되었다g의 프로 테아 좀 어셈블리 9,11,12,18. 그러나,이 방법이 적용되는 (즉. α 및 β 서브 유닛의 동시 발현 재조합을 통해) 통상의 방법은 중요한 단점을 갖는다. 조립 협동 반응은 강하게 농도 의존적 3이다. 세포 내부의 단백질 농도로 인해 배제 체적 효과 (19)이 매우 높은 점을 감안, 조립 반응은 생체 내에서 급속하게 진행. 따라서 α와 β 서브 유닛이 동시 발현 될 때 중요한 조립 중간체를 그리워하는 것이 가능하다. 여기, 우리는 재조합 고세균 프로 테아 서브 유닛을 사용하여 프로 테아 좀 어셈블리의 연구에서 결합 된 접근 방식에 대한 주장한다. 이 방식에서, 두 동시 발현과 해물 혼합 방법이 이용된다. 동시 발현 덜 노동 집약적이기 때문에 전자는 어셈블리의 신속한 분석이 가능합니다. 후자는 혼합하여 α와 β 서브 유닛, 별도의 표현에 따라 달라집니다. 이 requi 비록동시 발현보다 고해상도 조금 더 많은 노력, 그것은 동시 발현 동안 놓친 중간체를 검출 할 수있는 능력에 의해 보상 이상이다. 함께, 이러한 방법은 두 테아 조립체의 더욱 완전한 그림을 제공 할 수있다.

<table><tbody><tr><td>아크릴아미드(40%) 용액</td><td>Biorad</td><td>1610104</td><td>중합되지 않은 아크릴아미드는 신경독입니다. 적절한 보호 장구를 착용</td></tr>하십시오 <tr><td>Amicon ultra 0.5 mL 원심 필터</td><td>EMDMillipore</td><td>UFC501024</td><td></td></tr><tr><td>Ammonium Persulfate</td><td>Sigma</td><td>A3678</td><td></td></tr><tr><td>ATP</td><td>Sigma</td><td>A7699</td><td></td></tr><tr><td>BCA 분석 키트</td><td>Pierce</td><td>23225</td><td></td></tr><tr><td>Bisacrylamide (2%) 용액</td><td>Biorad</td><td>1610142</td><td></td></tr><tr><td>Bromophenol blue</td><td>Sigma</td><td>B8026</td><td></td></tr><tr><td>DNaseI</td><td>Sigma</td><td>DN25</td><td></td></tr><tr><td>Dithiothreitol (DTT)</td><td>Thermo Fisher</td><td>BP172</td><td></td></tr><tr><td>E. coli BL21 competent cells</td><td>EMD Millipore</td><td>69450</td><td></td></tr><tr><td>GelCode Blue</td><td>Thermo Fisher</td><td>24592</td><td>겔용 콜로이드 coomassie 염색 시약</td></tr><tr><td>Gel doc EZ system</td><td>Biorad</td><td>1708270</td><td>겔 문서화 시스템</td></tr><tr><td>겔 방출기</td><td>Biorad</td><td>1653320</td><td>겔 플레이트를 분리하는 데 사용되는 쐐기 모양의 플라스틱; 액체를 퍼뜨리는 데 유용합니다.</td></tr><tr><td>유리 막대</td><td>Thermo Fisher</td><td>11-380B</td><td></td></tr><tr><td>글리세롤</td><td>시그마</td><td>49767</td><td></td></tr><tr><td>글리신</td><td>Thermo Fisher</td><td>BP3865</td><td></td></tr><tr><td>해밀턴 주사기</td><td>Thermo Fisher</td><td>14-813-38</td><td>젤 로딩용 유리 주사기</td></tr><tr><td>HEPES</td><td>US Biologicals</td><td>H2010</td><td></td></tr><tr><td>HMW 기본 교정 키트</td><td>GE Healthcare</td><td>170445-01</td><td>고분자량 단백질 표준물</td></tr><tr><td>Hoefer SG30</td><td>Thermo Fisher</td><td>03-500-277</td><td>그라디언트 메이커</td></tr><tr><td>Imidazole</td><td>US Biologicals</td><td>280671</td><td></td></tr><tr><td>IPTG</td><td>US Biologicals</td><td>I8500</td><td>단백질 발현 유도용</td></tr><tr><td>Isopropanol</td><td>Thermo Fisher</td><td>BP26181</td><td></td></tr><tr><td>Kanamycin sulfate</td><td>US Biologicals</td><td>K0010</td><td></td></tr><tr><td>라이소자임</td><td>시그마</td><td>L6876</td><td></td></tr><tr><td>MgCl2</td><td>Fluka 분석</td><td>630680</td><td></td></tr><tr><td>Mini Protean Tetra Cell</td><td>Biorad</td><td>1658002EDU</td><td>겔 전기영동 장치</td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Thermo Fisher</td><td>S640-3</td><td></td></tr><tr><td>NaOH</td><td>Thermo Fisher</td><td>S318-1</td><td></td></tr><tr><td>Pefabloc SC</td><td>Roche</td><td>11429876001</td><td>프로테아제 억제제</td></tr><tr><td>pET42</td><td>EMD Millipore</td><td>70562</td><td>발현 플라스미드</td></tr><tr><td>정밀 플러스 모든 파란색 표준</td><td>Biorad</td><td>1610373</td><td>SDS-PAGE</td></tr><tr><td>Quickchange 돌연변이 유발 키트</td>에 대한 분자 단백질 표준물 <td>Agilent Technologies</td><td>200521</td><td></td></tr><tr><td>Sodium Dodecyl Sulfate (SDS)</td><td>Thermo Fisher</td><td>BP166</td><td></td></tr><tr><td>Suc-LLVY-AMC</td><td>Enzo lifesciences</td><td>BML P802-0005</td><td>불소 기질</td></tr><tr><td>탈론 금속 친화성 수지</td><td>클론텍</td><td>635502</td><td>고정 코발트 친화성 수지</td></tr><tr><td>TEMED</td><td>시그마</td><td>T7024</td><td></td></tr><tr><td>트리스</td><td>US Biologicals</td><td>T8600</td><td></td></tr><tr><td>트리톤-X100</td><td>시그마</td><td>93426</td><td></td></tr><tr><td>트립톤</td><td>박토 BD</td><td></td><td></td>211699</tr><tr><td>UV 샘플 트레이</td><td>Biorad</td><td>1708271</td><td>젤의 UV 이미징용</td></tr><tr><td>효모 추출물</td><td>Bacto BD</td><td>212720</td><td></td></tr></tbody></table>

재조합 고세균 프로 테아과 비 변성 페이지로 프로 테아 조립 검사 : 케이스를 결합 접근에 대한

Examining Proteasome Assembly with Recombinant Archaeal Proteasomes and Nondenaturing PAGE:  The Case for a Combined Approach

프로 테아 좀은 삶의 모든 영역에서 발견된다. 자신의 어셈블리를 완전히 이해되지 않지만 그들은, 진핵 생물의 세포 내 단백질 분해의 주요 경로를 제공합니다. 모든 프로 테아 두 heptameric α 서브 유닛 반지 사이에 끼워 두 heptameric β 서브 유닛 반지를 포함, 구조적으로 보존 된 코어 입자 (CP), 또는 20S 프로 테아 좀 (proteasome)를 포함한다. 고세균 20S 프로 테아 좀은 진핵 생물의 대응에 비해 구조적으로 간단, 아직 그들은 모두 공통의 조립 메커니즘을 공유 할 수 있습니다. 따라서, 고세균 20S 프로 테아 좀은 진핵 세포 프로 테아 조립을위한 중요한 모델이 될 것을 계속한다. 특히, 비 변성 폴리 아크릴 아미드 겔 전기 영동 (PAGE)와 결합 고세균 (20S)의 프로 테아 좀의 재조합 발현는 프로 테아 좀의 생합성에 많은 중요한 통찰력을 산출했다. 여기, 우리는 고세균 프로 테아 α의 동시 발현의 일반적인 전략을 개선하는 방법을 논의하고 β 서브 유닛 전에 nondenaturi하기NG PAGE. 우리는 신속하고 효율적인 있지만, 혼자 동시 발현 방식이 키 어셈블리 중간체를 놓칠 수 있다는 것을 보여줍니다. 프로 테아 좀의 경우, 동시 발현은 반 프로 테아 좀의 감지, 중간 포함하는 하나의 완전한 α-링과 하나의 완전한 β-링을 허용하지 않을 수 있습니다. 그러나,이 중간 용이 해물 혼합을 통해 검출된다. 우리는 해물 혼합과 동시 발현을 결합하는 어셈블리를 분석에 더 철저 접근을 산출, 아직 노동 nonintensive 유지하는 것이 좋습니다. 이 접근은 다른 재조합 multiprotein 복합체의 연구에 유용 할 수있다.

α 서브 유닛이 형태 링 (9)에 결합하면 프로 테아 좀 어셈블리 (그림 1) 시작합니다. C는 말단 헥사 히스티딘은 (그의 태깅) 유도체 (표 1) 태그로서 호열 Methanococcus maripaludis S2에서 α 서브 유닛을 대장균에서 발현되는 경우가 설명 될 수있다. 재조합-α 단백질 자신의 페이지를 비 변성하여 ICAR 그래피 분석 한 결과, 두 개의 밴드 (도 2A, 레인 1)을 관찰 하였다. 우리는 이전에이 싱글 α 링 (SR) 및 더블 α-링 (DR) (18)에 대응 증명하고있다. 재해 복구 이후 조립 9,18에 대한 생산되지 않는 막 다른 종입니다. α-그의 경우 서브 유닛은 재조합 고세균 프로 테아 좀의 어셈블리가 670 kDa의 크기 스탠드 근처에 이주, 새로운 종을 관찰...

이 프로토콜은 서브 유닛의 동시 발현 재조합 프로 테아 좀 어셈블리의보다 철저한 검사를 위해 혼합 postlysis 서브 유닛을 모두 사용합니다.

Proteasomes are found in all domains of life. They provide the major route of intracellular protein degradation in eukaryotes, though their assembly is ...

이 실험의 전체적인 목표는 재조합 서브유닛과 비변성 폴리아크릴아마이드 겔 전기영동(Polyacrylamide Gel Electrophoresis, PAGE)을 사용하여 프로테아좀과 같은 다단백질 복합체의 조립을 분석하는 것입니다. 이 방법은 이 단백질 복합체의 조립 경로를 따라 어떤 중간종이 나타나는지와 같은 프로테아좀 분야의 핵심 질문에 답하는 데 도움이 될 수 있습니다. 이 기술의 주요 장점은 두 가지 병렬 접근 방식으로 조립을 빠르게 스크리닝할 수 있어, 정방향 및 역방향 경로의 중간체를 모두 검출할 수 있다는 점입니다. 이 절차는 텍스트 프로토콜에 설명된 박테리아 발현부터 시작합니다. 박테리아 용해를 수행하려면, 원하는 조합의 프로테아좀 서브유닛이 공동 발현된 유도된 세포 펠렛을 얼음 위에서 5분 동안 해동하십시오. 해동이 완료되면, 펠렛을 600 µL의 Lysis Buffer에 재부유시킵니다. 이 현탁액을 30

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Research

연구

JoVE Journal

Biochemistry

생화학

질량 분석법 (APMS)와 함께 태그 단백질의 친 화성 정화는 단백질 상호 작용 네트워크의 체계적인지도 및 생물학적 과정의 기계론의 기초를 조사하기위한 강력한 방법입니다. 여기, 우리는 세균 용으로 개발 된 최적화 된 연속 펩타이드 친 화성 (SPA) APMS 절차를...

의 단백질 단지의 식별<em&gt; 대장균</em&gt; 직렬 질량 분석법과 함께 순차적 펩타이드의 동질 정화를 사용하여

이 비디오에서는 프로테아좀 억제제를 사용하여 프로테아좀 활성을 차단하여 형광 표지에 융합된 잘못 접힌 돌연변이 단백질이 유비퀴틴 의존성 프로테아솜 분해를 겪어 세포 세포질 내에 축적되는 것을 방지하는 세포 기반 단백질 응집 분석을 시연합니다. 그런 다음 단백질 응집체를 시각화하고 형광 현미경으로 정량화합니다.

Protein Aggregate Formation Assay: 프로테아솜 억제제에 의한 유도 시 배양된 세포에서 단백질 응집을 검출하고 정량화하는 방법

기술 비교, 정량 프로테오믹스 방법은 서로 다른 조건에서 multiprotein의 단지의 조성에 대한 통찰력을 얻는 것을 목표로하고 유 전적으로 서로 다른 변종을 비교하여 보여줍니다. 정량 분석​​을 위해 자당 밀도 구배 상이한 분획 같은 부피는 질량 분석법에 의해 혼합되고 분석된다.

multiprotein의 단지의 비교 분석을위한 새로운 접근 방식을 기반으로<sup&gt; 15</sup&gt; N 대사 라벨링 및 정량 질량 분석

표적 단백질 분해는 세포 기능의 주요 조절기구를 나타낸다. 그런 다음 26S 프로 테아 좀에 대해 같은 분자 "태그"봉사하는 표적 단백질에 polyubiquitin 체인을 부착 보존 유비퀴틴 - 프로 테아 좀 경로를 통해 발생합니다. 여기, 우리는 단백질의 프로 테오 저하에 대한 간단하고 신뢰할 수있는 세포가없는 분석을 설명합니다.

식물의 셀없는 시스템에서 프로 테오 저하 시금

안정화 신규 이차원 폴리 아크릴 아미드 겔 전기 영동에 결합 된 아민 반응성 단백질 가교제를 사용하여 변성 조직 파쇄물로부터 천연 단백질 복합체를 분리하는 방법 (PAGE) 시스템이 제공된다.

다량 체-PAGE : 생물학적 샘플에서 캡처하는 방법 및 해결 단백질 단지

여기에서 우리는 라벨 무료 양적 질량 분석을 사용하여 단백질 상관 프로파일 다음에 친 화성이 단백질 복합체의 정화 및 파란색 기본 페이지에서 자신의 분리를위한 프로토콜을 제시한다. 이 방법은 서로 다른 단백질 복합체에 상호 작용 체를 해결하는 데 유용합니다.

블루 기본 페이지와 단백질 상관 관계 프로파일 링에 의한 선호도 정제 단백질 복합체 해결

단백질 복합물의 건축은 그들의 기능을 위해 필수적입니다. 다양 한 대량 spectrometric 기법을 결합 하 여 그들의 어셈블리를 공부 하는 강력한 입증. 우리 화학 cross-linking 및 네이티브 질량 분석에 대 한 프로토콜을 제공 하 고 어떻게 이러한 상호 보완적인 기술을 다 소 단위 단백질 어셈블리의 구조를 명료 하 게 도움이 보여.

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이 방법은 엑스레이 결정학 및 소 각 x 선 산란 (SAXS), 복제, 표현, 및 구조 결심을 위한 재조합 Nsa1의 정화를 설명 하 고 다른 단백질의 하이브리드 구조 분석에 대 한 적용 둘 다를 포함 하는 주문 하 고 도메인을 난잡.

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박테리아, 효모 및 인간 세포에서 일시적으로 형성된 분자 샤페론 어셈블리의 시투 모니터링

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초저온 전자 현미경 구조 결정을 위한 DNA 복구 인자와 복합체화된 뉴클레오솜 코어 입자의 준비

학습하세요 재조합 프로테아좀 조립 분석 방법으로 서브유닛 공동 발현 및 용해 후 혼합 기법을 활용하여 조립 동역학과 중간체를 효율적으로 검출하는 기술입니다.

재조합 고세균 프로 테아과 비 변성 페이지로 프로 테아 조립 검사 : 케이스를 결합 접근에 대한

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