Experimental Design for Laser Microdissection RNA-Seq: Lessons from an Analysis of Maize Leaf Development

Robyn M. Johnston; Anne W. Sylvester; Michael J. Scanlon

doi:10.3791/55004

레이저 이외에 Microdissection RNA-서열에 대한 실험 디자인 : 옥수수 잎 개발의 분석 교훈

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Biochemistry

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Experimental Design for Laser Microdissection RNA-Seq: Lessons from an Analysis of Maize Leaf Development

레이저 이외에 Microdissection RNA-서열에 대한 실험 디자인 : 옥수수 잎 개발의 분석 교훈

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10:08 min

March 5, 2017

DOI: 10.3791/55004-v

Robyn M. Johnston¹, Anne W. Sylvester², Michael J. Scanlon¹

¹Plant Biology Section, School of Integrative Plant Science,Cornell University, ²Department of Developmental Genetics,University of Wyoming

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

발달적으로 중요한 많은 유전자는 세포 또는 조직 특이적 발현 패턴을 가지고 있습니다. 본 논문은 야생형과 비교하여 옥수수잎-칼집 경계와 lg1-R 돌연변이에서 다르게 발현되는 유전자를 확인하기 위한 LM RNA-seq 실험에 대해 설명합니다. 여기에서 논의된 실험적 고려 사항은 다른 발달 현상의 전사체 분석에 적용됩니다.

이 방법의 전반적인 목표는 특정 세포 또는 세포 도메인에서 전사체 축적을 정량화하여 돌연변이 및 야생형 샘플에서 서로 다른 도메인 간 또는 등가 도메인 간에 비교를 수행할 수 있도록 하는 것입니다. 이 방법은 장기 도메인이 어떻게 지정되는지 또는 특정 돌연변이가 유전자 발현에 어떤 영향을 미치는지와 같은 발달 생물학의 주요 질문에 답하는 데 도움이 될 수 있습니다. 이 기술의 주요 장점은 전사체 축적을 손으로 절부하기에는 너무 작은 미세하고 정확하게 정의된 영역으로 정량화할 수 있다는 것입니다.

이 절차를 시작하기 전에 표준 조건에서 옥수수 묘목을 2주까지 재배합니다. 측면 부분에 대한 새싹 apices를 해부하려면 먼저 토양 라인 바로 아래에 있는 묘목을 절제합니다. 그런 다음 면도날을 사용하여 하나 또는 두 개의 성숙한 잎으로 둘러싸인 고요한 타원형이 보일 때까지 줄기 바닥에서 얇은 조각을 제거합니다.

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