Name: 소프트 한천 오버레이 기법의 사용은 세균 생산 억제 화합물에 대한 화면으로 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-01-14T14:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 38 s
Description: 배우세요 세균 간 항생 상호작용을 연구하기 위한 소프트 아가 오버레이 기법을 사용하여 P syringae 균주에서 억제 화합물을 선별하는 방법을. 이 방법은 저렴하고 간단하며 미생물 생태학 연구에 유용합니다.

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이 연구는 USDA National Institute of Food and Agriculture에서 K.L.H.에 제공하는 Agriculture and Food Research Initiative 경쟁 보조금 2015-67012-22773의 지원을 받았습니다.

뜨는 1. 준비는 활동에 대해 테스트 할 <ol><li> 멸균 0.1 M 황산 버퍼 (예를 들어 1 mg을 마이 토마 이신 C / 2 ml의 버퍼)에 해당하는 양을 용해하여 마이 토마 이신 C의 0.5 ㎎ / ㎖ 주식 솔루션을 준비합니다. 가벼운 보호 용기에 4 ° C에서 보관 재고 (마이 토마 이신 C 민감한 빛). </li><li> 왕의 매체 B (KB) 국물 (14)의 3 ㎖에 P. syringae의 단일 식민지의 예방. 실온에서 (200 rpm)으로 진탕 밤새 인큐베이션 (21-25 ° C). </li><li> 다음 날 아침, 신선한 KB 국물의 3 ㎖로 국물 문화 1/100 희석. 실온에서 진탕하면서 3-4 시간 동안 인큐베이션. 마이 토마 이신 C (0.5 μg의 / ㎖, 최종 농도)를 추가합니다. 실온에서 진탕 밤새 문화를 품어. 참고 : 미토 마이신 C, 따라서 박테리오파지 및 박테리오신 모두의 생산으로 이어지는, 세포의 SOS 반응을 자극, 이중 가닥 DNA 나누기가 발생합니다. </li><li> 펠렛 1-2 ml의 마이 토마 이신 C는 벤치 탑의 microcentrifuge에서 5 분 동안 20,000 XG에서 원심 분리하여 문화를 유도. </li><li> 제거하고 0.22 ㎛의 공극 크기의 필터로 상청액을 통과시킴으로써 또는 클로로포름 상등액 (1 mL의 상층 액 100 μl의 클로로포름)로 처리하여 배양 상청액 중 살균. <ol><li> 클로로포름을 사용하는 경우, 15 초 동안 상기 혼합물을 와동 및 실온에서 1 시간 동안 배양한다하자. 배양 후, 5 분 동안 20,000 XG에서 혼합물을 원심 분리. 참고 : 클로로포름이 효율적으로 세포막을 용해하여 세포를 죽인다. 필터를 통해 멸균 클로로포름을 사용하는 장점은 저렴하고 스케일 업하기 쉬운 것이되는 경우 한번에 많은 (&gt; 20)의 샘플을 처리하는 단계를 포함한다. 소정의 살상 능력이 유기 상으로 분할의 결과로서, 클로로포름 처리 다음 손실 될 가능성이있을 수있다. </li><li> 신선한, 멸균 1.5 또는 2.0 ml의 1 ML의 피펫을 사용하여 상단, 수성 단계를 제거미세 원심 분리 튜브. 하부 클로로포름 층 중 하나를 전송하지 않도록주의 (는 캐리 오버를 방지 할 수 성상 미만을 제거하는 것이 좋다). </li><li> 잔류 클로로포름 (몇 시간) 증발 할 수 있도록 흄 후드에 상한선이 전송 된 상층 액을 품어. 4 ° C에서 보관 상층 액. </li></ol></li></ol> 폴리에틸렌 글리콜 (PEG) 침전에 의해 고 분자량 화합물의 살균 2, 분리, 농축 <ol><li> 멸균 상층 액에 각각 1 M 10 % 최종 농도의 NaCl 및 PEG 8000를 추가합니다. 염화나트륨 및 PEG 모두가 완전히 용해 될 때까지 반복적으로 샘플을 반전한다. 1 시간 또는 밤새 4 ℃에서하는 얼음 욕조에 샘플을 품어. </li><li> 4 ℃에서 30 분 동안 16,000 XG에 원심 분리기 샘플. 펠릿은 원심 분리 튜브의 하단을 형성한다. 뜨는을 가만히 따르다 (예 : 1/10 또는 원래 상층 권의 1/100로 원하는 볼륨에 펠렛을 재현 탁매화) 반복 피펫으로 버퍼 (10 mM 트리스, 10 mM의 황산, 산도 7.0)의. </li><li> 클로로포름의 동일한 볼륨이 순차적으로 추출하여 잔류 PEG를 제거합니다. <ol><li> 10 초 15의 재 부유 펠릿과 소용돌이와 클로로포름을 결합, 다음 5 분 동안 20,000 XG에서 혼합물을 원심 분리기. 신선한의 microfuge 튜브에 위 수성 위상을 전송합니다. 수성 및 유기 단계 사이에 흰색 인터페이스가 보이지 않을 때까지이 추출을 반복 (보통 2 추출은 총). 잔류 클로로포름은 흄 후드에서 추출 상층 액에서 증발하도록 허용합니다. </li></ol></li></ol> 활동에 대한 오버레이 및 테스트 상층 액 3. 준비 <ol><li> P. syringae 균주의 단일 콜로니 KB 3 ㎖에 감도를 판정하는 접종 실온에서 진탕하면서 하룻밤 동안 배양한다. </li><li> 다음 날 아침, 다시 신선한 KB로 문화 1/100 희석. 객실 temperatu에서 진탕 3 ~ 4 시간을 품어레. </li><li> 초순수에 한천 (/ V 승) 현탁액 0.35-0.7 %를 고온 가압 멸균하여 멸균 한천을 준비합니다. 참고 : 연수 한천의 주식은 전자 레인지에서 용융 반복적으로 재사용 할 수있는, 신선한 오버레이는 각 실험을 준비 할 필요가 없습니다. 물 한천 재사용되는 경우, 완전히 다음은 전자 레인지 용융되도록하는 것이 중요하다. 그렇지 않은 경우, 오버레이는 해석을 어렵게 만들 것입니다 응고시 거친 텍스처를해야합니다. 이 경우, 더 이상 이전 완료보다 마이크로파에서 몇 분 동안 한천을 용해. </li><li> 사용하기 전에 60 ° C의 물을 욕조에 녹은 부드러운 한천을 유지한다. 멸균 배양 튜브로 전송 부드러운 한천의 3 ㎖를 멸균 혈청 학적 피펫을 사용하여. 용융 상태로 유지하기 위해 물을 욕조에 문화 튜브를 돌려줍니다. </li><li> 첫 번째 (가 따뜻한하지만 터치 섹시하지 느껴야한다) 용융 한천이 식을 수 있도록, 오버레이를 부어 있지만, 응고하는 것을 허용하지 않습니다. </li><li> 멸균 후드에서 100 μl를 접종부드러운 한천과 소용돌이에 테스터 변형 문화가 혼합합니다. 바닥 한천 (KB 한천)에 부어 후 10 ~ 15 초 동안 손으로 문화를 돌립니다. 부드러운 한천이 균일하게 바닥 한천을 커버하기 위해 모든 방향으로 접시를 기울입니다. 주 : 하부 한천 시험 균주 강하게 성장하는 임의의 고화 (1.5 % 한천) 매체 일 수있다. 표준 100mm 직경 페트리 접시를 들어, ~ 20 ㎖ 매체를 용융 사용합니다. (건조하지 않고 39 ° C로 유지하는 경우) 또는 당일 제조 할 수 하부 한천은 미리 몇 주를 제조 할 수있다. 오버레이를 수행하는 것과 같은 일을 준비하면 3.4 단계 너무 전에 수행하는 것이 가장 좋습니다. </li><li> 플레이트를 커버하고 20 ~ 30 분 응고 할 수 있습니다. 응고 동안 접시를 방해하지 않도록주의하십시오. </li><li> 일단 상층 액의 2-5 μl를 발견, 응고 오버레이 상 (섹션 위의 1과 2에서 발생). 플레이트를 실온에서 밤새 배양 허용. 관찰하고 기록 결과 다음 아침. 참고 : 그것은을수행하고 상층 액의 일련의 희석에서 발견하는 것이 유용 할 수 있습니다. 이 연구원은 박테리오파지 및 박테리오신 청소 활동을 구별 할 수 있습니다. 1:10 희석 5 :이 경우, 하나를 수행하도록 권장한다. </li></ol>

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여기에 설명 된 소프트 한천 오버레이 기법은 널리 박테리오파지 또는 박테리오신에 관심있는 연구자들에 의해 수십 년 동안 적용되었습니다. 이 방법의 주요 이점은, 저렴하고 간단한 해석 비교적 쉽다는 점이다. PEG 침전 시리얼 희석 연질 한천 오버레이를 결합함으로써, 항 미생물제 (예 : 박테리오파지 대 tailocin 각각) 비 - 복제 성 대 저 분자량 대 고 화제 및 복제 성 제제로 분리 될 수있다. 마지막으로, 추정 박테리오신 또는 프로 파지 궤적의 대상으로 유전자 조작 (삭제 및 보완)의 통합 단단히 주어진 대립 화합물의 정체성을 확립 할 수 있습니다. 우리는 최근에 새로운 박테리오파지 유래 슈도모나스 시린 개 (Pseudomonas syringae)들 사이에서 유행 박테리오신 9 균주 설명하기 위해이 방법을 사용했다. 슈도모나스 한건데 잘이 프로토콜 작업에 표시된 성장 배지 및 조건ringae과 가능성이 이러한 조건에서 적극적으로 성장을 다른 그람 음성 세균 충분합니다. 그러나,이 방법을 사용하는 연구자들은 시스템의 타이밍 배지 유도있어서, 배양 온도를 최적화 할 것이다. 임계 파라미터는 대수 성장 단계에서 동시에 생산 배양을 유도뿐만 아니라, 균일 한 세균 분포를 보장하기 위해 충분한 대수 위상 문화 연질 한천 오버레이 시드하지만 전위 소거 영역을 불명료하지 않습니다 과도한 배양을 포함한다. 거기 SOS 응답의 일부로서 유도되지 않는 많은 박테리오신은 오히려 같은 펩티드 균체 감지 시스템, 즉, 연구자는 여러 다른 유도 방법을 선별 할 수있다 (15, 특히 그람 양성 박테리오신 ()을 유도 매체를 유도하거나 생산 균주의 배양 확장) 허용의 영양소 함량을 수정하는 단계를 포함한다. 사용하는 경우이 기술은, 연질 한천 오버레이 충분히 전에 시딩 균주의 첨가에 55-60 ℃에서 용융 유지되어야한다. 우리는 (시각적으로는 것처럼 보였다하지만)와 거친 외모와 오버레이 결과 소프트 한천이 완전히 용융되지 않은 몇 가지 실험이 있었다. 거친 오버레이의 결과는 여전히하지만,이 (관찰하는 것이 더 어려울 것이다 약한 억제) 억제의 강도에 따라 달라집니다, 일반적으로 해석 할 수있다. 이 기술을 사용하면, 용융 아가의 온도가 시드 균주를 죽이는 피하기 위해, 종래 시딩 균주 접종으로 냉각 할 수있는 충분한 시간을 허용되는 때 최종 교란 변수를 고려한다. 이 문제를 방지하려면, 우리는 소프트 한천은 터치, 뜨거운 따뜻한,하지만하지 않습니다 확인합니다. 이러한 맥락에서, 우리는 또한 우리가 용융 한천에 적응하기위한 시딩 문화에 대한 부적절한 시간을 줄 경우, 오버레이를 주입하기 전에, 우리는 일반적으로 가난한 세균 g을 복구하는 것이 관찰특정 억제 어렵거나 불가능의 해석이 해석 할 수 rowth. 우리가 텍싱 및 오버레이를 붓는 사이에 배양의 10 ~ 15 추가 초 정도의 이유입니다. 완전히 용융 상태의 한천을 유지 사이의 트레이드 오프 (뜨거운이 아닌 더 나은) 가능성이 시행 착오를 통해 연구자에 의해 결정되어야합니다 하나 인 시드 변형에 있지만 치명적인 (뜨거운 더 낫다). PEG의 침전 공정이 사용되는 경우에도 무균 브로스 배지가 배양 상등액에 동일 처리 대조군을 포함하는 것이 유익 할 것이다. 이 활동을 죽이는 샘플 상등액 내의 잔류 PEG 또는 클로로포름의 결과가 아닌지 확인합니다. 박테리오파지 및 박테리오신 모두 매우 구체적인 경향으로서,이 균주의 소정 조합으로 명백한 살상 능력 발생하지 것은 드물지 않다. 이 균주 별 재 다양한에서 발생할 수 있습니다sistance 메커니즘은, 하나는 테스터의 변형이 부족하거나 주어진 박테리오신 또는 박테리오파지 타겟팅에 필요한 수용체의 알 수없는 버전이 하나 있다는 것을. 다른 방법은 박테리오신 스크리닝 방법은 가와이 동부 등에 의해 설명되었다. 하지만, 단점을 앓고 널리 (16)을 채택되지 않았습니다. 특히,이 기술은 부담이 될 수 시간 간격으로 국물 샘플을 관찰이 필요하며, 파생-박테리오파지 및 박테리오신 유래 살인 활동 사이의 차별을 허용하지 않습니다. 이 기술의 주요 한계는 잘 견고하게 성장하지 않는 (따라서 쉽게 식별 할 지우기 영역이 부족합니다) 또는 견고 실험실 조건에서 생산되지 않는 항구 prophages 또는 박테리오신을 생물에 적합하지 않은 것입니다. 이 기술의 적응력 유틸리티를 확장 할 것입니다 모두 환경 시료에서 생산 박테리오신을 감지이 기술의 것은 자연 환경 내에서 박테리오신의 역할에 더 큰 통찰력을 용이하게한다.

최근 항생제 내성 병원균 1,2 퇴치에 사용하기 위해 미생물 생태에 대한 이해 (다양한 환경의 특히 microbiomes)뿐만 아니라 새로운 항균 화합물을 심화에 상당한 관심이 있었다. 이러한 이익 사이의 상호 테마는 자연 환경에서 박테리아 균주 간의 대립 상호 작용을 이해하는 것입니다. 박테리아가 경쟁 3 길항하는 여러 가지 방법이 있습니다. 박테리오신, 단백질, 항균 화합물의 다양한 그룹은 긴 녹농균 4,5 및 대장균 (6), 중요한 인간 병원체되는 대부분의 연구 종의 두 가지로, interbacterial 길항 작용을 매개의 역할에 대한 연구되어왔다. 박테리오신 외에도 유도 prophages 또한 변형 이미 7 식민되는 틈새로 침입 할 수 anticompetitor 제로서 작용할 수있다. 슈도모나스 (Pseudomonas)의yringae 단일 단백질 박테리오신 8 테일 박테리오파지 유래 박테리오신 9 (라 tailocins)뿐만 아니라 비 - 단백질 이차 대사 산물 (10)를 포함하여 항균제의 어레이를 생성하는 것으로 알려진 식물 병원균이다. 최근 이러한 항생제들은이 식물 병 (11)를 제어 할 무력화 할 수있는 방법뿐만 아니라,이 생물의 생태에 영향을 미치는 방법을 이해 관심이 있었다. 박테리오신과 박테리오파지 모두 연구를위한 널리 이용 방법은 부드러운 한천 오버레이 기법이다. 이 방법은 첫 번째 박테리오파지 12, 13을 열거 돕기 위해 1936 년 gratia에 의해 설명되었다. 다음은 (세 가지 항균제 중에서 박테리오파지 구별에서 표적 유전자 조작 및 폴리에틸렌 글리콜 (PEG) 침전과 함께, 연질 한천 오버레이 방식의 적용을 설명 고분자 BACT하나의 균주에 의해 생산 eriocin 및 저 분자량 박테리오신). 이 방법의 장점은 그것이 확실히되는 &#39;로우 테크에도 불구하고, 그것은 여전히 ​​널리 이용되는 이유이다 비교적 간단하고 저렴한 점이다.

<table><tbody><tr><td>Mitomycin C</td><td>Santa Cruz Biotechnology</td><td>sc-3514</td><td>발암성. 특히 원액을 준비할 때 적절한 PPE(i.e. 장갑, 보안경 및 안면 마스크)를 사용하십시오.</td></tr><tr><td>클로로포름</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>34854</td><td>급성 독성, 호흡기 위험. 적절한 PPE(장갑 및 눈 보호대)를 사용하고, 화학 연기 후드 내의 열린 용기를 다루십시오.&nbsp;</td></tr><tr><td>폴리에틸렌 글리콜 (PEG)</td> <td>Amresco</td><td>0159</td><td></td></tr><tr><td>세균 학년 한천</td><td>Genesee Scientific</td><td>20-274</td><td></td></tr></tbody></table>

소프트 한천 오버레이 기법의 사용은 세균 생산 억제 화합물에 대한 화면으로

Use of the Soft-agar Overlay Technique to Screen for Bacterially Produced Inhibitory Compounds

소프트 한천 오버레이 기술은 원래 70 년 전에 개발되어 널리 박테리오파지 및 박테리오신, 단백질 항균제와 작업을 포함하여 미생물 학적 연구의 여러 분야에서 사용되고있다. 이 방식은 최소 리소스 요구, 비교적 저렴하다. 이 기술은 (독성 화합물 (들)에 민감한) 세균 시험 균주로 접종하는 응고 부드러운 한천 오버레이 상 (잠재적으로 독성 화합물 (들)을 은닉) 도너 균주로부터 상층 액에 얼룩을지게로 구성되어 있습니다. 우리는 슈도모나스 시린 개 (Pseudomonas syringae)의 라이브러리가 종내 살인에 대한 균주 화면이 기술을 이용했다. 침전 단계 및 표적 유전자 결실이 방법을 조합하여, 동일한 균주에 의해 생성 된 다수의 화합물은 독성이 구별 될 수있다. 일반적으로이 기술을 사용하여 복구 두 대립 에이전트는 박테리오파지 및 박테리오신 있습니다. 이 두 에이전트를 사용하여 구별 할 수있다이 간단한 추가 시험. 박테리오파지를 포함하는 상층 액에 일련의 희석을 수행하면, 큰 희석 수가 적게되고 개별 플라크 발생하는 반면 더 희석 균일 더 혼탁하게 지우기 영역을 초래할 것이다 박테리오신을 함유하는 상층 액 용액을 희석. 박테리오신의 희석으로 인해, 신선한 부드러운 한천 잔디로 전송하는 경우 박테리오신은 청소 영역을 생산하지 않습니다 반면, 동일한 균주 접종 신선한 부드러운 한천 오버레이에 발견하는 경우 또한, 박테리오파지는 청소 영역을 생성합니다.

연질 한천 오버레이 PEG 침전의 조합은 동일한 균주에 의해 생성 된 다른 항균제를 확인하고 특성화 할 수있다. 도 1은 동일한 종의 세번째 변형에 의해 억제된다 P. syringae (A 및 B)의 두 가지 변종을 도시한다. 두 균주는, 그러나, 상이한 박테리오신에 의해 억제된다. 균주 A의 클리어 존 변형 B의 클리어 존 큰 반면, 날카로운 모서리를 나타내는 한 비 선명한 경계를 나타낸다. 특히 A와 B가 서로 다른 박테리오신에 민감한 균주 (박테리오신 부족) 확인 박테리오신 제 (부족 tailocin) tailocin 또는 저 분자량를 비활성화 생산중인 균주 내에서 유전자 조작. 도 2는 박테리오파지 매개 살상 희석 계열을 비교하여 다른 비 - 복제 성 항생제 구별 될 수 있음을 보여준다. 모두 박테리오신 때문에파지은 마이 토마 이신 C 처리에 의해 유도 될 수 있으며, 이들 두 제제의 활동들은 면밀히 (활성화 파지 풍부한 경우 특히)이 서로 유사 할 수있다. 박테리오신 매개 삭제가 이러한 플라크로 해결되지 않습니다 동안 박테리오파지 매개 청산의 경우, 상층 액의 희석 개별 플라크 (클리어 존)으로 해결됩니다. <img alt="그림 1" src="/files/ftp_upload/55064/55064fig1.jpg" /> 그림 1 : 동일한 균주에 의해 생성 된 여러 항균제의 표현형 차이. tailocin 결핍 균주에서 삭제 부족 아닌 박테리오신 결핍 균주에 의해 입증 균주 A는 다른 저 분자량 박테리오신 고분자 박테리오신 (tailocin) 아니라 민감하다. 반대로, 변형 B는 tailocin 둔감하지만, 저 분자량 박테리오신 민감하다. tailocin는 effic입니다저 분자량 박테리오신이없는 동안 iently, PEG 침전 다음 회복되었다. WT는 야생형을 =. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55064/55064fig1large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 2" src="/files/ftp_upload/55064/55064fig2.jpg" /> 그림 2 : 비 복제 성 항균제 및 박테리오파지 사이에 구별. 적은 수많은 될 개별 플라크에서 박테리오파지 결과 (높은 역가 탑, 낮은 역가의 바닥)의 높은 역가의 (A) 희석. 각각의 플라크로 해결되지 않는 균일 이하 청산에 박테리오신 결과 (B) 희석. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55064/55064fig2large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>

우리는 다른 박테리아에 대한 억제성 화합물의 생산을 위해 박테리아 배양을 스크리닝하는 간단한 방법을 설명합니다.

The soft-agar overlay technique was originally developed over 70 years ago and has been widely used in several areas of microbiological research, ...

본 절차의 전반적인 목적은 한 박테리아 균주가 생성하여 다른 박테리아 균주에 대해 억제 작용을 하는 물질을 선별하는 것입니다. 이 방법은 여러 미생물학 분야의 의문에 답하는 데 도움이 될 수 있으며, 특히 미생물 생태학에서 박테리아 간의 길항 작용 상호작용을 이해하는 데 유용합니다. 이 기술의 주요 장점은 비용이 저렴하고 수행 및 해석이 쉽다는 점입니다.실험실의 학생인 Aretha가 절차를 시연하겠습니다. 실험을 시작하려면, P syringae 단일 콜로니를 3 milliliters의 King's Medium B 배지(KB)에 접종합니다. 배양액을 하룻밤 동안 배양합니다. 다음 날 아침, 배양액을 신선한 KB 배지 3 milliliters에 1:100 비율로 희석합니다.배양액을 상온에서 진탕하며 3~4시간 동안 배양합니다. 배양액의 탁도가 눈에 띄게 증가한 것을 확인한 후, Mitomycin C를 첨가합니다. 다음으로, 배양액을 상온에서 진탁하며 하룻밤 동안 배양합니다. 다음 날, 벤치탑 원심분리기를 사용하여 Mitomycin C로 유도된 배양액 1~2 mL를 펠렛화합니다.배양 상층액을 0.22 micrometer 공극 크기의 필터로 여과하여 제거 및 멸균합니다. 멸균된 상층액에 염화나트륨을 첨가하여 1 molar 농도가 되게 하고, 폴리에틸렌 글리콜(PEG 8000)을 최종 농도 10%가 되도록 첨가합니다. 염화나트륨과 PEG가 완전히 용해될 때까지 샘플을 반복적으로 전도 혼합합니다.샘플을 얼음 수조에서 1시간 동안 배양합니다. 그 다음, 샘플을 원심 분리합니다. 회전이 끝나면 상층액을 따라내고, 피펫팅을 반복하여 펠렛을 버퍼에 재현탁합니다.동일한 부피의 클로로포름으로 두 번 연속 추출하여 잔류 PEG를 제거하십시오. 이를 재부유된 펠릿이 포함된 클로로포름과 합친 후, 혼합물을 15초 동안 볼텍싱하십시오. 그 다음, 혼합물을 20,000 ×g에서 5분 동안 원심분리하십시오.상층 수용액을 새로운 마이크로 원심분리 튜브로 옮깁니다. 수용액 층과 유기 층 사이에 흰색 계면이 더 이상 보이지 않을 때까지 이 추출 과정을 두 번 더 반복합니다. 추출된 상층액에 남아 있는 클로로포름을 흄 후드 내에서 증발시킵니다.P syringae 균주의 단일 콜로니를 3 mL의 KB 배지에 접종하고, 실온에서 진탕 배양하며 하룻밤 동안 배양합니다. 다음 날 아침, 배양액을 신선한 KB 배지에 1:100 비율로 희석합니다. 실온에서 진탕 배양하며 3~4시간 동안 배양합니다. 그다음, 초순수에 agar를 현탁한 용액을 오토클레이브하여 멸균된 water agar를 준비합니다.사용 전까지 녹은 소프트 아가(soft agar)를 60 °C 항온수조에 보관하십시오. 멸균된 세롤로지컬 피펫을 사용하여 소프트 아가 3 mL를 멸균 배양관으로 옮깁니다. 배양관을 다시 항온수조에 넣어 녹은 상태를 유지하십시오.오버레이를 붓기 전에 용융된 한천을 식히되, 응고되지는 않도록 하십시오. 접종 전까지 한천을 뜨겁고 완전히 용융된 상태로 유지하는 것이 중요합니다. 그렇지 않으면 오버레이의 표면이 거칠게 나타나 판독이 더 어려워질 수 있습니다.멸균 후드 내에서, 소프트 아가(soft agar)에 테스터 균주 배양액 100 µL를 접종하고 볼텍스로 혼합합니다. 배양액을 손으로 10~15초 동안 회전시킨 후, 아가 플레이트 바닥에 붓습니다. 플레이트를 모든 방향으로 기울여 소프트 아가가 바닥의 아가를 고르게 덮도록 합니다.플레이트를 덮고 20분에서 30분 동안 굳힙니다. 굳는 동안 플레이트가 흔들리지 않도록 주의하십시오. 응고가 완료되면 상층액 2~5 µL를 오버레이 위에 점적합니다.플레이트를 실온에서 하룻밤 동안 배양합니다. 다음 날 아침에 결과를 관찰하고 기록합니다. 이 방법을 사용하면 두 종류의 P syringae 균주가 서로 다른 박테리오신에 의해 억제되는 것을 확인할 수 있습니다.균주 A는 고분자량 박테리오신인 Tailocin에 민감하지만, 다른 저분자량 박테리오신에는 민감하지 않습니다. 반대로 균주 B는 Tailocin에는 내성이 있으나, 저분자량 박테리오신에는 민감합니다. Tailocin은 PEG 침전 후에 효율적으로 회수되는 반면, 저분자량 박테리오신은 그렇지 않습니다.희석 계열을 비교함으로써 박테리오파지에 의한 살균을 다른 비복제성 항균제와 구별할 수 있습니다. 박테리오파지에 의한 투명환(clearing)의 경우, 상청액을 희석하면 개별 플라크(plaque) 또는 투명 구역으로 분리되는 반면, 박테리오신에 의한 투명환은 이러한 플라크로 분리되지 않았습니다. 이 절차는 억제제를 식별하기 위한 초기 스크리닝으로 사용할 수 있으며, 이후의 유전적 조작과 결합하여 이러한 활성의 기원을 식별하거나 확인할 수 있습니다.

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Research

연구

JoVE Journal

Immunology and Infection

면역학 및 감염학

문화 미생물에 사용되는 미디어 및 시약과 함께 작업할 경우 무균 기술은 오염을 최소화하기 위해 실천해야합니다. 도금 방법의 다양한 정기적으로, 고립 전파, 또는 열거 세균 및 파지, 실험 재료의 불임을 유지 절차를 포함 모두의하는 데 사용됩니다.

무균 실험실 기술 : 도금 방법

출처: Rugjee, K. N., et al. 녹농균에서 c-di-GMP 신호 전달을 조절하는 소분자를 스크리닝하기 위한 고처리량 설정 구축.  J. Vis. 경험. (2016).이 비디오는 c-di-GMP 민감성 프로모터의 제어 하에 녹색 형광 단백질(GFP)을 발현하는 유전자 변형 박테리아를 사용하여 순환 di-GMP 조절제의 스크리닝을 보여줍니다. 형광은 서로 다른 테스트 화합물을 포함하는 멀티웰 플레이트에서 측정됩니다. c-di-GMP 생성을 억제하는 화합물은 형광을 감소시킵니다. 그런 다음 데이터를 분석하여 박테리아에서 c-di-GMP 신호 전달의 잠재적 조절자를 식별합니다.

형광 리포터 단백질을 발현하는 박테리아를 이용한 고리형 di-GMP 조절제의 스크리닝 

출처: Hockett, K. L., Baltrus, D. A. 소프트-한천 오버레이 기법을 이용한 박테리아 생성 억제성 화합물 선별. J. Vis. 경험 (2017)이 영상은 항생제 유도 공여자 균주에서 상원액을 검사 균주가 포함된 부드러운 한천 오버레이에 점검하여 박테리오신 매개 살해를 감지하는 절차를 시연합니다. 배양 후 형성된 투명 구역은 박테리아 억제를 나타냅니다.

세우도모나스 시링기에서 박테리오신 매개 살해를 감지하기 위한 연성 한천 오버레이 분석

이 비디오는 한 유형의 박테리아에서 생성된 항균 화합물이 다른 경쟁 박테리아 균주에 어떤 영향을 미치는지 조사하는 데 사용되는 지연 성장 억제 분석을 보여줍니다.

박테리아 유래 항균 화합물의 효과를 평가하기 위한 지연 성장 억제 분석

폐렴구균의 경쟁은 폐렴구균 및 기타 관련 종에 대한 억제 활성을 가진 작은 항균 펩타이드인 박테리오신 (bacteriocin)에 의해 매개됩니다. 여기에서는 박테리오신 활성 및 억제 스펙트럼, 박테리오신 특이적 면역 및 분비된 정족수 감지 펩타이드의 검출을 특성화할 수 있는 최적화된 박테리아 오버레이 분석에 대해 설명합니다.

오버레이 분석을 사용하여 성적으로 폐렴 구균 박테리오신에 대한 세균의 생산 및 감도를 측정하는

이 문서에서는 성공적으로 항균 약물 발견 및 화합물 테스트를위한 새로운 강력한 도구를 제공, 녹농균에 순환 디 GMP의 세포 수준을 조작 할 수있는 잠재적 능력을 작은 분자의 큰 라이브러리를 스크리닝하기 위해 설립 된 높은 처리량 분석에 대해 설명합니다.

변조 C 디 GMP가에서 시그널링 그건 작은 분자를 스크리닝하기위한 높은 처리량 설정 구축<em&gt; 녹농균</em

지연 성장 억제 분석법은 한 박테리아 분리물이 다른 박테리아에 미치는 경쟁 효과를 평가하는 데 사용할 수 있습니다. 억제는 억제제를 생산하는 분리물 주변의 정화 영역을 측정하여 정량화하거나 가시적인 억제 정도를 결정하여 정성적으로 평가합니다.

이연 성장 억제 분석은 경쟁에 세균 유래 항생제 효과를 정량화하기

본 연구는 생물막 억제제와 Bacillus subtilis 다세포성에 미치는 영향을 연구하기 위한 재현 가능한 방법론의 개발을 제시합니다.

유학을위한 방법론<em&gt; B. 서브 틸리</em작은 분자 바이오 필름 억제제를 특성화 모델로&gt; 바이오 필름

이 프로토콜에 제시된 공동 문화 상호 작용 분석은 저렴하고 높은 처리량이며 간단합니다. 이 계산은 공동 배양에 있는 미생물 상호 작용을 관찰하고, 상호 작용 패턴을 확인하고, 인간과 환경 병원체에 대하여 관심있는 미생물 긴장의 억제 잠재력을 특성화하기 위하여 이용될 수 있습니다.

미생물 상호 작용의 조사를 위한 높은 처리량 공동 문화 애세서

이 방법 논문에서, 우리는 세균성 지속성에 중대한 영향을 미치는 삼투병과 같은 화학 화합물을 확인하기 위하여 고처리량 검열 전략을 제시합니다.

세균성 지속성에 미치는 영향을 밝히기 위해 화학 화합물의 높은 처리량 선별

배우세요 세균 간 항생 상호작용을 연구하기 위한 소프트 아가 오버레이 기법을 사용하여 P syringae 균주에서 억제 화합물을 선별하는 방법을. 이 방법은 저렴하고 간단하며 미생물 생태학 연구에 유용합니다.

소프트 한천 오버레이 기법의 사용은 세균 생산 억제 화합물에 대한 화면으로

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