Transcriptomic Analysis of <em>C</em>. <em>elegans</em> RNA Sequencing Data Through the Tuxedo Suite on the Galaxy Project

Francis R. G. Amrit; Arjumand Ghazi

doi:10.3791/55473

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Genetics

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Transcriptomic Analysis of C. elegans RNA Sequencing Data Through the Tuxedo Suite on the Galaxy Project

의 Transcriptomic 분석 C. 간스 RNA 시퀀싱 데이터

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10:19 min

April 8, 2017

DOI: 10.3791/55473-v

Francis R. G. Amrit¹, Arjumand Ghazi¹

¹Department of Pediatrics,University of Pittsburgh School of Medicine, Children's Hospital of Pittsburgh

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

갤럭시 다윗은 생물 정보학 교육을받지 않은 상태에서 연구자들은 분석하고 RNA-SEQ 데이터를 해석 할 수 있도록 인기있는 도구로 등장했다. C. elegans의 연구원들은 RNA-SEQ 실험, 액세스를 수행 갤럭시를 사용하여 데이터 집합을 처리하고 DAVID를 사용하여 유전자 목록에서 의미있는 생물학적 정보를 얻을 수 있도록 우리는 프로토콜을 설명합니다.

이 프로토콜의 전반적인 목표는 생물정보학 전문 지식이 없는 C.elegans 연구원이 오픈 액세스 플랫폼 Galaxy를 사용하여 RNA 염기서열 분석 실험을 수행하고 데이터를 분석할 수 있도록 돕는 것입니다. 이 방법은 예쁜꼬마선충의 표현형 뒤에 있는 전사체 서명에 대한 통찰력을 제공하기 위해 복잡한 고농도 염기서열분석 데이터를 분석하는 데 도움이 될 수 있습니다. 이 기술의 주요 장점은 사전 생물정보학 교육을 받지 않은 과학자들이 원시 염기서열분석 데이터를 분석하고 관련 유전자 온톨로지 용어와 함께 차등적으로 발현된 유전자 목록을 생성할 수 있다는 것입니다.

이 방법은 특히 예쁜꼬마선충 염기서열분석 데이터의 뉘앙스에 맞춰져 있지만, 게놈의 주요 전사 변화를 검사해야 하는 다른 유기체 및 생물학적 맥락에도 적용할 수 있습니다. 이 비디오는 Galaxy 파이프라인의 웹 기반 사용을 다룹니다. 가능한 경우 작업 흐름을 로컬로 실행합니다.

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