Name: 게놈 넓은 식별 및 소문의 ATL E3 유비퀴틴 리가 유전자 가족의 식 메타 분석을 위한 포괄적인 워크플로 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-12-22T12:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 40 s
Description: 배우세요 포도나무 ATL E3 유비퀴틴 리가제 유전자 가족의 전체 게놈 식별 및 특성 분석 방법입니다. 유전자 구조, 단백질 모티프, 염색체 위치, 유전자 복제 및 발현 패턴을 체계적으로 분석하여 식물 유전학 연구에 활용할 수 있습니다.

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일 공동 프로젝트 2014 (grapevine에 ATL 유전자 가족의 그리고 Plasmopara viticola저항에의 참여의 특성화) 프레임 내 베로나의 대학에 의해 지원 되었다.

<ol><li>Jaillon, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+grapevine+genome+sequence+suggests+ancestral+hexaploidization+in+major+angiosperm+phyla%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla.</a> Nature. 449 (7161), 463-467 (2007).</li>
<li>Adam-Blondon, A. -F., et al. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aAdam-Blondon%2C+A-F+%22Genetics%2C+Genomics%2C+and+Breeding+of+Grapes%22">Genetics, Genomics, and Breeding of Grapes</a>. , Science Publishers. 211-234 (2011).</li>
<li>Chen, L., Hellmann, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+E3+Ligases%3A+Flexible+Enzymes+in+a+Sessile+World%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Plant%22%5BJournal%5D)">Plant E3 Ligases: Flexible Enzymes in a Sessile World.</a> Mol. Plant. 6 (5), 1388-1404 (2013).</li>
<li>Vierstra, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ubiquitin-26S+proteasome+system+at+the+nexus+of+plant+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Rev.+Mol.+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">The ubiquitin-26S proteasome system at the nexus of plant biology.</a> Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 10 (6), 385-397 (2009).</li>
<li>Serrano, M., Parra, S., Alcaraz, L. D., Guzmán, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ATL+Gene+Family+from+Arabidopsis+thaliana+and+Oryza+sativa+Comprises+a+Large+Number+of+Putative+Ubiquitin+Ligases+of+the+RING-H2+Type%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Evol%22%5BJournal%5D)">The ATL Gene Family from Arabidopsis thaliana and Oryza sativa Comprises a Large Number of Putative Ubiquitin Ligases of the RING-H2 Type.</a> J. Mol. Evol. 62 (4), 434-445 (2006).</li>
<li>Aguilar-Hernández, V., Aguilar-Henonin, L., Guzmán, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diversity+in+the+Architecture+of+ATLs%2C+a+Family+of+Plant+Ubiquitin-Ligases%2C+Leads+to+Recognition+and+Targeting+of+Substrates+in+Different+Cellular+Environments%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Diversity in the Architecture of ATLs, a Family of Plant Ubiquitin-Ligases, Leads to Recognition and Targeting of Substrates in Different Cellular Environments.</a> PLoS One. 6 (8), e23934(2011).</li>
<li>Guzmán, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+prolific+ATL+family+of+RING-H2+ubiquitin+ligases%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Signal+Behav%22%5BJournal%5D)">The prolific ATL family of RING-H2 ubiquitin ligases.</a> Plant Signal Behav. 7 (8), 1014-1021 (2012).</li>
<li>Grimplet, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+grapevine+gene+nomenclature+system%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">The grapevine gene nomenclature system.</a> BMC Genomics. 15, 1077(2014).</li>
<li>Prince, V. E., Pickett, F. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Splitting+pairs%3A+the+diverging+fates+of+duplicated+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Rev.+Genet%22%5BJournal%5D)">Splitting pairs: the diverging fates of duplicated genes.</a> Nat. Rev. Genet. 3 (11), 827-837 (2002).</li>
<li>Magadum, S., Nerjee, U., Murugan, P., Gangapur, D., Ravikesavan, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gene+duplication+as+a+major+force+in+evolution%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Gen%22%5BJournal%5D)">Gene duplication as a major force in evolution.</a> J. Gen. 92 (1), 155-161 (2013).</li>
<li>Wang, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Patterns+of+Gene+Duplication+and+Their+Contribution+to+Expansion+of+Gene+Families+in+Grapevine%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Mol.+Biol.+Rep%22%5BJournal%5D)">Patterns of Gene Duplication and Their Contribution to Expansion of Gene Families in Grapevine.</a> Plant Mol. Biol. Rep. 31 (4), 852-861 (2013).</li>
<li>Fasoli, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Grapevine+Expression+Atlas+Reveals+a+Deep+Transcriptome+Shift+Driving+the+Entire+Plant+into+a+Maturation+Program%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The Grapevine Expression Atlas Reveals a Deep Transcriptome Shift Driving the Entire Plant into a Maturation Program.</a> Plant Cell. 24 (9), 3489-3505 (2012).</li>
<li>BLAST. BLAST2.6.0. , Available from:
 <a target="_blank" href="https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi">https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a> (2016).</li>
<li>MEGA. MEGA7.0.25 build 7170412. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://www.megasoftware.net/">http://www.megasoftware.net/</a> (2017).</li>
<li>MEME. MEME Suite Version 4.11.4. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://meme-suite.org/">http://meme-suite.org/</a> (2017).</li>
<li>ProtParam. ExPASy Server. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://web.expasy.org/protparam/">http://web.expasy.org/protparam/</a> (2005).</li>
<li>ngLOC v1.0. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://genome.unmc.edu/ngLOC/index.html">http://genome.unmc.edu/ngLOC/index.html</a> (2007).</li>
<li>TargetP v1.1 Server. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/">http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/</a> (2000).</li>
<li>Prowler v1.2. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://bioinf.scmb.uq.edu.au:8080/pprowler_webapp_1-2/">http://bioinf.scmb.uq.edu.au:8080/pprowler_webapp_1-2/</a> (2005).</li>
<li>MuSite v1.0. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://musite.sourceforge.net/">http://musite.sourceforge.net/</a> (2010).</li>
<li>Pfam. Pfam version 31.0. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://pfam.xfam.org/">http://pfam.xfam.org/</a> (2016).</li>
<li>TMHMM v2.0c. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/">http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/</a> (2007).</li>
<li>ExPASy. ProtScale. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://web.expasy.org/protscale/">http://web.expasy.org/protscale/</a> (2005).</li>
<li>CRIBI. Grape genome database. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://genomes.cribi.unipd.it/grape/">http://genomes.cribi.unipd.it/grape/</a> (2012).</li>
<li>PhenoGram. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://visualization.ritchielab.psu.edu/phenograms/plot">http://visualization.ritchielab.psu.edu/phenograms/plot</a> (2012).</li>
<li>ScanX v0.8. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/">http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/</a> (2013).</li>
<li>Interactive Tree Of Life (iTOL). Version3.5.3. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://itol.embl.de/">http://itol.embl.de/</a> (2016).</li>
<li>UniProt. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://www.uniprot.org/">http://www.uniprot.org/</a> (2016).</li>
<li>Phylogeny.fr. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://www.phylogeny.fr/index.cgi">http://www.phylogeny.fr/index.cgi</a> (2008).</li>
<li>MUSCLE. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/">http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/</a> (2017).</li>
<li>Gblocks Server. Version 0.91b. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://molevol.cmima.csic.es/castresana/Gblocks_server.html">http://molevol.cmima.csic.es/castresana/Gblocks_server.html</a> (2002).</li>
<li>Vitis vinifera cv. Corvina gene expression Atlas. , Available from:
 <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/publication/273383414_54sample_datamatrix_geneIDs_Fasoli2012">https://www.researchgate.net/publication/273383414_54sample_datamatrix_geneIDs_Fasoli2012</a> (2015).</li>
<li>Multiple Experiment Viewer (MeV). Version 4.8.1. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://mev.tm4.org/">http://mev.tm4.org/</a> (2017).</li>
<li>Sequence Read Archive (SRA). , Available from:
 <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra">https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra</a> (2017).</li>
<li>Bolger, A. M., Lohse, M., Usadel, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Trimmomatic%3A+a+flexible+trimmer+for+Illumina+sequence+data%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data.</a> Bioinformatics. 30 (15), 2114-2120 (2014).</li>
<li>Langmead, B., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fast+gapped-read+alignment+with+Bowtie+2%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Meth%22%5BJournal%5D)">Fast gapped-read alignment with Bowtie 2.</a> Nat Meth. 9 (4), 357-359 (2012).</li>
<li>Anders, S., Pyl, P. T., Huber, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HTSeq-a+Python+framework+to+work+with+high-throughput+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">HTSeq-a Python framework to work with high-throughput sequencing data.</a> Bioinformatics. 31 (2), 166-169 (2015).</li>
<li>R. Version 3.4.1. , Available from:
 <a target="_blank" href="https://www.r-project.org/">https://www.r-project.org/</a> (2017).</li>
<li>Ritchie, M. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((limma+powers+differential+expression+analyses+for+RNA-sequencing+and+microarray+studies%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">limma powers differential expression analyses for RNA-sequencing and microarray studies.</a> Nucleic Acids Res. 43 (7), e47(2015).</li>
<li>Love, M. I., Huber, W., Anders, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Moderated+estimation+of+fold+change+and+dispersion+for+RNA-seq+data+with+DESeq2%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biology%22%5BJournal%5D)">Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2.</a> Genome Biology. 15 (12), 550(2014).</li>
<li>EMBL-EBI. EMBOSS Needle. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/">http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/</a> (2017).</li>
<li>Ariani, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+characterisation+and+expression+profile+of+the+grapevine+ATL+ubiquitin+ligase+family+reveal+biotic+and+abiotic+stress-responsive+and+development-related+members%5BTitle%5D)+AND+%22Sci.+Rep%22%5BJournal%5D)">Genome-wide characterisation and expression profile of the grapevine ATL ubiquitin ligase family reveal biotic and abiotic stress-responsive and development-related members.</a> Sci. Rep. 6, 38260(2016).</li>
<li>Vitulo, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+deep+survey+of+alternative+splicing+in+grape+reveals+changes+in+the+splicing+machinery+related+to+tissue%2C+stress+condition+and+genotype%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">A deep survey of alternative splicing in grape reveals changes in the splicing machinery related to tissue, stress condition and genotype.</a> BMC Plant Biol. 14 (1), 99(2014).</li>
<li>Overbeek, R., Fonstein, M., D'Souza, M., Pusch, G. D., Maltsev, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+gene+clusters+to+infer+functional+coupling%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+USA%22%5BJournal%5D)">The use of gene clusters to infer functional coupling.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 96 (6), 2896-2901 (1999).</li>
<li>Dalquen, D. A., Dessimoz, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bidirectional+Best+Hits+Miss+Many+Orthologs+in+Duplication-Rich+Clades+such+as+Plants+and+Animals%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol.+Evol%22%5BJournal%5D)">Bidirectional Best Hits Miss Many Orthologs in Duplication-Rich Clades such as Plants and Animals.</a> Genome Biol. Evol. 5 (10), 1800-1806 (2013).</li>
<li>Remm, M., Storm, C. E. V., Sonnhammer, E. L. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automatic+clustering+of+orthologs+and+in-paralogs+from+pairwise+species+comparisons1%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Automatic clustering of orthologs and in-paralogs from pairwise species comparisons1.</a> J. Mol. Biol. 314 (5), 1041-1052 (2001).</li>
<li>Kaduk, M., Sonnhammer, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+orthology+inference+with+Hieranoid+2%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Improved orthology inference with Hieranoid 2.</a> Bioinformatics. 33 (8), (2017).</li>
<li>Cramer, G. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptomic+analysis+of+the+late+stages+of+grapevine+%28Vitis+vinifera+cv.+Cabernet+Sauvignon%29+berry+ripening+reveals+significant+induction+of+ethylene+signaling+and+flavor+pathways+in+the+skin%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Transcriptomic analysis of the late stages of grapevine (Vitis vinifera cv. Cabernet Sauvignon) berry ripening reveals significant induction of ethylene signaling and flavor pathways in the skin.</a> BMC Plant Biol. 14, 370(2014).</li>
<li>Juretic, N., Hoen, D. R., Huynh, M. L., Harrison, P. M., Bureau, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+evolutionary+fate+of+MULE-mediated+duplications+of+host+gene+fragments+in+rice%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">The evolutionary fate of MULE-mediated duplications of host gene fragments in rice.</a> Genome Res. 15 (9), 1292-1297 (2005).</li>
<li>Filichkin, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+mapping+of+alternative+splicing+in+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Genome-wide mapping of alternative splicing in Arabidopsis thaliana.</a> Genome Res. 20 (1), 45-58 (2010).</li>
<li>Quesada, V., Macknight, R., Dean, C., Simpson, G. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Autoregulation+of+FCA+pre-mRNA+processing+controls+Arabidopsis+flowering+time%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Autoregulation of FCA pre-mRNA processing controls Arabidopsis flowering time.</a> EMBO J. 22 (12), 3142-3152 (2003).</li>
<li>Wong, D. C. J., Gutierrez, R. L., Gambetta, G. A., Castellarin, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+analysis+of+cis-regulatory+element+structure+and+discovery+of+motif-driven+gene+co-expression+networks+in+grapevine%5BTitle%5D)+AND+%22DNA+Res%22%5BJournal%5D)">Genome-wide analysis of cis-regulatory element structure and discovery of motif-driven gene co-expression networks in grapevine.</a> DNA Res. 24 (3), 311-326 (2017).</li>
<li>Wong, D. C. J., Matus, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Constructing+Integrated+Networks+for+Identifying+New+Secondary+Metabolic+Pathway+Regulators+in+Grapevine%3A+Recent+Applications+and+Future+Opportunities%5BTitle%5D)+AND+%22Front.+Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">Constructing Integrated Networks for Identifying New Secondary Metabolic Pathway Regulators in Grapevine: Recent Applications and Future Opportunities.</a> Front. Plant Sci. 8, 505(2017).</li>
</ol>

저자는 공개 없다.

게놈 시대에 많은 유전자 가족 깊이 여러 종의 식물에 특징 되어 있다. 이 정보 기능 연구 예비 이며 가족의 다른 구성원의 역할을 자세히 조사 하는 프레임을 제공 합니다. 이러한 맥락에서 중복 때 이름을 할당 하지 독립적으로 다른 유전자를 다양 한 연구 그룹에 의해 발생할 수 있는 혼란을 피하는 가족의 각 구성원을 고유 하 게 식별 하는 명명법 시스템 허용에 대 한 필요 또한 있다.
신중한 고려 후, grapevine 과학계 애기 유전자 유사성에 따라 가족에서 이름 grapevine 유전자에 동의 하 고 일련 grapevine에 새로운 유전자 가족을 설명 하기 위해 적용 해야 하는 규칙의 설립 기본적으로 포도 애기 가족 구성원8사이 뉴클레오티드 시퀀스의 계통 발생 비교에서 출발. 따라서, 이미 주석이 고 애기에 제대로 라는 유일한 유전자 grapevine 명명법에 사용할 수 있습니다. 여기서 설명 하는 애기에 grapev...

지난 10 년 동안 많은 연구 grapevine 유전체학에서 실시 했다. Grapevine 인정된 경제적으로 관련 작물 이다, 과일 개발 연구 biotic 및 abiotic 스트레스에 나무가 우거진 식물의 응답에 대 한 모델 되고있다. 이러한 맥락에서 20071 왕 vinifera cv PN40024. 게놈 및 20112 의 업데이트 된 버전의 릴리스 "Omics"-규모 데이터의 급속 한 축적 하 고 높은 처리량 연구의 주도. 게시 된 시퀀스 데이터를 바탕으로, 주어진된 유전자 가족 (일반적으로 보존된 모티브, 구조적 및 기능적 유사성과 진화 관계를 공유 하는 단백질의 구성)의 포괄적인 분석 수행할 수 있는 지금 밝히기는 분자 기능, 진화, 고 진 식 프로필. 이러한 분석은 유전자 가족 게놈 넓은 수준에 생리 적 프로세스를 제어 하는 방법을 이해 하는 데 기여할 수 있다.
플랜트 라이프 사이클의 여러 측면 유비퀴틴 중재 일반 세포 프로세스를 미세 조정된 회전율을 필요로 하는 주요 단백질의 저하에 의해 통제 된다. 중요 한 저하 유비퀴틴 중재 프로세스의 구성 요소는 E3 유비퀴틴 ligases는 특정 대상3의 채용 덕분에 시스템 유연성에 대 한 책임이 있습니다. 따라서 이러한 효소 예측 애기 thaliana 게놈4, 각 E3 유비퀴틴 리가 특정 대상 단백질의 ubiquitination에 대 한 행동에 약 1400 E3 리가 인코딩 유전자와 거 대 한 유전자 가족을 나타냅니다. 식물에 있는 세포 기질-관련 ubiquitination의 중요성에도 불구 하 고 약간 ubiquitination 통로 규제 하는 방법에 대 한 알려져 있다 하 고 대상 단백질 몇 가지 경우에만 확인 되었습니다. 이러한 특이성 및 규제 메커니즘의 해독 의존 먼저 식별 하 고 특히에서 시스템의 다른 구성 요소의 E3 ligases 합니다. 유비퀴틴 ligases 중 ATL 인도의 91 회원 A. thaliana 반지-h 2 손가락 도메인5,6, 방어와 호르몬 응답7역할 그들 중 일부를 표시에서 확인 된 특징 이다.
새로운 유전자 가족의 구성원을 정의 하는 첫 번째 중요 한 단계 합의 모티프, 주요 도메인, 단백질 시퀀스 특성 등 가족 기능의 정확한 정의 이다. 실제로, 모든 유전자 가족의 폭발 분석에 따라 신뢰할 수 있는 검색 일부 필수 시퀀스 특성을 단백질 기능/활동, 단백질 서명으로 봉사에 대 한 책임 특정 단백질 도메인에 필요 합니다. 이 상 일반적인 시퀀스를 격리 하기 위해 다른 식물 종, 동일한 가족에 속하는 다른 유전자를 분석 하 여 달성 하거나 다른 식물 종에는 동일한 유전자 가족의 이전 특성에 의해 촉진 될 수 있습니다. 가족 구성원 수 있습니다 다음 개별적으로 작성 된 특정된 식물 종에 대 한 국제 컨소시엄에 의해 해결 하는 일반적인 규칙에 따라. Grapevine에 예를 들어, 이러한 절차 수립 등 V. vinifera A. thaliana 계통 발생 나무의 건설 포도 유전자 주석 (sNCGGa)에 대 한 슈퍼 전문 어 위원회의 권고를 복종 된다 유전자 가족 유전자 주석 있도록 뉴클레오티드 시퀀스8에 따라.
가족 구성원 및 유전자 중복 조사 염색체 현지화 전체 게놈 또는 협동 중복된 유전자의 존재를 강조 하실 수 있습니다. 이러한 정보가 나타납니다 이후 표시 기능 중복 되거나 다른 상황, 즉, 비 기능화, 네오-기능화, 또는 하위 기능화9공개 될 상 상속 유전자 기능을 해명 하는 데 유용. 두 네오-및 하위-functionalization는 환경10변화에 적응 하는 식물에 대 한 새로운 세포 구성 요소를 제공 하는 유전 참신을 만드는 중요 한 이벤트. 특히, 조상의 유전자의 중복과 새로운 유전자의 생산 매우 자주 grapevine 게놈의 진화 하는 동안 되었고 grapevine에 인접 하 고 협동 중복에서 발생 하는 새로 형성된 된 유전자를 새로운 생산 가능성이 있었다 함수11.
또 다른 주요 요소 유전자 가족 기능 해독 transcriptomic 프로필입니다. Transcriptomic 데이터의 엄청난 금액을 액세스를 부여 하는 공용 데이터베이스의 가용성은 대규모 철에 식 분석을 사용 하 여 유전자 가족에 상 상속 기능을 할당 하 따라서 악용 될 수 있습니다. 실제로, 특정 식물 기관 또는 특정 스트레스에 대 한 응답에 일부 유전자의 독특한 표현 정의 된 조건에서 해당 단백질의 상 상속 역할에 관한 몇 가지 힌트를 줄 수 있고 가능한에 대 한 가설에 지원을 제공합니다 다른도 전에 대응 하는 유전자 중복된의 하위 기능화. 그 목적, 여러 데이터 집합을 고려 하는 것이 중요 하다:이 식을 행렬, grapevine 기관과 발달 단계12, 게놈 넓은 transcriptomic 아틀라스 등 이미 유전자 수 또는 애드혹 으로 건축 될 수 있다 transcriptomic를 정의 거쳤다 특정 식물 종에 대 한 데이터 집합을 검색 합니다. 또한, 두 행렬을 사용 하는 간단한 방법, 인덱스도 유사성 데이터와 인덱스도 공동 식 계수와 함께 다른 하나 적용할 수 있는 유전자 가족 내에서 시퀀스 유사성과 표현의 패턴 간의 관계를 평가 하.
이 작품의 목적은 잘 달성 하기 위해 단백질 현지화 및 인 산화 사이트의 예측으로 유전자 구조, 보존된 단백질 모티프, 염색체 위치, 유전자 중복, 및 식 패턴을 정의 하는 글로벌 접근 방식을 제공 하는 식물에서 유전자 가족의의 완전 한 특성화 이러한 포괄적인 접근 방식은 여기 소문에 ATL E3 유비퀴틴 리가 가족의 특성에 적용 됩니다. 신흥 멤버 역할의 ATL 인도의 주요 세포질 과정7조절에,에 따르면이 작품 수 있습니다 잘 기능 연구에 대 한 강한 후보자의 식별을 지원 하 고 결국 경 세 하는 분자 메커니즘을 해명는 이 중요 한 작물의 환경에의 적응입니다.

<table><tbody><tr><td>개인용 컴퓨터</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>기본 로컬 정렬 검색 도구(BLAST)</td><td></td><td></td><td>https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</td></tr><tr><td>분자 진화 유전학 분석(MEGA)</td><td></td><td></td><td>http://www.megasoftware.net/</td></tr> <tr><td>모티프 기반 염기서열 분석 도구(MEME)</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>http://meme-suite.org/ Geneious</td><td>Biomatters Limited</td><td></td><td>http://www.geneious.com/</td></tr> <tr><td>ProtParam Tool</td><td></td><td></td><td>http://web.expasy.org/protparam/</td></tr> <tr><td>ngLOC</td><td></td><td></td><td>http://genome.unmc.edu/ngLOC/index.html</td></tr><tr><td>TargetP v1.1 서버</td><td></td><td></td><td>http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/</td></tr> <tr><td>Protein Prowler</td><td></td><td></td><td>http://bioinf.scmb.uq.edu.au:8080/pprowler_webapp_1-2/</td></tr> <tr><td>MUsite</td><td></td><td></td><td>http://musite.sourceforge.net/</td></tr> <tr><td>Pfam</td><td></td><td></td><td>http://pfam.xfam.org/</td></tr> <tr><td>TMHMM 서버 v. 2.0</td><td></td><td></td><td>http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/</td></tr> <tr><td>ProtScale</td><td></td><td></td><td>http://web.expasy.org/protscale/</td></tr> <tr><td>포도 게놈 데이터베이스(CRIBI)</td><td></td><td></td><td>http://genomes.cribi.unipd.it/grape/</td></tr> <tr><td>PhenoGram</td><td></td><td></td><td>http://visualization.ritchielab.psu.edu/phenograms/plot</td></tr><tr><td>MCScanX</td><td></td><td></td><td>http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/</td></tr> <tr><td>인터랙티브 트리 오브 라이프(iTOL)</td><td></td><td></td><td>http://itol.embl.de/</td></tr> <tr><td>UniProt</td><td></td><td></td><td></td></tr> <tr><td>http://www.uniprot.org/ Phylogeny.fr</td><td></td><td></td><td>http://www.phylogeny.fr/index.cgi</td></tr><tr><td>근육</td><td></td><td></td><td>http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/</td></tr> <tr><td>Gblocks 서버</td><td></td><td></td><td>http://molevol.cmima.csic.es/castresana/Gblocks_server.html</td></tr><tr><td>Vitis vinifera cv. Corvina 유전자 발현 Atlas datamatrix</td><td></td><td></td><td>https://www.researchgate.net/publication/273383414_54sample_ datamatrix_geneIDs_Fasoli2012</td></tr><tr><td>MeV(Multi Experiment Viewer)</td><td></td><td></td><td>http://mev.tm4.org/#/welcome</td></tr><tr><td>SRA(Sequence Read Archive)</td><td></td><td></td><td>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra</td></tr><tr><td>R</td><td></td><td></td><td>https://www.r-project.org/</td></tr> <tr><td>엠보스 니들(EMBL-EBI)</td><td></td><td></td><td>http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/</td></tr></tbody></table>

게놈 넓은 식별 및 소문의 atl e3 유비퀴틴 리가 유전자 가족의 식 메타 분석을 위한 포괄적인 워크플로

Comprehensive Workflow for the Genome-wide Identification and Expression Meta-analysis of the ATL E3 Ubiquitin Ligase Gene Family in Grapevine

분류 및 명명법 가족에 있는 유전자의 인코딩된 단백질의 다양성의 설명 하 고 특히 또는 시퀀스 모티프의 존재 등 여러 가지 기능에 대해 가족 기능 예측에 크게 기여할 수 있다 포스트 번역 상 수정 및 다른 조건에서 가족 구성원의 식 프로 파일에 대 한 사이트. 이 작품에서는 유전자 가족 특성에 대 한 상세한 프로토콜을 설명합니다. 여기, 프로시저 Levadura에서 애기 Tóxicos (ATL) E3 유비퀴틴 리가 소문에는 가족의 특성에 적용 됩니다. 단백질 지역화 및 인 산화 위치의 예측, 보존된 단백질 모티프의 분석, 유전자 지역화, 구조, 그리고 복제의 특성, 가족 구성원의 게놈 넓은 id를 포함 하는 방법 뿐만 아니라 유전자 표현에서 서로 다른 데이터 집합에 가족 프로 파일링. 실험 목적에 따라 추가 분석 연장 될 수 있는, 그런 절차는 게놈 데이터 사용할 수 있습니다, 어떤 식물 종에 어떤 유전자 가족에 적용 될 수 하 고 재미 있는 후보를 식별 하기 위해 귀중 한 정보를 제공 합니다. 기능 연구에 대 한 그들의 환경에 적응 하는 식물의 분자 메커니즘에 대 한 통찰력을 주는.

VIT_05s0077g01970 유전자, 식별 되는 가장 비슷한 A. thaliana ATL2 (At3g16720) BLASTp 검색을 통해이 포도 게놈에서 ATL 가족 구성원 조사에 프로브로 사용 되었다 (V. vinifera 이력서 피노 누아 PN40024). PSI 폭발 분석 융합 몇 주기 (그림 1A) grapevine ATL 유전자 가족에 속하는 상 상속 유전자의 목록이 공개 후. 각 후보에 대 한 정식 반지-H2 도메인의 존재 분석 (그림 1B)에서 식별 된 모든 항목의 근육 정렬의 시각적인 검사에 의해 평가 되었다. 포함 된 올바르게 간격된 보존된 아미노산, 두 개의 히스티딘 잔류물 프롤린 잔류물 3 시스테인 전에 유전자만 애기5에서 원래 ATL 정의 따르면 AT...

이 문서에서는 식별 및 Levadura에 애기 Tóxicos (ATL) E3 유비퀴틴 ligases 제품군에 적용 하는 소문에 유전자 가족의 특성에 대 한 절차를 설명 합니다.

게놈 넓은 식별 및 소문의 ATL E3 유비퀴틴 리가 유전자 가족의 식 메타 분석을 위한 포괄적인 워크플로

Classification and nomenclature of genes in a family can significantly contribute to the description of the diversity of encoded proteins and to the ...

이 절차의 전반적인 목표는 유전자 구조, 관련 단백질 모티프, 염색체 위치, 유전자 복제 및 발현 패턴의 정의를 포함하는 글로벌 접근 방식으로 식물의 유전자 군에 대한 철저한 특성화를 달성하는 것입니다. 이 방법은 유전자 발현 분석을 통해 가족 구성원의 세계 게놈 식별 및 전사체절개와 같은 과의 식물 분류에 대한 주요 질문에 답하는 데 도움이 될 수 있습니다. 전체 절차의 주요 장점은 완전한 유전자군 특성화를 달성하기 위한 실험 단계의 철저한 목록을 제공한다는 것입니다.이 절차는 유전 데이터를 사용할 수 있는 모든 식물 종의 모든 유전자군에 적용할 수 있습니다. 또한 이 접근 방식은 기능 연구를 위한 흥미로운 후보를 식별하는 데 유용한 정보를 제공합니다. 전체 절차를 시연하는 것은 제 연구실의 Pietro Ariani가 맡을 것입니다.Blast 웹 페이지를 열고 단백질 블라스트 섹션을 클릭합니다. enter query sequence(쿼리 시퀀스 입력) 필드에 다른 패밀리 구성원을 식별하기 위한 프로브로 사용될 단백질의 아미노산 서열을 입력합니다. 가족을 특징짓는 모든 중요한 기능을 가진 단백질을 사용하십시오.다음으로, 필드에서 search set(검색 세트)를 선택하고 reference protein data base(참조 단백질 데이터베이스)와 관심 유기체를 선택합니다. 이제 필드 프로그램 선택에서 PSI-BLAST 알고리즘을 선택합니다. 원하는 경우 알고리즘 매개변수를 클릭하여 최대 표적 시퀀스 및 스코어링 매트릭스와 같은 고급 매개변수를 조정합니다.E 값은 이 검색에 대해 005에서 001로 감소한 임계값입니다. BLAST 버튼을 클릭하여 해석을 실행합니다. 쿼리에 대한 상대적 일치를 표시하는 모든 시퀀스에서 분명히 패밀리에 속하지 않는 항목을 선택 취소합니다.PSI-BLAST 선택 열의 체크 표시를 클릭하여 이 작업을 수행합니다. 그런 다음 이동 버튼을 클릭하여 두 번째 PSI-BLAST 반복을 실행합니다. 새로 식별된 모든 염기서열은 노란색으로 강조 표시됩니다.다시 한 번 패밀리에 속하지 않는 히트를 선택 취소합니다. 알고리즘이 관련 항목을 찾지 못하거나 수렴에 도달할 때까지 이 프로세스를 계속합니다. 모든 거짓 양성이 제거되면 FASTA 형식의 파일에서 아미노산 염기서열을 수집하고 파일을 생물 정보학 소프트웨어 제품군에 업로드합니다.그런 다음 목록에서 가져온 모든 시퀀스를 선택하고 도구 모음에서 정

comprehensive-workflow-for-genome-wide-identification-expression-meta

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연구

JoVE Journal

Biology

생물학

Microarray 분석은 유전자 표현의 프로필을 결정하기 위해...

의 유전자 표현 프로필 결정 C. 엘레간스 Microarray 및 실시간 PCR을 사용하여

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세포 생물학의 기본적인 탐구는 진핵 세포를 만드는 organelles의 신원을 기초 메커니즘을 정의하는 것입니다. 여기 형광 현미경과 차세대 시퀀싱 도구를 사용하여 식물 organelles의 형태학의 기능적인 무결성에 대한 책임 유전자를 식별하는 방법을 제안합니다.

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이 문서는 즉 떼루아 개념에 대한 통찰력을 얻기 위해 포도 베리 성적 증명서 및 대사에 타겟이 불분명 한 대사 체학, transcriptomics 및 다변량 통계 분석의 응용 프로그램을 설명 베리 품질 특성에 대한 환경의 영향.

포도 베리 대사 체학 및 Transcriptomics을 통해 해석 떼루아 개념

갤럭시 다윗은 생물 정보학 교육을받지 않은 상태에서 연구자들은 분석하고 RNA-SEQ 데이터를 해석 할 수 있도록 인기있는 도구로 등장했다. C. elegans의 연구원들은 RNA-SEQ 실험, 액세스를 수행 갤럭시를 사용하여 데이터 집합을 처리하고 DAVID를 사용하여 유전자 목록에서 의미있는 생물학적 정보를 얻을 수 있도록 우리는 프로토콜을 설명합니다.

의 Transcriptomic 분석<em&gt; C</em&gt;.<em&gt; 간스</em갤럭시 프로젝트에 턱시도 제품군을 통해&gt; RNA 시퀀싱 데이터

본질적으로 무질서한 도메인은 온코겐융합 전사 인자 기능에 중요합니다. 이러한 단백질을 치료적으로 표적으로 하기 위해서는 이러한 도메인에 의해 사용되는 규제 메커니즘에 대한 보다 상세한 이해가 필요합니다. 여기서는 전사학을 사용하여 유잉 육종에서 본질적으로 무질서한 EWS 도메인의 중요한 구조적 특징을 매핑합니다.

전사 분석을 사용하여 무질서한 온코겐 전사 요인의 구조 기능 관계 매핑

이 프로토콜의 목적은 RNA 염기서열 분석 데이터를 사용하여 후보 유전자의 진화 와 발현을 조사하는 것이다.

RNA-seq를 사용하여 분자 진화 및 유전자 발현을 조사하기 위한 생물정보학 파이프라인

본 연구는 E3 유비퀴틴 리구아제 촉매 활성의 분석을 위한 체외 유비쿼터스 분석 프로토콜에 대한 상세한 제공. 재조합 단백질은 대장균 배양과 같은 원핵계를 사용하여 발현되었다.

시험관 내 E3 유비퀴틴 리가제 기능 분석

이 프로토콜은 인간 곰팡이 병원균 칸 디다 알비칸스에서 뉴클레아제(CUT&amp;RUN)를 사용하여 표적 하에서의 절단 및 방출을 위한 실험 방법 및 데이터 분석 워크플로우를 기술한다.

칸디다 알비칸스에서의 전사 인자-DNA 결합 상호작용의 게놈 전체 프로파일링: 포괄적인 CUT&amp;RUN 방법 및 데이터 분석 워크플로우

고처리량 scRNA-seq 분석법의 실현 가능성과 효과는 식물 연구에서 단일 세포 시대를 예고합니다. 여기에 제시된 것은 특정 Arabidopsis thaliana 뿌리 세포 유형을 분리하고 후속 전사체 라이브러리 구성 및 분석을 위한 강력하고 완전한 절차입니다.

식물 세포 유형의 분리 및 전사체 분석

본 연구는 조직 절편의 직접 공간 바코딩과 단일 세포 다중옴 분석을 결합한 공간적 Trekker–CUT&amp;Tag 멀티옴 프로토콜을 제시합니다. 이 접근법은 유전자 발현과 히스톤 H3K27ac 변형의 공간적으로 분리된 단일 세포 프로파일링을 동시에 가능하게 하여, 조직 미세해부학 맥락에서 유전자 조절에 대한 기전적 통찰을 제공합니다.

냉동 조직 절편에서 전사체 및 후생유전체 표적의 공간적으로 분리된 단일 세포 통합 다중체체 프로파일링

배우세요 포도나무 ATL E3 유비퀴틴 리가제 유전자 가족의 전체 게놈 식별 및 특성 분석 방법입니다. 유전자 구조, 단백질 모티프, 염색체 위치, 유전자 복제 및 발현 패턴을 체계적으로 분석하여 식물 유전학 연구에 활용할 수 있습니다.

게놈 넓은 식별 및 소문의 ATL E3 유비퀴틴 리가 유전자 가족의 식 메타 분석을 위한 포괄적인 워크플로

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