Name: RNAi 게놈 넓은 검사 Oncolytic 바이러스 치료 변조 호스트 요소를 식별 하 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-04-03T13:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 51 s
Description: 학습하세요 고처리량 RNAi 스크리닝을 통해 온코라이틱 바이러스 치료를 강화하는 숙주 표적을 식별하는 방법을. 이 기법은 바이러스 복제를 조절하는 숙주 유전자와 세포 경로를 포괄적으로 분석하여 암 치료 전략 개선에 활용됩니다.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

이 작품은 혁신, 오타와 지역 암 재단, 그리고 테리 폭스 연구소에 대 한 암 연구, 캐나다 재단에 대 한 온타리오 연구소에서 교부 금에 의해 지원 되었다. K.J.A. Vanier 캐나다 대학원 장학금, 건강 연구-마스터의 수상, 캐나다 연구소에 의해 지원 되었다 및 온타리오 대학원 장학금.

<ol><li>Cherry, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((What+have+RNAi+screens+taught+us+about+viral-host+interactions%3F%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Opin.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">What have RNAi screens taught us about viral-host interactions?</a> Curr. Opin. Microbiol. 12 (4), 446-452 (2009).</li>
<li>Panda, D., Cherry, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell-based+genomic+screening%3A+elucidating+virus-host+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Opin.+Virol%22%5BJournal%5D)">Cell-based genomic screening: elucidating virus-host interactions.</a> Curr. Opin. Virol. 2 (6), 784-792 (2012).</li>
<li>Houzet, L., Jeang, K. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+screening+using+RNA+interference+to+study+host+factors+in+viral+replication+and+pathogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Exp.+Biol.+Med%22%5BJournal%5D)">Genome-wide screening using RNA interference to study host factors in viral replication and pathogenesis.</a> Exp. Biol. Med. 236 (8), 962-967 (2011).</li>
<li>Friedel, C. C., Haas, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Virus-host+interactomes+and+global+models+of+virus-infected+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Virus-host interactomes and global models of virus-infected cells.</a> Trends Microbiol. 19 (10), 501-508 (2011).</li>
<li>Gao, S., Yang, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Applications+of+RNA+interference+high-throughput+screening+technology+in+cancer+biology+and+virology%5BTitle%5D)+AND+%22Protein+Cell%22%5BJournal%5D)">Applications of RNA interference high-throughput screening technology in cancer biology and virology.</a> Protein Cell. 5 (11), 805-815 (2014).</li>
<li>Kilcher, S., Mercer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Next+generation+approaches+to+study+virus+entry+and+infection%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Opin.+Virol%22%5BJournal%5D)">Next generation approaches to study virus entry and infection.</a> Curr. Opin. Virol. 4, 8-14 (2014).</li>
<li>Ramage, H., Cherry, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Virus-Host+Interactions%3A+From+unbiased+genetic+screens+to+function%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Virol%22%5BJournal%5D)">Virus-Host Interactions: From unbiased genetic screens to function.</a> Annu. Rev. Virol. 2 (1), 497-524 (2015).</li>
<li>Mercer, J., Snijder, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNAi+screening+reveals+proteasome-+and+Cullin3-dependent+stages+in+vaccinia+virus+infection%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">RNAi screening reveals proteasome- and Cullin3-dependent stages in vaccinia virus infection.</a> Cell Rep. 2 (4), 1036-1047 (2012).</li>
<li>Sivan, G., Martin, S. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+genome-wide+RNAi+screen+reveals+a+role+for+nuclear+pore+proteins+in+poxvirus+morphogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.S.A%22%5BJournal%5D)">Human genome-wide RNAi screen reveals a role for nuclear pore proteins in poxvirus morphogenesis.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 110 (9), 3519-3524 (2013).</li>
<li>Beard, P. M., Griffiths, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+loss+of+function+analysis+of+host+factors+Influencing+vaccinia+virus+replication+by+RNA+Interference%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">A loss of function analysis of host factors Influencing vaccinia virus replication by RNA Interference.</a> PLoS ONE. 9 (6), e98431(2014).</li>
<li>Teferi, W. M., Dodd, K., Maranchuk, R., Favis, N., Evans, D. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+whole-genome+RNA+interference+screen+for+human+cell+factors+affecting+myxoma+virus+replication%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Virol%22%5BJournal%5D)">A whole-genome RNA interference screen for human cell factors affecting myxoma virus replication.</a> J. Virol. 87 (8), 4623-4641 (2013).</li>
<li>Workenhe, S. T., Ketela, T., Moffat, J., Cuddington, B. P., Mossman, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+lentiviral+shRNA+screen+identifies+serine%2Farginine-rich+splicing+factor+2+as+a+determinant+of+oncolytic+virus+activity+in+breast+cancer+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Genome-wide lentiviral shRNA screen identifies serine/arginine-rich splicing factor 2 as a determinant of oncolytic virus activity in breast cancer cells.</a> Oncogene. 35 (19), 2465-2477 (2015).</li>
<li>Panda, D., Das, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNAi+screening+reveals+requirement+for+host+cell+secretory+pathway+in+infection+by+diverse+families+of+negative-strand+RNA+viruses%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.+S.+A%22%5BJournal%5D)">RNAi screening reveals requirement for host cell secretory pathway in infection by diverse families of negative-strand RNA viruses.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 108 (47), 19036-19041 (2011).</li>
<li>Lee, A. S. -Y., Burdeinick-Kerr, R., Whelan, S. P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+genome-wide+small+interfering+RNA+screen+identifies+host+factors+required+for+vesicular+stomatitis+virus+infection%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Virol%22%5BJournal%5D)">A genome-wide small interfering RNA screen identifies host factors required for vesicular stomatitis virus infection.</a> J. Virol. 88 (15), 8355-8360 (2014).</li>
<li>Mahoney, D. J., Lefebvre, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Virus-tumor+interactome+screen+reveals+ER+stress+response+can+reprogram+resistant+cancers+for+oncolytic+virus-triggered+Caspase-2+cell+death%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell%22%5BJournal%5D)">Virus-tumor interactome screen reveals ER stress response can reprogram resistant cancers for oncolytic virus-triggered Caspase-2 cell death.</a> Cancer Cell. 20 (4), 443-456 (2011).</li>
<li>Mahoney, D. J., Stojdl, D. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+call+to+arms%3A+Using+RNAi+screening+to+improve+oncolytic+viral+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Cytokine+Growth+Factor+Rev%22%5BJournal%5D)">A call to arms: Using RNAi screening to improve oncolytic viral therapy.</a> Cytokine Growth Factor Rev. 21 (2-3), 161-167 (2010).</li>
<li>Mahoney, D. J., Stojdl, D. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+genomic+screening+to+enhance+oncolytic+virotherapy%5BTitle%5D)+AND+%22Br.+J.+Cancer%22%5BJournal%5D)">Functional genomic screening to enhance oncolytic virotherapy.</a> Br. J. Cancer. 108 (2), 245-249 (2012).</li>
<li>Allan, K. J., Stojdl, D. F., Swift, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+screening+to+enhance+oncolytic+virus+immunotherapy%5BTitle%5D)+AND+%22Oncolytic+Virother%22%5BJournal%5D)">High-throughput screening to enhance oncolytic virus immunotherapy.</a> Oncolytic Virother. 5, 15-25 (2016).</li>
<li>Lundholt, B. K., Scudder, K. M., Pagliaro, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+technique+for+reducing+edge+effect+in+cell-based+assays%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biomol.+Screen%22%5BJournal%5D)">A simple technique for reducing edge effect in cell-based assays.</a> J. Biomol. Screen. 8 (5), 566-570 (2003).</li>
<li>Birmingham, A., Selfors, L. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Statistical+methods+for+analysis+of+high-throughput+RNA+interference+screens%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">Statistical methods for analysis of high-throughput RNA interference screens.</a> Nat. Methods. 6 (8), 569-575 (2009).</li>
<li>Zhang, J., Chung, T., Oldenburg, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+statistical+parameter+for+use+in+evaluation+and+validation+of+high+throughput+screening+assays%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biomol.+Screen%22%5BJournal%5D)">A simple statistical parameter for use in evaluation and validation of high throughput screening assays.</a> J. Biomol. Screen. 4 (2), 67-73 (1999).</li>
<li>Huang, D. W., Sherman, B. T., Lempicki, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+and+integrative+analysis+of+large+gene+lists+using+DAVID+bioinformatics+resources%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protoc%22%5BJournal%5D)">Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources.</a> Nat. Protoc. 4 (1), 44-57 (2009).</li>
<li>Huang, D. W., Sherman, B. T., Lempicki, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bioinformatics+enrichment+tools%3A+paths+toward+the+comprehensive+functional+analysis+of+large+gene+lists%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Bioinformatics enrichment tools: paths toward the comprehensive functional analysis of large gene lists.</a> Nucleic Acids Res. 37 (1), 1-13 (2009).</li>
<li>Thomas, P. D., Campbell, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PANTHER%3A+a+library+of+protein+families+and+subfamilies+indexed+by+function%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">PANTHER: a library of protein families and subfamilies indexed by function.</a> Genome Res. 13 (9), 2129-2141 (2003).</li>
<li>Szklarczyk, D., Morris, J. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+STRING+database+in+2017%3A+quality-controlled+protein-protein+association+networks%2C+made+broadly+accessible%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">The STRING database in 2017: quality-controlled protein-protein association networks, made broadly accessible.</a> Nucleic Acids Res. 45 (D1), D362-D368 (2017).</li>
<li>Luc, P. -V., Tempst, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PINdb%3A+a+database+of+nuclear+protein+complexes+from+human+and+yeast%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">PINdb: a database of nuclear protein complexes from human and yeast.</a> Bioinformatics. 20 (9), 1413-1415 (2004).</li>
<li>Chung, N., Zhang, X. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Median+absolute+deviation+to+improve+hit+selection+for+genome-scale+RNAi+screens%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biomol.+Screen%22%5BJournal%5D)">Median absolute deviation to improve hit selection for genome-scale RNAi screens.</a> J. Biomol. Screen. 13 (2), 149-158 (2008).</li>
<li>Zhang, X. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Illustration+of+SSMD%2C+z+Score%2C+SSMD%2A%2C+z%2A+Score%2C+and+t+statistic+for+hit+selection+in+RNAi+high-throughput+screens%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biomol.+Screen%22%5BJournal%5D)">Illustration of SSMD, z Score, SSMD*, z* Score, and t statistic for hit selection in RNAi high-throughput screens.</a> J. Biomol. Screen. 16 (7), 775-785 (2011).</li>
<li>Zhang, X. D., Lacson, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+SSMD-based+false+discovery+and+false+nondiscovery+rates+in+genome-scale+RNAi+screens%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biomol.+Screen%22%5BJournal%5D)">The use of SSMD-based false discovery and false nondiscovery rates in genome-scale RNAi screens.</a> J. Biomol. Screen. 15 (9), 1123-1131 (2010).</li>
<li>Amberkar, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+RNA+interference+screens+integrative+analysis%3A+towards+a+comprehensive+understanding+of+the+virus-host+interplay%5BTitle%5D)+AND+%22World+J.+Virol%22%5BJournal%5D)">High-throughput RNA interference screens integrative analysis: towards a comprehensive understanding of the virus-host interplay.</a> World J. Virol. 2 (2), 18-31 (2013).</li>
<li>Barrows, N. J., Le Sommer, C., Garcia-Blanco, M. A., Pearson, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Factors+affecting+reproducibility+between+genome-scale+siRNA-based+screens%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biomol.+Screen%22%5BJournal%5D)">Factors affecting reproducibility between genome-scale siRNA-based screens.</a> J. Biomol. Screen. 15 (7), 735-747 (2010).</li>
<li>Carralot, J. -P., Ogier, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+specific+edge+effect+correction+method+for+RNA+interference+screenings%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">A novel specific edge effect correction method for RNA interference screenings.</a> Bioinformatics. 28 (2), 261-268 (2011).</li>
<li>Caffrey, D. R., Zhao, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((siRNA+off-target+effects+can+be+reduced+at+concentrations+that+match+their+individual+potency%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">siRNA off-target effects can be reduced at concentrations that match their individual potency.</a> PLoS ONE. 6 (7), e21503-e21511 (2011).</li>
<li>Makarenkov, V., Zentilli, P., Kevorkov, D., Gagarin, A., Malo, N., Nadon, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+efficient+method+for+the+detection+and+elimination+of+systematic+error+in+high-throughput+screening%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">An efficient method for the detection and elimination of systematic error in high-throughput screening.</a> Bioinformatics. 23 (13), 1648-1657 (2007).</li>
<li>Caraus, I., Alsuwailem, A. A., Nadon, R., Makarenkov, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detecting+and+overcoming+systematic+bias+in+high-throughput+screening+technologies%3A+a+comprehensive+review+of+practical+issues+and+methodological+solutions%5BTitle%5D)+AND+%22Brief.+Bioinform%22%5BJournal%5D)">Detecting and overcoming systematic bias in high-throughput screening technologies: a comprehensive review of practical issues and methodological solutions.</a> Brief. Bioinform. 16 (6), 974-986 (2015).</li>
<li>Savidis, G., McDougall, W. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+Zika+virus+and+dengue+virus+dependency+factors+using+functional+genomics%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Identification of Zika virus and dengue virus dependency factors using functional genomics.</a> Cell Rep. 16 (1), 232-246 (2016).</li>
<li>Ma, H., Dang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+CRISPR-Based+screen+identifies+genes+essential+for+West-Nile-virus-induced+cell+death%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">A CRISPR-Based screen identifies genes essential for West-Nile-virus-induced cell death.</a> Cell Rep. 12 (4), 673-683 (2015).</li>
<li>Zhang, R., Miner, J. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+CRISPR+screen+defines+a+signal+peptide+processing+pathway+required+by+flaviviruses%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A CRISPR screen defines a signal peptide processing pathway required by flaviviruses.</a> Nature. 535 (7610), 164-168 (2016).</li>
<li>Marceau, C. D., Puschnik, A. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+dissection+of+Flaviviridae+host+factors+through+genome-scale+CRISPR+screens%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Genetic dissection of Flaviviridae host factors through genome-scale CRISPR screens.</a> Nature. 535 (7610), 159-163 (2016).</li>
</ol>

저자는 공개 없다.

여기 선물이 oncolytic 바이러스 치료를 강화 하도록 조작 될 수 있는 호스트 대상을 식별 하기 위해 높은 처리량 RNAi 심사 위한 프로토콜. 이 성공적으로 oncolytic 라바 바이러스와 oncolytic vaccinia 바이러스, 테스트 되었습니다 하지만, 앞에서 언급 했 듯이, 그것은 적응 시킬 수 있다 다른 oncolytic 바이러스 또는 다른 바이러스와 함께 사용 하기 위해 일반적으로 바이러스 복제를 조절 하는 유전자를 호스트를 식별 하기 위해. 심사 프로토콜 또한 증가 하거나 감소 확산, 유전자를 식별 하도록 설계 되었습니다 하지만 다른 정보에 대 한 쉽게 수정할 수 있습니다. 마 라바 바이러스, 예를 들어, 우리의 스크린 oncolysis 점수 세포 생존 능력 분석 결과 간단한 resazurin 기반 중요 한 염료를 이용 하 여 조절 하는 유전자를 식별 하도록 설계 되었습니다 ( 그림 4참조)15. 바이러스, 부...

높은 처리량 게놈 넓은 RNAi 심사 공개 연구 바이러스 생물학 등의 다양 한 분야에서 생물 학적 통찰력을 위한 도구로 입증 되었습니다. 지난 십년 동안 수많은 그룹 인데요 셀 기반 대규모 RNAi 심사 광범위 하 게 변조 바이러스 복제 (,12,3,4 검토 됨 호스트 유전자를 식별 하 , 5 , 6 , 7). 흥미롭게도, 이러한 스크린 수가 많은 암 세포와 바이러스에 현재 oncolytic 바이러스 vaccinia 바이러스8,9,10 포함 하 여 여러 실시 되었습니다 , Myxoma 바이러스11, 포진 심 플렉스 바이러스12, vesicular 구내 염 바이러스13,14및 마 라바 바이러스15. 이러한 연구의 대부분의 초점은 바이러스 복제의 일부 측면에 영향을 주는 호스트 요소 식별에 그리고 oncolytic 바이러스 치료 향상을 위한 biotherapeutic 목표 식별에 동안, 귀중 한 데이터에 이러한 데이터 세트에서 채굴 수 있습니다. 이 관계. 그것은 분명 그 oncolytic 바이러스 치료를 강화 하도록 조작 될 수 있는 호스트 대상을 식별 하는 강력한 잠재력 하지 완전히 악용 되어.
Oncolytic 바이러스 플랫폼의 과다는 현재 단계의 임상 시험 될지도 성공 했다는 헤 르 페 스 단순 바이러스 reovirus, vaccinia 바이러스를 포함 하 여 전 임상 및 임상 연구에서 테스트 되 고 있습니다. 이러한 플랫폼의 대부분에 대 한 노력 강화 치료를 변경 바이러스 게놈 향해 감독 되었습니다. 예를 들어, 종양 특이성을 증가, 특정 바이러스 유전자가 되었습니다 삭제 하거나 크게 정상 세포, 종양 세포에만 바이러스의 복제를 제한 하려면 변경 합니다. 경우에 따라 transgenes 추가 되었습니다 GM-CSF (granulocyte 대 식 세포 콜로 니 자극 인자) 면역 응답 약효를 또는 NIS (나트륨 요오드 화물 symporter) 에서 생체 내 이미징 및 세포 radioiodide 통풍 관 같은 치료 용도입니다. 그러나, 아주 작은 작업 호스트/종양 유전자를 조작 하 고 호스트/종양 유전자 oncolytic 바이러스 복제에의 영향을 탐구에 집중 되었습니다. 높은 처리량 검열 기술의 도래와 함께 그것은 지금 게놈 규모에 주인 바이러스 상호 작용을 조사 하 고 호스트 게놈 oncolytic 바이러스 치료 향상을 조작 하는 기회를 해독 가능 (16, 에서 17,18).
우리는 첫 번째 연구 설명-의 증거-개념 높 처리량 유전자 oncolytic 바이러스 치료를 강화 하도록 조작 될 수 있는 대상 호스트를 식별 하기 위해 심사를 사용 하 여에 대 한 보고. 라바 바이러스 oncolysis, 현재 단계에서 테스트 중인 oncolytic rhabdovirus 변조 호스트 유전자를 I 및 II 시험, 우리 게놈 넓은 RNAi 스크린에 걸쳐 실시는 siRNA (짧은 방해 RNA)와 중복에서 3 다른 종양 세포 라인 18,120 유전자15를 대상으로 하는 라이브러리. 조회 화면에서 확인 된 경로 분석 응급실 (바인딩과 그물) 스트레스 응답 경로 구성원의 농축을 밝혔다. 우리는 그 기본 화면에서 다른 대상 시퀀스와 siRNA를 사용 하 여 보조 유효성 검사에 대 한 이러한 경로 내에서 10 안타를 선택. 3 차 유효성 검사의 일환으로, 우리는 IRE1α와 구조 실험을 실시 (inositol 필요한 효소 1 알파)를 대상에 적중 되었는지 확인. 생체 외에서 그리고 vivo에서 IRE1α의 작은 분자 억제 물을 사용 하 여 테스트 결과 극적으로 향상 된 oncolytic 효능.
Workenhe 외. 12 또한 실시 풀링된 lentiviral shRNA (짧은 헤어핀 RNA)를 사용 하 여 게놈 넓은 RNAi 스크린 인간 포진 심 플렉스 바이러스 제한 호스트 요소를 식별 하는 16,056 유전자를 대상으로 하는 라이브러리 타입 1 (HSV-1) 돌연변이 KM100 중재 oncolysis의 유 방 암 세포입니다. 기본 화면에서 그들은 343 유전자 모의 감염 세포; 이상 KM100 감염 세포의 향상 된 세포 독성 이어질의 최저 확인 그들은 선택 보조 유효성 검사에 대 한 이러한 유전자의 24. 24 유전자 중 8 유전자는 그들 중 하나는 보조 화면에서 확인 되었다 SRSF2 (2 요소 떠들고/아르기닌 풍부한 접합) 이후 3 차 유효성 검사 중 유전 구조 실험을 사용 하 여 확인 했다 되 고. 그룹의 식별을 DNA topoisomerase 억제제 화학요법 SRSF2의 인 산화를 감소를 보여주었다 TUBO 종양 방위 쥐의 확장된 생존에이 억제제 리드와 함께 HSV-1 KM100의 조합 치료에 갔다.
앞서 언급 한 연구에서 비슷한 워크플로 뒤를 이었다. 각 보조 화면 기본 화면에서 확인 하는 조회 수의 선택 수에 따라 기본 게놈 넓은 RNAi 스크린으로 시작 했다. 이 히트 대상에 했다는 포함 3 차 검증 연구에 의해 그 뒤를 이었다 유전 수행 하 여 대상 유전자 제품 비보를 조작 하 여 수행 하는 궁극적인 유효성 검사 실험 체 외에 구조. 이 문서에서는, 우리는 먼저 개발 및 최적의 transfection 조건, 바이러스, 및 감염의 길이 결정 하는 포함 한다 높은 처리량 siRNA 심사 분석 결과의 유효성 검사에 대 한 일반적인 프로토콜 제공. 높은 처리량 siRNA 화면으로 보조 화면 유효성 검사와 3 차 유효성 검사를 수행 하기 위한 방법에 대 한 전반적인 설명을 우리는 또한 주를 실시 하기 위한 상세한 프로토콜을 제공 합니다.

<table><tbody><tr><td>Consumables</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>siRNA library</td><td>GE Dharmacon</td><td>G-005005-02</td><td></td></tr><tr><td>Corning 384웰 플레이트</td><td>Corning</td><td>3985</td><td></td></tr><tr><td>Falcon 384웰 플레이트</td><td>Becton Dickinson</td><td>353962</td><td></td></tr><tr><td>Water</td><td>Sigma</td><td>W4502</td><td></td></tr><tr><td>siGenome SMARTpool PLK1</td><td>GE Dharmacon</td><td>M-003290-01</td><td></td></tr><tr><td>AllStars 음성 대조군 siRNA</td><td>Qiagen</td><td>SI03650318</td><td></td></tr><tr><td>siGenome 비표적 siRNA 풀 #2</td><td>GE Dharmacon</td><td>D-001206-14-20</td><td></td></tr><tr><td>DMEM/HIGH 포도</td>당 <td>GE Healthcare Life Sciences</td><td>SH30022.01</td><td></td></tr><tr><td>소 태아 혈청</td><td>시그마</td><td>F15051-500ML</td><td></td></tr><tr><td>HEPES 용액(1M)</td><td>시그마</td><td>H3535-100ML</td><td></td></tr><tr><td>페니실린-스트렙토마이신 100X 솔루션</td><td>GE 헬스케어 생명과학</td><td>SV30010</td><td></td></tr><tr><td>트립신-EDTA (0.25%)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>2500056</td><td></td></tr><tr><td>DPBS/Modified</td><td>GE Healthcare Life Sciences</td><td>SH30028.02</td><td></td></tr><tr><td>리포펙타민 RNAiMAX</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>13778100</td><td></td></tr><tr><td>올리고펙타민</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>1225011</td><td></td></tr><tr><td>Opti-MEM</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>22600-050</td><td></td></tr><tr><td>레사주린 나트륨 염</td><td>Sigma</td><td>R7017-5G</td><td></td></tr><tr><td>Hoechst 33342</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>H21492</td><td></td></tr><tr><td>포름알데히드(중량 37%)</td><td>Fisher Scientific</td><td>F79-4</td><td></td></tr><tr><td>500ml 병</td><td>Corning</td><td></td><td></td></tr><tr><td>430282 마이크로플레이트용 접착 밀봉 필름</td><td>Excel Scientific</td><td>361006007</td><td></td></tr><tr><td>박리 가능한 열 밀봉 호일</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AB-3720</td><td></td></tr><tr><td>BioTek MicroFlo Select 디스펜서 카세트</td><td>Fisher Scientific</td><td>11-120-625</td><td></td></tr><tr><td>Name</td><td>Company</td><td>Catalog 번호</td><td>Comments</td></tr><tr><td>Equipment</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>MicroFlo Select (liquid dispenser)</td><td>Fisher Scientific</td><td>11120621</td><td></td></tr><tr><td>BioTek Synergy HT 플레이트 리더</td><td>Biotek</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Opera 이미징 및 분석 기기</td><td>PerkinElmer</td><td>HH10000115</td><td></td></tr><tr><td>KiNEDx 로봇 팔</td><td>피크 분석 및 자동화(이전 Peak Robotics)</td><td>KX-300-660</td><td></td></tr><tr><td>Cytomat 24C 시리즈 자동화 인큐베이터</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>50080227</td><td></td></tr><tr><td>JANUS 자동화</td><td>워크스테이션 PerkinElmer</td><td>AJI4M01</td><td></td></tr><tr><td>플레이트 캐러셀</td><td>피크 분석 및 자동화(이전 Peak Robotics)</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Alps 3000 플레이트 씰러</td><td>써모 피셔 사이언티픽</td><td>AB-3000</td><td></td></tr></tbody></table>

rnai 게놈 넓은 검사 oncolytic 바이러스 치료 변조 호스트 요소를 식별 하

Genome-wide RNAi Screening to Identify Host Factors That Modulate Oncolytic Virus Therapy

높은 처리량 게놈 넓은 RNAi (RNA 간섭) 심사 기술 바이러스 복제에 영향을 주는 호스트 요소를 발견 하기 위해 널리 사용 되었습니다. 여기 우리는 특별히 치료를 향상의 목표와 라바 바이러스는 oncolytic rhabdovirus, vaccinia 바이러스의 복제를 조절 하는 잠복 호스트 대상에이 기술의 응용 프로그램을 제시. 이 방법은 다른 oncolytic 바이러스에 적용 이며 또한 포유류 세포에 있는 바이러스 복제를 조절 하는 호스트 대상 식별 하는 데 이용 될 수 있다 사용 oncolytic 라바 바이러스와 oncolytic vaccinia 바이러스에 대 한 프로토콜 테스트 하는 동안 일반. 이 프로토콜 개발 및 포유류 세포, 주요 고려 사항 및 기본 높은 처리량 RNAi 스크린, 그리고에 대 한 단계별 가이드를 실시 하기 위한 중요 한 준비 단계에서 높은 처리량 RNAi 심사에 대 한 분석 결과의 유효성 검사에 설명 합니다. 실시 하는 주 높은 처리량 RNAi 스크린; 또한, 그것은 광범위 하 게 보조 화면 유효성 검사와 3 차 검증 연구를 수행 하기 위한 방법을 설명 합니다. 검사는 광범위 하 고 편견 패션, 바이러스 복제를 하나 infectivity, 등 생체 외에서 시험을 개발할 수 있습니다의 모든 측면을 변조 호스트 요소에에서 카탈로그를 하나 수 있다는 높은 처리량 RNAi의 혜택 버스트 크기, 그리고 세포 독성입니다. 그것은 biotherapeutic 대상 외 현재 지식 기반을 밝히기 힘이 있다.

워크플로 호스트 oncolytic 바이러스 치료를 향상 시키기 위해 목표를 식별 하는 데에 대 한 개요는 그림 1에 표시 됩니다.
그림 1에서 볼 수 있듯이 중요 한 첫 번째 단계는 높은 처리량 RNAi 스크린 실시 분석 결과 개발입니다. 그림 2A transfection 최적화 분석 결과 대 한 샘플 접시 레이아웃을 제공합니다. 그림 2B 예상된 결과의 대표 이미지의 구성 이며 그림 2C 예상된 결과의 대표 작. PLK-1, 유전자는 세포 죽음을 유도 하 고 siRNA 때 려 눕 힘 효율성을 모니터...

여기 우리는 프로토콜 설명 높은 처리량 RNAi 심사 oncolytic 바이러스 치료를 강화 하도록 조작 될 수 있는 호스트 대상을 폭로를 위한, 특히 rhabodvirus 및 vaccinia 바이러스 치료, 하지만 그것은 다른 oncolytic 쉽게 적용할 수 있습니다 바이러스 플랫폼 또는 변조 바이러스 복제를 일반적으로 호스트 유전자 발견.

RNAi 게놈 넓은 검사 Oncolytic 바이러스 치료 변조 호스트 요소를 식별 하

High-throughput genome-wide RNAi (RNA interference) screening technology has been widely used for discovering host factors that impact&#160;virus ...

이 프로토콜의 전반적인 목표는 종양 용해성 바이러스 요법을 향상시키기 위해 조작할 수 있는 숙주 표적을 식별하는 것입니다. 이 방법은 종양 용해성 바이러스 치료 분야의 주요 질문, 예를 들어 어떤 특정 숙주 인자 및 세포 경로가 종양 용해성 바이러스 복제를 조절하는지와 같은 주요 질문에 답하는 데 도움이 될 수 있습니다. 이 기술의 주요 장점은 포괄적이고 편향되지 않은 방식으로 종양 용해성 바이러스 요법을 향상시키기 위해 조작할 수 있는 숙주 표적을 식별할 수 있다는 것입니다.이 프로토콜은 일반적으로 바이러스 복제를 조절하는 숙주 요인을 식별하는 데에도 사용할 수 있습니다. 텍스트 프로토콜에 따라 고처리량 스크리닝 분석을 개발한 후 냉동고에서 마이크로타이터 플레이트 배치를 제거하고 20-30분 동안 해동합니다. 그 동안 두 병에 70% 에탄올을 채운 다음 50mL 원뿔형 튜브 2개에 PBS를, 1병에 증류수를 채웁니다.액체 디스펜서 튜브를 70% 에탄올 병에 담근 다음 튜브 주위에 마스킹 테이프를 붙여 튜브가 멸균된 것으로 간주될 수 있는 지점을 표시합니다. 약 25mL의 70% 에탄올을 사용하여 튜브를 프라이밍합니다. 손실된 부피를 대체하기 위해 병에 추가 에탄올을 붓고 튜브를 최소 5분 동안 에탄올에 그대로 두십시오.세포 배양 후드를 준비한 후 밀봉된 플레이트를 원심분리하고 실온에서 2분 동안 1026배 G로 설정합니다. 그런 다음 플레이트에서 씰을 제거합니다. 그런 다음 필요한 양의 transfection 시약을 pre-warmed transfection 시약 희석제가 들어 있는 원뿔형 튜브에 피펫으로 넣습니다.각 플레이트에서 배지를 흡인하여 세포를 트립신화하기 시작합니다. PBS 9mL를 사용하여 세포를 헹구고 플레이트당 트립신 3mL를 피펫팅합니다. 세포를 섭씨 37도에서 약 5분 동안 배양합니다.그런 다음 22mL의 배지를 사용하여 세포를 위아래로 10회 재현탁합니다. 각 조직 배양 플레이트의 세포 현탁액을 멸균 병에 결합하고 병을 반전시켜 세포 현탁액을 혼합합니다. 그런 다음 세포 현탁액의 1mL 분취물을 두 개의 별도 마이크로분리 튜브로 피펫팅합니다.각 마이크로분리관에서 샘플을 제거하고 세포를 계수합니다. 그런 다음 필요한 밀도에 필요한 세포 현탁액의 부피를 계산하고 한 배치의 플레이트에 걸쳐 분배할 수 있을 만큼 충분히 희석된 세포 현탁액을 준비합니다. 세포가 준비되는 동안 에탄올의 액체 디스펜

genome-wide-rnai-screening-to-identify-host-factors-that-modulate

Research

연구

JoVE Journal

Cancer Research

암 연구

바이러스 감염에 관련된 소설 호스트 요소는 기능 RNAi 심사의 셀 기반의 게놈 전체의 손실을 통해 확인할 수 있습니다.

에 관련된 호스트 요인에 대한 RNAi 심사 우두</em사용하기> 바이러스 감염 Drosophila 전지

대상 아이디 라이브러리 miRNA 목표를 식별하는 데 사용 복제된 cDNA의 플라스미드 기반의 게놈 전체 모음입니다. 여기는 이용 및 응용 프로그램을 보여줍니다.

선교 대상 아이디 라이브러리를 사용하여 miRNA 목표를위한 게놈 - 와이드 스크린

여기 우리는 세포 생존을 촉진 유전자 표적을 식별하는 방법을 순서 인간 LentiPlex 풀링 라이브러리 전통을 사용합니다. 우리는 설정하고 deconvolute LentiPlex 화면을하고 결과를 확인하는 방법을 보여줍니다.

임무 LentiPlex는 포유 동물 세포에서 shRNA 도서관 검사를 풀링

바이러스 복제를 측정하는 시험 관내 분석에서 크게 루시페라아제 또는 생물 발광 가능한 다른 효소를 발현하는 재조합 RNA 바이러스의 개발에 의해 개선되었다. 여기 세부 홍역 및 화학 도서관에서 폭 넓은 스펙트럼 항 바이러스를 분리하기 Chikungunya의 바이러스와 같은 재조합 균주를 결합하여 높은 처리량 검사 파이프 라인을.

RNA 바이러스의 넓은 스펙트럼 화학 억제를위한 높은 처리량 검사

HIV-1 복제 주기의 통합 후 단계를 표적으로 하는 RNA 분자의 효능 및 독성을 평가하는 방법이 설명되어 있습니다. 이러한 방법은 새로운 분자를 스크리닝하고 기존 분자의 형식을 최적화하는 데 유용합니다.

유전자 또는 약물 치료에 사용하기 위해 HIV-1 생산을 표적 RNA를의 효능 및 독성 평가

선물이 RIP-태그;를 활용 하 여 소설 체세포 유전자 전달 시스템을 설명 하는 프로토콜 RIP-tva 마우스 모델 전이에서 유전자의 기능 연구. 조류 레트로 바이러스 intracardiacally 성인 쥐에서 췌 장 β 세포의 사전 악성, 비 침 투 적인 병 변으로 유전자 전송을 보장 하기 위해 전달 됩니다.

식별 및 태그-소설 RIP;으로 유전자 이동에 의해 전이성 요인의 특성 RIP-tva Murine 모델

여기, 선물이 arbovirus 복제 및 arbovirus 복제를 제한 하는 2) 진 핵 호스트 요인 1) 바이러스 인코딩된 immunomodulators 식별 프로토콜. 이러한 형광 및 발광 기반 방법을 빠르게 낮은 신호 대 잡음 비율 단순한 분석에 arbovirus 복제의 양적 정보를 연구 수 있습니다.

Arbovirus 감염 바이러스 Immunomodulators 및 호스트 항 바이러스 요인의 식별을 위한 도구를 심사로

이 프로토콜 설명 합니다 자세한 워크플로 생성에 대 한 immunomodulators, 예를 들어 bispecific T 세포 engagers를 인코딩 하는 홍 역 바이러스를 사용 하 여 표현 위한 oncolytic 바이러스의 비보 특성화 전. 응용 프로그램 및 다른 벡터 플랫폼 및 transgenes 적응 임상 번역 소설 immunovirotherapeutics의 개발을 가속화할 것 이다.

종양 대상 Immunomodulation에 대 한 paramyxoviruses: 설계 및 평가 전 비보

렌티바이러스 shRNA의 풀을 이용한 고처리량 RNA 간섭(RNAi) 스크리닝은 악성종양에서 치료적으로 관련된 합성 치사적 표적을 검출하는 도구가 될 수 있다. 우리는 급성 골수성 백혈병 (AML)에서 후성 유전 학적 이펙터를 조사하기 위해 풀링 된 shRNA 스크리닝 접근법을 제공합니다.

약물 내성 표현형을 조절하는 인자를 식별하기 위한 풀링된 shRNA 라이브러리 스크리닝

우리는 유전자 조작 마우스 모델에서 발생하는 종양과 해당 인간 종양 유형에서 발생하는 종양의 치료 표적을 식별하고 비교하기 위해 게놈 분석 및 기능적 게놈 스크리닝을 활용하는 종간 비교 종양유전체학 접근 방식을 개발했습니다.

악성 말초 신경초 종양의 마우스 모델에서 치료 표적을 식별하기 위한 유전자 프로파일링 및 게놈 규모 드롭아웃 스크리닝

삽입 돌연변이 유발은 기능적 게놈 요소를 식별하기 위한 순 유전학의 필수 도구입니다. 여기에서는 렌티바이러스 기반 삽입 돌연변이 유발 세포 라이브러리 내에서 렌티바이러스 통합 부위를 검출하는 방법인 InSET(Insertion-based Screen for functional Elements and Transcripts)에 대해 설명합니다.

Identification of Functionally-Relevant Lentivirus Integration Sites in an Insertional mutagenesis cell library(삽입 돌연변이 유발 세포 라이브러리에서 기능적으로 관련된 렌티바이러스 통합 부위 식별)

학습하세요 고처리량 RNAi 스크리닝을 통해 온코라이틱 바이러스 치료를 강화하는 숙주 표적을 식별하는 방법을. 이 기법은 바이러스 복제를 조절하는 숙주 유전자와 세포 경로를 포괄적으로 분석하여 암 치료 전략 개선에 활용됩니다.

RNAi 게놈 넓은 검사 Oncolytic 바이러스 치료 변조 호스트 요소를 식별 하

더 많은 동영상 탐색