Adaptation of Hybridization Capture of Chromatin-associated Proteins for Proteomics to Mammalian Cells

Hector Guillen-Ahlers; Prahlad K. Rao; Danu S. Perumalla; Maria J. Montoya; Avinash Y.L. Jadhav; Michael R. Shortreed; Lloyd M. Smith; Michael Olivier

doi:10.3791/57140

JoVE Journal
Genetics

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Adaptation of Hybridization Capture of Chromatin-associated Proteins for Proteomics to Mammalian Cells

교 잡의 적응 포유류 세포 단백질 Chromatin 관련 단백질의 캡처

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09:27 min

June 1, 2018

DOI: 10.3791/57140-v

Hector Guillen-Ahlers^1,2, Prahlad K. Rao¹, Danu S. Perumalla¹, Maria J. Montoya¹, Avinash Y.L. Jadhav¹, Michael R. Shortreed³, Lloyd M. Smith³, Michael Olivier^1,2

¹Department of Genetics,Texas Biomedical Research Institute, ²Department of Internal Medicine-Molecular Medicine,Wake Forest University School of Medicine, ³Department of Chemistry,University of Wisconsin

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

이것은 후속 proteomic 분석에 대 한 가교 된 chromatin의 순서 특정 캡처에 의존 하는 특정 대상 loci에 새로운 상호 작용 하는 DNA 단백질을 식별 하는 방법. 잠재적인 바인딩 단백질도 세포 수정에 대 한 사전 지식이 요구 된다. 처음에 효 모에 대 한 개발, 기술은 지금 되었습니다 포유류 세포에 대 한 적응.

이 방법은 비암호화 영역의 질병 관련 염기서열 변이가 단백질 결합을 변경하여 유전자 발현 및 조절에 어떻게 영향을 미치는지와 같은 게놈 조절을 이해하는 데 있어 주요 질문에 답하는 데 도움이 될 수 있으며 이러한 단백질을 식별하는 데 도움이 될 수 있습니다. 이 기술의 주요 장점은 세포나 조직의 유전자 조작이나 항체가 필요하지 않으며 해당 자리에서 DNA와 상호 작용할 수 있는 DNA 결합 단백질에 대한 사전 지식이 필요하지 않다는 것입니다. 이 절차를 시연하는 사람은 제 연구실의 기술자인 Danu Perumalla입니다.

텍스트 프로토콜에 따라 올리고뉴클레오티드를 설계한 후, 6ml의 RPMI 1640 배지와 1%Pen Strep, 2mil 이상의 L-글루타민 및 5%FBS가 보충된 T25 플라스크에 2-5배 10의 5번째 림프모세포 또는 기타 세포주를 플레이트로 만듭니다. 섭씨 37도에서 세포를 배양하고 이산화탄소를 5%로 배양합니다. 혈구계 또는 자동 세포 계수기를 사용하여 세포 밀도를 측정합니다.

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