Name: 마우스 결 장 종양 모델에서 콜론 미생물 생물 다양성에 환경 농축의 효과 정의 하는 방법 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-02-28T13:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 14 s
Description: 배우세요 마우스 결장 종양 모델에서 환경 농축이 장 미생물 생물다양성에 미치는 영향을 평가하는 방법을. 16S rDNA 시퀀싱을 통해 미생물 정규화와 풍부한 환경이 종양 보유 마우스의 미생물 다양성을 증가시키는 과정을 탐구합니다.

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B. 달리는 통계 조언과 국립 암 연구소 수상 P30 CA042014에 의해 지원 되는 이러한 기술 코어에 대 한 액세스에 대 한 유타 대학 생물 통계학 핵심 라이브러리 시퀀싱 및 K. 바우처에 대 한 유타 대학 게놈 코어에는 감사 합니다. 설명 하는 프로젝트는 국립 암 연구소 보조금 P01 CA073992 K01 CA128891와 사냥꾼 암 재단에 의해 지원 되었다.

<ol><li>Bechard, A., Meagher, R., Mason, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+enrichment+reduces+the+likelihood+of+alopecia+in+adult+C57BL%2F6J+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Association+for+Laboratory+Animal+Science+%3A+JAALAS%22%5BJournal%5D)">Environmental enrichment reduces the likelihood of alopecia in adult C57BL/6J mice.</a> Journal of the American Association for Laboratory Animal Science : JAALAS. 50 (2), 171-174 (2011).</li>
<li>Jankowsky, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+enrichment+mitigates+cognitive+deficits+in+a+mouse+model+of+Alzheimer%27s+disease%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Environmental enrichment mitigates cognitive deficits in a mouse model of Alzheimer's disease.</a> J Neurosci. 25 (21), 5217-5224 (2005).</li>
<li>Kondo, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+enrichment+ameliorates+a+motor+coordination+deficit+in+a+mouse+model+of+Rett+syndrome--Mecp2+gene+dosage+effects+and+BDNF+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Environmental enrichment ameliorates a motor coordination deficit in a mouse model of Rett syndrome--Mecp2 gene dosage effects and BDNF expression.</a> Eur J Neurosci. 27 (12), 3342-3350 (2008).</li>
<li>Reichmann, F., Painsipp, E., Holzer, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+enrichment+and+gut+inflammation+modify+stress-induced+c-Fos+expression+in+the+mouse+corticolimbic+system%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Environmental enrichment and gut inflammation modify stress-induced c-Fos expression in the mouse corticolimbic system.</a> PLoS One. 8 (1), 54811(2013).</li>
<li>Cao, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+and+genetic+activation+of+a+brain-adipocyte+BDNF%2Fleptin+axis+causes+cancer+remission+and+inhibition%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Environmental and genetic activation of a brain-adipocyte BDNF/leptin axis causes cancer remission and inhibition.</a> Cell. 142 (1), 52-64 (2010).</li>
<li>Bice, B. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+Enrichment+Induces+Pericyte+and+IgA-Dependent+Wound+Repair+and+Lifespan+Extension+in+a+Colon+Tumor+Model%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+reports%22%5BJournal%5D)">Environmental Enrichment Induces Pericyte and IgA-Dependent Wound Repair and Lifespan Extension in a Colon Tumor Model.</a> Cell reports. 19 (4), 760-773 (2017).</li>
<li>Moser, A. R., Pitot, H. C., Dove, W. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+dominant+mutation+that+predisposes+to+multiple+intestinal+neoplasia+in+the+mouse%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">A dominant mutation that predisposes to multiple intestinal neoplasia in the mouse.</a> Science. 247 (4940), 322-324 (1990).</li>
<li>Angus-Hill, M. L., Elbert, K. M., Hidalgo, J., Capecchi, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((T-cell+factor+4+functions+as+a+tumor+suppressor+whose+disruption+modulates+colon+cell+proliferation+and+tumorigenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">T-cell factor 4 functions as a tumor suppressor whose disruption modulates colon cell proliferation and tumorigenesis.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 108 (12), 4914-4919 (2011).</li>
<li>Holmdahl, R., Malissen, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+need+for+littermate+controls%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Immunol%22%5BJournal%5D)">The need for littermate controls.</a> Eur J Immunol. 42 (1), 45-47 (2012).</li>
<li>Ubeda, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Familial+transmission+rather+than+defective+innate+immunity+shapes+the+distinct+intestinal+microbiota+of+TLR-deficient+mice%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Med%22%5BJournal%5D)">Familial transmission rather than defective innate immunity shapes the distinct intestinal microbiota of TLR-deficient mice.</a> J Exp Med. 209 (8), 1445-1456 (2012).</li>
<li>Spor, A., Koren, O., Ley, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unravelling+the+effects+of+the+environment+and+host+genotype+on+the+gut+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Unravelling the effects of the environment and host genotype on the gut microbiome.</a> Nat Rev Microbiol. 9 (4), 279-290 (2011).</li>
<li>Fujiwara, R., Watanabe, J., Sonoyama, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessing+changes+in+composition+of+intestinal+microbiota+in+neonatal+BALB%2Fc+mice+through+cluster+analysis+of+molecular+markers%5BTitle%5D)+AND+%22Br+J+Nutr%22%5BJournal%5D)">Assessing changes in composition of intestinal microbiota in neonatal BALB/c mice through cluster analysis of molecular markers.</a> Br J Nutr. 99 (6), 1174-1177 (2008).</li>
<li>Castelhano-Carlos, M. J., Sousa, N., Ohl, F., Baumans, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+methods+in+newborn+C57BL%2F6+mice%3A+a+developmental+and+behavioural+evaluation%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Anim%22%5BJournal%5D)">Identification methods in newborn C57BL/6 mice: a developmental and behavioural evaluation.</a> Lab Anim. 44 (2), 88-103 (2010).</li>
<li>Curley, J. P., Davidson, S., Bateson, P., Champagne, F. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Social+enrichment+during+postnatal+development+induces+transgenerational+effects+on+emotional+and+reproductive+behavior+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+behavioral+neuroscience%22%5BJournal%5D)">Social enrichment during postnatal development induces transgenerational effects on emotional and reproductive behavior in mice.</a> Frontiers in behavioral neuroscience. 3, 25(2009).</li>
<li>National Research Council (U.S.). Update of the Guide for the Care and Use of Laboratory Animals. <a target="_blank" href="NULL">Institute for Laboratory Animal Research (U.S.)</a>. , National Academies Press. Washington, D.C. 220(2011).</li>
<li>Silver, L. M. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSilver%2C+LM+%22Mouse+genetics+%3A+concepts+and+applications%22">Mouse genetics : concepts and applications</a>. , Oxford University Press. New York. (1995).</li>
<li>Chen, M., Kan, L., Ledford, B. T., He, J. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tattooing+Various+Combinations+of+Ears%2C+Tail%2C+and+Toes+to+Identify+Mice+Reliably+and+Permanently%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Association+for+Laboratory+Animal+Science+%3A+JAALAS%22%5BJournal%5D)">Tattooing Various Combinations of Ears, Tail, and Toes to Identify Mice Reliably and Permanently.</a> Journal of the American Association for Laboratory Animal Science : JAALAS. 55 (2), 189-198 (2016).</li>
<li>Truett, G. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preparation+of+PCR-quality+mouse+genomic+DNA+with+hot+sodium+hydroxide+and+tris+%28HotSHOT%29%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">Preparation of PCR-quality mouse genomic DNA with hot sodium hydroxide and tris (HotSHOT).</a> Biotechniques. 29 (1), 52-54 (2000).</li>
<li>Cole, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ribosomal+Database+Project%3A+data+and+tools+for+high+throughput+rRNA+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Ribosomal Database Project: data and tools for high throughput rRNA analysis.</a> Nucleic Acids Res. 42, 633-642 (2014).</li>
<li>Bosshard, P. P., Zbinden, R., Altwegg, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Turicibacter+sanguinis+gen.+nov.%2C+sp.+nov.%2C+a+novel+anaerobic%2C+Gram-positive+bacterium%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Syst+Evol+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Turicibacter sanguinis gen. nov., sp. nov., a novel anaerobic, Gram-positive bacterium.</a> Int J Syst Evol Microbiol. 52, Pt 4 1263-1266 (2002).</li>
<li>Chen, W., Liu, F., Ling, Z., Tong, X., Xiang, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+intestinal+lumen+and+mucosa-associated+microbiota+in+patients+with+colorectal+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Human intestinal lumen and mucosa-associated microbiota in patients with colorectal cancer.</a> PLoS One. 7 (6), 39743(2012).</li>
<li>16S Metagenomic Sequencing Library Preparation: Preparing 16S ribosomal RNA Gene Amplicons for the Illumina MiSeq System. Illumina. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://suport.illumina.com/content/dam/illumina-support/documents/documentation/chemistry_documentation/16s/16s-metagenomic-library-prep-guide-15044223-b.pdf">https://suport.illumina.com/content/dam/illumina-support/documents/documentation/chemistry_documentation/16s/16s-metagenomic-library-prep-guide-15044223-b.pdf</a> (2017).</li>
<li>Illumina Experiment Manager. Illumina. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.illumina.com/informatics/research/experimental-design/illumina-experiment-manager.html">https://www.illumina.com/informatics/research/experimental-design/illumina-experiment-manager.html</a> (2017).</li>
<li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QIIME+allows+analysis+of+high-throughput+community+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data.</a> Nat Methods. 7 (5), 335-336 (2010).</li>
<li>Aronesty, E. <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/publication/319159822_ea-utils_Command-line_tools_for_processing_biological_sequencing_data">ea-utils: Command-line tools for processing biological sequencing data.</a> Expression Analysis. , Durham, NC. (2011).</li>
<li>Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: Multiple Paired Ends Script. QIIME. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://qiime.org/scripts/multiple_join_paired_ends.html">http://qiime.org/scripts/multiple_join_paired_ends.html</a> (2017).</li>
<li>Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: De-Novo OTU Picking Protocol. QIIME. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://qiime.org/scripts/pick_de_novo_otus.html">http://qiime.org/scripts/pick_de_novo_otus.html</a> (2017).</li>
<li>Edgar, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Search+and+clustering+orders+of+magnitude+faster+than+BLAST%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST.</a> Bioinformatics. 26 (19), 2460-2461 (2010).</li>
<li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PyNAST%3A+a+flexible+tool+for+aligning+sequences+to+a+template+alignment%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">PyNAST: a flexible tool for aligning sequences to a template alignment.</a> Bioinformatics. 26 (2), 266-267 (2010).</li>
<li>DeSantis, T. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Greengenes%2C+a+chimera-checked+16S+rRNA+gene+database+and+workbench+compatible+with+ARB%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Greengenes, a chimera-checked 16S rRNA gene database and workbench compatible with ARB.</a> Appl Environ Microbiol. 72 (7), 5069-5072 (2006).</li>
<li>Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: Multiple Split Libraries Fastq Script. QIIME. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://qiime.org/scripts/multiple_split_libraries_fastq.html">http://qiime.org/scripts/multiple_split_libraries_fastq.html</a> (2017).</li>
<li>Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: De Novo Otus Script. QIIME. , http://qiime.org/scripts/pick_de_novo_otus.html (2017).</li>
<li>Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: Links to Sample Identification. QIIME. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://qiime.org/documentation/file_formats.html">http://qiime.org/documentation/file_formats.html</a> (2017).</li>
<li>Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: Validation of Mapping File. QIIME. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://qiime.org/scripts/validate_mapping_file.html">http://qiime.org/scripts/validate_mapping_file.html</a> (2017).</li>
<li>Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: Link of OTUs to Sample Description Using Mapping File. QIIME. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://qiime.org/scripts/make_otu_network.html">http://qiime.org/scripts/make_otu_network.html</a> (2017).</li>
<li>Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: Summarize Taxa Through Plots. QIIME. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://qiime.org/scripts/summarize_taxa_through_plots.html">http://qiime.org/scripts/summarize_taxa_through_plots.html</a> (2017).</li>
<li>Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: Biome Summarize Table Command. QIIME. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://qiime.org/documentation/summarizing_biom_tables.html">http://qiime.org/documentation/summarizing_biom_tables.html</a> (2017).</li>
<li>Moon, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Vertically+transmitted+faecal+IgA+levels+determine+extra-chromosomal+phenotypic+variation%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Vertically transmitted faecal IgA levels determine extra-chromosomal phenotypic variation.</a> Nature. 521 (7550), 90-93 (2015).</li>
<li>Chakravorty, S., Helb, D., Burday, M., Connell, N., Alland, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+detailed+analysis+of+16S+ribosomal+RNA+gene+segments+for+the+diagnosis+of+pathogenic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microbiol+Methods%22%5BJournal%5D)">A detailed analysis of 16S ribosomal RNA gene segments for the diagnosis of pathogenic bacteria.</a> J Microbiol Methods. 69 (2), 330-339 (2007).</li>
<li>Chen, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Decreased+dietary+fiber+intake+and+structural+alteration+of+gut+microbiota+in+patients+with+advanced+colorectal+adenoma%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Clin+Nutr%22%5BJournal%5D)">Decreased dietary fiber intake and structural alteration of gut microbiota in patients with advanced colorectal adenoma.</a> Am J Clin Nutr. 97 (5), 1044-1052 (2013).</li>
<li>Zhu, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+the+intestinal+lumen+microbiota+in+an+animal+model+of+colorectal+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Analysis of the intestinal lumen microbiota in an animal model of colorectal cancer.</a> PLoS One. 9 (6), 90849(2014).</li>
<li>Evans, C. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exercise+prevents+weight+gain+and+alters+the+gut+microbiota+in+a+mouse+model+of+high+fat+diet-induced+obesity%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Exercise prevents weight gain and alters the gut microbiota in a mouse model of high fat diet-induced obesity.</a> PLoS One. 9 (3), 92193(2014).</li>
</ol>

저자는 그들은 충돌의 관심을가지고 선언.

이 절차는 microbiota의 자 정상 또는 종양 동물 베어링의 환경 풍부를 다음에서 분리 된의 분석에 대 한 수 있습니다. 다른 남녀의 genotypes 많은 동물을 얻기 위해 사육을 포함 하는 큰 실험 이기 때문에, 필수적 이다 동물 실험의 시작 전 사이 미생물 정상화 EE 비를 피하기 위해 관련 미생물에 대 한 효과 생물의 다양성입니다.
네브라스카 및 전자 상태 사이의 일관성을 위해 번 식 과정은 모든 마우스 처음 같은 미생물에 노출 해야 하 고, 따라서, 비슷한 미생물 내용 것으로 예상 된다 위해 수행 됩니다. 그것은 가능한, 그리고 그 마우스 유전자, 미생물 구성에 영향을 줍니다. 이러한 이유로, 유전자 형 당 마우스 숫자는 대변을 소비 하는 어떤 동물 든 지는 미생물의 유사한 다양성을 발생할 것입니다 특정 조건은 NE와 EE 사이 유지 됩니다.
실험 EE를 디자인할 때 몇 가지 어려움은 명백한 있습니다. 첫째, 동물 ...

환경 농축 (EE) 연구 활용 사회적 자극 (대형 주택 새 장, 동물의 더 큰 그룹), 인지 자극 (오두막, 터널, 중첩 물자, 플랫폼) 및 신체 활동 (실행에 영향을 미칠 복잡 한 주택 매개 변수 바퀴)입니다. EE은 질병 개시 및 barbering 유도 탈모 증, 알 츠 하이 머 병을 포함 한 마우스 모델의 다양 한 배열을 사용 하 여 진행에 증가 한 활동 및 사회 및 인지 향상 된 상호 작용의 효과 이해 하는 많은 실험실에 의해 이용 되어 레트 증후군, 그리고 여러 종양 및 소화기 질병 모델1,2,,34,,56.
여러 마우스 모델 콜론 tumorigenesis 쥐에 연구 개발 되었습니다. 아마도 가장 잘 정의 된 모델은 Apc분 마우스. Apc분 마우스 19907, 윌리엄 비둘기의 실험실에서 개발 되었다 그리고 일반적으로 인간 대 장 암 연관 된 APC 유전자에 돌연변이의 마우스 모델 사용 되었습니다. APC 돌연변이 은닉 하는 인간, 달리 Apc분 마우스는 주로 결 장 종양의 아주 드문와 작은 창 자 종양을 개발 합니다. 그러나, Tcf4에 단일 쫓 고 녹아웃 heterozygous 돌연변이와 Tcf4Het 대립 유전자는 훨씬 콜론 tumorigenesis Apc분 대립 유전자8과 결합 될 때 증가 합니다. 최근, 콜론 tumorigenesis의이 마우스 모델 콜론 tumorigenesis6EE의 효과 결정 하기 위해 사용 되었습니다. 바이스 외에 공부, 남성 및 여성 4 개의 다른 마우스 라인에 EE의 생리 및 phenotypic 효과 (야생-타입 (WT), Tcf4Het / + Apc+ +, Tcf4+ + Apc분 / +, 및 Tcf4 Het / + Apc분 / +)) 정의 된. 아마도 가장 흥미로운 발견 EE 크게 둘 다 남성과 여성 결 장 종양 베어링 동물의 수명을 증가 했다. 이 시연 EE 적어도 줄일 수 있습니다 일부 증상의 콜론 tumorigenesis, 연관 및 동물 건강을 개선. 놀랍게도, 남성에서이 향상 된 수명 감소 tumorigenesis의 직접적인 결과 이며 대신 종양 상처 치유 향상 된 미생물 생물 다양성6을 포함 하는 응답의 개시에 연결 했다.
재미 있는 결과 함께 몇 가지 EE 특정 연구 출판 되었습니다. 그러나, 기술적인 관점에서 중요 한 결과 종종 없습니다 다른 실험실에 번역. 매우 복잡 한 문제, 아니라 농축 장치 및 주택 사용, 하지만 또한 침구, 음식, 환기, 번 식, 유전학, 방, 그리고 동물 프로토콜에서 활동은 다른 실험실 간의 동일한 EE 방법론을 유지 요구 사항, 다른 사람의 사이에서9,,1011. 한 예로 어디 동물 안정적으로 통합 마우스 식민지 따라서 유전 배경 및 식단 구성, 비 처리 관련된 효과 피하기 위해 정규화 동물의 통합 이다. 추가로, 많은 전자 연구 질병, 그리고 일반적인 마우스 농업 관행 본질적인 미생물10,12의 구성에 영향을 수 있습니다 방법에 미생물의 중요성의 실현 하기 전에 완료 되었습니다.
제대로 수행 하지 경우 전자에서 번 식 전략 및 동물 배치 스트레스를 증가 시킬 수 있습니다. 이후 EE 연구 다 수의 남성과 여성의 동물과 여러 genotypes 활용, 실험적인 체제 어려울 수 있습니다 결합 될 여러 새끼에서 동물에 대 한 요구를 주어진. 따라서, 한 번 식 및 전략 이유 다른 담가에서 올바른 유전자의 이유 동물의 결합을 위한 허용 하도록 개발 되었다. 이 대 한 기본 근거 새끼 중 microbiota를 정상화 하 고 스트레스를 줄이기 위해 동물 실험 환경으로 이동 하는 때 이었다. 미생물 댐10에서 전달 되었다. 식민지에 미생물 다양성을 제공 하려면 여성 잭슨 실험실에서 구입 하 고 실험9,,1012시작 하기 전에 한 달 동안 식민지에 통합 했다. 더 정상화 미생물 생물 다양성 동물 사이, 여성 공동 사육 이전 지 내게 했다. 번 식, 양육 하는 동안 공동 주택 및 탈출 하는 능력에 따라 간호 새끼 모성 배려13,14, 미생물 정규화를 가능 하 게 발전의 스트레스 수준을 향상. 비-전자를 방지 하기 위해 관련은 미생물에 대 한 효과, 모든 실험 동물의이 공동 주택 방지 한 실험으로 다른 담가에서 여러 남성을 결합할 때 발생 한 전투 및 추가적인 스트레스. 마지막으로, 모든 genotypes의 동물의 동등한 숫자는 연습장에 포함 됐다. 이 genotypes, 전반에 걸쳐 향상 된 microbiota 생물 다양성에 대 한 기회를 제공 하 고 제거 coprophagia (동물의 경향이 자 소비) 또는 전체 연구. 에 가능한 유전자 형 관련 행동 차이의 기여
이 프로토콜은 이전 EE 연구 미생물 연구, 더 균일 한 미생물 인구 수 있도록 microbiota 정규화 microbiota 전송 및 동물 식민지 통합의 알려진된 측면을 포함 하도록 확장 하는 전략을 제공 합니다. 사이 실험 동물. 이러한 예방 조치를 주의 하는 것은 수 비 처리 관련된 microbiota 차이의 연구 결과 혼동 때문 필수적 이다. 제거 하는 비-전자 관련 microbiota 변화 특히 질병 개발 및 진행 하는 동안 microbiota 구성에 EE의 역할을 정의 하는 연구자 수 있게 된다.

<table><tbody><tr><td>Teklad Diets/Harlan Labs Chow</td><td>Harlan Labs</td><td>3980X</td><td>표준 방사선 조사 차우는 Mario Capecchi 박사와 Harlan Labs가 공동으로 제조했습니다.</td></tr><tr><td>Cell-Sorb Plus 침구</td><td>Fangman Specialties</td><td>82010</td><td>사용 전 오토클레이브.</td></tr><tr><td>신생아를 위한 AIMS 문신 시스템</td><td>AIMS</td><td>NEO-9</td><td>https://animalid.com/neonate-rodent-tattoo-identification/32. Aramis Micro Tattoo Kit를 포함하여 다른 동물 등급 문신 시스템 및 잉크를 사용하여 유사한 결과를 얻을 수 있습니다.</td></tr><tr><td>Zyfone One Cage 2100 AllerZone 마우스 마이크로 아이솔레이터 시스템 케이지, AllerZone 필터 탑 및 모듈식 다이어트 전달 시스템이 완비된</td><td>Lab Products</td><td>82120ZF</td><td>각 EE 케이지는 각 카탈로그 # 82120ZF, 82100ZF 및 82101ZF 중 하나와 82109ZF 중 두 개가 필요합니다. 음식은 한쪽에만 있습니다.</td></tr><tr><td>Zyfone One Cage 2100 수명 강화 장치</td><td>실험실 제품</td><td>82109ZF</td><td>각 EE 케이지에는 각 카탈로그 # 82120ZF, 82100ZF 및 82101ZF 중 하나와 82109ZF 중 두 개가 필요합니다. 음식은 한쪽에만 있습니다.</td></tr><tr><td>Zyfone One Cage 2100 Cage 13-7/8" 길이 X 19-1/16" 너비 X 7-3/4" 깊이</td><td>실험실 제품</td><td>82100ZF</td><td>각 EE 케이지는 각 카탈로그 # 82120ZF, 82100ZF, 82101ZF 중 하나와 82109ZF 중 두 개가 필요합니다. 음식은 한쪽에만 있습니다.</td></tr><tr><td>Zyfone One Cage 2100 AllerZone Micro-Isolator 필터 탑</td><td>Lab Products</td><td>82101ZF</td><td>각 EE 케이지는 카탈로그 # 82120ZF, 82100ZF 및 82101ZF 중 하나와 82109ZF 중 두 개가 필요합니다. 음식은 한쪽에만 있습니다.</td></tr><tr><td>Tunnel</td><td>Bio-Serv</td><td>K3323 또는 K3332</td><td>케이지를 함께 연결하고 농축</td></tr><tr><td>그로밋에 사용 터널을 케이지에 연결</td> 유<td>타 대학교 기계 공장에서 제작</td><td>해당</td><td>없음 재료가 씹는 및 오토클레이브에 내성이 있는지 확인하십시오</td></tr><tr><td>패스트 트랙 휠</td><td>Bio-Serv</td><td>K3250 또는 K3251</td><td>마우스 이글루 및 바닥용</td></tr><tr><td>마우스 이글루</td><td>Bio-Serv</td><td>K3328, K3570 또는 K3327</td><td>패스트 트랙 휠 및 바닥용</td></tr><tr><td>마우스 이글루 바닥</td><td>Bio-Serv</td><td>K3244</td><td>마우스 이글루 및 패스트 트랙</td></tr><tr><td>마우스 오두막</td>용 <td>Bio-Serv</td><td>K3272, K3102 또는 K3271</td><td></td></tr><tr><td>크롤 볼</td><td>Bio-Serv</td><td>K3330 또는 K3329</td><td></td></tr><tr><td>Bio-hut</td><td>Bio-Serv</td><td>K3352</td><td>목재 펄프 오두막 보호 및 중첩에 사용</td></tr><tr><td>접착 필름&nbsp;</td><td>VWR</td><td>60941-072</td><td>마우스가 탈출하는 것을 방지하기 위해 대형 케이지의 드릴 구멍을 임시로 덮는 데 사용</td></tr><tr><td>Laminar Flow Ventilated Rack</td><td>Techniplast</td><td>Bio-C36</td><td>본 연구에서 사용한 캐비닛은 현재 공급되지 않습니다. Bio-C36은 매우 유사합니다.</td></tr><tr><td>1.5 mL 마이크로분리 튜브- RNAse 및 DNAse 무함유</td><td>모든 공급업체</td><td></td><td></td></tr><tr><td>QIAamp DNA Stool MiniKit</td><td>Qiagen</td><td>51504</td><td>이 키트는 50개의 DNA 전처리를 위한 시약을 공급합니다. 대변 용해 완충액=ASL; 구아니디늄 클로라이드 용해 완충액= AL; 구아니디늄 클로라이드를 사용한 세척 버퍼 1 = AW1; 세척 버퍼 2= AW2; EDTA=AE Waterbath를 사용한 용리 완충</td></tr><tr><td>액(95도까지 가열 가능)</td><td>모든 공급업체</td><td></td>: <td>대변 샘플을 세포로 94도 배양합니다.</td></tr><tr><td>수조 (70도까지 가열 가능)</td> <td>어떤 공급업체</td><td></td>든 <td>대변 샘플의 70도 인큐베이션을 위해&nbsp;</td></tr><tr><td>에탄올(200 proof)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>E7023</td><td></td></tr><tr><td>형광측정기: Qubit</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>Q33216</td><td></td></tr><tr><td>Qubit dsDNA 광범위 어세이 키트</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>Q32850</td><td></td></tr><tr><td>EB 버퍼 또는 10mM Tris pH 8.5</td><td>Qiagen</td><td>19086</td><td></td></tr><tr><td>실험 특이적 프라이머</td><td>모든 공급업체</td><td></td><td></td></tr><tr><td>PCR 등급 물</td><td>어떤 공급 업체</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2X KAPA HiFi HotStart 준비 믹스&nbsp;</td>앰플리콘 증폭을 위한 <td>Kapa Biosystems</td><td>KK2601</td><td>(1.25mL는 100rxns 허용).</td></tr><tr><td>진단 젤 실행을 위한 Agarose</td><td>모든 공급업체</td><td></td><td></td></tr>: <tr><td>TapeStation, 고감도, D1000, 스크린 테이프, 트레이스</td>, <td>애질런트</td><td>5067-5583</td>, <td>TapeStation 또는 Bioanalyzer 기기는 라이브러리 품질을 분석하기 위해 기관 유전체학 코어에서 일반적입니다. 또는 Bioanalyzer DNA1000 Chip(Agilent, 5067-1504)을 사용할 수 있습니다.</td></tr><tr><td>Agencourt AMPure XP 마그네틱 비드</td><td>Beckman Coulter</td><td>A63880</td><td>마젠틱 비드 PCR 세척 - 5mL는 250개의 PCR 반응을 세척합니다.</td></tr><tr><td>마그네틱 스탠드</td><td>Life Technologies</td><td>AM10027</td><td></td></tr><tr><td>라이브러리 준비 가이드</td><td>Illumina</td><td></td><td>Illumina. 16S 메타게놈 시퀀싱 라이브러리 준비: Illumina MiSeq 시스템을 위한 16S 리보솜 RNA 유전자 앰플리콘 준비. https://support.illumina.com/content/dam/illumina-support/documents/documentation/chemistry_documentation/16s/16s-metagenomic-library-prep-guide-15044223-b.pdf.</td></tr><tr><td>Unique Dual Indexing</td><td>Illumina</td><td>Illumina Experiment Manager 소프트웨어</td><td>무료 제공:</td></tr><tr><td>https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/experiment_manager/downloads.html Nextera XT 96 Index Kit</td><td>Illumina</td><td>FC-131-1002</td><td>앰플리콘에 바코드를 추가하는 데 사용</td></tr><tr><td>MicroAmp Optical 96-well 반응 플레이트</td><td>Applied Biosystems/ThermoFisher</td><td>N8010560</td><td></td></tr><tr><td>TruSeq 인덱스 플레이트 고정 장치</td><td>Illumina</td><td>FC-130-1005</td><td></td></tr><tr><td>접착식 투명 플레이트 씰</td><td>Applied Biosystems /ThermoFisher</td><td>4360954</td><td>Applied Biosystems/ThermoFisher Microamp 접착 필름</td></tr><tr><td>v3 시약 및 이중 300 bp 판독을 사용한 MiSeq에 의한 시퀀싱</td><td>Illumina</td><td>MS-102-3003</td><td></td></tr><tr><td>PhiX Control Kit</td><td>Illumina</td><td>FC-110-3001</td><td></td></tr><tr><td>Proteinase K (600 mAU/ml)</td><td>Qiagen</td><td>19131</td><td>단백질 분해 효소 K의 20mg/ml에 해당. QiaAmp 키트와 함께 제공</td></tr><tr><td>데이터 분석 도구</td><td>Qiime QIIME</td><td>소프트웨어 도구</td><td>설치 시스템에 따라 다를 수 있으며 QIIME 웹 사이트에는 몇 가지 옵션(http://qiime.org/install/install.html)이 설명되어 있습니다. 본 연구를 위해 MacQIIME 소프트웨어 패키지 1.9.1(Werner Lab, SUNY, http://www.wernerlab.org/software/macqiime</td></tr><tr><td>13.2</td>단계를 활용하였다.<td>Qiime</td><td>FastQ 조인 방법</td><td>&nbsp;( http://code.google.com/p/ea-utils &nbsp;). &nbsp; 이 연구를 위해 다중 조인 쌍 끝이 http://qiime.org/scripts/multiple_join_paired_ends.html 사용되었습니다. Aronesty, E. ea-utils: 생물학적 염기서열 분석 데이터를 처리하기 위한 명령줄 도구. 표현 분석, 더럼, 노스캐롤라이나. (2011).</td></tr><tr><td>단계 13.3.</td><td>Qiime</td><td>De-Novo OTU 피킹 프로토콜</td><td>http://qiime.org/scripts/pick_de_novo_otus.html.</td></tr><tr><td>단계 13.3.1.</td><td></td> Uclust Edgar, R.C. 검색 및 BLAST보다 빠른 클러스터링 순서를 <td>사용하는 OTU(Open Taxonomic Unit).</td><td> 생물정보학. 26 (19), 2460-2461, doi:10.1093/bioinformatics/btq461 (2010).</td></tr><tr><td>단계 13.3.1.</td><td>Pynast</td><td>Pynast</td><td>Caporaso, J.G. et al. PyNAST: 시퀀스를 템플릿 정렬에 정렬하기 위한 유연한 도구. 생물정보학. 26 (2), 266-267, doi:10.1093/bioinformatics/btp636 (2010).&nbsp;</td></tr><tr><td>단계 13.3.1.</td><td>Pynast</td><td>Pynast_Greengenes</td><td>DeSantis, T.Z. et al. Greengenes, ARB와 호환되는 키메라 검사 16S rRNA 유전자 데이터베이스 및 워크벤치. Appl Environ 미생물. 72 (7), 5069-5072, doi:10.1128/AEM.03006-05 (2006). 본 연구에서는 Greengenes 버전 13_8</td></tr><tr><td>13.3.1이 사용되었다. 참고:&nbsp;</td><td>Qiime</td><td>다중 분할 라이브러리</td><td>http://qiime.org/scripts/multiple_split_libraries_fastq.html.</td></tr><tr><td>13.3.1. 참고:&nbsp;</td><td>Qiime</td><td>Pick de novo OTUs script</td><td>http://qiime.org/scripts/pick_de_novo_otus.html&nbsp;</td></tr><tr><td>단계 13.2.2.</td><td>Qiime</td><td>매핑 파일 http://qiime.org/documentation/file_formats.html 만듭니다</td><td>.</td></tr><tr><td>단계 13.2.2.</td><td>Qiime</td><td>매핑 파일의</td><td>유효성을 http://qiime.org/scripts/validate_mapping_file.html</td></tr>.<tr><td>단계 13.3.3.</td><td>Qiime</td><td>OTU를 매핑 파일 http://qiime.org/scripts/make_otu_network.html 에 대한 샘플 설명에 연결합니다</td><td>.</td></tr><tr><td>단계 13.3.4.</td><td>Qiime</td><td>플롯 http://qiime.org/scripts/summarize_taxa_through_plots.html 통해 분류군을 요약합니다</td><td>.</td></tr><tr><td>단계 13.3.5.</td><td>Qiime</td><td>Biome 요약 표</td><td>http://biom-format.org/documentation/summarizing_biom_tables.html&nbsp; 이 연구에서는 모든 샘플을 20,000 OTU로 희소화한 후 QIIME에서 알파 희박 스크립트를 사용하여 분석했습니다.</td></tr></tbody></table>

마우스 결 장 종양 모델에서 콜론 미생물 생물 다양성에 환경 농축의 효과 정의 하는 방법

A Method to Define the Effects of Environmental Enrichment on Colon Microbiome Biodiversity in a Mouse Colon Tumor Model

여러 최근 연구 인간의 질병 개선에 풍부한 환경에서 생활의 유익한 효과 설명 했습니다. 마우스에서 환경 농축 (EE) tumorigenesis 마우스 면역 시스템을 활성화 하는 것을 줄여 또는 종양 microenvironment에서 향상 된 미생물 다양성을 포함 하 여 상처 복구 응답을 자극 하 여 종양 베어링 동물 생존에 영향을 줍니다. 여기에 마우스 대 장 종양 모델에서 미생물의 생물 다양성에 환경 농축의 효과 평가 하기 위해 자세한 절차입니다 제공. 동물 사육 및 동물 유전자 형 및 마우스 식민지 통합을 위한 고려 사항에 관한 주의 사항 설명, 모두는 궁극적으로 미생물 생물 다양성에 영향을. 이러한 예방 조치를 주의 더 균일 한 미생물 전송, 수 하 고 따라서 연구 결과 혼동 수 비 처리 종속 효과 완화할 것 이다. 또한,이 절차에서는 microbiota 변경 다음 장기 환경 농축 원심 결에서 수집 하는 자에서 분리 된 DNA의 16S rDNA 시퀀싱을 사용 하 여 특징입니다. 본질적인 microbiota 불균형은 염증 성 장 질환과 결 장 암, 뿐만 아니라 비만 및 다른 사람의 사이에서 당뇨병의 병 인에 연관 된다. 중요 한 것은, 다양 한 인간 질병을 정리 할 수 있는 존재 하는 강력한 마우스 모델 질병에서 미생물 병 인의 역할을 연구 하기 EE 및 미생물 분석을 위한이 프로토콜을 활용할 수 있습니다.

여러 연구 결과 정신 신체 의학의 실천 건강 결과 개량 한다 설명 했다. 마찬가지로, 마우스, 환경 농축 향상 된 수명 등 종양 상처 복구6결과 향상 시킵니다. 따라서, 전자 절차는 첫 번째 실험 (그림 1)의 개시 전에 미생물을 정상화 하는 동안이 표현 형에 microbiota의 역할을 정의 하는 것을 목적으로 개발 되었다. 중요 한 것은, 모든 사육 동물의 번 식, 시작 전 적어도 한 달 동안 마우스 식민지에 통합 되어 있으며 신생아 강아지 공동 실험 전에 microbiota 전송 정상화를 하나의 큰 감 금 소에 어머니와 함께 지 내게. 동물 21, 28 일 사이, 각 유전자 형의 동등한 숫자는 투약를 중단 시킨 그들의 각각 주택, EE 또는 북동 환경 (그림 2A)으로. 16 주에 수집 ...

환경 농축 (EE) 생활, 스트레스, 질병 사이 연결의 기반이 되는 메커니즘을 공개 하는 데 사용 되는 동물 주택 환경입니다. 이 프로토콜에서는 콜론 tumorigenesis EE의 마우스 모델을 사용 하 여 특별히 microbiota 생물 다양성 동물 사망률에 영향을 줄 수 있는 변경을 정의 하는 프로시저를 설명 합니다.

Several recent studies have illustrated the beneficial effects of living in an enriched environment on improving human disease. In mice, environmental ...

이 간행물의 주요 목표는 설치류의 마이크로바이옴을 정상화하는 방법을 제시하는 것입니다. 이 시연에서는 대장 종양 발생 중에 마이크로바이옴에 대한 환경 풍부화의 영향을 분석합니다. 이 프로토콜은 환경 농축 개입 전에 마이크로바이옴을 정규화하면 실험 재현성이 어떻게 향상되는지 보여줍니다.또한 풍부한 환경을 사용하여 동물의 스트레스를 줄이고 상호 작용을 개선하는 방법을 보여줍니다. 우리는 대장 종양 모델에서 환경 풍부화의 효과에 초점을 맞추었지만, 이 방법은 질병의 병인학에서 마이크로바이옴의 역할을 더 잘 이해하기 위해 쉽게 적용할 수 있습니다. 통풍이 잘되는 후드 아래에서 작동하는 멸균 상태에서 케이지를 설정하십시오.이 실험의 대조군은 둥지를 틀기 위한 침구와 실험실 조직이 있는 기존 케이지로 구성되지만, 그 외에는 농축 장치가 없습니다. 강아지 사육 또는 환경이 풍부한 케이지를 설정하려면 두 개의 대형 오토클레이브 케이지를 멸균 그로밋 보안 터널과 연결하고 각 케이지에 멸균 플랫폼을 포함하여 바닥 공간을 늘리십시오. EE의 경우 멸균된 주행 바퀴, 터널, 이글루, 오두막, 크롤 볼 및 중첩 재료도 제공합니다.농축 케이지와 제어 케이지를 모두 동일한 랙에 배치하여 동일한 환기를 제공합니다. 번식을 위해 일반 케이지에 1 개의 씨수말과 2 개의 잠재적 인 댐을 결합하십시오. 매일 아침, 동물이 밤에 짝짓기를 했다는 것을 나타내는 질 마개가 있는지 확인하십시오.플러그가 보이지 않으면 질 프로빙에 대한 저항이 내부화된 플러그를 감지할 수 있습니다. 암컷에게 질 마개가 있으면 큰 강아지 사육 케이지로 옮기십시오. 최대 12개의 임산부 댐을 환경이 풍부한 케이지에 수용할 수 있으며, 플랫폼이 모두 같은 주에 분만될 것으로 예상됩니다.새끼가 생후 21일에서 28일이 되면 유전자형별로 수컷과 암컷을 대조 환경 또는 풍부한 환경에 분배합니다. 각 케이지에서 각 유전자형의 비율을 유지해야 합니다. 비농축 케이지는 최대 5마리의 마우스를 지원할 수 있는 반면, 농축 케이지는 사회적 자극을 위해 최소 20마리의 마우스가 필요하며 최대 41마리의 마우스를 지원할 수 있습니다.쥐를 안락사시키기 하루나 이틀 전에 대변을 모으기 시작하십시오. 항상 같은 시간에 수집하십시오. 살아있는 동물의 대변을 채취하려면 깨끗한 케이지 위에서 동물을 조심스럽게 긁습니다.그런 다음 멸균 집게를 사용하여 배변된 대변을 수거하고 멸균 마이크로분리 튜브로 옮깁니다. 동물이 즉시 배변하지 않으면 깨끗한 케이지에 넣고 동물이 배변할 때까지 기다리며 최대 한 시간이 걸릴 수 있습니다. 안락사된 동물의 대변을 채취하려면 대장을 해부하여 대장에 접근하십시오.그런 다음 맹장 바로 아래의 결장을 자르고 여과지 위에 결장을 놓습니다. 그런 다음 집게를 사용하여 결장관 상단을 들어 올리고 가위를 사용하여 내강을 엽니다. 결장을 세로로 벌리기 위해 원위부에서 근위부로 절단합니다.그런 다음 멸균 집게를 사용하여 원위 결장에서 멸균 마이크로분리 튜브로 대변을 수집합니다. 대변 샘플은 섭씨 영하 80도에서 보관하십시오. 대변 외에도 결장과 소장, 마이크로솜, 지방 조직 등에서 다른 조직 샘플을 수집합니다.대변 병원체 검출 프로토콜에 따라 대변에서 미생물 DNA를 분리하기 위해 상용 키트를 활용합니다. 이 경우 섭씨 영하 80도의 냉동고에서 샘플을 드라이아이스에 옮겨 무게를 잰다. 다음으로, 텍스트 프로토콜에 설명된 대로 미생물 DNA를 증폭하는 PCR을 설정합니다.그런 다음 자성 비드를 사용하여 반응 생성물을 청소합니다. 세척을 위해 먼저 앰플리콘 PCR 플레이트를 잠시 원심분리하여 반응 산물을 풀링합니다. 다음으로, 마그네틱 비드를 와류로 둘러싸서 고르게 분산시키고 20마이크로리터 분취액을 각 반응 웰로 전달합니다.전체 부피를 천천히 10회 피펫팅하여 비드와 용액을 철저히 혼합합니다. 그런 다음 구슬을 5분 동안 가라앉힙니다. 다음으로, PCR 플레이트를 마그네틱 스탠드에 놓고 비드의 마그네틱 수집 후 상층액이 제거될 때까지 2분 동안 기다립니다.그런 다음 상층액을 제거하고 버립니다. 다음으로, 플레이트를 자석에 올려 놓고 각 비드 웰에 200 마이크로 리터의 신선한 80 % 에탄올을 채우고 30 초 동안 기다립니다. 그런 다음 상층액을 조심스럽게 제거합니다.이 세척 단계를 한 번 반복하고 비드를 10분 동안 자연 건조시킵니다. 이제 마그네틱 스탠드에서 플레이트를 제거하고 각 웰에 52.5마이크로리터의 Tris를 추가하여 비드에서 반응 생성물을 용리합니다. 전체 부피를 천천히 10회 피펫팅하여 비드를 용액에 완전히 혼합합니다.그런 다음 이전과 같이 마그네틱 스탠드에 비드를 수집하고 상등액 50마이크로리터를 깨끗한 PCR 플레이트에 옮깁니다. 투명한 접착제로 접시를 덮고 최대 1주일 동안 섭씨 영하 20도에서 보관하십시오. 수집된 상등액을 사용하여 인덱스 PCR을 수행하여 어댑터 시퀀스에 바코드를 부착합니다.그런 다음 산물을 정제하고 염기서열분석을 위해 색인된 라이브러리를 준비합니다. 생쥐의 경우, 환경 강화는 수명을 연장하고 종양 상처를 복구하는 것으로 알려져 있습니다. 이 표현형에서 미생물총(microbiota)의 역할을 정의하기 위해, 번식 동물은 미생물총(microbiota)을 정상화하기 위해 최소 한 달 동안 마우스 군체에 통합되었습니다.그런 다음 그들은 사육되었고 그들의 자손은 풍요로운 환경 또는 정상적인 환경에서 자랐습니다. 자손은 또한 종양을 지니거나 야생형이었습니다. 16주 후, 동물들을 안락사시키고 대변 샘플을 채취하여 미생물 DNA를 분리했습니다.다음으로, PCR을 사용하여 샘플의 16S 리보솜 소단위체를 증폭하여 마이크로바이옴 구성 요소를 조사했습니다. 그런 다음 바코드 인덱싱을 사용하여 반응 생성물을 식별했습니다. 흥미롭게도, 개선된 환경은 야생형 동물의 생물 다양성을 향상시키지 않지만, 종양을 가진 동물의 생물 다양성을 크게 증가시킨다.이것은 방법의 민감도를 보여줍니다. 이러한 생물 다양성의 증가는 알파 프로테오 박테리아 (alphaproteobacteria)와 베타 프로테오 박테리아 (betaproteobacteria) 등급이 크게 증가하고 병원성 감마 프로테오 박테리아 (hospitalogenic gammaproteobacteria)가 감소하면서 프로테오 박테리아 (Proteobacteria)의 존재가 증가했기 때문입니다. 베타프로테오박테리아 부류에서 가장 큰 증가는 Sutterella 속에서였는데, 이는 분비된 면역글로불린 A 분해에 관여하는 공생일 가능성이 높습니다.이 비디오를 시청한 후에는 관심 있는 개입을 시작하기 전에 실험 동물 간의 마이크로바이옴을 정상화하기 위해 사육 관행을 변경하는 방법을 잘 이해해야 합니다. 이 절차를 수행하는 동안 동물이 환경 내에서 자신의 영역을 설정했음을 기억하십시오. 이 때문에 환경 변화는 동물의 마이크로바이옴에 영향을 미치는 스트레스를 유발할 수 있습니다.동물의 갑작스러운 행동 변화는 스트레스의 신체적 징후입니다. 이 절차에 따라 특정 미생물을 분리하고 추가로 특성화하여 질병 진행에 대한 식별된 미생물의 충분성을 테스트할 수 있습니다.

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Research

연구

JoVE Journal

Cancer Research

암 연구

진보 식민 절차는 더욱 호스트 간장 대사에 미치는 영향을 평가하기 위해 설명되어 있습니다. 간장 신진 대사가 고해상도 매직 앵글 스피닝 (HR의 MAS) 그대로 생검의 NMR 프로 파일링에 의해 평가하는 동안 식민지는 NMR 기반의 신진 대사 프로 파일링 공동 metabolites 미생물의 비뇨기 배설을 평가하여 invasively 아닌 모니터입니다.

하여 세균없는 마우스 프로 그레시브 콜로니 동안 간장 신진 대사 변경 사항 평가 1 H NMR 분광학

이 비디오는 결장 종양 보유 마우스의 대변 샘플에서 DNA 분리 프로토콜에 대해 설명합니다. 추출된 DNA는 PCR을 사용하여 증폭되고 생성물은 마그네틱 비드 기반 접근법을 사용하여 추가로 세척됩니다. 이 방법은 대장 미생물총(microbiota) 및 동물 폐사율에 대한 환경 풍부화의 영향을 결정하는 데 사용할 수 있습니다.

대변 미생물 DNA 분리: 쥐 종양 모델의 미생물 군집 다양성에 대한 환경 풍부화의 영향 연구

이 비디오에서는 주입 후 마우스 모델의 먼 장기에서 채취한 암세포를 배양하여 얻은 염색 콜로니를 계산하여 전이성 부담을 정량화하는 메틸렌 블루 염색 절차를 설명합니다.

전이성 집락 형성을 평가하기 위한 메틸렌 블루 염색체외(In vitro): 암 마우스 모델에서 채취한 암세포를 정량화하여 전이를 평가하기 위한 염색 절차

우리는 단단한 내시경을 사용하여 마우스의 결장 병리학 치료를 위한 치료제의 효능을 종단적으로 모니터링하는 방법을 설명합니다. 이 프로토콜은 살아있는 마우스에서 개별 종양의 치료 반응을 특성화하고 잠재적인 질병 재발을 모니터링하는 데 쉽게 사용할 수 있습니다.

라이브 마우스의 직렬 내시경 이미징을 사용하여 소장 병변에 대한 새로운 치료제의 효능의 비 침습적 평가

생쥐의 환경 강화는 복잡하고 도전적인 설정뿐만 아니라 생쥐의 강력한 대사 및 항암 효과를 보장하기 위한 포괄적인 사육 및 취급 기술을 필요로 합니다. 이 프로토콜은 마우스에서 위에서 언급한 효과를 재현하기 위한 자세한 절차를 제공합니다.

풍부한 환경에서의 주택 마우스를위한 프로토콜

박테리오신은 다양한 생태 학적 틈새에서 미생물 다양성을 정의하는 데 중요한 역할을한다고 여겨집니다. 여기서 우리는 박테리오신이 동물 모델에서 장내 미생물 구성에 어떻게 영향을 미치는지 평가하는 효율적인 절차를 설명합니다.

마우스의 장내 미생물에 대한 박테리오신 효과 평가 방법

여기 우리가 설립된 피하 종양에서 종양 면역 및 비 면역 microenvironment의 구성 요소를 풍부 하 게 분리 하는 방법을 설명 합니다. 이 기술은 종양 면역 침투 및 비 면역 종양 분수는 종양 면역 microenvironment의 포괄적인 특성화를 허용할 수 있는 별도 분석에 대 한 수 있습니다.

농축 및 설립된 피하 Murine 종양에서 종양 면역 및 비 면역 Microenvironments의 특성

여기에서는 대장염에 대한 Bacillus cereus 의 긍정적인 효과를 조절하는 장내 미생물총(microbiota)의 역할을 조사하기 위해 항생제 유도 pseudo-germ-free dextran sulfate 나트륨 유발 대장염 마우스 모델을 확립하기 위한 프로토콜을 제시합니다.

장내 미생물군 조절을 통한 대장염에 대한 Bacillus cereus 투여의 완화 효과 조사

여기에서는 면역표현형을 위한 혈액 샘플링을 예로 들어 "야생 마우스" 시설의 미생물 억제 조치를 포함한 구조 및 운영 절차를 설명합니다.

천연 마이크로바이옴을 가진 실험용 마우스를 위한 시설의 운영 및 생물 봉쇄 절차: 면역표현형 분석 절차

이 프로토콜은 비염증 조건에서 pks+ 대장 균 쥐를 정착하는 데 필요한 절차와, 대변 내 pks+ 대장균 확장의 비침습적 확립 및 평가 방법을 설명합니다.

비염증 조건에서 마우스 pks+ 대장균에 의한 정착

배우세요 마우스 결장 종양 모델에서 환경 농축이 장 미생물 생물다양성에 미치는 영향을 평가하는 방법을. 16S rDNA 시퀀싱을 통해 미생물 정규화와 풍부한 환경이 종양 보유 마우스의 미생물 다양성을 증가시키는 과정을 탐구합니다.

마우스 결 장 종양 모델에서 콜론 미생물 생물 다양성에 환경 농축의 효과 정의 하는 방법

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