Name: 혈관 네트워크 탐색기 2.0: 탐험과 Vivo 마우스 피에 Vasomotion Optogenetically 갖는 데이터베이스 공유에 대 한 간단한 도구 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-05-04T13:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 32 s
Description: 배우세요 생쥐 체외감각 피질에서 광유전학적으로 유도된 혈관 직경 변화를 MATLAB 기반 인터페이스로 시각화하고 분석하는 방법을. 이 도구는 혈관 네트워크의 3D 구조 내 측정값을 지역화하여 뇌 기능 연구에 활용할 수 있습니다.

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우리는 기꺼이 NIH (NS057198, EB00790, MH111359, 및 S10RR029050) 및 교육, 청소년 및 스포츠 (CEITEC 2020, LQ1601)는 체코 공화국의 지원을 인정 한다. 주식에서 2014 년에서 국제 두통 학회와의 과학 및 기술 연구 위원회의 터키 2015 년에서 박사 장학금에 의해 지원 되었다. 독일 연구 재단 (DFG 일 2031/1)에서 박사 후 친목 MT 지원 했다.

1입니다. 북북동 2.0 설치
<ol><li>UCSD 혈관 이미징 실험실 웹사이트1 과 '북북동 2.0 HDbase v1.0'에서 왼쪽으로 이동 당신의 PC에 원하는 위치에 압축된 프로그램 파일을 다운로드 하기. 참고: 북북동 2.0 버전 7-10, 적어도 2.8 g B의 여유 공간이 압축된 파일을 다운로드 및 6.9 GB 프로그램을 설치 하는 Windows 운영 체제를 필요 합니다.</li>
	<li>'NNE2_HDbase_v1.0.zip을' 압축을 풉니다. 참고: 압축이 풀린된 폴더 NNE2 파일이 10: 'hana_refs.tar.gz', 'hana_stk.tar.gz', 'maps.tgz', 'MCRInstaller.exe', 'NNE2.exe', 'NNE2.zip', 'NNE2_README.txt', 'source.zip', 'users_guide.pdf' 및 'vdb.mat'.</li>
	<li>'NNE2_README.txt'에서 다음 지침 따라 북북동 2.0을 설치 합니다.</li>
</ol>2. 실행 북북동 2.0
<ol><li>'NNE2.exe'와 북북동 2.0을 시작 합니다.</li>
	<li>1 (메인 패널) 패널: 데이터 (그림 1)의 하위 집합을 선택 합니다. 메인 패널의 왼쪽된 열에서 이미지 시간 코스의 그래프 및 'vdb.mat' (그림 1)에 모든 항목의 매개 변수를 표시합니다.<ol>
<li>패널의 오른쪽 열에서 대뇌 피 질의 깊이 대 한 범위를 선택 합니다. 형식에서 깊이의 범위에서 입력 [d분 d최대], 어디 d분 최소 깊이 이며 d의최대 최대 깊이. 참고: 데이터 560 30 µ m에서 깊이에서 측정 했다.</li>
		<li>패널의 오른쪽 열에서 분기 순서 를 선택 합니다. 화살표를 마우스 왼쪽 단추로 클릭 하 고 목록에서 옵션 중 하나를 선택 (표면 | 다이빙 트렁크 | 첫 번째 분기를 주문 | 높은 가지를 주문).</li>
		<li>패널의 오른쪽 열에 초기 직경 의 범위를 선택 합니다. 디 아분 은 최소 직경 및최대 직경은 최대 직경 [디 아분 디 아최대], 형식으로 입력 합니다.</li>
		<li>패널의 오른쪽 열에서 과목 (취득의 날짜에 따라 동물)을 선택 합니다. 화살표에 left-click 하 고 사용 가능한 옵션에서 선택 합니다. 또는, 모든 파란색 사각형에서에서 왼쪽 모든 과목에서 데이터를 선택 합니다.</li>
		<li>표시 하 고 패널 2에서 선택한 데이터 제출 을 누릅니다.</li>
	</ol>
</li>
	<li>패널 2: 데이터의 선택 된 하위 집합을 확인 하 고 계속 추가 데이터 상세 (그림 2).<ol>
<li>왼쪽 상단에 오른쪽 열에서 적절 한 단추 그룹은 데이터의 평균에 대 한 유형을 선택 합니다. 선택: 대뇌 피 질의 깊이 평균 또는 평균 분기 명령에 의해. 참고: 실제 선택 (그림 2) 아래 녹색으로 강조 표시 됩니다.</li>
		<li>선박 형태 또는 제목에 따라 데이터를 선택 합니다. 왼쪽 클릭 (단일 다이빙 되 고 그 지점) 트리에 대 한 모든 데이터를 선택 하거나 (동물 주제)를 제목에 대 한 모든 데이터를 선택 하십시오.</li>
		<li>(1) 개별 시간 코스의 그래프에서 왼쪽에 선택한 데이터를 표시 하려면 왼쪽 제출 (2) 그룹-평균 시간-코스 하 고 점도 (3) 발병 시간 (4) 시간-봉우리 (5) 피크 진폭 및 (6) 초기 직경의</li>
		<li>시간 코스를 선택 하려면 왼쪽된 열에서 개별 timecourses 의 그래프에서 추적에 왼쪽 클릭 하십시오. 참고: 선택한 시간 코스 (마젠타) 그래프에 그 발병 시간 강조 되 면, 시간 피크, 피크 진폭 및 기준선 직경 아래 그래프에서 빨간 원으로 표시 됩니다. 점도에 레드 포인트 평균 값입니다.</li>
		<li>맨 오른쪽 열에 선택한 시간 코스에 대 한 주제 (제목 ID)과 나무 (트리 ID) 식별자를 note.</li>
		<li>원하는 경우, 적절 한 선택 이어서 전송 단추 오른쪽 열 상단 왼쪽 그룹 평균의 종류를 변경 하 고 2.3.4에서 단계를 반복.</li>
		<li>마우스 오른쪽 단추로 아무 곳 이나 패널 2에서 확인 하 고 선택 된 주제 (주제 ID) 또는 나무 (트리 ID) 패널 3에 대 한 모든 흔적을 찾아보기 교차 커서와 함께.</li>
	</ol>
</li>
	<li>패널 3: 데이터의 최종 하위 집합을 확인 하 고 (그림 3) 수출.<ol>
<li>추적에 왼쪽 왼쪽된 칼럼의 상단 그래프에서 시간-코스 선택: 선택한 추적 그래프 (마젠타)에서 강조 표시 됩니다 및 데이터베이스 항목의 설명 매개 변수 그래프 위에 표시 됩니다. 참고: 평균 시간 코스는 두꺼운 검정 (그림 3)에 표시 됩니다.</li>
		<li>Note 해당 발병 시간, 시간 피크, 피크 진폭 및 아래 그래프에서 초기 직경.</li>
		<li>북북동 2.0에서 실행 되는 폴더에 상위 그래프에 표시 하는 추적을 저장 하려면 오른쪽 열에서 설정 내보내기 단추를 왼쪽 클릭 하십시오. 참고:이 이렇게 3 개의 파일을 저장: 'vdb_subset.xls', 'vdb_subset.csv' 및 'vdb_subset.mat' 포함 하는 벡터의 직경 변화 및 시간 벡터; 설명 매개 변수 및 정보를 'vdb.mat' 'vdb_subset.mat' 또한 포함 되어 있습니다.</li>
		<li>'트리' 대신 ' 주제' [x], 다시 북북동 2.0 시작 눌러 패널 3 가까이 모든 데이터를 검사, 패널 1 (단계 2.2.1-2.2.5) 카테고리의 선택 반복 고 패널 2 (2.3.2 단계) 주제에 대 한 모든 데이터를 선택 합니다.</li>
		<li>마우스 오른쪽 클릭 패널 3에서 참조 이미지와 패널 3의 상단 그래프에 있는 모든 추적에 대 한 3 차원 스택 패널 4가 교차 커서와 함께. 참고: 패널 4 열립니다 경우 패널 2에서 선택한 '나무'에 대 한 모든 데이터 옵션. '주제'에 대 한 모든 데이터 대신 선택 된 사용자를 그의 선택을 변경 하 라는 메시지가 표시 하 고 패널 1 감독 것입니다.</li>
	</ol>
</li>
	<li>패널 4: 지역화 기능 측정 참조 이미지 및 맥 관 구조 (그림 4)의 3D 이미지 스택 내.<ol>
<li>그것에 왼쪽된 열 위에 그래프에서 왼쪽 시간 코스를 선택 합니다. 참고: 선택한 추적 그래프 (마젠타)에서 강조 표시 됩니다 하 고 메타 데이터에서 설명 정보 상단에 표시 됩니다.</li>
		<li>왼쪽 열의 오른쪽 아래에 'hana_refs' 폴더에서 자동으로 로드 되는 해당 참조 이미지를 탐구 한다.</li>
		<li>해당 3D 이미지 스택 왼쪽 열의 왼쪽 하단에 'hana_stk' 폴더에서 자동으로 로드를 탐험해 보세요. 화살표 또는 그림 아래의 슬라이더를 사용 하 여 스택을 통해 스크롤하십시오. 참고: 스택 이미지에 도달 하면 참조 이미지-즉 직경 측정 레벨의 수준 ('스택 인덱스' 'Ref' =), 스택 이미지 강조 표시 하 고 '프레임 수준'으로 표시 됩니다.</li>
		<li>강조 표시 된 시간 코스 북북동 2.0에서 실행 되는 폴더에 저장 하는 ' ref_stacks_trace.xls' 파일로 내보내려면 오른쪽 열에서 설정 내보내기 를 클릭 합니다. 참고: 파일 시간 벡터, 직경 변화 벡터, 제목 ID, 항목 인덱스, 참조 이미지의 위치, 3 차원 스택 위치 및 프레임 수준에 대 한 스택 이미지 번호를 포함합니다.</li>
		<li>패널 1에 다시가 서 [x] 패널 4 닫습니다.</li>
	</ol>
</li>
</ol>

<ol><li>Neurovascular Imaging Laboratory. Use Our Data. , UC San Diego School of Medicine. Available from:
 <a target="_blank" href="https://neurosciences.ucsd.edu/research/labs/nil/Pages/UseOurData.aspx">https://neurosciences.ucsd.edu/research/labs/nil/Pages/UseOurData.aspx</a> (2017).</li>
<li>Craddock, R. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+human+connectomes+at+the+macroscale%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Imaging human connectomes at the macroscale.</a> Nat Methods. 10 (6), 524-539 (2013).</li>
<li>Devor, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Frontiers+in+optical+imaging+of+cerebral+blood+flow+and+metabolism%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cereb+Blood+Flow+Metab%22%5BJournal%5D)">Frontiers in optical imaging of cerebral blood flow and metabolism.</a> J Cereb Blood Flow Metab. 32 (7), 1259-1276 (2012).</li>
<li>Ji, N., Freeman, J., Smith, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Technologies+for+imaging+neural+activity+in+large+volumes%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Technologies for imaging neural activity in large volumes.</a> Nat Neurosci. 19 (9), 1154-1164 (2016).</li>
<li>Maze, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analytical+tools+and+current+challenges+in+the+modern+era+of+neuroepigenomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Analytical tools and current challenges in the modern era of neuroepigenomics.</a> Nat Neurosci. 17 (11), 1476-1490 (2014).</li>
<li>Medland, S. E., Jahanshad, N., Neale, B. M., Thompson, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole-genome+analyses+of+whole-brain+data%3A+working+within+an+expanded+search+space%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Whole-genome analyses of whole-brain data: working within an expanded search space.</a> Nat Neurosci. 17 (6), 791-800 (2014).</li>
<li>Osten, P., Margrie, T. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+brain+circuitry+with+a+light+microscope%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Mapping brain circuitry with a light microscope.</a> Nat Methods. 10 (6), 515-523 (2013).</li>
<li>Poldrack, R. A., Farah, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Progress+and+challenges+in+probing+the+human+brain%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Progress and challenges in probing the human brain.</a> Nature. 526 (7573), 371-379 (2015).</li>
<li>Kotter, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neuroscience+databases%3A+tools+for+exploring+brain+structure-function+relationships%5BTitle%5D)+AND+%22Philos+Trans+R+Soc+Lond+B+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">Neuroscience databases: tools for exploring brain structure-function relationships.</a> Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 356 (1412), 1111-1120 (2001).</li>
<li>Uhlirova, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+roadmap+for+estimation+of+cell-type-specific+neuronal+activity+from+non-invasive+measurements%5BTitle%5D)+AND+%22Philos+Trans+R+Soc+Lond+B+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">The roadmap for estimation of cell-type-specific neuronal activity from non-invasive measurements.</a> Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 371 (1705), (2016).</li>
<li>Aine, C. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multimodal+Neuroimaging+in+Schizophrenia%3A+Description+and+Dissemination%5BTitle%5D)+AND+%22Neuroinformatics%22%5BJournal%5D)">Multimodal Neuroimaging in Schizophrenia: Description and Dissemination.</a> Neuroinformatics. , (2017).</li>
<li>Amunts, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BigBrain%3A+an+ultrahigh-resolution+3D+human+brain+model%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">BigBrain: an ultrahigh-resolution 3D human brain model.</a> Science. 340 (6139), 1472-1475 (2013).</li>
<li>Laird, A. R., Lancaster, J. L., Fox, P. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BrainMap%3A+the+social+evolution+of+a+human+brain+mapping+database%5BTitle%5D)+AND+%22Neuroinformatics%22%5BJournal%5D)">BrainMap: the social evolution of a human brain mapping database.</a> Neuroinformatics. 3 (1), 65-78 (2005).</li>
<li>Lein, E. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+atlas+of+gene+expression+in+the+adult+mouse+brain%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain.</a> Nature. 445 (7124), 168-176 (2007).</li>
<li>Shin, D. D., Ozyurt, I. B., Liu, T. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Cerebral+Blood+Flow+Biomedical+Informatics+Research+Network+%28CBFBIRN%29+database+and+analysis+pipeline+for+arterial+spin+labeling+MRI+data%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Neuroinform%22%5BJournal%5D)">The Cerebral Blood Flow Biomedical Informatics Research Network (CBFBIRN) database and analysis pipeline for arterial spin labeling MRI data.</a> Front Neuroinform. 7, 21(2013).</li>
<li>Uhlirova, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neurovascular+Network+Explorer+2.0%3A+A+Database+of+2-Photon+Single-Vessel+Diameter+Measurements+from+Mouse+SI+Cortex+in+Response+To+Optogenetic+Stimulation%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Neuroinform%22%5BJournal%5D)">Neurovascular Network Explorer 2.0: A Database of 2-Photon Single-Vessel Diameter Measurements from Mouse SI Cortex in Response To Optogenetic Stimulation.</a> Front Neuroinform. 11, 4(2017).</li>
<li>Sridhar, V. B., Tian, P., Dale, A. M., Devor, A., Saisan, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neurovascular+Network+Explorer+1.0%3A+a+database+of+2-photon+single-vessel+diameter+measurements+with+MATLAB%28%28R%29%29+graphical+user+interface%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Neuroinform%22%5BJournal%5D)">Neurovascular Network Explorer 1.0: a database of 2-photon single-vessel diameter measurements with MATLAB((R)) graphical user interface.</a> Front Neuroinform. 8, 56(2014).</li>
<li>Tian, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cortical+depth-specific+microvascular+dilation+underlies+laminar+differences+in+blood+oxygenation+level-dependent+functional+MRI+signal%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Cortical depth-specific microvascular dilation underlies laminar differences in blood oxygenation level-dependent functional MRI signal.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 107 (34), 15246-15251 (2010).</li>
<li>Neurovascular Imaging Laboratory. Use Our Data. , UC San Diego School of Medicine. Available from:
 <a target="_blank" href="https://neurosciences.ucsd.edu/research/labs/nil/Pages/UseOurData.aspx">https://neurosciences.ucsd.edu/research/labs/nil/Pages/UseOurData.aspx</a> (2017).</li>
<li>Uhlirova, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+type+specificity+of+neurovascular+coupling+in+cerebral+cortex%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Cell type specificity of neurovascular coupling in cerebral cortex.</a> Elife. 5, (2016).</li>
<li>Gagnon, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantifying+the+microvascular+origin+of+BOLD-fMRI+from+first+principles+with+two-photon+microscopy+and+an+oxygen-sensitive+nanoprobe%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Quantifying the microvascular origin of BOLD-fMRI from first principles with two-photon microscopy and an oxygen-sensitive nanoprobe.</a> J Neurosci. 35 (8), 3663-3675 (2015).</li>
<li>Sakadzic, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two-photon+high-resolution+measurement+of+partial+pressure+of+oxygen+in+cerebral+vasculature+and+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Two-photon high-resolution measurement of partial pressure of oxygen in cerebral vasculature and tissue.</a> Nat Methods. 7 (9), 755-759 (2010).</li>
<li>Nizar, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+stimulus-induced+vasodilation+occurs+without+IP3+receptor+activation+and+may+precede+astrocytic+calcium+increase%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">In vivo stimulus-induced vasodilation occurs without IP3 receptor activation and may precede astrocytic calcium increase.</a> J Neurosci. 33 (19), 8411-8422 (2013).</li>
<li>Reznichenko, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+alterations+in+calcium+buffering+capacity+in+transgenic+mouse+model+of+synucleinopathy%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">In vivo alterations in calcium buffering capacity in transgenic mouse model of synucleinopathy.</a> J Neurosci. 32 (29), 9992-9998 (2012).</li>
<li>Langer, J., Rose, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synaptically+induced+sodium+signals+in+hippocampal+astrocytes+in+situ%5BTitle%5D)+AND+%22J+Physiol%22%5BJournal%5D)">Synaptically induced sodium signals in hippocampal astrocytes in situ.</a> J Physiol. 587 (Pt 24), 5859-5877 (2009).</li>
<li>Gong, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-speed+recording+of+neural+spikes+in+awake+mice+and+flies+with+a+fluorescent+voltage+sensor%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">High-speed recording of neural spikes in awake mice and flies with a fluorescent voltage sensor.</a> Science. 350 (6266), 1361-1366 (2015).</li>
<li>Tantama, M., Hung, Y. P., Yellen, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optogenetic+reporters%3A+Fluorescent+protein-based+genetically+encoded+indicators+of+signaling+and+metabolism+in+the+brain%5BTitle%5D)+AND+%22Prog+Brain+Res%22%5BJournal%5D)">Optogenetic reporters: Fluorescent protein-based genetically encoded indicators of signaling and metabolism in the brain.</a> Prog Brain Res. 196, 235-263 (2012).</li>
<li>Devor, A., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21940458">"Overshoot" of O(2) is required to maintain baseline tissue oxygenation at locations distal to blood vessels.</a> J Neurosci. 31 (38), 13676-13681 (2011).</li>
<li>Devor, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stimulus-induced+changes+in+blood+flow+and+2-deoxyglucose+uptake+dissociate+in+ipsilateral+somatosensory+cortex%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Stimulus-induced changes in blood flow and 2-deoxyglucose uptake dissociate in ipsilateral somatosensory cortex.</a> J Neurosci. 28 (53), 14347-14357 (2008).</li>
<li>Rauch, A., Rainer, G., Logothetis, N. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+effect+of+a+serotonin-induced+dissociation+between+spiking+and+perisynaptic+activity+on+BOLD+functional+MRI%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">The effect of a serotonin-induced dissociation between spiking and perisynaptic activity on BOLD functional MRI.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 105 (18), 6759-6764 (2008).</li>
<li>Lemmon, V. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Minimum+information+about+a+spinal+cord+injury+experiment%3A+a+proposed+reporting+standard+for+spinal+cord+injury+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurotrauma%22%5BJournal%5D)">Minimum information about a spinal cord injury experiment: a proposed reporting standard for spinal cord injury experiments.</a> J Neurotrauma. 31 (15), 1354-1361 (2014).</li>
<li>Ascoli, G. A., Donohue, D. E., Halavi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NeuroMorpho.Org%3A+a+central+resource+for+neuronal+morphologies%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">NeuroMorpho.Org: a central resource for neuronal morphologies.</a> J Neurosci. 27 (35), 9247-9251 (2007).</li>
<li>Mennes, M., Biswal, B. B., Castellanos, F. X., Milham, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Making+data+sharing+work%3A+the+FCP%2FINDI+experience%5BTitle%5D)+AND+%22Neuroimage%22%5BJournal%5D)">Making data sharing work: the FCP/INDI experience.</a> Neuroimage. 82, 683-691 (2013).</li>
<li>Marmarou, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((IMPACT+database+of+traumatic+brain+injury%3A+design+and+description%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurotrauma%22%5BJournal%5D)">IMPACT database of traumatic brain injury: design and description.</a> J Neurotrauma. 24 (2), 239-250 (2007).</li>
</ol>

저자는 공개 없다.

북북동 2.0은 다른 사용자가 공유 하 고 비슷한 종류의 데이터 탐색을 위한 간단한 도구를 개발 하는 의도로 특정 연구20 의 이미징 혈관 데이터를 공유 하기 위해 작성 되었습니다. 연구진은 혈관 데이터의 연결된 된 데이터베이스를 검사 하는 데 관심이 데이터 검색, 데이터의 하위 집합을 선택, 그들의 자신의 실험 결과를 비교 또는 그들의 자신의 계산 절차를 사용 하 여 추가 처리를 GUI를 사용할 수 있습니다. MATLAB에 익숙한 사용자가 이용할 수 있다 직접 데이터베이스 'vdb.mat' 동안 다른 종류의 프로그래밍 언어를 사용 하는 사용자가 대체 형식 ('.xls' 또는 '.csv') 중 하나에 데이터를 내보낼 수 있습니다.
북북동 2.0을 사용 하 여 그들의 자신의 실험 데이터 공유에 관심이 연구원은 유사 하 게 'vdb.mat' 행렬에 결과 구성 해야 합니다. 이 데이터베이스에 주요 항목 해당 시간 벡터와 벡터의 형태로 어떤 종...

두뇌는 가장 복잡 한 기관 중 하나를 간주 됩니다 그리고 그것의 복잡 한 기능을 수 습 하는 욕망은 표시. 그것은 도구2,3,,45,6,7,8의 넓은 팔레트를 사용 하 여 행동 수준에는 분자에서 다양 한 스케일에서 공부 하 고 . 비 균질 실험 데이터의 양을 전례 없는 속도와 성장. 조직 및 표준화 실험 데이터 공유에 대 한 필요성의 인식이 획득된 한 데이터 금액으로 성장 한다. 그것은 neuroinformatics 뇌 기능과 장애9,10의 모델로 비늘에 걸쳐 실험 데이터 통합에 중요 한 역할을 담당할 것입니다 분명 되고있다.
이 위해 일부 연구, 특히 대규모 연구, 그들의 결과 광범위 한 데이터베이스11,12,13,,1415를 통해 사용할 수 있도록 리소스를 표 수 있었다. 그러나, 개별 연구와 일반 크기의 실험실에서 실험 데이터의 방대한 결코 광범위 한 연구 공동체에 도달 했습니다. 이것은 주로 두 가지 이유: 첫째, 더 전용 시간; 데이터베이스와 상호 작용 하는 사용자 수 있게 하는 도구를 만들고 데이터베이스를 구축 하는 데 필요한 두 번째, 그리고 더 많은 돈을 이러한 작업을 지원 하기 위해 필요 하다. 이러한 문제에 의해 동기, MATLAB 기반의 그래픽 사용자 인터페이스 (GUI) 엔진 혈관 네트워크 탐색기 2.0 (북북동 2.0)16 라는 databasing, 공유 및 혈관 영상 데이터의 탐험에 대 한 간단 하 고 저가 도구로 개발 되었다. 이 원고는 북북동 2.0의 운영 및 실험 데이터의 연결된 된 데이터베이스에 대 한 설명서를 제공합니다.
무풍 2.0은 이미 2 세대 소프트웨어 엔진. 혈관 네트워크 탐색기 1.0 (북북동 1.0)17 이라는 1 세대 (SI) vivo에서 2 광자 현미경18측정 쥐 기본 somatosensory 피 질에서 감각 갖는 혈관의 데이터베이스와 상호 작용 하도록 구축 되었습니다. 관련된 데이터베이스 뿐만 아니라 북북동 1.0, 그 소스 코드는 자유롭게 UCSD 혈관 이미징 실험실 웹사이트1에서 ' 북북동 1 천 ' 라는 압축 파일로 다운로드. 17에서 북북동 1.0 및 연결된 된 데이터베이스에 대 한 자세한 정보를 찾을 수 있습니다.
2 세대, 북북동 2.0 시에서 vivo에서 2 광자 현미경20측정 optogenetically 갖는 마우스에서 개별 혈관의 팽창의 데이터베이스와 상호 작용 합니다. 사용자 검색, 선택한 대뇌 피 질의 깊이, 분기 명령, 선박 직경, 동물 주제 또는 특정 arteriolar 트리 같은 선택 범주에 기반 하 여 데이터 시각화. GUI를 추가 선택한 범주에서 평균 피크 정규화 등 간단한 수학 연산을 수행합니다. 무풍 2.0 볼 및 맥 관 구조의 3D 볼륨 캡처 이미지를 탐색할 뿐만 아니라 혈관 나무 내의 기능 측정의 위치를 식별 수 있습니다. 3 차원에서 혈관 형태학을 재구성 하 고 진짜 단일 선박 vaso-모션 측정으로 채울 하이 기능을 사용할 수 있습니다. 이 개조에 차례로 두뇌 기능21,22의 계산 모델에 통합할 수 있습니다. 무풍 2.0, 그것의 소스 코드와 연결된 된 데이터베이스 자유롭게 UCSD 혈관 이미징 실험실 웹사이트1에서 '북북동 2.0 HDbase v1.0' 라는 압축 파일로 다운로드할 수 있습니다.
무풍 2.0 'vdb.mat' 라는 데이터베이스와 함께 작동 합니다. 이 데이터베이스는 임시 프로필 (시간-과정) optogenetic 자극에 의해 불러 일으켰다 고 arteriolar 나무의 다른 위치에서 측정 한 선박 직경 변화를 포함 하는 매트릭스입니다. 각 시간 코스는 사용자 작성 소프트웨어를 사용 하 여 계산 했다. 그것은 그릇에 걸쳐 스캔 하 여 인수 형광 강도 프로필의 확장에서 혈관 직경의 상대적인 변화를 계산 합니다. 형광등 대비 fluorescein isothiocyanate (FITC)의 혈관 내 주입에 의해 제시 됐다-dextran을 표시. 데이터 및 분석 절차에 대 한 자세한 내용은,20,23을 참조 하십시오. 데이터베이스 총에서 305 시간-과정 (예: 데이터베이스 항목)는. 직경 변화 뿐만 아니라, (1) 계량 시간 코스 추가 메타 데이터의 배열 데이터베이스 보유를 각 항목에 (2) 측정된 용기를 설명 하 고 (3) 대뇌 맥 관 구조의 3D 볼륨 내에서 측정 위치를 식별 합니다. 발병 시간, 피크 진폭, 피크 진폭 시간, 대뇌 피 질의 깊이, 분기 순서, 그릇 지름 기준, 원래 참조 이미지를 3D 이미지 스택을 뇌 표면의 각 측정 및 낮은 확대 지도 대 한 경로 포함 하는 메타 데이터 맥 관 구조입니다. 나열 하 고 표 116에서 이전에 설명 된 메타 데이터에서 모든 매개 변수를 참조 하십시오.
무풍 2.0 참조 이미지를 X Y 평면 지름 측정 발생의 검사와 상호 작용 합니다. 각 데이터베이스 항목 GUI에 표시 된 참조 이름을 가진 하나의 해당 참조 이미지를 있다. 각 데이터베이스 항목 또한 혈관 트리는 측정 발생의 3D 볼륨 캡처 이미지 (3D 스택)의 관련된 스택이 있다. GUI는 특정 데이터베이스 항목을 선택 하 고 해당 참조 이미지 뿐만 아니라 3 차원 스택 표시할 수 있습니다. 그것은 또한 일치 참조 이미지 프레임 3D 스택 (동일한 기능 두 이미지에서 찾을 수 있습니다)에서 찾을 수 사용자를 안내 합니다. 모든 스택 하 고 그들의 전체 해상도 (1024 pix x 1024 pix) 참조 이미지 폴더 hana_stk와 hana_refs, 각각 포함 됩니다. 뇌 맥 관 구조의 낮은 확대 지도 폴더 '지도'에 포함 됩니다. 데이터베이스 매트릭스 'vdb.mat' 뿐만 아니라 모든 3 개의 폴더 '북북동 2.0 HDbase v1.0' UCSD 혈관 이미징 실험실 웹사이트1 에서 압축된 파일에 다운로드 하 고 설치 과정에서 북북동 2.0의 루트 폴더에 저장 됩니다.
GUI는 사용자 데이터베이스를 탐구 하 고 특정 데이터 선택 카테고리를 선택으로 순차적으로 오픈 하는 4 개의 패널 (패널 1 (메인 패널)-패널 4)의 집합으로 설계 되었습니다. 각 패널 두 가지 주요 부분으로 나누어져 있습니다: (1) 메타 데이터;에서 매개 변수 및 데이터 디스플레이 중요 한 정보 카테고리를 선택 하 여 데이터베이스와 상호 작용 하는 가능성을 제공 하는 오른쪽 열 (2) 왼쪽된 열 시간 코스 (직경 변화 시간에) 및 분산형 플롯의 형태로 데이터를 표시합니다. 대뇌 피 질의 깊이의 기능으로 네 가지 유형의 팽창 피크 (3) 최대 직경 변화 (피크 진폭) 및 (4) 초기 직경 (자극 하기 전에 직경)의 시간 (2) (1) 팽창 개시를 표시 하는 점도 있다. 사용자가 평균 시간-과정 및 대뇌 피 질의 깊이 또는 분기 순서에 의해 그룹화 하는 선택한 데이터에 대 한 값을 표시 하는 가능성. 이 깊이 증가 순서20분기와 그라데이션 직경 변경 동작의 기능을 강조 하는. 무풍 2.0를 사용 하면 '.xls', '.csv' 또는 '.mat'의 형식으로 데이터의 선택 된 하위 집합을 내보낼 수 있습니다.

<table><tbody><tr><td>MATLAB</td><td>MathWorks</td><td></td><td>프로그램</td></tr><tr><td>Winrar</td><td>Rarlabs</td><td></td><td>프로그램</td></tr></tbody></table>

혈관 네트워크 탐색기 2.0: 탐험과 vivo 마우스 피에 vasomotion optogenetically 갖는 데이터베이스 공유에 대 한 간단한 도구

Neurovascular Network Explorer 2.0: A Simple Tool for Exploring and Sharing a Database of Optogenetically-evoked Vasomotion in Mouse Cortex In Vivo

신경 과학에서 실험 데이터를 공유의 중요성 금액 및 복잡 한 데이터 획득 및 이러한 데이터를 처리 하는 데 사용 하는 다양 한 기법으로 성장 한다. 그러나, 대부분 일반 크기의 실험실 적의 개별 연구에서 특히 실험 데이터의 광범위 한 연구 공동체에 도달합니다. 혈관 네트워크 탐색기 2.0 (북북동 2.0) 라고 하는 그래픽 사용자 인터페이스 (GUI) 엔진은 간단 하 고 저렴 한 비용 공유 및 혈관 영상 데이터의 탐험을 위한 도구로 만들어 졌다. 무풍 2.0 optogenetically 갖는 팽창/수축 포함 하는 데이터베이스와 상호 작용 시간-과정 개별 선박 단위로 쥐 피 somatosensory vivo에서 2 광자 현미경 검사 법에 의해. 무풍 2.0 수 있습니다 선택 및 표시 다른 조건 (제목, 분기 순서, 대뇌 피 질의 깊이, 혈관 직경, arteriolar 나무)에 따라 시간 과정의 간단한 수학적 조작 뿐만 아니라 (예. 평균, 피크 정규화)와 데이터 내보내기입니다. 3 차원에서 혈관 네트워크의 시각화를 지원 하 고 혈관 나무 내에서 개별 기능 선박 직경 측정의 지역화를 가능 하 게.
무풍 2.0, 그것의 소스 코드와 해당 데이터베이스 UCSD 혈관 이미징 실험실 웹사이트1에서 자유롭게 다운로드할 수 있습니다. 소스 코드 찾아보기 연결된 된 데이터베이스 사용자에 의해 또는 databasing 하 고 적절 한 포맷을 제공 하는 그들의 자신의 실험 결과 공유에 대 한 서식 파일로 활용할 수 있습니다.

무풍 2.0와 연관 데이터베이스를 검색 하 고 데이터베이스의 데이터를 볼 데이터 선택 기준에 따라 정렬, 선택한 데이터를 다운로드 찾을 해당 혈관 트리 내에서 혈관 측정 제공 합니다.
패널 1 기능 범주에 기반 하는 데이터의 선택: ' 대뇌 피 질의 깊이 ', ' 분기 순서 ', ' 초기 지름 '과 '과목'- 그림 1). 이 연구는 표면 arterioles에 대 한 항목이 없습니다 유의 하시기 바랍니다 ('표면')는 ' 분기 순서 ' 선택 범주. 이 옵션을 선택 하면 '아무 기록 발견-검색도 제한' 경고 대화 상자가 나타나고 다른 옵션을 선택 하 라는 메시지를 표시. 같은 경고는 아무 측정 패널 1에 선택된 조건을 만족 하는 경우 표시 됩니다. 이 경우에 사용자 패널 1을 종료 해야 합니다 [x]를 누르고 다시...

탐색 하 고 마우스 somatosensory 피에 vivo에서 2 광자 현미경 검사 법에 의해 측정에 optogenetically 유도 혈관 반응의 데이터베이스 공유에 대 한 그래픽 사용자 인터페이스를 제공 됩니다. 그것은 데이터, 선택 기준을 기반으로, 평균, 맥 관 구조의 3D 볼륨 내에서 측정의 지역화를 탐색 하 고 데이터를 내보낼 수 있습니다.

혈관 네트워크 탐색기 2.0: 탐험과 Vivo 마우스 피에 Vasomotion Optogenetically 갖는 데이터베이스 공유에 대 한 간단한 도구

The importance of sharing experimental data in neuroscience grows with the amount and complexity of data acquired and various techniques used to obtain ...

Neurovascular Network Explorer 2.0 또는 NNE 2.0이라고 하는 제시된 소프트웨어는 두 개의 광자 현미경으로 측정된 광유전학적으로 유발된 혈관 직경 변화를 시각화, 검사, 선택 및 내보낼 수 있는 MATLAB 기반 그래픽 사용자 인터페이스입니다. 어느 두 가지 지원에서, 혈관 네트워크의 3D 구조 내에서 직경 측정의 국소화를 지원하며, 이는 뇌 기능에 대한 현대 연구에 사용될 수 있습니다. 그리고 두 가지를 사용하여 관련 데이터베이스를 탐색할 수 있을 뿐만 아니라 유사한 형식의 데이터베이스로 구조화된 사용자 자신의 데이터를 공유하고 탐색하는 템플릿을 사용할 수 있습니다.NNE 2.execute를 선택하여 NNE 2.0 프로그램을 시작합니다. 기본 패널의 왼쪽 열에 있는 이미지는 데이터베이스 vdb에 있는 모든 항목의 시간, 과정 및 둘레 그래프를 보여줍니다. mat 오른쪽 열에서 피질 깊이의 범위를 선택하여 시작합니다.여기에는 최소 40미크론의 깊이와 최대 560미크론의 깊이가 사용됩니다. 그런 다음 분기 순서를 선택하고 화살표를 마우스 왼쪽 버튼으로 클릭한 다음 표시된 목록에서 옵션 중 하나를 선택합니다. 그런 다음 기준선 지름을 선택하고 범위를 입력합니다.여기에는 최소 직경 2미크론과 최대 직경 45미크론이 사용됩니다. 이제 패널의 오른쪽 열에서 분석할 주제를 선택합니다. 화살표를 마우스 왼쪽 버튼으로 클릭하고 사용 가능한 옵션 중에서 선택합니다.제출을 눌러 패널 2에서 선택한 데이터를 표시하고 탐색합니다. 선택한 데이터 하위 집합을 탐색하기 전에 그룹은 피질 깊이별 평균 또는 분기 순서별 평균을 마우스 왼쪽 버튼으로 클릭하여 데이터의 평균을 구합니다. 선택 항목은 아래 녹색으로 강조 표시됩니다.그런 다음 혈관 형태 또는 주제에 따라 데이터를 선택합니다. 나무에 대한 모든 데이터 선택은 단일 다이빙 동맥과 그 분기에 대한 데이터로 구성됩니다. 그런 다음 제출을 마우스 왼쪽 버튼으로 클릭하여 선택한 데이터를 개별 시간 경과 그래프, 그룹 평균 시간 경과 및 시작 시간, 피크까지의 시간 피크 진폭 및 기준선 직경의 산점도에 표시합니다.개별 시간 코스의 그래프에서 추적을 마우스 왼쪽 버튼으로 클릭합니다. 그런 다음 마젠타색으로 강조 표시된 선택한 시간 경과와 시작 시간, 피크까지의 시간, 피크 진폭 및 기준선 직경은 아래 그래프에서 빨간색 원으로 표시됩니다. 그런 다음 십자 커서로 패널 2의 아무 곳이나 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하여 패널 3에서 선택한 주제 ID 또는 트리 ID에 대한 모든 트레이스를 보고 탐색합니다.트레이스를 마우스 왼쪽 버튼으로 클릭하여 왼쪽 열의 상단 그래프에서 시간 코스를 선택합니다. 선택한 추적은 그래프에서 자홍색으로 강조 표시되고 데이터베이스 항목의 설명 매개 변수가 그래프 맨 위에 표시됩니다. 해당 시작 시간, 피크까지의 시간, 피크 진폭 및 기준선 직경이 아래 그래프에 표시되어 있습니다.짙은 검은색의 시간 경과는 표시된 모든 추적의 평균입니다. 내보내기 세트 버튼을 마우스 왼쪽 버튼으로 클릭하여 상단 그래프에 표시된 트레이스를 NNE 2.0 폴더에 저장합니다. 내보내기 작업 중에 내보낸 파일이 열려 있지 않은지 확인하십시오.파일 중 하나가 열려 있으면 경고가 나타납니다. 이 경우 사용자는 내보낸 파일을 닫고 NNE 2를 다시 시작해야 합니다. 트리 대신 주제에 대한 모든 데이터를 검사하려면 패널 3을 닫고 NNE 2.0을 다시 시작한 다음 이전과 같이 패널 1에서 범주 선택을 반복한 후 패널 2에서 주제에 대한 모든 데이터를 선택합니다.십자 커서로 패널 3의 아무 곳이나 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하면 패널 4로 이동하여 패널 3의 상단 그래프에 있는 모든 트레이스에 대한 참조 이미지 및 3D 이미지 스택을 탐색할 수 있습니다. 패널 4는 패널 2에서 트리에 대한 모든 데이터 옵션을 선택한 경우에만 열립니다. 대신 주제에 대한 모든 데이터를 선택한 경우 사용자에게 선택 항목을 변경하고 패널 1로 안내하라는 메시지가 표시됩니다.왼쪽 열 상단의 그래프에서 시간 과정을 마우스 왼쪽 버튼으로 클릭하여 선택합니다. 왼쪽 열의 오른쪽 하단에서 해당 참조 이미지를 탐색하며, 이 경우 hana_refs 폴더에서 자동으로 로드됩니다. 왼쪽 열의 왼쪽 하단에서 hana_stk 폴더에서 자동으로 로드된 해당 3D 이미지 스택을 탐색합니다.Figure 아래에 있는 화살표 또는 슬라이더를 사용하여 이 스택을 스크롤합니다. 스택 이미지가 참조 이미지의 수준에 도달하면 스택 이미지가 강조 표시되고 프레임 수준으로 표시됩니다. 오른쪽 열에서 내보내기 세트를 클릭하여 강조 표시된 시간 과정을 파일 ref_stacks_trace로 내보냅니다.NNE 2 폴더에 저장되는 xls. 마지막으로, 패널 4를 닫아 패널 1로 돌아가 새로운 데이터 세트 탐색을 시작하거나 패널 1을 닫아 프로그램을 종료합니다. 3D 혈관 구조와 함께 기능 측정을 사용하기 위해 해당 이미지 스택은 패널 4에 표시된 스택 참조 이름을 사용하여 폴더 hana_stk에 위치합니다.특정 다이빙 동맥을 인식하기 위해, 사용자는 측정된 동맥 또는 해당 번호로 표시된 나무의 다이빙 세그먼트와 함께 표면 혈관 구조의 저배율 맵을 참조할 수 있습니다. 프레임 레벨의 이 스택 인덱스 번호는 적절한 깊이 내에서 측정을 지역화합니다. 스캔 궤적과 함께 분기 순서는 이미징 평면 내에서 측정을 지역화합니다.종합하면, 사용자는 혈관 나무 내의 여러 위치에서 자극에 의해 유도된 혈관 운동에 의해 채워진 혈관 구조의 3D 지형을 제공받습니다. 그리고 NNE 2는 특정 연구의 혈관 영상 데이터를 공유하기 위해 작성되었지만, 다른 사용자가 유사한 종류의 데이터를 공유하고 탐색할 수 있는 간단한 도구를 개발하기 위한 의도로 작성되었습니다. NNE 2를 사용하기 위한 전제 조건에는 템플릿이 있으며, 매트릭스 형식의 데이터베이스입니다 그리고 이는 MATLAB에서 직접 데이터를 처리하거나 도구를 사용하여 다른 형식에서 매트릭스를 작성함으로써 달성할 수 있습니다.NNE 2는 연구 커뮤니티 간에 실험 데이터를 공유하는 데 도움이 될 수 있는 잠재력이 있습니다. 데이터의 추가 활용을 촉진하고 데이터 수집 및 처리를 위한 표준을 개발합니다.

neurovascular-network-explorer-20-simple-tool-for-exploring-sharing

Research

연구

JoVE Journal

Neuroscience

신경과학

서골비기관(VNO)은 사회적 및 생식 정보를 전달하는 종내 화학 신호를 감지합니다. 본 연구진은 VNO 조직에서 G-CaMP2를 발현하는 형질전환 생쥐를 사용하여 Ca2+ 이미징 실험을 수행하였습니다. 이러한 접근 방식을 통해 수많은 페로몬 자극에 대한 서골비 뉴런의 복잡한 반응 패턴을 분석할 수 있습니다.

영상의 연결 응답 Vomeronasal 조직의 슬라이스 준비에 유전적으로 인코딩된 칼슘 센서를 표현

이 비디오는 쥐의 척수 절편에서 신경 네트워크 활동을 연구하기 위한 미세 전극 어레이 기반 분석을 보여줍니다. 먼저, 슬라이스의 표재성 등쪽 뿔(SDH)의 전기생리학적 활성을 기록합니다. 그런 다음, 탈분극을 연장하기 위해 칼륨 채널 억제제가 도입되어 뉴런 네트워크 전반에 걸쳐 동기 리듬 활성을 일으킵니다.

microelectrode array-based assessment of neuronal networks in mouse spinal cord slices(쥐 척수 절편에서 신경 네트워크에 대한 Microelectrode Array-based Assessment of Neuronal Networks in Mouse Spinal Cord Slices)

출처: Maruoka, H., et. al. 깨어 있는 쥐의 미세아교세포 역학 및 신경 활동의 동시 이미징.J. Vis. Exp. (2022) 이 비디오는 시각적 자극 중 깨어 있는 쥐의 신경 활동과 미세아교세포 역학을 이미징하기 위한 이광자 현미경 절차를 보여주며 칼슘 과도 및 세포 상호 작용을 강조합니다.

깨어 있는 쥐에서 미세아교세포의 역학과 신경 활동의 동시 이미징(Simultaneous Imaging of Microglial Dynamics and Neuronal Activity in an Awake Mouse)

출처: Bancroft, E. A., et al. 1차 마우스 중뇌 뉴런에서 자발적 Ca2+ 플럭스와 그 하류 효과를 정량화합니다. J. Vis. Exp. (2020){{TAG_ 46}}이 비디오는 마우스 배아에서 유래한 복부 중뇌 뉴런의 칼슘 유입을 실시간으로 시각화하는 방법을 보여줍니다. 칼슘 지표(calcium indicator)를 발현하기 위해 바이러스 벡터를 사용하여 컨포칼 현미경으로 뉴런을 이미지화하여 자발적 및 신경전달물질에 의한 칼슘 활동 중 형광 강도의 변화를 추적합니다.

마우스 배아에서 유래한 복부 중뇌 뉴런의 칼슘 유입 시각화(Visualization of Calcium Influx in Ventral Midbrain Neurons derived from Mouse Embryos)

Source: Nishimura, C.  외. HIV-induced Neuroinflammation의 마우스 모델에서 이광자 현미경을 사용하여 대뇌 혈관 건축의 정량화. J. Vis. 특급. (2016). 이 비디오는 이광자 현미경을 사용하여 마우스 뇌의 피질 모세혈관의 생체 내 시각화를 보여줍니다. 얇은 두개골 피질 창이 있는 마취된 마우스에 형광 염료를 주입하고, 이미징을 위한 설정을 준비하고, 분석을 위해 뇌 미세혈관 구조의 상세한 이미지를 획득하는 단계를 간략하게 설명합니다.

 마우스 뇌 미세혈관 구조의 생체 내 이미징을 위한 이광자 현미경 

출처: Van Wonterghem, E., et al. Microdissection and Whole Mount Scanning Electron Microscopy Visualization of Mouse Choroid Plexus(쥐 맥락막 신경총의 Microdissection and Whole Mount Scanning Electron Microscopy) 시각화. J. Vis. Exp. (2022)이 비디오는 주사전자현미경(SEM)을 사용하여 마우스 뇌에서 맥락막 신경총 조직을 준비하고 이미징하는 방법을 보여줍니다. 이 공정에는 조직 고정, 탈수 및 전도성 백금 층으로 코팅하여 이미징을 위해 샘플을 안정화하고 준비하는 것이 포함됩니다. SEM은 미세융모로 상피 세포의 상세한 이미지를 캡처하여 조직의 구조적 특징에 대한 통찰력을 제공합니다.

Visualization of a Mouse Brain Choroid Plexus Using Scanning Electron Microscopy(주사 전자 현미경을 사용한 마우스 뇌 맥락막 신경총의 시각화)

출처: Winkle, CC, et al. 축삭 분지 및 신경 형태 형성 동안 원형질막 전달의 역할을 정의하기 위해 결합된 방법론을 활용합니다. J. Vis. 경험. (2016년)이 비디오는 피질 뉴런에서 실시간 축삭 분기를 관찰하기 위해 DIC(Differential Interference Contrast) 현미경을 사용하는 라이브 이미징 기술을 보여줍니다. 타임랩스 비디오는 축삭에서 국소적인 엑소사이토시스 및 세포골격 재배열을 유도하는 신호 분자인 netrin-1 처리의 효과를 포착합니다. 이러한 과정은 성숙한 축삭 가지로 발달하는 막 돌출을 시작하여 신경 발달에 대한 통찰력을 제공합니다.

마우스 피질 뉴런에서 축삭 분지의 실시간 체외 이미징

우리는 유리 마이크로 파이펫과 빠른 2 광자 하이퍼 스택 이미징 방법을 사용하여 최적화 된 국소 배출 절차를 제시하여 모세관 직경 변화를 정밀하게 측정하고 3 차원으로 조절을 조사 할 수 있습니다.

유리 마이크로 파이펫을 사용하여 국소 ATP 배출에 의한 혈관 반응을 연구하기 위한 Vivo 3차원 2차원 광자 현미경 검사법

이 프로토콜은 흡광도 전압에 민감한 염료 및 포토다이오드 어레이를 사용하여 비 형이상무척추동물 종의 단일 세포 분해와 신경 인구 활성을 이미징하는 방법을 제시한다. 이 접근 방식을 통해 하루 동안 이미징 및 분석을 추구할 수 있는 빠른 워크플로우가 가능합니다.

비 트랜스제닉 무척추 동물의 단일 신경 해상도를 가진 네트워크 역학을 기록하기위한 포토다이오드 기반 광학 이미징

신피질(neocortex)의 일차 감각 영역은 발달 과정에서 독특한 자발적 활동을 보입니다. 이 기사에서는 생체 내 신생아 마우스의 영역별 동기 활동을 분석하기 위해 개별 뉴런 활동과 주요 감각 영역을 시각화하는 방법을 설명합니다.

단일 뉴런 해상도에서 신생아 마우스 감각 피질의 자발적 활동에 대한 In vivo 시각화

이 프로토콜은 바이러스 전달, 광혈전 이식, 광혈전 유도, 성상교세포 및 신경세포 활동의 동시 기록, 성상교세포의 광유전학적 자극을 포함하는 통합 방법을 제공합니다. 이 통합 방법은 허혈성 뇌졸중의 급성기부터 만성기까지의 성상교세포-뉴런 관계를 동시 조사하는 것을 목표로 합니다.

광혈전성 뇌졸중 모델링과 행동하는 쥐의 신경 및 성상세포 활동의 생체 내 옵트로드 기록을 위한 통합 방법

배우세요 생쥐 체외감각 피질에서 광유전학적으로 유도된 혈관 직경 변화를 MATLAB 기반 인터페이스로 시각화하고 분석하는 방법을. 이 도구는 혈관 네트워크의 3D 구조 내 측정값을 지역화하여 뇌 기능 연구에 활용할 수 있습니다.

혈관 네트워크 탐색기 2.0: 탐험과 Vivo 마우스 피에 Vasomotion Optogenetically 갖는 데이터베이스 공유에 대 한 간단한 도구

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