Name: Ribonucleotides 효 모 게놈에 Ribonucleotide 유도 된 Mutagenesis 측정의 공부 Ribonucleotide 법인: 물가 관련 검색 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-07-26T15:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 4 s
Description: 학습하세요 리보뉴클레오타이드가 효모 DNA에 삽입되는 정도를 알칼리 겔 전기영동과 스트랜드 특이적 서던 블로팅으로 정량 분석하는 방법을. 이 기법은 게놈 안정성과 돌연변이 연구에 활용됩니다.

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우리는 그들의 작품에 대 한 모든 현재 및 이전 Kunkel 연구소 회원 감사 토론 프로토콜에 관련 된 하 고 여기에 제공 된 데이터를 다시. 이 작품은 국립 보건원 (NIH), 국립 환경 보건 과학 연구소 (NIEHS)의 교내 연구 부문에서에서 T.A.K.를 프로젝트 Z01 ES065070에 의해 지원 되었다.

1. 알칼리 가수분해 하 고 물가 관련 남쪽 오 점 (그림 1)
<ol><li>세포 성장 및 genomic DNA 분리<ol>
<li>효 모 제조업체의 지침에 따라 DNA 정제 키트를 사용 하 여 효 모 게놈 DNA를 격리 합니다. 사용 하 여 (0.5의 광학 밀도)과 1 사이 성장의 지 수 단계에 있는 문화. 35 ml 테 버퍼 (10 mM Tris HCl, pH 7.5, 1 mM ethylenediaminetetraacetic 산 (EDTA)) x 1의 최종 DNA 펠 릿을 resuspend.</li>
		<li>DNA에 5 mg/mL RNase A의 1 mL을 추가 하 고 37 ° c.에 30 분 동안 품 어</li>
		<li>3 M 나트륨 아세테이트 (pH 5.2)의 0.1 볼륨을 사용 하 여 DNA를 침전 물 및 얼음에 20 분에 대 한 100% 에탄올의 2.5 볼륨.</li>
		<li>4 ° c.에 20 분 16000 x g에서 원심 분리기 상쾌한 한 피 펫을 사용 하 여 제거 합니다.</li>
		<li>펠 릿의 70% 에탄올 500 mL로 두 번 씻는 다. 상쾌한 한 피 펫을 사용 하 여 제거 합니다.</li>
		<li>벤치에 펠 릿을 건조 하 고 테 버퍼 x 1의 35 ml에서 resuspend.</li>
		<li>Fluorimeter (테이블의 재료)를 사용 하 여 dsDNA BR 분석 결과 키트와 DNA quantitate</li>
		<li>3 M 나트륨 아세테이트, 100%의 pH 5.2와 2.5 볼륨의 0.1 볼륨을 사용 하 여 각 샘플에서 DNA의 5 mg을 침전 EtOH 200 mL의 총 볼륨 (DNA의 필요, 추가 5 mg 중립 젤 컨트롤이 필요한 경우 필요한 경우 추가 H2O). 20 분 동안 얼음에 품 어.</li>
		<li>4 ° c.에 20 분 16000 x g에서 원심 분리기 상쾌한 한 피 펫을 사용 하 여 제거 합니다.</li>
		<li>벤치에 펠 릿을 건조. H2o.의 14 ml에서 DNA resuspend</li>
	</ol></li>
	<li>알칼리 성가 수 분해와 젤 전기 이동 법<ol>
<li>1 M 코의 6 mL을 추가 하 고 2 h 55 ° C에서 품 어.</li>
		<li>5 분 동안 얼음에 샘플을 품 어.</li>
		<li>알칼리 성 DNA 로딩 버퍼 x 6의 4 개 mL를 추가: 300 mM 코, 6 m m EDTA, pH 8.0, 18 %polysucrose (테이블의 자료), 0.15 %bromocresol 녹색, 및 0.25% 자일 렌 cyanol FF.</li>
		<li>1 %agarose, 50 m NaOH, m 1 m m EDTA, pH 8.0 이루어진 알칼리 젤을 캐스팅. DNA 샘플의 24 mL 레인 당 로드 하도록 허용 하는 빗을 사용 합니다.</li>
		<li>알칼리 성 전기 이동 법 버퍼 x 1에 실 온에서 젤 실행: 50 m m NaOH, 1 m EDTA, pH 8.0 m. 적절 한 DNA 크기 마커를 포함 합니다.</li>
		<li>짧게 튜브 아래로 회전 시키십시오 고 알칼리 agarose 젤으로 전체 24 mL 샘플을 로드 합니다. 30 V, V 10에 18-20 h 뒤에 30 분 동안 electrophorese.</li>
		<li>2 외피의 부드러운 동요 HCl-중화 버퍼 i: 1 M Tris, 1.5 M NaCl와 실 온에서 각 45 분에 대 한 젤을 무력화.</li>
		<li>부드러운 진동으로 실 온에서 2 h SYBR 골드 얼룩의 1/10000 희석을 포함 하는 물 200 mL에 무력화 젤을 몸을 담글 하 여 DNA를 얼룩.</li>
		<li>UV transilluminator를 사용 하 여 DNA를 시각화 합니다. 알칼리 감도 증가 DNA5배달된 ribonucleotides의 높은 밀도 나타내는 작은 DNA 파편의 모양을 발생 합니다.</li>
	</ol></li>
	<li>남부 전송<ol>
<li>10모 세관 작용 의해 알칼리 젤에서 충전 된 나일론 막 DNA을 전송. 어떻게이 전송 설정할 수 있습니다 예 Sambrook와 러셀의 수동10에서 제공 됩니다.</li>
		<li>알칼리 성 전송 버퍼에 실 온에서 15 분 알칼리 젤을 담근 다: 0.4 M NaOH, 1 M NaCl.</li>
		<li>물, 나일론 막 (젤의 크기로 잘라)를 짧게 습식 및 다음 알칼리 전송 버퍼에 5 분 동안 담근 다.</li>
		<li>3 유리 비 커 (100 mL)을 반전 하 여 유리 베이킹 접시에에서 전송 플랫폼을 설정 합니다. 이 접시는 agarose 젤의 크기 보다 약간 더 큰 해야 합니다. 그들의 정상 유리 접시를 설정 합니다.</li>
		<li>유리 접시 위에 (젤 플러스 버퍼 저수지로 가장자리를 통해 드러 워 진 수 있는 더 긴 측의 폭의 크기로 잘라) 3MM CHR 크로마토그래피 종이의 2 큰 조각을 드러 워 진.</li>
		<li>크로마토그래피 종이 절반 채우기 유리 접시 이상의 알칼리 전송 버퍼를 붓는 다. 5 mL 유리 피 펫을 사용 하 여 거품이 부드럽게.</li>
		<li>Agarose 젤을 거품으로 부드럽게 다시 위에 놓습니다. Parafilm으로 젤의 모든 가장자리를 둘러싸고 있습니다. 젤에 소량의 알칼리 전송 버퍼를 붓는 다.</li>
		<li>젤 위에 미리 젖된 나일론 막 장소. 부드럽게 거품.</li>
		<li>종이의 젖은 2 조각 agarose 젤의 크기로 잘라. 그들은 막 위에 놓고 모든 거품을 밖으로 부드럽게 합니다.</li>
		<li>전송 샌드위치 위에 종이 타 올 (agarose 젤 보다 약간 큰 크기로 컷)의 대형 스택에 배치 합니다. 신중 하 게 유리 접시를 종이 타월 위에 놓습니다. 상단 (잘 400 g의 질량을 가진도 서)를 가중치 개체를 추가 합니다.</li>
		<li>하룻밤 실 온에서 진행 하는 전송 하자.</li>
		<li>신중 하 게 전송 스택을 분해 하 고 중화 버퍼 2에서 실 온에서 15 분 동안 막 흡수: 0.5 M Tris HCl, pH 7.2, 1 M NaCl.</li>
		<li>Crosslink UV crosslinker를 사용 하 여 충전된 나일론 막에 DNA. cross-linker에 막 놓고 autocrosslink 설정을 사용 합니다.</li>
	</ol></li>
	<li>남부 조사 준비 참고: 여기에 초기 선도 뒤지는 가닥 DNA 물가의 대 알칼리에 민감한 사이트는 프로토콜 기반 감지 설명 접근11이전 게시. 우리의 실험에 대 한 조사는 두 방향 (OR1 또는 OR2) 염색체 III (그림 3A)에 ARS306 복제 원점에 인접 한 중 하나에 삽입 된 URA3 취재 원 유전자에서 수행 됩니다. 효 모 게놈 DNA에 알칼리에 민감한 사이트의 존재는 ribonucleotide 관, DNA 중 합 효소 활동12,,1314의 biomarkers로 ribonucleotides 사용할 수 있습니다. 대상 복제의 효율적인 ARS306 근원에 인접 한 DNA 순서를 사용 하 여이 접근 다른 genomic 위치 및 대상 유전자도 순종 해야 합니다.<ol>
<li>다음 뇌관 쌍을 사용 하 여 URA3 취재 원 유전자의 PCR 증폭 520 기반 쌍 세그먼트: URA3 F1 (5´-GCTACATATAAGGAACGTGCTGC)와 URA3-R1 (5´-CTTTGTCGCTCTTCGCAATGTC).</li>
		<li>템플릿으로 효 모 게놈 DNA의 10-20, 각 뇌관 (10 μ M 주식) Taq 버퍼 (Mg2 + 플러스) 예, dNTP 혼합물 (2.5 m m 각)의 8 μ, 0.5 μ의 전 Taq DNA 중 합 효소 x 10의 10 μ의 4 μ를 사용 하 여 PCR 반응을 수행 (5 U/μ) 100 μ H2o.를 최종 볼륨을 조정</li>
		<li>다음 PCR 프로그램 실행: 95 ° C 5 분; 1 분, 1 분, 2 분; 72 ° C에 55 ° C 95 ° C의 30 주기 72 ° C 10 분 및 4 ° c.에서 개최</li>
		<li>PCR 정화 키트를 사용 하 여 PCR 제품을 정화 하 고 H2o.의 50 mL를 사용 하 여 DNA elute 이것은 지금 radiolabeling 반응에서 템플릿으로 사용할 수 있습니다.</li>
		<li>물가 관련 radiolabeling에 대 한 다음 뇌관을 사용 하 여: DNA 프로브 A. anneals는 시각화 사용 URA3-A (5´-CTCATCCTAGTCCTGTTGCTGCC) 이 때 URA3 OR2와 tnascent URA3 OR1 때 가닥 DNA를 후행 초기 선도 가닥 DNA에 해당 합니다. URA3-B (5´-CAGTACCCTTAGTATATTCTCCAG)를 사용 하 여 초기 DNA 프로브 B. anneals는 시각화에 대 한 이 때 URA3 OR1 및 초기 뒤지는 가닥 DNA URA3 OR2 때 초기 선도 가닥 DNA에 해당 (그림 3).<ol>
<li>URA3 조각 ng 증폭에 10-20을 사용 하 여 템플릿으로 DNA, 뇌관 (10 μ M 주식), Taq 버퍼 (Mg2 + 플러스) 전 10 x 5 μ, 4 μ (마이너스 dCTP), 2.5 m m dNTPs의 2 μ radiolabeling 반응 수행 5 μ (50 μCi)는-32P dCTP의 0.5 μ ExTaq DNA 중 합 효소의 (5 U/μ) H2o. 실행 다음 프로그램 radiolabeling 50 μ를 최종 볼륨을 조정: 94 ° C 5 분; 25 주기 94 ° C의 1 분, 55 ° C 30 초, 1 분; 72 ° C 72 ° C 5 분 및 4 ° c.에서 개최</li>
		</ol>
</li>
		<li>비법 인된 방사성 라벨을 제거 하려면 G-25 스핀 열을 사용 합니다. 방사선된 샘플을 추가 하기 전에 pipetting으로 g와 removethe 버퍼 x 720에서 1 분 동안 열을 원심. 방사선된 반응 제품 및 elute 레이블이 프로브를 720 x g에서 2 분 동안 원심 분리기를 로드 합니다.</li>
		<li>교 잡 직전 프로브 변성을 5 분 동안 95 ° C에서 품 어. 차가운 얼음에 잠시입니다.</li>
	</ol></li>
	<li>남부 교 잡<ol>
<li>교 잡 관으로 유체 막 구르 고 갓된 교 잡 버퍼의 25 mL를 추가: 0.5 M 나트륨 인산 염 버퍼, pH 7.2, 7% 나트륨 라우릴 황산 염 (SDS), 1% 소 혈 청 알 부 민 (BSA). 교 잡 오븐에 회전 1-2 h 65 ° C에서 품 어.</li>
		<li>신중 하 게는 솔루션을 부 어 하 고 교 잡 버퍼 플러스 radiolabelled 프로브 25 mL를 추가 합니다. 65 ° C 16-18 h 회전에서 품 어.</li>
		<li>방사성 폐기물 컨테이너에 솔루션을 붓는 다. 수행 하는 각 인산 염-SDS 세척 솔루션 i: 40 mM 나트륨 인산 염 버퍼, pH 7.2, 실 온에서 5 분의 5 세척 5 %SDS, 0.5 %BSA, 1 mM EDTA, pH 8.0.</li>
		<li>2 세척 각 인산 염-SDS 세척 솔루션 ii 65 ° C에서 15 분의 수행: 40mm 나트륨 인산 염 버퍼, pH 7.2, 1 %SDS, 1 m EDTA, pH 8.0 m.</li>
		<li>핀셋을 사용 하 여 교 잡 튜브에서 멤브레인을 제거 하 고 열린된 플라스틱 슬리브 보호에. 표지 및 이미징 접시에 노출. 4 d 4 h에서까지 시간 다른 노출의 수를 보십시오.</li>
		<li>필요한 경우 제거 하 고 다시 프로브 다른 프로브를 사용 하 여 약 3-4 회 오. 스트립, 50% formamide 2 x SSPE 솔루션의 25 mL에 65 ° C에서 2 시간에 대 한 멤브레인을 품 어. 참고: 20 x SSPE 재고 솔루션: 3 M NaCl, 0.2 M NaH2포4, 0.02 M EDTA, pH 7.4.</li>
		<li>방사성 폐기물 컨테이너에 솔루션을 붓는 다. 인산-SDS 세척 솔루션 II에 65 ° C에서 15 분 각 2 세척을 수행 합니다.</li>
		<li>가 거 카운터로 막 확인 하 고 신호 유지 하는 경우 스트립 프로토콜을 반복.</li>
		<li>위에서 설명한 사전 교 잡 및 교 잡을 수행 합니다.</li>
	</ol></li>
</ol>2. 측정 변이 속도 S. cerevisiae 긴장에 특이성
<ol><li>세포 배양 준비<ol>
<li>단일 식민지 (건강 한 효 모 세포 걸립니다 크기의 적절 한 형태를 30 ° C에서 2-3 일 식민지) YPDA 국물 (아데닌의 보충은 유일한 필요한 경우 250 mg/mL 아데닌으로 보충의 5 mL로 100 mg/mL 아데닌으로 보충 하는 YPD agar에 접종 사용 하는 긴장은 아데닌 주별)입니다. 성장 통 보육 또는 30 ° C에서 회전자에 문화 채도 (심각한 성장 결함 없이 긴장을 위한 36-48 h)를 도달할 때까지.</li>
		<li>5 분 ~ 2000 x g에서 셀 아래로 회전 합니다.</li>
		<li>삭제는 상쾌한 고 메 마른 물 5 mL로 세포를 씻어.</li>
		<li>메 마른 물 500 mL에 셀 resuspend</li>
	</ol>
</li>
	<li>세포 배양 및 도금의 희석<ol>
<li>비 선택 컨트롤에 대 한 1,600,000 및 격판덮개의 완전 한 (COM) 접시에 각 문화 100 mL의 요인에 의해 96 잘 접시의 세포를 희석.</li>
		<li>Ura3 돌연변이 선택 하려면 100 mL 야생-타입 (WT) 긴장에 대 한 5-FOA 접시에 undiluted 셀의 접시. 관심의 긴장의 돌연변이 속도 WT 피로 보다 높을 것으로 예상 된다 하는 경우 그에 따라 셀을 희석.</li>
		<li>Can1 돌연변이 대 한 선택, 5-fold 셀을 희석 하 고 WT 스트레인에 대 한 포함 하는 canavanine 접시 (수)에 100 mL 접시. 희석 비율 0.5입니다.</li>
		<li>효 모 식민지 양식까지 30 ° C에서 번호판을 품 어. 성장 결함 없이 긴장에 대 한 2-3 일 일반적으로 COM에 대 한 충분 한 이며 접시와 5 FOA 번호판에 대 한 3-5 일 수 있습니다. 다른 긴장 사이 변이 속도 비교를 식민지를 성장의 같은 날 선택 최상 이다. 콜드 룸 (~ 4 ° C)에 포함 될 준비가 접시를 저장.</li>
	</ol>
</li>
	<li>자연 돌연변이 율의 계산<ol>
<li>각 접시에 보이는 식민지 고 식민지 숫자의 메모</li>
		<li>드레이 크의 수식을 사용 하 여 돌연변이 율 계산: μ = f ÷ ln (μNt). f 마지막 문화에 있는 셀의 수로 나눈 돌연변이의 수로 계산 하는 돌연변이 주파수 이다. Nt는 최종 문화에는 셀의 수 이며 μ 돌연변이 비율. 이 방정식은 뉴 톤 Raphson 메서드와 같은 반복 방법으로 해결할 수 있습니다. 레 아와 Coulson 테스트 돌연변이 속도15계산 하을 포함 하 여 다른 견적 방법 있다.</li>
		<li>개별 격리의 utation 비율의 신뢰 구간 가정 로그 정규 분포를 계산 합니다. 95% 신뢰 구간 가장 자주 사용 됩니다.</li>
	</ol>
</li>
	<li>돌연변이 스펙트럼의 분석<ol>
<li>각 5 FOA에서 단일 식민지 나 판 수 YPDA 접시에 새로 고칩니다.</li>
		<li>식민지 다음 프라이 머를 사용 하 여 돌연변이 탐지 하기 위해 URA3 또는 CAN1 유전자와 순서를 증폭 하는 PCR을 수행: URA3 F (5'-CGCATATGTGGTGTTGAAGAA-3')와 URA3-R (5'-TGTGAGTTTAGTATACATGCA-3') 두 PCR 증폭에 대 한 고 800 bp URA3 유전자;의 시퀀싱 CAN1 F (5'-CTTCTACTCCGTCTGCTTTC-3')와 CAN1 R (5'-CAGAGTTCTTCAGACTTC-3') 증폭 및 CAN1 아칸소 (5'-TGAAATGTGAAGGCAGCGTT-3'), CAN1 9R (5'-CCTGCAACACCAGTGATA-3'), CAN1 10R (5'-GAGGATGTAACAGGGATGAAT-3')와 CAN1 BR ( 5'-CGGTGTATGACTTATGAGGG-3') 1800 bp CAN1 취재 원 유전자의 시퀀싱에 대 한.</li>
		<li>식민지 PCR을 수행 하려면 resuspend H2O의 5 μ에서 단일 식민지 하 고 템플릿으로 1 μ를 사용 합니다. 뇌관 (5 μ M 주식), 5 x KAPA2G 버퍼 (Mg2 + 플러스)의 2 μ의 각각의 1 μ, dNTP (2.5 m m)의 0.5 μ, 0.5 μ의 KAPA2G 빠른 DNA 중 합 효소, 12 μ H2o.의 추가</li>
		<li>URA3 유전자의 증폭에 대 한 다음 PCR 프로그램 실행: 95 ° C 5 분; 10 95 ° C의 5 주기 s, 61 ° C 15에 대 한 s, 72 ° C 30에 대 한 s; 10 95 ° C의 35 주기 s, 61 ° C 15에 대 한 s, 72 ° C 30에 대 한 s; 72 ° C 2 분 및 4 ° c.에서 개최 CAN1 유전자의 증폭에 대 한 다음 PCR 프로그램 실행: 95 ° C 5 분; 10 95 ° C의 5 주기 s, 61 ° C 15에 대 한 s, 45 72 ° C s; 10 95 ° C의 35 주기 s, 61 ° C 15에 대 한 s, 45 72 ° C s; 72 ° C 2 분 및 4 ° c.에서 개최</li>
		<li>시퀀싱 결과 돌연변이 식별 하기 위해 DNASTAR Seqman 프로 또는 Sequencher 같은 프로그램을 사용 하 여 참조 시퀀스를 정렬 합니다.</li>
		<li>(그림 4) 돌연변이 유형 또는 돌연변이 위치 (그림 5) 변이 데이터를 컴파일하십시오. (관찰 하는 이벤트 수는 시퀀싱 하는 돌연변이의 수로 나눈) 돌연변이의 주파수에 의해 특정 돌연변이 속도 전체 돌연변이 율을 곱한 계산 합니다.</li>
	</ol>
</li>
</ol>

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</ol>

저자는 공개 없다.

여기, 우리는 ribonucleotides 동안에 DNA 복제 및 배달된 ribonucleotides의 변이 원 성 영향 통합 반 정량적 분석에 자주 사용 되는 실험의 두 집합에 대 한 프로토콜을 설명 합니다. 비록 이러한 접근 모델 진핵생물 S. cerevisiae를 포함, 이러한 기술은 다른 미생물과 더 높은 진핵생물에 쉽게 적응 될 수 있다.
남부 럽과 함께 agarose 알칼리 성 전기 이동 법을 사용 하 여 DNA에 배달된 ribonucleotides에 대 한 현재 ribonucleotides의 수는 그들이 통합 되어 물가 관한 중요 한 정보를 제공 합니다. 그러나, 그것은 중요 그 알칼리 감도 다른 DNA 병 변, abasic 사이트에 의해 발생할 수 있습니다. DNA에 ribonucleotides를 감지의 다른 수단은 순화 RNase h 2 효소 처리에 의해 포유류 세포21에 완료 되었습니다. 우리의 접근 방...

진 핵 DNA 복제 하는 동안 ribonucleotides 모든 3 개의 주요 DNA replicases와 DNA polymerases (Pols) α, ε, δ1,2게놈에 통합 됩니다. RNase h 2 종속 ribonucleotide 절단 복구 (RER3)이 포함 된 ribonucleotides의 대부분을 제거합니다.
2' 수 산 기 그룹 설탕 moiety의 인접 한 phosphodiester 본드, 2'-3' 순환 인산 및 5'-오4다른 한쪽 끝을 풀어 공격 수로 DNA에 ribonucleotide 가수분해을 받기 쉽습니다. 알칼리 조건 크게이 반응을 가속화할 수 있습니다. 따라서, 기본 솔루션에서 부 화 하는 동안 포함 된 ribonucleotides의 가수분해 agarose 알칼리 성 전기 이동 법5에 의해 구상 될 수 있다 게놈 DNA의 분열을 발생 합니다. 이 DNA는 막 전송 및 남쪽 오 점 분석 알칼리에 민감한 사이트 ribonucleotides에 초기 선도-또는 지체-가닥 DNA, 통합으로 인 한 식별 수 있도록 물가 관련 프로브를 사용 하 여 탐색할 수 있습니다. 각각.
효 모 세포 RNase h 2 활동 부족, ribonucleotides의 제거 topoisomerase 나 (Top1) 임베디드 ribonucleotide6,7에서 DNA 흠 때 시작할 수 있습니다. 그러나, Top1 3'의는 ribonucleotide 앞, 이것 생성 5'-아와 2'-3' 주기적인 인산 염 DNA religation 내 화물을 합니다. 수리, 또는이 '더러운 끝'의 탈 선 처리 실패는 게놈 불안정성으로 이어질 수 있습니다. 또한, 절 개 반복 DNA 시퀀스 내에서 발생 하는 경우 복구 프로세스 삭제 돌연변이 발생할 수 있습니다. 이것은 특히 문제가 있는 탠덤 반복, 어디 삭제를 짧은 (의 2 개의 그리고 5 개의 기본적인 쌍 사이) RNase h 2-불충분 한 세포에서 일반적으로 관찰 된다. 효 모 활동 ribonucleotide 설립 초기 선도 가닥 종합 동안에 대 한 무차별 DNA 중 합 효소 ε 돌연변이 (pol2 M644G)에서 악화는 RNase h 2의 부재에 Top1 종속 해로운 효과.
DNA에는 ribonucleotides의 처리 자연 스러운 돌연변이에 지도 하 고이 mutagenesis 적절 한 리포터 유전자를 사용 하 고 동반 phenotypic 변화에 대 한 선택 하 여 검출 될 수 있다. 변동 테스트 또는 Luria 그리고 델 브 룩 실험 자발적인 돌연변이 속도 선택 가능한 기자 유전자8,9를 사용 하 여 측정을 가장 일반적으로 사용 되는 방법 중 하나입니다. 효 모, URA3 및 CAN1 유전자 유전자 기능의 손실 모든 돌연변이 유형의 탐지에 대 한 수 있는 앞으로 돌연변이 분석 결과에 기자로 사용할 수 있습니다. 자발적인 돌연변이 속도 여러 병렬 문화 대상 취재 원 유전자에 돌연변이 없이 단일 식민지에서 시작에 대 한 관찰의 중간값으로 추정 된다. RNase h 2 불충분 한 변형 rnh201Δ는 적당히 높은 전반적인 자발적인 돌연변이 속도에 2-5 bp 삭제의 높은 부각으로 인해 크게와 같은 효 모 시퀀스를 반복 합니다. 따라서, 완전히 게놈에 있는 ribonucleotides의 변이 원 성 영향 특성, 특정 돌연변이 속도 결정 될 필요가 있다. 이 경우에, URA3 또는 CAN1 리포터 유전자 증폭 될 수 있으며 시퀀스 유형, 돌연변이의 위치를 결정 하 고 특정 돌연변이 속도 계산할 수 있다. 여러 명의 독립적인 URA3 또는 CAN1 돌연변이에서 확인 된 돌연변이 컴파일 다음 돌연변이 스펙트럼을 생성 하기 위해 사용할 수 있습니다.

<table><tbody><tr><td>YPD 배지</td><td></td><td></td><td>덱스트로오스 20g, 펩톤 20g, 효모 추출물 10g, 탈이온화된 H2O에서 최대 1L, 고체 매체용 Bacto 한천 20g, 오토클레이브를 추가합니다.</td></tr><tr><td>COM 플레이트</td><td></td><td></td><td>1.3g SC 드롭아웃 믹스, 아미노산 또는 (NH4)2SO4가 없는 효모 질소 염기 1.7g, (NH4)2SO4 5g, 포도당 20g, Bacto 한천 탈이온화 H2O 최대 1L. pH를 5.8로 조정합니다. 오토클레이브와 30 &ndash; 접시 당 35ml.</td></tr><tr><td>CAN 플레이트</td><td></td><td></td><td>1.3g SC-Ura 드롭 아웃 분말, 아미노산 또는 (NH4) 2SO4가없는 효모 질소 기반 1.7g, 5g (NH4) 2SO4, 포도당 20g, 20g Bacto 한천, 25mg 우라실 및 H2O 최대 1L. 121 °C에서 15 분 동안 오토 클레이브; C를 만들고 56°C로 냉각합니다. 필터 멸균된 1% 카나바닌 설페이트 용액 6mL를 추가합니다.</td></tr><tr><td>5-FOA 플레이트</td><td></td><td></td><td>1.3g SC-Ura 드롭아웃 분말, 아미노산 또는 (NH4)2SO4가 없는 효모 질소 기반 1.7g, (NH4)2SO4 5g, 포도당 20g, 백토 한천 20g, 우라실 25mg 및 H2O 최대 800mL. 121 &deg에서 15분 동안 오토클레이브; C를 만들고 60°C로 냉각합니다. 필터 멸균된 0.5% 5-FOA 용액 200mL를 추가합니다.</td></tr><tr><td>L-Canavanine 황산염</td><td>US 생물학</td><td>C1050</td><td></td></tr><tr><td>5-FOA</td><td>미국 생물학</td><td>F5050</td><td></td></tr><tr><td>20 mL 유리 배양 관</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>30 &deg에 있는 어떤 상표 문화 회전 장치든지; C 인큐베이터</td><td></td><td></td><td>셰이커 인큐베이터는 대신 사용할 수 있습니다</td></tr><tr><td>96 웰 라운드 바닥 플레이트</td><td></td><td></td><td>멸균, 모든 브랜드</td></tr>의 <tr><td>3mm 유리 구슬</td><td>Fisher Scientific</td><td>11-312A</td><td>사용 전 오토클레이브</td></tr><tr><td>12채널 피펫</td><td></td><td></td><td>모든 브랜드</td></tr><tr><td>Ex Taq DNA 중합효소</td><td>TaKaRa</td><td>RR001</td><td></td></tr><tr><td>진원지 MasterPure 효모 DNA 정제 키트</td>, <td>진원지</td><td>MPY80200</td><td></td></tr><tr><td>3 M 아세트산 나트륨</td>, <td>Sigma-Aldrich</td><td>S7899</td><td></td></tr>, <tr><td>100% 에탄올</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>, Qubit 2.0, 형광측정기</td><td>Invitrogen</td><td>Q32866</td>, <td>최신 모델 사용 가능</td></tr><tr><td>, dsDNA BR 어세이 키트</td><td>, Invitrogen</td><td>Q32850</td><td></td></tr><tr><td>KOH</td>, <td>Sigma-Aldrich</td><td>221473</td><td></td></tr><tr><td>EDTA</td><td>시그마-알드리치</td><td>E7889</td><td></td></tr><tr><td>Ficoll 400</td><td>도트 사이언티픽 Inc.</td><td></td><td></td>DSF10400</tr><tr><td>브로모크레졸 그린</td><td>Eastman</td><td>6356</td><td></td></tr><tr><td>자일렌 시아놀 FF</td><td>International Technologies Inc.</td><td>72120</td><td></td></tr><tr><td>NaOH</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S8045</td><td></td></tr><tr><td>1 M Tris-HCl (pH 8.0)</td><td>Teknova</td><td>T5080</td><td></td></tr><tr><td>SYBR 금 핵산 겔 염색</td><td>Invitrogen</td><td>S11494</td><td></td></tr><tr><td>UV transilluminator</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Amersham 나일론 멤브레인 Hybond-N +</td> <td>GE Healthcare</td><td>RPN303B</td><td></td></tr><tr><td>3 MM CHR Chromotography 종이</td><td>Whatman</td><td>3030-392</td><td></td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Caledon</td><td>7560-1</td><td></td></tr><tr><td>Stratalinker 1800</td><td>Stratagene</td><td></td><td></td></tr><tr><td>QIAquick PCR 정제 키트</td><td>Qiagen</td><td>28106</td><td></td></tr><tr><td>G-25 스핀 컬럼</td><td>GE Healthcare</td><td>27-5325-01</td><td></td></tr><tr><td>1 M 인산나트륨 완충액 (pH 7.2)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>NaH2PO4 (S9638); Na2HPO4 (S9390)</td><td></td></tr><tr><td>SDS</td><td>시그마-알드리치</td><td>L4522</td><td></td></tr><tr><td>BSA</td><td>시그마-알드리치</td><td>A3059</td><td></td></tr><tr><td>포름아미드</td><td>시그마-알드리치</td><td>47671</td><td></td></tr><tr><td>가이거 계수기</td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

ribonucleotides 효 모 게놈에 ribonucleotide 유도 된 mutagenesis 측정의 공부 ribonucleotide 법인: 물가 관련 검색

Studying Ribonucleotide Incorporation: Strand-specific Detection of Ribonucleotides in the Yeast Genome and Measuring Ribonucleotide-induced Mutagenesis

핵 DNA에 ribonucleotides의 존재 genomic 불안정성의 원천 수를 보였다. Ribonucleotide 법인의 알칼리 가수분해에 의해 평가 될 수 있다 젤 전기 이동 법으로 RNA는 알칼리 조건에서 가수분해에 매우 취약 하며 이, 남쪽 오 점 분석에와 함께 사용할 수 있습니다 위치를 결정 하는 ribonucleotides 통합 되었습니다으로 물가 하. 그러나,이 절차만 반 정량적 이며 비록 감도 향상 가닥 특정 남쪽 오 점 프로 빙 충분히 ribonucleotide 콘텐츠에 작은 변화를 감지 하는 민감한 되지 않을 수 있습니다. 하나는 DNA에 ribonucleotides의 가장 눈에 띄는 생물 학적 결과의 측정으로 자발적인 mutagenesis 앞으로 돌연변이 분석 결과 사용 하 여 분석 수 있습니다. 적절 한 리포터 유전자를 사용 하 여 선택 되 고 전체 기능의 손실 귀착되는 희소 한 일 수 있다 그리고 취재 원 유전자의 DNA 시퀀싱 변동 실험에서 데이터를 결합 하 여 특정 돌연변이 속도 측정할 수 있다. 변동 분석 결과 특정 유전 배경이 나 성장 조건에서 변이 원 성 프로세스의 다양 한 검사에 적용 됩니다.

치료 알칼리 알칼리 젤 전기 이동 법 뒤 genomic DNA의 안정적으로 통합된 ribonucleotides의 풍부 때문에 DNA 파편의 반 정량적 검출 할 수 있습니다. 그림 2 는 효 모의 게놈 DNA 치료 또는 코5없이 젤 이미지를 보여준다. Pol2, Polε의 촉매 소 단위의 M644L 변종 M644G 돌연변이 WT 중 합 효소 보다 더 ribonucleotides를 통합 하는 동안 ribonucleotides를 통합 하는 능력을 감소 했다. 에 설명된대로 프로토콜, 알칼리 젤 더 스트랜드 특정 남쪽 오 점 분석에 의해 조사 될 수 있습니다. 인접 한 기원 상대적인 시험된 게놈 사이트의 위치에의 지식, 우리 ribonucleotides는 초기에 통합을 프로브 수 있습니다 선택적으로 선행 또는 후행 가닥. 그림 3...

Ribonucleotides는 가장 풍부한 비정규 뉴클레오티드 핵 핵 DNA 복제 중 게놈으로 통합 중 이다. 제대로 제거, DNA 손상과 mutagenesis ribonucleotides 발생할 수 있습니다. 여기, 우리가 DNA와 그 변이 원 성 영향으로 ribonucleotide 설립의 풍부를 평가 하는 데 사용 되는 두 가지 실험 방법을 제시.

Ribonucleotides 효 모 게놈에 Ribonucleotide 유도 된 Mutagenesis 측정의 공부 Ribonucleotide 법인: 물가 관련 검색

The presence of ribonucleotides in nuclear DNA has been shown to be a source of genomic instability. The extent of ribonucleotide incorporation can be ...

이 방법은 게놈의 초기 가닥 DNA, 선행 가닥 DNA, 지연 가닥 DNA에 얼마나 많은 리보뉴클레오티드가 통합되어 있는지와 같은 질문에 답하는 데 도움이 될 수 있습니다. 이 방법은 효모 게놈의 리보뉴클레아오티드 밀도에 관한 정량적 및 정성적 정보를 제공할 수 있지만 포유류 게놈과 같은 다른 시스템에도 적용할 수 있습니다. 알칼리성 겔 전기영동은 전체 게놈 및 가닥 특이적 남부 블로팅에서 리보뉴클레오티드 통합에 대한 반 정량적 보기를 제공하여 특정 게놈 자리에서 더 큰 감도와 정량화를 가능하게 합니다.이 절차를 시작하려면 새로 준비된 효모 게놈 DNA의 각 샘플에 6마이크로리터의 1몰 수산화칼륨을 추가하고 섭씨 55도에서 2시간 동안 배양합니다. 2시간 후, 얼음 위에서 5분 동안 샘플을 배양합니다. 그런 다음 각 샘플에 4마이크로리터의 6-6 알칼리 DNA 로딩 버퍼를 추가합니다.1%의 아가로스, 50밀리몰의 수산화나트륨 및 1밀리몰의 EDTA pH 8로 구성된 알칼리성 겔을 레인당 24마이크로리터의 DNA 샘플을 로드할 수 있는 빗으로 캐스팅합니다. 샘플 튜브를 간단히 스핀다운합니다. 각 샘플의 전체 24마이크로리터를 알칼리성 아가로스 겔에 로드합니다.적절한 DNA 크기 마커를 포함합니다. 30 볼트에서 30 분 동안 전기 영동. 그런 다음 전압을 10볼트로 낮추고 18-20시간 동안 전기영동합니다.다음 날에는 젤을 중화하십시오. 겔을 중화 완충액 1에 담그고 실온에서 45분 동안 부드럽게 저어주면서 배양합니다. 중화 완충액 혼합물을 새 완충액으로 교체합니다.그리고 45분 더 배양합니다. DNA를 염색하려면 중화된 젤을 1-10000 희석된 sybr gold stain을 함유한 물 200ml에 실온에서 2시간 동안 부드럽게 흔들어 담가둡니다. UV transilluminator를 사용하여 DNA를 시각화합니다.알칼리성 젤에서 DNA는 모세관 활동에 의해 양전하를 띤 나일론 막으로 옮겨질 것입니다. 먼저 알칼리성 젤을 알칼리성 전달 버퍼에 15분 동안 실온에 담급니다. 다음으로, 나일론 멤브레인을 물에 짧게 적시고 알칼리성 전달 버퍼에 5분 동안 담가둡니다.아가로스 젤 크기보다 약간 큰 유리 베이킹 접시에 100밀리리터 유리 비커 3개를 뒤집어 전송 플랫폼을 설정합니다. 유리 비커 위에 유리판을 놓습니다. 유리판 위에 3개의 MMCHR 크로마토그래피 용지 두 개를 크게 드레이프합니다.크로마토그래피 종이 위에 알칼리성 전사 버퍼를 붓고 유리 접시를 반쯤 채웁니다. 5ml 유리 피펫을 사용하여 거품을 부드럽게 펴냅니다. 그 위에 아가로스 젤을 놓습니다.다시 거품을 매끄럽게 만듭니다. 젤의 모든 가장자리를 파라필름으로 둘러쌉니다. 젤에 소량의 알칼리성 전달 버퍼를 붓습니다.미리 담근 나일론 멤브레인을 젤 위에 놓고 거품을 매끄럽게 만듭니다. 아가로스 겔 크기로 자른 크로마토그래피 종이 두 장을 넣습니다. 멤브레인 위에 놓고 거품을 매끄럽게 펴십시오.전사 샌드위치 위에 종이 타월을 많이 쌓고 종이 타월 위에 유리판을 조심스럽게 놓습니다. 상단에 무게가 있는 물체를 추가하고 밤새 실온에서 전송을 진행하십시오. 다음 날에는 전송 스택을 조심스럽게 분리하십시오.멤브레인을 실온의 중화 완충액 2에 15분 동안 담급니다. UV 크로스 링커를 사용하여 DNA를 하전된 나일론 멤브레인에 가교 결합시킵니다. 자동 크로스 링크 설정을 사용합니다.혼성화 절차를 시작하기 전에 텍스트 프로토콜에 설명된 대로 방사성 표지된 프로브를 준비합니다. 젖은 멤브레인을 혼성화 튜브에 넣고 갓 준비한 혼성화 완충액 25ml를 추가합니다. 섭씨 65도의 혼성화 오븐에서 1-2시간 동안 교대로 배양합니다.용액을 조심스럽게 붓고 25ml의 혼성화 버퍼와 프로브를 추가합니다. 섭씨 65도에서 16-18시간 동안 교대로 배양합니다. 다음으로 용액을 방사성 폐기물 용기에 붓습니다.인산염 STS 세척 용액 1을 혼성화 튜브에 넣고 실온에서 5분 동안 회전합니다. 이러한 방식으로 인산염 STS 세척 용액 1회를 사용하여 각각 5분씩 5회 세척합니다. 인산염 STS 세척액 1회로 5회 세척 후 인산염 STS 세척액 2회, 15분씩 65°C에서 교대로 멤브레인을 2회 세척합니다.핀셋을 사용하여 혼성화 튜브에서 멤브레인을 제거하고 멤브레인을 열린 플라스틱 슬리브 프로텍터에 넣습니다. 덮고 이미징 플레이트에 노출시킵니다. 필요한 경우 다른 프로브로 블롯을 벗겨내고 다시 프로브합니다.스트립하려면 멤브레인을 25ml의 50% 포름아미드 2XSSPE 용액으로 덮고 섭씨 65도에서 2시간 동안 배양합니다. 용액을 방사성 폐기물 용기에 붓습니다. 혼성튜브에 인산염 STS 세척액 2호를 넣고 섭씨 65도에서 15분 동안 회전합니다.앞서 설명한 바와 같이 prehybridization 및 hybridization을 수행하기 전에 신호가 없는지 확인하기 위해 geiger counter로 멤브레인을 확인하십시오. 이 겔 이미지에는 수산화칼륨 유무에 관계없이 처리된 효모 게놈 DNA가 있으며, RNH2가 결핍된 세포가 게놈에 더 많은 리보뉴클레오티드를 보유하고 있음을 보여줍니다. 중합효소 2의 M644L 변이체는 리보뉴클레오티드를 통합하는 능력을 감소시키는 반면, M644G 돌연변이는 야생형 중합효소보다 더 많은 리보뉴클레오티드를 통합합니다.알칼리성 아가로스 겔은 가닥 특이적 서던 블롯 분석으로 추가로 프로브할 수 있습니다. 이 예에서 프로브는 두 개의 반대 방향으로 ARS306 가까이에 삽입된 URA3 리포터 유전자 내의 초기 선행 DNA 가닥에 어닐링됩니다. 초기 선행 가닥 특이적 프로브를 사용한 서던 블로팅의 대표적인 결과는 리보뉴클레오티드 및 야생형 균주 및 리보뉴클레오티드 통합에 난잡한 중합효소 알파, 델타 및 엡실론의 변이체를 발현하는 균주에서 리보뉴클레오티드 및 초기 선행 가닥 DNA의 알칼리 절단으로 인한 DNA 단편화 패턴을 보여줍니다.이 그래프는 남쪽 블롯에서 각 차선의 합계의 분수로 방사성 신호의 정량화를 보여줍니다. 절차를 시도하는 동안 항상 잠금 얼굴 세포에서 새로 분리된 DNA를 사용해야 한다는 것을 기억하는 것이 중요합니다. 개발 후, 이 기술은 DNA 복구 분야의 연구자들이 복제 DNA 중합효소에 의해 리보뉴클레오티드가 통합된 밀도와 가닥을 정량화할 수 있는 길을 열었습니다.이 절차에 따라 게놈 내 리보뉴클레오티드의 위치와 같은 추가 질문에 답하기 위해 가수화 말단 염기서열분석 또는 HydEn-seq와 같은 다른 방법을 수행할 수 있습니다. 방사성 물질로 작업하는 것은 매우 위험할 수 있으며 이 절차를 수행하는 동안 작업대와 장비의 오염을 방지하기 위해 항상 예방 조치를 취해야 한다는 것을 잊지 마십시오.

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Research

연구

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Biology

생물학

효모의 유전자 연구는 세포의 DNA 대사에 인간 유전자의 분자 및 세포 기능을 조사하기 위해 고용 수 있습니다. 방법은 인간의 유전 특성에 대해...

인간의 DNA 수리 단백질의 유전자 연구는 모델 시스템으로 효모를 사용하여

특정의 mRNA의 정상 수준은 mRNA의 합성과 부패의 속도에 의해 결정된다. 전체 게놈 mRNA의 분해율 또는 특정의 mRNA 붕괴 속도는 mRNA의 반감기를 측정함으로써 측정 할 수있다. 이 프로토콜은 사카로 미세스 세 레비 시아에서 mRNA의 붕괴 속도의 측정에 초점을 맞추고있다.

mRNA의 붕괴 요금의 측정에<em&gt; 사카로 미세스 세 레비 시아</em사용&gt;<em&gt; rpb1-1</em&gt; 균주

여기에서는 발아 효모에서 화학적-유전적 상호 작용을 정의하기 위한 비용 효율적인 방법을 제시합니다. 이 접근 방식은 효모 분자 생물학의 기본 기술을 기반으로 하며 중소 규모의 화학 물질 및 기타 매체 환경에 대한 기계론적 조사에 매우 적합합니다.

화학 유전자 상호 작용의 신속한 식별<em&gt; 사카로 미세스 세 레비 시아</em

Saccharomyces cerevisiae의 내인성 위치에서 히스톤 유전자의 돌연변이를 생성하는 전략이 제시됩니다.

대상<em&gt; 현장에서</em신진 효모에서&gt; 돌연변이 유발 히스톤의 유전자

여기 우리는 동시에 quantitate 의무가 메서드와 알칼리 가수분해와 후속 5´-엔드 genomic DNA의 효소 분열을 결합 하 여 단일 뉴클레오티드 해상도 높은 그대로 DNA에 게놈 넓은 지도 ribonucleotides 설명 시퀀싱.

동시 매핑 및 인간 미토 콘 드리 아 DNA에 Ribonucleotides의 정량

변환 규칙 단백질 풍부의 제어에서 중요 한 역할을 한다. 여기, 우리는 높은 처리량 방법 신진 효 모 Saccharomyces cerevisiae에 번역의 정량 분석에 대 한 설명.

리보솜을 프로 파일링 하 여 신진 효 모에 번역의 게놈 넓은 정량화

여기에 설명 된 프로토콜 4-thiouracil으로 표시 하는 효 모 세포에서 정화 하는 새로 합성된 mRNA의 게놈 넓은 정량화를 기반으로 합니다. 이 방법은 mRNA 합성 mRNA 감퇴에서 연결을 측정할 수 있게 그리고, 따라서, RNA 중 합 효소 II 전사의 정확한 측정을 제공 합니다.

Saccharomyces cerevisiae 4-thiouracil와의 정량화로 대사 새로 합성 mRNA로 RNA 중 합 효소 II 활동에 대 한 프록시

여기에 제시된 효모 Saccharomyces 세레비시아에 종족을 건설하고 악용하는 네 가지 프로토콜은 인간 P53 의 일시 활성화 잠재력, 다양한 암 관련 돌연변이의 영향, 공동 발현 된 상호 작용 단백질, 및 특정 작은 분자의 효과.

인간 P53을 연구하기 위한 기능성 어세이 개발을 위한 섀시로 효모

여기에서 우리는 RNA의 DNAzyme 의존적인 절단을 위한 프로토콜을 제시합니다. 이를 통해 RNA 2'-O-메틸화의 신속하고 현장 의존적인 분석을 가능하게 합니다. 이러한 접근법은 스노RNA 활성의 예비 또는 주요 평가를 위해 사용될 수 있다.

RRNA 2'-O-메틸화의 DNAzyme 의존분석

이 프로토콜은 작은 DNA와 RNA 기판에 폴리 뉴클레오티드 키나아제 (PNKs)의 키나아제 활성을 측정하는 비 방사성 분석기를 설명합니다.

작은 뉴클레오티드 기판의 폴리뉴클레오티드 인산화를 측정하는 비방사성 분석

우리는 생체 내에 통합되고 현미경 및 유세포 분석에 의한 Click 화학을 사용하여 검출되는 티미딘 유사체인 EdU를 사용하여 S. cerevisiae에서 S상 지속 시간을 정확하게 결정하기 위한 두 가지 보완 프로토콜을 설명합니다. 이를 통해 DNA 복제 기간을 쉽게 특성화하고 돌연변이의 복제 결함을 간과할 수 있습니다.

사카로마이세스 세레비시아에 5-에티닐-2'-데옥시우리딘 혼입을 사용한 S상 지속 시간 측정

학습하세요 리보뉴클레오타이드가 효모 DNA에 삽입되는 정도를 알칼리 겔 전기영동과 스트랜드 특이적 서던 블로팅으로 정량 분석하는 방법을. 이 기법은 게놈 안정성과 돌연변이 연구에 활용됩니다.

Ribonucleotides 효 모 게놈에 Ribonucleotide 유도 된 Mutagenesis 측정의 공부 Ribonucleotide 법인: 물가 관련 검색

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