Name: T1-가중치 MRI 이미지에서 외피 회색 물질의 자동된 분할 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-01-07T14:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 48 s
Description: 학습하세요 T1-가중 MRI에서 외피 회색 물질 자동 분할 방법을. SPM 소프트웨어와 시각적 품질 관리를 활용하여 회색 물질 부피를 정량화하고, 비임상 및 임상 집단 간 피질 부피 차이를 비침습적으로 연구할 수 있습니다.

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우리 CHDI/높은 Q 기초 트랙 HD 연구;에 대 한 책임에서 모든 사람을 감사 하 고 싶다 특히, 베스 Borowsky, 알 란 토 빈, 다니엘 반 Kammen, 단 서명자 및 셰 리 무기 징역 수 있습니다. 저자는 또한 트랙 HD 연구 참여자와 그들의 가족에 게 그들의 감사를 연장 하고자. 이 작품은 UCLH/UCL, 건강 연구 생물 의학 연구 센터 자금 계획에 대 한 보건의 국립 연구소에서 자금의 비율을 받은에 착수 했다. S.J.T. 치 매 및 신경 연구 네트워크, DeNDRoN 통해 건강 연구를 위한 국립 연구소의 지원을 인정합니다.
트랙-HD 조사: C. 캠벨, M. 캠벨, I. Labuschagne, C. Milchman, J. 스타우트, 모나 쉬 대학, 멜버른, VIC, 호주; A. 콜맨, R. 스 산토스, J. Decolongon, B. R. Leavitt, A. Sturrock, 브리티시 컬럼비아 대학교, 밴쿠버, bc 주, 캐나다; A. 이다, C. Jauffret, D. 마침, S. Lehericy, C. Marelli, K. Nigaud, R. Valabrègue, ICM 연구소, 파리, 프랑스; 명. 벡 텔, S. Bohlen, R. Reilmann, 뮌스터 대학, 뮌스터, 독일; B. Landwehrmeyer, 울 름 대학, Ulm, 독일; 제이 S. J. A. 반 덴 Bogaard, E. M. 뒤 마, 반 데르 Grond, EP ' t 수 사슴, R. A. 로스, 라이덴 대학 메디컬 센터, 라이덴, 네덜란드; 명. Arran, J. 캘 러 한, D. Craufurd, C. Stopford, 맨체스터 대학, 맨체스터, 영국; D. M. 현금, IXICO, 런던, 영국; H. 크로포드, N. C. 폭스, S. 그레고리, G. 오 웬, N. Z. 홉스, 명 Lahiri, I. 말론, 제이 읽기, 엠 제이 말, 디 화이트 헤드, E. 와일드, 런던 대학, 런던, 영국; C. 프 로스트, R. 존스, 런던 학교 위생 및 열 대 의학, 런던, 영국; E. Axelson, H. J. 존슨, D. Langbehn, 아이오와의 대학, 아이오와, 미국; 그리고 S. Queller, C. 캠벨, 인디애나 대학, 미국에서.

참고: 모든 이미지 NifTI 형식에서 인지 확인 합니다. NifTI 변환 여기 적용 되지 않습니다.
1. 세분화 통해 SPM 8: 세그먼트를 통합
참고:이 절차는 Matlab에서 운영 하는 SPM8 GUI를 통해 수행 됩니다. SPM8 가이드 제공 세부 정보를 추가 하 고에서 찾을 수 있습니다: http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/doc/spm8_manual.pdf.
<ol><li>SPM8 설치 소프트웨어 경로에 설정 되었는지 확인 합니다.</li>
	<li>SPM 세분화는 GUI를 사용 하 여 수행 됩니다. SPM를 열려면 명령 창을 열고 'spm' 명령줄에 입력 합니다.</li>
	<li>'애완 동물 & VBM' 눌러를 구조 MRI 도구 상자를 엽니다.</li>
	<li>'배치' 일괄 편집기를 열려면 누릅니다. 세분화를 한 번에 여러 스캔에 수행 될 수 있습니다.</li>
	<li>선택 ' SPM | 공간 | 세그먼트 '.</li>
	<li>클릭 ' 데이터 | 파일을 선택 합니다. 입력으로 T1 가중치 검색을 선택 합니다. 참고: 파일 '.nii' 되 고 확장명이 NifTi 파일을 해야 합니다.</li>
	<li>클릭 ' 출력 파일 | 회색 문제 '와 ' 기본 공간 '을 선택, 화이트 문제에 대 한 동일한 작업을 수행. CSF 세분화 필요 하지 않은 경우 '없음'으로이 둡니다.</li>
	<li>만약 스캔 이미 바이어스 수정, '수정 저장 하지' ' 바이어스 수정 ' 옵션을 변경 합니다. '어떤 분할 정리' 옵션에 대 한 세 가지 다른 옵션을 테스트 하 고 시각적 품질 관리 (QC, 8 절)는 가장 적합 한 데이터에 대 한 결정을 사용 하 여.</li>
	<li>기본값 대로 다른 설정을 둡니다. 다음, 세분화를 실행 하는 녹색 깃발을 클릭 하십시오. 참고:이 참가자, 약 5 분 소요 하 고 커맨드 라인, ' 실행 세그먼트 ' 말할 것 이다. 완료 되 면 명령 창 '완료' 표시 됩니다.</li>
	<li>8 절에에서 설명 된 대로 GM (C1*.nii 파일)에 시각적 품질 관리를 수행 합니다.</li>
</ol>2. SPM 8 통해 세분화: 새로운 세그먼트
참고:이 절차는 SPM8 GUI를 통해 수행 됩니다. SPM8 가이드 제공 세부 정보를 추가 하 고에서 찾을 수 있습니다: http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/doc/spm8_manual.pdf. SPM8 설치 소프트웨어 경로에 설정 되었는지 확인 합니다. 명령줄에 "spm"를 입력 하 여 일반적으로 수행 하는 SPM 소프트웨어를 엽니다. 분석을 수행 하기 위해 선택할 수 있는 옵션의 범위와 함께 그래픽 사용자 인터페이스 (GUI) 창이 열립니다.
<ol><li>'애완 동물 & VBM'를 누릅니다.</li>
	<li>'배치' 일괄 편집기를 열려면 누릅니다.</li>
	<li>선택 ' SPM | 도구 | 새 세그먼트 ' 일괄 처리 창에서. T1 이미지 파일 (확장명이 '.nii')을 선택 합니다.</li>
	<li>' 기본 공간 '을 '기본 조직 유형'을 설정 합니다. 필요에 따라 해제 다른 조직 (CSF) 같은 클래스-하지 않을 경우 필수-'None'으로 설정 하 여. '뒤틀린된 조직' 'None'으로 설정 합니다. 참고: 다른 모든 옵션은 기본 설정으로 남아 있을 수 있습니다.</li>
	<li>세분화를 실행 하려면 녹색 플래그를 클릭 합니다. 참고: 명령줄 말할 것 이다,' 새로운 세그먼트 실행 '. 일단 MATLAB 커맨드 라인 지 말, ' 할 새로운 세그먼트 ' 실행이 완료 합니다.</li>
	<li>8 절에에서 설명 된 대로 GM (C1*.nii 파일)에 시각적 품질 관리를 수행 합니다.</li>
</ol>3. SPM 12 통해 세분화: 세그먼트
참고:이 절차는 수행을 통해 SPM12 GUI. SPM12 가이드 제공 세부 정보를 추가 하 고에서 찾을 수 있습니다: http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/doc/manual.pdf.
<ol><li>명령 창에 'spm'를 입력 하 여 SPM 소프트웨어를 엽니다. 분석을 수행 하기 위해 선택할 수 있는 옵션의 범위와 함께 그래픽 사용자 인터페이스 (GUI) 창이 열립니다.</li>
	<li>'애완 동물 & VBM'를 누릅니다. '배치' 일괄 편집기를 열려면 누릅니다.</li>
	<li>클릭 ' SPM | 공간 | 세그먼트 '. 클릭에 ' 데이터 | 양 '입니다.</li>
	<li>' 기본 공간 '을 '기본 조직 유형'을 설정 합니다. 필요는 없습니다 (CSF) 등을 'None'으로 설정 하 여 조직 클래스를 끕니다. '뒤틀린된 조직' 'None'으로 설정 합니다. 참고: 다른 모든 옵션은 기본 설정으로 남아 있을 수 있습니다.</li>
	<li>세분화를 실행 하려면 녹색 플래그를 클릭 합니다. 참고: 명령 창에 표시 됩니다: '실행 세그먼트'. 실행 완료 되 면 표시 됩니다: '세그먼트 ' 다.</li>
	<li>8 절에에서 설명 된 대로 GM (C1*.nii 파일)에 시각적 품질 관리를 수행 합니다.</li>
</ol>4입니다. 빠른 FSL 통해 세분화
참고:이 절차는 커맨드 라인에서 수행 됩니다. FSL 가이드 제공 세부 정보를 추가 하 고에서 찾을 수 있습니다: https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki.
<ol><li>내기 뇌 적 출을 실행 합니다. 이 서로 다른 데이터 집합에 대 한 최적화를 할 수 있습니다 하지만 기본 명령: T1_ID.nii bet_T1_ID.nii 내기</li>
	<li>FSL 빠른 세그먼트화를 실행: 빠른 bet_T1_ID.nii 참고:이 출력 부분 볼륨 지도 이진 영역 GM, CSF, 및 WM.에 대 한</li>
	<li>GM 영역에 시각적 품질 관리 수행 (파일 결말 * _pve_1.nii.gz) 8 절에에서 설명 된 대로.</li>
</ol>5입니다. FreeSurfer 통해 세분화
참고:이 절차는 커맨드 라인에서 수행 됩니다. FreeSurfer 가이드 제공 세부 정보를 추가 하 고에서 찾을 수 있습니다: https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/.
<ol><li>디렉터리에 설정 된 데이터를 입력 하 여: SUBJECTS_DIR = / 경로/로/nii/파일 내보내기</li>
	<li>명령을 실행 하 여 세분화를 실행: 정찰기-모든-i T1_ID.nii-subjid T1_ID-autorecon1-cw256 정찰기-모든-subjid T1_ID-autorecon2-autorecon3 참고: 명령 > 10 h 참가자 걸릴. 플래그 필드의 보기와 검색 처리를 위해이 크기가 256 보다 큰 자가 필요 하다-cw256.</li>
	<li>확인 처리 스크립트를 보고 올바르게 완료가 있는에 ' 출력 폴더 | 스크립트 | 정찰기-all.log'. 확인 마지막 줄 '정찰기-모든-s T1_ID 오류 없이 완료' 라고 합니다.</li>
	<li>8 절에에서 설명 된 대로 GM 영역에 시각적 품질 관리를 수행 합니다.</li>
</ol>6입니다. 개미를 통해 세분화
참고:이 절차는 커맨드 라인에서 수행 됩니다. 개미는 더 복잡 한 소프트웨어 보다 다른 도구와 절차 설명 여기 주목 해야 한다 수 수 더 최적화 된 결과 개선 하기 위해 각 코 호트 이다. 개미 설명서에서 찾을 수 있습니다: http://stnava.github.io/ANTsDoc/. 아래 설명 된 대로 조직 클래스로 이미지를 세그먼트 하는 방법은 두 가지 있습니다.
<ol><li>첫 번째 방법을 사용 하려면 기본 설정 및 조직의 priors 포함 하지 않고 명령 'antsAtropos.sh'를 실행 합니다. 참고:이 종종 수행 특히 잘 때만 3 조직 클래스 필요: GM, WM, 다른.<ol>
<li>명령을 입력 하 여 개미 소프트웨어 경로 설정: 수출 ANTSPATH = / 경로/로/개미/빈 /</li>
		<li>명령을 입력 하 여 세분화 파이프라인을 실행: antsAtroposN4.sh-d < image_dimension >-는 < t1.nii.gz >-< 수의 조직 클래스 > c-o < 출력 ><ol>
<li>이 명령에 대 한 선택적 인수는: 뇌 마스크:-x < mask.nii.gz >; 조직 priors:-p < segmentationPriors%d.nii.gz >.</li>
		</ol>
</li>
		<li>이 부분 볼륨 지도 추출 된 두뇌를 포함 하 여 출력 폴더를 만듭니다. 8 절에에서 설명 된 대로 GM 영역에 시각적 품질 관리를 수행 합니다.</li>
	</ol></li>
	<li>더 많은 조직 클래스를 생성 (GM, 바꾸어 GM, WM, CSF, 기타, 등) 또는 신경 병리학을 보여주는 일대에는 세분화를 수행, 특정 조직 priors 사용. 조직 priors 다른 웹 사이트에서 다운로드. 또는 priors 있도록 연구 특정 서식 파일을 사용 하 여-이것은 훨씬 더 복잡 하지만 병 적인 뇌 변화를 가진 동료에 특히 도움이 될 수 있습니다.<ol>
<li>연구 관련 템플릿/priors, 만들려면 먼저 연구 관련 서식 파일: antsMultivariateTemplateConstruction.sh 서식 파일-o-d < image_dimension > < 다른 옵션 >< images.nii.gz ><ol>
<li>이 명령에 대 한 선택적 인수는: -c: 제어 병렬 계산에 대 한. 0;을 사용 하 여 직렬에서 실행 하는 경우 -j: 숫자의 코어; -r: 입력의 강 체 등록 서식 (기본 0) 파일을 만들기 전에 할-0 1 = =에 =. 이 초기 서식 파일을 사용할 수 없을 때만 유용 합니다.</li>
		</ol>
</li>
		<li>개미 웹사이트에서 다운로드 한 brainmask 및 priors. 참고:이 마스크 편집 템플릿 두뇌의 좋은 근사 이다 다는 것을 확인 하 여 수 필요가 있습니다. brainmask 파이프라인;의 가장 중요 한 부분 중 하나입니다. 불 쌍 한 경우 뇌 추출/Atropos 가난 하 게 실행 됩니다. 다운로드 옵션은 다음과 같습니다. https://figshare.com/articles/ANTs_ANTsR_Brain_Templates?915436입니다. 다운로드 한 서식 파일은 다음 연구 서식 파일에 등록 되어야 합니다.</li>
		<li>일련의 연구 관련 서식 공간 변환 다운로드 한 서식 파일에 적용할 수 있는 휘어 지 고 출력 등록을 계산 합니다. 등록을 계산 하려면 명령을 사용 합니다. antsRegistrationSyNQuick.sh-3 d-f template.nii.gz-m downloaded_template.nii.gz-o downloaded_to_template-n 6<ol>
<li>이 명령에서 옵션은: -d: 차원 (즉, 3 차원 스캔 것입니다 '3'); -f: 고정된 이미지 (즉, 이미지 끝날 필요가 있는 공간); -m: 움직이는 이미지 (즉, 이미지를 이동 하는 데 필요한); -소개할 출력 이름 (확장명 필요 없음); -n: 숫자 스레드.</li>
		</ol>
</li>
		<li>등록 데이터에 적용 됩니다. antsApplyTransforms-d 3-downloaded_template.nii.gz-r template.nii.gz-o downloaded_to_template.nii.gz-t downloaded_to_template1Warp.nii.gz-t downloaded_to_template0GenericAffine.mat.<ol>
<li>이 명령에서 옵션은: -d: 차원 (즉, 3 차원 스캔 것입니다 '3'); -i: 입력된 이미지 (즉, 이미지를 이동 하는 데 필요한); -r: 참조 이미지 (즉, 참조 이미지 정의 간격, 근원, 크기 및 출력 뒤틀린된 이미지의 방향); -o 출력 이름, 이것은 연구 관련 서식 공간 (이 경우에 필요한 확장);에서 다운로드 한 서식 파일 -t 변환 파일 이름, 출력 파일 등록 계산에서입니다.</li>
		</ol>
</li>
		<li>시각 연구 특정 서식 파일 및 다운로드 한 서식 파일 (이렇게, 다운로드 한 서식 파일 위에 연구 특정 서식 파일을 열고) 간의 관계에 대 한 등록을 확인 합니다.</li>
		<li>등록 했다면 다운로드 priors에 변환을 적용 하 고 템플릿 두뇌, 반복 단계 6.2.5 추출. 참고: 다음이 단계, 있을 것입니다 연구 관련 서식 파일, 다운로드 한 서식 파일 다운로드 뇌 추출 마스크 함께 연구 관련 서식 파일 정렬 및 조직 priors 또한 연구 특정 템플릿을 사용 하 여 정렬.</li>
		<li>AntsCorticalThickness.sh; 통해 연구 특정 서식 파일을 실행 이 GM, WM, CSF 지역을 연구 관련 priors에 사용할 수 있는 제공 합니다. antsCorticalThickness.sh-d 3-template.nii.gz-e downloaded_to_template.nii.gz-downloaded_binarised_template_extracted_brain_in_studyspace.nii.gz-p downloaded_labelsPriors%d.nii.gz 미주리 CT_template<ol>
<li>이 명령에서 옵션은: -d: 차원 (즉, 3 차원 스캔 것입니다 '3'); -a: 이미지 (이 경우, 연구 관련 서식 파일)에서 분단 될; -e: 뇌 템플릿 (하지 두개골 박탈;이 경우, 연구 특정 서식 파일에 등록 된 다운로드 한 서식 파일에서에서); -m: 다운로드 뇌 추출 마스크 (이 경우, 연구 특정 서식 파일에 등록 된 다운로드 한 템플릿에서 추출 된 뇌); -p: priors c-스타일 서식 (예: -p labelsPriors%02d.nii.gz)를 사용 하 여 지정. 참고:이 명령은 가정 처음 4 priors 다음과 같이 정렬 됩니다: 1: CSF, 2: 대뇌 피 질의 GM, 3: WM, 그리고 4:에 (이 경우 연구 특정 서식 파일에 등록 된 다운로드 한 서식 파일에서 priors) 바꾸어 GM.</li>
		</ol>
</li>
		<li>서식 파일에 대 한 생성 된 priors 발생 합니다이 명령을 실행 하지만 그들은 부드럽게 Atropos 세그먼트에서 사용 하기 전에 필요 합니다. 부드럽게 명령 개미 소프트웨어의 일부입니다. 부드럽게 모든 priors는 명령을 사용 하 여: SmoothImage 3 CT_template_BrainSegmentationPosteriors2.nii.gz CT_template_BrainSegmentationPosteriors_smoothed.nii.gz</li>
		<li>Atropos를 실행 하기 전에 모든 기본 공간 검사에서 뇌 추출을 실행 합니다. 연구 관련 템플릿을 사용할 수 있으며 서식 파일 (6.2.1 단계)에서 antsCorticalThickness.sh를 실행 생성 하는 두뇌를 추출: antsBrainExtraction.sh-d 3-T1.nii.gz-e template.nii.gz-template_BrainExtractionBrain.nii.gz 미주리 T1_brain.nii.gz<ol>
<li>이 명령에서 옵션은: -d: 크기; -a: 해부학 이미지; -e: 뇌 추출 템플릿 (예: 만든 서식 파일, 두개골 스트립 없이); -m: 연구 특정 brainmask 뇌 추출;에 사용 -소개할 출력 접두사.</li>
		</ol>
</li>
		<li>그런 다음 Atropos 실행. antsAtroposN4.sh-3 d-는 T1.nii.gz-x T1_brain.nii.gz-3 c-o Atropos_specific_template<ol>
<li>이 명령에서 옵션은: -d = 차원; -a: 해부학 이미지; -x: 뇌 추출 마스크 뇌 추출;에서 생성 -c: 수 조직 클래스 세그먼트; -소개할 출력 접두사; -p: 연구 관련 세분화 priors < segmentationPriors%d.nii.gz ></li>
		</ol>
</li>
		<li>8 절에에서 설명 된 대로 GM 영역에 시각적 품질 관리를 수행 합니다.</li>
	</ol></li>
</ol>7입니다. MALP-EM을 통해 세분화
<ol><li>MALP-EM를 실행 하려면 터미널 창을 열고, 유형과 MALP EM 설치 디렉터리에 디렉터리를 변경: . / malpem-proot-i T1_scan.nii-o. /-m optional_brain_mask_final.nii.gz-f 3T-t 6 c</li>
	<li>명령이 완료 되 면 조직 클래스와 지역 세그먼트 출력 폴더 인지 확인 합니다.</li>
	<li>8 절에에서 설명 된 대로 GM에 시각적 품질 관리를 수행 합니다.</li>
</ol>8. 시각적 품질 관리
참고: 비주얼 품질 관리 분석에 사용 될 모든 세그먼트 영역에서 수행 되어야 합니다. 품질 관리는 세그먼트는 높은 표준의 CGM의 신뢰할 수 있는 세그먼트를 대표 하면 됩니다. 품질 관리를 수행 하려면 각 검색 열 이며 CGM 스캔에 표시에 생성 된 영역을 비교 하는 원래 T1에 중첩.
<ol><li>
SPM, FSL, 개미, 그리고 MALP EM 세그먼트
	<ol>
<li>FSLeyes를 사용 하 여 시각적 품질 관리를 수행. https://users.fmrib.ox.ac.uk/~paulmc/fsleyes_userdoc/ 참고: FSLview (이전 뷰어) 또한 같은 방식으로 사용할 수 있습니다.</li>
		<li>터미널 창을 열고는 T1 열고는 T1에 겹쳐 GM 영역. 이렇게 하려면 다음과 같이 입력 합니다. fsleyes T1.nii Region1.nii Region2.nii입니다.</li>
		<li>FSLeyes 열 사용 하 여 불투명도 토글 위쪽 창에을 조정/불투명도 GM 영역 아래 T1 이미지의 시각화를 허용. 위쪽 창에서 '색상 드롭다운 탭'을 통해 분할 오버레이의 색상을 변경 합니다.</li>
		<li>뇌의 모든 조각을 통해 스크롤하십시오. 참고: 여기 이렇게 코로나 보기, 하지만 사용자를 사용 하 여 그들은 대부분 경험 있는 보기를 사용 해야 합니다.</li>
		<li>모든 분할 영역에 대 한의 아래-또는 오버-estimation 검사 영역의 확인 하십시오. 주: 좋은 나쁜 세그먼트의 예제에 대 한 대표적인 결과 섹션을 참조 하십시오.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
FreeSurfer QC
	<ol>
<li>Peform 시각적 QC FreeView를 사용 하 여입니다. 참고: 여기에 설명서를 참조 하십시오. https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FreeviewGuide/FreeviewGeneralUsage/FreeviewQuickStart입니다.</li>
		<li>터미널 창을 엽니다. T1에 겹쳐 체적 GM 영역을 볼, 유형과 주제 폴더에 디렉터리를 변경: freeview./mri/T1.mgz./mri/aparc+aseg.mgz:colormap=lut:opacity:.3</li>
		<li>뇌의 모든 조각을 통해 스크롤하십시오. 참고: 여기 이렇게 코로나 보기, 하지만 사용자를 사용 하 여 그들은 대부분 경험 있는 보기를 사용 해야 합니다.</li>
		<li>모든 분할 영역에 대 한의 아래-또는 오버-estimation 검사 영역의 확인 하십시오. 참고:에 대 한 예는 세그먼트의 대표적인 결과 섹션을 참조.</li>
	</ol>
</li>
</ol>

<ol><li>Katuwal, G. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inter-Method+Discrepancies+in+Brain+Volume+Estimation+May+Drive+Inconsistent+Findings+in+Autism%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Inter-Method Discrepancies in Brain Volume Estimation May Drive Inconsistent Findings in Autism.</a> Frontiers in Neuroscience. 10, 439(2016).</li>
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</ol>

저자는 공개 없다.

최근에, 연구는 다른 부피 측정 방법의 사용 neuroimaging 연구1,2에 대 한 중요 한 암시를 할 수 있습니다 설명 했다. 이러한 도구에 의해 결과 출력에 QC를 수행 하는 방법 뿐 아니라 다른 neuroimaging 도구를 적용 하는 방법에 가이드 초보 사용자를 있도록 게시 프로토콜에 의해 연구원은 그들의 데이터 집합에 적용 하는 좋은 방법은 선택할 수 있습니다.
대부분의 단계가이 SOP에는 데이터 및 연구원 요구 사항에 맞게 조정 될 수 있다, 여기에 제시 된 가장 중요 한 프로세스 중 하나 자세한 시각적 품질 관리를 설명 하는 단계 있습니다. 시각적 품질 모든 세그먼트 출력에 이러한 도구에 의해 수행 되어야 합니다 그리고 CGM의 정확한 측정을 위해 필수적 이다. 고급 세그먼트 CGM 영역의 수천의 심사를 거쳐 개발 되었습니다 있도록 촬영 품질 관리 단계. 시각...

Neuroimaging 임상 모두에서 널리 이용 되 고 설정 연구. 뇌 자기 공명 영상 (MRI) 검사;에서 볼륨을 계량 연구의 재현성을 개선 하기 위해 현재 이동이 있다 따라서, 그것은 중요 한 조사 표준화 및 최적화 방법1의 향상 지역 볼륨으로 MRI 검사를 세그먼트에 대 한 사용 가능한 MRI 도구를 사용 하는 경험을 공유. 이 프로토콜 T1 가중치 MRI 검사에서 외피 회색 물질 (CGM; 회색 물질 바꾸어 지역 제외) 세그먼트를 7 가지 도구를 사용 하는 단계별 가이드를 제공 합니다. 이러한 도구 이전 세분화 방법2는 가변 성능 도구는 헌팅턴 병 일대에 사이 증명의 방법론 비교에 사용 되었다. 이러한 도구의 성능을 서로 다른 데이터 집합 마다 다를 것으로 생각 됩니다, 이후 연구자 자신의 데이터 집합에 적용할 하나만 선택 하기 전에 여러 가지 도구를 테스트에 대 한 중요 하다.
회색 물질 (GM) 볼륨은 정기적으로 두뇌 형태학의 측정으로 사용 됩니다. 체적 측정은 일반적으로 안정적이 고 건강 한 컨트롤 임상 그룹3사이 감 별 할 수 있습니다. 뇌 영역의 다른 조직 유형의 볼륨 가장 자주 이러한 조직의 종류를 식별 하는 자동화 된 소프트웨어 도구를 사용 하 여 계산 합니다. 따라서, GM의 고품질 delineations (세그먼트)를 만들려고 백 질 (WM)와 척수 (CSF)의 정확한 묘사가 GM의 정확도에 중요 합니다. GM 세분화를 수행 하는 데 사용할 수 있는 자동화 된 도구 수 있으며 각각 다른 처리 단계를 요구 하 고 다른 출력 결과. 다양 한 연구 도구 하나는 다른, 그들을 비교 하는 서로 다른 데이터 집합을 적용 하 고 일부 특정 도구1,,45,6,7,8 최적화 ,9,,1011. 두뇌 양, 공부를 할 때 체적 도구 사이 변화 문학 내의 불일치에서 발생할 수 있습니다 및 이러한 차이 대해 그려진 되 고 틀린 결론에 대 한 요소를 운전으로 제안 되었습니다 이전 작품 시연 하고있다 신경학 상 조건1.
최근, 다른 세분화 도구 모두 건강 한 제어 참가자와 참가자 Huntington의 질병을 포함 하는 코 호트에서의 비교를 수행 했습니다. Huntington의 질병은 성인에서 전형적인 증상과 유전적 신경 질병. 바꾸어의 점진적 위축 CGM은 질병의 유명 하 고 잘 공부 neuropathological 기능. 결과 뇌 MRI 검사에서 볼륨을 계산 하는 데 사용 하는 소프트웨어에 따라 결과에 변화를 설명 하는 이전 작업을 지 원하는 코 호트에 적용 된 7 가지 세분화 도구의 가변 성능 시연. 이 프로토콜은 존슨 외 에 사용 하는 처리에 정보를 제공 합니다. (2017) 2 장려 neuroimaging에 사용 하기 위해 가장 적절 한 도구 주의 방법론 선택. 이 설명서는 GM 볼륨의 세그먼트를 커버 하지만 병 변, 다 발성 경화 증에서 볼 등의 세분화를 다루지 않습니다.

t1-가중치 mri 이미지에서 외피 회색 물질의 자동된 분할

Automated Segmentation of Cortical Grey Matter from T1-Weighted MRI Images

Neuroimaging 연구, 내 최근 연구의 여러 뇌 볼륨을 생성 하기 위해 다른 분할 도구를 사용 하 여 발생할 것으로 생각 되는 체적 연구 결과에서 연구 사이 차이의 영향을 논의 했다. 여기, 회색 물질 두뇌 내의 세그먼트에 사용할 수 있는 7 가지 자동화 된 도구에 대 한 처리 파이프라인 제공 됩니다. 프로토콜 T1 가중치 MRI 검사에서 회색 물질 볼륨을 생성 하기 위한 가장 정확한 방법의 찾을 것을 목표로 하는 연구자는 초기 단계를 제공 합니다. 자세한 시각적 품질 관리를 수행 하는 단계도 원고에 포함 됩니다. 이 프로토콜 잠재적인 세분화 도구의 범위를 커버 하 고 전체 코 호트에 적용할 하나를 선택 하기 전에 그들의 데이터의 하위 집합 내에서 이러한 도구의 성능을 비교 하는 사용자를 장려 한다. 또한, 프로토콜 다른 뇌 영역의 세분화에 더 일반화 될 수 있습니다.

인구 통계 학적 정보, 20 제어 참가자에 대 한 평균 뇌 볼륨은 표 1에 표시 됩니다. 이러한 도구를 사용 하는 경우이 예상 값에 대 한 가이드 역할을 합니다. 결과 원래 T1.nii 이미지의 맥락에서 전망 되어야 한다. 모든 GM 영역 섹션 8에서에서 설명 하는 단계에 의하여 검열 되어야 한다. 시각적 품질 관리를 수행할 때 직접 영역을 비교는 GM T1 스캔 하는 T1에 중첩 그들을 확인 하 여 중요 하다.
그림 1에서 보듯이 지역 총 오류에 대 한 거부 한다. 때로는 이러한 오류 처리는 제대로, 실행 하는 경우 또는 두뇌의 시야 내에서 가난 하 게 위치한 경우 발생할. 이러한 오류를 해결 하려면 네이티브 T1 검사 표준 공간을 엄격 하 게 다시 정렬 될 수 있습니다 하 고 ...

이 프로토콜 구조 T1 가중치 mri 회색 물질 볼륨의 정량화에 대 한 사용할 수 있는 회색 문제 지역 윤곽을 그리 다를 7 다른 자동된 분할 도구를 적용 하는 과정을 설명 합니다.

T1-가중치 MRI 이미지에서 외피 회색 물질의 자동된 분할

Within neuroimaging research, a number of recent studies have discussed the impact of between-study differences in volumetric findings that are thought to ...

이 방법은 신경 이미징 및 신경학 분야의 주요 질문에 대답 할 수 있습니다. 비임상 대 임상 집단에 대한 피질 볼륨에 그룹 차이가 있는지 여부와 같은. 이 기술의 주요 장점은 연구원이 데이터에 가장 적합한 도구를 사용할 수 있다는 것입니다.먼저 MATLAB 명령 창을 열고 SPM을 명령줄에 입력하여 SPM 소프트웨어를 엽니다. 그런 다음 통합 된 세분화를 수행하려면 PET VBM을 선택하여 구조 MRI 도구 상자를 엽니 다. 이제 일괄 처리 편집기를 열어 한 번에 여러 검사에서 세분화를 수행합니다.SPM, 공간 및 세그먼트를 선택한 다음 데이터를 선택하고 파일을 선택하고 T1 가중치 검사를 입력으로 선택합니다. 그런 다음 출력 파일, 회색 물질을 클릭하고 네이티브 공간이 선택되었는지 확인하고 White Matter에 대해 이 작업을 반복합니다. CSF 세분화가 필요하지 않은 경우 이 집합을 없음으로 둡니다.검사가 이미 바이어스 수정된 경우 이 옵션을 수정된 저장하지 않도록 변경합니다. 그런 다음 전체 분석을 실행하기 전에 파티션 정리를 사용하고 세 가지 옵션을 모두 테스트합니다. 이제 다른 설정을 기본값으로 설정하고 녹색 플래그를 클릭하여 세분화를 실행합니다.MATLAB 창은 세분화가 완료되면 완료라고 말합니다. 마지막으로, 결과 회색 물질 NIfTI 파일에 시각적 품질 관리를 수행 합니다. SPM 8에서 새 세그먼트 옵션을 수행하려면 일괄 처리 편집기를 열기 전에 먼저 PET VBM을 선택합니다.그런 다음 SPM, 도구, 새 세그먼트를 선택하고 사용할 NIfTI 형식 T1 이미지 파일을 선택합니다. 네이티브 티슈 유형 옵션을 네이티브 공간으로 설정하고 필요하지 않은 조직 클래스를 끕니다. 또한 뒤틀린 조직을 끄고 녹색 플래그를 클릭하여 세분화를 실행하고 완료되면 시각적 품질 관리를 수행합니다.SPM 12에서 세분화를 수행하려면 PET VBM을 다시 누르고 배치 편집기를 엽니다. 그런 다음 SPM, 공간 세그먼트 및 데이터 볼륨을 선택합니다. 그런 다음 네이티브 공간 조직 유형을 선택하고 불필요한 조직 클래스를 끕니다.뒤틀린 조직을 없음으로 설정하고 녹색 플래그를 클릭합니다. 세분화가 완료되면 이 프로토콜의 다음 섹션에 자세히 설명된 대로 시각적 품질 관리를 수행해야 합니다. FSLeyes를 사용하여 시각적 품질 관리를 수행할 수 있습니다.터미널 창을 여는 것으로 시작한 다음 터미널에 FSLeyes를 입력하여

automated-segmentation-cortical-grey-matter-from-t1-weighted-mri

Research

연구

JoVE Journal

Neuroscience

신경과학

이 문서 3T 스캐너를 사용하여 인간의 midbrain과 subcortical 구조 1.2 밀리미터 샘플링과 고해상도 기능성 자기 공명 영상을 수행하는 기술을 설명합니다. 인간의 뛰어난 colliculus (SC)의 시각적 자극을 지형지도를 해결하기 위해 이러한 기술의 사용은 예제로 제공됩니다.

인간 Midbrain위한 고해상도 기능성 자기 공명 영상 방법

자동화 된 중간 선 이동 추정 및 intracranial 압력 (ICP) 외상성 뇌 손상 (외상성 뇌 손상) 환자에 대한 계산 된 단층 촬영 (중부 표준시) 이미지를 기반으로 사전 심사 시스템은 이미지 처리 및 머신 학습 기술을 사용하여 제안합니다.

뇌 중부 표준시 이미지를 기반으로 자동 정중선 변화와 Intracranial 압력 추정

병변 탐색기 (LE)는 알츠하이머 질환과 정상 노인의 구조적 MRI에서 지역 뇌 조직과 피질 hyperintensity 병변 볼륨 측정을 얻기 위해 개발 한 반자동, 이미지 처리 파이프 라인입니다. 정확도 및 높은 수준의 신뢰성을 보장하기 위해, 다음과 LE 서 절차 영상 유도, 표준화 된 프로토콜이다.

병변 탐색기를 정확하고 신뢰할 수있는 MRI 유도 알츠하이머 병의 볼륨 측정 및 일반 노인을위한 영상 유도, 표준화 된 프로토콜

본 연구는 내측 측두엽(MTL) 구조를 수동으로 추적하기 위한 포괄적인 지침을 제공합니다. 이 프로토콜은 건강한 그룹과 임상군 모두에서 MTL의 구조적 및/또는 복합 구조-기능 자기공명영상(MRI) 연구에 적용할 수 있습니다.

내측 측두엽 구조의 수동 분할을위한 포괄적 인 프로토콜

이 종이 체적 MRI 데이터 분석, 뇌 위축 premanifest Huntington의 질병에에서 시작 될 때 "변화 포인트"를 식별에 대 한 통계 모델을 설명 합니다. 전체 뇌 매핑 변경 포인트의 T1 가중치 이미지의 아틀라스 기반 분할 파이프라인을 사용 하 여 얻은 뇌 볼륨을 기반으로 이루어집니다.

전체 두뇌 세분화 및 해 부 뇌 MRI의 변화 포인트 분석-Premanifest Huntington의 질병에 응용

개방형 소프트웨어를 사용한 이미지 세분화, 자동화된 모델링 패키지를 사용한 그룹 별 모양 분석 등 뇌 구조에 대한 형상 분석을 위한 반자동 프로토콜을 소개합니다. 여기서, 우리는 뇌 MR 이미지로부터 해마 세분화를 가진 3D 형상 분석 프로토콜의 각 단계를 시연한다.

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여기에 제공된 개방형 이미지 처리 파이프라인은 병변 증상 매핑을 위한 실용적인 자습서입니다. CT/MRI의 수동 경색 세분화부터 표준 공간에 대한 후속 등록에 이르기까지 각 처리 단계에 대해 실용적인 권장 사항 및 예시사례가 있는 그림에 대한 단계별 연습이 제공됩니다.

병변 증상 매핑을 위한 MRI 또는 CT에 대한 뇌 경색 세분화 및 등록

소뇌 회색 물질 형태 측정을 검사하기 위해 표준화 된 파이프 라인이 제시됩니다. 이 파이프라인은 최적화되고 자동화된 소뇌 파셀레이션을 위한 고해상도의 최첨단 접근 방식과 체적 정량화를 위한 소뇌의 복셀 기반 등록을 결합합니다.

구조적 자기 공명 영상을 사용하여 인간의 소뇌 회색 물질 Morphometry를 검사하기위한 표준화 된 파이프 라인

뇌에서 맥락총의 중요한 역할에도 불구하고 이 구조에 대한 신경 영상 연구는 신뢰할 수 있는 자동 분할 도구가 없기 때문에 부족합니다. 현재 프로토콜은 미래의 신경 영상 연구에 정보를 제공할 수 있는 맥락총의 황금 표준 수동 분할을 보장하는 것을 목표로 합니다.

뇌 MRI를 사용한 인간 맥락총의 수동 분할

폐기 인간의 태아 대뇌 피질의 조직에서 신경 줄기 세포의 격리와 문화에 대한 간단하고 신뢰할 수있는 방법을 설명합니다. 알려진 인간의 신경 장애에서 파생된 문화가 같은 약리 효능을 평가하기위한 플랫폼을 제공뿐만 아니라, 병적인 세포 및 분자 공정의 특성에 사용될 수 있습니다.

폐기 인간 태아 두피 조직에서 신경 줄기 세포의 생성

학습하세요 T1-가중 MRI에서 외피 회색 물질 자동 분할 방법을. SPM 소프트웨어와 시각적 품질 관리를 활용하여 회색 물질 부피를 정량화하고, 비임상 및 임상 집단 간 피질 부피 차이를 비침습적으로 연구할 수 있습니다.

T1-가중치 MRI 이미지에서 외피 회색 물질의 자동된 분할

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