Name: 체외 유비퀴틴화 및 뉴클레오소말 히스톤의 이중화 율법의 비퀴틴화 어설션 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-07-25T13:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 36 s
Description: 배우세요 체외 유비퀴틴화 및 디유비퀴틴화 반응 분석법을 정제된 성분을 사용하여 세포 과정을 연구하는 방법입니다. 이 기술은 효소 돌연변이와 질병 메커니즘 간의 관계를 이해하는 데 활용됩니다.

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다이애나 아드자우드에게 기술 지원에 감사드립니다. 이 작품은 캐나다의 자연 과학 및 공학 연구위원회 (2015-2020), 게놈 퀘벡 (2016-2019) 및 게놈 캐나다 (2016-2019)에서 E.B.A. E.B.B.A.에 대한 보조금에 의해 지원되었다 퐁 드 라 레체 뒤 Québec-Santé의 수석 학자입니다. L.M과 N.S.K.는 FRQ-S에서 박사 학위를 취득했습니다. H.B는 고등 교육부와 튀니지 과학 연구와 콜 재단에서 박사 학위를 받았다.

1. GST-RING1B (1-159)-BMI1 (1-109) E3 유비퀴틴 리가제 복합체의 GSH-아가로즈 선호도 정화
<ol><li>pGEX6p2rbs-GST-RING1B(1-159 aa)-BMI1(1-109aa) 박테리아 발현 구조를 사용하여 BL21(DE3) 박테리아를 변형시키는 구조(재료표참조)23. 이러한 컨스트럭트는 pGEX-6P-2 백본에서 GST 태그를 사용하여 BMI1 도메인 1-109에 융합된 뮤린 RING1B 도메인 1-159의 발현을 허용한다.</li>
	<li>100 μg/mL 암피실린 과 50 μg/mL 클로람페니콜이 있는 LB 국물 배지의 20 mL에서 GST-RING1B (1-159 aa) - BMI1 (1-109 aa)을 발현하는 RIL 박테리아를 접종하여 하룻밤 스타터 배양을 수행합니다. 밤새 37°C에서 흔들어 서 배양한다. 다음날, 500 mL의 신선한 LB 국물 배지(1/26 희석)를 포함하는 1 L 플라스크에 앰피실린을 넣고 37°C에서 2-4시간 동안 쉐이커에서 배양한다.</li>
	<li>
인큐베이션 시간 동안 분광광도계로 600 nm에서 OD를 측정합니다. 박테리아 배양이 600 nm에서 0.6 OD 단위에 도달하면, 비 유도 샘플로서 1,5 mL 튜브에서 1 mL aliquot를 취합니다. 단백질 발현을 유도하기 위해 1L 배양에 이소프로필 β-D-1-티오갈라코피라노사이드(IPTG)의 400 μM을 첨가한다. 박테리아를 25°C에서 6시간 에서 하룻밤 동안 배양한다.
	<ol>
<li>1mL aliquots를 30s용 14,000 x g에서 원심분리하고, 상급자를 버리고, Laemmli 샘플 버퍼의 200 μL에서 펠릿을 다시 중단하고, 단백질 유도의 SDS-PAGE 및 Coomassie 파란색 분석을 유지합니다.</li>
	</ol>
</li>
	<li>플라스크에서 유도된 박테리아 배양을 깨끗한 원심분리 병으로 옮기고 4°C에서 15분 동안 3,500 x g에서 스핀다운합니다. 상급을 버리고 40 mL의 차가운 PBS로 펠릿을 다시 중단하고 4 °C에서 15 분 동안 3,500 x g에서 아래로 돌립니다.</li>
	<li>상급체를 버리고 펠릿을 -80°C에서 동결시키거나 다음 단계로 진행한다. 단백질이 예상 분자량으로 유도되는 경우 다음 단계로 진행합니다.</li>
	<li>얼음 차가운 용해 완충제 A (50 mM Tris-HCl pH 7.5) 25 mL에서 박테리아 펠릿을 다시 일시 중단하십시오. 100 mM NaCl, 1 mM EDTA, 1% NP40, 1 mM PMSF, 0.5 mM DTT, 및 AEBSF, 아프로틴, 베스타틴, E-64, 루페프틴 및 펩스타틴 A를 포함하는 1/100 항 프로테아제 칵테일. 모든 박테리아 펠 릿이 다시 일시 중단 되어 있는지 확인 합니다. PMSF 및 항 프로테아제 칵테일은 박테리아 용해 시에만 용해 완충액에 신선하게 첨가되어야 합니다. 주의 사항: 항상 얼음에 샘플을 유지합니다. 참고: 100 μg/mL에서 리소자임은 박테리아 용해를 향상시키기 위해 추가 될 수 있습니다.</li>
	<li>박테리아를 얼음에 15분 동안 배양시키고 프로브 초음파 를 사용하여 30 초 (4-5x)의 출력 진폭 70 %에서 초음파 처리한 다음 4 °C에서 20 분 동안 21,000 x g에서 원심 분리기를 사용합니다. 주의 사항: 초음파 처리 중에 항상 샘플을 얼음 위에 보관하십시오.</li>
	<li>원심분리 시간 동안, 15 mL 튜브에 500 μL 포장 GSH-아가로즈 비드 (50% 슬러리)를 취하고 PMSF 및 항 프로테아제없이 버퍼 A 10 mL를 추가하십시오. 4 °C에서 3 분 동안 2,500g에서 짧게 섞고 이 세척 단계를 두 번 더 반복하고 구슬을 얼음위에 유지하십시오.</li>
	<li>세균성 용해 원심분리에 따라 상체를 수집하고 50 mL 원엽 튜브로 옮긴다. 총 용해액으로 100 μL의 aliquot를 취하고 SDS-PAGE 및 Coomassie 청색 분석을 위한 2x Laemmli 샘플 버퍼의 100 μL을 추가합니다.</li>
	<li>0.45 μm 기공 주사기 필터를 통해 용해염을 걸러내고 GSH 구슬과 혼합합니다. 4 °C에서 5 시간 동안 흔들어 서 3 분 동안 2,500 x g에서 구슬을 스핀 다운하고 제거한 다음 장수를 통해 흐르는 동안 장수를 저장합니다. 단백질-GSH 결합 비드를 완충액 A로 6회(각각 5 mL) 세척하고 프로테아제 방지 칵테일 및 PMSF를 함유한다.</li>
	<li>마지막 세척 후, 빈 크로마토그래피 컬럼에 버퍼 10 mL과 함께 구슬을 옮기고, 25 mM 글루타티온을 함유한 1.5 mL 버퍼 A를 추가하고, 중력에 의한 용출을 1.5 mL 마이크로튜브로 수집한다. 용출 절차를 4회 반복합니다. 참고: 글루타티온 스톡 솔루션은 50 mM Tris-HCl, pH 7.5에서 200 mM 농도로 제조됩니다.</li>
	<li>4개의 용출각각에서 10 μL의 알리쿼트를 취하고 2x Laemmli 샘플 버퍼의 10 μL을 추가합니다. 이들 샘플은 정제된 단백질의 존재 및 순도를 결정하기 위해 SDS-PAGE 및 Coomassie 청색 분석에 사용될 것이다. 참고: 마지막 용출 후, 재활용 및 향후 사용을 위해 4 °C에서 완충구슬을 유지하십시오.</li>
	<li>추가 분석을 위해 적당한 양의 정제된 단백질을 보여주는 용출 분획을 선택합니다. 준비의 작은 별표를 확인합니다. 정제된 단백질을 -80°C에 보관하십시오. 일반적으로 단백질 농도는 μL당 0.5 μg에서 2 μg범위이며 샘플은 이 상태로 저장될 수 있습니다.</li>
	<li>
선택 사항: 10K 원심 필터 장치를 사용하여 샘플 농축 또는 변경 버퍼</li>
</ol>2. BAP1/DEUBAD(ASXL2) 듀비퀴타아제 복합체의 정화
<ol><li>pET30a+-His-BAP138 및 pDEST-MBP-DEUBAD(ASXL2)35세균 발현 구제를 사용하여 BL21(DE3) RIL 박테리아를 각각 변형시켜 그의 BAP1 및 MBP-DEUBAD의 생산을 시킵니다.</li>
	<li>50 μg/mL 클로람페니콜과 각 플라스미드에 해당하는 항생제를 함유한 암피실린 배지의 LB 국물 20 mL에서 박테리아를 발현하는 그의 BAP1 및 MBP-DEUBAD(ASXL2)를 배양하여 별도의 하룻밤 스타터 배양을 수행, 100 μg/ 각각 카나마이신 또는 암피실린의 100 μg/mL의 mL. 37°C에서 셰이커에 놓습니다.</li>
	<li>1.3-1.6 단계를 수행합니다.</li>
	<li>
얼음 차가운 용해 완충액 B의 25 mL에 박테리아 펠릿을 다시 중단 (50 mM 트리스 pH 7.3, 500 mM NaCl, 3 mM β-메르카포에탄올, 0.2% 트리톤 X-100, 1 mMPMSF 및 1/100 안티 프로트 아제 칵테일). MBP-DEUBAD와 그의 BAP1의 동일한 볼륨을 혼합하고 15 분 동안 얼음에 배양. 소음 대 한 다음 프로토콜 1 (단계 9)에 표시된 대로 용해염을 원심 분리.
	<ol>
<li>원심분리 동안 PMSF 및 프로테아제 방지 칵테일없이 완충B로 3회 세척하여 500 μL 포장 된 Ni-NTA 아가로즈 비드 (50% 슬러리)를 준비합니다.</li>
	</ol>
</li>
	<li>세균성 용해 원심분리에 따라 상체를 수집하고 50 mL 원엽 튜브로 옮긴다. 총 용해액으로 100 μL의 aliquot를 취하고 SDS-PAGE 및 Coomassie 청색 분석을 위한 2x Laemmli 샘플 버퍼의 100 μL을 추가합니다.</li>
	<li>
0.45 μm 기공 주사기 필터를 통해 용해염을 걸러내고 Ni-NTA 구슬과 혼합합니다. 4°C에서 5시간 동안 흔들어서 2,500 x g의 구슬을 3분 동안 스핀다운하고, 제거하고, 장수를 통과하는 흐름으로 저장합니다.
	<ol>
<li>20 mM 1,3-디아자-2,4-사이클로펜타디엔(이미다졸)을 함유하는 완충B로 6회(각 5 mL)의 구슬을 세척한다. 참고 : pH 7.3에서 2 M 이미다졸의 재고 솔루션을 확인합니다.</li>
	</ol>
</li>
	<li>마지막 세척 후, 빈 크로마토그래피 컬럼에 버퍼 10 mL로 구슬을 전송하고, 200 mM Imidazole를 포함하는 1 mL 버퍼 B를 추가하고 10 μL DTT (500 mM) 및 2 μL EDTA (500 mM)를 포함하는 1.5 mL 마이크로 튜브에 중력에 의한 용출을 수집합니다. , pH : 8). 용출 절차를 4 번 반복합니다. 각 용출 분획의 10 μL을 취하고 SDS-PAGE 및 Coomassie 청색 분석을 위해 2x Laemmli 샘플 버퍼10 μL을 추가합니다. 원하는 용출 분수를 풀. 참고: 구슬을 4 °C의 완충재로 유지하여 재활용및 향후 사용을 위해 사용하십시오.</li>
	<li>
용출 된 복합체를 완충C (50 mM Tris pH 7.3, 300 mM NaCl, 1 % 트리톤 X-100, 5 mM DTT, 1 mM EDTA, 1 mM PMSF 및 1/100 프로테아제 억제제 칵테일)로 희석한 후 아밀로스 비즈로 인큐베이션합니다.
	<ol>
<li>PMSF 및 프로테아제 방지 칵테일을 첨가하지 않고 완충C로 2회 세척하여 아밀로스 아가로즈 비드(500 μL 포장)를 준비합니다. 희석된 용출에 비드를 넣고 4°C에서 밤새 배양한다.</li>
	</ol>
</li>
	<li>2,500 x g에서 3 분 동안 원심 분리기를 통과하고 흐름을 유지하십시오. 완충C(5-6x)의 5 mL로 단백질 경계 구슬을 세척합니다. </li>
	<li>정제된 그의-BAP1/MBP-DEUBAD 복합체를 아밀로스 아가로즈 비드에 완충D(50 mM HEPES pH 8.0, 50 mM NaCl, 10% 글리세롤 및 1mM DTT)에 보관하고 -80°C에 보관한다. 비드 분획 20 μL(50% 비드 용액)을 취하고 SDS-PAGE 및 Coomassie 청색 분석을 위해 2x Laemmli 샘플 버퍼 20 μL을 추가합니다.</li>
</ol>3. HEK293T 세포에서 뉴클레오좀의 정화
<ol><li>완전한 덜베코의 수정된 독수리 배지(DMEM)에서 배양 HEK293T 세포는 5% 신생아 송아지 혈청(NBS), 2 mML-글루타민, 1% 페니실린/스트렙토마이신으로 보충되었습니다.</li>
	<li>접시 주위 12 x 106 HEK293T 세포 20 mL의 완전한 배지 당 15 cm 배양 접시 1 일 전에 형질감염 (10 접시사용). 형질감염 전에 혈청이 없는 배지의 12 mL로 세포의 배지를 변경하고 1 mg/mL36에서63 μl의 폴리에틸렌민 (PEI)을 사용하여 pCDNA-Flag-H2A 21 μg로 세포를 트랜스펙트합니다. 12시간 후에 완료된 매체로 변경합니다.</li>
	<li>3일 후, 15 mL의 얼음-차가운 PBS(2회)로 세포를 세척하고 세포 스크레이퍼를 사용하여 3 mL의 얼음 차가운 PBS에서 수확합니다. 2,100 x g에서 4 °C에서 8 분 동안 원심 분리기. PBS를 폐기하고 용해 단계로 진행하거나 -80°C에서 세포 펠릿을 동결시켰다.</li>
	<li>약 10개의 버퍼 E(50 mM Tris-HCl pH 7.3, 420 mM NaCl, 1% NP-40, 1 mM MgCl2,1 mM PMSF, 1/100 프로테아제 억제제 칵테일, N-메틸말레미드(NEM) 및 인큐베이트 20 mM에서 세포 펠릿을 재중단한다. N-메틸말레미드 (NEM)는 뉴클레오좀과 함께 정화하는 DUB를 억제하는 데 중요합니다.</li>
	<li>
3,000 x g에서 5 분 동안 원심 분리 후 상급을 버리고 10 볼륨의 버퍼 E. 혼합에서 크로마틴 펠릿을 5 분 동안 3,000 x g에서 반전 및 원심 분리에 의해 다시 중단하십시오.
	<ol>
<li>버퍼 F "MNase 버퍼"(20 mM Tris-HCl pH 7.5, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2,1 mM CaCl 2, 0.3 M M 수크로오스, 0.1% NP-40, 1 mM PMSF, 및 1/100 프로트 억제제를 사용하여 완충제 E를 사용하여 또 두 번 세척 단계를 반복 칵테일)을 참조하십시오. 주의: 세차및 원심분리 중에 펠릿이 떠있습니다.</li>
	</ol>
</li>
	<li>5 mL 버퍼 F에서 염색을 다시 중단하고 미코칼 뉴클레아제 (MNase)로 펠릿을 치료하십시오 (실온에서 10 분 동안 3 U / mL). 참고: 반응은 Dounce 균질화기를 사용하여 혼합함으로써 원조될 수 있다.</li>
	<li>
배양 후, 뉴클레오소좀 DNA 단편의 분석을 위해 혼합물의 40 μL aliquot를 취한다. 이 알리쿼트와 페놀/클로로폼 40 μL, 6x DNA 로딩 버퍼 20 μL, 소용돌이, 2분 동안 18,000 x g에서 스핀하고 2% 아가로즈 젤에 DNA를 로드합니다.
	<ol>
<li>DNA가 주로 단핵구체에 해당하는 147 bp 단편일 때, 최종 농도에서 5 mM EDTA를 첨가하여 반응을 중단한다.</li>
	</ol>
</li>
	<li>4°C에서 20분 동안 21,000 x g에서 원심분리를 한 후, 4°C에서 밤새 항기 수지로 수용성 염색질 분획을 배양합니다. 6x 버퍼 G (50 mM Tris-HCl, pH 7.3, 5 mM EDTA, 150 mM NaCl, 1% NP-40, 1 mM PMSF, 1 mMDTT, 1/100 프로테아제 억제제 칵테일)로 구슬을 씻는다.</li>
	<li>5 mL 버퍼 G가 있는 비드를 빈 크로마토그래피 컬럼으로 옮긴다. 국기 용출 펩티드의 200 μg / mL로 구슬 결합 뉴클레오좀을 용출하십시오. 200 μg/mL 플래그 용출 펩타이드를 함유하는 완충제 G(재료 표참조) 및 1/5(vol:vol) 1 M Tris, pH 8.0으로 구성된 용출 버퍼를 사용한다. 260 μL 플래그 용출 버퍼로 핵소체 를 3x 경화 (각 용출 2 시간).</li>
	<li>페놀-클로로폼 추출을 위한 aliquot를 복용하여 3개의 용출을 테스트하고 DNA를 2% 아가로스 겔에 로드합니다. 각 용출 분획의 10 μL을 취하고 SDS-PAGE 및 Coomassie 블루 분석을 위해 Laemmli 샘플 버퍼 2x의 10 μL을 추가하고 유비퀴틴화 된 H2A의 웨스턴 블롯 검출을위한 각 용출을로드합니다. 용출을 -80°C에서 저장합니다. 일반적으로 인간 세포에서 정제하면 0.1 ~ 0.5 μg /μL에 이르는 농도로 박테리아보다 적은 양의 단백질을 얻을 수 있습니다.</li>
</ol>4. BMI1/RING1B E3 유비퀴틴 리가제 복합체를 이용한 뉴클레오솜 유비퀴틴 분석
<ol><li>원심분리기는 10K 기공 0.5 mL 원심 필터를 통해 용출 완충제로부터 반응 완충체 H로 기판을 변화시다(25 mM Tris, pH 7.5; 10 mM MgCl2,및 5 mM ATP). 대안적으로, 시판되는 뉴클레오좀은 분석법용으로 사용될 수 있다. 참고: 기판 현탁액을 반응 완충액으로 변경하면 재현성을 보장하고 플래그 용출 혼합물에 존재하는 화합물에 의한 잠재적E3 리가제 억제를 방지할 수 있습니다.</li>
	<li>40 μL 버퍼 H의총 부피에서 뉴클레오좀의 1 μg를 배양. Ub 활성 효소 (UBE1) (250 ng), Ub (50 ng / μL) 및 E2 Ub-컨쥬게이팅 효소 (672 ng) 및 BMI1 / RING1B E3 유비퀴틴 리가제 복합체 1 μg를 추가하십시오. 37°C에서 3시간 동안 반응을 배양하고 가끔 씩 씩 씩씩이 한다. 참고: 생략, E1, E2, E3, ATP 및 유비퀴틴을 포함하여 여러 가지 제어가 병렬로 수행될 수 있습니다. 이것은 유비퀴틴화 반응에 대한 특이성을 보장한다.</li>
	<li>2x Laemmli 샘플 버퍼의 40 μL을 추가하여 반응을 멈추고 표준 절차에 따라 SDS-PAGE 및 서부 블로팅에 의한 히스톤 H2A K119 유비퀴틴화를 분석합니다. 항-H2A 또는 항-H2A K119ub 항체를 사용하십시오(재료 표참조).</li>
</ol>5. BAP1/DEUBAD를 이용한 시험관 내 핵Ososomal H2A DUB 분석
<ol><li>시험관 내 듀비퀴틴화 분석에 정제된 뉴클레오좀을 사용한다. 40 μL 완충제 I(50 mM Tris-HCl, pH 7.3, 1 mM MgCl 2,50 mM NaCl, 및 1 mM DTT)에서 100-500 ng의 뉴클레오좀을 다시 중단한다. BAP1 박테리아 정제 His-BAP1 및 MBP-DEUBAD 1 μg를 추가합니다. 37°C에서 3시간 동안 듀비퀴틴화 반응을 가끔 씩 씩 씩씩하게 흔들어 수행한다.</li>
	<li>2x Laemmli 완충액의 40 μL을 첨가하여 시험관 내 반응을 중지하고 면역 블로팅에 의해 분석한다.</li>
</ol>

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<li>Yu, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ubiquitin+carboxyl+hydrolase+BAP1+forms+a+ternary+complex+with+YY1+and+HCF-1+and+is+a+critical+regulator+of+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+and+Cellular+Biology%22%5BJournal%5D)">The ubiquitin carboxyl hydrolase BAP1 forms a ternary complex with YY1 and HCF-1 and is a critical regulator of gene expression.</a> Molecular and Cellular Biology. 30, 5071-5085 (2010).</li>
<li>Yu, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tumor+suppressor+and+deubiquitinase+BAP1+promotes+DNA+double-strand+break+repair%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Tumor suppressor and deubiquitinase BAP1 promotes DNA double-strand break repair.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 285-290 (2014).</li>
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</ol>

저자는 경쟁적인 재정적 이익을 선언하지 않습니다.

관심 있는 단백질에 대 한 강력한 시험관 내 유비퀴틴화 및 듀비퀴틴화 어설션을 확립하는 몇 가지 장점이 있습니다. 이러한 분석에 사용할 수 있습니다: (i) 최적의 조건을 설정 하 고 이러한 반응에 대 한 최소한의 요구 사항을 정의, (ii) 효소 운동 및 생 화학 상수를 결정, (iii) 이러한 반응에 영향을 미칠 수 있는 공동 인자 또는 억제제의 역할을 정의, (iv) 상호 작용 인터페이스를 식별, (v) 인공 또는 질병 관련 돌연변이의 영향을 테스트하고 (vi) 더 높은 처리량 화학 스크리닝 분석을 개발하는 데 사용할 수있는 분석 조건을 설정합니다. 여기에서, 우리는 우리가 BMI1/RING1B 중재된 H2A 유비퀴틴화 및 BAP1/ASXL 중재된 H2A deubiquitination을 핵소체 기판에 어떻게 하는지 설명해서 이 계산을 예시합니다.
히스톤 H2A의 유비퀴틴은 최소한의 성분을 사용하여 시험관 내에서 재봉화될 수 있으며, H2A의 거의 완전한 유비퀴틴화는 BMI1...

유비퀴틴화는 번역 후 가장 보존된 변형 중 하나이며 효모, 식물 및 척추동물을 포함한 다양한 유기체에 매우 중요합니다. 유비퀴틴은 단백질을 표적으로 하는 76개의 아미노산 폴리펩티드를 고도로 보존한 유비퀴틴의 공유 부착으로 구성되며, 즉 E1-활성화, E2-컨쥬게이팅 및 E3 리가제1과 관련된 3가지 순차적 단계에서 발생합니다. 2,3. 이 번역 후 수정은 생물학적 과정의 넓은 스펙트럼에서 중심 역할을한다. 실제로 반응의 특이성을 제공하는 E3 ligases는 효소의 큰 슈퍼 패밀리를 구성하며 유비퀴틴 시스템 4,5,6의가장 풍부한 효소입니다. 단백질 유비퀴틴화의 하류 효과는 단핵화, 다중 단핵화, 선형 또는 분기된 폴리유퀴틴화와 같은 변형의 특성에 따라 달라집니다. 단핵화는 거의 프로테아소말 분해와 관련이 없지만, 대신이 수정은 다양한 신호 이벤트를 중재하는 데 관여합니다. 폴리비퀴틴화는 유비퀴틴 분자 자체에서 N 말단 또는 리신 잔기와 관련이 있으며, 폴리유비퀴틴 단백질의 운명은 유비퀴틴 사슬 연장에 관여하는 잔류물에 달려 있습니다. 유비퀴틴의 리신(48)에 의해 매개된 폴리유비퀴틴화는 프로테아소탈화를 유도하는 것으로 오랫동안 알려져 왔다. 반대로, 유비퀴틴의 리신(63)을 통한 폴리유비퀴틴화는 종종단백질 활성화 7,8,9와연관된다. 다른 중요한 번역 후 수정과 유사하게, 유비퀴틴은 가역적이며 단백질에서 유비퀴틴 제거는 세포 과정의 중요한 규제 기관으로 부상한 듀비퀴타제(DUBs)라고 불리는 특정 프로테아제에 의해 보장됩니다. 2개 , 10. 중요한 것은, 많은 DUBs는 고도로 전문화되어 있으며, 단백질 기능에 유비퀴틴화와 듀비퀴틴화 사이의 미세한 균형이 중요하다는 것을 나타내는, 듀비퀴틴화를 통해 조절한다. E3s와 DUBs는 프로테아좀 분해 기계 및 액세서리 요인과 함께 유비퀴틴 프로테아좀 시스템(UPS, >1200 유전자)을 형성하여 세포 성장 및 증식과 관련된 주요 신호 전달 경로를 조절합니다. 세포 운명 결정, 분화, 세포 이동 및 세포 사멸. 중요한 것은, 유비퀴틴화를 수반하는 몇몇 신호 폭포의 규제 완화는 종양발생 및 신경 변성 질환을 촉진5,11,12,13, 14.
유비퀴틴화는 염색질 생물학 및 DNA 의존적 과정에 만연한 역할을 한다15,16,17. 예를 들어, 리신 119(이하 H2A K119ub)에 대한 히스톤 H2A의 단일화는 전사 억압 및 DNA 수리에 관여하는 중요한 번역 후 변형(18,19,20, 21,22. H2A K119ub는 후성 유전학 정보의 유지보수에 중요한 역할을하고 매우 인간에 드로 소필라에서 보존 폴리 콤 억압 단지 1 (PRC1)에 의해 촉매된다. 정식 PRC1은 특히 RING1B 및 BMI1에 의해 구성되며, 이는 전술한 유비퀴틴이벤트(22,23)를담당하는 핵심 E3 유비퀴틴 리가제 복합체이다. Drosophila에서,H2A 단핵화 (H2A K118ub 포유류에서 H2A K119ub에 해당) DUB 칼립소에 의해 반전된다, 이는 폴리 콤 억압 DUB (PR-DUB) 복합체를형성하는 추가 섹스 빗 (ASX)와 상호 작용. 칼립소, BAP1의포유류 직교는 다양한 인간 악성 종양에서 삭제 또는 비활성화된 종양억제제(25,26,27,28, 29세 , 30개 , 31세 , 32세 , 33. BAP1은 핵및 칼슘 신호 매개 세포자멸에서 DNA 의존적 과정을 조절하는 33,34,35,36, 37세 , 38세 , 39세 , 40 , 41세 , 42. BAP1은 특히 ASXL1, ASXL2 및 ASXL3 (ASXL), ASX38,43의3 개의 정형 고리를 포함하는 전사 조절기를 포함하는 다중 소단위 단백질 복합체를 조립한다. ASXL은 BAP1 DUB 활동35,36,44를자극하기 위해 ASXM 도메인이라고도 하는 DEUBiquitinase ADaptor(DEUBAD) 도메인을 사용합니다. 그러므로, ASXL는 염색질에 있는 BAP1 DUB 활동을 조정하고 더 넓게 그것의 종양 억제기 기능에 있는 중요한 역할을 합니다.
유비퀴틴화 및 듀비퀴틴화 과정을 연구하기 위한 몇 가지 방법이 존재한다. 특히, 박테리아에서 정제 된 단백질을 사용하여 생화학 분석은 특정 기질에서 유비퀴틴의 직접 유비퀴틴 또는 제거를 입증하는 데 매우 강력합니다. 이러한 실험은 최소 복합체의 요구 사항 결정, 반응 역학 결정, 구조/기능 관계 정의 및 병리학의 영향 이해와 같은 다양한 매개 변수를 조사하기 위해 수행될 수 있습니다. 유전자 돌연변이. 여기에서, 우리는 정제된 분대를 가진 염색질 기판에 유비퀴틴화 및 deubiquitination 반응을 수행하는 프로토콜을 제공합니다. 모델 시스템으로서, 체외 에서 유비퀴틴화 및 핵소체 H2A 단백질의 듀비퀴틴화가 제시된다. RING1B/BMI1 및 BAP1/DEUBAD의 최소 복합체로 조립된 박테리아 정제 단백질은 각각 뉴클레오소좀 H2A의 유비퀴틴화 또는 듀비퀴틴화에 사용됩니다.

<table><tbody><tr><td>아밀로스 아가로스 비즈</td><td>New England Biolabs</td><td>#E8021</td><td></td></tr><tr><td>Amicon Ultra 0.5mL 원심 필터 10K</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>#UFC501096</td><td></td></tr><tr><td>Anti-H2AK119ub (H2Aub)</td><td>Cell Signaling Technology</td><td>#8240</td><td></td></tr><tr><td>Anti-Flag-agarose beads</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>#A4596</td><td></td></tr><tr><td>Anti-protease cocktail</td><td>Sigma-Aldrich</td><td></td><td></td>#P8340</tr><tr><td>BL21 (DE3) CodonPlus-RIL 박테리아</td><td>Agilent technologies</td><td>#230240</td><td></td></tr><tr><td>DMEM</td><td>Wisent</td><td>#319-005-CL</td><td></td></tr><tr><td>빈 크로마토그래피 컬럼</td><td>Biorad</td><td>#731-1550</td><td></td></tr><tr><td>플래그 펩타이드</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>#F3290</td><td></td></tr><tr><td>GSH-아가로스 비드</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>#G4510</td><td></td></tr><tr><td>HEK293T</td><td>ATCC</td><td>#CRL-3216</td><td></td></tr><tr><td>이미다졸</td><td>시그마-알드리치</td><td>#I5513</td><td></td></tr><tr><td>미세코칼 뉴클레아제(MNase)</td><td>시그마-알드리치</td><td>#N3755</td><td></td></tr><tr><td>Ni-NTA 아가로스 비즈</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>#88221</td><td></td></tr><tr><td>N-메틸말레이미드(NEM)</td><td>Bioshop</td><td>#ETM222</td><td></td></tr><tr><td>기공 주사기 필터 0.45 &mu; m</td><td>Sarstedt</td><td>#83.1826</td><td></td></tr><tr><td>폴리에틸레니민(PEI)</td><td>Polysciences Inc</td><td>#23966-1</td><td></td></tr><tr><td>pGEX6P2RBS-GST-RING1B(1-159)-BMI1(1-109)</td><td>Addgene</td><td>#63139</td><td></td></tr><tr><td>Ub 활성화 효소(UBE1)</td><td>Boston Biochem</td><td>#E-305</td><td></td></tr><tr><td>UBCH5C (UBE2D3)</td><td>Boston Biochem</td><td>#E2-627</td><td></td></tr></tbody></table>

체외 유비퀴틴화 및 뉴클레오소말 히스톤의 이중화 율법의 비퀴틴화 어설션

In Vitro Ubiquitination and Deubiquitination Assays of Nucleosomal Histones

유비퀴틴화는 다양한 신호 경로에서 중요한 역할을 하며 염색질 기능 및 DNA 관련 과정의 조정에 특히 관여하는 번역 후 수정입니다. 이 수정은 E1 유비퀴틴 활성화, E2 유비퀴틴-컨쥬게이팅 및 E3 유비퀴틴-리가제 및 듀비퀴틴-리가제를 포함한 여러 효소의 순차적 작용을 수반하며 듀비퀴틴아제(DUBs)에 의해 역전된다. 유비퀴틴화는 효소 활성의 변조, 단백질-단백질 상호 작용 및 세포외 국소화를 포함한 단백질 기능의 저하 또는 단백질 기능의 변경을 유도합니다. 단백질 유비퀴틴화 또는 듀비퀴틴화를 입증하는 중요한 단계는 정제된 성분으로 시험관 내 반응을 수행하는 것입니다. 효과적인 유비퀴틴화 및 듀비퀴틴화 반응은 사용되는 다양한 성분, 효소 보조 인자, 완충조건 및 기질의 성질에 의해 크게 영향을 받을 수 있다.  여기서는 유비퀴틴화 및 듀비퀴틴화 반응을 수행하기 위한 단계별 프로토콜을 제공합니다. 우리는 마우스 폴리콤 억압 복합체 1(PRC1), BMI1 및 RING1B, 리신 119에 대한 히스톤 H2A를 모노비퀴틴화하는 E3 유비퀴틴 리가제의 최소한의 성분을 사용하여 이러한 반응을 설명한다. 핵소종 H2A의 듀비퀴틴화는 인간 듀비퀴티나제 BAP1 및 그 보조 인자 ASXL2의 DEUBiquitinase ADaptor(DEUBAD) 도메인에 의해 형성된 최소한의 폴리콤 억압적 듀비퀴타제(PR-DUB) 복합체를 사용하여 수행된다. 이러한 유비퀴틴화/듀비퀴틴화 분석은 포유류 세포로부터 정제된 박테리아 정제 단백질 또는 네이티브 뉴클레오좀으로 재구성된 재조합 뉴클레오좀의 맥락에서 수행될 수 있다. 우리는 이 반응에 중요한 영향을 미칠 수 있는 복잡성을 강조하고 우리는 이 프로토콜의 일반적인 원리가 그밖 E3 유비퀴틴 ligases 및 deubiquitinases에 신속하게 적응될 수 있다는 것을 건의합니다.

GST-BMI1 및 RING1B 단백질은 박테리아에서 잘 생성되며 수용성 분획에서 쉽게 추출될 수 있습니다. 도 1A는 GST-BMI1-RING1B 복합체의 전형적인 정제를 위한 쿠마시 블루 염색을 나타낸다. GST-BMI1 및 RING1B 대역은 각각 예상 분자량, ~45 kDa 및 ~13 kDa로 마이그레이션됩니다. 특히 E3 리가제 복합체는 매우 낮은 수준의 박테리아 단백질 오염 물질 및/또는 분해 산물로 매우 균일합니다. 더욱이, 정제된 복합체의 점치내측정은 1:1의 몰 비와 같이 최적이며, GST-RING1B 단백질의 밴드 강도는 BMI1보다 2~3배 더 강할 것으로 예상된다. 유사하게, His-BAP1/MBP-DEUBAD 복합체의 정제는 또한 각각 ~90 kDa 및 ~55 kDa에서 밴드와상대적으로 매우 균일한 제제를 초래하였다 (그림 1B). BAP1 ...

유비퀴틴화는 세포 과정에서 중요한 역할을 하는 번역 후 수정이며, 듀비퀴틴화에 의해 긴밀하게 조정됩니다. 두 반응의 결함은 인간의 병리를 뒷받침합니다. 우리는 정제 된 구성 요소를 사용하여 시험관 내에서 유비퀴틴화 및 듀비퀴틴화 반응을 수행하기위한 프로토콜을 제공합니다.

Ubiquitination is a post-translational modification that plays important roles in various signaling pathways and is notably involved in the coordination ...

세포 내부의 유비퀴티니션 및 비비퀴티니션 반응의 복잡성을 감안할 때 정의된 정제 성분을 사용하여 체외 분석서를 확립하는 것이 중요합니다. 이것은 유비퀴티뉴션과 비비퀴티뉴션의 메커니즘을 이해하고 또한 이 반응에 책임 있는 효소를 인코딩하는 유전자와 관련되었던 돌연변이가 인간 적인 질병을 일으키는 원인이 될 수 있는 방법을 결정하는 것을 돕습니다. 이러한 반응을 유도하는 이러한 구성 요소의 도메인과 모티브를 식별할 수 있습니다.우리는 또한 잠재적인 치료로 개발될 수 있는 작은 분자 억제제를 위해 스크린하기 위하여 이용될 수 있는 높은 처리량 스크린 assays를 개발할 수 있습니다. 박테리아 용액을 시작하려면, 얼음 차가운 용해 버퍼 A.add 25 밀리터리시스 버퍼 A의 25 밀리터를 박테리아 펠릿을 포함하는 병에 넣고 펠릿을 다시 중단하십시오. 초음파 처리를 위해 튜브에 박테리아를 함유 한 용양을 옮김.프로브 초음파 처리기를 사용하여 30초 에서 5배 동안 70%의 출력 진폭으로 용액을 초음파 처리합니다. 그런 다음 섭씨 4도에서 20 분 동안 21, 000 배 g에서 원심 분리기. 원고에 따라 5 시간 동안 GSH 구슬로 박테리아를 배양 한 후, 빈 크로마토그래피 컬럼으로 버퍼의 10 밀리터와 함께 구슬을 전송합니다.그런 다음, 1.5 밀리터리 A의 완충제 A를 첨가하여 25 밀리머 글루타티온을 컬럼에 넣고 중력에 의한 용출을 1.5 밀리리터 마이크로튜브로 수집한다. 용출 절차를 네 번 반복 신선한 버퍼A 원고에 따라 용출 분획의 계속 처리. 시작하려면, 얼음 차가운 용해 버퍼 B.Mix 25 밀리터의 25 밀리터에서 His-BAP1 및 MBP-DEUBAD 박테리아 펠릿을 15 분 동안 얼음에 배양하십시오.20분 동안 21, 000배 g에서 lysate을 원심분리합니다. lysate 원심분리 후, 병에 0.45 마이크로 미터 모공 주사기 필터를 통해 lysate을 필터링하고 니켈 NTA 구슬과 혼합. 섭씨 4도에서 5시간 동안 흔들리면 배양하세요.그 후, 3 분 동안 25, 000 배 g에서 구슬을 회전. 파이펫을 사용하여 50 밀리리터 튜브에 체퍼를 저장합니다. 구슬을 완충 B 5밀리터로 씻어내고, 20밀리머 이미다졸을 함유하고, 3분 원심분리기로 6회 세척합니다.마지막 세척 후, 빈 크로마토그래피 컬럼에 버퍼 B의 10 밀리터트로 구슬을 전송하고 200 밀리머 이미다졸을 포함하는 버퍼 B의 1 밀리리터를 추가합니다. DTT및 EDTA를 포함하는 1.5 밀리리터 마이크로튜브로 중력에 의한 용출을 수집합니다. 용출 절차를 네 번 반복하고 원하는 용출 된 분획을 15 밀리리터 튜브로 풀.버퍼 C를 추가하여 용출된 복잡한 을 세 번 희석시 보입니다. 그런 다음 희석된 용출을 튜브에 준비된 아밀로오스 구슬로 옮기고 밤새 섭씨 4도에서 흔들어 서 배양합니다. 아침에는 튜브를 2, 500배에서 3분간 원심분리하고 15밀리리터 튜브에 체퍼를 유지합니다.5 밀리터리 C의 5밀리터로 단백질 바운드 구슬을 5~6회 세척합니다. 그런 다음 500 마이크로리터의 완충제 D를 아밀로오스 아가로스 비드에 정제된 His-BAP1/MBP-DEUBAD 컴플렉스에 추가하여 50%의 비드 솔루션을 만듭니다. 50% 비드 용액의 마이크로리터 20개를 마이크로센심분리기 튜브로 옮기고 SDS-PAGE 및 쿠마시 블루 분석을 위해 2회 Laemmli 샘플 버퍼 20마이크로리터를 추가합니다.향후 사용량을 위해 남은 비드 솔루션을 영하 80도에 저장합니다. HEK293T 세포를 배양한 후, 15센티미터 배양 접시에 20밀리터의 1,200만 개의 세포를 배양한 후, 하루 전에 는 트랜스펙트 전에. 하루 후, 세포 배양 후드 에서, 흡인 매체와 세럼 무료 미디어의 12 밀리터공급.밀리리터 당 1 밀리그램에서 PEI의 63 마이크로 리터를 사용하여 pCDNA 플랫-H2A의 21 마이크로그램으로 세포를 트랜스펙트. 12시간 후에 는 중간을 완료하도록 변경합니다. 원고에 따라 세포를 수확한 후, NEM을 함유하는 완충제 E의 약 10부에서 세포 펠릿을 재보중단하고 20분 동안 얼음에 배양한다.원심분리 후 3, 000배 g에서 5분간, 상체를 폐기하십시오. 10권의 완충제 E로 염색체 펠릿을 두 번 세척한 다음 완충F 5밀리터에서 크롬타틴을 두 번 세척하고 실온에서 10분 동안 밀리리터당 3단위의 농도로 소우주 뉴클레아제로 펠릿을 치료한다. 인큐베이션 후, 뉴클레오소피 DNA 단편의 분석을 위해 혼합물의 40 마이크로리터 알리쿼트를 1.5 밀리리터 튜브로 이송한다.페놀 클로로폼 40마이크로리터와 6배의 DNA 적재 버퍼20마이크로리터를 추가합니다. 소용돌이와 2 분 동안 18, 000 배 g에서 회전. 그런 다음 DNA를 로드하기 위해 2%아가로즈 젤로 수성 상15마이크로리터를 전달합니다.원고에 따른 반응과 원심분리를 중지한 후, 15밀리리터 튜브에서 15밀리리터 튜브에 반플래그 수지 구슬로 수용성 크로마틴 분획을 4°C에서 흔들어 보냅니다. 버퍼 G.버퍼 G.Transfer 5 밀리터링 G로 구슬을 빈 크로마토그래피 컬럼으로 6번 세척합니다. 비드의 바운드 뉴클레오소좀을 260 마이크로리터의 완충G로 희석하여 깃발 용출 펩타이드의 밀리리터당 200 마이크로그램, pH 8에서 1~5개의 어금니 트리를 함유한다.차가운 방에서 한 시간, 세 번 뉴클레오좀을 엘ute. 유비퀴티닝 분석법을 수행하기 위해 먼저 정제뉴클레오종의 마이크로그램 1개를 버퍼 H.After에 추가하여 UBE1 250 나노그램, UB 및 E2 UB의 나노그램 250나노그램을 함유한 효소 용액 믹스를 추가하여 효소를 결합하고 BMI1-RING1B E3 의 마이크로그램을 복합 튜브에 결합하였다. 37도에서 3시간 동안 반응을 배양하여 가끔 씩씩한 흔들림을 가합니다.2회 Laemmli 샘플 버퍼의 40 마이크로리터를 첨가하여 반응을 멈추고 서부 블로팅에 의한 히스톤 H2AK119 유비퀴티네이션을 분석한다. 시험관 내 비비퀴티네이션 분석체를 수행하기 위해 정제된 뉴클레오소이소40 마이크로리터의 완충제 I및 박테리아의 1마이크로그램이 정제된 그의-BAP1/MBP-DEUBAD 구슬을 정제하였다. 튜브를 37°C의 인큐베이터에 놓아 가끔 씩 씩씩하게 흔들리는 비비퀴티니션 반응을 수행합니다.그런 다음 2회 Laemmli 버퍼의 40 마이크로리터를 첨가하여 반응을 멈추고 면역 블로팅에 의해 분석한다. 이 실험에서, GST 선호도 구슬을 사용하여 GST-BM1-RING1B 단지의 전형적인 정화를 위한 쿠마시 블루 염색은 밴드가 각각 약 45킬로달톤과 13킬로달톤의 예상 어금니 무게로 이동하는 것을 보여준다. 마찬가지로 His-BAP1 MBP-DEUBAD 단지의 정화는 각각 90킬로달톤과 55킬로달톤의 밴드로 비교적 높은 균질성 제제를 낳았다.한편, 정제된 뉴클레오소말 분획은 본질적으로 147개의 염기 쌍 대역에 의해 구성되어 고농축 단핵소말 분획의 존재를 나타낸다. 정제된 뉴클레오좀의 쿠마시 블루 염색은 스토이치오메트릭 양을 가진 4개의 히스톤 서브유닛의 전형적인 밴드 패턴을 나타낸다. BMI1-RING1B 복합체를 가진 히스톤 H2A의 유비퀴티뉴션은 비수정 형태의 수준이 수반적으로 감소하는 동안 단백질의 유비쿼터티드 형태의 시간 의존적 증가를 나타낸다.유비퀴티온 반응은 거의 모든 H2A 단백질이 H2A K119ub로 변환됨에 따라 총이다. 한편, 귀비퀴틴화 분석은 토착 뉴클레오좀을 실시했다. BAP1-DEUBAD를 가진 이들 뉴클레오좀의 배큐베이션에 따라 H2A K119ub 신호의 시간 의존적 감소가 관찰되었다.유비퀴틴화 및 비비퀴틴화 반응의 성공은 단백질이 정제되는 방식에 달려 있습니다. 우리는 좋은 수율이 필요하고 단백질 재서스펜션 및 정제를 위한 완충제 사용은 생화학 반응과 호환되어야 합니다. 이 유비퀴티뉴션 및 비비퀴티니션 어약이 잘 확립되면 영향 활성제 및 억제제뿐만 아니라 질병 관련 유전자 돌연변이의 영향을 테스트할 수 있습니다.이 방법은 여러 실험실의 기여에 의해 설립되었으며 유비쿼터티및 비쿼터티니션의 메커니즘을 이해하는 데 매우 유용합니다. 몇몇 화학 물질은 유해하고 후드에서 조작될 필요가 있습니다. 여기에는 페놀 클로로폼, 산, 염기 및 감소제가 포함됩니다.

in-vitro-ubiquitination-deubiquitination-assays-nucleosomal

Research

연구

JoVE Journal

Biochemistry

생화학

Ubiquitination 세 효소의 집합으로 실시하는 핵심 posttranslational 수정합니다. 이 수정에 관여 유전자의 돌연변이가 여러 가지 인간의 질병와 관련된 있습니다. 여기, 우리는 교양 세포에 단백질 ubiquitination을 감지 프로토콜...

단백질 Ubiquitination의 감지

여기에서는 ATP 의존성 염색질 리모델링 효소의 능력을 특성화하는 데 사용할 수 있는 생화학적 분석법을 설명합니다. 1) ATP 의존성 뉴클레오솜 슬라이딩을 촉매하고, 2) 뉴클레오솜 기질과 결합하고, 3) 뉴클레오솜 또는 DNA 의존성 방식으로 ATP를 가수분해합니다.

ATP에 의존 염색질 리모델링 효소의 활동을 분석하는 생화학 분석 실험

현재 프로토콜은 기능적 상동 deubiquitinating 효소의 활성을 측정하는 방법을 자세히 설명. 전문화 된 프로브에 공유 효소를 검출하고 수정할 수 있도록. 이 방법은 새로운 치료 표적을 식별하는 잠재력을 보유하고있다.

세포주 및 조직 샘플에서 Deubiquitinating 효소의 활성을 측정 방법

이 프로토콜은 차등 동위 원소 표지 자매 히스톤를 포함하는 뉴 클레오의 재구성에 대해 설명합니다. 동시에, 비대칭 번역 후 개질은 뉴 클레오 히스톤 premodified 복사를 사용한 후 발생 될 수있다. 이러한 제제는 즉시 고해상도 NMR 분광법을 이용하여 두 자매 히스톤 동시에, 수정 누화 메커니즘을 연구하는데 사용될 수있다.

된 유의 동위 원소 표지 자매 히스톤과 뉴 클레오의 재구성

이 방법은 유비퀴틴 체인 토폴로지의 글로벌 변화에 대한 평가를 설명합니다. 평가는 질량 분광계 기지를 둔 표적 proteomics 접근의 응용에 의해 수행됩니다.

병렬 반응 모니터링에 의한 유비퀴틴 연쇄 분석

본 연구는 E3 유비퀴틴 리구아제 촉매 활성의 분석을 위한 체외 유비쿼터스 분석 프로토콜에 대한 상세한 제공. 재조합 단백질은 대장균 배양과 같은 원핵계를 사용하여 발현되었다.

시험관 내 E3 유비퀴틴 리가제 기능 분석

이 프로토콜은 히스톤 샤페론 올리고머화 및 안정성을 연구하기 위한 분석 크기 배제 크로마토그래피, 히스톤 샤페론-히스톤 상호작용을 밝히기 위한 풀다운 분석, 단백질 복합체의 화학량론을 분석하기 위한 AUC, 추정 히스톤 샤페론을 시험 관 내에서 기능적으로 특성화하기 위한 히스톤 샤페로닝 분석을 포함하는 일련의 방법을 설명합니다.

체외 분석, 풀다운 및 샤프롱 분석을 사용한 히스톤 샤페론의 특성 분석

우리는 포유동물 세포에서 특정 기질 및 E3 유비퀴틴 리가아제의 유비퀴틸화 검정을 위한 상세한 프로토콜을 제공한다. HEK293T 세포주는 단백질 과발현을 위해 사용되었고, 폴리유비퀴틸화된 기질은 면역침전에 의해 세포 용해물로부터 정제되고, SDS-PAGE에서 분해되었다. 면역블롯팅은 이러한 번역 후 변형을 시각화하기 위해 사용되었다.

포유동물 세포 용해물에서 E3 유비퀴틴-리가아제에 의한 기질 유비퀴틸화의 평가

이 프로토콜은 재조합 단백질 정제와 유비퀴틴 사슬 절단 분석을 결합하여 신경 발달 장애와 관련된 유전적 변이가 탈유비퀴틸화 효소 활성에 미치는 영향을 측정하는 방법을 설명합니다.

In vitro Ubiquitin Chain Cleavage Assay를 통한 신경 발달 장애 관련 Deubiquitylating Enzymes의 효소 활성 측정

유비퀴틴화는 세포 내 단백질 기능의 중요한 조절자입니다. 여기서는 포유류 세포에서 기질 단백질 유비퀴틴화 수준을 검출하는 두 가지 세포 용해 방법을 설명하고, 유비퀴틴화 수준 분석에 미치는 효과를 비교합니다. HEK293T 세포 내 단백질 과발현은 일시적 형질전환에 의해 유도되었고, 유비퀴틴화된 단백질은 웨스턴 블롯 분석을 통해 검출되었습니다.

SMAD2/SMURF2를 모델로 삼은 포유류 세포 용해체에서의 유비퀴틴화 검출 비교 전략

이 프로토콜은 포유류 세포 용해액 또는 순수 유비퀴틴 효소 복합체를 이용해 폐렴 구균을 유비퀴틴화하는 방법을 설명하며, 이후 정제된 VCP/p97-UFD1-NPLOC4 단백질 복합체로 처리하여 박테리오리네이션 활성을 평가하여 유비퀴틴 의존성 면역 효과 연구를 가능하게 합니다.

시험관 내 박테리아 유비퀴틴화 재구성 및 VCP/p97 매개 제거

배우세요 체외 유비퀴틴화 및 디유비퀴틴화 반응 분석법을 정제된 성분을 사용하여 세포 과정을 연구하는 방법입니다. 이 기술은 효소 돌연변이와 질병 메커니즘 간의 관계를 이해하는 데 활용됩니다.

체외 유비퀴틴화 및 뉴클레오소말 히스톤의 이중화 율법의 비퀴틴화 어설션

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