Name: 원형 RNA를 분석하기 위해 미니유전자를 포함하는 Alu 요소 사용 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2020-03-10T12:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 10 s
Description: 학습하세요 원형 RNA 생성을 위한 미니유전자 클로닝 프로토콜을 통해 Alu 요소를 활용한 대안적 스플라이싱 메커니즘을 분석하는 방법. 이 기술은 질병 연관성 및 유전자 조절 연구에 활용됩니다.

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이 작품은 국방부 국방부 보조금 AZ180075에 의해 지원되었다. 스테판 스엠 감사 재클린 누난 엔다우먼트. 안나 PawluchinD에 의해 지원되었다, 독일의 학술 교류 프로그램, 저스틴 R. 웰던 켄터키 맥스 Steckler 상 대학의 수상자였다.

1. 구문 설계
<ol><li>UCSC 게놈 브라우저24를 사용하여 원형 RNA 형성에 필요한 반복적 요소를 식별하고 이를 구성에 통합합니다. 중요한 것은, 증폭을 위한 프라이머는 반복적인 요소 외부에 있어야 합니다.</li>
	<li>원형 RNA 서열(보충도1은 시험 서열)을 <a href="https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start" target="_blank">https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start</a> 넣고 올바른 유기체를 선택한다. 시퀀스를 제출하고 브라우저 보기로 이동하여 1.5배 또는 적절하게 축소합니다(그림2A). 참고: 검색 순서가 맨 위 줄에나타납니다(그림 2A, 1). 원형 RNA의 엑온의 순서에 따라 BLAT는 모든 엑소온을 연결하지 않습니다. 이 예에서, 엑온12(도 2A, 4)는11에 연결되지 않음(도 2A, 2, 3),왜냐하면 엑온(12)은 원형 RNA 서열에서 엑온(11)의 상류이기 때문이다(보충도1). 반복요소는 상자로 표시된 '반복 마스크' 트랙에 있으며, 여기서 검은색에서 회색으로 는 진화적 보존을나타냅니다(그림 2A, 5).</li>
	<li>반복 요소 위에 마우스를 사용하여 부동 창에서 하위 유형을 식별합니다. Alu 요소는 SINE (짧은 산재 핵 원소) 라인에 있습니다. 그림 2와 다른 그림을 가져온 경우 창 아래의 '기본 트랙' 버튼을 사용하여 브라우저를 재설정합니다. 참고 : 유전자 디스플레이의 엑온을 통해 mousing는 컴퓨터가 생성되는 엑온 번호와 창을 생성합니다. 이 숫자는 문헌에 설정된 엑슨 번호매기기와 일치하지 않으며 이소폼 간에도 변경됩니다.</li>
</ol>2. 표현 벡터에서 복제할 시퀀스를 선택합니다.
<ol><li>UCSC 게놈 브라우저의 상단 라인에서 보기 → DNA로 이동하여 창에 표시된 DNA 서열을 다운로드한다. 시퀀싱 서식 지정 옵션에서 확장 대/면/색상 옵션을선택합니다.</li>
	<li>기본 케이스를 Lower로 선택하고 NCBI refseq에대해 대/소문자를 선택합니다. 반복 마스크에 대해 밑줄을 선택하고 굵게 및 기울임꼴을 선택합니다. 제출을 클릭합니다. 작은 글자로 대문자와 인트론으로 엑손이있을 것입니다. 엑손/인트론 테두리를 확인합니다.</li>
	<li>이 예제에서는 브라우저가 역보수를 보여 주는 'ccctttacCTTTTTTTTTTT' 시퀀스가 있습니다. 이 경우, 돌아가서 올바른 엑손 인트론 테두리 (agEXONgt)를 볼 때까지 역보수 상자를 선택, 이 예에서 AAAAAGgtaaaggg.</li>
	<li>올바른 방향으로 파일을 복사 (내부 엑소온은 인트로닉 ag에 둘러싸여 있습니다 ... gt) 워드 프로세싱 문서에 넣고 엑시온을 강조 표시합니다(추가그림 2). 참고: 이 예에서는, 엑소9-12를 포괄하는 게놈 단편은 약 24 kb이고 따라서 게놈 DNA에서 증폭되기에는 너무 큽합니다. 따라서 약 1kb 의 인트로닉 영역으로 둘러싸인 각 엑온은 개별적으로 증폭되고 이들 4개의 단편은 복제 벡터로 조립된다.</li>
	<li>증폭될 단편을 선택한다(엑손±500 nt 인트론). 이 지역의 프라이머가 특정 서열을 증폭시키지 않으므로 인트론이 반복적 인 영역에서 시작하거나 끝나지 않도록하십시오. 선택한 영역은 그림 2B에표시되고 해당 서열은 추가 그림 3에표시됩니다. 참고: 일반적으로 구문이 클수록 복제가 더 어려워집니다. 단편은 단계 현명한 조립될 수 있다(즉, 엑온 9는 벡터와 결합되고 다음 단계에서 엑온(10)은 모든 엑소온이 제자리에 있을 때까지 복제를 통해 이 구안에 도입되거나, 대안적으로, 모든 단편들이 동시에 조립된다. 단계별 접근 방식은 항상 작동하지만 더 많은 시간이 필요합니다. 동시 어셈블리는 항상 작동하지 않으며 개별 단편이 게놈 DNA에서 얼마나 잘 증폭될 수 있는지, 그리고 구성물의 전체 크기에 따라 달라집니다. 따라서 우리는 일반적으로 동시에 두 가지 접근 법으로 시작합니다.</li>
</ol>3. 복제를 위한 디자인 프라이머
<ol><li>웹<a href="https://nebuilder.neb.com/#!/" target="_blank">도구(https://nebuilder.neb.com/#!/)를</a>사용하여 복제용 프라이머를 디자인합니다. 예를 들어, 이 도구에 조각 9, 10, 11 및 12 및 벡터 서열(보충도 3)을입력합니다.</li>
	<li>벡터 서열의 경우 삽입 부위를 마지막 뉴클레오티드로 추가하고 이후에 단편을 추가합니다. 벡터 번호 매기기는 지정된 삽입 사이트로 시작되지 않으므로 벡터에 삽입된 사이트가 위치하고 다운스트림 부분이 업스트림 시퀀스 앞에 배치됩니다. 이 예에서 삽입은 HindIII [AAGCTT] 사이트 직후에 시작되고 pcDNA3.1의 PmeI [GTTTAAAC] 사이트 직후에 종료됩니다. cccgctgatcag에서 시퀀스 ... ccgtaaaaggcc는 pcDNA3.1 서열에서 위치 1 앞에 붙여 넣습니다 (gttgctggttttttcc ...).</li>
	<li>융점이 4 °C 이상 떨어져 있는 경우 프라이머를 조정합니다. 설계된 조각 및 프라이머 서열의 조립은 보충 그림 4에나와 있습니다. 복제용 프라이머도수동으로 25를설계할 수 있습니다.</li>
</ol>4. PCR 및 앰플리곤 감지
<ol><li>표준 PCR 반응: 반응당 총 부피 50 μL에 대한 반응 혼합을 만듭니다. 다음은 폴리머라제 1을 사용한 한 가지 반응에 대한 레시피입니다. 5x 반응 버퍼의 10 μL 1μL 의 10 mM dNTP 2.5 μL 10 μM 포워드 프라이머 2.5 μL 10 μM 리버스 프라이머 0.5 μL 의 폴리머라제 1 32.5 μL 의 뉴클레아제 프리 H2O<ol>
<li>선택적으로, 제품에 높은 GC 함량이있는 경우 5x GC 인핸서의 10 μL을 추가하십시오. PCR 반응을 테스트하기 위해 GC 인핸서를 포함하는 별도의 믹스를 확인합니다.</li>
	</ol>
</li>
	<li>반응 샘플당 PCR 튜브내로 혼합의 49 μL을 Aliquot.</li>
	<li>PCR에 DNA 1 μL을 추가하면 양은 10 pg에서 1 ng까지 다양합니다.</li>
	<li>샘플을 스핀다운하여 측면의 잔류물을 제거하고 PCR 기계에 넣습니다. PCR 조건을 최적화할 때 동일한 장비와 동일한 장비 스팟을 사용하십시오.</li>
</ol>5. 다른 폴리머라제의 사용을 위한 더 긴 DNA 단편을 위한 최적화
<ol><li>온도<ol>
<li>장거리 폴리머라제 2를 최적화합니다.<ol>
<li>더 낮은 변성 온도(폴리머라제 1: 98°C, 폴리머라제 2: 94°C)를 사용한다.</li>
			<li>더 긴 변성 시간 (폴리머 라제 1 : 10 s, 폴리머 라제 2 : 30 s)를 사용하십시오.</li>
			<li>더 긴 어닐링 시간(폴리머라제 1: 30s, 폴리머라제 2: 60s)을 사용하십시오.</li>
			<li>연장 시간(폴리머라제 1: 30s/kb, 폴리머라제 2: 50s/kb)을 사용하십시오.</li>
			<li>낮은 확장 온도(폴리머라제 1: 72°C, 폴리머라제 2: 65°C)를 사용한다.</li>
			<li>프라이머의 Tm 아래 5 °C 의 어닐링 온도를 사용하십시오.</li>
		</ol>
</li>
		<li>프라이머 농도를 최적화합니다(원래 프라이머 농도보다 5배 더 적은 5배). 10 pg에서 50 pg, 100 pg, 1 ng, 5 ng, 10 ng까지 DNA 농도를 최적화합니다.</li>
		<li>폴리머라제 2를 사용하여 15kb 제품 크기를 증폭시키는 PCR 프로그램의 예로, 30초 동안 94°C에서 초기 변성, 30초 동안 94°C에서 DNA 변위를 수행한 다음 30초 동안 58°C에서 어닐링을 수행하고, DNA 확장을 65°C에서 12분 30초동안 수행합니다. 최종 4°C 홀드로 10분 동안 65°C에서 최종 연장을 수행합니다. 참고: 각 폴리머라제에 특정한 웹 기반 온도 계산에 의해 결정된 프라이머에 대한 어닐링 온도(Ta)입니다. 확장 시간은 다를 수 있으며 조각이 10kb보다 큰 경우 최적화해야 합니다.</li>
	</ol>
</li>
	<li>연장 시간 및 DNA 농도<ol>
<li>6kb 이상 DNA 조각에 대해 더 긴 연장 시간을 사용하십시오: 1kb당 1분. 더 긴 단편은 더 적은 DNA를 이용해야 합니다.</li>
		<li>증폭을 위한 최적 DNA 농도를 찾기 위하여 DNA의 희석을 능력을 발휘합니다, 일반적으로 플라스미드를 위한 1 pg to 1 ng 또는 게놈 DNA를 위한 1 ng 1 μg. 참고: 대부분의 복제용 폴리머라제 1은 Sso7d DNA 결합 도메인을 독점적인 열안정 DNA 폴리머라제26에융합하여 설계한다. 중합효소는 낮은 오차율을 가지며 Sso7d 도메인으로 인해 높은 공정성을 가지며, 대형(10-15 kb) 게놈 단편을 증폭하는 데 필요하다. 이러한 큰 단편 크기로 인해, DNA분자(27)의 효소 조립은 제한 효소를 필요로 하지 않기 때문에 벡터내로 삽입하는데 사용된다. 15kb 보다 긴 파편의 증폭은 폴리머라제 1을 사용하면 점점 더 어려워집니다. 큰 조각 증폭을 위해 사용 폴리머 라제 2 는 sso7d에 융합 된 교정 폴리머 라제 또는 더 높은 오류 율을 제공하는 장거리 PCR 키트와 같은 파이로 코커스로만든 폴리머 라제 2를 사용합니다.</li>
	</ol>
</li>
</ol>6. 복제를위한 PCR 제품의 정화
<ol><li>인터칼레이팅 핵산 얼룩을 함유한 1% 아가로즈 젤(예를 들어, 1x GelGreen)에 PCR 제품의 절반을 실행합니다. 다크 리더 트랜스일루미에이터에서 스테인드 젤을 시각화합니다. 이 염색된 DNA는 크기에 충실하게 실행되지 않습니다. 참고 : GelGreen은 에티듐 브로마이드와 유사한 DNA로 인터케이터링하지만 DNA를 손상시키지 않는 파장인 약 500 nm (시안)의 빛에 의해 흥분되어 복제를 매우 향상시킵니다.</li>
	<li>병행하여 PCR 제품의 절반을 에티듐 브로마이드로 염색한 후 염색된 1% 겔로 실행한다(그림3A, B).</li>
	<li>스테인드 겔(step 6.1)으로부터 적당한 크기의 밴드를 소비하고 겔 및 PCR 클린업 키트를 사용하여 DNA를 분리한다. 표준 프로토콜에서 편차에서, 일반적으로 DNA 농도가 낮기 때문에, 이중 증류수의 단지 20 μL에서 DNA를 용해합니다.</li>
	<li>복제하기 전에, 농축 및 무결성을 위해 아가로즈 겔에 단리된 DNA를 확인한다(그림3B). 벡터 비율에 대한 2:1 어금니 삽입을 목표로 합니다. 여러 인서트를 사용하는 경우 비율은 2:2:2:1입니다.</li>
</ol>7. DNA 조립 및 복제 검출
참고: 복제는 효소 DNA 조립 키트를 사용하여 사소한 수정으로 수행됩니다. 조립체는 50°C에서 60분 동안 수행되며 일반적으로 더 낮은 범위의 DNA가 조립(20-100 fmol/20 μL 반응)에 사용된다. 전체 반응 혼합은 화학 적 유능한 세포에 첨가되고 전체 세포는 6cm 한천 접시에 도금됩니다.
<ol><li>벡터를 결합하고 10 μL의 물에 1:2 몰 비(각각 20-500 fmol)로 삽입합니다.</li>
	<li>DNA 어셈블리 마스터 믹스 10 μL을 추가합니다.</li>
	<li>50°C에서 60분 동안 샘플을 배양한다.</li>
	<li>다음으로, 전체 조립 반응으로 유능한 세포를 변형시킵니다. 여기서, 대장균 균주 1 세포를 더 긴 또는 불안정한 구성을 위해 더 짧은 구수 또는 대장균 변형 2 세포를 사용한다. 세포는 50 μL 부피에 있어야 합니다.</li>
	<li>얼음에 세포를 해동하고 유능한 세포에 냉각 조립 된 제품의 2 μL을 추가합니다. 튜브를 4-5회 가볍게 두드려 섞습니다. 소용돌이를 하지 마십시오.</li>
	<li>혼합물을 얼음 위에 30 분 동안 놓습니다.</li>
	<li>30s에 대한 42 °C에서 열 충격. 섞지 마십시오.</li>
	<li>튜브를 다시 얼음으로 2분 동안 옮김을 옮김.</li>
	<li>튜브에 실온 SOC 용지 950 μL을 추가합니다.</li>
	<li>반응 튜브를 37°C에서 60분 동안 배양합니다.</li>
	<li>37°C에서 배양하는 동안 적절한 항생제로 따뜻한 선택 플레이트.</li>
	<li>원심분리 (10,000 x g, 30 s)를 통해 세포를 펠렛하고 두 개의 선택 플레이트에 세포의 1/4 및 3/4을 플레이트화하고 밤새 37 °C에서 배양합니다.</li>
</ol>8. 클론의 유효성 검사
<ol><li>감지를 위해 조립 부위에 걸쳐 PCR 프라이머를 사용하는 콜로니 PCR을사용합니다(그림 1C).</li>
	<li>멸균 이쑤시개를 가지고 하나의 세균 성 식민지를 터치합니다.</li>
	<li>식민지를 가진 이쑤시개를 사용하여 PCR 튜브의 바닥을 터치한 다음 항생제 한천 판에 이쑤시개를 줄무늬를 만들고, 37°C 또는 실온에서 줄무늬 플레이트를 배양하여 민감한 구조물을 하룻밤 동안 배양합니다.</li>
	<li>콜로니와 접촉한 PCR 튜브를 검출 프라이머를 포함하는 PCR 혼합물로 오버레이합니다. 이들은 프라이머 3<a href="http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/" target="_blank">(http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/)를</a>사용 하 여 설계 되었습니다. 이 프로그램에는 "[ccc]" 기호를 사용하여 정의된 시퀀스에서 프라이머 설계를 강제로 사용하여 어셈블리 접합부에서 프라이머를 선택하는 옵션이 있습니다. 양성 균주의 DNA는 시퀀싱에 의해 분리되고 검증됩니다.</li>
</ol>9. 원형 RNA 발현 리포터 유전자 분석
<ol><li>분석을 위해, 진핵 세포로 기자 유전자를 transfect. 여기서 HEK293 셀(ATTC #CRL-1573)을 사용하여 높은 형질 감염 효율을 제공합니다. 비용을 절감하려면 PEI (폴리에틸렌 민) 솔루션을 사용하십시오.</li>
	<li>PEI 용액의 경우, 낮은 pH, pH2에서 물에 1 mg/mL에서 선형 폴리에틸렌하이민 염산염(PEI)을 용해시다. NaOH와 함께 pH를 7로 올입니다. 0.22 μm 필터가 있는 멸균 필터를 4°C에서 보관하십시오.</li>
	<li>세포를 6개의 우물(우물당 약 150,000개의 세포)으로 분할하고 DMEM 미디어에서 10% FBS에서 하룻밤 사이에 자랍니다.</li>
	<li>알리쿼트 1 μg의 리포터 유전자를 멸균 튜브에 넣고 150 mM NaCl을 여과한 멸균 균의 200 μL을 추가한다. 소용돌이에 의해 DNA와 혼합.</li>
	<li>이 혼합물과 소용돌이에 PEI 용액을 추가하고 잠시 원심 분리기를 사용하여 튜브 바닥에 샘플을 수집합니다. PEI 3 μL당 1 μg의 DNA 비율을 사용하십시오.</li>
	<li>실온에서 10분 동안 배양한 다음 HEK 293 세포에 직접 추가합니다.</li>
	<li>37°C, 5%CO2,하룻밤에 HEK293 세포를 배양한다.</li>
	<li>RNA 절연 키트를 통해 RT-PCR용 RNA를 분리합니다.</li>
</ol>10. 선형 RNA를 제거하는 RNase R 치료
<ol><li>RNase가 없는 튜브에 총 RNA 10 μg를 사용하십시오.</li>
	<li>RNA에 10 μL의 10 μL을 추가합니다(0.2 M Tris-HCl (pH 8.0), 1 M KCl, 1 mM MgCl2)를RNA에 추가합니다.</li>
	<li>RNA에 RNase R을 추가합니다 (1 μl = 20U).</li>
	<li>RNA에 1 μL의 글리콜 블루를 넣고 멸균수로 최대 100 μL의 부피를 가져옵니다.</li>
	<li>37°C에서 30분 동안 샘플을 배양합니다.</li>
	<li>페놀/클로로포름과 와류 100 μL을 1분 동안 넣으세요.</li>
	<li>21,000 x g의 원심분리기를 1분 간 분리하여 위상을 분리합니다.</li>
	<li>상수 (수성 상)를 취하고 1 개의 볼륨 (클로로포름 약 80 μL)을 추가하십시오.</li>
	<li>소용돌이 1 분, 다음 1 분 동안 원심 분리단계를 분리합니다.</li>
	<li>상급을 취하고, 1:10 vol KAc 및 2.5 vol 에탄올을 추가하고, 최고 속도 (21,000 x g)에서30 분 동안 4 °C에서 원심 분리기에서 -20 °C에서 침전하십시오. 하단에 작은 파란색 펠릿이있을 것입니다.</li>
	<li>상급제를 제거하고 80 % 에탄올로 씻으하십시오. 실온에서 5분 동안 공기건조시키고 10 μL의 물에 녹입니다.</li>
</ol>11. RT-PCR 분석
<ol><li>RT 반응당 RNA 1 μg를 사용하십시오.</li>
	<li>반응당 최종 총 부피 20 μL에 대한 반응 혼합을 확인합니다. 한 반응의 경우, 1 μL의 1 0mM dNTP, 0.1 M 디티오스레이톨 (DTT), 4 μL의 5 x 첫 번째 스트랜드 버퍼, 및 0.5 μL의 역 전사효소를 사용하십시오.</li>
	<li>Aliquot 6.5 μL의 반응 혼합물을 새로운 PCR 튜브로 혼합합니다.</li>
	<li>프라이머를 한 믹스에 최대 5개까지 섞으세요. 그러나, 일부 프라이머는 PCR에서 다른 프라이머와 잘못 페어링될 수있다(도 5). 프라이머 서열은 표 2에있습니다. 우리는 일상적으로 유전자 특정 엑슨 접합 프라이머를 사용하지만 무작위 hexamers로 프라이밍도 가능합니다.</li>
	<li>원하는 RT 반응 튜브에 1 μL 1μL의 1 μL을 추가합니다.</li>
	<li>PCR 반응 튜브에 RNA 1 μg를 추가합니다.</li>
	<li>RNase 프리 H2O를 총 부피 20 μL까지 추가하십시오.</li>
	<li>튜브를 아래로 회전하여 튜브 측면의 잔류물을 제거하고 열순환기에서 놓습니다.</li>
	<li>50°C에서 열전자전거에서 RT 반응을 50분 동안 실행합니다.</li>
	<li>RT cDNA를 -20°C에서 저장하거나 PCR 반응을 진행한다.</li>
</ol>

<ol><li>Jeck, W. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circular+RNAs+are+abundant%2C+conserved%2C+and+associated+with+ALU+repeats%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Circular RNAs are abundant, conserved, and associated with ALU repeats.</a> RNA. 19 (2), 141-157 (2013).</li>
<li>Zhang, X. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complementary+sequence-mediated+exon+circularization%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Complementary sequence-mediated exon circularization.</a> Cell. 159 (1), 134-147 (2014).</li>
<li>Deininger, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Alu+elements%3A+know+the+SINEs%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biology%22%5BJournal%5D)">Alu elements: know the SINEs.</a> Genome Biology. 12 (12), 236(2011).</li>
<li>Bazak, L., Levanon, E. Y., Eisenberg, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+analysis+of+Alu+editability%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Genome-wide analysis of Alu editability.</a> Nucleic Acids Research. 42 (11), 6876-6884 (2014).</li>
<li>Levanon, E. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+identification+of+abundant+A-to-I+editing+sites+in+the+human+transcriptome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Systematic identification of abundant A-to-I editing sites in the human transcriptome.</a> Nature Biotechnology. 22 (8), 1001-1005 (2004).</li>
<li>Hansen, T. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Natural+RNA+circles+function+as+efficient+microRNA+sponges%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Natural RNA circles function as efficient microRNA sponges.</a> Nature. 495 (7441), 384-388 (2013).</li>
<li>Kelly, S., Greenman, C., Cook, P. R., Papantonis, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exon+Skipping+Is+Correlated+with+Exon+Circularization%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Exon Skipping Is Correlated with Exon Circularization.</a> Journal of Molecular Biology. 427 (15), 2414-2417 (2015).</li>
<li>Li, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exon-intron+circular+RNAs+regulate+transcription+in+the+nucleus%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Structural+%26+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Exon-intron circular RNAs regulate transcription in the nucleus.</a> Nature Structural & Molecular Biology. 22 (3), 256-264 (2015).</li>
<li>Yang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extensive+translation+of+circular+RNAs+driven+by+N%286%29-methyladenosine%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Research%22%5BJournal%5D)">Extensive translation of circular RNAs driven by N(6)-methyladenosine.</a> Cell Research. 27 (6), 626-641 (2017).</li>
<li>Abe, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rolling+Circle+Translation+of+Circular+RNA+in+Living+Human+Cells%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Rolling Circle Translation of Circular RNA in Living Human Cells.</a> Scientific Reports. 5, 16435(2015).</li>
<li>Salzman, J., Chen, R. E., Olsen, M. N., Wang, P. L., Brown, P. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell-type+specific+features+of+circular+RNA+expression%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+Genetics%22%5BJournal%5D)">Cell-type specific features of circular RNA expression.</a> PLOS Genetics. 9 (9), 1003777(2013).</li>
<li>Ottesen, E. W., Luo, D., Seo, J., Singh, N. N., Singh, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+Survival+Motor+Neuron+genes+generate+a+vast+repertoire+of+circular+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Human Survival Motor Neuron genes generate a vast repertoire of circular RNAs.</a> Nucleic Acids Research. 47 (6), 2884-2905 (2019).</li>
<li>Stoss, O., Stoilov, P., Hartmann, A. M., Nayler, O., Stamm, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+in+vivo+minigene+approach+to+analyze+tissue-specific+splicing%5BTitle%5D)+AND+%22Brain+Research+Protocols%22%5BJournal%5D)">The in vivo minigene approach to analyze tissue-specific splicing.</a> Brain Research Protocols. 4, 383-394 (1999).</li>
<li>Mardon, H. J., Sebastio, G., Baralle, F. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+role+for+exon+sequences+in+alternative+splicing+of+the+human+fibronectin+gene%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">A role for exon sequences in alternative splicing of the human fibronectin gene.</a> Nucleic Acids Research. 15, 7725-7733 (1987).</li>
<li>Gaildrat, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+splicing+reporter+minigene+assay+to+evaluate+the+effect+on+splicing+of+unclassified+genetic+variants%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Use of splicing reporter minigene assay to evaluate the effect on splicing of unclassified genetic variants.</a> Methods in Molecular Biology. 653, 249-257 (2010).</li>
<li>Cooper, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+minigene+systems+to+dissect+alternative+splicing+elements%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Use of minigene systems to dissect alternative splicing elements.</a> Methods. 37 (4), 331-340 (2005).</li>
<li>Baralle, D., Baralle, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Splicing+in+action%3A+assessing+disease+causing+sequence+changes%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Medical+Genetics%22%5BJournal%5D)">Splicing in action: assessing disease causing sequence changes.</a> Journal of Medical Genetics. 42 (10), 737-748 (2005).</li>
<li>Percifield, R., Murphy, D., Stoilov, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Medium+throughput+analysis+of+alternative+splicing+by+fluorescently+labeled+RT-PCR%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Medium throughput analysis of alternative splicing by fluorescently labeled RT-PCR.</a> Methods in Molecular Biology. 1126, 299-313 (2014).</li>
<li>Stoilov, P., Lin, C. H., Damoiseaux, R., Nikolic, J., Black, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+high-throughput+screening+strategy+identifies+cardiotonic+steroids+as+alternative+splicing+modulators%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">A high-throughput screening strategy identifies cardiotonic steroids as alternative splicing modulators.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105 (32), 11218-11223 (2008).</li>
<li>Shen, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pyrvinium+pamoate+changes+alternative+splicing+of+the+serotonin+receptor+2C+by+influencing+its+RNA+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Pyrvinium pamoate changes alternative splicing of the serotonin receptor 2C by influencing its RNA structure.</a> Nucleic Acids Research. 41 (6), 3819-3832 (2013).</li>
<li>Noto, J. J., Schmidt, C. A., Matera, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Engineering+and+expressing+circular+RNAs+via+tRNA+splicing%5BTitle%5D)+AND+%22RNA+Biology%22%5BJournal%5D)">Engineering and expressing circular RNAs via tRNA splicing.</a> RNA Biology. , 1-7 (2017).</li>
<li>Schmidt, C. A., Noto, J. J., Filonov, G. S., Matera, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Method+for+Expressing+and+Imaging+Abundant%2C+Stable%2C+Circular+RNAs+In+Vivo+Using+tRNA+Splicing%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Enzymology%22%5BJournal%5D)">A Method for Expressing and Imaging Abundant, Stable, Circular RNAs In Vivo Using tRNA Splicing.</a> Methods in Enzymology. 572, 215-236 (2016).</li>
<li>Welden, J. R., van Doorn, J., Nelson, P. T., Stamm, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+human+MAPT+locus+generates+circular+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Biochimica+et+Biophysica+Acta+-+Molecular+Basis+of+Disease%22%5BJournal%5D)">The human MAPT locus generates circular RNAs.</a> Biochimica et Biophysica Acta - Molecular Basis of Disease. , 2753-2760 (2018).</li>
<li>Casper, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+UCSC+Genome+Browser+database%3A+2018+update%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">The UCSC Genome Browser database: 2018 update.</a> Nucleic Acids Research. 46, 762-769 (2018).</li>
<li>Grozdanov, P. N., MacDonald, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Generation+of+plasmid+vectors+expressing+FLAG-tagged+proteins+under+the+regulation+of+human+elongation+factor-1alpha+promoter+using+Gibson+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Generation of plasmid vectors expressing FLAG-tagged proteins under the regulation of human elongation factor-1alpha promoter using Gibson assembly.</a> Journal of Visualized Experiments. (96), (2015).</li>
<li>Wang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+strategy+to+engineer+DNA+polymerases+for+enhanced+processivity+and+improved+performance+in+vitro%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">A novel strategy to engineer DNA polymerases for enhanced processivity and improved performance in vitro.</a> Nucleic Acids Research. 32 (3), 1197-1207 (2004).</li>
<li>Gibson, D. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enzymatic+assembly+of+DNA+molecules+up+to+several+hundred+kilobases%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Enzymatic assembly of DNA molecules up to several hundred kilobases.</a> Nature Methods. 6 (5), 343-345 (2009).</li>
<li>Conn, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+RNA+binding+protein+quaking+regulates+formation+of+circRNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">The RNA binding protein quaking regulates formation of circRNAs.</a> Cell. 160 (6), 1125-1134 (2015).</li>
<li>Jeck, W. R., Sharpless, N. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detecting+and+characterizing+circular+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Detecting and characterizing circular RNAs.</a> Nature Biotechnology. 32 (5), 453-461 (2014).</li>
<li>Pamudurti, N. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Translation+of+CircRNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">Translation of CircRNAs.</a> Molecular Cell. 66 (1), 9-21 (2017).</li>
<li>Kramer, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Combinatorial+control+of+Drosophila+circular+RNA+expression+by+intronic+repeats%2C+hnRNPs%2C+and+SR+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+%26+Development%22%5BJournal%5D)">Combinatorial control of Drosophila circular RNA expression by intronic repeats, hnRNPs, and SR proteins.</a> Genes & Development. 29 (20), 2168-2182 (2015).</li>
<li>Starke, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exon+circularization+requires+canonical+splice+signals%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Reports%22%5BJournal%5D)">Exon circularization requires canonical splice signals.</a> Cell Reports. 10 (1), 103-111 (2015).</li>
<li>Suzuki, H., Tsukahara, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+view+of+pre-mRNA+splicing+from+RNase+R+resistant+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Molecular+Sciences%22%5BJournal%5D)">A view of pre-mRNA splicing from RNase R resistant RNAs.</a> International Journal of Molecular Sciences. 15 (6), 9331-9342 (2014).</li>
<li>Zhang, X. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diverse+alternative+back-splicing+and+alternative+splicing+landscape+of+circular+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Research%22%5BJournal%5D)">Diverse alternative back-splicing and alternative splicing landscape of circular RNAs.</a> Genome Research. 26 (9), 1277-1287 (2016).</li>
<li>Liang, D., Wilusz, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Short+intronic+repeat+sequences+facilitate+circular+RNA+production%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+%26+Development%22%5BJournal%5D)">Short intronic repeat sequences facilitate circular RNA production.</a> Genes & Development. 28 (20), 2233-2247 (2014).</li>
<li>Wang, Y., Mandelkow, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tau+in+physiology+and+pathology%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Tau in physiology and pathology.</a> Nature Reviews Neuroscience. 17 (1), 5-21 (2016).</li>
<li>Fejes-Toth, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Post-transcriptional+processing+generates+a+diversity+of+5%27-modified+long+and+short+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Post-transcriptional processing generates a diversity of 5'-modified long and short RNAs.</a> Nature. 457 (7232), 1028-1032 (2009).</li>
<li>Gao, Q. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complex+regulation+of+tau+exon+10%2C+whose+missplicing+causes+frontotemporal+dementia%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Neurochemistry%22%5BJournal%5D)">Complex regulation of tau exon 10, whose missplicing causes frontotemporal dementia.</a> Journal of Neurochemistry. 74 (2), 490-500 (2000).</li>
<li>Hartmann, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+alternative+splicing+of+human+tau+exon+10+by+phosphorylation+of+splicing+factors%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+and+Cellular+Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Regulation of alternative splicing of human tau exon 10 by phosphorylation of splicing factors.</a> Molecular and Cellular Neuroscience. 18 (1), 80-90 (2001).</li>
<li>Wang, Y., Wang, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+backsplicing+produces+translatable+circular+mRNAs%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Efficient backsplicing produces translatable circular mRNAs.</a> RNA. 21 (2), 172-179 (2015).</li>
<li>Yang, Y., Wang, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Constructing+GFP-Based+Reporter+to+Study+Back+Splicing+and+Translation+of+Circular+RNA%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Constructing GFP-Based Reporter to Study Back Splicing and Translation of Circular RNA.</a> Methods in Molecular Biology. 1724, 107-118 (2018).</li>
<li>Zheng, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circular+RNA+profiling+reveals+an+abundant+circHIPK3+that+regulates+cell+growth+by+sponging+multiple+miRNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs.</a> Nature Communications. 7, 11215(2016).</li>
<li>Jia, W., Xu, B., Wu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circular+RNA+expression+profiles+of+mouse+ovaries+during+postnatal+development+and+the+function+of+circular+RNA+epidermal+growth+factor+receptor+in+granulosa+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Metabolism%22%5BJournal%5D)">Circular RNA expression profiles of mouse ovaries during postnatal development and the function of circular RNA epidermal growth factor receptor in granulosa cells.</a> Metabolism. 85, 192-204 (2018).</li>
<li>Liang, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Output+of+Protein-Coding+Genes+Shifts+to+Circular+RNAs+When+the+Pre-mRNA+Processing+Machinery+Is+Limiting%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">The Output of Protein-Coding Genes Shifts to Circular RNAs When the Pre-mRNA Processing Machinery Is Limiting.</a> Molecular Cell. 68 (5), 940-954 (2017).</li>
<li>Legnini, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circ-ZNF609+Is+a+Circular+RNA+that+Can+Be+Translated+and+Functions+in+Myogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">Circ-ZNF609 Is a Circular RNA that Can Be Translated and Functions in Myogenesis.</a> Molecular Cell. 66 (1), 22-37 (2017).</li>
<li>Li, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coordinated+circRNA+Biogenesis+and+Function+with+NF90%2FNF110+in+Viral+Infection%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">Coordinated circRNA Biogenesis and Function with NF90/NF110 in Viral Infection.</a> Molecular Cell. 67 (2), 214-227 (2017).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Biogenesis+of+Nascent+Circular+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Reports%22%5BJournal%5D)">The Biogenesis of Nascent Circular RNAs.</a> Cell Reports. 15 (3), 611-624 (2016).</li>
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일반적으로 원형 RNA는 낮은 풍부한1이며,이는 그들의 기능과 형성에 대한 연구를 복잡하게합니다. 선형 RNA13과유사하게, 리포터 미니유전자의 사용은 원형 RNA의 형성을 통제하는 시스 및 트랜스 행동 인자의 식별을 허용합니다. 따라서, 이 접근은 내인성 유전자를 사용하여 추가로 시험될 수 있는 가설을 생성합니다.
가장 중요한 단계는 리포터 유전자의 설계입니다. DNA 단편의 효소 조립 ("깁슨복제"27)은제한 부위와 무관한 대형 리포터 유전자의 구성을 허용하기 때문에이 설계를 용이하게합니다.
백 스플릿 사이트는 기자 유전자 구성에서 고려해야 할 측면 반전 반복을 통해 함께 가져온다. 반복은 게놈 브라우저 '반복 트랙'에 추가되고 이를 선택하면 방향이 표시됩니다. 단백질은 또한 원형 RNA 발현<sup...

원형 RNA 원형 RNA (circRNAs)는 대부분의 유기체에서 발현되는 공유폐쇄된 단일 가닥 RNA입니다. 이들은 다운스트림 5' 스플라이스 사이트를 업스트림 3' 스플라이스 사이트로 결합하여 생성되며, 백스플라이싱(그림1A)이라고불리는 프로세스입니다. 30-40 nt만큼 짧은 염기 상보를 나타내는 pre-mRNA의 서열은 circRNA 형성을 위한 적당한 정렬로 역 스플라이스 사이트를가져온다 2. 인간에서, 알루 원소1은,게놈3의약 11%를 나타내며, 그들의 자기 상보성4,5로 인해 pre-mRNA에서 광범위한 이중 좌초 RNA 구조를 형성하고 따라서 circRNAs1의형성을 촉진한다.
현재, circRNAs의 3개의 중요한 기능은 기술되었습니다. 일부 circRNAs 는 miRNA (miRNAs)를 결합하고 miRNA 스폰지6과같은 격리 행위를 통해 . CircRNAs는 전사 및 사후 전사 조절에 연루되어 있으며, 선형 접합7과의 경쟁 또는 전사 인자 활성의 변조를 통해8. 마지막으로, circRNAs는 짧은 오픈 독서 프레임과 원리 연구의 증거를 포함 그들은9,10번역 될 수 있음을 보여줍니다 . 그러나 대부분의 circRNAs의 기능은 수수께끼로 남아 있습니다. 원형 RNA의 대부분은 차세대 염기서열 분석법11을사용하여 검출되었습니다. 표적으로 한 RT-PCR 접근을 사용하여 개별 적인 유전자의 상세한 분석은 원형 RNA의 다수가 발견될 남아 있다는 것을12를밝힙입니다.
리포터 유전자를 사용하여 전 mRNA 처리를 분석합니다. 세포내로 형질감염된 DNA 리포터 구조에서 유래된 mRNA의 분석은 원형 RNA에 적용될 수 있는 대체 사전 mRNA 접합을 연구하는 잘 확립된 방법이다. 일반적으로, 대안 엑손, 그 주변 인트론 및 구성 엑손은 진핵 발현 벡터로 증폭되고 복제된다. 인트론은 종종 단축됩니다. 구성은 진핵 세포로 형질 감염되고 일반적으로 RT-PCR13,14에의해 분석됩니다. 이 접근법은 공동 형질전환 실험13,15,16,17,18에서규제 스플라이스 사이트 및 트랜스 행동 요인을 매핑하는 데 광범위하게 사용되어 왔다. 또한, 단백질 발현 미니유전자의 생성은 대체 스플리팅19,20을변화시키는 물질의 스크리닝을 허용한다.
이 방법은 원형 RNA에 적용되었습니다. 현재, 적어도 12개의 미니진 백본이 문헌에 기재되어 있으며 표 1에요약되어 있다. tRNA 기반 발현시스템(21,22)을제외하고, 이들은 모두 폴리머라제 II 프로모터에 의존한다. 여기서, 우리는 순환 RNA의 생성에 관여하는 시스 및 트랜스 연기 인자를 결정하기 위해 인간 리포터 미니유전자를 생성하는 방법을 설명한다. 게시된 리포터유전자(23)의 서열을 사용하는 방법의 개요는 도 1에도시되어 있다.

<table><tbody><tr><td>(PEI) Hydrochloride</td><td>Polysciences</td><td>24765-1</td><td></td></tr><tr><td>빌더 도구</td><td>NEB</td><td></td><td><a href="https://nebuilder.neb.com/#!/" target="_blank">https://nebuilder.neb.com/#!/</a></td></tr><tr><td>Dark Reader Transilluminator.</td><td>Clare Chemical Research</td><td></td><td></td></tr><tr><td>효소 DNA 조립 키트</td><td>NEB</td><td>E2621S</td><td></td></tr><tr><td>젤 및 PCR 클린업 키트</td><td>Promega</td><td>A9282</td><td></td></tr><tr><td>Glyco Blue</td><td>Thermo Fisher</td><td>AM9516</td><td></td></tr><tr><td>pcDNA3.1 클로닝 사이트</td><td>Polycloning site</td><td></td><td><a href="https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/pcdna3_1_man.pdf" target="_blank">https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/pcdna3_1_man.pdf</a></td></tr><tr><td>중합효소 1</td><td>NEB</td><td>M0491L</td><td>Q5 DNA 중</td></tr><tr><td>합효소 중합효소 2</td><td>Biorad</td><td>1725310</td><td>장거리 중합효소(NEB), iproof(BioRad)</td></tr><tr><td>중합효소 2</td><td>Qiagen</td><td>206402</td><td>Qiagen 장거리 중합효소 키트</td></tr><tr><td>역전사효소</td><td>Thermo Fisher</td><td>18080044</td><td></td></tr><tr><td>RNA 분리 키트</td><td>Life Technologies</td><td>12183025</td><td>Ambion by Life</td></tr> Technologies <tr><td>RNAse R</td><td>Lucigen</td><td>RNR07250</td><td>Epicenter/Lucigen</td></tr><tr><td>안정된 유능 세포</td><td>NEB</td><td>C3040H</td><td>NEB 안정 세포</td></tr><tr><td>표준 복제 박테리아</td><td>NEB</td><td>C2988J</td><td>NEB5-alpha 유능한</td></tr><tr><td>웹 도구 프라이머 설계</td><td>NEB</td><td></td><td><a href="https://nebuilder.neb.com/#!/" target="_blank">https://nebuilder.neb.com/#!/</a></td></tr><tr><td>웹 기반 온도 계산</td><td>NEB</td><td></td><td><a href="https://tmcalculator.neb.com/#!/main" target="_blank">https://tmcalculator.neb.com/#!/main</a></td></tr></tbody></table>

원형 rna를 분석하기 위해 미니유전자를 포함하는 alu 요소 사용

Use of Alu Element Containing Minigenes to Analyze Circular RNAs

선형 mRNA 이외에, 많은 진핵 유전자는 원형 RNA를 생성합니다. 대부분의 원형 RNA는 5' 스플라이스 사이트와 사전 mRNA 내의 스플라이스 사이트, 백 스플라이싱이라는 프로세스를 결합하여 생성됩니다. 이 순환은 스플라이스 사이트를 근접으로 가져오는 pre-mRNA에 있는 이차 구조물에 의해 아마 원조됩니다. 인간 유전자에서, Alu 요소는 이러한 이차 RNA 구조를 촉진하는 것으로 생각된다, 알루 요소는 풍부하고 사전 mRNA에서 반대 방향으로 존재 할 때 서로 기본 상보성을 전시. 여기서, 우리는 원형 RNA를 형성하는 리포터 유전자를 포함하는 큰, Alu 요소의 생성 및 분석을 기술한다. 복제 프로토콜의 최적화를 통해 최대 20kb 의 삽입 길이의 리포터 유전자를 생성할 수 있습니다. 공동 형질감염 실험에서의 분석을 통해 규제 요인을 식별할 수 있습니다. 따라서, 이 방법은 원형 RNA 형성에 관여하는 RNA 서열 및 세포 성분을 식별할 수 있다.

리포터 유전자는 원형 RNA 형성에 영향을 미치는 규제 요인의 결정을 허용합니다. 그러나, 이 리포터 유전자는 크고 수시로 DNA 구조물을 불안정하게 하는 반복적인 요소를 포함합니다. 큰 크기로 인해 종종 엑손과 작은 측면 내향성 부품을 포함하는 게놈 조각을 증폭시킴으로써 달성되는 인트론의 일부를 삭제해야합니다. 이 DNA 조각은 효소로 조립되어 제한 효소없이 시공할 수 있습니다.
마이크로투튜불 관련 단백질 타우(MAPT)로부터 생성된 원형 RNA의 예는 원형 RNA를 분석하기 위한 미니유전자 접근법의 적용을 나타낸다. 본 예에서 사용된 타우 9→12 미니유전자는 상이한 접합 인자로 공동 형질감염되었고 이러한 접합 인자의 효과는 RT-PCR에 의해 검출되었다(도6). 상이한 트랜스-행동 인자는 원형 RNA 및 선형 pre-mRNA 형성 둘 다에 영향을 미칩니다. 실험은 또한 원형 RNA 형성에 필요한 모든 서열 요소가 복제 된...

우리는 원형 RNA를 생성하는 리포터 유전자를 복제하고 분석합니다. 이러한 리포터 유전자는 선형 접합을 분석하고 Alu 요소를 포함하는 구성물보다 큽합니다. 원형 RNA를 조사하기 위하여는, 구조물은 세포로 형질 감염되고 결과 RNA는 선형 RNA의 제거 후에 RT-PCR를 사용하여 분석됩니다.

원형 RNA를 분석하기 위해 미니유전자를 포함하는 Alu 요소 사용

In addition to linear mRNAs, many eukaryotic genes generate circular RNAs. Most circular RNAs are generated by joining a 5&#39; splice site with an ...

이 프로토콜은 사용자가 대체 접합을 겪을 수 있는 게놈 발현 시스템을 생성할 수 있고 이 경우 자신의 기능 및 질병 협회를 위해 테스트할 수 있는 원형 RNA를 형성할 수 있기 때문에 중요합니다. 이 기술의 주요 장점은 다른 사람들이 순환 RNA 형성 및 기능에 대체 접합을 연구 할 때 분자 생물학 및 복제에서이 프로토콜을 사용하는 길을 열 것입니다. 처음으로이 기술을 시도하는 사람에게 내 조언은 PCR 조건을 최적화하는 것입니다.그라데이션을 실행하거나 서로 다른 어닐링 온도 및 확장 시간으로 터치 다운 PCR을 수행합니다. 일반적으로 6KB 이상의 긴 조각은 사이클당 1KB를 연장하고 다른 어닐링 온도는 최상의 증폭을 위해 테스트해야합니다. 이 방법의 데모는 사용자에게 절차의 더 어려운 측면, 특히 프라이머 생성의 더 어려운 측면을 더 잘 시각적으로 표현할 수 있기 때문에 중요합니다.이 절차를 시작하려면 UCSC 게놈 브라우저를 로드하고 순환 RNA 형성에 필요한 반복적 인 요소를 식별하고 구조에 통합하는 데 사용합니다. 중요한 것은 증폭을 위한 프라이머가 반복적인 요소 외부에 있어야 한다는 것입니다. 원형 RNA 서열을 인간 BLAT 검색에 붙여 넣고 올바른 유기체를 선택합니다.시퀀스를 제출하고 브라우저 보기로 이동하여 1.5 타이머를 축소하거나 적절하게 축소합니다. 다음으로 반복 요소 위에 마우스를 사용하여 부동 창에서 하위 형식을 식별합니다. Alu 요소는 죄 줄에 있습니다.창 아래의 기본 트랙 버튼을 사용하여 잘못된 이미지를 가져오는 경우 브라우저를 재설정합니다. 먼저 USCS 게놈 브라우저의 맨 위 라인에 있는 DNA를 보고 창에 표시된 DNA 서열을 다운로드합니다. 시퀀싱 서식 옵션에서 확장된 케이스/색상 옵션을 선택합니다.기본 케이스를 아래쪽케이스로 선택하고 NCBI RefSeq의 토글 케이스를 선택합니다. 반복 마스크에 대한 밑줄과 대담한 기울임꼴을 선택합니다. 제출을 클릭합니다.대문자로 엑손과 소문자로 인트론이있을 것입니다. 엑손/인트론 테두리를 확인합니다. 브라우저에 역 방향 보완체가 표시되면 올바른 엑손/인트론 테두리가 표시될 때까지 역 방향 보완 상자를 선택합니다.다음으로 올바른 방향으로 파일을 워드 프로세싱 문서에 복사하고 EXons를 강조 표시합니다. 이러한 영역의 프라이머가 특정 시퀀스를 증폭하지 않으므로 인트론이 반복 영역에서 시작되거나 끝나지 않도록 증폭될 조각을 선택합니다. 먼

use-of-alu-element-containing-minigenes-to-analyze-circular-rnas

Research

연구

JoVE Journal

Biochemistry

생화학

선형 증폭 중재 (LAM)-PCR은 게놈에 바이러스 벡터를 통합의 정확한 위치를 식별하기 위해 개발 된 방법입니다. 이 기술은 유전자 치료 환자 등 새로운 벡터 기술, T-세포의 다양성, 암 줄기 세포 모델의 바이오 안전성에 클론 역학을 공부하는 우수한 방법으로 진화하고있다...

선형 증폭 매개 PCR - 알 수없는 측면에서는 DNA의 유전 적 요소와 특성의 현지화

이 비디오는 in ovo electroporation으로 transfection 후 절개된 병아리 배아 척수 샘플에 대해 전체 전사체 분석을 수행하기 위한 기본 단계를 보여줍니다.

electroporation하여 병아리 배아 척수에서 차동 유전자 발현의 RNA-SEQ 분석

이 논문은 염색체 외 원형 DNA(eccDNA)를 정제하기 위한 Circle-Seq라는 민감한 방법을 제시합니다. 이 방법에는 컬럼 정제, 남아 있는 선형 염색체 DNA 제거, 롤링 서클 증폭 및 고처리량 염기서열분석이 포함됩니다. Circle-Seq는 진핵생물 eccDNA의 게놈 규모 스크리닝 및 게놈 불안정성 및 복제 수 변이 연구에 적용할 수 있습니다.

진핵 세포에서 염색체 외 원형 DNA의 게놈 차원의 정화

CDNA 끝 (3' 경주)의 두 개의 서로 다른 3' 급속 한 확대 프로토콜 설명된 여기 확인 지도 열려있는 독서 프레임 (ORF), 정지 codon 그리고는 전체 3' UTR RNA를 사용 하 여 증명서의 세그먼트를 포함 하는 시퀀스를 두 개의 서로 다른 DNA polymerases의 사용 다른 암 세포 선에서 얻은.

암에 성적표를 매핑할 CDNA의 급속 한 확대 끝 적응 3'

차세대 시퀀싱 (NGS) 플랫폼 (~0.5–2.0%)의 높은 오류 속도 의해 제한 되는 genomic 특성 분석을 위한 강력한 도구입니다. NGS 오류율을 제거 하 고 변형 대립 유전자 분수 0.0001 희귀에서 변이 감지 수 있는 오류 수정 시퀀싱의 우리의 방법을 설명 합니다.

드문 이벤트 감지 오류 수정 DNA와 RNA 시퀀싱을 사용 하 여

유전자와 규제 요소 간의 물리적 상호 작용의 식별 도전 이지만 염색체 구조 캡처 방법에 의해 촉진 되었습니다. 4 C-seq 프로토콜이 수정이 PCR 템플릿-증폭을 최소화 하 여 PCR 바이어스를 완화 하 고 또한 금지 효소 다이제스트 단계를 통합 하 여 읽기의 mappability을 극대화.

차세대 시퀀싱의 원형 염색체 구조를 사용 하 여 유전자 규제 시퀀스의 높은 처리량 Id (4 C-seq)를 캡처

원형 RNA (circRNAs)는 단백질 사이 전사 규칙 그리고 중재 상호 작용에 있는 역할을 할 수 있는 비 코딩 RNA입니다. circRNA 염기서열 분석 라이브러리의 구성을 위한 상이한 파라미터의 평가에 이어, RNase R 전처리와 함께 좌초된 총 RNA 라이브러리 제제를 활용한 프로토콜이 컴파일되고 여기에 제시된다.

RNA 시퀀싱을 사용하는 원형 RNA 식별

이 프로토콜은 화학 요법 치료 후 대체 접합 조절에서 특징이 없는 기능을 가진 단백질의 역할을 평가하기 위한 신속하고 유용한 도구를 제공합니다.

E1A 미니진 도구를 사용하여 mRNA 접합 변화를 연구합니다.

절대 정량 RNA 염기서열분석(AQRNA-seq)은 생물학적 혼합물에서 모든 소형 RNA의 환경을 정량화하기 위해 개발된 기술입니다. 여기에서는 AQRNA-seq의 라이브러리 준비 및 데이터 처리 단계를 모두 시연하여 기아 유발 휴면 기간 동안 Mycobacterium bovis BCG의 전달 RNA(tRNA) 풀의 변화를 정량화합니다.

small RNA 정량을 위한 AQRNA-seq

DNAzyme 기반 나노머신은 핵산의 매우 선택적이고 민감한 검출에 사용할 수 있습니다. 이 기사에서는 무료 소프트웨어를 사용하여 10-23 코어를 가진 DNAzyme 기반 나노머신을 설계하기 위한 자세한 프로토콜과 Epstein-Barr 바이러스 단편 검출에 대한 응용 프로그램에 대해 설명합니다.

DNAzyme 10-23 - 핵산 인식을 위한 기반 나노머신

학습하세요 원형 RNA 생성을 위한 미니유전자 클로닝 프로토콜을 통해 Alu 요소를 활용한 대안적 스플라이싱 메커니즘을 분석하는 방법. 이 기술은 질병 연관성 및 유전자 조절 연구에 활용됩니다.

원형 RNA를 분석하기 위해 미니유전자를 포함하는 Alu 요소 사용

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