A Complete Pipeline for Isolating and Sequencing MicroRNAs, and Analyzing Them Using Open Source Tools

Meredith  M. Course; Kathryn Gudsnuk; Paul  N. Valdmanis

doi:10.3791/59901

MicroRNAs를 격리하고 시퀀싱하고 오픈 소스 도구를 사용하여 분석하기 위한 완벽한 파이프라인

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Genetics

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A Complete Pipeline for Isolating and Sequencing MicroRNAs, and Analyzing Them Using Open Source Tools

MicroRNAs를 격리하고 시퀀싱하고 오픈 소스 도구를 사용하여 분석하기 위한 완벽한 파이프라인

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09:29 min

August 21, 2019

DOI: 10.3791/59901-v

Meredith M. Course¹, Kathryn Gudsnuk¹, Paul N. Valdmanis¹

¹Division of Medical Genetics,University of Washington School of Medicine

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

여기서는 작은 RNA를 격리하고, microRNAs를 보강하고, 처리량이 높은 시퀀싱을 위한 샘플을 준비하기 위한 단계별 전략을 설명합니다. 그런 다음 시퀀스 읽기를 처리하고 오픈 소스 도구를 사용하여 microRNAs에 정렬하는 방법을 설명합니다.

우리는 작은 RNA 시퀀싱및 오픈 소스 생물 정보학 도구를 사용하여 정규화 된 읽기를 분석하기위한 정의, 재현 가능, 오랜 프로토콜을 개발했습니다. 우리의 전략의 주요 장점은 젤 정화를 통해 microRNA를 정확하게 수집하고 생물 정보학 분석은 microRNA수집 방법에 관계없이 적용될 수 있다는 것입니다. microRNA의 높은 처리량 순서는 질병 기계장치에 대한 통찰력을 드러낼 수 있습니다, microRNA의 처리, 및 작은 RNA를 전달하는 유전자 치료 접근의 정확한 정량화.

RNase 무료 환경에서 작업하고 절차 전반에 걸쳐 모든 RNA 제품을 얼음에 보관하십시오. 젤 절삭 단계를 시각화하면 시청자가 다운스트림 응용 프로그램에 필요한 제품의 정확한 크기를 식별하는 데 도움이 됩니다. 3개의 프라임 어댑터 결찰의 경우, 11마이크로리터의 RNA와 ATP 무료 10X T4RNA 리구아제 반응 버퍼, 폴리에틸렌 글리콜1마이크로리터, 3개의 프라임 링커의 0.5 마이크로리터를 결합한다.

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