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이 연구는 연구 보조금 13-00243S및 K. Š. 및 D. S.에게 각각 수여된 19-16554S의 밑에 체코 과학 재단에 의해 지원되었습니다. 이 기사는 또한 "댐 저수지의 수질 개선을위한 도구로 바이오 조작"(없음 CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_025/0007417), 운영 프로그램 연구, 개발에 유럽 지역 개발 기금에 의해 지원되었다 교육.

1. 샘플 수집
<ol><li>
저수지 물 샘플 의 수집: 첫 번째 사례 연구 (Exp I; 체질 육식 동물과 먹이 풍부 시스템에서 낮은 자연)<ol>
<li>적절한 깊이에서 원하는 위치에서 물 샘플을 수집합니다. 실험실로 운반하는 동안 시료를 온도 조절 식 쿨러에 체재하여 (온도 충격을 피하며, 프로티스트의 섭취 율은 온도에 따라 달라지도록 주의해야 합니다). 참고 : 우리의 샘플링은 메소 - 영양 성 협곡 모양의 르지 모프 저수지 (사우스 보헤미아, 볼륨 34.5 x 106m 3,최대 깊이 43 m, 평균 체류 시간 100 일, dimictic)에서 수행되었습니다. 샘플링 사이트는 댐에 가까운 30m 깊이에 위치했다. 0.5 m 깊이에서 혼합 된 샘플을 2 l 프리딩거 샘플러에 의해 수집하였다.</li>
		<li>가능한 한 빨리 섹션 1.2를 계속합니다.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
육식 성 Utricularia 반사 요법 식물의 함정에서 유체의 컬렉션 : 두 번째 사례 연구 (Exp II; 높은 육식 동물과 먹이 풍부 시스템, 매우 작은 샘플 볼륨)<ol>
<li>식물을 수중으로 부드럽게 흔들어 재배 용기에서 제거하고 흡수성 물질에 배치하여 여분의 물을 흡수하십시오. 식물의 견고성과 트랩의 크기에 따라 8-10 개의 식물 개인을 선택하십시오.</li>
		<li>트래핑 기관을 베어링 잎 노드를 계산하여 대략 동등한 부분으로 각 촬영을 분할합니다. 각 촬영 세그먼트는 젊은, 중년, 오래된 함정을 나타내는 혼합 샘플을 수집하는 역할을합니다.</li>
		<li>연동 펌프에 샘플 수집을 위해 얇은 유리 모세관과 Eppendorf 바이알을 부착합니다. 트랩 개구부에 모세관 팁을 삽입합니다. 진공 펌프를 사용하여 각 트랩에서 900 ±100 μL까지 각 트랩에서 모든 유체를 빨아들이고 각 트랩 연령 범주에 대해 수집됩니다.</li>
		<li>프로티스탄 방목 실험을 위해 풀링된 트랩 유체의 200 μL의 삼중 하위 샘플을 사용하십시오. 섹션 3에 자세히 설명된 대로 즉시 처리합니다. 아래에 자세히 설명된 바와 같이 유체에 서식하는 미생물 성분의 다른 모든 분석을 위해 샘플의 나머지 ±300 μL을 보존하십시오.</li>
		<li>섹션 2로 즉시 진행합니다.</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. 수집된 샘플의 고정
<ol><li>Exp I 및 II: 각 샘플에서 2% 최종 부피:부피 농도를 얻기 위해 적어도 1시간 동안 포름알데히드와 함께 세균 열거용 물/트랩 유체 하위 샘플을 수정합니다(섹션 4; 약 20 mL 및 0.3 mL). 참고: 포름알데히드를 연기 후드에서만 다루고 샘플을 조작하는 동안 항상 장갑을 착용하십시오.</li>
</ol>3. 샘플 여과
<ol><li>시료 희석(Exp I): 저수지 물 샘플에 희석이 필요하지 않습니다. (Exp II): 에피소레센스 현미경 을 통해 계산하기 전에 필터 표면에 대상 미생물의 적절한 분포를 달성하기 위해 입자가없는 MQ 물로 트랩 유체 샘플 10x-100x를 희석하십시오.</li>
	<li>여과 깔때기(직경 25 mm)를 사용하여, 검은 0.2 μm 기공 크기 필터에 세균 계수용 트랩 유체의 서브샘플의 저수지 물 또는 10-30 μL(Exp II)의 1-2 mL(Exp I)을 여과한다.</li>
	<li>DAPI (4', 6-diamidino-2'-페닐린돌 디하이드로 클로라이드, 0.2 % 최종 농도)로 필터를 4 분 동안 얼룩. 참고: 피부와 작업 표면 오염을 피하고 장갑을 착용하십시오.</li>
	<li>농축 된 미생물이있는 필터를 현미경 슬라이드에 침지 오일 한 방울 (형광 현미경용)에 놓습니다. 다른 오일 드롭을 필터 중앙에 놓고 커버슬립으로 덮어 오일이 고르게 분포되도록 합니다.</li>
	<li>이 시점에서, 바람직하게는 시료를 즉시 처리하거나, 대안적으로, 추가 분석이 될 때까지 몇 주에서 몇 달 동안 냉동고(-20°C)에 저장한다.</li>
</ol>4. 필터에 세균 번호의 열거
<ol><li>슬라이드를 에피오레시크 현미경 아래에 놓습니다(불소DAPI에 해당하는 필터 세트 포함). 10 x 10 카운트 그리드를 안구 중 하나에 놓습니다. 슬라이드를 임의의 위치로 이동합니다.</li>
	<li>계수 그리드 의 영역에서 세균 세포 (청색 형광)를 정량화합니다 (배율 1000x 아래). 카운트에서 계수 그리드의 왼쪽 및 위쪽 가장자리를 가로지르는 셀을 포함하면서 오른쪽 및 아래쪽 가장자리에 있는 셀을 제외합니다.</li>
	<li>다른 임의 위치로 이동하고 총 계산 500 셀에 달하는 적어도 10-15 카운트 그리드에서 열거를 반복합니다.</li>
	<li>필터의 총 유효 여과 영역에 대한 한 그리드 면적의 비율에 대한 지식을 바탕으로 주어진 현미경 및 배율에 대한 변환 계수를 설정합니다. 그런 다음 계산된 그리드 수로 계산된 총 셀 수를 나누어 그리드당 평균 박테리아 수를 산출합니다.</li>
	<li>후자의 매개 변수에 설정된 변환 계수에 곱하고 샘플의 mL당 결과 수를 정규화하여(여과된 샘플의 부피에 따라 다름) mL당 총 세균 풍부도를 얻습니다.</li>
</ol>5. 프로티스탄의 풍요로움을 결정하다
<ol><li>글루타랄데히드(1% 최종 농도, 고정 후 며칠에서 몇 주까지 처리되는 엽록소 함유 입자가 있는 샘플에 더 적합) 또는 사용 시료(Exp I) 또는 트랩 유체(Exp II) 하위 샘플을 수정하거나 formol-thiosulfate 탈색 기법 아래에 명시된. 참고 : 두 보존 기술은 프로티스트 8의 식품 액구에서 섭취된 물질의 예를 들어 방지합니다.</li>
	<li>formol-thiosulfate 탈색 기술에 관해서는, 물/트랩 유체 하위 샘플의 20 mL/200 μL에 Lugol 용액의 100 μL/1 μL을 각각 추가합니다.</li>
	<li>붕산 완충 포르말린0.5 mL/50 μL을 첨가한 다음, 3% 티오설페이트 나트륨(익스펙 I/Exp II)의 20 μL/2 μL을 첨가한 후 즉시 사용하십시오. 참고 : 나트륨 티오설페이트는 루골의 황색을 탈색하여 상피 현미경8하에서세포를 관찰 할 수 있게합니다.</li>
	<li>1 μm 모공 크기의 검은 폴리 카보네이트 필터에 (대상 protists의 수에 따라) 샘플의 알려진 볼륨을 필터링합니다.</li>
	<li>프로티스트 종의 수를 추정하는 것은 계수 그리드를 사용하여 배율 600x 하에서 적어도 200개의 세포를 계수함으로써 이다(위 참조).</li>
	<li>여과 깔때기의 진공 하에서 낮은 진공으로 약 2 mL로 시료의 부피를 줄입니다. 이어서, 저압을 방출하고 DAPI 플루오로크롬(4',6-디아미디노-2-페닐린돌 디하이드로클로라이드13,0.2% 최종 농도)을 2분 동안 첨가한다.</li>
</ol>6. 플랑크톤 샘플에서 섬모의 커뮤니티 구조 결정
참고 : 담수 서식지의 섬모 지역 사회는 매우다양14,15,16,18,그리고 그들의 현미경 결정은 도전이다. 섬모 군을 기능성 길드10,14,16,17로 분류하면 원골균으로 다른 섬모 그룹을 보다 자세하게 분석할 수 있습니다.
<ol><li>다음을 결합하여 섬모 커뮤니티 구조를 평가합니다.<ol>
<li>Epifluorescence 현미경 검사법에 있는 DAPI 염색한 견본 (다양한 크기 및 형태학의 거시및 마이크로 핵의 밝은 형광으로 섬모 세포를 현지화하기 위하여) 형광표지박테리아의 섭취와 결합 (FLB8;세부 사항, 아래 참조), 박테리아에 먹이 섬모의 능력을 추적.</li>
		<li>선택한 경우17,19에서라이브 샘플 관찰 . 섬모를 다른 분류학적 범주로 그룹화하는 데 사용되는 위의 접근 방식과 기준에 대한 자세한 내용은 이전 간행물16,17을참조하십시오. 참고: 인용된 연구에 따르면 섬섬 중에서 잡식성 종인 스티토트리히아(제네라 할테리아 및 펠라고할테리아)와올리고트리히아(즉, 리모스트롬비디움 종)가 가장 중요한 원양 소비자라고 합니다. 담수 서식지의 대부분에서 박테리오 플랑크톤10,17,18.</li>
	</ol>
</li>
</ol>7. 섬모 방목 율 추정
<ol><li>평균 트레이서 수의 변화에 기초하여 박테리아에 대한 섬모의 섭취 율을 계산[즉, 인큐베이션 시간(5-15분)]과 관련된 섬모 당 FLB8과 FLB의 트레이서 양이 추가되어 총 박테리아의 5%-15%를 차지합니다.</li>
	<li>다른 protistan 종 중 의 관양 비율을 비교하기 위하여는, 실제 인큐베이션 시간 및 추적자 FLB의 비율에 근거한 계산을 가진 시간당 박테리아의 수로, 처리 비율을 정규화합니다 FLB 추가했습니다. 참고: FLB 방법 적용의 일반적인 방식은 천연 샘플에서 세포 또는 종별 및 벌크 박터리 비율을 모두 추정하는 도 1에도시되어 있다.</li>
	<li>민물 환경에 토착 세균 균주에서 FLB의 제조8<ol>
<li>적절한 크기(평균 세포 부피 = MCV)와 박테리아의 형태를 선택하여 조사중인 수중 시스템에서 박테리오 플랑크톤 / 박테리아 세포의 전형적인 크기를 효과적으로 모방하십시오. 참고: Exp I의 경우, 림노바산과 폴리뉴클레오박터 속의 연구 위치에서 분리된 균주의 혼합물을 사용하였다(즉, 호수와 연못에서 전형적인, 매우 풍부한 박테리오플랑크톤)20. 균주의 형태와 크기에 대한 자세한 내용은 이전 간행물3,17,18,21을참조하십시오.</li>
		<li>초기 고정단계에서 15분 동안 원심분리(5,000 x g)에의해 배양으로부터 세균 세포를 수확하고 선택한 위치에서 박테리아의 전형적인 MCV에 대응하는 혼합물에서 세포의 MCV±SD를 산출하는 수치 비율로 혼합한다.</li>
		<li>인산완식염수의 10 mL에서 펠릿을 일시 중단합니다(PBS; pH = 9).</li>
		<li>인산염염수 완충액내의 세포 현탁액에 노랑-녹색 형광 염료 5-(4,6-디클로로트리아진-2-yl) 아미노플루오레세인(DTAF, 단백질에 결합)을 첨가하고, 2시간 동안 60°C 수조에서 배양한다.</li>
		<li>인큐베이션 후, 세포를 아래로 원심분리하고, DTAF 용액을 분해하고, PBS로 3x를 세척 및 원심분리기를 한다.</li>
		<li>최종 세척 후, PP i-식염수 완충제의 20 mL에서 세포를 다시 중단한다.</li>
		<li>FLB 현탁액 및 파이펫 1.5 mL aliquots를 2 mL 저온 바이알로 소용돌이한 다음, 사용 될 때까지 PPi-식염수 완충액에서 냉동 (-20 °C에서)을 유지합니다.</li>
		<li>다음 단계에서사용하기 위해 0.2 μm 폴리카보네이트 필터를 통해 PP i-식염수 버퍼를 사전 필터한다.</li>
		<li>FLB 농도를 결정하려면 입자가없는 PPi-식염수 버퍼의 2 mL에 작은 aliquot (일반적으로 20-40 μL)를 전송하고, 몇 번의 2 s 버스트에 대해 30W에서 초음파 처리한 다음 epifluorescence를 통해 열거하기 위해 0.2 μm 폴리 카보네이트 블랙 필터에 필터링하십시오. DTAF(448 nm/520-540 nm)에 대한 광학 필터 설정에서 현미경 검사법(1,000X 배율)을 제공합니다.</li>
	</ol></li>
	<li>섬모 박테리아의 추정을 위한 트레이서 기술<ol>
<li>자연 플랑크토닉 서식지에서 방목 실험을 위해 300 mL 샘플을 잘 헹구고 1L 플라스크에 넣고 15 분 동안 현장에서 배양하십시오 (프로티스트가 취급 충격에서 회복 할 수 있도록).</li>
		<li>FLB 추적기를 추가하여 총 박테리아의 5%-15%를 구성하고 계절과 수온에 따라 양을 추가합니다. 참고 : 매우 광범위하고 계절에 따라 달라지는 스펙트럼이 있으며, 여러 계급의 크기에 걸친 종별 섭취량 (즉, 시간당 10-10-1 박테리아 섬모-1)에서 10,16, 17,18,22,23,24.</li>
		<li>높은 섭취 율 (일반적으로 여름 동안)와 섬모의 향상된 발생의 기간에, 또한 매우 낮은 FLB 추가와 병렬 배양을 실행, 만 구성 2%-4% 추적자 FLB에 의해 섬모 액포의 과도 하 중 하 중 을 피하기 위해 총 박테리아의 (참조) 그림 2)의예입니다.</li>
		<li>5-15 분 동안 FLB와 섬모 / 플랑크톤 샘플을 인큐베이션.</li>
		<li>프로티스트8의식품 액구에서 섭취 된 물질의 예를 들어 방지하기 위해 샘플 고정을위한 두 가지 가능성이 있습니다. 1% 글루타랄데히드(조류와 같은 엽록소 함유 입자가 있는 시료에 더 적합한 최종 농도)를 첨가하여 배양을 종료합니다. 또는, 루골 용액의 100 μL/10 μL을 20 mL/200 μL의 물/트랩 유체 하위 샘플에 사용하고, 바로 그 다음에 붕산성 완충포르민의 0.5 mL/10 μL을 추가한 다음 3% 나트륨 티오술페이트(Exp I/Exp II)의 200 μL/2 μL을 첨가합니다.</li>
	</ol></li>
	<li>고정식을 첨가한 후, 섬모 세포의 철저한 보존을 보장하기 위해 4°C에서 암흑 속에서 적어도 1시간 동안 시료를 쉬게 한다.</li>
	<li>4-30 mL/10-30 μL (Exp I / Exp II, 각각; 부피는 섬모 풍부에 따라 다름) 및 DAPI (최종 농도 0.2 % wt / vol; 자세한 내용은 위의 단계 3.2 참조)에서 자연 플랑크톤 하위 샘플을 가져 가라.</li>
	<li>1 μm 블랙 필터를 통과하고 epifluoresccccins현미경을 통해 검사하여 섬모 (600x 배율)를 계산하고 이전 간행물2,17에 자세히 설명된 대로 섭취 된 FLB 추적기의 수를 열거하십시오 (대부분 1000x배율). . 보존 후 7일 이내에 시료를 검사하십시오.</li>
	<li>총 원생 동물 / 종 별 방목을 추정하기 위해, 모든 섬모의 평균 섭취량을 곱하거나 현장에서 검출 된 섬모 종만 곱합니다.</li>
	<li>Římov 물 저수지에서 의 한 체 데이터에서 셀 당 통풍구 비율의 계산의 예는 다음과 같이 설명된다:<ol>
<li>세균 농도가 3.55 x 106 박테리아 /mL이고 트레이서 FLB가 추가 된 추적자가 0.25 x 106 FLB / mL이라고 가정하면 총 세균 입자의 합계가 3.8 x 106 박테리아 / mL (천연 박테리아 + FLB = 먹이 입자의 100 %)을 산출합니다. 자연 샘플에서 식어 영양 프로티스트에게 사용할 수 있습니다. 참고: 이렇게 추가된 FLB 추적자는 총 세균 입자의 6.58%(0.25/0.038의 프로젝트)를 나타냅니다. 할테리아 스p. 당 FLB의 평균 수는 5 분 배양에서 6.2 FLB이다.</li>
		<li>시간당 섭취량을 정상화하려면 다음 계산을 사용하십시오: (6.2 x 12)/(6.58/100) = Halteria 세포/h당 1131개의 박테리아. 참고: 할테리아 sp. 가변 수온하에서 검출된 Halteria sp. 및 트레이서 FLB의 양(백분율)이 추가된 분포의 분포에 대한 자세한 예는 그림 3을참조하십시오.</li>
	</ol></li>
</ol>

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<li>Nielsen, J. M., Clare, E. L., Hayden, B., Brett, M. T., Kratina, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diet+tracing+in+ecology%3A+Method+comparison+and+selection%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Ecology+and+Evaluation%22%5BJournal%5D)">Diet tracing in ecology: Method comparison and selection.</a> Methods in Ecology and Evaluation. 9, 278-291 (2018).</li>
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</ol>

저자는 공개 할 것이 없다.

수생 시스템에서 영양 상호 작용을 해독하는 것은 항상 도전28,특히 protists와 그들의 먹이, 박테리아를 포함하는 나노 플랑크톤 규모에서. 영양 섭취 경로 및 정량화에 관해서, 성공적으로 높은 영양 수준에서 사용 하는 방법의 응용 프로그램은 덜 가능, 생물 학적 상호 작용의 높은 복잡성으로 인해. 여기에는 예를 들어 안정적인 동위원소 라벨링 접근법이 포함됩니다. 이 프로토콜은 epifluoresccs 현미경 검사법과 형광표지 된 박테리아를 추적하여 탄소 흐름을 추적하고 반정화 / 추정하는 장점을 보여줍니다 (박테리아 먹이 : mixotrophic grazers29를포함한 다양한 프로티스탄 방목제) 미생물 식품 웹의 기초를 통해 경로. 이러한 장점 중 하나는 단일 셀 접근법의 높은 정확도이며, 다른 하나는 방목장 커뮤니티 구조와 다른 기능 적 길드, 종 (Exp I) 및 동일한 하위 집단을 구별하는 전례없는 해상도입니다. 종 (Exp II)...

이종 영양 성 원생 체는 수생 시스템의 주요 생물학적 구성 요소이며 플랑크톤 바이오 매스1,2,3의상당한 부분을 차지합니다. 그들의 풍부, 다양성 및 활동을 통제하는 요인은 생물 지구 화학 사이클링에 있는 그들의 역할을 이해하는 위해 중요합니다 (즉, 유기 탄소 및 그밖 양분의 운명 및 원핵생물에서 더 높은 영양 수준에 에너지의 교류). 원생 동물 방목은 이러한 중요한 요소 중 하나입니다. 이종 영양 나노 깃 형성 및 섬모의 박취는 원핵 생물 풍부, 지역 사회 기능, 구조, 다양성, 심지어 세포 형태와 특정 세균 그룹의 성장 속도에 대한 강력한 하향식 제어를 부과4, 5,6. 일부 시스템에서는, protists세균 사망의 주요 원인으로 봉사6,7.
지금 얼마 동안 이용된 원생 동물 세균을 평가하기 위하여 이용된 표준 접근은, 먹이 유사체 및 epifluorescence 현미경 검사법으로 형광으로 표지된 박테리아 (FLB)의 사용을 관련시킵니다. 세포 특이적 관세포 비율은 선택된 시간 과정8에걸쳐 프로티스탄 식품 액구에서 표지된 먹이 입자의 수를 정량화함으로써 결정될 수 있다. 이 접근 방식에는 몇 가지 장점이 있습니다. 트레이서자연 육식 동물과 먹이 조립과 자연 샘플에 추가됩니다. 인큐베이션 전에 최소 샘플 조작, 추가된 FLB 추적에 의한 최소 샘플 변경, 인큐베이션 시간이 짧아 상태 조건에서 가까운 조건에서 얻은 음량 결과를 보장합니다. 또는, 세균성 프로티스트 또는 동물플랑크톤(예: 해양 해양 시스템)이 적은 환경에서는 소량(2%-3% 추적자)으로 시료에 첨가된 FLB의 소실률이 장기간 유세포측정을 통해 검출할 수 있습니다(12-24시간). 인큐베이션 실험. 그런 다음 시작 점과 끝점의 FLB 수(모든 세균의 영향을 통합)는 유세포 측정에 의해 정량화됩니다(자세한 내용은 이전 간행물9참조). 그러나, 이러한 파라미터는 특정 프로티스탄 및 동물플랑크톤 방목기 그룹 또는 종에 직접적으로 기인할 수 없는 총 집계 된 세균 비율을 나타냅니다.
전반적으로, 수생 환경에서 프로티스탄 종- 또는 형태형 특이적 세균 사망률을 정확하고 생태학적 의미로 정량화하는 것은 어려울 수 있다. 일부 프로티스트는 선택적 방목자이며, 추가된 FLB 트레이서의 크기 및 세포 형상은 먹이 섭취의 자연적인 비율을 왜곡할 수 있다10,11. 더욱이, 프로티스탄 활동 및 물질 대사는 매우 온도에 민감한12; 따라서 추가된 FLB 추적자의 양은 각 개별 샘플 유형에 대해 신중하게 조작되어야 합니다(박테리아의 자연적인 풍부성, 크기 및 형태와 세균의 일반적인 유형뿐만 아니라 온도에도 따라). 대부분의 연구는 대량 프로 티 스탄 방목 활동에 초점; 그러나, 특정 프로티스탄 종의 세균은 종종 훨씬 더 높은 정보 값을 보유하고 바람직 할 수있다. 이 경우 샘플에 존재하는 프로티스트 종에 대한 분류학적 지식과 행동에 대한 이해가 필요합니다. 따라서, 시간과 노동의 상당한 금액은 특정 프로티스탄 그룹 또는 종에 기인 하는 세균의 종 특정 비율에 대 한 사운드 결과 얻을 필요.
이러한 어려움에도 불구하고,이 방법은 자연 설정에서 프로티스탄 세균을 평가하기 위해 현재 사용할 수있는 가장 적합한 도구 남아있다. 여기에 제시된 수생 미생물 생태 학 연구에서 FLB를 추적자로 사용하기위한 포괄적이고 따르기 쉬운 방법입니다. 접근법의 모든 문제적 측면을 설명하고 개선 된 워크플로우를 설명하며, 대조적인 환경에서 두 가지 실험과 함께 섬모 종을 대조적으로 예로 설명합니다.
첫 번째 사례 연구는 체코의 중불위성 의 르지모프(Římov) 저수지에서 에필림네틱 환경에서 수행되었으며, 이는 대부분의 수면담수 체에 필적하는 방목지와 세균풍부를 보여줍니다(5,7참조). 두 번째 사례 연구는 수생 육식 식물 Utricularia 반사의트랩 내부 매우 특정 환경에서 실시되었다, 이는 모두 방목 mixotrophic 섬모의 매우 높은 숫자를 호스팅(테트라 히메나 utriculariae) 및 세균 성 세포. 두 샘플 유형 모두에서 세포 별 방목 속도 및 세균 서 주식의 계산이 표시됩니다. 결과의 생태 해석의 범위는 그 때 토론되고, 가능한 후속 연구 결과의 보기는 마침내 건의됩니다.

<table><tbody><tr><td>0.2-&마이크로; M 모공 크기 필터&nbsp;</td><td>SPI 용품, https://www.2spi.com/</td> <td>B0225-MB</td><td>검정색, 폴리카보네이트 트랙 에칭 멤브레인 필터, 직경 approprite 필터링 장치에 사용</td></tr> 5<tr><td>-(4,6-dichlorotriazin-2-yl) aminofluorescein (DTAF)</td> <td>Any brand</td><td></td><td></td></tr><tr><td>자동 피펫은 볼륨을 조절할 수 있습니다&nbsp;</td><td>모든 브랜드, 다양한 크기의</td><td></td><td></td></tr><tr><td>원심분리기</td><td>22 000 x g</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Cryovials</td><td>모든 브랜드, 2 mL 크기</td><td></td><td></td></tr><tr><td>DAPI (4&acute;,6-Diamidino-2&acute;-phenylindole dihydrochloride)</td><td>모든 브랜드&nbsp;</td><td></td><td>1 mg ml-1</td></tr><tr><td>Epiflorescence 현미경</td><td>확대 크기는 400 x에서 최대 1000 x</td><td></td><td></td></tr><tr><td></td>까지입니다. <td>DAPI 및 DTAF 범위에서</td><td></td><td></td></tr><tr><td></td> 보기 적합한 필터 안구 <td></td><td></td>필터링 장치 중 <td>하나에서 그리드를 세는</td></tr> 것은 <tr><td></td><td>보통 지름이 25 mm입니다.</td><td></td><td></td></tr><tr><td>포름알데히드</td><td>A 현미경 검사</td><td></td><td></td>용 브랜드</tr><tr><td>글루타르알데히드</td><td>A 현미경 검사</td><td></td><td></td></tr><tr><td>용 브랜드: 현미경 검사용 침지 오일</td>, 형광<td></td><td></td>이 <td>낮은 특정 오일</td></tr><tr><td>: Lugol&acute; s 솔루션</td><td>어떤 브랜드 또는 댓글</td><td></td> 참조 <td>다음과 같이 알칼리성 Lugol' 용액을 만드십시오: 솔루션 1 - 요오드화 칼륨 10g을 MQ 물 20ml에 녹인 다음 요오드 5g을 추가합니다. 해결책 2 - 아세트산 나트륨 5g 추가&nbsp; MQ 물 50ml에. 용액 2를 용액 1에 추가하고 철저히 혼합하십시오.</td></tr><tr><td>메탄올 안정화 포르말린을</td> 현미경 <td>검사</td><td></td><td></td>용으로 사용 가능한 모든 브랜드</tr><tr><td>현미경 슬라이드와 커버 슬립</td><td>현미경 검사용으로 제작된 모든 브랜드&nbsp;</td><td></td><td></td></tr><tr><td>샘플 희석을 위한 MQ 물</td><td>모든 브랜드 &nbsp;</td><td></td><td></td></tr><tr><td>인산염 완충 식염수(PBS; pH = 9)</td> <td>모든 브랜드</td><td></td><td>0.05 M Na2HPO4-NaCl 용액, pH 9로 조정</td></tr><tr><td>PPi-Saline 완충액</td><td>모든 브랜드</td><td></td><td>0.02 M Na4P2O7-NaCl 용액. 0.53 g Na4P2O7를 MQ 물 100 ml에 추가하고 0.85 g NaCl&nbsp;</td></tr><tr><td>샘플링 장치&nbsp;</td><td>대표적인 샘플을 얻는 데 적합&nbsp;</td><td></td><td>예: 호수 플랑크톤용 Friedinger 샘플러</td></tr><tr><td>티오황산나트륨 용액</td><td>프로토콜에는 모든 브랜드</td><td></td><td>3% 용액이 사용됩니다.</td></tr><tr><td>Sonicator</td><td>모든 브랜드</td><td></td><td>30 W</td></tr><tr><td>Vortex</td><td>용질과 샘플</td><td></td><td></td>의 철저한 혼합을 허용하는 모든 브랜드</tr><tr><td>수조 온도를</td><td>60°C로 유지할 수 있는 모든 브랜드; 씨</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

수생 생태계에서 유기 탄소 흐름의 새로운 경로를 밝히기 위해 추적자로 형광으로 분류 된 박테리아

Fluorescently Labeled Bacteria as a Tracer to Reveal Novel Pathways of Organic Carbon Flow in Aquatic Ecosystems

포식과 그 효과와 같은 영양 상호 작용을 해명하는 것은 생태학에 있는 많은 연구원을 위한 빈번한 작업입니다. 미생물 공동체의 연구는 많은 한계를 가지고 있으며, 육식 동물, 먹이 및 약탈 비율을 결정하는 것은 종종 어렵습니다. 여기에 제시된 것은 형광으로 표지된 먹이를 트레이서로 추가하여 수생 육식 진핵생물의 방목 속도의 안정적인 정량화와 더 높은 영양 수준으로의 영양 전달 추정을 가능하게 하는 최적화된 방법입니다.

실시예 실험은 지모프 저수지(South Bohemia, CZ)에서 실행되었는데, 이는 현장 포식자와 먹이 풍부도에서 자연이 낮은 자연지대이다. 대표적인 데이터는 피코플랑크톤(&amp;2 μm) 입자10,16,17,18의 풍부하고 효율적인 방목인 잡식성 섬모 종 할테리아 그란디넬라에대해 보고되고 있다. ,22. 그림 3은 호르히모프 저수지에서 할테리아 sp. 세포당 FLB 수의 상자 및 수염 플롯을 나타내며(그림3A)시간당 세균 섭취율로 재계산...

여기에 제시된 것은 높은 정밀도와 분류학적 분해능으로 수생 약탈 진핵생물의 방목 속도를 정량화하는 단일 세포, epifluorescence 현미경 기반 기술에 대한 프로토콜입니다.

Elucidating trophic interactions, such as predation and its effects, is a frequent task for many researchers in ecology. The study of microbial ...

이 접근 법은 우리가 매우 높은 해상도로 미생물 식품 웹에서 더 높은 영양 수준으로 카르요테에서 탄소 와 에너지 흐름을 시각화하고 추정 할 수 있기 때문에 중요합니다. 이것은 현재 어떤 protist 종 현장에서 박테리아를 소비 하는 결정에 사용할 수 있는 유일한 기술, 동시에 단일 세포 수준에서이 과정의 속도 정량화. 박테리아는 유기 탄소를 미립자화하기 위해 용존 유기 탄소를 변화시키는 유일한 중요한 미생물이기 때문에, 관련 선수의 지식과 이 일이 일어나는 속도는 일반적으로 수생 생태계를 이해하는 기초를 형성한다. 우리는 연구원이 어떤 방목 실험을 수행하기 전에 그들의 연구 시스템에 익숙해질 것을 적극 추천합니다. 이것은 견본의 현미경 검사의 빛 그리고 epifluorescence, 그리고 주요 분류존재 및 그들의 계절 역학의 지식을 관련시킵니다. 절차를 시연하는 것은 지트카 제즈베로프가 될 것입니다.

fluorescently-labeled-bacteria-as-tracer-to-reveal-novel-pathways

Research

연구

JoVE Journal

Environment

환경

환경 bacterioplankton는 유기 탄소 (DOC) 화합물과 DNA 라벨 시약, bromodeoxyuridine (BrdU)를 해산 모델 incubated 있습니다. 그 후, DOC - 굴욕적인 세포는 형광 활성 세포 분류 (외과)를 사용하여 고가 BrdU의 설립에 따라 대량 지​​역 사회에서 분리됩니다. 이러한 전지는 다음 이후의 분자 분석에 의해 식별됩니다.

Bromodeoxyuridine (BrdU) 레이블과 녹아 유기 문화 독립적인 확인을위한 후속 형광 활성 세포 정렬 탄소 굴욕 Bacterioplankton

출처: Pioli, R., et al., 순차적 모세관 보조 조립을 통한 미생물 및 미립자의 패턴화. J. Vis. 경험. (2021년)이 비디오는 무탄소 현탁액 및 제어된 흐름을 사용하여 미세유체 트랩에서 단일 형광 태그가 지정된 대장균(E. coli) 세포를 캡처한 다음 영양분을 첨가하여 미세 콜로니의 성장 및 형광 이미징을 유발하는 방법을 보여줍니다.

단일 세포 박테리아 성장의 미세유체 패터닝 및 형광 기반 추적

출처: Chetrit, D. 외 레 지오넬라 폐포균 DOT/ICM 분비계의 시공간적 특징을 해명하기 위해 생세포 영상 및 냉동 전자 단층촬영 적용. J. Vis. 경험 (2020).이 영상은 형광 표지된 병원성 박테리아의 준비와 영상 촬영 과정을 시연합니다. 아가로스 패드는 먼저 접착 프레임 안에 준비되어 위치시킵니다. 형광 단백질을 발현하는 유전자 변형 박테리아의 현탁액을 패드에 적용하여 세포를 고정시킵니다. 프레임은 커버슬립으로 밀봉되어 현미경으로 관찰하여 박테리아의 형광 이미지를 포착합니다.

형광 표지 박테리아의 샘플 준비 및 영상

클라미디아를 함유한 세포 액포(내포물)를 조명하기 위한 살아있는 세포 형광 단백질 기반 방법이 설명되어 있습니다. 이 전략을 사용하면 샘플에서 클라미디아 감염성을 빠르고 자동으로 측정할 수 있으며 개재물 성장 역학을 정량적으로 조사하는 데 사용할 수 있습니다.

시각화 및 정량하기 위해 형광 단백질을 사용하여<em&gt; 클라미디아</em&gt; 액포 성장 역학 살아있는 세포에서

생체 내 생체 분자에 대한 연구는 생물학적 맥락에서 분자 기능을 이해하는 데 중요합니다. 여기에서는 DNA 또는 단백질과 같은 형광 생체 분자를 살아있는 미생물로 내재화할 수 있는 새로운 방법을 설명합니다. 형광 현미경 검사로 기록된 생체 내 데이터 분석도 제시되고 논의됩니다.

일렉트로을 통해 생활 미생물의 국제화 및 형광 생체 분자의 관측

부르크 홀데 리아의 sartisoli RP037-mChe와 전 세포 bioreporter 분석은 물 불포화 모델 시스템에서 공기로 채워진 모공을 해소 균사체에 의한 능동 수송 후 세균 분해 가능한 유기 오염 물질 (즉, 플루 오렌)의 분수를 감지하기 위해 개발되었다.

전체 셀 Bioreporter 접근 물 불포화 시스템에서 유기 오염 물질의 운송과 생체 이용률을 평가하기 위해

진화 시나리오되지만 (공간적 분리)의 역할은 공간 분포의 조정을 허용하는 제어 실험실에서 미생물 단순한 시스템을 사용하여 조사 할 수있다. 설립자 셀 밀도를 수정하여, 다양한 구색 수준은 바실러스 서브 틸리 스 (Bacillus subtilis)의 식민지 바이오 필름에 형광 표지 된 박테리아 균주를 사용하여 시각화 할 수 있습니다.

표면 식민지 미생물 집단에 공간 분리를 모니터링

박테리아에 필수적인 프로세스의 기능을 이해은 도전 이다. 대상 특정 염료 형광 현미경 검사 법은 미생물 세포 성장과 세포 주기 진행에 중요 한 통찰력을 제공할 수 있습니다. 여기, Agrobacterium tumefaciens 모델 박테리아로 필수 프로세스의 특성에 대 한 라이브 셀 이미징에 대 한 방법을 강조 하는 데 사용 됩니다.

라이브 세포 형광 현미경 검사 법 미생물 세포 성장 하는 동안 필수 과정을 관찰 하

이 원고 붙일 표시 된 DNA 프로브, 대장균에 있는 단일 분자 형광 제자리에서 교 잡 (smFISH) 실험에 사용 하기 위해 개별 메신저 RNA (mRNA) 성적표를 라벨에 대 한 방법을 설명 합니다. smFISH 동시 탐지, 지역화, 고 고정된 개별 셀에 단일 mRNA 분자의 정량화를 허용 하는 시각화 방법입니다.

단일 분자 형광 제자리에서 교 잡 실험에 대 한 개별 대장균 세포에 성적표를 라벨에 대 한 방법

이 살아있는 세균성 세포 화상 진찰 프로토콜은 시간이 지남에 따라 단세포 수준에서 다중 세균성 종 사이 상호 작용의 시각화를 허용합니다. 시간 경과 화상 진찰은 개별 세포 운동성 및 생존성을 포함하여 다종 세균성 지역 사회에서 종 간 상호 작용을 심문하기 위하여 단배문화 또는 공동 문화에서 각 세균성 종의 관찰을 허용합니다.

단세포 종 간 세균성 상호 작용의 운동 시각화

여기에서는 감염 중 병원성 박테리아를 장기 전체에서 검출하고 형광 리포터 활동을 정량화할 수 있는 절차에 대해 설명합니다.

고분해능 3차원 전장기 단층촬영(High-resolution three-dimensional whole-organ tomography of microbial infections)

탐색하세요 형광 표지 박테리아 추적자를 이용한 수생 포식성 진핵생물의 섭식률 정량화 방법을 배우세요. 이 기술은 미생물 먹이망에서 원핵생물에서 더 높은 영양단계로의 탄소와 에너지 흐름을 시각화하고 추정하여 수생 생태계의 영양소 순환과 생태계 역학을 이해하는 데 필수적인 고해상도 데이터를 제공합니다.

수생 생태계에서 유기 탄소 흐름의 새로운 경로를 밝히기 위해 추적자로 형광으로 분류 된 박테리아

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