2019년 7월 31일
여기에서, 우리는 CRISPR/Cas9 시스템을 사용하여, Trypanosoma cruzi의 세포외 amastigote로 유전자 녹아웃을 소개하는 프로토콜을 기술합니다. 성장 표현형은 축세포 배양의 세포 계수 또는 숙주 세포 침입 후 세포 내 아마스티고테의 증식에 의해 추적될 수 있다.
amastigote는 의무적인 세포내 기생충이기 때문에 실험에서 T.cruzi의 호스트 감염 단계를 사용하는 것은 어렵습니다. 우리의 배양 기술은 amastigote가 일시적으로 호스트 세포의 외부에 복제할 수 있게 해주므로, 우리는 기생충의 임상적으로 관련있는 단계에서 직접 실험을 수행할 수 있습니다. 절차를 시연하는 것은 우리 연구소의 기술자 인 유키 아쿠츠 (Yukie Akutsu)가 될 것입니다.
원고 의 지시에 따라 호스트 기생충 공동 문화를 유지합니다. Cas9 발현 기생충이 분화 할 준비가되면, 상체관을 원상 관으로 수집하고 현미경으로 샘플 품질을 확인하십시오. 세포 외 amastigotes의 상당수가 있는 경우에, 트립pomastigotes를 격리하기 위하여 수영 절차를 수행하십시오.
2, 100 회 G.로 15 분 동안 trypomastigotes와 amastigotes의 혼합물을 스핀 다운 튜브에 매체의 0.5 ~ 1 밀리리터를 떠나, 슈퍼 나탄의 대부분을 폐기. 느슨하게 튜브를 캡, 활성 trypomastigotes 펠릿에서 수영 할 수 있도록 1 ~ 2 시간 동안 섭씨 37도에서 펠릿을 배양. 인큐베이션 후, 1.5 밀리리터 미세 원심 분리기 튜브로 trypomastigotes와 상체를 전송합니다.
그것을 아래로 회전, DMEM의 5 밀리리터와 펠릿을 다시 중단. 기생충을 T-25 배양 플라스크로 옮기고, 가습된 인큐베이터에서 5%의 이산화탄소 하에서 플라스크를 섭씨 37도에서 배양한다. 기생충의 약 95%는 24시간 후에 amastigotes로 분화할 것입니다.
원심 분리는 세포 외 amastigotes의 문화를 2, 100 배 G에서 15 분 동안, 그리고 상체를 폐기합니다. 밀리리터당 8세포에 10배의 최종 세포 밀도에 대한 보충 용액을 제공하는 전기포기 버퍼로 펠릿을 재연한다. 1.5 리터 미세 원심 분리튜브로 재중단 된 기생충의 Aliquot 100 마이크로 리터.
그런 다음 5~10마이크로그램의 가이드 RNA를 추가하고 파이펫팅으로 부드럽게 섞습니다. 혼합물을 2밀리미터 갭 전기기큐벳으로 옮기고, 전기기공 장치와 펄스를 적용한다. 그런 다음, cuvette 내용을 T-25 플라스크로 옮기고, 5밀리리터의 사전 온진 LIT 매체를 포함하고, 캡을 느슨하게 두고, 5% 이산화탄소 하에서 플라스크를 섭씨 37도에서 배양한다.
축 의 배양의 연속 또는 호스트 세포 감염 후 세포 내 amastigotes로 세포 성장을 모니터링. 축축 아마스티고스로 세포 성장을 모니터링하는 경우, 플라스크를 부드럽게 흔들어 세포 외 암미고를 용액으로 재일시 중단하고, 문화의 마이크로리터 20개를 마이크로센트리튬 요오드 용액1마이크로리터와 혼합하여 마이크로센트리푸시지 튜브에 넣습니다. 온도가 아마스티고테의 축축증을 가능하게 하는 요인 중 하나이기 때문에 문화 플라스크를 필요 이상으로 인큐베이터 외부에 두지 않는 것이 중요합니다.
이 샘플을 혈류계에 적용하여 형광 현미경으로 관찰합니다. 그런 다음 프로피듐 요오드에 의해 얼룩지지 않는 가능한 아마스티고의 수를 계산합니다. 세포 내 amastigotes로 녹아웃 세포의 성장을 모니터링하려면, DMEM과 12 웰 플레이트에서 시드 호스트 3T3 세포.
전기기분기 후 하루 는 원심분리에 의해 녹아웃 amastigotes를 수집, 상체를 폐기하고, DMEM의 두 밀리리터와 기생충을 다시 중단. 숙주 세포 배양에서 배지를 제거하고 다시 중단된 amastigotes를 추가합니다. 2일 동안 이산화탄소 5% 미만의 섭씨 37도에서 플레이트를 배양하여 아마스티고트가 감염을 확립할 수 있도록 합니다.
이틀 후, DMEM을 가진 호스트 세포 밖에서 세포 외 아마스티고를 씻어 내고 신선한 DMEM을 추가하십시오. 추가 2 일 동안 인큐베이션을 계속 한 다음 숙주 세포 및 세포 내 amastigotes의 핵을 시각화합니다. TcGM1에 대한 가이드 RNA와 전염된 T.Cruzi amastigotes가 대조군에 비해 상당한 성장 결함을 보이는 것으로 입증되었다.
세포 내 amastigotes로 성장을 모니터링 할 때, T.Cruzi 핵과 관련된 숙주 핵의 분수는 대조군에 비해 TcCGM1 녹아웃 그룹에서 상당히 낮습니다. 반대로, 파라플래그엘라로드 단백질 TcPAR1에 대한 가이드 RNA의 트랜스포메이션은 4일간의 축절 배양 후 세포 성장에 크게 영향을 미치거나 세포내 amastigotes의 성장을 억제하지 않는다. 그러나, 5일 후 감염, 숙주 세포에서 나오는 트라이포마스티고트의 수는 대조군에 비해 TcPAR1 녹아웃 공동배양에서 현저히 낮다.
더욱이, 대조군내 호스트 셀 내부의 차별화된 트라이포마스티고스가 녹아웃 그룹의 사람들보다 더 활발하게 나타났다. 이 방법은 또한 가이드 RNA를 Cas9 발현 아마스티고테로 이식하는 대신 amastigote 단계에 외인성 유전자의 효과를 연구하는 데 사용될 수 있으며, 플라스미드를 야생형 아마스티고드로 전환하여 외인성 유전자를 발현할 수 있다.
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본 논문은 CRISPR/Cas9 시스템을 사용하여 Trypanosoma cruzi의 세포 외 amastigote에 유전자 녹아웃을 도입하는 프로토콜을 설명합니다. 성장 표현형은 세포 계수 또는 숙주 세포 침입 후 세포 내 amastigote의 증식을 평가함으로써 모니터링할 수 있습니다.
Trypanosoma cruzi의 amastigote 단계에서 CRISPR/Cas9을 이용한 직접적인 유전자 넉아웃은 임상적으로 유의미한 포유류 단계에서 정밀한 타겟 검증을 가능하게 합니다. 이 접근법은 발달 단계의 전이를 건너뜀으로써 생물학적 모호성을 줄이고 항기생충 약물 발견을 위한 예측 신뢰도를 높입니다. 또한, 질병 관련 시스템에서 유전자의 필수성을 명확히 함으로써 리스크가 조정된 포트폴리오 의사 결정을 지원합니다.
이 방법은 초기 타겟 검증부터 전임상 모델 개발에 이르는 발굴 파이프라인에 통합되며, 질병 관련성을 극대화하기 위해 amastigote 단계에 집중합니다.