Name: 난소암에서 노치 신호의 역할을 이해하기 위한 생물정보학 접근법 및 실험 검증의 통합 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2020-01-12T14:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 8 s
Description: 배우세요 생물정보학과 실험 검증을 통합하여 난소암에서 노치 신호의 역할을 분석하는 방법을. 이 접근법은 데이터베이스 활용으로 연구 방향을 계획하고 치료 표적을 식별하는 데 도움을 줍니다.

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이 작품은 시작 자금 에 의해 지원되었다, 과학 및 수학 연구 보조금 대학, 여름 연구 세션 상, 조지아 남부 대학에서 연구 종자 자금 조달 상.

1. 유전체 프로파일에서 임상 결과의 예측 (PRECOG)
참고: PRECOG 포털(precog.stanford.edu)은 유전자 발현 수준 및 환자 임상 결과17을포함하여 165개의 암 발현 데이터 세트에서 공개적으로 이용 가능한 데이터에 액세스합니다. 특히 39개의 암 유형에서 다른 유전자의 Z\u2012scores를 제공하기 위해 큰 데이터 세트를 통합하여 환자 전체 생존을 나타내는 Meta\u2012Z 분석을 제공합니다. 불량 및 양호한 생존율은 각각 양수 및 음수 Z\u2012score 값으로 표시됩니다.
<ol><li>이 데이터베이스에 액세스하려면 학술 제휴 이메일로 계정을 만듭니다. 계정과 연결된 이메일 주소와 암호를 입력합니다.</li>
	<li>메타-Z 분석 제목 아래에 있는 세부 정보 보기 버튼을 클릭합니다.</li>
	<li>관심 유전자를 검색 모음에 입력합니다.</li>
	<li>화면 하단에 있는 스크롤 막대를 사용하여 관심 있는 특정 암 유형에 대한 생존 Z 점수를 얻습니다.</li>
</ol>2. CSIOVDB
참고: CSIOVDB<a href="http://csibio.nus.edu.sg/CSIOVDB/CSIOVDB.html" target="_blank">(csibio.nus.edu.sg/CSIOVDB/CSIOVDB.html)는</a>난소암18을연구하기 위해 싱가포르 암 과학 연구소에서 개발한 마이크로어레이 데이터베이스입니다. 이 데이터베이스는 다른 종양 사이트뿐만 아니라 정상적인 난소 조직 데이터에서 암종의 데이터를 포함. 또한, CSIOVDB는 차동 유전자 발현 수준으로 환자의 생존을 평가하기 위해 Kaplan\u2012Meier 생존 플롯을 제공합니다. CSIOVDB는 유전자 발현 수준과 난소암 단계/등급 사이의 연관성을 조사하기 위해 적용될 수 있다.
<ol><li>관심 유전자를 입력한 다음 검색 버튼을 클릭합니다.</li>
	<li>질병 상태 탭을 클릭합니다. 참고: 이 탭은 난소암 질환 상태에 관심 있는 표적 유전자의 유전자 발현에 대한 요약 통계를 제공합니다.</li>
	<li>역학 탭을 클릭합니다. 참고: 이 탭은 주요 난소암 학력에 관심 있는 표적 유전자의 유전자 발현에 대한 요약 통계를 제공합니다.</li>
	<li>클리닉 병리학 매개 변수 탭을 클릭합니다. 참고: 이 탭은 Mann-Whitney 시험을 가진 다른 난소암 단계, 급료 및 임상 반응 중 유전자 발현 수준의 비교를 제공합니다.</li>
	<li>서바이벌 탭을 클릭합니다. 참고: 이 탭은 전체 생존 및 질병 없는 생존과 관련된 카플란-마이어 플롯을제공합니다. 이 데이터베이스의 경우, 질병 없는 생존은 진행성 및 재발없는 생존으로 간주된다18. 전반적인 생존및 질병 없는 생존을 위한 다변량 분석은 또한 이 탭의 밑에 있습니다. 다변량 분석은 난소암 예후 (단계, 등급, 외과 debulking, 학회, 나이)와 관심있는 유전자와 관련된 특징을 비교합니다.</li>
	<li>하위 유형 탭을 클릭합니다. 참고: 이 탭은 난소암의 분자 아류형에 관심 있는 유전자의 발현 수준에 대한 요약 통계 및 Mann-Whitney 테스트를 제공합니다. 이 탭은 또한 난소암의 분자 특수형에 관심 있는 유전자의 전반적인 생존 및 질병 없는 생존과 관련되었던 Kaplan-Meier 플롯을 제공합니다.</li>
</ol>3. 정상 및 종양 조직에 걸쳐 유전자 발현 (GENT)
참고: GENT 포털(medical\u2012genome.kribb.re.kr/GENT)은 한국생명공학연구원(KRIBB)이 개발하고 관리하고 있습니다19. 16,400개(U133A; 241데이터 세트)와 24,300개(U133plus2; 306데이터 세트)를 공개적으로 사용할 수 있는 샘플을 수집합니다. 표준화 후, GENT는 종양과 정상 조직으로 더 나뉘어진 다양한 조직에 걸쳐 유전자 발현 데이터를 제공합니다.
<ol><li>화면 상단의 검색 탭을 클릭합니다.</li>
	<li>섹션에서 레이블이 지정된 1입니다. 키워드는드롭다운 메뉴에서 용어에 대한 유전자 기호를 선택하고 키워드 섹션의 빈 영역에 관심 있는 유전자의 유전자 기호를 입력하고 유형 옵션에 대한 조직을 선택합니다.</li>
	<li>1의 하단에 있는 검색 단추를 클릭합니다. 키워드 섹션입니다. U133A 및 U122Plus2 플랫폼에 기초하여 상이한 암 유형의 정상 및 종양 조직에서 유전자 발현의 요약 그래프를 나타낸다. 참고: 요약 그래프 맨 위에 있는 데이터 필터링 옵션을 선택하여 연구할 특정 데이터베이스를 선택합니다.</li>
	<li>결과 데이터 다운로드 옆의 링크를 클릭하여 유전자 발현 값, 조직 유형 및 데이터 원본에 대한 자세한 정보에 액세스합니다.</li>
</ol>4. 브로드 연구소 암 세포주 백과 사전 (CCLE)
참고: CCLE (portals.broadinstitute.org/ccle)는 브로드 연구소에 의해 만들어졌으며 947 인간의 암 세포주20의게놈 프로파일 및 돌연변이를 제공한다.
<ol><li>원하는 유전자를 검색 창에 입력한 다음 검색 단추를 클릭합니다.</li>
	<li>데이터 집합 선택이라는섹션에서 드롭다운 메뉴에서 mRNA 식(RNAeq) 옵션을 클릭합니다. 참고 : 다른 옵션은 mRNA 발현 (Affy) 아킬레스 shRNA 녹다운및 복사 번호를포함한다 .</li>
	<li>모든 추적 전환 버튼을 클릭합니다. 오른쪽의 회색 상자에서 관심 있는 조직 유형을 선택합니다. 화면 아래쪽으로 스크롤하여 mRNA 식 다운로드 단추를 클릭합니다.</li>
	<li>다운로드한 텍스트 문서를 엽니다. 모든 텍스트를 복사하여 시트 1에붙여 넣습니다. 시트 1의모든 텍스트를 복사합니다.</li>
	<li>스프레드시트 하단의 스프레드시트 소프트웨어 시트 2 탭에서 시트를 클릭합니다. A 열을 마우스 오른쪽 단추로 클릭하고 특수 붙여넣기를 선택한 다음 시트 2에서 전치 옵션을 선택합니다.</li>
	<li>텍스트가 시트 2의두 열로 변환되면 정렬 및 필터 옵션 제목의 드롭다운 화살표를 클릭한 다음 필터 옵션을 선택합니다. 화살표는 유전자로표시된 제목 영역에 나타납니다. 화살표를 클릭하고 관심의 조직 유형에 입력합니다. 참고: 이 단계는 모든 데이터를 필터링하고 관심 있는 조직 유형에 대한 유전자 발현 수준만 표시합니다.</li>
</ol>5. c바이오포털
참고: cBioPortal(www.cioportal.org)은 메모리얼 슬론 케터링 암 센터(MSK)에서 개발되었으며, 대규모 암 게놈 데이터21,22에액세스, 분석 및 시각화합니다. 특히, 이 포털은 연구원이 유전 변경 및 신호 네트워크를 검색 할 수 있습니다.
<ol><li>방문 페이지의 쿼리를 사용하여 연구 선택섹션 아래에 관심 있는 기관/조직을 클릭합니다. 관심 있는 특정 연구를 선택한 다음 유전자별 쿼리 단추를 누린 다음</li>
	<li>유전체 프로파일 선택섹션에서 GISTIC의 돌연변이,부피 수 변경 또는 mRNA 발현의세 가지 옵션 중에서 선택합니다. 또한 환자/사례 집합 선택에대한 드롭다운 메뉴에서 해당 데이터를 선택합니다.</li>
	<li>유전자 입력의쿼리 상자에 대상 유전자 기호를 입력합니다. 쿼리 제출 단추를 클릭합니다.</li>
	<li>페이지 상단의 네트워크 탭을 클릭하여 원하는 유전자 네트워크를 검색합니다. 참고: 시그널링 네트워크는 색상으로 구분됩니다. 입력된 유전자는 두꺼운 테두리를 가진 종자 노드에 의해 표시됩니다. 각 유전자는 적색 원으로 표시되고, 적색 원의 색깔 강렬은 그것의 돌연변이 주파수를 반영합니다. 유전자는 다르게 색깔된 선에 의해 연결됩니다. 갈색 선은 동일한 생물학적 성분에 관여하는 것을 나타내는 "동일한 성분"을 의미한다. 파란색 선은 유전자 반응을 나타내는 "반응"을 의미합니다. 녹색 선은 1개의 유전자가 다른 유전자의 상태 변경을 일으키는 원인이 될 수 있다는 것을 건의하는 "상태 변경"을 의미합니다.</li>
	<li>이미지 상단의 파일 탭을 클릭하여 이미지 로 저장(PNG)을 선택하여 네트워크 이미지 다운로드를 선택합니다.</li>
</ol>6. 원하는 유전자형과 DAPI 염색을 가진 초파리 해부
참고 : 원하는 유전자형으로 여성 초파리를 수집 한 다음 비행 난소를 해부하여 이미징을위한 DAPI 염색 절차를 거칩니다.
<ol><li>플라이 주식 tj-Gal4, Gal80ts/CyO 준비; UAS-NICD-GFP/TM6B, w*; UAS-맘.A; 및 w[1118] NICD-overexpression(tj-Gal4, Gal80ts/+; UAS-NICD-GFP/+및 NICD 및 맘-과발현 (tj-Gal4, Gal80ts/UAS-mam.A; UAS-NICD-GFP/+기능.</li>
	<li>시공간성 유전자발현을조절하기 위해 시간적 및 국소 적 유전자 발현(TARGET) 기법을 적용한다. 성인이 될 때까지 18 °C에서 파리를 올린 다음 해부 전에 효모로 48 시간 동안 29 °C로 이동합니다. 참고 : tj-Gal4는 Gal80ts에 의한 억제가 완화 될 때 더 높은 온도에서만 UAS 발현을 구동 할 수 있습니다. 해부 전에 효모를 첨가하여 수확을위한 난소를 확대합니다.</li>
	<li>배아 수집 접시에 1x 인산완충식염수(PBS) (137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mMNa2HPO4,1.8 mMKH2PO4)를3 mL. CO2 패드를 사용하여 파리를 마취하십시오.</li>
	<li>암컷 플라이를 선택한 다음 해부 집게 한 쌍을 사용하여 플라이의 하부 흉부를 조심스럽게 잡고 배아 수집 접시에 1x PBS 용액에 담급하십시오. 두 번째 집게를 사용하여 하복부를 꼬집고 부드럽게 당겨 내부 장기를 풀어보냅니다.</li>
	<li>플라이 바디에서 난소 쌍을 확인하고 분리하십시오. 난소의 후방 끝에있는 근육 외포를 부수고 난소를 분리하십시오. 참고: 난소분리와 근육외칼 깨기는 더 높은 품질의 염색 결과를 얻기 위해 필요합니다.</li>
	<li>난소를 1x PBS의 500 μL을 포함하는 1.5 mL 원심 분리관에 놓습니다. 튜브는 모든 난소가 수집 될 때까지 얼음에 남아 있어야합니다.</li>
	<li>1x PBS를 제거하고 0.5 mL의 수정 용액 (4 % 포름알데히드)을 튜브에 넣습니다. 튜브를 영양분 위에 10분 동안 놓습니다.</li>
	<li>튜브에서 고정 용액을 제거하고 적절한 폐기물 용기에 폐기하십시오. 1x PBT 1 mL(0.4% 트리톤™ X-100으로 보충된 1x PBS)를 사용하여 난소를 3x 15분 동안 세척합니다.</li>
	<li>최종 PBT 세척을 버리고 비특이적 결합을 방지하기 위해 PBTG 1 mL(0.2% 소 혈청 알부민, 1x PBT에 5% 정상 염소 세럼)를 첨가합니다. 참고: 이 단계는 DAPI 염색을 위해 건너뛸 수 있지만 항체 염색에는 필수적입니다. 상세한 면역 조직 화학 염색은 Jia 등에서 찾을 수있습니다. 24.</li>
	<li>10-15분 동안 튜브에 DAPI 150 μL(10 μg/mL)을 놓습니다. DAPI를 버리고 1x PBT 의 1 mL를 사용하여 10 분 동안 난소를 1x로 씻습니다. PBT를 제거하고 1x PBS를 사용하여 10 분 동안 2 x를 씻으하십시오.</li>
	<li>약 300 μL의 PBS가 난소와 튜브에 남아있을 때까지 과잉 PBS를 제거합니다. 난소를 200 μL 파이펫을 사용하여 난소를 위아래로 여러 번 피펫하여 난자 챔버를 풀어보도록 합니다.</li>
	<li>튜브를 부드럽게 회전시키고 난소를 제거하지 않고 가능한 한 많은 1x PBS 용액을 조심스럽게 제거하십시오. 120 μL의 마운팅 용액 (n-propyl gallate 1g, 10X PBS 5 ml, 글리세롤 40 ml 및 dH2O 5 ml)을 튜브에 넣습니다. 참고: 마운팅 솔루션은 끈적이므로 정확히 120 μL의 마운팅 용액을 튜브로 전달하기가 어렵습니다. 이 문제를 완화하기 위해 1,000 μL 파이펫 팁을 사용하여 튜브에 3방울의 장착 용액을 추가할 수 있습니다.</li>
	<li>200 μL 파이펫 팁에서 약 0.33mm를 제거하고 새로 절단된 파이펫 팁을 사용하여 장착 용액을 현미경 유리 슬라이드에 놓습니다.</li>
	<li>커버슬립 글래스를 마운팅 용액에 부드럽게 놓고 커버 슬립의 가장자리를 투명 매니큐어로 밀봉합니다. 참고: 공초점 이미지를 촬영할 때 계란 챔버가 장착 용액 내부로 흐르는 것을 방지하기 위해 커버 유리의 가장자리를 밀봉해야 합니다.</li>
	<li>다음 설정을 사용하여 공초점 현미경으로 이미지를 수집합니다: 대물 렌즈 = 10배 배율; 숫자 조리개 = 0.8; DAPI 방출 파장 = 410-513 nm.</li>
</ol>

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<li>Sun, J., Deng, W. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Notch-dependent+downregulation+of+the+homeodomain+gene+cut+is+required+for+the+mitotic+cycle%2Fendocycle+switch+and+cell+differentiation+in+Drosophila+follicle+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Notch-dependent downregulation of the homeodomain gene cut is required for the mitotic cycle/endocycle switch and cell differentiation in Drosophila follicle cells.</a> Development. 132 (19), 4299-4308 (2005).</li>
<li>Jia, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+large-scale+in+vivo+RNAi+screen+to+identify+genes+involved+in+Notch-mediated+follicle+cell+differentiation+and+cell+cycle+switches%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">A large-scale in vivo RNAi screen to identify genes involved in Notch-mediated follicle cell differentiation and cell cycle switches.</a> Scientific Reports. 5, 12328(2015).</li>
<li>Shcherbata, H. R., Althauser, C., Findley, S. D., Ruohola-Baker, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+mitotic-to-endocycle+switch+in+Drosophila+follicle+cells+is+executed+by+Notch-dependent+regulation+of+G1%2FS%2C+G2%2FM+and+M%2FG1+cell-cycle+transitions%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">The mitotic-to-endocycle switch in Drosophila follicle cells is executed by Notch-dependent regulation of G1/S, G2/M and M/G1 cell-cycle transitions.</a> Development. 131 (13), 3169-3181 (2004).</li>
</ol>

저자는 공개 할 것이 없다.

생물 정보학의 활용을 위한 수많은 접근 및 방법이 있기 때문에, 일반 대중이 온라인으로 사용할 수 있는 수많은 데이터베이스가 있습니다. 이러한 각 데이터베이스에서 풍부한 정보를 추출할 수 있지만 일부는 특정 입력을 기반으로 환자의 생존을 평가하는 것과 같은 특정 목적에 가장 적합합니다. 서로 다른 개별 데이터베이스에서 검색된 데이터를 체계적으로 분석하면 중요한 과학적 발견을 설득력 있게 얻을 수 있습니다.
현재 분석은 생물 정보학 접근의 이용을 통해 난소암에 있는 노치 신호의 역할에 집중합니다. 예를 들어, PRECOG 포털 데이터베이스에 대한 메타-Z 분석은 임상 암 연구에서 환자 생존 결과를 나타내는 Z 점수를 얻기 위해 사용되었습니다. CSIOVDB는 난소암 환자의 생존 결과를 연구하는 데 사용된 또 다른 메타 분석 데이터베이스입니다. CSIOVDB 데이터는 PRECOG 포털에서 NOTCH2, NOTCH3 및 MAML1이 전반...

노치 신호 통로는 생물학적 유기체 내의 많은 발달 과정에 중요한 고도로 보존된 통로입니다. 노치 시그널링은 세포 증식 및 자가 재생에 중요한 역할을 하는 것으로 나타났으며, 노치 신호경로의 결함은 많은 유형의암으로이어질 수 있으며1,2,3,4,5,6. 일부 상황에서, 노치 신호 통로는 조직 성장 및 암뿐만 아니라 세포 사멸 및 종양 억제에 연결되었다7. 다양한 기능을 갖춘 다중 노치 수용체(NOTCH 1−4) 및 co\u2012activator 마스터마인드(MAML 1−3)는 추가적인 복잡성을 더합니다. 노치 신호 통로는 기능 면에서 정교하지만 핵심 경로는 분자 기준으로간단합니다 8. 노치 수용체는 세포외 및 세포내 영역으로 구성된 막 간 단백질로서작용한다 9. 노치 수용체의 세포외 영역에 결합하는 리간드는 단백질 용해 분열을 용이하게하며, 이는 노치 세포 내 도메인 (NICD)이 핵으로 방출 될 수 있게합니다. NICD는 다음 co\u2012activator Mastermind에 결합하여 다운스트림 유전자발현(10)을활성화합니다.
최근 몇 년 동안, 노치 시그널링은 상이한 종6,11에걸쳐 여러 종류의 암의 개시 및 진행에 다양한 역할을 하는 것으로 나타났다. 예를 들어, 노치 신호는 인간 NOTCH1 유전자12를수반하는 종양 발생에 연결되었다. 최근, 노치2, NOTCH3, 델타유사 3(DLL3), 마스터마인드\u2012like 단백질 1(MAML1)및 디신테그린 및 메탈로프로테나제 도메인\u2012함유 단백질 17(ADAM17) 유전자는 난소암과 강하게 연관된 것으로 나타났으며, 특히 환자의 전반적인 생존율이13명이낮은 것으로 나타났다.
실험 및 환자 관련 데이터의 양이 지속적으로 증가함에 따라 사용 가능한 데이터의 분석에 대한 수요도 증가하고 있습니다. 사용 가능한 데이터는 출판물 에 흩어져 있으며 일관성이 없거나 모순된 결과를 제공할 수 있습니다. 최근 수십 년 동안 차세대 염기서열 분석과 같은 새로운 기술이 개발되면서 사용 가능한 데이터의 양이 기하급수적으로 증가했습니다. 이것은 과학에 있는 급속한 발전을 나타내고 지속적인 생물학 연구를 위한 기회, 연구 질문을 해결하기 위하여 공개적으로 유효한 데이터의 의미를 평가하는 것은 중대한도전입니다 14. 우리는 생물 정보학이 대규모 데이터 세트에서 더 작은 정보를 추출하는 유용한 방법이라고 믿습니다. 다양한 생물정보학 접근법의 구현을 통해 연구원은 이러한 대규모 데이터 세트를 신속하고 안정적으로 효율적으로 해석하여 통찰력 있는 발견을 얻을 수 있습니다. 이러한 발견은 잠재적인 신약 치료 표적 또는 질병 바이오마커의 식별으로부터, 개인화된 환자 치료15,16에이르기까지 다양할 수 있다.
생물정보학 자체는 빠르게 진화하고 있으며, 기술 발전이 의학 및 생물과학을 휩쓸면서 접근 방식은 끊임없이 변화하고 있습니다. 현재, 일반적인 생물정보학 접근법은 DNA 또는 단백질 서열을 분석하고, 특정 관련성 또는 중요성의 유전자를 식별하고, 기능적유전체학16을통해 유전자 및 유전자 생성물의 관련성을 결정하기 위해 공개적으로 접근할 수 있는 데이터베이스 및 소프트웨어 프로그램의 활용을 포함한다. 생물 정보학의 필드는 확실히 이 접근에 한정되지 않더라도, 이들은 임상의와 연구원이 전체적으로 환자의 이익을 위해 생물학 데이터를 처리하는 것을 돕는에서 중요합니다.
이 연구는 몇 가지 중요한 데이터베이스와 노치 신호 경로에 대한 연구에 대한 사용을 강조하는 것을 목표로하고있다. NOTCH2, NOTCH3및 이들의 공동\u2012activivator MAML1은 데이터베이스 연구의 예로 사용되었다. 이 유전자는 난소암에 있는 노치 신호 통로의 중요성이 검증되었기 때문에 이용되었습니다. 검색된 데이터의 체계적인 분석은 난소암에서 노치 신호의 중요성을 확인했습니다. 또한, 노치 시그널링은 종에 걸쳐 잘 보존되기 때문에, 드로소필라 멜라노가스터 NICD와 마스터마인드의 과발현이 함께 초파리성 난소에서 종양을 유도할 수 있음을 확인하였고, 이는 난소암에서 노치 신호의 중요하고 보존된 역할을 뒷받침한다.

<table><tbody><tr><td>DAPI (4',6-Diamidino-2-Phenylindole, Dihydrochloride)</td><td>Invitrogen</td><td>D1306</td><td>1:1000 희석</td></tr><tr><td>PBS, 인산염 완충 식염수, 10X 분말, pH 7.4</td><td>ThermoFisher</td><td>FLBP6651</td><td>ddH2O로 용해하여 1X PBS</td></tr><tr><td>염소 혈청</td><td>Gibco</td><td>16210064</td><td>혈청</td></tr><tr><td>배아 접시</td><td>만들기 전자 현미경 과학</td><td>70543-45</td><td>해부 접시</td></tr><tr><td>너트 믹서</td><td>Fisherbrand</td><td>88861041</td><td>Nutator</td></tr><tr><td>tj-Gal4, Gal80ts/CyO; UAS-NICD-GFP/ TM6B</td><td>Dr. Wu-Min Deng 플로리다 주립 대학</td><td>N/A</td><td>플라이 스톡</td></tr><tr><td>w*; UAS-mam.A</td><td>Bloomington Drosophila Stock Center</td><td>#27743</td><td>Fly stock</td></tr><tr><td>w[1118]</td><td>Bloomington Drosophila Stock Center</td><td>#5905</td><td>Fly stock</td></tr><tr><td>The PRECOG portal</td><td>Stanford University</td><td>precog.stanford.edu</td><td>Publicly accessible database of cancer expression datasets</td></tr><tr><td>CSIOVDB</td><td>Cancer Science Institute of Singapore</td><td>csibio.nus.edu.sg/CSIOVDB/CSIOVDB.html</td><td>난소암 연구에 사용되는 마이크로어레이 데이터베이스</td></tr><tr><td>: 정상 및 종양 조직을 통한 유전자 발현(GENT) 포털,</td><td>한국 생명과학 및 생명공학 연구소(KRIBB)</td><td>의료; genome.kribb.re.kr/GENT</td><td>종양과 정상 조직으로 나뉘어진 다양한 조직에 걸친 유전자 발현 데이터의 공개적으로 액세스할 수 있는 데이터베이스입니다.</td></tr><tr><td>Broad Institute Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE)</td><td>Broad Institute 및 Novartis Institutes for BioMedical Research</td><td>portals.broadinstitute.org/ccle</td><td>인간 암 세포주의 게놈 프로파일 및 돌연변이 제공</td></tr><tr><td>cBioPortal</td><td>Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSK)</td><td>cioportal.org</td><td>연구원들이 유전자 변형 및 신호 전달 네트워크를</td></tr> <tr><td>검색할 수 있도록 하는 포털Zeiss 710 도립 컨포칼 현미경</td><td>Carl Zeiss</td><td>ID #M 210491</td><td>형광 표지된 표본의 검사 및 이미지 수집</td></tr></tbody></table>

난소암에서 노치 신호의 역할을 이해하기 위한 생물정보학 접근법 및 실험 검증의 통합

Integration of Bioinformatics Approaches and Experimental Validations to Understand the Role of Notch Signaling in Ovarian Cancer

노치 시그널링은 많은 세포 공정에 관여하는 고도로 보존된 규제 경로입니다. 이 신호 통로의 dysregulation는 수시로 적당한 발달을 가진 방해로 이끌어 내고 특정 경우에 암의 개시 또는 진행귀착될 수 있습니다. 이 통로는 복잡하고 다양한 기능을 제공하기 때문에 다양한 접근법을 통해 광범위하게 연구 할 수 있습니다. 이 중 생물 정보학은 명백히 비용 효율적이고 친근하며 사용자 친화적 인 연구 방법을 제공합니다. 생물 정보학은 대규모 데이터 집합에서 더 작은 정보를 추출하는 유용한 방법입니다. 다양한 생물정보학 접근법의 구현을 통해 연구원은 이러한 대규모 데이터 세트를 신속하고 안정적으로 효율적으로 해석하여 통찰력 있는 응용 분야와 과학적 발견을 얻을 수 있습니다. 여기서, 난소암에서 노치 신호의 역할을 조사하기 위한 생물정보학 접근법의 통합을 위한 프로토콜이 제시된다. 또한, 생물 정보학 사실 인정은 실험을 통해 검증됩니다.

PRECOG 포털을 사용하여 1단계에서 언급한 절차를 사용하여, 난소암에서 노치2, NOTCH3및 MAML1의 Z-스코어를 각각 수득하였다(각각 1.3, 2.32, 1.62). 음의 Z\u2012score 값은 3개의 유전자의 발현 수준이 높은 환자의 전반적인 생존율이 좋지 없음을 나타낸다. 스프레드시트 소프트웨어의 조건부 서식을 사용하면 Z\u2012score 값이 그림 1의색상 막대 그래프에 표시됩니다.
CSIOVDB 데이터베이스는 결과를 확인하는 데 사용되었다. 2단계의 지시를 사용하여, NOTCH2, NOTCH3및 MAML1은 CSIOVDB 데이터베이스 검색 영역에 순차적으로 입력되었고, 생존 탭 아래에 있는 환자 생존 데이터를 검색했다. CSIOVDB는 <stro...

생물정보학은 대규모 데이터 세트를 처리하는 유용한 방법입니다. 생물 정보학 접근법의 구현을 통해 연구원은 통찰력 있는 응용 분야및 과학적 발견을 신속하고 안정적으로 효율적으로 얻을 수 있습니다. 이 문서는 난소암 연구에서 생물 정보학의 활용을 보여줍니다. 또한 실험을 통해 생물 정보학 연구 결과를 성공적으로 검증합니다.

Notch signaling is a highly conserved regulatory pathway involved in many cellular processes. Dysregulation of this signaling pathway often leads to ...

생물 정보학은 데이터 세트에서 정보를 추출하는 유용한 방법입니다. 실험은 유효성 검사에도 똑같이 중요합니다. 우리는 난소암에 있는 노치 신호의 역할을 조사하기 위하여 두 접근을 결합합니다.이 기술의 주요 장점은 연구원이 실험을 수행하기 전에 연구 방향을 계획하기 위해 생물 정보 학 데이터베이스의 정보를 활용할 수 있다는 것입니다. 인간 질병의 축적된 생물정보학 데이터로 과학자들은 더 이상 눈을 가리지 않습니다. 실험은 질병의 향상한 치료 또는 진단으로 이끌어 낼 수 있는 특정 사실 인정을 확인하기 위하여 수행될 수 있습니다.특정 유형의 암과 관심 있는 유전자의 연관성을 분석하기 위해, PRECOG 데이터베이스에 액세스하고 계정과 관련된 이메일 주소와 암호를 로그인 단말기에 입력하기 위해 학술 제휴 이메일 주소로 계정을 만듭니다. 세부 정보 보기를 클릭하고 관심 있는 유전자를 검색 표시줄에 입력합니다. 그런 다음 스크롤 막대를 사용하여 특정 암 유형의 관심에 대한 생존 Z 점수를 얻습니다.유전자 발현 수준과 난소암 단계 사이의 연관성을 조사하려면 CSIOVDB 웹 페이지로 이동하여 관심 유전자의 이름을 검색 표시줄에 입력합니다. 그런 다음 생존 탭을 클릭합니다. 다양 한, 정상 및 종양 조직에 걸쳐 유전자 발현 데이터를 평가 하려면 GENT 포털로 이동 하 고 검색 탭을 클릭 합니다.키워드 섹션에서는 드롭다운 메뉴로부터 용어에 대한 유전자 심볼을 선택하고, 관심 유전자의 유전자 심볼을 입력하고, 유형 옵션에 대한 조직을 선택한다. 검색 버튼을 클릭합니다. U133A 및 U122 Plus 2 플랫폼을 기반으로 다른 암 유형의 정상 및 종양 조직에서 유전자 발현의 요약 그래프가 표시됩니다.그런 다음 결과 데이터 다운로드 링크를 클릭하여 유전자 발현 값, 조직 유형 및 데이터 소스에 대한 자세한 정보에 액세스합니다. 유전자 변경 및 신호 네트워크를 검색하려면 CBIO 포털 웹 페이지를 열고 방문 페이지의 쿼리를 사용하여 선택 연구 섹션에서 장기 또는 관심 조직을 클릭하고 관심 있는 특정 연구를 선택하고 유전자별 쿼리를 클릭합니다. 유전체 프로파일 선택 섹션에서 돌연변이, GISTIC의 푸디트 카피 번호 변경 또는 mRNA 발현 옵션을 선택합니다.환자/사례 집합 선택 메뉴에서 해당 데이터를 선택하고 대상 유전자 기호를 입력 유전자의 쿼리 상자에 입력합니다. 쿼리 제출 단추를 클릭하고 네트워크 탭을 열어 원하는 유전자 네트워크를 검색합니다. 그런 다음 파일 탭을 클릭하고 네트워크 이미지 다운로드를 위해 이미지 PNG로 저장을 선택합니다.NICD 또는 NICD 및 맘 과발현으로 파리를 생성하려면 적절한 플라이 스톡을 준비하고 표준 프로토콜에 따라 현면 적 유전자 발현을 제어하기 위해 시간적 및 지역 유전자 발현 표적 화 기술을 적용합니다. 성인이 될 때까지 18도에서 파리를 올리고 효모와 섭씨 29도로 전환하면 48시간 동안 섭씨 29도로 바뀌습니다. 섭씨 29도 의 끝에, 배아 수집 접시에 PBS의 3 밀리리터를 추가하고 이산화탄소 패드로 비행 문화를 마취.해부 현미경을 사용하여 마취 된 여성의 비행을 식별하고 해부 집게 한 쌍을 사용하여 비행의 하부 흉부를 조심스럽게 잡아 버립니다. 배아 수집 접시 내에서 PBS에 비행을 잠수하고, 두 번째 쌍의 집게를 사용하여 하복부를 꼬집어 부드럽게 당겨 내부 장기를 방출합니다. 플라이 바디에서 난소 쌍을 찾아 분리하고, 난소의 후방 끝에 있는 근육 칼집을 부러뜨리고, 변종을 분리합니다.그런 다음 격리된 난소를 1.5 밀리리터 원심분리기 튜브에 놓고 500마이크로리터의 얼음을 얼음 위에 놓습니다. 모든 난소가 수집되면 PBS를 4%포름알데히드의 500마이크로리터로 대체하고 튜브를 10분 동안 누에이터에 놓습니다. 인큐베이션이 끝나면 고정을 버리고 난소를 세척당 PBT 1밀리리터로 3, 15분 헹구십시오.마지막 세척 후, 난소를 150 마이크로리터의 10 마이크로리터로 분류하여 영양자에 10-15분 동안 밀리리터 DAPI당 10 마이크로리터로 라벨을 붙입니다. 인큐베이션이 끝나면 PBT 1밀리리터로 10분 동안 난소를 1회 세척한 다음 PBS에서 10분 동안 세척합니다. 두 번째 세척 후, PBS의 마지막 300 마이크로 리터를 제외한 모든 제거하고 난소를 여러 번 진부화하여 계란 챔버를 풀어주세요.다음으로, 미세 원심 분리기에서 빠른 스핀을 통해 난소 조직을 부드럽게 퇴적시키고 난소 펠릿을 방해하지 않고 가능한 한 많은 PBS를 제거합니다. 1, 000 마이크로리터 파이펫 팁을 사용하여 약 3방울의 장착 용액을 튜브로 옮기고, 끝에서 약 0.33밀리미터의 200 마이크로리터 파이펫 팁을 사용하여 난소 함유 장착 용액 120마이크로리터를 유리 현미경 슬라이드에 전달합니다. 커버슬립 유리를 장착 용액 위에 부드럽게 놓고 투명한 매니큐어로 가장자리를 밀봉합니다.그런 다음 0.8 조리개와 함께 10배 배율로 공초점 현미경을 사용하여 염색및 장착된 난소의 이미지를 습득한다. 입증된 바와 같이 PRECOG 포털을 사용하여 난소암에서 NOTCH2, NOTCH3 및 MAML1의 Z-점수를 얻을 수 있다. 음의 Z 점수 값은 3개의 유전자의 높은 발현 수준을 가진 환자의 가난한 전반적인 생존을 나타냅니다.이러한 사실 인정을 확인하기 위하여 CSIOVD 데이터베이스를 사용하여, NOTCH2, NOTCH3 및 MAML1의 높은 발현이 가난한 전반적인 및 질병 없는 생존과 상관관계가 있다는 것을 추가로 표시합니다. 추가 순열 시험은 NOTCH2, NOTCH3 및 MAML1이 종양 조직에서 높게 표현된다는 것을 건의합니다. 이 3개의 핵심 유전자에 근거하여, 가장 높은 돌연변이 비율을 가진 동일 통로에 있는 50가장 빈번하게 변경된 이웃 유전자를 제공하기 위하여 신호 네트워크는 생성될 수 있습니다.관심의, 드로소필라 동등한 NOTCH 유전자의 과발현, NICD, 혼자, 드로소필라에서 종양을 유도하지 않습니다. NICD와 맘의 과발현이 함께 과일 파리의 종양을 유도하는 반면, 여러 상피 층과 축적 된 세포의 존재에 의해 입증된 바와 같이. 추가 실험 유효성 검사는 잠재적인 신약 치료 표적, 질병 바이오마커 및 개인화된 치료법의 식별을 위한 길을 열 수 있습니다.

integration-bioinformatics-approaches-experimental-validations-to

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3 차원 Heterotypic<em&gt; 체외에서</em난소 암 개시 및 진행하는 동안 Stromal - 상피 조직의 상호 작용&gt; 모델링

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